雌雄文昌魚差異表達(dá)基因的轉(zhuǎn)錄組分析?

李浩毅， 徐高倩， 劉振輝

(中國(guó)海洋大學(xué)海洋生命學(xué)院， 海洋生物多樣性與進(jìn)化研究所， 山東 青島 266003)

文昌魚(Amphioxus 或Lancelet)屬于脊索動(dòng)物門頭索動(dòng)物亞門(Chordate，Cephalocordate)，其在終生成長(zhǎng)過程中均具有背神經(jīng)管、脊索和咽鰓裂[1]。在進(jìn)化上，文昌魚是無脊椎動(dòng)物進(jìn)化到脊椎動(dòng)物過程中的一個(gè)重要過渡類群，是研究脊椎動(dòng)物起源與演化的理想的模式生物[2]。

文昌魚為雌雄異體動(dòng)物，文昌魚的性腺成熟后卵巢呈淡黃色，精巢呈乳白色。除此之外，雌雄個(gè)體無外形上的差異[3]。陳大元等[4]觀察到青島文昌魚(B.belcheri)精子中部有多個(gè)線粒體存在，且出現(xiàn)了終環(huán)和隱窩等高等脊椎動(dòng)物精子才存在的結(jié)構(gòu)。而在文昌魚卵子皮層以內(nèi)的細(xì)胞質(zhì)中含有許多核糖體和線粒體，宋裕昌等曾發(fā)現(xiàn)文昌魚卵黃顆粒內(nèi)存在一種由9根直徑為500～700 μm的小管呈環(huán)形排列而成的類似于“微管”的結(jié)構(gòu)[5-8]。與文昌魚生殖有關(guān)的生理活動(dòng)如性腺的發(fā)育、成熟，以及其排卵、釋精等過程受溫度、光照強(qiáng)度、海水鹽度以及性激素等多種因素的影響[9-10]。張致一等在文昌魚發(fā)育成熟的性腺中，檢測(cè)到雌激素和雄激素，這一結(jié)果證明性腺發(fā)育至成熟的過程中有性類固醇激素的參與。方永強(qiáng)等發(fā)現(xiàn)文昌魚生長(zhǎng)發(fā)育從小生長(zhǎng)期至大生長(zhǎng)中期的過程中，17β-雌二醇、睪酮和孕酮水平呈上升趨勢(shì)，大生長(zhǎng)中期之后開始下降，表明在文昌魚卵黃生成和精子發(fā)生的過程中，性類固醇激素參與了調(diào)控[11-14]。另外，有通過對(duì)文昌魚染色體的核型與帶型分析發(fā)現(xiàn)，青島文昌魚的染色體有36條，其中第2對(duì)染色體可能是性染色體[15]。Shi等[16]則通過性染色體連鎖基因nodal突變體繁育后代的性別比例分析顯示，佛羅里達(dá)文昌魚的性染色體屬于ZW型。

雖然研究文昌魚領(lǐng)域的學(xué)者們從不同方面報(bào)道了文昌魚精子和卵子的發(fā)生、胚胎發(fā)育以及器官的形成[17-27]，但關(guān)于文昌魚的性腺發(fā)育和性別分化的分子調(diào)控機(jī)制等科學(xué)問題還知之甚少，甚至連不同性別的文昌魚在基因表達(dá)上有哪些差異也不清楚。本文通過轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的手段，探討了雌雄文昌魚基因的差異表達(dá)情況，發(fā)現(xiàn)雌雄差異表達(dá)的基因主要富集在神經(jīng)活性配體-受體相互作用(Neuroactive ligand-receptor interaction)和細(xì)胞粘附分子(Cell adhesion molecules)通路中，為從基因水平上研究文昌魚雌雄性別的差異乃至性別分化的分子機(jī)制提供了基礎(chǔ)信息。

1 材料與方法

1.1 實(shí)驗(yàn)材料樣品采集

青島文昌魚(Branchiostomajaponicum，曾用名B.belcheritsingtauense)取材于山東省青島市嶗山區(qū)沙子口附近海區(qū)。6月份采集的文昌魚處于性腺成熟期，可肉眼觀察到雌性文昌魚體內(nèi)黃色顆粒狀卵巢和雄性文昌魚體內(nèi)乳白色顆粒狀精巢。根據(jù)文昌魚性腺特征將雌雄文昌魚分開喂養(yǎng)，并做好標(biāo)記，將細(xì)沙用滅菌海水淘洗多次以除去細(xì)沙中殘存的雜質(zhì)，將細(xì)沙鋪至收納箱中至一定厚度，再倒入過濾的海水，加入充氧泵，分別放入雌雄文昌魚，并標(biāo)記如下：排卵前雌魚(F1組)、釋精前雄魚(M1組)、排卵后雌魚(F2組)、釋精后雄魚(M2組)。

