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    間隔影響分析波長(zhǎng)選擇算法在近紅外光譜鑒別貝類(lèi)毒素中的應(yīng)用

    2023-02-02 02:49:56姜微劉瑤劉忠艷曾紹庚熊建芳喬付
    食品與發(fā)酵工業(yè) 2023年2期
    關(guān)鍵詞:貽貝波段波長(zhǎng)

    姜微,劉瑤,劉忠艷,曾紹庚,熊建芳,喬付

    1(嶺南師范學(xué)院 計(jì)算機(jī)與智能教育學(xué)院,廣東 湛江,524048)2(嶺南師范學(xué)院 電子與電氣工程學(xué)院,廣東 湛江,524048)

    在海洋生物中,貝類(lèi)的主要食物為藻類(lèi)、原生動(dòng)物等一些浮游生物,在原甲藻和鰭藻等藻類(lèi)中易產(chǎn)生海洋生物毒素——腹瀉性貝類(lèi)毒素(diarrhetic shellfish poisons,DSP)[1-2]。貝類(lèi)屬于非選擇濾食性動(dòng)物,在生長(zhǎng)過(guò)程中,難免濾食有毒藻類(lèi)食物,由此引起DSP在其體內(nèi)長(zhǎng)期融積富集,當(dāng)人們誤食染毒的貝類(lèi)后就會(huì)對(duì)身體健康產(chǎn)生危害,引起中毒現(xiàn)象,甚至?xí)黾踊冀Y(jié)腸癌等腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)[3-5]。由于DSP中毒現(xiàn)象分布廣泛,人體損傷性大,應(yīng)對(duì)食用貝類(lèi)加強(qiáng)毒素檢測(cè)力度,確保貝類(lèi)食用安全,因此研究高效高質(zhì)的貝類(lèi)毒素檢測(cè)方法是十分必要的。

    目前腹瀉性貝類(lèi)毒素檢測(cè)方法主要有小鼠生物測(cè)定法、酶聯(lián)免疫吸附法、高效液相色譜法等[6-8]。小鼠生物測(cè)定法是應(yīng)用最多的貝類(lèi)毒素檢測(cè)方法,但該方法受小鼠個(gè)體影響,檢測(cè)結(jié)果靈敏度不高,偏差較大。酶聯(lián)免疫吸附法以抗原與抗體特異性反應(yīng)為基礎(chǔ),交叉反應(yīng)時(shí)產(chǎn)生較大偏差。高效液相色譜法具有靈敏度和準(zhǔn)確度高等優(yōu)勢(shì),但該方法所用儀器昂貴,且前處理過(guò)程比較復(fù)雜,需要經(jīng)過(guò)專(zhuān)業(yè)培訓(xùn)的人員,比較適用于實(shí)驗(yàn)室和較高精度需求的樣本檢測(cè)。這些方法均有各自的優(yōu)勢(shì),但都存在費(fèi)時(shí)費(fèi)力,對(duì)樣品具有破壞性等問(wèn)題,無(wú)法實(shí)現(xiàn)快速無(wú)損分析。因此,開(kāi)發(fā)高效、快速、無(wú)損的貝類(lèi)毒素檢測(cè)技術(shù)具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。

    近紅外光譜屬于分子振動(dòng)光譜,主要是對(duì)含氫基團(tuán)(C—H、N—H、O—H、S—H等)振動(dòng)的倍頻和合頻進(jìn)行吸收。由于不同的物質(zhì)含有不同的氫基團(tuán),這些基團(tuán)對(duì)近紅外光吸收波長(zhǎng)均有所不同,通過(guò)采集樣品的近紅外光譜,可以得到樣品中含氫基團(tuán)的特征信息,從而得出樣品間的差異特征。近紅外光譜分析技術(shù)正是根據(jù)不同的光譜特征信息及傳統(tǒng)化學(xué)分析方法測(cè)定的樣品性質(zhì)或數(shù)據(jù),通過(guò)化學(xué)計(jì)量學(xué)方法,將光譜與數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián),從而實(shí)現(xiàn)對(duì)未知樣品進(jìn)行定性和定量分析[9-10]。近紅外光譜技術(shù)因具有快速無(wú)損、綠色環(huán)保等優(yōu)點(diǎn),近年來(lái)在食品的真?zhèn)舞b定[11]、產(chǎn)地鑒別[12]、等級(jí)判別[13]以及微生物檢測(cè)[14]等領(lǐng)域得到了廣泛應(yīng)用。在貝類(lèi)檢測(cè)方面,黃冠明等[15]對(duì)牡蠣(Crassostreaangulata)樣本的蛋白質(zhì)、水分、脂肪進(jìn)行分析,LIU等[16]提出基于高光譜技術(shù)對(duì)菲律賓蛤仔(Ruditapesphilippinarum)重金屬污染進(jìn)行檢測(cè),劉忠艷等[17]提出基于近紅外光譜和多層感知機(jī)對(duì)腹瀉性貝毒的檢測(cè)方法。這些研究成果為貝類(lèi)毒素高效、快速、無(wú)損檢測(cè)提供了技術(shù)可行性。

