基于SSU rDNA序列的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體遺傳結(jié)構(gòu)及多樣性研究

許治祥 唐發(fā)輝 趙元莙

(重慶師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,重慶市動(dòng)物生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,重慶 401331)

車(chē)輪蟲(chóng)作為一類(lèi)外寄生游走類(lèi)纖毛蟲(chóng),主要寄生于魚(yú)類(lèi)、貝類(lèi),少數(shù)寄生于兩棲類(lèi)和甲殼類(lèi)等。當(dāng)其大量感染寄生時(shí),?？芍卖~(yú)苗或魚(yú)種大批量死亡,是水產(chǎn)養(yǎng)殖中重要病害生物之一[1—6]。車(chē)輪蟲(chóng)種類(lèi)繁多、且廣泛分布于世界各地,中國(guó)、北美、歐亞大陸、以色列、南非等地均有不同程度的報(bào)道[7,8]。早期的車(chē)輪蟲(chóng)研究主要集中于形態(tài)學(xué)描述、地理分布和宿主特異性等方面[9—11]。相較其他纖毛蟲(chóng)而言,車(chē)輪蟲(chóng)的分子生物學(xué)工作起步較晚,特別是作為寄生類(lèi)群,且淡水魚(yú)類(lèi)感染車(chē)輪蟲(chóng)時(shí)大多為混合感染又無(wú)法單克隆培養(yǎng)等諸多因素,在一定程度抑制了車(chē)輪蟲(chóng)分子生物學(xué)研究往縱深方向發(fā)展。即使在組學(xué)已應(yīng)用于諸多生物類(lèi)群研究的今天,車(chē)輪蟲(chóng)的分子生物學(xué)研究仍相當(dāng)滯后,可用分子序列在GenBank中屈指可數(shù),且90%以上的序列集中于核糖體基因的部分序列。

當(dāng)前,為了對(duì)各類(lèi)動(dòng)物種質(zhì)資源的有效保護(hù)與利用,運(yùn)用各種分子標(biāo)記進(jìn)行不同動(dòng)物群體遺傳結(jié)構(gòu)及多樣性的研究屢見(jiàn)不鮮,尤其在哺乳動(dòng)物、鳥(niǎo)類(lèi)、魚(yú)類(lèi)、昆蟲(chóng)、甲殼動(dòng)物及貝類(lèi)中開(kāi)展工作較多[12—16]。然而對(duì)車(chē)輪蟲(chóng)而言,GenBank中匱乏的分子數(shù)據(jù)導(dǎo)致了該類(lèi)群的群體遺傳研究工作難以展開(kāi)。在原生動(dòng)物分類(lèi)系統(tǒng)中,網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)隸屬于纖毛門(mén)、寡膜綱、緣毛亞綱、游走目、車(chē)輪蟲(chóng)科、車(chē)輪蟲(chóng)屬[17],是淡水車(chē)輪蟲(chóng)中極為常見(jiàn)的種類(lèi),也是淡水養(yǎng)殖病害中的高發(fā)病原之一,其分子生物學(xué)工作的開(kāi)展僅始于21世紀(jì)初,且主要利用當(dāng)時(shí)Gen-Bank中僅有的4條SSU rDNA的車(chē)輪蟲(chóng)分子序列聚焦于緣毛類(lèi)纖毛蟲(chóng)分子系統(tǒng)學(xué)的探討研究[18]。隨后的工作則主要是結(jié)合形態(tài)和分子數(shù)據(jù)進(jìn)行網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)物種的分子鑒定、系統(tǒng)進(jìn)化及種內(nèi)分化等相關(guān)研究[19—26]。迄今為止,有關(guān)網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)的群體遺傳結(jié)構(gòu)及遺傳多樣性等方面的研究資料幾近空白。因此,本工作在現(xiàn)有基礎(chǔ)之上,基于近年來(lái)對(duì)重慶地區(qū)不同宿主采集獲取的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)的所有樣本,并結(jié)合當(dāng)前NCBI中已有可用的相關(guān)分子數(shù)據(jù),對(duì)我國(guó)分布的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體的遺傳結(jié)構(gòu),尤其是不同宿主的群體遺傳多樣性、群體分化、種群歷史動(dòng)態(tài)及宿主間的傳播機(jī)制等方面進(jìn)行相對(duì)深入地研究與探討,以期補(bǔ)充與完善網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)遺傳多樣性的內(nèi)容,同時(shí)為水產(chǎn)養(yǎng)殖中網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)的流行病學(xué)研究提供參考性資料。

