基于PacBio平臺(tái)的扇穗茅全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及熱激轉(zhuǎn)錄因子家族（HSFs）分析

摘要：為了明晰扇穗茅（Littledalea racemosa）的轉(zhuǎn)錄組特征和熱激轉(zhuǎn)錄因子家族（HSFs）的功能與系統(tǒng)位置，本研究基于PacBio平臺(tái)對(duì)扇穗茅全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測(cè)序和生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明：測(cè)序獲得高質(zhì)量的Unigenes 62 016條，平均長(zhǎng)度為2752 bp，N50長(zhǎng)度為2971 bp，蛋白編碼區(qū)序列（CDS）48 127個(gè)，簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR）8858個(gè)；扇穗茅Unigenes在5大公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的注釋量分別為27 566（NR）、17 961（GO）、18 300（KOG）、17 381（KEGG）和23 737（SwissProt），有7663條Unigenes在5個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中均得到注釋；扇穗茅轉(zhuǎn)錄本鑒定到1165個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，隸屬于48個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族，大多與高原極端環(huán)境適應(yīng)有關(guān)；其中包含17個(gè)熱激轉(zhuǎn)錄因子（HSF），大部分位于細(xì)胞核，為親水蛋白，cDNA常包含5～10個(gè)保守結(jié)構(gòu)域；系統(tǒng)發(fā)育研究表明扇穗茅和擬南芥（Arabidopsis thaliana）HSF轉(zhuǎn)錄因子聚為9個(gè)分支（CladeA-I），扇穗茅的11個(gè)HSF與HSFA2聚為一支，彼此具有較近的親緣關(guān)系，可能具有相似的功能。本研究豐富了扇穗茅屬物種的遺傳信息，為后續(xù)關(guān)鍵功能基因的挖掘提供了理論依據(jù)。

關(guān)鍵詞：扇穗茅；全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組；功能注釋；轉(zhuǎn)錄因子；HSFs

中圖分類號(hào)：Q949.71" " " " 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A" " " " 文章編號(hào)：1007-0435（2025）02-0370-12

Full-length Transcriptome Sequencing and Heat Shock Transcription Factor Family （HSFs） Analysis of Littledalea racemosa （Poaceae） Based on PacBio Platform

QU Rong-ju1， LIU Yu-ping1，2， SU Xu1，2，3*， FU Gui1， JIN Jia-rui1， YANG Qian1， ZHANG Peng-hui1，

YU Ming-jun1， SUN Cheng-lin1， MAO Xuan-rui1

（1.School of Life Sciences， Qinghai Normal University， Xining， Qinghai Province 810008， China； 2.Key Laboratory of Biodiversity

Formation Mechanism and Comprehensive Utilization of the Qinghai-Tibet Plateau in Qinghai Province， Qinghai Normal University，

Xining， Qinghai Province 810008， China； 3.Academy of Plateau Science and Sustainability， Qinghai Normal University， Xining，

Qinghai Province 810016， China）

Abstract：In order to clarify the transcriptome characteristics of Littledalea racemosa and the function and systematic location of the heat shock transcription factor family （HSFs）， we sequenced and analyzed the full-length transcriptome based on the PacBio platform in this study. The results indicated that we obtained 62 016 high quality unigenes with an average length of 2752 bp， the length of N50 of 2971 bp， 48 127 protein coding region sequences （CDS） and 8 858 simple repeat sequences （SSR）. The number of unigenes annotations in five public databases was 27 566 （NR）， 17 961 （GO）， 18 300 （KOG）， 17 381 （KEGG） and 23 737 （SwissProt）， and 7663 unigenes （12.36%） were annotated in all five databases. 1165 transcription factors were identified in transcriptome of L. racemosa， belonging to 48 transcription factor families， the majority of which were related to the adaptation to the extreme environment of the plateau. The transcriptome contained 17 HSF transcription factors， most of which were located in the nucleus and hydrophilic proteins， and HSF cDNA usually contained from 5 to 10 motifs. Phylogenetic tree showed HSF transcription factors of L. racemosa and Arabidopsis thaliana were clustered into nine clades （Clade A-I）， most of which were composed of HSF transcription factors from the same species and were closely related to each other. 11 HSFs of L. racemosa and HSFA2 of A. thaliana were clustered into one clade， which was closely related to each other and might have similar functions. This study enriched the genetic information for Littledalea and provided a theoretical basis for the mining of key functional genes in the future.

Key words：Littledalea racemosa；Full-length transcriptome；Function annotation；Transcription factor；HSFs

扇穗茅（L. racemosa）是禾本科（Poaceae）、扇穗茅屬（Littledalea）的一種青藏高原特有的多年生草本植物，主要分布于海拔2900～5500 m的河谷、高山和草甸［1-2］。扇穗茅具有抗旱、抗寒、抗鹽堿和防風(fēng)固沙等優(yōu)良特性，具有重要的生態(tài)價(jià)值［3］；同時(shí)，作為青藏高原特有的優(yōu)質(zhì)牧草，扇穗茅具有較大的飼用價(jià)值、經(jīng)濟(jì)價(jià)值和潛在的應(yīng)用前景［2］。目前，國(guó)內(nèi)外關(guān)于扇穗茅的研究主要集中于廣義形態(tài)特征［4］、群落特征［5］、染色體核型［6］、生態(tài)位模擬［7］、葉綠體基因組特征分析［8］等領(lǐng)域。譬如，周勇輝等［4］采用廣義形態(tài)學(xué)特征探討了扇穗茅屬兩個(gè)代表物種的葉表皮微形態(tài)特征和演化趨勢(shì)，認(rèn)為兩者具有明顯的種間間斷，扇穗茅較原始，寡穗茅（L. przevalskyi）較進(jìn)化，前者可能演化成較高級(jí)的后者；楊萍等［6］采用染色體壓片技術(shù)分析了扇穗茅的染色體數(shù)目和核型特征，發(fā)現(xiàn)核型以中部著絲粒染色體為主，核型公式為2n=2x=28；劉濤等［7］利用Biomod2組合模型預(yù)測(cè)了扇穗茅的潛在分布區(qū)，認(rèn)為西藏自治區(qū)南部和四川西南部是其潛在的適生區(qū)，未來(lái)溫室氣體排放背景下扇穗茅適生區(qū)分布面積將會(huì)顯著增加；劉玉萍等［8］基于高通量測(cè)序技術(shù)，揭示了扇穗茅的葉綠體基因組特征，并認(rèn)為扇穗茅與小麥族物種親緣關(guān)系較近。然而，迄今為止尚未見關(guān)于扇穗茅全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組及其轉(zhuǎn)錄因子的相關(guān)報(bào)道。