    由于光譜采集過(guò)程中存在環(huán)境、樣本、操作人員等的影響,所以光譜往往存在譜峰重疊、基線漂移等干擾因素。為了消除這些干擾,需要結(jié)合化學(xué)計(jì)量學(xué)方法對(duì)光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理,建立貝類(lèi)毒素的準(zhǔn)確鑒別模型。同時(shí)近紅外光譜波段數(shù)量較大,波段間的相關(guān)性較高,一定程度上存在數(shù)據(jù)冗余等問(wèn)題,因此數(shù)據(jù)降維一直是近紅外光譜數(shù)據(jù)分析的流程之一。本文采用間隔影響分析(margin influence analysis, MIA)與連續(xù)投影算法(successive projections algorithm,SPA)相結(jié)合的方法對(duì)近紅外光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行降維,然后應(yīng)用偏最小二乘線性判別分析算法(partial least squares linear discriminant analysis,PLS-LDA)對(duì)腹瀉性貝類(lèi)毒素樣本和健康樣本的混合數(shù)據(jù)集進(jìn)行分類(lèi),建立快速鑒別模型,以期為貝類(lèi)毒素的快速無(wú)損鑒別提供一種新方法,為海產(chǎn)品污染物識(shí)別提供參考。

    1 材料與方法

    1.1 試驗(yàn)樣品制備

    樣品購(gòu)買(mǎi)自廣東省湛江市東風(fēng)海鮮市場(chǎng),品種為翡翠貽貝。首先選取大小相似的貽貝,將其放置于塑料容器中進(jìn)行馴化,以適應(yīng)實(shí)驗(yàn)環(huán)境。馴化3 d后,選擇生命力強(qiáng)的貽貝進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。預(yù)先準(zhǔn)備好2個(gè)大小為119 cm×108 cm×32 cm塑料養(yǎng)殖箱,分別飼養(yǎng)健康樣本(對(duì)照組)和毒素污染樣本(實(shí)驗(yàn)組)。每個(gè)養(yǎng)殖箱中承裝海水80 L,鹽度為3%,溫度為26 ℃。實(shí)驗(yàn)組養(yǎng)殖箱中加入濃度為7.3×109細(xì)胞/L的利馬原甲藻來(lái)模擬受DSP污染的海洋環(huán)境。對(duì)照組養(yǎng)殖箱中每天用0.5 L光合細(xì)菌喂養(yǎng)貽貝樣本。

    在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,為了保持貽貝良好的生理狀態(tài),利用氧氣泵對(duì)養(yǎng)殖箱中的海水不斷充氣,海水每24 h更換1次,以保持貽貝的生活環(huán)境清潔。將貽貝樣本在養(yǎng)殖箱中連續(xù)喂養(yǎng)6 d,使得DSP在貽貝樣本中積累。剔除死的貽貝,共收集240個(gè)樣本(每組120個(gè)樣本)進(jìn)行光譜采集。

    1.2 光譜采集與預(yù)處理

    貽貝從海水中取出后,利用近紅外光譜系統(tǒng)(圖1)獲得貽貝的光譜信息,該系統(tǒng)由近紅外光譜儀、鹵素光源、光纖、計(jì)算機(jī)和可調(diào)位移平臺(tái)組成。近紅外光譜儀的型號(hào)為SW2520-050-NIRA(中國(guó)臺(tái)灣OTO光電子有限公司)。采集貽貝的反射光譜范圍在950 nm到1 700 nm之間,包括114個(gè)波段。光譜采集前,預(yù)先進(jìn)行黑白校正以降低噪聲[18]。

