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    獼猴桃褪綠環(huán)斑相關病毒RT-LAMP-LFD可視化檢測方法的建立

    2022-02-10 06:47:54鄒佳伶彭期定王韻茹席德慧
    四川大學學報(自然科學版) 2022年1期
    關鍵詞:凝膠電泳條帶獼猴桃

    鄒佳伶, 彭期定, 王韻茹, 席德慧

    (四川大學生命科學學院生物資源與生態(tài)環(huán)境教育部重點實驗室, 成都 610065)

    1 引 言

    獼猴桃是獼猴桃科(Actinidiaceae)獼猴桃屬(ActinidiaLindl.)的多年生落葉木質(zhì)藤本經(jīng)濟林樹種,其果實營養(yǎng)價值較高,含有豐富的維生素C和有機酸等,已成為我國重要的園藝農(nóng)產(chǎn)品[1,2].四川省是我國獼猴桃的主要產(chǎn)區(qū)之一,其栽培面積和產(chǎn)量居全國前列,基本形成了秦巴山-龍門山脈的獼猴桃產(chǎn)業(yè)帶[3-5].近年來,隨著我國獼猴桃種植面積的增加,病毒病害在獼猴桃等園藝作物中發(fā)生普遍,對獼猴桃生長和產(chǎn)量的影響也逐漸凸顯,已成為威脅獼猴桃產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重要因素[6,7].目前,國內(nèi)外約有19種感染獼猴桃的病毒被報道,其中,國內(nèi)的獼猴桃主要種植區(qū)共檢測到9種獼猴桃病毒[8,9],獼猴桃褪綠環(huán)斑相關病毒(Actinidiachloroticringspot associated virus,AcCRaV)是2013年從我國獼猴桃樣品上首次被鑒定的負義單鏈RNA病毒,隸屬于無花果花葉病毒科(Fimoviridae),歐洲山梣環(huán)斑病毒屬(Emaravirus)[10,11].AcCRaV在我國獼猴桃上的分布范圍較廣,湖北、陜西、安徽和四川等地區(qū)均有報道,檢出率為20%左右,癥狀大多表現(xiàn)為葉片褪綠、環(huán)斑和葉脈黃化等,潛在風險仍不明確[12,13].因此,建立高效和快捷的AcCRaV檢測方法對病毒病害的防治和早期預警,具有十分重要的意義.

    目前,針對AcCRaV的檢測方法主要為反轉錄-聚合酶鏈式反應(Reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)[6],多重RT-PCR(Multiplex RT-PCR)和小RNA深度測序等[10-12],這些檢測方法靈敏性和特異性較高,在一定程度上有助于病毒的檢測和識別,但也存在著檢測成本高,需要特定的儀器設備或者耗時費力等限制條件[14-16].近年來,一種在恒溫條件下實現(xiàn)快速擴增的逆轉錄-環(huán)介導等溫擴增技術(Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)已被廣泛應用到植物RNA病毒的快速檢測中[17,18].LAMP檢測基于靶基因的6個區(qū)域設計4~6條特異引物,30~60 min即可完成擴增反應,同時,通過觀察產(chǎn)物混濁程度或加入核酸染料后的顏色變化等可判定擴增效果,但肉眼評估顏色或渾濁度的變化存在一定的誤差,影響檢測結果的可靠性[19,20].近期,LAMP結合橫向流動試紙條(Lateral flow dipstick,LFD)的檢測方法在一定程度上能減少檢測結果假陽性的現(xiàn)象,該方法已在水產(chǎn)微生物、食品微生物和植物病原菌的檢測中得到廣泛應用[20].LFD檢測方法,利用生物素(Biotin,BIO)標記的LAMP擴增產(chǎn)物與異硫氰酸熒光素(Fluorescein isothiocyanate,F(xiàn)ITC)標記的探針形成雜交產(chǎn)物,根據(jù)雜交產(chǎn)物和LFD中FITC抗體標記的膠體金形成復合物,通過抗體捕獲和膠體金免疫層析技術,在試紙條上產(chǎn)生顏色變化來判斷檢測結果,具有快速、靈敏以及結果可視化等特點[21].

    本研究將RT-LAMP與LFD檢測方法結合,根據(jù)AcCRaV的外殼蛋白基因(Coat Protein,CP)序列設計了LAMP檢測的特異性引物,通過擴增條件和反應體系的優(yōu)化,建立了最佳擴增體系;同時,對LAMP引物進行BIO和FITC標記,建立了RT-LAMP-LFD的檢測方法,使檢測結果可視化,為AcCRaV的快速檢測和獼猴桃病毒病害防控提供一種新的檢測手段.