轉(zhuǎn)錄組（Transcriptome）是生物某一時(shí)期或生長(zhǎng)狀態(tài)下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括tRNA、rRNA、mRNA和ncRNA［9］。隨著測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展以及測(cè)序成本的降低，基于PacBio平臺(tái)的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)具有高通量、高效率和全讀長(zhǎng)等優(yōu)點(diǎn)，且無(wú)需片段打斷和拼接即可完成超長(zhǎng)讀長(zhǎng)［10］，現(xiàn)已被廣泛應(yīng)用于遺傳多樣性分析［11］、適應(yīng)性進(jìn)化機(jī)制［12］、關(guān)鍵功能基因挖掘［13-14］、SSR特征分析和引物開發(fā)［15-17］等諸多領(lǐng)域。例如，Piriyapongsa等［18］基于PacBio平臺(tái)對(duì)甘蔗（Saccharum officinarum）全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，得到119 399個(gè)轉(zhuǎn)錄本，比以往甘蔗轉(zhuǎn)錄本都要長(zhǎng)，其中有4774條新轉(zhuǎn)錄本；Zhang等［12］利用HiSeq平臺(tái)測(cè)定了鹵蕨屬（Acrostichum）三種不同植物的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組，探討了物種間系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系和適應(yīng)性進(jìn)化機(jī)制，認(rèn)為鹵蕨屬起源于白堊紀(jì)，并鑒定到一些光照和鹽脅迫相適應(yīng)的正選擇基因；陳夢(mèng)穎等［15］采用華細(xì)辛（Asarum sieboldii）的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開發(fā)出16套具有多態(tài)性和穩(wěn)定性的SSR引物，評(píng)價(jià)了華細(xì)辛的遺傳多樣性和群體遺傳結(jié)構(gòu)，結(jié)果顯示華細(xì)辛遺傳變異主要體現(xiàn)在種群水平，種群間遺傳分化程度與地理距離具有相關(guān)性。

轉(zhuǎn)錄因子是一類含有特殊結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，能夠?qū)Ｒ坏嘏c目的基因上游特異核苷酸序列結(jié)合，通常參與植物生長(zhǎng)發(fā)育的各項(xiàng)生命活動(dòng)，在植物響應(yīng)生物和非生物脅迫過程中發(fā)揮重要作用［19-20］。熱激轉(zhuǎn)錄因子（HSF）是熱休克蛋白（HSP）和其他功能基因差異表達(dá)的重要調(diào)節(jié)因子［21］。HSF包含N端的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域（DBD）、寡聚結(jié)構(gòu)域（OD）、核定位信號(hào)（NLS）、核輸出信號(hào)（NES）以及C端激活域（CTAD）5個(gè)典型的結(jié)構(gòu)，根據(jù)DBD和OD區(qū)的結(jié)構(gòu)特征及特異性基序的存在，將其分為A、B、C三類，它們不僅能夠響應(yīng)熱脅迫，而且廣泛參與植物非生物脅迫應(yīng)答［22］。譬如，Jin等［23］研究了紫花苜蓿（Medicago sativa）的熱激轉(zhuǎn)錄因子家族（MsHSFs），發(fā)現(xiàn)它在植物響應(yīng)高溫、鹽、冷和干旱脅迫過程中發(fā)揮重要作用；沈驍飛等［24］對(duì)番木瓜（Carica papaya）HSF基因家族進(jìn)行鑒定和功能研究，認(rèn)為低溫和高溫均能誘導(dǎo)CpHSFs的基因表達(dá)。此外，有研究表明，缺氧脅迫也可以誘導(dǎo)HSF和HSP的表達(dá)［25-27］。作為青藏高原特有種，扇穗茅長(zhǎng)期生長(zhǎng)于低溫、低氧和強(qiáng)紫外線等非生物脅迫環(huán)境中，因而對(duì)其進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序以及HSFs特征分析和功能研究，有利于揭示扇穗茅適應(yīng)青藏高原特殊生境的進(jìn)化機(jī)制，為植物耐逆適應(yīng)性研究提供佐證。據(jù)此，本研究以扇穗茅為實(shí)驗(yàn)材料，采用高通量測(cè)序技術(shù)和生物信息學(xué)分析方法進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、組裝、注釋和特征分析；在此基礎(chǔ)上，基于注釋結(jié)果進(jìn)一步對(duì)熱激轉(zhuǎn)錄因子家族（HSFs）進(jìn)行分析，旨在為扇穗茅系統(tǒng)發(fā)育和適應(yīng)性進(jìn)化研究以及HSFs功能驗(yàn)證提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

1 材料與方法

1.1 實(shí)驗(yàn)材料

2022年8月12日16：00-18：00，課題組于青海省興?？h溫泉鄉(xiāng)某山坡陽(yáng)面較濕潤(rùn)區(qū)域（99.3°E，35.3°N，海拔4162 m）采集自然生長(zhǎng)狀態(tài)下長(zhǎng)勢(shì)良好的扇穗茅（L. racemosa）幼嫩植株，無(wú)菌水清洗后剪取新鮮無(wú)蟲害的根、莖和葉，迅速用錫箔紙包裹保存于液氮中，用于后續(xù)RNA提取。

1.2 試驗(yàn)方法

1.2.1 總RNA提取與檢測(cè) 采用高通量研磨儀（Tissuelyser-600）充分研磨，使扇穗茅的根、莖和葉混樣；利用Trizol法提取扇穗茅的總RNA；使用2%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)RNA純度；通過微量UV-Vis分光光度計(jì)（NanoDrop? One/OneC）測(cè)定RNA濃度（155.8 ng·μL-1），統(tǒng)計(jì)“A260/280”值（2.16）確定RNA純度；運(yùn)用Agilent 2100檢測(cè)RNA完整性（RIN=9.2）［28］；獲得完整且濃度和純度合格的RNA進(jìn)行cDNA文庫(kù)構(gòu)建。

