宏基因二代測(cè)序在1例膿毒性休克患者病原學(xué)診斷中的應(yīng)用

柳曉蕾,陳麗娜,田高清,趙中運(yùn),張艷麗,丁 睿,張紹坤

山東省濰坊市第二人民醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科，山東濰坊 261000

膿毒性休克是急危重癥醫(yī)學(xué)面臨的重要臨床問題，其死亡風(fēng)險(xiǎn)較膿毒癥更高，盡早使用抗菌藥物并早期獲得精準(zhǔn)、快速的病原學(xué)診斷結(jié)果至關(guān)重要。本文報(bào)道1例快速起病的膿毒性休克、重癥社區(qū)獲得性肺炎患者，經(jīng)宏基因二代測(cè)序(mNGS)技術(shù)檢測(cè)到銅綠假單胞菌、耶式肺孢子菌等病原體，給予抗菌、抗孢子菌治療后病情好轉(zhuǎn)，現(xiàn)報(bào)道如下。

1 臨床資料

患者，男，59歲，因“全身酸痛、發(fā)熱、胸悶1 d”于2020年6月28日入院?；颊? d前出現(xiàn)全身酸痛，伴發(fā)熱、畏寒，體溫最高38.5 ℃，伴胸悶、咳嗽，咳白黏痰，嘔吐2次，嘔吐物為水樣物，腹瀉2次，為水樣便，就診于當(dāng)?shù)厣鐓^(qū)醫(yī)院，血壓83/60 mm Hg。血常規(guī)：白細(xì)胞計(jì)數(shù)(WBC)27.57×109/L、C反應(yīng)蛋白(CRP)73.1 mg/L。胸片示：右肺上葉病變、肺氣腫。給予補(bǔ)液治療后轉(zhuǎn)入本院。既往體健，無吸煙飲酒史等。查體：體溫38.2 ℃，脈搏96次/分，呼吸23次/分，血壓84/62 mm Hg，血氧飽和度96%(未吸氧)。雙肺呼吸音粗，右肺可聞及少許濕啰音。胸部CT檢查示：右肺上葉炎性病變、右側(cè)少量胸腔積液。6月29日血常規(guī)：WBC 25.40×109/L，中性粒細(xì)胞百分比(Neu%)93.5%，淋巴細(xì)胞百分比(Lym%)2.2%，血小板計(jì)數(shù)(PLT)118×109/L，紅細(xì)胞沉降率(ESR)25 mm/h。血生化：清蛋白29.1 g/L，鈉134.6 mmol/L，總膽紅素20.59 μmol/L，間接膽紅素15.24 μmol/L；降鈣素原(PCT)43.53 ng/mL；CRP 72.60 mg/L；腦鈉肽(BNP)675.30 pg/mL。血?dú)夥治觯簆H值7.39，氧分壓(PO2)100 mm Hg，二氧化碳分壓(PaCO2)35 mm Hg，乳酸3.3 mmol/L。EB病毒核酸1.61×103copy/mL；腎功能、血糖、血脂、尿常規(guī)、大便常規(guī)+隱血、D-二聚體、術(shù)前四項(xiàng)以及心臟、腹部彩超未見明顯異常。

