中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)腫瘤標(biāo)志專業(yè)委員會(huì),上海市抗癌協(xié)會(huì)腫瘤標(biāo)志物專業(yè)委員會(huì)
BRCA基因包括BRCA1和BRCA2,可編碼DNA同源重組過程中的關(guān)鍵功能蛋白,是維持人體基因組穩(wěn)定性的核心基因[1]。目前已經(jīng)確認(rèn)BRCA基因存在大量致病性的胚系突變,并與多種腫瘤,特別是家族性乳腺癌和卵巢癌,以及胰腺癌、前列腺癌、黑色素瘤的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)存在密切關(guān)聯(lián)[2]。相較于在腫瘤患者中進(jìn)行BRCA基因突變檢測(cè)的“診斷性”作用;在人群中,尤其是已有腫瘤家族史的高危人群中,BRCA基因檢測(cè)可以發(fā)揮“預(yù)防性管理”作用,有助于降低此類特殊遺傳性疾病的死亡率和社會(huì)影響;從成本效益上看,將篩查擴(kuò)展到健康的家庭成員還可以節(jié)省與這些疾病相關(guān)的診療費(fèi)用。對(duì)于年輕且具有乳腺癌或卵巢癌家族史的個(gè)體進(jìn)行BRCA1和BRCA2基因突變的篩查以及早期預(yù)防、干預(yù)已被證明可有效降低相關(guān)腫瘤的發(fā)生及致死風(fēng)險(xiǎn)[3]。因此,對(duì)具有潛在腫瘤風(fēng)險(xiǎn)的人群進(jìn)行BRCA胚系突變篩查是預(yù)防和早期發(fā)現(xiàn)癌癥的重要措施。
近5年來,我國(guó)已先后針對(duì)腫瘤患者的BRCA基因檢測(cè)、數(shù)據(jù)解讀、個(gè)體化治療方案選擇形成了一系列的指南與共識(shí)[4-6],為檢測(cè)指征、檢測(cè)方式及檢測(cè)結(jié)果解讀提供了明確參考。然而在人群中進(jìn)行BRCA胚系突變篩查的工作尚處于起步階段[7]。近年來檢測(cè)成本的不斷下降、試劑盒的獲批入市,雖然大幅提高了BRCA胚系突變篩查的可及性,但也對(duì)相關(guān)檢測(cè)工作提出了更高的規(guī)范化及標(biāo)準(zhǔn)化要求。
本共識(shí)以中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)腫瘤標(biāo)志專業(yè)委員會(huì)和上海市抗癌協(xié)會(huì)腫瘤標(biāo)志物專業(yè)委員會(huì)為依托,邀請(qǐng)來自全國(guó)不同大學(xué)、醫(yī)院的專家共同參與制定,針對(duì)篩查人群、篩查時(shí)機(jī)、實(shí)驗(yàn)操作、結(jié)果解讀及遺傳咨詢的倫理等問題進(jìn)行了總結(jié)梳理。通過系統(tǒng)文獻(xiàn)檢索,基于循證醫(yī)學(xué)證據(jù),采用德爾菲問卷調(diào)查法,擬定了14條推薦意見及相關(guān)推薦說明,以期為人群中的BRCA突變檢測(cè)提供更加量化和精準(zhǔn)的指導(dǎo),從而提高實(shí)踐的規(guī)范化和標(biāo)準(zhǔn)化水平。
本共識(shí)已在國(guó)際實(shí)踐指南注冊(cè)與透明化平臺(tái)(Practice guideline REgistration for transPAREncy,PREPARE)上注冊(cè),注冊(cè)號(hào)為PREPARE-2023CN740。
依托中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)腫瘤標(biāo)志專業(yè)委員會(huì)和上海市抗癌協(xié)會(huì)腫瘤標(biāo)志物專業(yè)委員會(huì),由復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院的13名專家成立共識(shí)制定小組。共有45名來自上海市、廣東省、陜西省、北京市、河南省、江蘇省、山東省、四川省、天津市、浙江省、安徽省、福建省、湖南省、山西省、重慶市共15個(gè)不同省市的專家參與問卷咨詢與調(diào)研。共識(shí)制定小組及咨詢與調(diào)研專家組成員涵蓋檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)科、病理科、分子診斷中心、乳腺外科、腫瘤婦科、腫瘤內(nèi)科、健康管理中心、腫瘤基礎(chǔ)研究、圖書信息學(xué)、臨床流行病學(xué)及循證醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的多學(xué)科專家。
通過系統(tǒng)檢索國(guó)內(nèi)外BRCA突變檢測(cè)的人群篩查及臨床應(yīng)用領(lǐng)域已發(fā)表的指南、系統(tǒng)性綜述和相關(guān)研究,以及對(duì)參與遺傳性腫瘤人群篩查管理、臨床分子診斷及治療工作的公共衛(wèi)生、臨床檢驗(yàn)及臨床醫(yī)學(xué)專家的訪談,共識(shí)制定小組工作組初步擬定了針對(duì)篩查人群、篩查時(shí)機(jī)、實(shí)驗(yàn)操作、結(jié)果解讀、遺傳咨詢的倫理及檢測(cè)樣品數(shù)據(jù)保存共6大類關(guān)鍵問題框架,以在線問卷的形式對(duì)臨床問題的重要性進(jìn)行調(diào)研和評(píng)分。通過收集匯總2輪共32人次(第1輪12人次、第2輪20人次)專家函評(píng)反饋,最終遴選出本共識(shí)擬解決的14個(gè)臨床問題。
檢索的英文數(shù)據(jù)庫(kù)為PubMed和Embase,中文數(shù)據(jù)庫(kù)包括中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)、中國(guó)知網(wǎng)和萬方數(shù)據(jù)庫(kù),檢索時(shí)限起始于1990年1月,截至2023年8月,英文文獻(xiàn)檢索詞主要包括BRCA1/2、hereditary breast cancer、hereditary ovarian cancer、germline mutation、screening test、population screening、BRCAscreening、cancer risk assessment、cancer susceptibility、genome sequencing、variant classification、genetic counseling、quality assurance、practice guideline;中文文獻(xiàn)檢索詞主要包括乳腺癌易感基因、遺傳性腫瘤、基因檢測(cè)、腫瘤風(fēng)險(xiǎn)管理、二代測(cè)序、基因篩查、質(zhì)量保證、致病性解讀、突變報(bào)告。文獻(xiàn)納入標(biāo)準(zhǔn)為:報(bào)道BRCA基因胚系突變?cè)谀[瘤患者或人群中隨機(jī)對(duì)照試驗(yàn)、隊(duì)列研究、病例對(duì)照研究等,或涉及BRCA基因胚系突變檢測(cè)指導(dǎo)臨床或人群腫瘤風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、健康管理及個(gè)體化治療的指南、共識(shí)與綜述。文獻(xiàn)排除標(biāo)準(zhǔn)為:非英語(yǔ)或漢語(yǔ)發(fā)表、學(xué)位論文、無法獲取全文的文獻(xiàn)及重復(fù)文獻(xiàn)。通過篩選文獻(xiàn)及證據(jù)總結(jié),起草“推薦意見”。