1.2.2 文庫(kù)構(gòu)建與測(cè)序結(jié)果評(píng)估 利用SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit將質(zhì)檢合格的RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA，通過PCR擴(kuò)增、純化、末端修復(fù)、加A尾和連接SMRT bell接頭構(gòu)建cDNA文庫(kù)；對(duì)文庫(kù)進(jìn)行BluePippin片段選擇，去除短片段文庫(kù)分子。庫(kù)檢合格后，基于PacBio Sequel平臺(tái)進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，獲得subreads序列；采用SMRTlink v6.0軟件評(píng)估原始數(shù)據(jù)質(zhì)量，minLength參數(shù)設(shè)置為50，提取環(huán)形一致性序列（CCS），以5′和3′引物及PloyA尾為標(biāo)準(zhǔn)將CCS劃分為非全長(zhǎng)非嵌合序列（nFLNC）和全長(zhǎng)非嵌合序列（FLNC）；FLNC相似的序列聚類得到一致性（consensus）序列，用nFLNC對(duì)其進(jìn)行樣正獲得高質(zhì)量的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本（Polished consensus）序列；運(yùn)用CD-HIT軟件對(duì)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本序列比對(duì)和去冗余，得到扇穗茅的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組（Unigenes）序列。

1.2.3 CDS預(yù)測(cè)與SSR分析 采用TransDecoder在線軟件（https：//github.com/TransDecoder/TransDecoder/releases）預(yù)測(cè)Unigenes編碼蛋白（Coding Sequence，CDS），識(shí)別長(zhǎng)度設(shè)置為至少100個(gè)氨基酸的開放閱讀框（Open Reading Frame，ORF）；利用MISA軟件搜索扇穗茅轉(zhuǎn)錄本中的簡(jiǎn)單重復(fù)序列（Simple Sequence Repeat，SSR）（二核苷酸為6，三、四、五和六核苷酸為5）［29］。

1.2.4 Unigene功能注釋 利用BLAST軟件將扇穗茅Unigenes比對(duì)到非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)（NR）、蛋白質(zhì)真核同源數(shù)據(jù)庫(kù)（KOG）、基因本體論數(shù)據(jù)庫(kù)（GO）、京都基因與基因組百科全書（KEGG）和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（SwissProt）等公共數(shù)據(jù)庫(kù)中，并進(jìn)行基因功能注釋［30-35］。

1.2.5 熱激轉(zhuǎn)錄因子家族（HSFs）分析 通過在線軟件PlantTFDB（https：//planttfdb.gao-lab.org/prediction.php）預(yù)測(cè)扇穗茅Unigenes中的轉(zhuǎn)錄因子，并從中篩選HSFs家族成員；借助ProtParam tool（https：//web.expasy.org/protparam/）分析熱激轉(zhuǎn)錄因子（HSF）的氨基酸序列和蛋白理化性質(zhì)，并利用WOLF PSORT（https：//wolfpsort.hgc.jp/）進(jìn)行亞細(xì)胞定位；采用MEME（https：//meme-suite.org/meme/）分析扇穗茅HSF的cDNA保守結(jié)構(gòu)域，并利用TBtools進(jìn)行可視化處理；從PlantTFDB中下載模式物種擬南芥（A. thaliana）HSF的蛋白序列，基于鄰接法（Neighbor-joining，NJ）構(gòu)建扇穗茅與擬南芥HSF轉(zhuǎn)錄因子家族系統(tǒng)進(jìn)化樹。

2 結(jié)果與分析

2.1 測(cè)序結(jié)果

利用單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)，本研究共獲得968 570條扇穗茅的clean reads；依據(jù)full passes≥1且序列準(zhǔn)確性大于0.90檢測(cè)到592 753條CCS序列，占clean reads的61.20%，其中全長(zhǎng)序列（Full-Length Read）有553 232條，占CCS序列總數(shù)的93.33%；全長(zhǎng)序列中包含552 785條FLNC序列，占比99.92%。同一轉(zhuǎn)錄本的FLNC序列聚類分析（ICE算法）得到62 019條consensus序列；結(jié)合非全長(zhǎng)序列（Non-Full-Length Read）對(duì)consensus序列進(jìn)行校正（Quiver算法），糾錯(cuò)后篩選到62 018條高質(zhì)量序列（high QV），利用CD-HIT軟件去冗余后得到高質(zhì)量Unigenes 62 016條，平均長(zhǎng)度2752 bp，N50長(zhǎng)度為2971 bp。

2.2 CDS預(yù)測(cè)和SSR分析

扇穗茅轉(zhuǎn)錄本CDS預(yù)測(cè)獲得48 127個(gè)CDS編碼區(qū)，占轉(zhuǎn)錄本總數(shù)的77.6%，說(shuō)明轉(zhuǎn)錄本質(zhì)量較高；并且CDS長(zhǎng)度集中于2000～4000 bp，小于1000和大于8000 bp的CDS數(shù)量較少（圖1）?；谏人朊︰nigenes序列，本研究還檢測(cè)到8858個(gè)SSR位點(diǎn)，其中三核苷酸重復(fù)最多（5538，62.52%），二核苷酸重復(fù)較多（2976，33.40%），四核苷酸（270，3.05%）、五核苷酸（23，0.26%）和六核苷酸重復(fù)（51，0.58%）數(shù)量較少；就重復(fù)類型而言，4～7次重復(fù)的SSR位點(diǎn)數(shù)量最多（7151），20～99次重復(fù)的數(shù)量最少（86）（圖2）。

2.3 Unigenes功能注釋

利用NR、KOG、GO、KEGG、SwissProt等公共數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)扇穗茅Unigenes進(jìn)行比對(duì)和功能注釋，結(jié)果分別有27 566（NR），17 961（GO），18 300（KOG），17 381（KEGG）和23 737（SwissProt）條Unigenes得到注釋，其中7663條Unigenes被5個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)共同注釋，NR、SwissProt、KEGG、GO和KOG獨(dú)立注釋的Unigenes數(shù)量依次為2862，18，5，4和2（圖3）。在5大公共數(shù)據(jù)庫(kù)中，扇穗茅轉(zhuǎn)錄組的注釋量比沙鞭（Psammochloa villosa）［36］、高加索三葉草（Trifolium ambiguum）［37］、藏茵陳（Comastoma polycladum）［38］等物種的注釋量較低。