    圖1 近紅外光譜系統(tǒng)Fig.1 Near-infrared spectroscopy system

    光譜采集后,將實(shí)驗(yàn)組DSP污染貽貝的樣本內(nèi)殼肉取出并冷凍,用于檢測(cè)DSP含量,研究中采用GB 5009.212—2016《食品安全國(guó)家標(biāo)準(zhǔn) 貝類(lèi)中腹瀉性貝類(lèi)毒素的測(cè)定》中的LC-MS/MS法進(jìn)行檢測(cè)。

    采集到的原始光譜數(shù)據(jù)使用Savitzky-Golay卷積平滑求導(dǎo)結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)變量變換用以消除光譜數(shù)據(jù)的噪聲以及基線平移。對(duì)于表征樣本是否為健康樣本矩陣采用平均中值法預(yù)處理,去除變量中沒(méi)有信息含量的均值部分。

    1.3 MIA數(shù)據(jù)降維方法

    MIA是一種基于模型集群分析思想,并以支持向量機(jī)(Support vector machines, SVM)的內(nèi)在工作機(jī)制為基礎(chǔ)的波段選擇算法[19]。MIA方法源于間隔是反映SVM模型預(yù)測(cè)能力的一個(gè)重要指標(biāo),SVM模型的間隔越大,其結(jié)構(gòu)風(fēng)險(xiǎn)就越小,其模型的泛化性能越好。也就是說(shuō),能夠增加SVM模型間隔的變量是有信息變量,反之則是無(wú)信息變量甚至是干擾變量。MIA算法原理如圖2所示。

    圖2 MIA方法的主要原理Fig.2 Main principle of MIA method

    假設(shè)有光譜訓(xùn)練樣本集T={xi,yi|i=1,2,…,n}∈(X×Y)n,其中,n是樣本數(shù)量;xi是訓(xùn)練樣本集X內(nèi)的第i個(gè)樣本(p維向量),xi∈X=Rn;yi是訓(xùn)練樣本集Y內(nèi)的第i個(gè)樣本的分類(lèi)標(biāo)簽,yi∈Y={-1,1}。

    (1)基于變量空間的蒙特卡洛抽樣。圖2中行為采樣次數(shù)用N表示(一般較大),列為變量空間大小用p表示。采樣過(guò)程如下:預(yù)先定義待采樣變量的數(shù)量,用Q表示;每次采用無(wú)放回地從p個(gè)變量中隨機(jī)選取Q個(gè)變量,得到n×Q的子數(shù)據(jù)集。重復(fù)N次,得到N個(gè)子數(shù)據(jù)集。圖2每一行表示一次抽樣即在變量空間隨機(jī)選擇Q個(gè)變量(黑色方塊)。

    (2)建立SVM子模型。給定一個(gè)懲罰因子C,對(duì)于(1)中每個(gè)隨機(jī)抽樣的子數(shù)據(jù)集,建立SVM分類(lèi)模型。本研究中采用交叉驗(yàn)證來(lái)選擇C。由此計(jì)算出其對(duì)應(yīng)的N個(gè)間隔值,記為Mi,i=1,2,…,N。由圖2可知每個(gè)子模型建模所用變量及其間隔。

    (3)對(duì)SVM間隔進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。對(duì)于波長(zhǎng)變量i,將N個(gè)子模型分為A類(lèi)(包含波長(zhǎng)變量i的模型)和B類(lèi)(不包含波長(zhǎng)變量i的模型)兩類(lèi)?;谶@兩類(lèi)間隔的數(shù)據(jù),可以計(jì)算得到波長(zhǎng)變量i對(duì)應(yīng)的2個(gè)分布,兩類(lèi)的間隔均值分別記為Mi,A和Mi,B,則波長(zhǎng)變量i間隔分布均值的差可以表示為公式:

    Dmeani=Mi,A-Mi,B

    若Dmeani>0,表明SVM模型中加入波長(zhǎng)變量i可以提高模型性能,反之亦然。對(duì)各波長(zhǎng)變量的間隔分布,進(jìn)行非參數(shù)Mann-Whitney U檢驗(yàn)[20],計(jì)算差異顯著性的P值。選擇Dmeani>0且P<0.05的波長(zhǎng)變量作為影響波段。MIA的最終目標(biāo)是選擇能夠顯著增加間隔的波長(zhǎng)變量。

