王巧稚,劉校彤,夏朝霞,王 瓊
1.西南醫(yī)科大學(xué) 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院(瀘州 646000);2.江陽城建職業(yè)學(xué)院醫(yī)藥康養(yǎng)學(xué)院(瀘州 646100);3.瀘州市人民醫(yī)院 內(nèi)分泌科(瀘州 646000);4.西南醫(yī)科大學(xué)附屬中醫(yī)醫(yī)院中葡中醫(yī)藥國際合作中心(瀘州 646000)
胃輕癱綜合征(gastroparesis syndrome,GS)又稱為胃麻痹或者胃無力,是以早飽、腹脹、惡心、發(fā)作性干嘔體重減輕等為主要癥狀,以胃排空延緩為特征的癥狀群。但這一疾病經(jīng)內(nèi)鏡檢查無上消化道的機(jī)械性梗阻或肝膽器質(zhì)性病變[1]。胃輕癱最常見的病因是糖尿病,糖尿病胃輕癱(diabetic gastroparesis,DGP)會(huì)加重糖代謝的異常,影響藥物吸收;胃輕癱還可繼發(fā)于手術(shù)和感染等疾病;此外,仍有部分病因不明的特發(fā)性胃輕癱[2]。
由于對(duì)GS 發(fā)病機(jī)制的認(rèn)識(shí)尚不明確,西醫(yī)對(duì)于胃輕癱的治療主要有:促胃腸動(dòng)力、控制血糖及維持水電解質(zhì)平衡等,臨床上尚無非常有效的治療手段。香砂六君子丸是中醫(yī)治療DGP 的常用方劑之一。香砂六君子丸,源于《古今名醫(yī)方論》中的方劑香砂六君子湯,其功效為益氣健脾,行氣和胃。臨床上常用于治療脾胃氣虛,痰濁中阻所致的胃痛、腹?jié)M腹脹、不思飲食、惡心嘔吐、消瘦和乏力等。有研究表明,香砂六君子丸可明顯改善DGP 患者的臨床癥狀[3],通過調(diào)節(jié)激素水平及相關(guān)神經(jīng)促進(jìn)胃腸蠕動(dòng),減輕胃部不適的癥狀,改善患者胃排空時(shí)間[4-5]。但在治療過程中,香砂六君子丸發(fā)揮其藥效作用的相關(guān)活性物質(zhì)和機(jī)制尚不清楚。
近年來,通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)構(gòu)建藥物-靶點(diǎn)-疾病之間的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò),分析中藥復(fù)方所含復(fù)雜化學(xué)成分和藥理作用,從整體性對(duì)藥效進(jìn)行評(píng)價(jià)和分析,并對(duì)方劑相關(guān)潛在成分及機(jī)制進(jìn)行研究,是探究中藥有效成分的一種新思路[6]。本文通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對(duì)該方劑的成分和相關(guān)靶點(diǎn)進(jìn)行分析,探索可能的作用機(jī)制,使用分子對(duì)接對(duì)其進(jìn)行初步驗(yàn)證,為其臨床應(yīng)用及后期實(shí)驗(yàn)研究提供新的思路和依據(jù)。
選擇GeneCards 數(shù)據(jù)庫獲取疾病相關(guān)信息;通過TCMSP和TCMID數(shù)據(jù)庫獲取藥物相關(guān)的信息[7-8]。整個(gè)分析過程中用了Ultra-Edit軟件進(jìn)行腳本編寫和處理,Cytoscape3.8.0軟件進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)可視化;STRING數(shù)據(jù)庫進(jìn)行PPI 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和分析;采用Bioconductor 數(shù)據(jù)庫和R軟件以及Perl軟件對(duì)結(jié)果進(jìn)行后續(xù)處理和分析。
1.2.1 香砂六君子丸的化學(xué)成分?jǐn)?shù)據(jù)庫的構(gòu)建 以“木香、砂仁、半夏、陳皮、人參、炙甘草、白術(shù)、茯苓、生姜、大棗”為關(guān)鍵詞,基于TCMSP數(shù)據(jù)庫以及用戶指南(口服生物利用度≥30%,藥物相似性≥0.18)、TCMID數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)獲取藥物成分以及靶點(diǎn)信息。
1.2.2 胃輕癱和延遲胃排空相關(guān)靶蛋白的數(shù)據(jù)獲取在GeneCards數(shù)據(jù)庫中輸入“胃輕癱(Gastroparesis)”和“延遲胃排空(delayed gastric emptying)”進(jìn)行檢索,下載數(shù)據(jù)保存為Excel格式。