1 材料與方法

1.1 樣本采集與數(shù)據(jù)收集

本研究所涉及的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)SSU rDNA分子數(shù)據(jù)共計(jì)20條,其中18條樣本序列源自本實(shí)驗(yàn)室于2 0 1 8—2 0 2 0年分批次采集自重慶地區(qū)的鯽(Carassius auratus)與草魚(yú)(Ctenopharyngodon idellus)鰓部,且均已上傳GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中,具體序列登錄號(hào)詳見(jiàn)表1;其余可用的兩條車(chē)輪蟲(chóng)SSU rDNA序列(登錄號(hào)為AY741784與MG198568)來(lái)自GenBank,其宿主分別為武漢地區(qū)的草魚(yú)(Ctenopharyngodon idellus)與西藏地區(qū)的小黃黝魚(yú)(Micropercops swinhonis)。需要說(shuō)明的是,本研究涉及的分子序列涵蓋了目前GenBank中所有可利用的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)的SSU rDNA序列,所有網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體樣本的具體采集相關(guān)信息詳見(jiàn)表1。

表1 網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)樣本信息表Tab. 1 Sample information sheet of Trichodina reticulata

為了遺傳多樣性研究及統(tǒng)計(jì)分析的便利,本研究將所有群體樣本(20份)進(jìn)行了不同的分組,具體分為5組: 分別為Group A(鯽來(lái)源樣本,15份)、Group B(草魚(yú)來(lái)源樣本,4份)、Group C(各地鯉科魚(yú)類(lèi): 鯽+草魚(yú)來(lái)源樣本,19份)、Group D(重慶地區(qū)全部樣本,18份)與Group E(全部樣本,20份)。本文部分圖表、相關(guān)結(jié)果描述及討論均以此為基準(zhǔn)。

1.2 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建

將本研究涉及的2 0條網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)的S S U rDNA樣本序列,通過(guò)Bioedit軟件進(jìn)行多重序列比對(duì),然后采用Dna SP軟件進(jìn)行單倍型基因的分析,并以適度車(chē)輪蟲(chóng)Trichodina modesta(登錄號(hào): GU 906245)為外群,采用PAUP4b10軟件進(jìn)行單倍型ML系統(tǒng)樹(shù)的構(gòu)建;使用TreeView軟件檢查樹(shù)型的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),并借助Photoshop CS6軟件完成系統(tǒng)樹(shù)的繪制。

1.3 核苷酸數(shù)據(jù)的處理與分析

應(yīng)用MEGA6軟件進(jìn)行所有序列的多重比對(duì),然后使用Dna SP軟件計(jì)算分析核苷酸序列的單倍型數(shù)目、單倍型多樣性、核苷酸多樣性、遺傳分化指數(shù)、基因流和核苷酸單倍型錯(cuò)配分布等數(shù)據(jù)[27];同時(shí)采用Arlequin軟件獲取Tajima’sD值和Fu’sFs值進(jìn)行中性檢驗(yàn)分析[28];結(jié)合Dna SP與Network兩個(gè)軟件對(duì)所有樣本進(jìn)行中介網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建及分析。

2 結(jié)果

2.1 單倍型組成及中介網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)分析

本研究所涉及的20個(gè)網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)樣本基因序列共有9個(gè)單倍型,其中共享單倍型4個(gè),分別為Hap1、Hap2、Hap3和Hap7,其余5個(gè)為特有單倍型(表2)。在4個(gè)單倍型中,Hap3是最大的共享單倍型,在群體中所占比例達(dá)25%;特有單倍型占全部單倍型總數(shù)的55.56%;Hap8和Hap9單倍型分別出現(xiàn)在湖北武漢漢陽(yáng)和西藏茶巴朗地區(qū)(表2),所以就目前現(xiàn)有數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō),Hap8和Hap9暫被視為湖北武漢和西藏地區(qū)特有的單倍型。