    為了降低模型的復(fù)雜性,提高模型的性能,采用SPA進(jìn)一步減少最終模型中包含的波段數(shù)量。

    1.4 參數(shù)調(diào)優(yōu)

    MIA方法中有3個(gè)調(diào)優(yōu)參數(shù),分別是N、C和Q。為了考察這3個(gè)參數(shù)對(duì)模型的影響,在一系列取值下進(jìn)行研究,并對(duì)結(jié)果進(jìn)行了分析,以期得到一組最優(yōu)化的參數(shù)。對(duì)于蒙特卡洛抽樣次數(shù),已有研究表明,N越大,得到的結(jié)果越好,但計(jì)算成本較高??紤]到計(jì)算成本和再現(xiàn)性,本工作中選擇N=10 000。SVM的懲罰因子C用于控制對(duì)分類(lèi)錯(cuò)誤的懲罰力度,取值越大表示越不能容忍錯(cuò)分現(xiàn)象,但取值過(guò)大,容易出現(xiàn)過(guò)擬合。因此,選擇合適的懲罰因子C是至關(guān)重要的。Q是每次采樣劃分子數(shù)據(jù)集的變量個(gè)數(shù),本研究通過(guò)檢驗(yàn)MIA識(shí)別的信息變量的再現(xiàn)性和相應(yīng)的預(yù)測(cè)誤差來(lái)確定Q的最佳取值。本研究利用交叉驗(yàn)證進(jìn)行C和Q的優(yōu)化。

    為了選擇合適的C和Q,本研究將貽貝的近紅外數(shù)據(jù)集隨機(jī)劃分為訓(xùn)練集(96個(gè)健康樣本和96個(gè)DSP樣本)和測(cè)試集(24個(gè)健康樣本和24個(gè)DSP樣本)20次。樣本的近紅外光譜數(shù)據(jù)在訓(xùn)練集和測(cè)試集之間沒(méi)有重復(fù)。本研究中,懲罰因子C在1~12取值,步長(zhǎng)為1;子數(shù)據(jù)集變量個(gè)數(shù)Q的取值范圍為10~50,步長(zhǎng)為10。圖3給出了對(duì)DSP貽貝和健康貽貝樣本混合數(shù)據(jù)集執(zhí)行MIA算法后得到的預(yù)測(cè)誤差隨參數(shù)C與Q的變化趨勢(shì)。由圖3可知,隨著C值的增加,預(yù)測(cè)誤差的變化會(huì)因Q的取值不同而不同,說(shuō)明C和Q的取值均會(huì)影響MIA算法的結(jié)果,應(yīng)選擇預(yù)測(cè)誤差最小結(jié)果對(duì)應(yīng)的參數(shù)作為最優(yōu)參數(shù)值。由圖3-a亦可知,在采樣劃分子數(shù)據(jù)集的變量個(gè)數(shù)Q為30時(shí),對(duì)于不同的C值,模型均取得較低的預(yù)測(cè)誤差(圖3-a中紅色實(shí)線表示)。當(dāng)Q=30且C=6時(shí),算法取得了最小預(yù)測(cè)分類(lèi)誤差0.044 5(圖3中五角星表示)。優(yōu)化參數(shù)時(shí),當(dāng)對(duì)應(yīng)C和Q的步長(zhǎng)分別取值更小時(shí),參數(shù)優(yōu)化效果不明顯,對(duì)模型結(jié)果影響不大。故此研究中,所選最優(yōu)參數(shù)N為10 000,C為6,Q為30。

    1.5 分類(lèi)模型及評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)

    采用PLS-LDA,SVM和隨機(jī)森林(random forest,RF)3種方法分別建立分類(lèi)模型,比較不同模型對(duì)DSP貽貝、健康貽貝的識(shí)別準(zhǔn)確率。同時(shí),為了減少因樣本集劃分而導(dǎo)致的結(jié)果差異,提高模型穩(wěn)定性,采用20次5折交叉驗(yàn)證法進(jìn)行訓(xùn)練集、測(cè)試集的劃分和模型訓(xùn)練,并將其平均值作為最終分類(lèi)結(jié)果。