本共識(shí)采用2011年版牛津循證醫(yī)學(xué)中心臨床證據(jù)等級(jí)(Oxford Centre for Evidence-Based Medicine Levels of Evidence,OCEBM)系統(tǒng)[8]進(jìn)行證據(jù)評(píng)價(jià),將收集到的證據(jù)分為1、2、3、4、5共5個(gè)級(jí)別(表1)。
表1 2011年版牛津循證醫(yī)學(xué)中心證據(jù)等級(jí)的證據(jù)級(jí)別
采用德爾菲問卷調(diào)查法就中國(guó)健康人群BRCA胚系突變篩查相關(guān)“推薦意見”進(jìn)行專家函詢,并征求是否同意的投票意見。專家可對(duì)每條“推薦意見”提出修改意見。每次調(diào)查結(jié)束后,根據(jù)專家的反饋意見對(duì)“推薦意見”進(jìn)行修改或增補(bǔ)。目前德爾菲問卷調(diào)查法并無統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)化的贊同水平,參考Hassett等[9]的共識(shí)形成方法,若同意率(即選擇“非常同意”或“同意”的專家人數(shù)比例)≥75%則認(rèn)為該條“推薦意見”達(dá)成共識(shí)。對(duì)于證據(jù)等級(jí)≤3級(jí),且專家同意率≥90%的推薦意見,其推薦強(qiáng)度為A(強(qiáng)推薦);對(duì)于證據(jù)等級(jí)≤3級(jí),且專家同意率達(dá)到75%至90%的推薦意見、以及證據(jù)等級(jí)>3級(jí),且專家同意率≥90%的推薦意見,其推薦強(qiáng)度為B(普通推薦);對(duì)證據(jù)等級(jí)>3級(jí),且專家同意率達(dá)到75%至90%的推薦意見,其推薦強(qiáng)度為C(謹(jǐn)慎推薦)。
本共識(shí)的目標(biāo)人群為計(jì)劃進(jìn)行BRCA胚系突變篩查的個(gè)體,使用人群為從事BRCA突變篩查的遺傳咨詢、臨床檢測(cè)及風(fēng)險(xiǎn)人群管理相關(guān)醫(yī)務(wù)工作者。
共識(shí)發(fā)布之后,團(tuán)隊(duì)將通過多種策略擴(kuò)大其影響力:① 在學(xué)術(shù)雜志上予以發(fā)布;② 在學(xué)術(shù)會(huì)議上進(jìn)行解讀;③ 利用公眾號(hào)等數(shù)字化平臺(tái)強(qiáng)化普及度;④ 在中國(guó)部分省、自治區(qū)、直轄市組織本共識(shí)推廣會(huì)議,確保相關(guān)醫(yī)療人員和被篩查對(duì)象對(duì)BRCA胚系突變篩查有準(zhǔn)確的認(rèn)知并能得到實(shí)際應(yīng)用。
共開展3次問卷調(diào)查,45名專家參與問卷及投票,收集了52條專家建議。匯總分析3次問卷數(shù)據(jù),基于審核專家的一致意見,共達(dá)成14條共識(shí),強(qiáng)推薦的為12條,推薦的為2條,最后經(jīng)審核并部分修改后定稿。
問題1:應(yīng)當(dāng)在什么場(chǎng)景下開展人群BRCA胚系突變篩查?
推薦意見1.1:篩查目標(biāo)人群
BRCA突變相關(guān)腫瘤的遺傳高風(fēng)險(xiǎn)人群建議進(jìn)行基因檢測(cè)。暫未確定為高風(fēng)險(xiǎn)人群的個(gè)體建議在自愿原則下完成基因檢測(cè)(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度B)。
推薦說明:
根據(jù)一項(xiàng)納入了63 828例腫瘤患者和37 086名對(duì)照者的大型病例對(duì)照研究[10]統(tǒng)計(jì),BRCA胚系突變攜帶者罹患乳腺癌、卵巢癌的風(fēng)險(xiǎn)相比于普通人群分別提高16.1倍(BRCA1) /10.9倍(BRCA2)、75.6倍(BRCA1)/11.3倍(BRCA2)。此外,突變攜帶者罹患胰腺癌、前列腺癌的風(fēng)險(xiǎn)也對(duì)應(yīng)升高12.6倍(BRCA1) /10.7倍(BRCA2)、1.1倍(BRCA1)/4.0倍(BRCA2)。另一項(xiàng)橫跨30年,囊括490個(gè)BRCA胚系有害突變家系的研究[11]顯示,BRCA2胚系突變也提高攜帶者發(fā)生黑色素瘤的風(fēng)險(xiǎn)(RR=99.4,95% CI:11.1~359.8)。多項(xiàng)基于中國(guó)人群的研究也表明BRCA胚系突變大幅提高上述腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)。目前已有美國(guó)國(guó)家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)(National Comprehensive Cancer Network,NCCN)乳腺癌、卵巢癌和(或)胰腺癌遺傳評(píng)估指南2023年V1版[12]、歐洲醫(yī)學(xué)腫瘤學(xué)會(huì)(European Society for Medical Oncology,ESMO)遺傳性乳腺-卵巢癌綜合征癌癥風(fēng)險(xiǎn)降低和篩查指南2023年版[13]、美國(guó)預(yù)防服務(wù)工作組(United States Preventive Services Task Force,USPSTF)BRCA相關(guān)癌癥的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、遺傳咨詢和遺傳測(cè)試指南2019年版[14]以及國(guó)內(nèi)的《基于下一代測(cè)序技術(shù)的BRCA1/2基因檢測(cè)指南(2019版)》[6]均推薦對(duì)于具有BRCA胚系突變攜帶風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體進(jìn)行突變檢測(cè)。因此,具有上述腫瘤家族史或血緣近親攜帶有BRCA胚系突變的人群屬于遺傳高危人群,建議從腫瘤家族史角度出發(fā),以量表方法進(jìn)行遺傳風(fēng)險(xiǎn)的評(píng)估[14-17],國(guó)際上常用的遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素及風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估閾值詳見附錄1~5。