    2 材料與方法

    2.1 試驗材料

    2016年至2019年,本實驗組分別從四川不同地區(qū)采集獼猴桃(Actinidiaspp.)疑似病毒感染葉片樣品及健康葉片樣品,所有樣品均保存于-80 ℃冰箱備用.經(jīng)RT-PCR鑒定含有柑橘葉斑駁病毒(Citrusleaf blotch virus,CLBV)、獼猴桃褪綠環(huán)斑相關病毒(Actinidiachloroticringspot-associated virus,AcCRaV)、獼猴桃病毒1(Actinidiavirus 1,AcV-1)以及獼猴桃病毒A(Actinidiavirus A,AcVA)的獼猴桃樣品作為實驗對照,由本實驗室保存[12].

    實驗相關試劑包括:Bst DNA聚合酶,MgSO4(100 mmol/L)以及dNTPs(10 mmol/L)購自New England Biolabs公司;HybriDetect橫向流動試紙條試劑盒(MGHD1)購自Milenia biotec公司;1000×SYBRGreen Ⅰ 核酸染液購自Solarbio公司.

    2.2 方 法

    2.2.1 RT-LAMP及RT-PCR引物的設計 根據(jù)GenBank中的AcCRaV的基因序列,以AcCRaV的外殼蛋白核苷酸序列為目標基因,通過DNAMAN V6進行多重序列比對,選擇序列相對保守的區(qū)域作為引物設計的靶基因序列,如圖1所示.利用在線引物設計軟件Primer Explorer V5 (http://primer explorer.jp/e/)進行LAMP引物的設計,比較各組引物的GC含量和引物末端穩(wěn)定性等因素,選擇合適的LAMP擴增引物.為實現(xiàn)擴增產(chǎn)物結果的可視化,將引物FIP和BIP的5′末端分別用生物素(Biotin)和異硫氰酸熒光素(FITC)進行標記,同時,RaV-F/R引物用于常規(guī)RT-PCR檢測,上述引物和修飾引物均由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,LAMP引物序列信息如表1所示.

    圖1 AcCRaV的RT-LAMP引物在外殼蛋白基因序列的位置箭頭表示外引物(F3, B3),正向內(nèi)引物FIP (F1c + F2),反向內(nèi)引物BIP (B1c + B2)的位置和方向Fig.1 Position of the designed RT-LAMP primers in coat protein gene of AcCRaV

    表1 獼猴桃褪綠環(huán)斑相關病毒的RT-LAMP 和RT-PCR引物序列信息Tab.1 List of primers used for detection of AcCRaV by RT-LAMP and RT-PCR in this study

    2.2.2 總RNA提取及cDNA合成 獼猴桃葉片樣品經(jīng)液氮研磨后,根據(jù)CTAB法用于提取獼猴桃樣品總RNA[4,12],總RNA濃度和質(zhì)量使用Nano Photometer P-330(Implen GmbH,Munich,Germany)測定,選擇濃度大于0.1μg / μL的總RNA用于后續(xù)試驗.以提取的總RNA為模板逆轉錄合成cDNA,反應體系為20 μL,參照PrimeScript Ⅱ 1st Strand cDNA合成試劑盒(TaKaRa, Dalian, China)完成cDNA的合成,并將產(chǎn)物存于-20 ℃?zhèn)溆?

    PCR反應總體系為25 μL:含2×Taq Master Mix 12.5 μL,上、下游引物(10 μmol / μL)各1 μL,cDNA 2 μL和ddH2O 8.5 μL PCR反應程序為:95 ℃預變性5 min;95 ℃變性30 s,54 ℃退火30 s,72 ℃延伸45 s,循環(huán)34次;72 ℃延伸5 min.

    2.2.3 RT-LAMP擴增反應條件優(yōu)化 參照Bst2.0 WarmStart DNA聚合酶推薦的擴增反應進行擴增,反應體系為25 μL,包括WarmStart DNA聚合酶 2.5 μL、Mg2+(100 mmol/L) 1.5 μL、dNTPs(10 mmol/L) 2.5 μL、F3/B3(10 μmol/L)各0.5 μL、FIP/BIP(10 μmol/L)各4 μL、擴增模板2 μL,加水補足至25 μL,60 ℃下恒溫反應1 h,擴增產(chǎn)物經(jīng)濃度為2%的瓊脂糖凝膠電泳檢測.