    PLS-LDA是基于PLS算法改編的用來(lái)建立自變量與響應(yīng)變量之間映射關(guān)系的一種監(jiān)督分類(lèi)方法。SVM是一種利用超平面對(duì)樣本進(jìn)行分類(lèi)的方法,本研究中SVM使用的RBF作為核函數(shù)。RF是一種基于裝袋和隨機(jī)子空間的決策樹(shù)集成方法,其輸出的類(lèi)別是由個(gè)別決策樹(shù)輸出類(lèi)別的眾樹(shù)來(lái)決定的,可以用來(lái)解決高維數(shù)據(jù)分類(lèi)等問(wèn)題。

    分類(lèi)準(zhǔn)確率可以直觀評(píng)價(jià)模型好壞,但當(dāng)使用不平衡數(shù)據(jù)集時(shí),準(zhǔn)確率并不能反映全面情況。本研究中引入受試者工作特征曲線(receiver operating characteristic,ROC)來(lái)衡量模型性能,它能夠準(zhǔn)確反映模型特異性和敏感性的關(guān)系,是實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)確性的綜合代表,一般以ROC曲線下面積(area under the curve,AUC)作為模型評(píng)價(jià)指標(biāo),其值越大代表模型的鑒別效果越好,其值最大為1,分類(lèi)器的性能與AUC成正比[21]。

    a-不同Q值下預(yù)測(cè)誤差隨C變化二維圖; b-不同Q值下預(yù)測(cè)誤差隨C變化三維圖圖3 懲罰因子C與采樣變量數(shù)Q對(duì)預(yù)測(cè)誤差的影響Fig.3 Effect of penalty factor C and sampling variable number Q on prediction error

    2 結(jié)果與分析

    2.1 健康樣本和DSP污染樣本的原始光譜分析

    混合樣品集(120個(gè)DSP樣品和120個(gè)健康樣品)的原始近紅外光譜如圖4-a所示。圖中光譜曲線走向趨勢(shì)相似,說(shuō)明二者的內(nèi)部含有的化學(xué)成分大致相似。在1 050 nm附近有明顯的波峰,為N—H的三級(jí)倍頻[22],可能與貽貝中蛋白質(zhì)的近紅外吸收有關(guān)。圖4-b顯示了混合樣本集120個(gè)DSP貽貝和健康貽貝樣品平均光譜曲線,二者表現(xiàn)出一定的差異,在950 nm至1 080 nm波長(zhǎng)范圍內(nèi),健康樣品的光譜反射率值高于DSP污染樣品的光譜反射率值;在1 150~1 700 nm,DSP污染貽貝反射強(qiáng)度高于健康樣本,在其他波長(zhǎng)范圍內(nèi),2種樣品的平均光譜曲線幾乎重疊。光譜采集后,對(duì)實(shí)驗(yàn)組樣本采用LC-MS/MS法檢測(cè)DSP含量為35 μg/kg。

    貝類(lèi)樣品基質(zhì)復(fù)雜,內(nèi)源性化合物的存在可能會(huì)改變酶的自然環(huán)境,影響其活性。當(dāng)貽貝受到海洋毒素污染時(shí),會(huì)產(chǎn)生蛋白質(zhì)、酶和脂質(zhì)等組織成分的變化,這些變化反映在光譜曲線上。這些光譜的差異為區(qū)分DSP污染樣品和健康樣品提供了可行性。

    a-原始光譜圖;b-平均光譜圖圖4 樣本近紅外光譜Fig.4 Near-infrared spectra of samples

    由于波長(zhǎng)和重要背景的重疊,很難明確識(shí)別特定化學(xué)成分的波長(zhǎng)。為了探索DSP污染和健康樣本的分布,采用主成分分析(principal component analysis,PCA)提取新變量,以發(fā)現(xiàn)樣品之間可能存在的聚類(lèi)現(xiàn)象。第一個(gè)主成分(PC1)、第二個(gè)主成分(PC2)和第三個(gè)主成分(PC3)分別解釋了總方差的95.60%、2.08%和1.32%,累計(jì)方差貢獻(xiàn)度在99%以上。圖5所示為DSP污染貽貝和健康貽貝的PCA得分圖和載荷圖。可以注意到,圖5-a中,健康樣品比DSP污染樣品更緊密地聚集在一起。然而,DSP污染樣品和健康樣品之間仍然存在重疊。明顯的重疊意味著僅僅用簡(jiǎn)單的分類(lèi)方法不能夠區(qū)分它們。因此,需要化學(xué)計(jì)量學(xué)方法和模式識(shí)別方法對(duì)DSP污染和健康樣品進(jìn)行分類(lèi)。如圖5-b所示,對(duì)PC1貢獻(xiàn)最大的波段為1 030 nm,對(duì)PC2貢獻(xiàn)最大的波段為1 470 nm和1 050 nm,對(duì)PC3貢獻(xiàn)最大的波段為1 690 nm和1 010 nm。根據(jù)相關(guān)文獻(xiàn),波段1 470 nm主要對(duì)應(yīng)的是與蛋白質(zhì)相關(guān)的譜帶,1 690 nm歸屬于脂質(zhì)信號(hào)[23]。