2.3.1 NR功能注釋 NR數(shù)據(jù)庫(kù)共注釋到27 566條（44.44%）Unigenes，且與扇穗茅同源性較高的前10個(gè)物種均為禾本科植物，其中節(jié)節(jié)麥（Aegilops tauschii Coss.）的注釋量最高（8532），排名第二的青稞（Hordeum vulgare var.）注釋量明顯低于節(jié)節(jié)麥，為3303（圖4），表明扇穗茅與節(jié)節(jié)麥同源性最高，親緣關(guān)系最近。

2.3.2 KOG功能注釋 本研究結(jié)果表明，62 016條Unigenes中僅有18 300條（29.50%）于KOG數(shù)據(jù)庫(kù)中得到注釋，其中一般功能預(yù)測(cè)注釋到的Unigenes數(shù)量最多（5688條，19.64%），其次為信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制（3770條，13.02%），細(xì)胞活力注釋到的Unigenes數(shù)量最少（14條，0.77%）（圖5）。

2.3.3 GO功能注釋 GO數(shù)據(jù)庫(kù)中，62 016條Unigenes中有17 961條得到注釋，注釋量為45 581，主要包括細(xì)胞成分（CC）、分子功能（MF）和生物過程（BP）（圖6）。其中，細(xì)胞成分包含14種功能，細(xì)胞和細(xì)胞組成注釋量最高（15 770，46.50%）；分子功能涉及24種功能，催化活性注釋量較高（8787，38.05%），結(jié)合功能次之（6306，27.31%）；生物過程包括31種功能，注釋量較高的為細(xì)胞過程（13 415，17.31%）和代謝過程（11 712，15.11%）。

2.3.4 KEGG功能注釋 采用KEGG-Mapper程序通過對(duì)扇穗茅62 016條Unigenes注釋，共發(fā)現(xiàn)17 381條Unigenes得到注釋，占Unigenes總數(shù)的28.03%，其中代謝類涉及功能最多（117種），注釋量最高（20 220，51.34%）；遺傳信息處理包含26種功能，注釋量為10 934（27.76%）；環(huán)境信息處理涉及7種功能，注釋量為3479（8.83%）；細(xì)胞過程涵蓋6種功能，注釋量2764（7.01%），生物系統(tǒng)僅含4種功能，注釋量1980（5.01%）。就KEGG功能注釋而言，新陳代謝和碳水化合物代謝的注釋量分別高達(dá)4973和1622（表1）。

2.4 熱激轉(zhuǎn)錄因子家族（HSFs）分析

利用PlantTFDB線上軟件，本研究從扇穗茅62 016條Unigenes中鑒定到1165個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，隸屬于48個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族，其中注釋量排名前10的轉(zhuǎn)錄因子家族依次為FAR1（110，9.44%）、C2H2（79，6.78%）、Bzip（65，5.58%）、ARF（62，5.32%）、C3H（58，4.98%）、GRAS（56，4.81%）、MYB-related（54，4.64%）、bHLH（54，4.64%）、WRKY（52，4.46%）、NAC（51，4.44%）（圖7），尤其對(duì)扇穗茅適應(yīng)青藏高原極端生境的相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子家族進(jìn)行了深層預(yù)測(cè)。本研究從扇穗茅Unigenes中共預(yù)測(cè)到17個(gè)HSF（HSF1-Lr～HSF17-Lr），亞細(xì)胞定位顯示11個(gè)HSF轉(zhuǎn)錄因子定位于細(xì)胞核，5個(gè)定位于葉綠體，僅HSF13-Lr定位于細(xì)胞外基質(zhì)；理化性質(zhì)檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，17個(gè)HSF由137（HSF16-Lr）～515（HSF6-Lr）個(gè)氨基酸構(gòu)成，相對(duì)分子質(zhì)量為15 222.16（HSF16-Lr）～56 538.30（HSF6-Lr）；等電點(diǎn)介于4.81（HSF4-Lr）～11.46（HSF16-Lr），其中10個(gè)HSF的等電點(diǎn)lt;7，為酸性蛋白質(zhì)，7個(gè)HSF的等電點(diǎn)gt;7，為堿性蛋白質(zhì)；不穩(wěn)定系數(shù)為45.44（HSF10-Lr）～102.31（HSF16-Lr），均為不穩(wěn)定蛋白質(zhì)；脂溶指數(shù)介于52.77（HSF16-Lr）～117.67（HSF3-Lr）；絕大多數(shù)HSF的平均親水系數(shù)lt;0，為親水蛋白，僅HSF3和HSF13是疏水蛋白（表2）。

采用在線軟件MEME預(yù)測(cè)扇穗茅HSFs家族成員的cDNA保守結(jié)構(gòu)域（Motifs），本研究共獲得10個(gè)Motifs，家族內(nèi)成員含有的Motifs數(shù)量居于5～10，所有成員均包含Motif1，Motif2，Motif3，Motif6和Motif7；HSF17-Lr的cDNA預(yù)測(cè)到的Motifs最少（5個(gè)）；絕大多數(shù)HSF（HSF1-Lr，HSF2-Lr，HSF3-Lr，HSF5-Lr，HSF10-Lr，HSF7-Lr，HSF11-Lr，HSF18-Lr，HSF9-Lr）的cDNA可以預(yù)測(cè)到10個(gè)Motifs；僅HSF12-Lr，HSF15-Lr和HSF16-Lr的cDNA反義鏈預(yù)測(cè)到Motif3和Motif9（圖8）。