    為達到最佳的擴增效果,采用控制單一變量法,對LAMP擴增反應條件(Mg2+和dNTPs濃度,LAMP內(nèi)外引物比例,擴增溫度和擴增時間)進行優(yōu)化.dNTPs濃度優(yōu)化時,保持其他擴增條件不變,dNTPs反應終濃度設為0.2~1.0 mmol/L等5個濃度梯度, 以0.2 mmol/L依次遞增;在最佳dNTPs濃度下,Mg2+濃度設定為2~10 mmol/L等5個濃度梯度,以2 mmol/L依次遞增;內(nèi)外引物比(FIP/BIP: F3/B3)優(yōu)化時,使反應體系中外引物(F3和B3)終濃度保持0.2 μmol/L不變,內(nèi)外引物比例分別為1∶1,2∶1,3∶1,4∶1,5∶1,6∶1,7∶1,8∶1.得到LAMP擴增的最佳反應體系后,將恒溫擴增溫度設為56,57,58,59,60,61,62和63 ℃等8個溫度梯度,確定最佳反應溫度;在最佳反應體系和擴增溫度下,將擴增時間設為30,40,50,60,70和80 min等6個梯度,確定LAMP反應的最適擴增溫度.

    2.2.4 RT-LAMP擴增產(chǎn)物檢測方法 RT-LAMP擴增產(chǎn)物可通過2%的瓊脂糖凝膠電泳、加入核酸染料判斷染色變化以及橫向流動試紙條檢測等3種方式對擴增結果進行分析[8].瓊脂糖凝膠電泳檢測利用凝膠成像系統(tǒng)觀察結果,出現(xiàn)梯度條帶則檢測結果為陽性,沒有條帶產(chǎn)生則檢測結果為陰性(圖2a).核酸染料檢測通過在反應產(chǎn)物中加入0.5 μL SYBR Green Ⅰ(10 000×)核酸染料,混勻后觀察溶液顏色變化,有擴增產(chǎn)物生成則溶液顏色為綠色,沒有產(chǎn)物生成溶液顏色為橙色(圖2b).側向流動試紙條(LFD)檢測時,3 μL反應產(chǎn)物添加到裝有100 μL的HybriDetect分析緩沖液的離心管中,放入橫向流動試紙條,孵育5 min,若試紙條的檢測線(Test line)和質(zhì)控線(Control line)均出現(xiàn)明顯條帶,則有擴增產(chǎn)物生成;僅在質(zhì)控線上有明顯條帶則檢測結果為陰性,沒有擴增產(chǎn)物生成(圖2c).

    圖2 RT-LAMP產(chǎn)物的三種檢測方法(a) 瓊脂糖凝膠電泳檢測結果;(b) 添加SYBR Green Ⅰ后的檢測結果;(c) LFD檢測結果; M:DNA marker DL 5000;1:陽性結果;2:陰性對照Fig.2 Three detection methods for the production of RT-LAMP

    2.2.5 RT-LAMP-LFD特異性測定 在最佳RT-LAMP反應體系下,分別以本實驗室保存的被CLBV、AcCRaV、AcVA和AcV-1的陽性獼猴桃樣品為模板,進行RT-LAMP擴增,反應結束后,分別進行瓊脂糖凝膠電泳,加入核算染料SYBR Green I和LFD三種方法來評價RT-LAMP的檢測特異性.

    2.2.6 RT-LAMP-LFD的靈敏性評價 為評價建立的RT-LAMP的檢測靈敏性,提取感染了AcCRaV的獼猴桃葉片樣品總RNA,經(jīng)IMPLEN超微量分光光度計進行濃度測試,將反轉錄后的cDNA按10倍梯度稀釋法稀釋至10-8,以系列稀釋的cDNA為模板,進行RT-PCR和RT-LAMP擴增反應.分別進行瓊脂糖凝膠電泳,加入核算染料SYBR Green Ⅰ和LFD三種方法,評價RT-LAMP的檢測的靈敏性.

    2.2.7 RT-LAMP-LFD檢測方法的應用 為評估建立的RT-LAMP-LFD檢測方法在田間獼猴桃中的檢測效果,分別對疑似病毒侵染的獼猴桃樣品進行RT-LAMP和普通RT-PCR檢測,普通RT-PCR 體系檢測選用引物為RaV F/R.RT-LAMP反應完成后,分別以瓊脂糖凝膠電泳和LFD檢測方法對產(chǎn)物結果進行判斷.