    在獲取近紅外光譜數(shù)據(jù)時(shí),由于近紅外光譜系統(tǒng)的工作條件和樣品結(jié)構(gòu)特性的變化可能會(huì)導(dǎo)致光譜中的基線漂移、隨機(jī)噪聲和多元散射效應(yīng)。為了改進(jìn)近紅外光譜數(shù)據(jù),通常采用光譜預(yù)處理方法來(lái)減少這些影響[24]。本研究采用Savitzky-Golay卷積平滑求導(dǎo)(多項(xiàng)式階數(shù)為2,滑動(dòng)窗口寬度為13,求導(dǎo)階數(shù)為1)結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)變量變換對(duì)原始光譜進(jìn)行預(yù)處理,以消除光譜數(shù)據(jù)的噪聲及基線漂移,可以增強(qiáng)鑒別模型的魯棒性。

    a-得分圖;b-載荷圖圖5 DSP樣本與健康樣本數(shù)據(jù)集PCA得分散點(diǎn)圖及載荷圖Fig.5 PCA score scatter diagram and load diagram of data set for DSP sample and health samples

    2.2 選取特征波長(zhǎng)

    采用MIA方法進(jìn)行波長(zhǎng)變量篩選,對(duì)于預(yù)處理后的DSP貽貝與健康貽貝混合集光譜數(shù)據(jù),分別選出一個(gè)有信息的波長(zhǎng)與一個(gè)無(wú)信息的波長(zhǎng),其對(duì)應(yīng)的間隔的分布如圖6所示。圖6-a和圖6-b所對(duì)應(yīng)的分布分別為強(qiáng)信息變量(波段1 473.77 nm,P=6.733 2×10-12)和無(wú)信息變量(波段989.78 nm,P=1.730 2)的分布。其中,峰“1”表示含有相應(yīng)波長(zhǎng)變量的SVM模型的間隔分布,峰“0”表示不包含此波長(zhǎng)變量的SVM模型的間隔分布。很明顯,圖6-a中包含波長(zhǎng)1 473.77 nm與不包含波長(zhǎng)1 473.77 nm變量建立模型的間隔分布存在明顯差異。包含波長(zhǎng)1 473.77 nm 變量建立的模型間隔分布發(fā)生了右移,其間隔平均值大于不包含該波長(zhǎng)變量的,意味著該變量蘊(yùn)藏著對(duì)DSP貽貝和健康貽貝進(jìn)行判別的有用信息。這意味著將波長(zhǎng)1 473.77 nm變量加入SVM模型中,可以提高模型的泛化性能。相比之下,圖6-b中,包含波長(zhǎng)989.78 nm與不包含波長(zhǎng)989.78 nm變量所建立的SVM模型的間隔分布沒(méi)有明顯差異,且包含波長(zhǎng)989.78 nm變量的SVM模型的間隔分布位于左側(cè),說(shuō)明此變量對(duì)DSP貽貝和健康貽貝鑒別是無(wú)用的信息變量,將其加入到SVM模型中,不但不會(huì)增加,反而會(huì)減小模型的間隔,降低模型的預(yù)測(cè)能力,需要從模型中剔除。