1.2.3 香砂六君子丸和胃輕癱所致延遲胃排空靶蛋白交集的整理 將藥物(香砂六君子丸)與疾病(胃輕癱和延遲胃排空)相關(guān)的靶蛋白,分別整理,形成drug.txt和disease.txt 兩個(gè)文件,在R 軟件中安裝“Venn-Diagram”數(shù)據(jù)包,用Ultra-Edit軟件編輯求交集的腳本并運(yùn)行,輸出兩者交集靶蛋白為Drug_Disease.txt,并繪成交集圖。
1.2.4 構(gòu)建可視化與蛋白互作網(wǎng)絡(luò) 基于藥物活性成分和靶點(diǎn)之間的關(guān)系,構(gòu)建靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)(Protein-protein interaction network,PPInetwork)。使用Cytoscape 3.8.0對(duì)結(jié)果進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)可視化,用barplot 函數(shù)在R 軟件中繪制核心蛋白靶點(diǎn)圖。通過上述操作得到的Drug_Disease.txt,進(jìn)入STRING 數(shù)據(jù)庫后輸入所有靶蛋白,選擇“Ho?mo sapiens”進(jìn)行搜索且隱藏孤立靶點(diǎn),以0.4作為最小相關(guān)系數(shù)為標(biāo)準(zhǔn),得到靶點(diǎn)之間的互作關(guān)系[9]。并且根據(jù)cytoscape中的系數(shù)對(duì)藥物主要活性成分進(jìn)行篩選。
1.2.5 GO和KEGG富集分析 將得到的Drug_Disease.txt,在R 中安裝“DOSE”、“clusterprofiler”、“pathview”數(shù)據(jù)包,使用Ultra-Edit 編輯GO 和KEGG 富集分析的腳本。通過R運(yùn)行后得到GO和KEGG富集分析的結(jié)果圖和相關(guān)數(shù)據(jù)。
1.2.6 主要成分分子對(duì)接 對(duì)基于香砂六君子丸和胃輕癱所構(gòu)建的網(wǎng)絡(luò)模型中關(guān)鍵的成分與靶點(diǎn)進(jìn)行分子對(duì)接,首先在PDB(https://www.rcsb.org/)數(shù)據(jù)庫中獲取主要靶點(diǎn)(IL6、EGFR)的蛋白晶體復(fù)合物,再使用Py?MOL 軟件將兩者中的水分子、磷酸根及其他非活性相關(guān)配體去除,再把原配體從靶蛋白上分離[10]。之后,于PubChem 中搜索小分子并保存其結(jié)構(gòu)。將小分子和靶蛋白的3D 結(jié)構(gòu)導(dǎo)入Auto Dock vina 軟件中保存為PD?BQT格式,然后將小分子與靶蛋白進(jìn)行分子對(duì)接[11]。
通過檢索及篩選數(shù)據(jù)庫得到活性成分105 種,且去重后得到121個(gè)藥物相關(guān)靶點(diǎn)。經(jīng)GeneCards數(shù)據(jù)庫檢索并排除重復(fù)靶點(diǎn)后,得到與胃輕癱和延遲胃排空相關(guān)靶點(diǎn)共2 368個(gè)。通過求交集繪制Venn圖,得到藥物與疾病共同靶點(diǎn)92個(gè),見圖1。
圖1 藥物與疾病靶點(diǎn)交集Venn圖Figure 1 Venn diagram of intersection of drug and disease targets
2.2.1 成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)分析 用Cytoscape 3.8.0 將中藥、主要活性成分、靶蛋白與疾病的關(guān)系可視化,如圖2所示,藍(lán)色為中藥名(香砂六君子丸XSLJZW),紅色為疾?。ㄎ篙p癱Gastroparesis),紫色顯示的是靶點(diǎn),綠色顯示的為活性成分。
圖2 藥物成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖Figure 2 Drug component-targets network diagram
2.2.2 PPI 結(jié)果 通過STRING 數(shù)據(jù)庫,將交集后的92個(gè)關(guān)鍵蛋白進(jìn)行可視化,見圖3。其中,白蛋白(albu?min,ALB);白細(xì)胞介素-6(Interleukin-6,IL-6);細(xì)胞凋亡相關(guān)半胱氨酸肽酶(apoptosis-related cysteine pep?tidase,caspase 3);表皮生長因子受體(epidermal growth factor receptor,EGFR);MYC基因(MYC);絲裂原激活蛋白激酶8(MAPK8);等靶點(diǎn)與較多其他靶點(diǎn)關(guān)聯(lián),為核心靶點(diǎn),見圖4。