入院后診斷：膿毒癥、膿毒性休克[序貫器官衰竭評(píng)分(SOFA),3分]、重癥社區(qū)獲得性肺炎、高乳酸血癥、低蛋白血癥、EB病毒感染、血小板降低、肝功能損傷、低鈉血癥、胸腔積液。留取血培養(yǎng)，給予積極液體復(fù)蘇、頭孢西丁2.0 g(每隔8小時(shí)1次)聯(lián)合左氧氟沙星0.6 g(每天1次)抗感染、升壓等對(duì)癥支持治療。病原體檢測(cè)僅有血液EB病毒核酸陽性，痰涂片檢菌、尿肺炎鏈球菌抗原、肺炎支原體和肺炎衣原體DNA、嗜肺軍團(tuán)菌核酸、抗酸桿菌涂片、新型冠狀病毒核酸檢測(cè)等均為陰性。7月1日患者體溫及血壓恢復(fù)正常，胸悶有加重趨勢(shì)，復(fù)查血常規(guī)：WBC 10.22×109/L，Neu% 86.3%。肝功能：清蛋白29.3 g/L，PCT 14.82 ng/mL。胸部CT示病變進(jìn)展，行電子支氣管鏡檢查，氣管內(nèi)可見少量膿性分泌物，將支氣管肺泡灌洗液送檢涂片、查核酸、培養(yǎng)及mNGS。7月2日支氣管肺泡灌洗液結(jié)果顯示：EB病毒核酸陽性、涂片檢菌見少量雜菌，而嗜肺軍團(tuán)菌、耶式肺孢子菌、甲乙型流感病毒、鼻病毒、腺病毒、巨細(xì)胞病毒和呼吸道合胞病毒的核酸檢測(cè)為陰性，肺炎支原體和肺炎衣原體DNA以及抗酸桿菌涂片、抗酸桿菌濃集菌、結(jié)核分枝桿菌DNA、G試驗(yàn)均為陰性。7月3日mNGS結(jié)果示檢測(cè)到銅綠假單胞菌(序列數(shù)1009)、副流感嗜血桿菌(序列數(shù)57)、人類皰疹病毒4型(序列數(shù)6)、耶式肺孢子菌(序列數(shù)3)。

追問病史，患者表示自幼時(shí)即存在喘息情況，未規(guī)范診治，平時(shí)間斷口服氨茶堿、潑尼松，1個(gè)月前感冒后每日口服氨茶堿及潑尼松(10 mg，每天1次)?？紤]患者存在支氣管哮喘基礎(chǔ)疾病，診斷為銅綠假單胞菌肺炎、耶式肺孢子菌肺炎。7月4日調(diào)整抗菌藥物為頭孢哌酮/舒巴坦3.0 g(每隔12小時(shí)1次)、阿米卡星0.6 g(每隔12小時(shí)1次)、復(fù)方磺胺甲噁唑1.44 g(每隔8小時(shí)1次)。7月5日復(fù)查相關(guān)指標(biāo)有所好轉(zhuǎn)(表1)，患者血培養(yǎng)、第1次痰培養(yǎng)、支氣管肺泡灌洗液致病菌培養(yǎng)結(jié)果為陰性。7月6日痰液耶式肺孢子菌核酸檢測(cè)陽性，7月9日胸部CT示病變明顯吸收，7月11日第2次痰培養(yǎng)結(jié)果示銅綠假單胞菌(非多藥耐藥菌)，7月14日復(fù)查血常規(guī)、CRP、ESR均恢復(fù)正常，清蛋白35.7 g/L，PCT降至0.225 ng/mL，肺功能及支氣管舒張?jiān)囼?yàn)證實(shí)存在支氣管哮喘及慢性阻塞性肺疾病，給予布地奈德福莫特羅吸入劑、噻托溴銨粉霧劑吸入治療，病情好轉(zhuǎn)于7月15日出院，后期復(fù)查相關(guān)指標(biāo)均恢復(fù)正常。

表1 實(shí)驗(yàn)室指標(biāo)變化

2 討 論

膿毒癥是一種嚴(yán)重威脅生命的感染性疾病[1]，傳統(tǒng)的病原學(xué)檢測(cè)方法有血培養(yǎng)、PCR等，存在耗時(shí)長(zhǎng)、靈敏度低、覆蓋面窄等缺點(diǎn)。近年來，mNGS不斷成熟并普及，為病原學(xué)診斷提供了一種新的有力手段[2]。LONG等[3]開展的單中心研究中納入78份膿毒癥患者血樣，研究結(jié)果顯示mNGS的特異度和靈敏度分別為89.6%和72.7%，并且采用血培養(yǎng)聯(lián)合mNGS診斷細(xì)菌或真菌感染，陽性率較單用血培養(yǎng)顯著升高(23.08%和12.82%，P=0.013)。本例膿毒性休克患者在經(jīng)驗(yàn)性抗感染治療后，生命體征等有所好轉(zhuǎn)，但胸悶加重、影像學(xué)表現(xiàn)持續(xù)進(jìn)展，初步病原學(xué)檢測(cè)未見主要致病菌，故及時(shí)完善支氣管肺泡灌洗液mNGS。本例患者血培養(yǎng)陰性，但因銅綠假單胞菌很少出現(xiàn)血培養(yǎng)陽性，故不能排除血流感染，因患者經(jīng)濟(jì)條件限制，當(dāng)時(shí)未行血液mNGS，給予足療程抗感染治療后復(fù)查感染指標(biāo)恢復(fù)正常。