本研究利用PhyloSuit在線軟件構(gòu)建了扇穗茅與擬南芥HSFs的系統(tǒng)發(fā)育樹，結(jié)果顯示所有轉(zhuǎn)錄因子聚成9個(gè)分支（Clade A～I(xiàn)）。分支Clade A中僅包含扇穗茅HSF，分支Clade B，D，E，G，H和I僅含有擬南芥的HSF；擬南芥中的HSF1和HSFA1D優(yōu)先分離，與扇穗茅HSF親緣關(guān)系較遠(yuǎn)；分支Clade C和F包含扇穗茅和擬南芥的HSF，其中分支CladeC含有扇穗茅HSF12-Lr，HSF15-Lr，HSF16-Lr和HSF17-Lr以及擬南芥HSFC1，HSFB2A，HSFB3，HSFB4，HSF4和HSF-F2，分支Clade F中包括扇穗茅HSF1-Lr，HSF2-Lr，HSF3-Lr，HSF5-Lr，HSF7-Lr，HSF8-Lr，HSF9-Lr，HSF10-Lr，HSF11-Lr，HSF13-Lr，HSF14-Lr以及擬南芥HSFA2，HSFA6A，HSFA6B，HSFA7A，HSF-F1，分支內(nèi)HSF間具有較近的親緣關(guān)系（圖9）。根據(jù)扇穗茅與擬南芥HSF氨基酸序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹發(fā)現(xiàn)，相同分支內(nèi)的HSF具有較近的親緣關(guān)系，它們可能具有類似的功能亞基，推測(cè)其在扇穗茅生長(zhǎng)發(fā)育過程中發(fā)揮著相似的功能。

3 討論

隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和測(cè)序成本的降低，三代高通量測(cè)序技術(shù)憑借單分子、長(zhǎng)讀長(zhǎng)、高準(zhǔn)確度等優(yōu)勢(shì)，很好地解決了二代測(cè)序讀長(zhǎng)短以及無(wú)法覆蓋整個(gè)轉(zhuǎn)錄本的難題，實(shí)現(xiàn)了全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組水平對(duì)同一個(gè)基因上多個(gè)調(diào)控事件的協(xié)同性研究［39-41］。本研究基于PacBio平臺(tái)的單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)對(duì)扇穗茅（L. racemosa）進(jìn)行了全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，獲得62 016條高質(zhì)量的Unigenes，平均長(zhǎng)度為2752 bp，N50長(zhǎng)度為2971 bp（gt;1000 bp）。研究認(rèn)為，N50長(zhǎng)度與拼接效果成正比［42］，說(shuō)明本研究的轉(zhuǎn)錄本拼接效果較好。扇穗茅轉(zhuǎn)錄本含有48 127個(gè)CDS序列，占轉(zhuǎn)錄本全長(zhǎng)的77.6%，表明轉(zhuǎn)錄本質(zhì)量較高，可以保證后續(xù)SSR檢測(cè)、Unigenes功能注釋、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)等結(jié)果的準(zhǔn)確性［43］。本研究共檢測(cè)到8858個(gè)SSR位點(diǎn)（14.28%），分布于10 345條轉(zhuǎn)錄本序列上，高于青稞（H. vulgare）［44］、蘇丹草（Sorghum sudanense）［45］、甘蔗（S. officinarum）［46］等物種的SSR位點(diǎn)數(shù)目，并且出現(xiàn)頻率最高的SSR位點(diǎn)為三核苷酸4～7次重復(fù)，這為后續(xù)扇穗茅SSR分子標(biāo)記引物開發(fā)提供了豐富的遺傳信息位點(diǎn)［47］。

利用NR、KOG、GO、KEGG和SwissProt 5個(gè)公共數(shù)據(jù)庫(kù)，本研究對(duì)獲得的62 016條Unigenes進(jìn)行了功能注釋，發(fā)現(xiàn)有27 597條（44.50%）Unigenes得到注釋，其中僅有7663條（12.36%）被五個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)共同注釋，我們推測(cè)這可能是前人對(duì)扇穗茅屬物種及其近緣種的組學(xué)研究較少［36］，本研究極大豐富了扇穗茅屬的分子數(shù)據(jù)。從NR數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋結(jié)果看，與扇穗茅同源性較高的前十個(gè)物種均為禾本科植物，其中與節(jié)節(jié)麥（A. tauschii）同源性最高，親緣關(guān)系最近；KOG數(shù)據(jù)庫(kù)中，18 300條Unigenes于25種功能分類中得到注釋，一般功能預(yù)測(cè)注釋數(shù)量最多（5688條），細(xì)胞活性最少（14條）；17 961條Unigenes在GO數(shù)據(jù)庫(kù)中的注釋量為45 581，分為3類、69種功能，其中細(xì)胞和細(xì)胞成分、催化活性及細(xì)胞過程注釋量最高；KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中17 381條Unigenes注釋信息涉及5類、160種生物學(xué)功能，其中新陳代謝的注釋量最高（4973）、萜類醌代謝最低（117），這與前人對(duì)沙鞭（P.villosa）［36］、高加索三葉草（T.ambiguum）［37］、藏茵陳（C.polycladum）［38］等物種的注釋結(jié)果相同，均呈現(xiàn)為功能預(yù)測(cè)、催化活性和碳水化合物代謝注釋量較高，推測(cè)這些被注釋到的Unigenes可能與植物基礎(chǔ)生命活動(dòng)相關(guān)。