圖3 香砂六君子丸與胃輕癱所致延遲胃排空靶點(diǎn)的PPI結(jié)果圖Figure 3 The diagram of PPI network of Xiangsha Liujunzi Pills and Delayed gastric emptying cased by Gastroparesis
圖4 barplot 函數(shù)核心蛋白圖Figure 4 The core protein plot of the barplot function
2.3.1 GO結(jié)果 通過富集分析,得到與關(guān)鍵靶蛋白相關(guān)的功能共109種。根據(jù)相關(guān)性分析,香砂六君子丸對(duì)胃輕癱和延遲胃排空的作用主要是通過影響DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄激活物活性、RNA聚合酶Ⅱ特異性結(jié)合、DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄激活物活性、DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合等發(fā)揮作用,見圖5。
圖5 GO 分析結(jié)果Figure 5 The result of GO analysis
2.3.2 KEGG 結(jié)果 基于關(guān)鍵蛋白,在Bioconductor 數(shù)據(jù)庫中找到相關(guān)通路共120 條。根據(jù)通路中所含的關(guān)鍵蛋白數(shù)量和相關(guān)性評(píng)分,為香砂六君子丸中排名前20 的作用于胃輕癱和延遲胃排空的關(guān)鍵通路,如圖6所示,涉及途徑和通路有:卡波西肉瘤相關(guān)皰疹病毒感染、人巨細(xì)胞病毒感染、晚期糖基化終末產(chǎn)物(ad?vanced glycosylation end products,AGEs)-糖基化終末產(chǎn)物受體(receptor of AGEs,RAGE)信號(hào)通路、腫瘤壞死因子(tumor necrosis factor,TNF)信號(hào)通路等。
圖6 KEGG 分析結(jié)果Figure 6 The result of KEGG analysis
將槲皮素與IL6和EGFR進(jìn)行分子對(duì)接,vina評(píng)分的值顯示了蛋白質(zhì)和化合物之間的結(jié)合活性,較低的值代表更大的親和力,對(duì)接結(jié)果顯示出具有良好的親和力,提示香砂六君子丸治療胃輕癱網(wǎng)絡(luò)模型構(gòu)建具有較高的準(zhǔn)確性,見表1。對(duì)接結(jié)果可見,槲皮素與IL-6的ARG-30(精氨酸)和ARG-182 各形成一個(gè)氫鍵;槲皮素與EGFR 的ARG-525、ASN-526(天冬酰胺)、MET-477(甲硫氨酸)各形成一個(gè)氫鍵;黃芩素與IL-6的ARG-179 和ARG-182 各形成2 個(gè)氫鍵;黃芩素與ER的MET-477和LEU-408(亮氨酸)各形成一個(gè)氫鍵;β-谷甾醇與EGFR的CYS-481(半胱氨酸)形成一個(gè)氫鍵,見圖7。
圖7 小分子活性物質(zhì)與靶蛋白對(duì)接結(jié)果圖Figure 7 Diagrams of Molecular docking results
表1 小分子與主要靶點(diǎn)對(duì)接結(jié)果Table 1 Docking results of small molecules with major targets
香砂六君丸脫胎于傳統(tǒng)的香砂六君子湯,其中木香可消食、行氣止痛,可用于胸脅脘痛[12];人參健脾益氣、溫甘養(yǎng)胃;白術(shù)可利水潤燥、益胃健脾,助益氣推送之力[13];茯苓健脾滲濕;陳皮祛痰降氣;砂仁溫中醒脾;半夏止嘔祛濕;炙甘草能和中溫胃。白術(shù)對(duì)胃腸道具有雙向調(diào)節(jié)作用,機(jī)制可能與腸神經(jīng)系統(tǒng)傳導(dǎo)及分泌,胃腸道的激素分泌或者相互協(xié)同作用相關(guān)[14]。