表2 網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)單倍型分布情況表Tab. 2 Haplotype distribution table of Trichodina reticulata

單倍型中介網(wǎng)絡(luò)圖整體呈輻射狀,單倍型Hap1(重慶地區(qū): 鯽)明顯位于網(wǎng)絡(luò)中央位置而成為主體單倍型,整體網(wǎng)絡(luò)圖明顯圍繞主體單倍型Hap1向四周輻射。在中介網(wǎng)絡(luò)圖中,共享單倍型Hap7距離Hap1最遠(yuǎn),且其宿主為草魚(yú),顯然與其他在重慶地區(qū)鯽獲得的單倍型不同;Hap4、Hap5、Hap8和Hap9距離Hap1較遠(yuǎn),Hap6、Hap2、Hap3與Hap1的距離最近。Hap5、Hap8和Hap9來(lái)自假想共同祖先單倍型MV2,且3個(gè)單倍型來(lái)自不同地區(qū)(重慶、武漢、西藏)的不同宿主,即鯽、草魚(yú)和小黃黝魚(yú)(圖1)。

圖1 基于網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)SSU rDNA的單倍型中介網(wǎng)絡(luò)圖Fig. 1 Haplotype mediated network diagram based on SSU rDNA of Trichodina reticulata

2.2 單倍型系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析

為了更好地了解網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)不同單倍型群體之間的關(guān)系,以適度車(chē)輪蟲(chóng)為外群,構(gòu)建單倍型ML系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)?；贛L系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)顯示(圖2):整個(gè)系統(tǒng)樹(shù)聚為兩支,Hap2和Hap4單獨(dú)聚為一支,而其他所有單倍型則另聚為一大支。在大支中,Hap8和Hap9首先聚支,然后與Hap5再聚支,且該支與Hap1和Hap7形成的小支構(gòu)成姐妹支;然后再與Hap2和Hap4形成的小支再行聚支 (圖2)。上述ML系統(tǒng)樹(shù)結(jié)構(gòu)總體體現(xiàn)出兩大特點(diǎn): 支系的形成既未按地區(qū)聚支,也未按宿主進(jìn)行聚支;樹(shù)型整體聚支與中介網(wǎng)絡(luò)圖的結(jié)構(gòu)極為一致,即中介網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)中,距離近的在系統(tǒng)樹(shù)中幾乎聚在一起,如Hap2和Hap4,Hap3和Hap6,Hap1和Hap7,Hap5、Hap8和Hap9。

圖2 基于網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)SSU rDNA的單倍型ML系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)Fig. 2 Phylogenetic tree of haplotype ML based on SSU rDNA of Trichodina reticulata

2.3 遺傳多樣性及遺傳分化分析

根據(jù)表3提供的相關(guān)信息,上述5組群體均呈現(xiàn)較高的單倍型多樣性(Hd≥0.5)與較低的核苷酸多樣性(Pi＜0.005): 其中單倍型多樣性指數(shù)(Hd)最高的是Group E(全部群體),其Hd值高達(dá)為0.884,該群體包含三大地區(qū)(重慶+武漢+西藏)及三大宿主(鯽+草魚(yú)+小黃黝魚(yú))的所有樣本,其次為Group A(鯽來(lái)源群體),其Hd值均處于0.85以上,最低的是Group B(草魚(yú)來(lái)源群體)的Hd=0.5;然而核苷酸多樣性最高的卻是Group B(Pi=0.00498),最低則是Group A(Pi=0.00199),其余群體核苷酸多樣性指數(shù)則介于二者之間(表3)。通過(guò)進(jìn)一步比較兩種不同宿主(鯽與草魚(yú))寄生網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體的核苷酸多樣性差異,亦明顯發(fā)現(xiàn)Group B(草魚(yú)來(lái)源群體)顯著高于Group A(鯽來(lái)源群體；圖3和表3)。