BRCA胚系突變?cè)谖覈?guó)總體人群中的發(fā)生率為0.29%~1.10%,高于其他東亞國(guó)家[18]。由于不同性別突變攜帶者的腫瘤發(fā)生外顯率差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義[19];且我國(guó)目前以小家系為主,突變攜帶者往往不能接受相應(yīng)的遺傳咨詢或?qū)ε呦低蛔冴?yáng)性的意義與醫(yī)學(xué)風(fēng)險(xiǎn)理解不充分,他們常不會(huì)告知家屬自身的突變攜帶情況,這限制了家族史的參考意義。前期在歐美人群中進(jìn)行的研究[20-21]表明,基于人群的普查相較于單純基于家族史的BRCA胚系突變篩查策略可以多發(fā)現(xiàn)近1倍數(shù)量的致病性或疑似致病性突變。對(duì)應(yīng)的篩查決策分析也發(fā)現(xiàn),相比于單純基于臨床標(biāo)準(zhǔn)及腫瘤家族史的篩查策略,對(duì)人群進(jìn)行BRCA胚系突變篩查可以獲得更好的社會(huì)成本效益比并延長(zhǎng)預(yù)期壽命[22]。經(jīng)篩查檢測(cè)的致病性突變攜帶者也已證明在后續(xù)的體檢、治療中表現(xiàn)出了更高的依從性,且焦慮及抑郁評(píng)分較有家族史咨詢者下降更明顯[23-25]。因此建議無家族史或未明確家族史的人群以自愿為原則,鼓勵(lì)其進(jìn)行基因突變的篩查。
BRCA胚系突變篩查可以從已知相關(guān)癌癥罹患者(包括男性)開始,以盡可能優(yōu)先檢測(cè)到家族中具有較大臨床意義的突變,隨后再進(jìn)一步對(duì)未罹患相關(guān)癌癥的親屬進(jìn)行檢測(cè)[14]。
相關(guān)循證醫(yī)學(xué)證據(jù)歸納見附錄6。
推薦意見1.2:推薦篩查的時(shí)機(jī)
BRCA基因篩查推薦在18歲以后進(jìn)行,可綜合考慮家族史、個(gè)人偏好、倫理因素以及是否進(jìn)行生殖干預(yù)來決定篩查時(shí)間(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
針對(duì)篩查時(shí)機(jī),國(guó)外指南推薦接受篩查一般不早于18歲。NCCN指南[12]建議具有遺傳風(fēng)險(xiǎn)的人群18~25歲開始接受BRCA胚系突變檢測(cè)。ESMO指南[13]則建議BRCA胚系突變檢測(cè)的確定應(yīng)基于法定成年(在大多數(shù)國(guó)家為18歲)或可接受醫(yī)療干預(yù)的年齡(大約25歲左右)確定,也可以綜合家族史、個(gè)人意愿以及是否考慮進(jìn)行胚胎植入前遺傳學(xué)檢測(cè)決定篩查時(shí)機(jī)。目前,國(guó)內(nèi)關(guān)于BRCA胚系突變的篩查年齡尚無明確的定論。由于中國(guó)法定成年年齡為18歲,考慮到未成年人中罹患BRCA突變相關(guān)腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)較低,基因檢測(cè)結(jié)果可能給未成年人帶來較大的心理壓力,因此,建議在18歲以后及早進(jìn)行BRCA胚系突變篩查并跟進(jìn)后續(xù)針對(duì)性預(yù)防措施。
問題2:推薦以什么樣的工作流程進(jìn)行人群BRCA篩查?
推薦意見2:篩查的工作流程應(yīng)包括檢測(cè)前咨詢、基因檢測(cè)及檢測(cè)后咨詢?;驒z測(cè)應(yīng)基于檢測(cè)前咨詢結(jié)果展開(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
根據(jù)《遺傳病二代測(cè)序臨床檢測(cè)全流程規(guī)范化共識(shí)探討(1):遺傳檢測(cè)前流程》[26],檢測(cè)前遺傳咨詢可通過充分全面地采集臨床信息,幫助臨床醫(yī)師和受檢者明確檢測(cè)的必要性,協(xié)助確認(rèn)個(gè)體化的檢測(cè)方式,降低醫(yī)療成本,提高診療功效;同時(shí),檢測(cè)前咨詢有助于受檢者充分了解相關(guān)基因檢測(cè)的意義以及檢測(cè)后可能帶來的益處,為檢測(cè)后咨詢奠定基礎(chǔ)。在人群BRCA胚系突變篩查前進(jìn)行檢測(cè)前遺傳咨詢的工作應(yīng)包括詳細(xì)的健康信息收集、篩查前遺傳咨詢、檢測(cè)項(xiàng)目介紹及知情同意書簽署(詳見2.2.3)。
在中國(guó)人群中,前期有包括21 216例乳腺癌[27]、1 131例卵巢癌[28]、1 080例胰腺癌[29]患者及11 386名[9]和6 434名[27]正常人群的多中心BRCA突變篩查數(shù)據(jù)顯示,中國(guó)人群中的BRCA胚系突變譜并未顯示出創(chuàng)始者突變富集現(xiàn)象,因此應(yīng)當(dāng)使用具有更高覆蓋通量的基因測(cè)序技術(shù)進(jìn)行BRCA胚系突變的檢測(cè)。由于二代測(cè)序(nextgeneration sequencing,NGS)技術(shù)相比于Sanger測(cè)序能夠以一次檢測(cè)反映覆蓋BRCA基因外顯子及其與內(nèi)含子的交界區(qū),并具有標(biāo)準(zhǔn)化檢測(cè)系統(tǒng)、可控的質(zhì)量控制體系,從理論層面有效降低了突變檢出假陰性的可能,因此推薦使用NGS作為BRCA胚系突變檢測(cè)的首選方案。但對(duì)于已明確家族史及遺傳變異位點(diǎn)的咨詢者,也可使用Sanger測(cè)序進(jìn)行確認(rèn)性檢測(cè),但需告知受檢者此次檢測(cè)并未對(duì)BRCA基因所有潛在突變進(jìn)行篩查。此外,對(duì)于NGS結(jié)果提示存在拷貝數(shù)變異,或家族史明確但未檢測(cè)到(疑似)致病性突變的個(gè)體,建議使用多重鏈接探針擴(kuò)增(multiplex ligation probe amplification,MLPA)技術(shù)確認(rèn)大片段重排(large genomic rearrangement,LGR)情況[30]。此外,如為了明確家族遺傳背景,也可使用已去世患者的組織樣品進(jìn)行家族遺傳信息的驗(yàn)證。
在檢測(cè)完成后,為了確保檢測(cè)結(jié)果的實(shí)際醫(yī)學(xué)意義被充分傳達(dá)至受檢者,應(yīng)再次進(jìn)行遺傳咨詢。在此過程中,檢測(cè)的結(jié)果應(yīng)當(dāng)被如實(shí)、詳細(xì)地解釋,包括結(jié)果注釋中的多重證據(jù)、建議采用的預(yù)防方案等。
問題3:如何進(jìn)行檢測(cè)前的遺傳咨詢?