    3 結果與分析

    3.1 RT-LAMP檢測AcCRaV最佳反應體系的建立

    為獲得最佳的檢測效果,對擴增反應的dNTPs和Mg2+濃度,內(nèi)引物(FIP/BIP)和外引物(F3/B3)濃度比以及反應溫度和時間進行優(yōu)化,結果如圖3所示.在dNTPs濃度優(yōu)化中,低濃度0.2 mmol/L下,擴增產(chǎn)物沒有梯形條帶產(chǎn)生,加入熒光染料后顏色為橙色;當dNTPs濃度在0.4~1.0 mmol/L時,擴增產(chǎn)物清晰且明顯,加入熒光染料后顏色變?yōu)樯罹G色;當dNTPs濃度為0.8 mmol/L時,擴增產(chǎn)物形成的梯狀電泳條帶比其他濃度下更清晰,明亮,因此0.8 mmol/L的dNTPs為最佳濃度(圖3a).對Mg2+濃度的優(yōu)化中,隨著Mg2+濃度的增加,電泳檢測形成的梯形條帶逐漸清晰,當濃度為6~8 mmol/L時,擴增產(chǎn)物條帶清晰明亮,擴增效率較高,因此,選擇Mg2+的反應濃度為6 mmol/L(圖3b).在內(nèi)外引物濃度比例(FIP/BIP: F3/B3)優(yōu)化中,當內(nèi)外引物濃度比為1∶1和2∶1時,擴增產(chǎn)物條帶較弱,內(nèi)外引物濃度比為5∶1時,擴增效果最佳,因此,最適內(nèi)外引物濃度比例為5∶1(圖3c).

    相關的研究報道表明,適宜的擴增溫度和反應時間與DNA聚合酶的活性和反應的穩(wěn)定性相關[18],對擴增溫度的優(yōu)化結果表明:擴增溫度為56~58 ℃時,電泳后沒有梯形條帶產(chǎn)生,且加入熒光染料后顏色為橙色;溫度為59~61 ℃時,電泳中擴增產(chǎn)物條帶逐漸清晰;擴增溫度為62 ℃時,條帶最清晰,明亮,因此,最佳擴增溫度為62 ℃(圖3d).為縮短檢測時間,對RT-LAMP反應時間進行優(yōu)化,結果如圖3e所示,反應時間過短,沒有梯形條帶產(chǎn)生,當反應時間在60 min及其以上時,擴增產(chǎn)物的趨于穩(wěn)定,電泳產(chǎn)生的梯形條帶清晰且明亮,加入熒光染料后顏色均呈現(xiàn)綠色,因此,檢測AcCRaV的最佳反應時間為60 min.

    圖3 RT-LAMP檢測AcCRaV的反應條件優(yōu)化(a):dNTPs濃度;(b):MgSO4濃度;(c):內(nèi)外引物濃度比例(FIP/BIP: F3/B3);(d):反應溫度;(e):反應時間;M:DNA marker DL 5000;N:陰性對照(無菌ddH2O為模板)Fig.3 Optimization of RT-LAMP reaction conditions in detection of AcCRaV

    3.2 RT-LAMP檢測AcCRaV的特異性

    為評價RT-LAMP-LFD檢測方法的特異性,以CLBV,AcCRaV,AcV-1和AcVA病毒感染樣品的cDNA為模板,進行RT-LAMP擴增反應.結果如圖4所示,以AcCRaV感染的獼猴桃樣品cDNA為模板時,F(xiàn)ITC標記的RT-LAMP擴增產(chǎn)物在LFD試紙條的檢測線和質(zhì)控線上均有明顯條帶,而其它樣品及陰性對照僅在質(zhì)控線上有條帶產(chǎn)生(圖4c).同樣地,瓊脂糖凝膠電泳結果與LFD試紙條結果一致,僅在AcCRaV感染樣品的擴增產(chǎn)物中有梯形電泳條帶生成,而陰性對照和CLBV,AcV-1和AcVA感染樣品的擴增產(chǎn)物中均沒有條帶產(chǎn)生(圖4a).并且,在擴增產(chǎn)物中加入SYBR Green I核酸染料后,發(fā)現(xiàn)AcCRaV感染樣品的RT-LAMP產(chǎn)物顏色變?yōu)榫G色,陰性對照和其它樣品擴增產(chǎn)物顏色為橙色(圖4b),這表明,建立的RT-LAMP-LFD檢測方法對AcCRaV具有較好的特異性.