1.2 方法

1.2.1 RNA提取 每個(gè)處理組分別取3只青島文昌魚全魚樣本，將其置于DEPC處理后的1×PBS 緩沖液中清洗3遍，在液氮中研磨全魚，研磨至粉末狀后，用Invitrogen公司的TRIzol?Reagent試劑盒提取樣品總RNA。每組將3個(gè) RNA 樣品等濃度混合后用于文庫(kù)構(gòu)建。提取的 RNA 純度均滿足OD值(260/280)在1.8～2.2之間，且含量大于3.5 μg，濃度大于200 ng/μL。

1.2.2 RNA測(cè)序和質(zhì)量控制 RNA樣品送到安諾優(yōu)達(dá)公司(中國(guó)北京)完成測(cè)序。待RNA樣品質(zhì)檢合格后進(jìn)行制備測(cè)序文庫(kù)。測(cè)序得到的某些原始下機(jī)序列，會(huì)含有測(cè)序接頭序列以及低質(zhì)量序列。為了保證信息分析數(shù)據(jù)的質(zhì)量，作者對(duì)原始序列進(jìn)行過濾，去除接頭污染的Reads(Reads中接頭污染的堿基數(shù)大于5 bp；去除低質(zhì)量的Reads(Reads中質(zhì)量值Q ≤ 19的堿基占總堿基的50%)；去除含N比例大于5%的Reads；對(duì)于雙端測(cè)序，一端測(cè)序不符合上述要求，則去掉兩端Reads。得到質(zhì)量較高的Clean Reads，再進(jìn)行后續(xù)分析，后續(xù)分析都基于Clean Reads。

1.2.3 差異表達(dá)基因GO和KEGG富集分析 由于雌雄文昌魚差異表達(dá)基因眾多，本文設(shè)置了較高的基因差異表達(dá)的標(biāo)準(zhǔn)，將基因顯著差異表達(dá)的參數(shù)設(shè)置為|log2FoldChange|≥5和q<0.05。轉(zhuǎn)錄組序列通過計(jì)算RPKM(Reads Per Kilobase Millon Mapped Reads)值來確定基因的表達(dá)量[28]。RPKM計(jì)算公式為：

式中：RPKM(A)為基因A的表達(dá)量；R為唯一比對(duì)到基因A的Reads數(shù)；N為唯一比對(duì)到基因的總Reads數(shù)；L為基因A的長(zhǎng)度。

此外，利用Gene Ontology(GO)[29]、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)[30]等數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋。利用DAVID在GO數(shù)據(jù)庫(kù)中, 通過計(jì)算差異表達(dá)基因參與生物學(xué)過程、細(xì)胞組分、分子功能的超幾何分布，進(jìn)行功能分類注釋和富集分析。同時(shí)，用KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)獲得Unigenes的代謝通路注釋信息。以上分析均P<0.05作為統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性的閾值。

2 結(jié)果

2.1 測(cè)序結(jié)果的組裝

對(duì)于4個(gè)組別F1、F2、M1、M2的測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析。測(cè)序組裝后的所有Reads 數(shù)分別為64 379 874、61 564 104、63 850 758、60 502 630。去掉低質(zhì)量序列(當(dāng)總堿基的50%的Reads是質(zhì)量值Q≤19的堿基時(shí))和接頭污染后(Reads中接頭污染的堿基數(shù)大于5 bp)的Reads數(shù)為63 179 798、60 446 482、62 606 300和59 280 314。所有組別的組裝錯(cuò)誤率均小于等于0.04%，Q30均大于94%(見表 1)，說明測(cè)序與組裝質(zhì)量較好。

表1 測(cè)序組裝結(jié)果統(tǒng)計(jì)

2.2 組間差異表達(dá)基因分析

對(duì)各組間差異表達(dá)的基因進(jìn)行聚類分析，文昌魚排卵與釋精前組(F1組和M1組)聚為一類，文昌魚排卵與釋精后組(F2組和M2組)聚為一類，文昌魚排卵與釋精前后的基因表達(dá)差異明顯(見圖 1)。

(根據(jù)差異表達(dá)基因在每個(gè)樣品里的表達(dá)量，取以2為底的對(duì)數(shù)后，計(jì)算歐氏距離，再利用系統(tǒng)聚類法(Hierarchical Cluster)，最終得到樣品的整體聚類結(jié)果。在圖中，表達(dá)量的變化用顏色的變化表示，藍(lán)色表示表達(dá)較低，黃色表示表達(dá)量較高。According to the expression level of differentially expressed genes in each sample, the logarithm base 2 is taken to calculate the Euclidean distance, and then the Hierarchical Cluster method is used to obtain the overall clustering result of the sample. In the figure, the change of expression level is represented by the change of color, with blue indicating the low expression level and yellow indicating the high expression level.)