推薦意見3:BRCA胚系突變檢測(cè)前需進(jìn)行遺傳咨詢,在充分尊重受檢者及其家屬隱私的情況下進(jìn)行個(gè)人及家族史收集及家系圖繪制,個(gè)體遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估,溝通檢測(cè)目的與方法、可能的檢測(cè)結(jié)果,并簽署知情同意書(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
根據(jù)基因檢測(cè)倫理學(xué)要求,篩查前遺傳咨詢應(yīng)遵循自主原則、知情同意原則、無傾向性原則、尊重和保護(hù)隱私原則以及公平原則[31]。由于基因檢測(cè)結(jié)果的分析和解讀十分依賴于檢測(cè)前遺傳咨詢中獲取的受檢者本人及家族史信息,因此建議檢測(cè)前遺傳咨詢的主要內(nèi)容包括:了解受檢者個(gè)人及家系BRCA胚系突變相關(guān)疾病的病史。
同時(shí)由于基因檢測(cè)的特殊性,且存在檢測(cè)局限性,因此在檢測(cè)前遺傳咨詢過程中,還需與受檢者討論潛在的檢測(cè)目的;介紹BRCA胚系突變檢測(cè)項(xiàng)目的檢測(cè)內(nèi)容、范圍、意義(如預(yù)防指導(dǎo)、生育指導(dǎo)、治療指導(dǎo)及家系健康管理等)、方法、周期及局限性[26,32];同時(shí)應(yīng)告知受檢者可能的檢測(cè)結(jié)果及其臨床意義,并需告知依據(jù)其檢測(cè)結(jié)果家系成員后續(xù)可能也需要接受相應(yīng)的檢測(cè)和驗(yàn)證。如所在單位BRCA胚系突變篩查涉及到多種檢測(cè)技術(shù),篩查前遺傳咨詢中應(yīng)告知受檢者各檢測(cè)技術(shù)的優(yōu)劣勢(shì)及局限性,讓受檢者根據(jù)需要作出選擇。基于基因檢測(cè)的自主和知情同意原則,若受檢者在充分了解上述內(nèi)容后仍選擇接受檢測(cè),則需簽署知情同意書,再進(jìn)行BRCA胚系突變篩查檢測(cè)。咨詢過程中應(yīng)充分尊重受檢者及其家屬的隱私,對(duì)受檢者陳述的信息均應(yīng)保密,未經(jīng)其同意不得外泄[31]。咨詢室應(yīng)當(dāng)確保私密性,咨詢期間應(yīng)不受外界打擾。如果需要其他專業(yè)人員一同參與咨詢,應(yīng)事先征得受檢者及其家屬的同意。
問題4:在人群中進(jìn)行BRCA胚系突變篩查應(yīng)該使用何種分子生物學(xué)技術(shù)并進(jìn)行質(zhì)量控制?
推薦意見4.1:BRCA胚系突變檢測(cè)的常用技術(shù)
對(duì)尚未明確家系基因型的人群優(yōu)先使用NGS進(jìn)行篩查,如發(fā)現(xiàn)潛在LGR變異,使用MLPA確認(rèn)。對(duì)已明確家系基因型的人群仍建議使用NGS進(jìn)行檢測(cè)以盡可能多地獲取BRCA基因突變及拷貝數(shù)變異信息,也可使用Sanger測(cè)序確證變異攜帶情況。對(duì)具有明顯家族史且NGS篩查結(jié)果陰性的人群使用MLPA排查BRCA LGR變異,并可進(jìn)行其他易感基因篩查(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
NGS是目前最常用的BRCA突變檢測(cè)技術(shù),已有可用的商業(yè)化試劑盒。通過設(shè)計(jì)合適的文庫(kù)制備方式,NGS技術(shù)可在一次反應(yīng)中實(shí)現(xiàn)對(duì)BRCA基因上所有外顯子區(qū)域及保守的內(nèi)含子區(qū)域的準(zhǔn)確測(cè)序,從而最大限度地獲知患者BRCA基因的單個(gè)核苷酸突變情況及小片段插入/刪失變異[6]。前期有多項(xiàng)研究[30,33]顯示,NGS具有較高的靈敏度、特異度和成本效益。BRCA基因突變檢測(cè)中檢出的變異類型包括單個(gè)核苷酸變異(single nucleotide variation,SNV)、小片段插入(insertion,Ins)或刪除(deletion,Del)及LGR。目前BRCA基因尚未發(fā)現(xiàn)胚系突變集中發(fā)生的熱點(diǎn)區(qū)域,致病性的SNV、Ins及Del廣泛分布在兩個(gè)基因的編碼序列和保守的內(nèi)含子序列中。雖然在猶太人群中曾鑒定出發(fā)生頻率較高的創(chuàng)始者突變,但在中國(guó)人群中創(chuàng)始者突變相關(guān)的報(bào)道仍較少。所以對(duì)未明確家系基因型的人群優(yōu)先使用NGS進(jìn)行篩查,以保證BRCA的序列變異得到充分的篩查。
但NGS在BRCA突變檢測(cè)中同樣存在一定局限:如NGS對(duì)LGR的檢測(cè)靈敏度和準(zhǔn)確度仍然較低,需要MLPA進(jìn)一步驗(yàn)證,所以發(fā)現(xiàn)潛在LGR變異時(shí),需使用MLPA進(jìn)行驗(yàn)證[30]。Sanger測(cè)序在BRCA突變檢測(cè)中一般用于陽(yáng)性致病突變的確認(rèn)復(fù)核。該方法操作簡(jiǎn)單,設(shè)備成熟,可提供高準(zhǔn)確性的結(jié)果,錯(cuò)誤率一般低于0.1%。但因?yàn)槠浔旧頊y(cè)序成本高,通量低,一般只應(yīng)用于少量靶點(diǎn)的測(cè)序,適用于已知變異位點(diǎn)的測(cè)序確認(rèn)。
研究[22]發(fā)現(xiàn),相比基于家族史的BRCA胚系突變篩查,聯(lián)合篩查BRCA、RAD51C、RAD51D、BRIP1、PALB2胚系突變可以在人群中發(fā)現(xiàn)近1倍數(shù)量的家族性乳腺癌及卵巢癌患者。因此,對(duì)具有明顯家族史且NGS篩查結(jié)果顯示BRCA胚系突變?yōu)殛幮缘娜巳嚎蛇M(jìn)行其他易感基因篩查。
推薦意見4.2:建議的檢測(cè)質(zhì)量控制和質(zhì)量保證措施
基因檢測(cè)全過程應(yīng)當(dāng)采取嚴(yán)格的質(zhì)量保證措施。遵循“人、機(jī)、料、法、環(huán)”原則,設(shè)置基因檢測(cè)程序和質(zhì)量控制體系,確保檢測(cè)結(jié)果有效、準(zhǔn)確、可靠(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
規(guī)范的質(zhì)量保證措施是保障BRCA胚系突變檢測(cè)可靠性、準(zhǔn)確性、有效性的重要手段。檢測(cè)質(zhì)量控制應(yīng)貫穿于檢測(cè)的全過程。根據(jù)現(xiàn)行檢驗(yàn)操作規(guī)程[34]、BRCA1/2基因NGS檢測(cè)指南[6]及2023年10月開始實(shí)施的《BRCA基因突變檢測(cè)試劑盒及數(shù)據(jù)庫(kù)通用技術(shù)要求:YY/T 1865-2002》[35],使用NGS進(jìn)行基因檢測(cè)時(shí)應(yīng)從以下幾個(gè)方面進(jìn)行質(zhì)量控制。
質(zhì)量控制程序應(yīng)覆蓋樣本采集、運(yùn)輸、保存過程。對(duì)于NGS檢測(cè),推薦使采集2 mL全血,保存于EDTA抗凝管中,常溫(15~35 ℃)運(yùn)輸。對(duì)于驗(yàn)證性的Sanger測(cè)序檢測(cè),除使用全血樣本外,也可使用唾液或口腔黏膜刮片,使用專用核酸保存管進(jìn)行采樣及運(yùn)輸。如無法即時(shí)抽提DNA,應(yīng)在4 ℃冰箱保存,保存時(shí)間不超過1周[34]。
建議根據(jù)實(shí)驗(yàn)開展的需要和條件合理選擇DNA提取方法及試劑,并使用染料法或紫外分光光度法準(zhǔn)確計(jì)量所得DNA濃度和純度。目前常用的文庫(kù)構(gòu)建方式包括擴(kuò)增子及雜交捕獲兩種技術(shù)路線。所構(gòu)建文庫(kù)的檢測(cè)目標(biāo)區(qū)域需至少包括編碼序列±15 bp。完成建庫(kù)后,應(yīng)確認(rèn)并記錄文庫(kù)DNA濃度及片段大小。文庫(kù)片段大小可使用毛細(xì)管電泳法進(jìn)行評(píng)估[6]。