轉(zhuǎn)錄因子是一種同時(shí)具有信號(hào)傳感輸入模塊和轉(zhuǎn)錄響應(yīng)輸出模塊的分子開關(guān)，不僅可以識(shí)別DNA序列，而且也可以感知小分子效應(yīng)物質(zhì)［48］。諸多研究表明，bZIP［49］、ERF［50］、MYB［51］、NAC［52-53］等轉(zhuǎn)錄因子家族在低溫、干旱和高鹽等非生物脅迫調(diào)控過程中發(fā)揮著重要作用。譬如，趙悅等［51］基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)篩選出5個(gè)參與青海茄參（Mandragora chinghaiensis）低溫響應(yīng)過程的MYB轉(zhuǎn)錄因子，認(rèn)為MYB轉(zhuǎn)錄因子家族參與青海茄參耐低溫脅迫的多條調(diào)控途徑；趙娜紅等［52］利用AT克隆技術(shù)通過對(duì)油茶（Camellia oleifera）CoNAC5和CoNAC79的生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)NAC基因可能通過ABA合成途徑間接參與干旱脅迫響應(yīng)過程?；谏人朊┤L(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組序列，本研究鑒定到48個(gè)家族的1165個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，其中bZIP（65個(gè)）、ERF（47個(gè)）、MYB-related（54個(gè)）、MYB（40個(gè)）和NAC（51個(gè)）等家族成員較多，這些轉(zhuǎn)錄因子可能有利于扇穗茅抵御干旱、寒冷等非生物逆境脅迫。此外，熱激轉(zhuǎn)錄因子（HSF）能夠通過識(shí)別熱激元件［54］、鈣離子、ROS和ABA等信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑以及參與植物生長(zhǎng)發(fā)育、細(xì)胞凋亡、形態(tài)建成等過程［55］，從而增強(qiáng)植物的耐逆性。本研究從扇穗茅轉(zhuǎn)錄本中鑒定到17個(gè)HSF轉(zhuǎn)錄因子，其cDNA保守結(jié)構(gòu)域均包含Motif1、Motif2、Motif3、Motif6和Motif7，這可能與扇穗茅適應(yīng)寒冷、干旱等多種非生物脅迫有關(guān)，并且共有的保守結(jié)構(gòu)域（Motifs）可以為后續(xù)HSF家族成員的鑒定提供參考。

另外，本研究結(jié)果還表明扇穗茅與擬南芥的HSF轉(zhuǎn)錄因子聚為9個(gè)穩(wěn)定的分支（Clade A-I），其中Clade A、B、D、E、G、H和I均由扇穗茅或擬南芥的HSF轉(zhuǎn)錄因子構(gòu)成，這可能由于兩個(gè)物種的HSF轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)和功能存在較大差異。同時(shí)，本研究還發(fā)現(xiàn)扇穗茅喜歡生長(zhǎng)于海拔相對(duì)較高的山坡和埡口處，環(huán)境溫度較低，推測(cè)扇穗茅的HSF轉(zhuǎn)錄因子除在熱激過程中起主要調(diào)節(jié)作用外［56］，還能夠影響植物對(duì)各種非生物脅迫的適應(yīng)［57-58］。Banti等［57］研究發(fā)現(xiàn)，擬南芥HSFA2轉(zhuǎn)錄因子不僅參與缺氧條件下的熱依賴性馴化，而且在低氧耐受中具有重要作用。扇穗茅HSF轉(zhuǎn)錄因子中HSF1-Lr、HSF2-Lr、HSF3-Lr、HSF5-Lr、HSF7-Lr、HSF8-Lr、HSF9-Lr、HSF10-Lr、HSF11-Lr、HSF13-Lr和HSF14-Lr與擬南芥的HSFA2轉(zhuǎn)錄因子聚到同一個(gè)分支上（Clade F），我們推測(cè)Clade F上的扇穗茅11個(gè)HSF可能與其低氧適應(yīng)有關(guān)；陳霞蓮等［58］利用RT-PCR研究了非生物脅迫下美容杜鵑RcHSFB3基因的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)高溫、低溫、高鹽脅迫均能誘導(dǎo)其表達(dá)，HSF12-Lr、HSF15-Lr和HSF17-Lr與擬南芥HSFB3的親緣關(guān)系較近，認(rèn)為這三個(gè)轉(zhuǎn)錄因子可能與扇穗茅低溫適應(yīng)有關(guān)。據(jù)此，本研究推測(cè)HSFs家族是扇穗茅適應(yīng)青藏高原高寒環(huán)境的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子家族。本研究首次利用單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)對(duì)扇穗茅轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測(cè)序、組裝和注釋，并對(duì)其轉(zhuǎn)錄因子（HSF）家族進(jìn)行生物信息學(xué)分析，豐富了扇穗茅屬乃至雀麥族的遺傳信息庫(kù)，旨在為后續(xù)扇穗茅種質(zhì)資源保護(hù)和關(guān)鍵耐逆基因挖掘提供理論參考。

4 結(jié)論

基于扇穗茅全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組序列，本研究得到62 016條Unigenes，預(yù)測(cè)到48 127個(gè)CDS，搜索到14 089個(gè)SSR位點(diǎn)，5大數(shù)據(jù)庫(kù)分別注釋到27566（NR）、17961（GO）、18300（KOG）、17381（KEGG）和23737（SuissProt）條Unigenes，為后續(xù)研究提供了大量基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。扇穗茅全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本鑒定到1165個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，隸屬于48個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族，其中bZIP（65個(gè)）、ERF（47個(gè)）、MYB-related（54個(gè)）、MYB（40個(gè)）、NAC（51個(gè)）等多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子被證實(shí)參與植物對(duì)非生物脅迫的響應(yīng)；扇穗茅大部分HSF均為不穩(wěn)定蛋白，位于細(xì)胞核內(nèi)，為親水蛋白。其中HSF轉(zhuǎn)錄因子的cDNA至少含有5個(gè)Motifs；扇穗茅11個(gè)HSF與擬南芥低氧適應(yīng)相關(guān)HSFA2聚為一支，4個(gè)HSF與低溫適應(yīng)相關(guān)的HSFB3聚為一支，親緣關(guān)系較近，可能具有相似的功能。

參考文獻(xiàn)

［1］ 吳征鎰. 西藏植物志-第五卷［M］. 北京：科學(xué)出版社，1987：138-139

［2］ 周勇輝. 青藏高原特有屬—扇穗茅屬的物種界定研究［D］. 西寧：青海師范大學(xué)，2017： 5-6

［3］ 中國(guó)植物會(huì). 中國(guó)植物志 第九卷 第二分冊(cè)［M］. 北京：科學(xué)出版社，2002：337-380

［4］ 周勇輝，劉玉萍，拉本，等. 扇穗茅屬兩個(gè)代表種的廣義形態(tài)特征及其系統(tǒng)關(guān)系［J］. 植物研究，2016，36（1）： 26-33