圖3 基于網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)SSU rDNA的核苷酸多樣性比較Fig. 3 Comparison of nucleotide diversity based on SSU rDNA of Trichodina reticulata

表3 網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)遺傳多樣性分析及中性檢驗(yàn)Tab. 3 Genetic diversity analysis and neutral test of Trichodina reticulata

此外,本研究重點(diǎn)對(duì)來(lái)自不同宿主的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體,即Group A(鯽來(lái)源群體)與Group B(草魚(yú)來(lái)源群體)進(jìn)行了遺傳分化程度與基因流動(dòng)程度的研究,具體采用遺傳分化指數(shù)(Fst)及基因流(Nm)來(lái)度量。研究結(jié)果顯示(表4),Group A與Group B群體間的遺傳分化指數(shù)(Fst)為0.52716(顯著大于0.25),而二者間的基因流(Nm)則為0.45(顯著小于1)。

表4 網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體間遺傳分化指數(shù)(Fst)與基因流(Nm)分析Tab. 4 Analysis of genetic differentiation index (Fst) and gene flow (Nm) among populations of Trichodina reticulata

2.4 遺傳多樣性中性檢驗(yàn)及核苷酸錯(cuò)配分析

通過(guò)對(duì)5個(gè)網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體遺傳多樣性的中性檢驗(yàn),其結(jié)果顯示(表3): 全部群體的Tajima’sD值均為負(fù)值,除草魚(yú)寄生群體P＜0.05(P=0.014)外,其余群體P＞0.05;而Fu’sFs值除了鯽寄生群體為負(fù)值外(Fu’sFs= -0.70585),其余均為正值。另重點(diǎn)對(duì)Group A(鯽來(lái)源群體)與Group B(草魚(yú)來(lái)源群體)進(jìn)行比較,其中Group A的中性檢驗(yàn)結(jié)果為: Tajima’sD檢驗(yàn)結(jié)果表現(xiàn)為不顯著負(fù)值(Tajima’sD= -0.99097,P=0.136);Fu’sFs對(duì)Group A的中性檢測(cè)結(jié)果也為不顯著負(fù)值(Fu’sFs= -0.70585,P=0.361),與Tajima’sD檢驗(yàn)結(jié)果一致。而Group B的中性檢驗(yàn)結(jié)果為:Tajima’sD檢驗(yàn)結(jié)果表現(xiàn)為顯著負(fù)值(Tajima’sD=-0.84903,P=0.014);Fu’sFs對(duì)Group B的中性檢測(cè)結(jié)果為不顯著正值(Fu’sFs=5.09987,P=0.986)。

同時(shí),結(jié)合核苷酸的錯(cuò)配分析(圖4): 在 5個(gè)群體中,除草魚(yú)來(lái)源的群體外,其余群體均呈3—4個(gè)鋸齒型下降的多峰曲線(圖4A,C—E);而草魚(yú)來(lái)源的群體的核苷酸錯(cuò)配分布圖,呈現(xiàn)一個(gè)特殊且明顯的單峰,即一條陡峭的快速下滑線之后,形成一個(gè)顯著的單峰(圖4B)。

圖4 網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)不同群體的SSU rDNA核苷酸的錯(cuò)配分布圖Fig. 4 Map of SSU rDNA nucleotide mismatch for different populations of Trichodina reticulata