上機(jī)測(cè)序完成后需要先對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制,再進(jìn)行后續(xù)的生物信息學(xué)分析。Q30或Q20值應(yīng)當(dāng)>75%,原始數(shù)據(jù)GC含量應(yīng)在45%~60%。基于擴(kuò)增的最低測(cè)序深度應(yīng)>200×,基于捕獲(去冗余后)的最低測(cè)序深度應(yīng)>100×,目標(biāo)區(qū)域的平均測(cè)序深度應(yīng)高于150×。在變異識(shí)別中,所檢測(cè)出BRCA1或BRCA2基因的胚系突變理論突變頻率分別為50%或100%。測(cè)序深度超過(0.2×平均測(cè)序深度)的位點(diǎn)應(yīng)該占所有目標(biāo)檢測(cè)位點(diǎn)90%以上,目標(biāo)區(qū)域的50×覆蓋率應(yīng)>99%。此外,靶區(qū)域的測(cè)序深度均一性應(yīng)不低于90%,靶區(qū)域檢測(cè)的覆蓋率應(yīng)達(dá)100%??墒褂肐GV等軟件可視化位點(diǎn)情況,進(jìn)一步確認(rèn)突變序列。變異解讀應(yīng)包含對(duì)變異檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行分類的證據(jù)。
除日常實(shí)驗(yàn)的質(zhì)量控制外,為進(jìn)一步保證檢測(cè)的準(zhǔn)確有效,應(yīng)在臨床應(yīng)用前對(duì)整個(gè)實(shí)驗(yàn)流程進(jìn)行驗(yàn)證,評(píng)估NGS與其他方法檢測(cè)結(jié)果的一致性。原則上流程中涉及的所有步驟均應(yīng)使用符合國(guó)家藥品監(jiān)督管理局批準(zhǔn)上市的試劑耗材及儀器。BRCA基因檢測(cè)的實(shí)驗(yàn)室必須通過相關(guān)機(jī)構(gòu)認(rèn)證,有規(guī)范的實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化操作流程,建立嚴(yán)格的質(zhì)量控制體系,定期參加國(guó)際和國(guó)內(nèi)室間質(zhì)評(píng)項(xiàng)目。涉及檢測(cè)的技術(shù)人員必須經(jīng)過質(zhì)量管理體系、操作規(guī)程、污染防控等技能的培訓(xùn),并嚴(yán)格按照標(biāo)準(zhǔn)化操作流程操作。生物信息學(xué)分析及變異解讀人員應(yīng)具有生物信息學(xué)、遺傳學(xué)或醫(yī)學(xué)專業(yè)背景,并接受基因檢測(cè)相關(guān)培訓(xùn)。變異解讀人員應(yīng)具有遺傳咨詢師資質(zhì)或經(jīng)相關(guān)遺傳咨詢培訓(xùn)合格。
問題5:如何對(duì)檢測(cè)到的突變進(jìn)行規(guī)范化命名、解讀與報(bào)告?
推薦意見5.1:BRCA胚系突變的規(guī)范化命名與變異分類
推薦使用人類基因組變異協(xié)會(huì)(Human Genome Variation Society,HGVS)命名法作為檢出BRCA突變的命名原則,規(guī)范基因變異的命名。BRCA胚系變異按照風(fēng)險(xiǎn)程度由低到高可分為良性(benign,1類)、疑似良性(likely benign,2類)、意義未明(uncertain significance,3類)、疑似致病性(likely pathogenic,4類)及致病性(pathogenic,5類),受檢者的總體BRCA變異狀態(tài)應(yīng)為其所有BRCA1/2 基因變異中風(fēng)險(xiǎn)程度最高的類別(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
為保證檢測(cè)結(jié)果的可讀性與可比性,應(yīng)當(dāng)對(duì)所測(cè)得的突變及性能規(guī)范化命名。同時(shí)必需標(biāo)明參考序列,確?;蜃儺愖⑨尩臏?zhǔn)確無誤。目前國(guó)際上通用的變異命名方法為HGVS系統(tǒng),可使用美國(guó)生物技術(shù)信息中心參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/)中的BRCA1/2基因最常用轉(zhuǎn)錄本序列作為參考序列,并可使用命名工具(http://mutalyzer.nl/)對(duì)基因變異的HGVS命名進(jìn)行校驗(yàn)。
綜合美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)和胚系突變等位基因解讀實(shí)證聯(lián)盟(Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Allele,ENIGMA)的分類系統(tǒng),1~5類BRCA胚系突變的致病可能依次為<0.001、0.001~0.049、0.050~0.949、0.950~0.990、>0.990??截悢?shù)變異的確認(rèn)方案建議參考ACMG指南及國(guó)立衛(wèi)生研究院(National Institute of Health,NIH)資助的臨床基因組資源中心(ClinGen)聯(lián)合發(fā)布的《原發(fā)性拷貝數(shù)變異解讀與報(bào)告技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)(2019版)》與更新[36]。
推薦意見5.2:變異的致病性分類
推薦依照ACMG和美國(guó)分子病理學(xué)會(huì)(Association for Molecular Pathology,AMP)序列變異解讀標(biāo)準(zhǔn)和指南,進(jìn)行BRCA胚系變異的致病性分類。對(duì)于其中人群數(shù)據(jù)庫(kù)的應(yīng)用,除外常用的基因組聚合數(shù)據(jù)庫(kù)(Genome Aggregation Database,gnomAD)、外顯子組整合數(shù)據(jù)庫(kù)(Exome Aggregation Consortium,ExAC)、外顯子組測(cè)序項(xiàng)目(Exome Sequencing Project,ESP)或千人基因組計(jì)劃(1000 Genome Project)外,還應(yīng)納入“華表”數(shù)據(jù)庫(kù)(“HUABIAO” Whole-Exome Public Database)等本地?cái)?shù)據(jù)(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
目前,BRCA胚系變異致病性分類最權(quán)威的指南或標(biāo)準(zhǔn)包括:ACMG和AMP序列變異解讀標(biāo)準(zhǔn)和指南(2015版)[37]、歐洲分子基因診斷質(zhì)量聯(lián)盟(European Molecular Genetics Quality Network,EMQN)遺傳性乳腺癌/卵巢癌分子遺傳分析最佳實(shí)踐指南(2008年版)[38]和ENIGMABRCA1/2基因變異分類標(biāo)準(zhǔn)(2.5.1版)[39]。綜合以上指南規(guī)則,結(jié)合本地人群數(shù)據(jù)庫(kù)及《BRCA1/2數(shù)據(jù)解讀中國(guó)專家共識(shí)(2021年版)》[5]給出變異分類方案的推薦。同一變異依據(jù)不同指南版本或判斷標(biāo)準(zhǔn)所得的致病性分類結(jié)果可能略有差異,因此建議在變異分類時(shí)具體指明所依據(jù)的指南或標(biāo)準(zhǔn)名稱。
推薦意見5.3:突變的報(bào)告規(guī)范