    為了建立DSP貽貝和健康貽貝混合樣本數(shù)據(jù)集預(yù)測(cè)的分類(lèi)模型,應(yīng)該確定一個(gè)波段子集。經(jīng)過(guò)MIA方法分析后,對(duì)于950~1 700 nm波段范圍內(nèi)的114個(gè)波長(zhǎng)變量,各波長(zhǎng)變量Dmean值的分布如圖7所示。根據(jù)算法原理,Dmean<0為無(wú)信息變量,由圖7可知,位于0線以下的均是此類(lèi)變量,有25個(gè)變量被剔除。利用非參數(shù)Mann-Whitney U和Holm-Bonferroni方法進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn),對(duì)剩余的89個(gè)變量按計(jì)算獲得的每個(gè)波長(zhǎng)變量P值進(jìn)行排序(Dmean>0),然后按順序選出一定數(shù)量的波長(zhǎng)變量建模,并采用交叉驗(yàn)證對(duì)預(yù)測(cè)性能進(jìn)行評(píng)價(jià)。由于MIA中使用了蒙特卡洛策略,所建立的SVM分類(lèi)器的預(yù)測(cè)誤差不能準(zhǔn)確地再現(xiàn),因此,通過(guò)運(yùn)行20次MIA程序來(lái)研究分類(lèi)誤差隨變量數(shù)量的變化。光譜數(shù)據(jù)集的平均5折交叉驗(yàn)證誤差及標(biāo)準(zhǔn)差如圖8所示。由圖8可知,當(dāng)模型輸入變量少于35個(gè)時(shí),平均5折交叉驗(yàn)證誤差隨變量數(shù)的增加都是先逐漸減小,然后達(dá)到最小。超過(guò)35個(gè)變量時(shí),誤差隨變量數(shù)的增加逐漸增大。最終確定35個(gè)特征變量能夠顯著增加SVM間隔,即對(duì)DSP貽貝和健康貽貝鑒別有用的變量。

    a-有信息波長(zhǎng)1 473.77nm;b-無(wú)信息波長(zhǎng)989.78nm圖6 兩類(lèi)信息變量SVM模型的間隔分布Fig.6 Margin distribution of SVM model with two types of information variables

    為了進(jìn)一步減少波段數(shù)量,簡(jiǎn)化最終模型,對(duì)MIA選擇的35個(gè)特征變量采用SPA獲取具有最小冗余信息波段,并依據(jù)模型的交叉驗(yàn)證均方根誤差的最小值來(lái)確定特征波長(zhǎng)變量個(gè)數(shù),最終篩選出來(lái)的特征波長(zhǎng)共有7個(gè),分別為1 029.56、1 473.77、1 480.40、1 520.18、1 526.81、1 672.67、1 692.56 nm。最后選擇的特征波段如圖9所示。

    圖7 運(yùn)行MIA方法后每個(gè)波長(zhǎng)變量的Dmean值Fig.7 Dmean value of each wavelength variable after running the MIA method

    圖8 選擇不同變量數(shù)目時(shí)的5折交叉驗(yàn)證誤差及標(biāo)準(zhǔn)差Fig.8 Error and standard deviation of 5-fold cross-validation when choosing different numbers of variables

    圖9 MIA-SPA方法選擇的波長(zhǎng)變量的分布Fig.9 Distribution of wavelength variables selected by the MIA-SPA method

    2.3 判別模型及評(píng)價(jià)

    為了構(gòu)造最優(yōu)鑒別模型,本項(xiàng)目對(duì)MIA-SPA特征波長(zhǎng)提取方法得到的特征變量,分別應(yīng)用PLS-LDA、SVM和RF建立DSP樣本和健康樣本的無(wú)損鑒別模型,并與MIA、SPA和全波段光譜建立的模型進(jìn)行對(duì)比分析。不同降維方法下各模型的鑒別結(jié)果如表1所示。由表1可知,PLS-LDA對(duì)DSP樣本和健康樣本均具有很高的鑒別能力,其中DSP樣本的分類(lèi)準(zhǔn)確率達(dá)到了100%;RF對(duì)DSP樣本和健康樣本的分類(lèi)準(zhǔn)確率偏低,不能達(dá)到分類(lèi)要求;而SVM對(duì)DSP樣本的分類(lèi)準(zhǔn)確率較高,達(dá)到了96.67%,但是對(duì)健康樣本的分類(lèi)準(zhǔn)確率在85%以下,低于PLS-LDA的分類(lèi)性能。由表1可知采用全波段建立的PLS-LDA、SVM和RF模型的分類(lèi)準(zhǔn)確率較采用降維后的變量建立的模型低,這是由于采集的樣本光譜數(shù)據(jù)中包含了對(duì)表征樣本特征相關(guān)性較差的波段,這些波段會(huì)降低模型的分類(lèi)效果,而數(shù)據(jù)降維可篩選出更能表征樣本的特征波段并將無(wú)關(guān)的波段予以刪除。與MIA、SPA相比,采用MIA-SPA方法篩選的特征波長(zhǎng)建立的模型具有較好的分類(lèi)準(zhǔn)確率,特別是MIA-SPA-PLS-LDA模型的分類(lèi)效果最優(yōu),對(duì)DSP污染樣本鑒別準(zhǔn)確率達(dá)到100%。