［5］ 郭柯. 青藏高原扇穗茅高寒草原的基本特點(diǎn)［J］. 植物生態(tài)學(xué)報(bào)，1995，19（3）：248-254

［6］ 楊萍，蘇旭，劉玉萍. 扇穗茅不同居群染色體數(shù)目及核型分析［J］. 草地學(xué)報(bào)，2022，30（7）： 1712-1720

［7］ 劉濤，劉玉萍，呂婷，等. 基于Biomod2組合模型預(yù)測(cè)青藏高原特有屬扇穗茅屬物種的潛在分布［J］. 草地學(xué)報(bào)，2020，28（6）：1650-1656

［8］ LIU Y P，SU X，LV T，et al. Characterization of the complete chloroplast genome sequence of Littledalea racemosa Keng （Poaceae：Bromeae）［J］. Conservation Genetics Resources，2018，10（3）：343-346

［9］ 王會(huì)勤. 基于酵母雙雜交與轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析篩選牡丹ARRO-1的互作基因［D］. 鄭州：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)，2022： 3

［10］ WANG Z，GERSTEIN M，SNYDER M. RNA-Seq：a revolutionary tool for transcriptomics［J］. Nature Reviews Genetics，2009，10（1）：57-63

［11］ LERTWATTANASAKUL N，KOSAKA T，HOSOYAMA A，et al. Genetic basis of the highly efficient yeast Kluyveromyces marxianus：complete genome sequence and transcriptome analyses［J］. Biotechnology for Biofuels，2015，8：47

［12］ ZHANG Z， HE Z， XU S， et al. Transcriptome analyses provide insights into the phylogeny and adaptive evolution of the mangrove fern genus Acrostichum［J］. Scientific Reports， 2016， 6（1）： 35634

［13］ 王豐青，楊旭，左鑫，等. 地黃全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及苯乙醇苷合成途徑催化酶基因鑒定［J］. 藥學(xué)學(xué)報(bào)，2022，57（3）： 831-838

［14］ 趙霞，李元敏，李依民，等. 基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的掌葉大黃R1-MYB基因家族鑒定分析［J］. 藥學(xué)學(xué)報(bào)，2023，58（5）： 1354-1363

［15］ 陳夢(mèng)穎，戴瑞賢，范玉玲，等. 華細(xì)辛轉(zhuǎn)錄組SSR標(biāo)記的開發(fā)及其在華細(xì)辛遺傳多樣性分析中的應(yīng)用［J］. 中國(guó)中藥雜志，2023，48（20）： 5519-5530

［16］ 毛軒睿，劉玉萍，蘇旭，等. 沙鞭轉(zhuǎn)錄組簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR）位點(diǎn)特征分析［J］. 草地學(xué)報(bào)，2022，30（8）： 1990-2001

［17］ 杜偉，王東航，侯思宇，等. 基于苦蕎全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序開發(fā)SSR標(biāo)記及遺傳多樣性分析［J］. 植物生理學(xué)報(bào)，2020，56（7）： 1432-1444

［18］ PIRIYAPONGSA J， KAEWPROMMAL P， VAIWSRI S， et al. Uncovering full-length transcript isoforms of sugarcane cultivar Khon Kaen 3 using single-molecule long-read sequencing［J］. PeerJ， 2018， 6： e5818

［19］ 劉俊，金鈺，吳耀松，等. 植物Dof基因結(jié)構(gòu)特點(diǎn)及功能研究進(jìn)展［J］. 生物技術(shù)通報(bào)，2020，36（10）： 180-190

［20］ 王澤民，晉昕，張飛燕，等. Dof轉(zhuǎn)錄因子在作物逆境脅迫響應(yīng)及農(nóng)藝性狀改良中的作用［J］. 生物學(xué)雜志，2023，40（4）： 98-106

［21］ LIN Y X， JIANG H Y， CHU Z X， et al. Genome-wide identification， classification and analysis of heat shock transcription factor family in maize［J］. BMC Genomics， 2011， 12（1）： 76

［22］ SCHARF K D， BERBERICH T， EBERSBERGER I， et al. The plant heat stress transcription factor （Hsf） family： structure， function and evolution［J］. Biochimica et Biophysica Acta （BBA）-Gene Regulatory Mechanisms， 2012， 1819（2）： 104-119

［23］ MA J， ZHANG G， YE Y， et al. Genome-wide identification and expression analysis of HSF transcription factors in Alfalfa （Medicago sativa） under abiotic stress［J］. Plants， 2022， 11（20）： 2763

［24］ 沈驍飛，范莉莉，吳劍，等. 番木瓜HSF基因家族鑒定及其在低溫和高溫脅迫下的表達(dá)分析［J/OL］.http：//kns.cnki.net/kcms/detail/46.1068.S.20240201.1542.007.html，2024-02-02/2024-09-10

［25］ LORETI E， POGGI A， NOVI G， et al. A genome-wide analysis of the effects of sucrose on gene expression in Arabidopsis seedlings under anoxia［J］. Plant Physiology， 2005， 137（3）： 1130-1138

［26］ ELLIS M H， DENNIS E S， JAMES PEACOCK W. Arabidopsis roots and shoots have different mechanisms for hypoxic stress tolerance［J］. Plant Physiology， 1999， 119（1）： 57-64

［27］ BANTI V， LORETI E， NOVI G， et al. Heat acclimation and cross‐tolerance against anoxia in Arabidopsis［J］. Plant， Cell amp; Environment， 2008， 31（7）： 1029-1037

［28］ 劉春曉，黃小慶，劉自廣，等. 十字花科植物種子低分子RNA提取方法比較［J］. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)，2019，38（3）： 1236-1241

［29］ THIEL T， MICHALEK W， VARSHNEY R， et al. Exploiting EST databases for the development and characterization of gene-derived SSR-markers in barley （Hordeum vulgare L.）［J］. Theoretical and Applied Genetics， 2003， 106（3）： 411-422

［30］ ASHBURNER M，BALL C A，BLAKE J A，et al. Gene ontology：tool for the unification of biology： the gene ontology consortium［J］. Nature Genetics，2000，25（1）：25-29

［31］ TATUSOV R L， FEDOROVA N D， JACKSON J D， et al. The COG database： an updated version includes eukaryotes［J］. BMC Bioinformatics， 2003， 4： 1-14

［32］ BATEMAN A， COIN L， DURBIN R， et al. The Pfam protein families database［J］. Nucleic Acids Research， 2004， 32（1）： 138-141