對(duì)患者支氣管肺泡灌洗液mNGS的檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行分析，人類皰疹病毒4型即EB病毒，目前無特效藥物，主要給予對(duì)癥支持治療。副流感嗜血桿菌是社區(qū)獲得性肺炎的常見病原菌，但銅綠假單胞菌是我國(guó)成人社區(qū)獲得性肺炎中的少見病原體[4]。劉又寧等[5]的一項(xiàng)涉及33 148例患者的研究結(jié)果顯示，由銅綠假單胞菌所致的社區(qū)獲得性肺炎只有18例(0.05%)，但總病死率可高達(dá)61.1%。本例患者入院時(shí)否認(rèn)既往病史，mNGS檢測(cè)到銅綠假單胞菌后筆者對(duì)感染的危險(xiǎn)因素進(jìn)行詳細(xì)調(diào)查，找到原發(fā)病為支氣管哮喘，早期明確診斷并調(diào)整抗菌方案。后期第2次痰培養(yǎng)也出現(xiàn)了銅綠假單胞菌，但mNGS在查明病原體方面明顯節(jié)省了時(shí)間。本例患者mNGS還檢測(cè)到耶式肺孢子菌[6]，這是一種常見的機(jī)會(huì)感染性真菌，多見于早產(chǎn)兒，有免疫功能缺陷、惡性腫瘤、接受器官移植、長(zhǎng)期使用免疫抑制劑或激素治療等患者。近年來研究發(fā)現(xiàn)，耶式肺孢子菌在慢性阻塞性肺疾病等呼吸系統(tǒng)疾病患者肺內(nèi)存在定植現(xiàn)象[7]。休克與重癥肺炎時(shí)所引起的細(xì)胞因子風(fēng)暴、免疫抑制等情況均可能促使耶式肺孢子菌致病形成耶式肺孢子菌肺炎。耶式肺孢子菌肺炎易致急性呼吸窘迫綜合征，病死率高，早期明確診斷意義重大。本例患者入院診斷為膿毒癥及膿毒性休克，mNGS檢測(cè)到耶式肺孢子菌，經(jīng)證實(shí)存在慢性氣道基礎(chǔ)疾病及較長(zhǎng)時(shí)間應(yīng)用糖皮質(zhì)激素情況，考慮其為致病菌，之后患者痰液耶式肺孢子菌核酸檢測(cè)也回報(bào)陽性，與mNGS結(jié)果一致，給予足療程抗肺孢子菌治療后復(fù)查轉(zhuǎn)陰性。

本例社區(qū)獲得性肺炎患者起病急，迅速發(fā)展為膿毒癥、膿毒性休克，而流行病學(xué)、臨床表現(xiàn)、實(shí)驗(yàn)室檢查、影像學(xué)等方面并無特殊性。mNGS顯示出其獨(dú)特優(yōu)勢(shì)，其快速、非選擇性的特性較好地補(bǔ)充了傳統(tǒng)病原學(xué)診斷方法的不足。近些年mNGS已廣泛應(yīng)用于多種感染性疾病的診斷，對(duì)于提高感染性疾病患者，特別是危重癥和免疫功能低下患者的診斷率，具有一定的臨床意義[8]。但現(xiàn)階段mNGS亦存在一些不足[9]，如：費(fèi)用高、無藥敏試驗(yàn)結(jié)果、無法檢測(cè)耐藥性、判讀標(biāo)準(zhǔn)缺乏、測(cè)序結(jié)果與治療關(guān)系不明確、循證醫(yī)學(xué)證據(jù)支持不足等。臨床醫(yī)師需合理應(yīng)用，結(jié)合臨床表現(xiàn)科學(xué)解讀[10]，動(dòng)態(tài)觀察療效。