報(bào)告內(nèi)容應(yīng)至少包括以下部分:受檢人信息、樣本信息、檢測(cè)結(jié)果、參考范圍、基因變異分類的詳細(xì)解釋、檢測(cè)方法和覆蓋區(qū)域、檢測(cè)方法的局限性、發(fā)布報(bào)告的實(shí)驗(yàn)室標(biāo)識(shí)與聯(lián)系信息、檢測(cè)人及審核者簽名(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
一份完整的BRCA1/2基因檢測(cè)報(bào)告應(yīng)當(dāng)包含必要的結(jié)果解釋和注釋信息,便于受檢者與臨床醫(yī)師的理解。根據(jù)《BRCA1/2數(shù)據(jù)解讀中國(guó)專家共識(shí)(2021版)》[5]、《臨床基因檢測(cè)報(bào)告規(guī)范與基因檢測(cè)行業(yè)共識(shí)探討》[40]等專家共識(shí)與相關(guān)文件,結(jié)合專家組意見進(jìn)行修訂,對(duì)人群BRCA1/2胚系突變報(bào)告提出以下規(guī)范要求:受檢人信息應(yīng)當(dāng)包括姓名、性別、年齡、唯一標(biāo)識(shí)號(hào)及腫瘤家族史情況。樣本信息部分應(yīng)包括采樣日期、接收日期、報(bào)告時(shí)間、樣本類型及樣本狀態(tài)。檢測(cè)結(jié)果部分應(yīng)列出所發(fā)現(xiàn)的所有4/5類基因變異的名稱、位點(diǎn)、頻率、總體BRCA突變狀態(tài)及參考范圍。建議列出所發(fā)現(xiàn)的3類基因變異,以便進(jìn)行變異致病性重分析?;蜃儺惙诸惖脑敿?xì)解釋部分應(yīng)提供基因變異分類證據(jù)的簡(jiǎn)要說明,并指明所依據(jù)的變異分類指南或標(biāo)準(zhǔn)名稱。檢測(cè)方法和覆蓋區(qū)域部分應(yīng)明確描述使用的BRCA檢測(cè)方法以及該方法覆蓋的指定序列區(qū)域。應(yīng)定期評(píng)審并更新分子變異的臨床意義,確保其準(zhǔn)確性。檢測(cè)方法的局限性應(yīng)對(duì)所使用檢測(cè)方法的技術(shù)局限進(jìn)行說明。簽名和聯(lián)系信息部分應(yīng)列出實(shí)驗(yàn)操作、數(shù)據(jù)分析與報(bào)告撰寫、報(bào)告復(fù)核的人員姓名及便于進(jìn)一步問詢的聯(lián)系信息。數(shù)據(jù)分析與報(bào)告撰寫人員應(yīng)具有臨床醫(yī)學(xué)、分子生物學(xué)或遺傳學(xué)背景并通過生物信息學(xué)培訓(xùn)考核。最終報(bào)告的復(fù)核應(yīng)由授權(quán)簽字人(高級(jí)職稱人員或醫(yī)學(xué)博士學(xué)位獲得者),或中級(jí)或碩士以上具有相關(guān)背景、經(jīng)培訓(xùn)考核合格的本單位執(zhí)業(yè)醫(yī)師審核。
問題6:如何解讀所檢測(cè)到BRCA胚系突變的臨床意義,并據(jù)此進(jìn)行檢測(cè)后遺傳咨詢?推薦意見6.1:BRCA胚系突變的臨床意義
BRCA胚系突變攜帶者罹患乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌等惡性腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)顯著高于普通人群。通過BRCA基因檢測(cè)可評(píng)估受檢者及直系親屬將來發(fā)生上述腫瘤的風(fēng)險(xiǎn),從而及早采取系統(tǒng)全面的預(yù)防干預(yù)策略,并為發(fā)病后的患者精準(zhǔn)治療提供分子生物學(xué)依據(jù)(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
現(xiàn)有證據(jù)[41-45]表明,BRCA胚系陽(yáng)性突變會(huì)增加多種腫瘤的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)。NCCN 2024年V1版 《遺傳性/家族性乳腺、卵巢、胰腺癌高危因素評(píng)估指南》指出,BRCA1突變陽(yáng)性的女性乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)>60.0%[41-42,46],約是普通人群的16.1(95% CI:7.1~36.7)倍[10],男性70歲前乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)為0.2%~1.2%[43,47];卵巢癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)達(dá)39.0%~58.0%[44],約是普通人群的75.6(95% CI:31.6~180.6)倍[10];胰腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)≤5%[43],約是普通人群的12.6(95%CI:3.7~42.8)倍[10];前列腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)為7%~26%[48],約是普通人群的1.1(95% CI:0.3~3.4)倍[10]。BRCA2陽(yáng)性的女性乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)>60%[41,46],約是普通人群的10.9(95%CI:7.0~17.1)倍[10],男性70歲前乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)為1.8%~7.1%[43,47,49],約是普通人群的67.9(95% CI:19.2~239.8)倍[10];卵巢癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)達(dá)13%~29%[44],約是普通人群的11.3(95% CI:5.6~23.0)倍[10];胰腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)為5%~10%[43],約是普通人群的10.7(95%CI:5.1~22.6)倍[10];前列腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)為19%~61%[48,50],約是普通人群的4.0(95%CI:2.5~6.5)倍[10];BRCA2突變陽(yáng)性也可能提高黑色素瘤的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)[11]。因此,BRCA胚系陽(yáng)性突變?nèi)巳航K生罹患乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌的風(fēng)險(xiǎn)顯著高于普通人群,通過檢測(cè)BRCA胚系突變可篩選罹患上述腫瘤的高風(fēng)險(xiǎn)人群。
BRCA胚系突變陽(yáng)性也是多腺苷二磷酸核糖聚合酶[poly (ADP-ribose)polymerase,PARP]抑制劑應(yīng)用的生物標(biāo)志物之一。目前已有olaparib[51-52]、rucaparib[53]、niraparib[54]、talazoparib[55]等多種PARP抑制劑獲批用于攜帶BRCA胚系突變的腫瘤患者的治療。因此,包括NCCN乳腺癌(2023年V4版)、卵巢癌(2023年V1版)、胰腺癌(2022年V2版)、前列腺癌(2023年V1版)臨床診療指南在內(nèi)的權(quán)威指南均推薦檢測(cè)BRCA胚系突變以協(xié)助臨床制訂個(gè)體化的抗腫瘤治療方案[56-59]。此外,由于BRCA胚系突變具有可遺傳性,針對(duì)BRCA檢出胚系陽(yáng)性突變的人群,可通過家系擴(kuò)大驗(yàn)證來幫助家系高危成員進(jìn)行相應(yīng)的預(yù)防指導(dǎo)、生育指導(dǎo)、治療指導(dǎo)及健康管理。