［33］ 毛軒睿，蘇旭，劉玉萍，等. 沙鞭全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及生物信息學(xué)分析［J］. 草地學(xué)報(bào)，2023，31（6）：1673-1681

［34］ 牟丹，趙啟軍，劉玉英，等. 高加索三葉草全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及Dof轉(zhuǎn)錄因子家族分析［J］. 草地學(xué)報(bào)，2023，31（11）： 3343

［35］ 韓霜，徐浩，余靜雅，等. 藏茵陳基源植物皺邊喉毛花的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組信息分析［J］. 廣西植物，2023，43（7）： 1335-1346

［36］ BAIROCH A， APWEILER R. The SWISS-PROT protein sequence data bank and its supplement TrEMBL［J］. Nucleic Acids Research， 1997，25（1）： 31-36

［37］ FICHOT E B，NORMAN R S. Microbial phylogenetic profiling with the Pacific Biosciences sequencing platform［J］. Microbiome，2013，1（1）：10

［38］ OKONIEWSKI M J，MEIENBERG J，PATRIGNANI A，et al. Precise breakpoint localization of large genomic deletions using PacBio and Illumina next-generation sequencers［J］. BioTechniques，2013，54（2）：98-100

［39］ 李玉梅，李書嫻，李向上，等. 第三代測(cè)序技術(shù)在轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中的應(yīng)用［J］. 生命科學(xué)儀器，2018，16（S1）：114-121，113

［40］ METZKER M L. Sequencing technologies—the next generation［J］. Nature Reviews Genetics， 2010， 11（1）： 31-46

［41］ MCCARTHY A. Third generation DNA sequencing： pacific biosciences' single molecule real time technology［J］. Chemistry amp; Biology， 2010， 17（7）： 675-676

［42］ JAUHAL A A， NEWCOMB R D. Assessing genome assembly quality prior to downstream analysis： N50 versus BUSCO［J］. Molecular Ecology Resources， 2021， 21（5）： 1416-1421

［43］ 馬玉金. 七個(gè)禾本科牧草轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq）及轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析與基因發(fā)掘［D］. 昆明：昆明理工大學(xué)，2016：8-12

［44］ 徐金青，夏騰飛，王蕾，等. 青稞轉(zhuǎn)錄組SSR位點(diǎn)及其基因功能分析［J］. 麥類作物學(xué)報(bào)，2017，37（2）： 175-184

［45］ 朱永群，彭丹丹，林超文，等. 蘇丹草轉(zhuǎn)錄組SSR分子標(biāo)記開發(fā)及遺傳多樣性評(píng)價(jià)［J］. 草業(yè)學(xué)報(bào)，2018，27（5）： 178-189

［46］ 王恒波，祁舒婷，陳姝琦，等. 甘蔗栽培種單倍體基因SSR位點(diǎn)的發(fā)掘與應(yīng)用［J］. 作物學(xué)報(bào)，2020，46（4）： 631-642

［47］ WU Q C，ZANG F Q，XIE X M，et al. Full-length transcriptome sequencing analysis and development of EST-SSR markers for the endangered species Populus wulianensis［J］. Scientific Reports，2020，10（1）：16249

［48］ 彭萱，張小梅，龍雨欣，等. 細(xì)菌轉(zhuǎn)錄因子研究方法及其應(yīng)用進(jìn)展［J］. 應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報(bào)，2024，30（3）：653-663

［49］ 李依雯，張先文. 參與非生物脅迫的水稻bZIP轉(zhuǎn)錄因子家族分析［J/OL］. https：//kns.cnki.net/kcms/detail/46.1068.S.20230629.1450.004.html，2023-06-30/2024-09-10

［50］ 崔德周，王麗麗，陳祥龍，等. 小麥ERF亞族轉(zhuǎn)錄因子參與逆境脅迫的研究進(jìn)展［J］. 山東農(nóng)業(yè)科學(xué)，2024，56（2）： 176-180

［51］ 趙悅，趙艷艷，李強(qiáng)鋒，等. 青海茄參MYB轉(zhuǎn)錄因子家族生物信息學(xué)及應(yīng)答低溫脅迫分析［J/OL］. https：//kns.cnki.net/kcms/detail/46.1068.s.20231205.1916.027.html，2023-12-06/2024-09-10

［52］ 趙娜紅，曹瑞蘭，蘇文娟，等. 油茶兩個(gè)響應(yīng)干旱NAC轉(zhuǎn)錄因子的克隆、亞細(xì)胞定位及自激活檢測(cè)［J/OL］. https：//kns.cnki.net/kcms/detail/45.1134.Q.20240201.0848.002.html，2024-02-02/2024-09-30

［53］ 楊宇蕾，張涵雪，王珊珊，等. 轉(zhuǎn)錄因子NAC62在工業(yè)大麻中的克隆、生信分析及其干旱脅迫響應(yīng)分析［J］. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào)，2024，32（1）： 107-114

［54］ 邵坤仲，呂昕培，李佳呂，等. 高等植物熱激轉(zhuǎn)錄因子生物學(xué)特性及其在非生物脅迫適應(yīng)中的作用［J］. 應(yīng)用生態(tài)學(xué)報(bào)，2022，33（8）： 2286-2296

［55］ 張楠，王映紅，王志敏，等. 植物熱激轉(zhuǎn)錄因子家族的研究進(jìn)展［J］. 生物工程學(xué)報(bào)，2021，37（4）： 1155-1167

［56］ 甄麗花，王婉蕓，馬飛燕，等. 線果芥Hsf基因家族鑒定與表達(dá)模式分析［J/OL］. http：//kns.cnki.net/kcms/detail/46.1068.S.20240520.1719.007.html，2024-05-21/2024-09-04

［57］ BANTI V， MAFESSONI F， LORETI E， et al. The heat-inducible transcription factor HsfA2 enhances anoxia tolerance in Arabidopsis［J］. Plant Physiology， 2010， 152（3）： 1471-1483

［58］ 陳霞連，楊華僑，黎佳欣，等. 美容杜鵑RcHsfB3基因的克隆及表達(dá)分析［J］. 四川大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版），2017，54（2）： 405-410

（責(zé)任編輯" 彭露茜）