    圖4 RT-LAMP-LFD檢測AcCRaV的特異性(a):瓊脂糖凝膠電泳檢測結果;(b):添加SYBR Green Ⅰ后的檢測結果;(c):LFD檢測結果;(d):反應溫度;(e):反應時間; (m):DNA marker DL 5000;N:陰性對照(無菌ddH2O為模板);1:CLBV;2:AcCRaV;3:AcVA;4:AcV-1Fig.4 Specificity of RT-LAMP-LFD assays in detecting AcCRaV

    3.3 RT-LAMP-LFD檢測AcCRaV的靈敏度評價

    為明確建立的RT-LAMP-LFD檢測方法對AcCRaV檢測的靈敏度,本實驗將AcCRaV感染的獼猴桃樣品cDNA進行10倍梯度稀釋(100~ 10-8),以稀釋后的cDNA為反應模板,分別進行RT-LAMP 和RT-PCR擴增反應,通過凝膠電泳,添加核酸染料和橫向流動試紙條3種檢測方法判斷擴增結果.檢測結果表明,隨著模板稀釋倍數(shù)的增加,電泳生成的梯形條帶逐漸減弱,且在擴增產(chǎn)物中加入LFD試紙條后,檢測線的條帶也逐漸減弱,當稀釋倍數(shù)為10-7時,梯形條帶消失,LFD試紙條檢測線條帶消失(圖5a,5c);在常規(guī)RT-PCR檢測中,當稀釋倍數(shù)為10-5時,無擴增條帶產(chǎn)生(圖5d).當稀釋倍數(shù)大于10-6時,在RT-LAMP的擴增產(chǎn)物中,加入核酸染料后顏色均為橙色(圖5b),在擴增產(chǎn)物中加入LFD試紙條后,僅在質(zhì)控線上產(chǎn)生條帶,這表明稀釋倍數(shù)大于10-6均無擴增產(chǎn)物生成(圖5c),以上結果表明,建立的RT-LAMP結合橫向流動試紙條檢測靈敏度比常規(guī)RT-PCR高100倍.

    圖5 RT-LAMP和RT-PCR檢測AcCRaV的靈敏度比較(a)和(d)瓊脂糖凝膠電泳檢測結果;(b)添加SYBR Green Ⅰ后的檢測結果;(c) LFD檢測結果;1~9:cDNA的不同稀釋倍數(shù)(100 ~10-8);M:DNA marker DL 5000;N:陰性對照(無菌ddH2O為模板)Fig.5 Comparation of the sensitivity between RT-LAMP and RT-PCR in detecting AcCRaV

    3.4 RT-LAMP-LFD檢測獼猴桃中AcCRaV的應用

    為評估建立的RT-LAMP對田間獼猴桃樣品中AcCRaV檢測的可行性,利用建立的RT-LAMP-LFD檢測方法對15份獼猴桃樣品進行檢測,并同時采用常規(guī)RT-PCR驗證其準確性.結果如圖6所示,在常規(guī)RT-PCR檢測中,共有10份樣品受到了AcCRaV的侵染,其中4號和9號樣品條帶較弱(圖6c).在RT-LAMP檢測中,通過凝膠電泳對擴增產(chǎn)物進行分析,有8份樣品的擴增產(chǎn)物有明顯的梯形條帶,2份樣品擴增產(chǎn)物的梯形條帶較弱(圖6a).通過LFD試紙條檢測擴增產(chǎn)物時,有10份樣品在試紙條中產(chǎn)生兩條紅色條帶,其中,4號和9號樣品與凝膠電泳檢測結果相似,在試紙條中,控制線上的出現(xiàn)的條帶較弱(圖6b).以上結果表明,RT-LAMP結果與RT-PCR方法檢測結果一致,因此,建立的RT-LAMP結合橫向流動試紙條的檢測方法準確度高,可實現(xiàn)檢測結果的可視化.

    圖6 RT-LAMP-LFD和RT-PCR檢測田間獼猴桃樣品(a)和(c):瓊脂糖凝膠電泳檢測結果;(b): LFD檢測結果;1~15:田間獼猴桃樣品;M:DNA marker DL 5000;N:陰性對照(無菌ddH2O為模板)Fig.6 RT-LAMP-LFD and RT-PCR detection of kiwifruit samples in the field