相關(guān)循證醫(yī)學(xué)證據(jù)歸納見附錄7。
推薦意見6.2:BRCA致病性/疑似致病性變異的檢測(cè)后遺傳咨詢
針對(duì)檢出BRCA基因致病或疑似致?。╬athogenic/likely pathogenic,P/LP)變異的人群,應(yīng)給予個(gè)體化的風(fēng)險(xiǎn)管理建議,包括BRCA相關(guān)腫瘤的定期篩查與監(jiān)測(cè),必要時(shí)可考慮藥物預(yù)防或手術(shù)預(yù)防。對(duì)于BRCA P/LP攜帶者的直系親屬,建議進(jìn)行遺傳咨詢及相應(yīng)變異位點(diǎn)的篩查,根據(jù)篩查結(jié)果進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)管理(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
綜合ACMG、ENIGMA及ClinGen的變異解讀規(guī)則,BRCA基因胚系突變篩查檢出陽(yáng)性結(jié)果,即檢出BRCAP/LP變異,該類人群罹患乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、黑色素瘤等腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)大幅升高。因此針對(duì)BRCA胚系突變陽(yáng)性人群的遺傳咨詢通常需要考慮整個(gè)家系。一般情況下,BRCA基因發(fā)生雜合P/LP變異即可使上述腫瘤發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)增加。根據(jù)孟德爾遺傳規(guī)律,若受檢者檢出雜合P/LP變異,通常其父母之一也是雜合攜帶者,因此父母的兄弟姐妹及受檢者本人的兄弟姐妹均有1/2的概率是雜合攜帶者,其每個(gè)子代也有1/2的概率遺傳該變異。因此在受檢者檢出P/LP變異的情況下,建議在親屬知情同意的情況下,對(duì)家系中的高危人群進(jìn)行該P(yáng)/LP變異的篩查,依據(jù)篩查結(jié)果,受檢者本人及家系高危成員應(yīng)進(jìn)行適當(dāng)?shù)呐R床隨訪和檢查。
以NCCN乳腺、卵巢和胰腺癌遺傳/家族高風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估指南[3]為主的腫瘤篩查及預(yù)防指南建議,針對(duì)BRCA胚系突變陽(yáng)性人群的臨床隨訪和檢查,需要考慮的問題有隨訪和篩查的時(shí)間、方式、頻率及各種方式的優(yōu)劣勢(shì)和必要性,具體建議見表2。
表2 BRCA胚系突變陽(yáng)性人群的常規(guī)篩查方式、實(shí)施頻率及預(yù)防措施
相關(guān)循證醫(yī)學(xué)證據(jù)歸納見附錄8。
推薦意見6.3:BRCA意義未明性變異的檢測(cè)后遺傳咨詢
在沒有進(jìn)一步的證據(jù)證明該變異的有害性之前,不應(yīng)根據(jù)BRCA基因意義未明變異(variants of uncertain significance,VUS)結(jié)果進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)管理。在條件允許的情況下,可以對(duì)受檢者家系必要成員進(jìn)行同位點(diǎn)驗(yàn)證,以增加該變異致病性分類的證據(jù)。當(dāng)VUS的評(píng)級(jí)出現(xiàn)變化后,應(yīng)及時(shí)告知臨床醫(yī)師或受檢者,并根據(jù)結(jié)果判斷是否需對(duì)其健康管理方案進(jìn)行調(diào)整(證據(jù)等級(jí)1級(jí),推薦強(qiáng)度A)。
推薦說明:
BRCA基因胚系突變篩查檢出VUS,表明該變異基于目前的研究水平和變異致病性評(píng)估可使用的證據(jù),不能評(píng)估到P/LP等級(jí),也不能評(píng)估到良性/疑似良性等級(jí)。這類變異一般沒有足夠證據(jù)支持會(huì)明顯引起受檢者罹患腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)增加,但也不能完全排除這些變異增加腫瘤患病風(fēng)險(xiǎn)的可能性,建議可以通過家系驗(yàn)證等進(jìn)一步明確其臨床意義,從而妥善進(jìn)行健康管理。在沒有進(jìn)一步的證據(jù)證明該變異的有害性之前,不應(yīng)指導(dǎo)臨床醫(yī)師進(jìn)行相應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)管理。隨著研究的深入或受檢者家系表型的增加,VUS可能會(huì)出現(xiàn)致病性等級(jí)上調(diào)或下調(diào)的情況[60-61],有這類結(jié)果更新信息時(shí)應(yīng)及時(shí)告知臨床醫(yī)師和受檢者。
針對(duì)BRCA基因胚系突變篩查檢出VUS的受檢者,其健康管理建議根據(jù)此類變異致病性的上調(diào)或下調(diào)情況來選擇。若致病性等級(jí)上調(diào)為P/LP,則根據(jù)陽(yáng)性結(jié)果的處理和建議進(jìn)行;若致病性等級(jí)下調(diào)或未予調(diào)整,則建議根據(jù)受檢者當(dāng)前的體檢情況進(jìn)行相應(yīng)隨訪和檢查。一旦受檢者本人或家系成員出現(xiàn)上述腫瘤早發(fā)的情況,應(yīng)及時(shí)反饋檢驗(yàn)部門,依據(jù)家系驗(yàn)證結(jié)果進(jìn)行變異致病性重分析,從而及時(shí)調(diào)整隨訪和檢查方案。
推薦意見6.4:BRCA良性/疑似良性變異的檢測(cè)后遺傳咨詢
針對(duì)BRCA胚系突變篩查陰性的受檢者,需解釋說明該檢測(cè)的局限性,未檢出可報(bào)告變異并不代表受檢者沒有發(fā)生腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)或完全排除存在其他腫瘤易感基因變異的情況,同時(shí)還需要說明基于種群變異相關(guān)信息所預(yù)測(cè)的殘余風(fēng)險(xiǎn)值(證據(jù)等級(jí)3級(jí),推薦強(qiáng)度B)。
推薦說明:
各單位BRCA胚系突變篩查項(xiàng)目的檢測(cè)范圍不盡相同,如在檢測(cè)范圍內(nèi)未檢出BRCA基因P/LP或VUS,則表明本次檢測(cè)為陰性結(jié)果。陰性結(jié)果不代表受檢者沒有上述腫瘤的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn),針對(duì)該類結(jié)果應(yīng)向受檢者進(jìn)行如下說明:
⑴ 腫瘤是一類因環(huán)境影響和多基因共同作用而引發(fā)的疾病,BRCA胚系突變篩查未檢出可報(bào)告變異不代表受檢者沒有腫瘤的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)。
⑵ 本檢測(cè)僅涵蓋BRCA1和BRCA2基因的受檢區(qū)域,且可分析的變異類型各單位也存在不同的局限性,因此陰性結(jié)果僅代表未檢出BRCA基因可檢測(cè)范圍內(nèi)的變異,不代表其他腫瘤易感基因也陰性。
⑶BRCA1和BRCA2基因變異的相關(guān)研究仍在不斷開展,隨著研究的深入或受檢者家系表型的增加,陰性結(jié)果可能會(huì)出現(xiàn)致病性等級(jí)上調(diào)的情況,一旦受檢者本人或家系成員出現(xiàn)上述腫瘤早發(fā)的情況,應(yīng)及時(shí)反饋檢驗(yàn)部門,依據(jù)家系驗(yàn)證結(jié)果進(jìn)行變異致病性重分析,從而及時(shí)調(diào)整隨訪和檢查方案[26]。
問題7:對(duì)檢測(cè)后所獲得的樣本和數(shù)據(jù)應(yīng)當(dāng)如何管理?