    表1 不同降維方法下各模型的分類(lèi)效果Table 1 The classification effect of each model under different dimensionality reduction methods

    為了進(jìn)一步評(píng)價(jià)各種分類(lèi)模型的性能,分別作出了上述分類(lèi)模型ROC曲線。圖10所示為不同降維方法下的3種鑒別模型的ROC曲線對(duì)比結(jié)果圖。由圖10可知,相同的降維方法得到的輸入變量所建立的3類(lèi)模型中,PLS-LDA模型的AUC相對(duì)SVM與RF模型的要大,說(shuō)明本研究中PLS-LDA模型具有更好的性能;由圖10-a可知,采用MIA-SPA降維后建立的PLS-LDA模型的AUC為0.989,均高于其他模型,說(shuō)明MIA-SPA-PLS-LDA模型對(duì)DSP樣本和健康樣本均具有很高的鑒別能力。

    2.4 討論

    本研究采用MIA-SPA-PLS-LDA結(jié)合近紅外光譜技術(shù)對(duì)腹瀉性貝類(lèi)毒素進(jìn)行檢測(cè)。貽貝被DSP污染后體內(nèi)發(fā)生極其復(fù)雜的化學(xué)轉(zhuǎn)化和酶轉(zhuǎn)化機(jī)制,將導(dǎo)致受污染貽貝和健康貽貝的化學(xué)成分存在差異。已有研究表明,這些差異可以被近紅外光譜捕獲[17,25],因此,本文采用近紅外光譜檢測(cè)DSP污染是有依據(jù)支撐的。本文進(jìn)一步驗(yàn)證了近紅外光譜結(jié)合波段選擇方法以及判別模型,無(wú)損檢測(cè)DSP污染的貽貝是可行的。

    a-MIA-SPA;b-全波段;c-MIA;d-SPA圖10 不同降維方法下各分類(lèi)模型的ROC曲線Fig.10 ROC curves of each classification model under different dimensionality reduction methods

    貽貝因形態(tài)及非光滑外殼可能會(huì)導(dǎo)致光譜變異性和光散射,因此,本文采用Savitzky-Golay卷積平滑求導(dǎo)結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)變量變換預(yù)處理,可有效消除光譜數(shù)據(jù)的噪聲及基線漂移。特征選擇可以篩選出與DSP檢測(cè)最相關(guān)的波段信息,同時(shí)提高分類(lèi)模型的性能,本文提出采用MIA-SPA方法獲取最優(yōu)特征波段,據(jù)報(bào)道,在1 470 nm處發(fā)現(xiàn)了與蛋白質(zhì)相關(guān)的譜帶,在1 690 nm發(fā)現(xiàn)了脂類(lèi)信號(hào),說(shuō)明MIA-SPA算法選擇的波段可以反映光譜差異[23]。結(jié)果表明,從光譜中提取重要信息,可以實(shí)現(xiàn)對(duì)含DSP貽貝的快速檢測(cè)。

    3 結(jié)論

    本文采用近紅外光譜技術(shù)和化學(xué)計(jì)量學(xué)方法,對(duì)DSP污染和健康貽貝的混合樣本集進(jìn)行無(wú)損鑒別研究。采用MIA-SPA方法能夠有效地對(duì)光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行降維(降維后變量為7個(gè)),同時(shí)結(jié)合PLS-LDA方法能夠較好地對(duì)樣本進(jìn)行無(wú)損鑒別(DSP分類(lèi)準(zhǔn)確率為100%),通過(guò)ROC曲線分析,MIA-SPA-PLS-LDA方法的AUC最大,其模型鑒別效果最優(yōu)。結(jié)果表明,MIA-SPA-PLS-LDA模型用于DSP污染快速無(wú)損鑒別是可行的,對(duì)DSP污染貽貝的檢測(cè)準(zhǔn)確率達(dá)到100%,DSP含量檢出限為35 μg/kg。該研究結(jié)果可為后續(xù)各種海洋貝類(lèi)毒素鑒別分析提供理論依據(jù)。

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