    4 討 論

    獼猴桃是我國重要的園藝作物,其種植面積和年產(chǎn)量均超過世界其它地區(qū)獼猴桃種植面積和產(chǎn)量的總和[5].四川地區(qū)氣候溫和,種質(zhì)資源豐富,已成為我國獼猴桃的主要栽培區(qū)[4,8].在獼猴桃病毒病的調(diào)查和種類鑒定中,相關研究表明病毒病害在獼猴桃中發(fā)生普遍,在中華獼猴桃(Actinidiachinensis)、美味獼猴桃(Actinidiadeliciosa)以及軟棗獼猴桃(Actinidiaarguta)等多種獼猴桃栽培品種中均有病毒感染的現(xiàn)象[7,9,13].獼猴桃褪綠環(huán)斑相關病毒在我國主要獼猴桃種植區(qū)均有侵染獼猴桃的相關報道,本研究組在四川獼猴桃中也檢測到了該病毒,且在田間存在著多種病毒復合感染獼猴桃的現(xiàn)象[6,10,12].目前,隨著高精度檢測儀器和高通量測序技術的應用,一些新的病毒已經(jīng)在獼猴桃中被鑒定和報道,但這些檢測方法成本相對較高、耗時較長.近年來,環(huán)介導等溫擴增技術(LAMP)結合橫向流動試紙條的檢測方法因其具有特異性強,靈敏性高,檢測結果可視化等優(yōu)點,已廣泛應用于食品和動植物檢疫等方面[8,14,21].

    本研究建立了針對AcCRaV的RT-LAMP-LFD檢測方法,根據(jù)AcCRaV外殼蛋白基因序列,選擇CP基因保守區(qū)域設計了特異性引物,通過特異性實驗驗證了RT-LAMP引物的特異性.由于LAMP擴增效率與LAMP反應條件密切相關[14],我們對RT-LAMP反應條件進行了優(yōu)化.當dNTPs濃度為0.2 mmol/L時,RT-LAMP反應無擴增產(chǎn)物生成,dNTPs濃度在0.4~1.0 mmol/L時,擴增產(chǎn)物形成清晰且明顯的梯形電泳條帶,表明低濃度的dNTPs對等溫擴增具有較大影響.擴增溫度選擇在60~62 ℃時,擴增效率相對較高,但在低溫或高溫下,擴增產(chǎn)物相對較少,這可能是由于等溫擴增的DNA聚合酶在過低,過高的溫度下引起的擴增反應不穩(wěn)定或酶失活所引起;同時,不同反應溫度下,RT-LAMP擴增引物和陽性樣品cDNA模板結合能力的改變也可能影響擴增產(chǎn)物的生成[18,22].此外,Mg2+濃度的增加,在一定程度上能有利于增強RT-LAMP的擴增效果,Mg2+在4~10 mmol/L濃度范圍內(nèi),均能實現(xiàn)對AcCRaV的有效擴增,表明Mg2+對RT-LAMP擴增是必要的,這與之前的相關報道結果一致[17].

    本研究中,我們對建立的RT-LAMP-LFD檢測靈敏度進行測定,發(fā)現(xiàn)該方法檢測AcCRaV的靈敏性較常規(guī)RT-PCR高100倍,該方法在許多植物病毒檢測中也表出更高的檢測靈敏度[15,18],這可能是相對于普通RT-PCR只能識別目標基因的兩個區(qū)域,LAMP引物能識別靶基因的6個不同區(qū)域有關[8,14].目前,LAMP檢測結果可通過觀察白色沉淀、凝膠電泳、SYBR Green Ⅰ或鈣黃素染色可視化等方法進行判斷[14,15],本研究將LAMP與LFD試紙條結合,利用生物素和FITC標記的LAMP雜交產(chǎn)物特異性結合到LFD試紙條進行結果判定,避免了瓊脂糖凝膠電泳產(chǎn)生氣溶膠,以及插入類似核酸染料可能形成非特異性結合dsDNA等假陽性結果,實現(xiàn)了檢測結果的可視化[8,14,21].

    綜上所述,本研究建立了RT-LAMP結合LFD試紙條檢測獼猴桃中AcCRaV的可視化檢測方法.該方法可以成功從獼猴桃樣品中檢測到AcCRaV,同時,RT-LAMP-LFD檢測方法相對于常規(guī)RT-PCR,對AcCRaV具有較高靈敏性.RT-LAMP-LFD檢測方法在62 ℃ 恒溫條件下,擴增60 min,進行5 min LFD試紙條孵育后即可完成檢測反應,檢測結果可通過試紙條肉眼判斷,具有簡便,快捷和結果可視化等優(yōu)點,這將為獼猴桃病毒的檢測提供了有力的手段,還可為其他植物病毒的檢測提供參考.

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