由胃竇和小腸上皮G 細(xì)胞分泌的胃泌素(gastrin,GAS)也在DGP 中有一席之地,它的主要功能是:刺激胃酸分泌和胃腸運(yùn)動(dòng),為泌酸區(qū)胃黏膜提供營養(yǎng)支持[15-17]。當(dāng)血糖出現(xiàn)升高時(shí),生長抑素的分泌水平降低,其對(duì)GAS 分泌的抑制作用減弱,故糖尿病胃輕癱患者常伴GAS水平增高[16]。目前有研究表明,香砂六君子湯治療DGP的機(jī)制與通過抑制胃動(dòng)素和胃泌素的分泌從而加快胃腸運(yùn)動(dòng)有關(guān)[18]。不僅如此,炎癥也是DGP患者中導(dǎo)致胃排出延遲的重要原因之一,其中IL-6、IL-10 和TNF-α起著至關(guān)重要的作用[19-20]。
本次研究獲得香砂六君子丸作用于胃輕癱的對(duì)應(yīng)活性成分共105 種,其中有較多潛在靶點(diǎn)的有:槲皮素、乙酰氧基蒼術(shù)酮、黃芩素等天然黃酮類化合物,以及β-谷甾醇和6-甲基姜辣二醇雙乙酸酯(6-methylgin?gediacetate2)等甾醇類的組分,這些成分具有抗氧化、抗炎、抗病毒、抗腫瘤及免疫調(diào)節(jié)等作用[21-22]。有研究表明,槲皮素可消除活性氧自由基,降低炎癥因子分泌[23-24],以及改善胰島素抵抗,增強(qiáng)胰島素的敏感性[25-26]。黃芩素可以下調(diào)炎性因子如IL-6、TNF-α的表達(dá)水平,降低細(xì)胞內(nèi)活性氧水平,抑制P38的磷酸化及相關(guān)通路發(fā)揮其抗炎作用,此外,黃芩素對(duì)酸化的乙醇誘導(dǎo)的胃損傷顯示出保護(hù)作用,可以增加胃黏液分泌并且降低胃酸分泌[27-29]。同樣的,β-谷甾醇在抑制炎性細(xì)胞和炎性因子上也有突出表現(xiàn),有研究表明其可通過抑制CAS1的產(chǎn)生及MAPK信號(hào)通路的活化來產(chǎn)生作用[30];此外,β-谷甾醇還可以增加胰島素的分泌和活性,促進(jìn)脂肪細(xì)胞對(duì)葡萄糖的吸收,并且還可以促進(jìn)脂肪溶解,還可以降低C 反應(yīng)蛋白含量,下調(diào)血管細(xì)胞黏附因子起到抗動(dòng)脈粥樣硬化作用[31-32]。
本文基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法,篩選出了疾病相關(guān)的靶點(diǎn),選取了有較高系數(shù)的IL-6 和EGFR 與通過網(wǎng)絡(luò)分析所得的槲皮素、黃芩素以及β-谷甾醇進(jìn)行分子對(duì)接模型驗(yàn)證。分子對(duì)接的結(jié)果顯示:槲皮素和黃芩素與IL-6、EGFR 都具有良好的親和力,β-谷甾醇與EG?FR有較好的親和力。這更加深入地顯示出這三種活性成分與靶蛋白之間的緊密作用關(guān)系,并且表明本文前述網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析結(jié)果有一定的可靠性。對(duì)接的結(jié)果提示這些成分可能通過影響EGFR和IL-6的表達(dá)來調(diào)節(jié)胃輕癱和延遲胃排空的炎癥反應(yīng)。上述分析結(jié)果與文獻(xiàn)所述的藥理學(xué)作用及部分通路驗(yàn)證結(jié)果一致,進(jìn)一步的說明了本研究的可靠性。
利用網(wǎng)藥分析中藥復(fù)方治療胃輕癱疾病已有相關(guān)研究。如用加味桃核承氣湯防治[33],半夏瀉心湯治療糖尿病胃輕癱[34],分析結(jié)果顯示半夏瀉心湯活性成分中對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)較多的為槲皮素、漢黃芩素、山奈酚,與本文所分析的活性成分類似。今后可考慮在槲皮素、黃芩素等單一成分上進(jìn)行深入實(shí)驗(yàn)研究。
本文通過分析藥物與疾病靶點(diǎn)之間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,有效地揭示了香砂六君子丸治療胃輕癱導(dǎo)致延遲胃排空的可能機(jī)制。胃輕癱的主要病因是糖尿病,且與炎癥反應(yīng)相關(guān),根據(jù)分析結(jié)果,推測(cè)該方劑中槲皮素、黃芩素以及β-谷甾醇等活性成分可能作用于ALB、IL-6、CASP3、EGFR、MYC、MAPK8和VRGFA等靶點(diǎn),涉及有卡波西肉瘤相關(guān)皰疹病毒感染、人巨細(xì)胞病毒感染通路、TNF 及AGE-RAGE 信號(hào)通路,雖然網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析具有一定的局限性,但本文結(jié)果還是為進(jìn)一步探討潛在機(jī)制和優(yōu)化實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)提供了重要的參考依據(jù)。
(利益沖突:無)