推薦意見7:基因信息已經(jīng)成為一種重要的戰(zhàn)略性國(guó)家資源。如需對(duì)人類遺傳資源信息向外國(guó)組織、個(gè)人及其設(shè)立或者實(shí)際控制的機(jī)構(gòu)提供或開放使用的,應(yīng)當(dāng)按照國(guó)家關(guān)于人類遺傳資源管理的相關(guān)法律法規(guī)執(zhí)行,向主管科學(xué)技術(shù)行政部門備案并提交信息備份 [62](推薦強(qiáng)度A)。
本共識(shí)圍繞中國(guó)人群BRCA胚系突變篩查的目標(biāo)人群、篩查時(shí)機(jī)、檢測(cè)前遺傳咨詢、檢測(cè)技術(shù)和質(zhì)量控制、突變的規(guī)范化解讀與報(bào)告、檢測(cè)后遺傳咨詢等多個(gè)方面開展了德爾菲問卷調(diào)查,參與的專家來自全國(guó)15個(gè)省、自治區(qū)、直轄市,所有專家均具有博士學(xué)位并任職于大型教學(xué)醫(yī)院或知名大學(xué),在遺傳性腫瘤的健康管理篩查、臨床診斷以及治療等領(lǐng)域具有一定的代表性和權(quán)威性。在納入調(diào)查的14條意見中,推薦強(qiáng)度為A的強(qiáng)推薦意見為12個(gè),推薦強(qiáng)度為B的普通推薦意見為2個(gè)(表3)。
強(qiáng)推薦的推薦意見中,包括中國(guó)人群中進(jìn)行BRCA基因胚系突變篩查的時(shí)機(jī)、相關(guān)檢測(cè)的工作流程、檢測(cè)常用技術(shù)及質(zhì)量控制,有1名專家提出MLPA技術(shù)臨床使用率較低,可將三代測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于LGR檢測(cè)。在變異致病性分類及報(bào)告的推薦意見條目中,有1名專家指出了國(guó)際癌癥研究機(jī)構(gòu)(International Agency for Research on Cancer,IARC)指南與ACMG指南在分類方案中的差異,綜合考慮國(guó)內(nèi)外對(duì)于變異致病性分類指南的接受度,本共識(shí)仍推薦使用ACMG指南進(jìn)行變異致病性分類。
普通推薦的推薦意見中,主要包括對(duì)中國(guó)人群進(jìn)行BRCA基因胚系突變篩查受眾的建議,該建議得到多數(shù)受訪專家同意的原因主要是基于相關(guān)循證醫(yī)學(xué)證據(jù)級(jí)別較高,但也有5名專家提出對(duì)中國(guó)人群進(jìn)行篩查的獲益性支持證據(jù)尚不充分的意見。此外,雖然97%的專家均同意對(duì)良性/疑似良性變異攜帶者進(jìn)行檢測(cè)后遺傳咨詢,但因循證醫(yī)學(xué)證據(jù)強(qiáng)度未達(dá)到OCEMB 3級(jí),因此作為普通推薦意見。
本專家共識(shí)局限之處主要在于對(duì)中國(guó)人群進(jìn)行胚系突變篩查的循證醫(yī)學(xué)證據(jù)尚不充分。本共識(shí)主要參考了歐美的風(fēng)險(xiǎn)人群篩查指南及系統(tǒng)綜述等[63-69]。在后續(xù)的工作中,專家組將開展系列性臨床試驗(yàn),進(jìn)一步明確在中國(guó)人群中進(jìn)行BRCA胚系突變篩查的參與者獲益程度及最佳實(shí)踐方案。
對(duì)于具有乳腺癌、卵巢癌等同源重組修復(fù)缺陷相關(guān)腫瘤風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體進(jìn)行BRCA突變檢測(cè)可有效地提高疾病早期診斷率及干預(yù)有效性,使突變攜帶者獲益。本專家共識(shí)通過明確適合進(jìn)行BRCA胚系突變檢測(cè)的人群及檢查時(shí)機(jī),期待促進(jìn)此類檢測(cè)的臨床應(yīng)用并達(dá)到最合適的衛(wèi)生經(jīng)濟(jì)學(xué)效益。同時(shí)提出標(biāo)準(zhǔn)化的檢測(cè)方法學(xué)及變異分類方案,以降低報(bào)告結(jié)果差異對(duì)臨床醫(yī)師和患者帶來的風(fēng)險(xiǎn)。此外,通過標(biāo)準(zhǔn)化的遺傳咨詢流程,以最大程度地提高突變攜帶者獲益程度并降低篩查的倫理風(fēng)險(xiǎn)。
伴隨著人群BRCA基因突變篩查理念的不斷普及和檢測(cè)成本的進(jìn)一步下降,一方面中國(guó)人群BRCA突變的分子流行病學(xué)數(shù)據(jù)將不斷充實(shí),可望鑒定出中國(guó)特有的創(chuàng)始突變譜系;另一方面,篩查量的提升也對(duì)結(jié)果解讀、遺傳咨詢的均一、標(biāo)準(zhǔn)化提出了更高的要求。為了更好地滿足中國(guó)健康人群篩查的需求,需以實(shí)驗(yàn)室建設(shè)、流程優(yōu)化、人才培養(yǎng)為抓手,周期性開展規(guī)范化培訓(xùn)。此外,腫瘤組數(shù)據(jù)及人群隨訪數(shù)據(jù)的積累,將為VUS的明確分類提供基于臨床真實(shí)病例的證據(jù)條款;而疑似致病變異的分類也可能因?yàn)榇笠?guī)模臨床證據(jù)的出現(xiàn)而被重新分類。更多的分析工具將被研發(fā)。BRCA突變檢測(cè)將更多地用于風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、早期診斷,滲透到從新輔助治療、手術(shù)方案選擇、術(shù)后放化療到靶向用藥的全程個(gè)體化治療體系。今后的臨床研究將逐步探明突變致病的分子機(jī)制、同源重組修復(fù)通路基因之間的相互調(diào)控關(guān)系,進(jìn)而實(shí)現(xiàn)同源重組修復(fù)缺陷相關(guān)腫瘤的全周期式個(gè)體化醫(yī)療。
利益沖突聲明:所有作者均聲明不存在利益沖突。
本文作者承諾:作者間、作者與審稿人間、與指南/共識(shí)中出現(xiàn)的藥物或器械廠商之間無利益沖突;本共識(shí)制訂過程中無第三方進(jìn)行贊助。