3 討論

3.1 網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)的遺傳結(jié)構(gòu)及多樣性

在動(dòng)物遺傳多樣性研究中,中介網(wǎng)絡(luò)圖的引入及其結(jié)構(gòu)分析至關(guān)重要,尤其是中介網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)中的祖先單倍型的判斷對(duì)于群體的分化意義重大,類(lèi)似的研究在部分甲殼動(dòng)物,如中華絨螯蟹(Eriocheir sinensis)、近親擬相手蟹(Parasesarma affine)的群體遺傳多樣性中較為多見(jiàn)[16,29]。本研究的中介網(wǎng)絡(luò)圖顯示(圖1),整個(gè)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)是明顯圍繞主體單倍型Hap1(鯽來(lái)源)向四周輻射。由于與主體單倍型Hap1直接或間接相連接的單倍型數(shù)量最多,且其他單倍型與其僅保留一步或兩步突變,因此推測(cè)主體單倍型Hap1為祖先單倍型[30]。進(jìn)一步結(jié)合系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)發(fā)現(xiàn),以草魚(yú)為宿主的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)(Hap7和Hap8)支系始終巢居于以鯽為宿主的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)支系中(圖2),由此推測(cè),本研究涉及的三大宿主(鯽、草魚(yú)與小黃黝魚(yú))中,寄生鯽的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)可能屬于所有群體中分化最早的種群,同時(shí)寄生草魚(yú)的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)在最早起源上很可能是從鯽傳播而來(lái)。此外,共享單倍型Hap7(重慶草魚(yú)來(lái)源)不僅距離祖先單倍型Hap1最遠(yuǎn),同時(shí)也遠(yuǎn)離其他單倍型,包括相同宿主來(lái)源的Hap8單倍型。該研究結(jié)果在一定程度上也闡明了單倍型Hap7的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)種群在其形態(tài)上不同于其他網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)種群的特征,即缺乏中央顆粒(中央顆粒曾被視為網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)典型形態(tài)學(xué)特征之一),故該研究也支持了先前關(guān)于網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)形態(tài)分化的研究論點(diǎn)[25]。另外,本研究檢測(cè)到9個(gè)單倍型,其中4個(gè)為共享單倍型,5個(gè)為特有單倍型。比較有趣的是,在所有共享單倍型中,幾乎沒(méi)有不同宿主(鯽、草魚(yú)或小黃黝魚(yú))或地理種群(重慶、武漢或西藏)的共享,換言之,所有共享單倍型均由相同的宿主來(lái)源的種群共享?；诖?可進(jìn)一步推測(cè)不同宿主的網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體間相對(duì)獨(dú)立,群體內(nèi)基因?qū)用娴慕涣鬏^少。

單倍型多樣性指數(shù)(Hd)和核苷酸多樣性指數(shù)(Pi)是群體遺傳多樣性衡量的一項(xiàng)重要指標(biāo),遺傳多樣性是物種進(jìn)化的基礎(chǔ),通常與種群的生存能力、適應(yīng)能力及進(jìn)化能力呈正相關(guān)[31]。根據(jù) Grant和Bowen(1998)提出的標(biāo)準(zhǔn)[32],單倍型多樣性(Hd)通常以 0.5 為臨界值,核苷酸多樣性(Pi)則以 0.005 為臨界值,二者的值越大,群體的多樣性程度越高。本研究結(jié)果顯示: 所有網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體(5組)的Hd值均大于或等于0.5(Hd≥0.5),最高達(dá)0.884(全部群體),說(shuō)明網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)整體的單倍型多樣性高;而所有群體的Pi＜0.005,最高0.00498(草魚(yú)來(lái)源群體),說(shuō)明網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)整體的核苷酸多樣性較低。本研究還進(jìn)一步通過(guò)比較發(fā)現(xiàn)(表3),Group A (鯽來(lái)源群體)的Hd值為0.857,顯著高于Group B (草魚(yú)來(lái)源群體)的Hd值(0.500),而鯽來(lái)源群體的核苷酸多樣性(Pi)明顯低于后者(表3和圖3),則可說(shuō)明鯽來(lái)源的群體核苷酸多樣性顯著低于草魚(yú)來(lái)源群體,推測(cè)可能是由于宿主鯽的大面積人工定向選育或基因改造在一定程度上也抑制了寄生網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)群體的核苷酸多樣性。然而類(lèi)似于網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)的這種高Hd與低Pi的遺傳多樣性狀況也存在于其他真菌、魚(yú)類(lèi)和鳥(niǎo)類(lèi)中,如牛肝菌(Phlebopus portentosus)、褐斑鲬(Platycephalussp.1)與家雞(Gallus domesticus)等[33—35]。

3.2 網(wǎng)狀車(chē)輪蟲(chóng)的遺傳分化與歷史動(dòng)態(tài)分析

遺傳分化指數(shù)(Fst)通常被用于判斷族群間遺傳分化情況。一般認(rèn)為,當(dāng)Fst值小于0時(shí),說(shuō)明群體間基因流交流頻繁;當(dāng)Fst值介于0—0.05時(shí),群體間遺傳分化很低;當(dāng)Fst值介于0.05—0.15時(shí),群體間存在中度程度的分化;當(dāng)Fst值介于0.15—0.25時(shí),群體間高度分化;當(dāng)Fst值大于0.25時(shí),群體間極度分化[36]。本研究中鯽來(lái)源群體(Group A)與草魚(yú)來(lái)源群體(Group B)間的Fst值達(dá)到0.52716(表4),且群體統(tǒng)計(jì)學(xué)差異顯著(P＜0.05)。根據(jù)上述分化標(biāo)準(zhǔn),由于兩者間的Fst顯著大于0.25,表明兩群體間已經(jīng)達(dá)到了極度分化程度。

基因流(Nm)也是衡量群體分化的另一重要特征。研究認(rèn)為,群體間Nm＜1,表示群體可能由于遺傳漂變而發(fā)生分化,而Nm＞1,表示群體間Nm水平較高,群體間遺傳分化較小;當(dāng)Nm＞4時(shí),種群間的基因交流更充分,遺傳分化更小[37]。鯽來(lái)源群體(Group A)與草魚(yú)來(lái)源群體(Group B)間的Nm值僅為0.45,明顯小于1,表明這兩個(gè)不同群體由于遺傳漂變已經(jīng)發(fā)生了分化,且該分化現(xiàn)象至少在形態(tài)學(xué)的中央顆粒特征方面已有所體現(xiàn)[25,26]。

Tajima[38]認(rèn)為,如果Tajima’sD與Fu’sFs值呈負(fù)值,且在統(tǒng)計(jì)學(xué)上達(dá)到顯著標(biāo)準(zhǔn),則說(shuō)明序列中含有比中性進(jìn)化模型更多的核苷酸位點(diǎn)變化,可能預(yù)示被研究種群曾經(jīng)歷過(guò)種群擴(kuò)張。Group A(鯽來(lái)源群體)的中性檢驗(yàn)中,Tajima’sD檢驗(yàn)結(jié)果表現(xiàn)為不顯著負(fù)值(Tajima’sD= -0.99097,P=0.136);Fu’sFs對(duì)Group A的中性檢測(cè)結(jié)果也為不顯著負(fù)值(Fu’sFs= -0.70585,P=0.361),與Tajima’sD檢驗(yàn)結(jié)果一致,故兩種檢測(cè)結(jié)果在一定程度上說(shuō)明了Group A歷史上存在種群擴(kuò)張的可能性極小,但結(jié)合Group A的多峰錯(cuò)配分析圖(圖4A),便直接否定了Group A存在歷史上種群擴(kuò)張的可能性,所以綜合分析認(rèn)為,Group A未發(fā)生過(guò)種群擴(kuò)張。

對(duì)于Group B(草魚(yú)來(lái)源群體)的中性檢驗(yàn),Tajima’sD檢驗(yàn)結(jié)果表現(xiàn)為顯著負(fù)值(Tajima’sD=-0.84903,P=0.014),此結(jié)果有力地支持Group B存在過(guò)歷史擴(kuò)張的可能;但Fu’sFs對(duì)Group B的中性檢測(cè)結(jié)果為不顯著正值(Fu’sFs=5.09987,P=0.986),說(shuō)明Group B未經(jīng)歷過(guò)歷史的種群擴(kuò)張,該結(jié)果與Tajima’sD檢驗(yàn)結(jié)果相悖。然而有研究認(rèn)為,Fu’sFs檢驗(yàn)對(duì)群體的近期擴(kuò)張比較敏感[39],所以以此推測(cè)Group B早期歷史上經(jīng)歷過(guò)種群擴(kuò)張但近期未再經(jīng)歷。結(jié)合Group B的單峰錯(cuò)配分析圖(圖4B),也進(jìn)一步證明了Group B經(jīng)歷過(guò)歷史的種群擴(kuò)張事件。綜上,Group B存在過(guò)早期的種群擴(kuò)張歷史。