分別對(duì)排卵和釋精前的F1組與M1組、排卵和釋精后的F2組與M2組的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果中的顯著差異表達(dá)基因進(jìn)行分析, 發(fā)現(xiàn)F1組與M1組有13 434個(gè)顯著差異表達(dá)基因，其中上調(diào)基因5 737個(gè)，下調(diào)基因7 697個(gè)；F2組與M2組有5 957個(gè)顯著差異表達(dá)基因，其中上調(diào)基因2 512個(gè)，下調(diào)基因3 445個(gè)。通過火山圖將差異表達(dá)基因可視化(見圖 2)。

(橫坐標(biāo)代表同樣品組中的基因表達(dá)倍數(shù)變化，縱坐標(biāo)代表基因表達(dá)量的變化顯著程度，不同顏色表示不同的分類(上調(diào)、下調(diào)和不變)。The abscissa is the fold change of gene expression in different sample groups, and the ordinate is the statistically significant degree of gene expression change. Different colors indicate different classifications (up-regulated, down-regulated and unchanged).)

2.3 GO功能分析

對(duì)差異表達(dá)的基因進(jìn)行GO(Gene Ontology) 富集分析，分別對(duì)F1、M1 組和F2、M2中差異表達(dá)基因的前66個(gè)GO term進(jìn)行列舉，并對(duì)富集到GO中的term進(jìn)行顯著性分析，發(fā)現(xiàn)F1與M1 組有295個(gè)GO term 差異富集，其中9個(gè)GO term極顯著差異富集，而F2與M2組有376個(gè)GO term 差異富集，其中3個(gè)GO term極顯著差異富集。

在F1與M1 組中的差異表達(dá)基因，在生物過程方面，大部分富集在生物粘附、生物調(diào)節(jié)等過程，如DNA的復(fù)制，細(xì)胞粘附；在分子成分方面，集中富集在細(xì)胞器、細(xì)胞膜及分子復(fù)合物等組分；在分子功能方面，主要富集在細(xì)胞過程、代謝過程，如跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)、鈣離子結(jié)合、白細(xì)胞的跨內(nèi)皮遷移等。F2與M2 組的差異表達(dá)基因，生物過程部分主要以單一生物過程、對(duì)刺激的反應(yīng)、細(xì)胞表面受體信號(hào)通路等功能為主；細(xì)胞組分中主要以細(xì)胞膜、細(xì)胞器等組成成分以及細(xì)胞外區(qū)為主；分子功能主以轉(zhuǎn)移酶活性、RNA結(jié)合、金屬離子結(jié)合為主(見圖 3)。

(①細(xì)胞過程；②單一生物體過程；③代謝過程；④生物調(diào)節(jié)；⑤發(fā)育過程；⑥刺激應(yīng)答；⑦多細(xì)胞生物過程；⑧細(xì)胞組分組成或生物合成；⑨定位；⑩生物粘附；生殖過程；運(yùn)動(dòng)；多生物過程；免疫系統(tǒng)過程；生長(zhǎng)；信號(hào)；行為；生物階段；生物間歇過程；生殖；參與化學(xué)突觸傳遞的突觸前過程;細(xì)胞聚集；解毒作用；細(xì)胞殺傷；細(xì)胞成分；膜成分；細(xì)胞器；細(xì)胞膜；細(xì)胞器成分；大分子復(fù)合體；細(xì)胞外區(qū)域成分；細(xì)胞外區(qū)域；細(xì)胞連接；突觸成分；細(xì)胞膜內(nèi)腔；超分子復(fù)合體；突觸；其它生物成分；病毒體成分；類核；病毒體；線粒體相關(guān)粘附復(fù)合體；病毒包埋體；細(xì)胞；合胞體；其它生物；結(jié)合；催化；分子傳遞；運(yùn)輸；信號(hào)傳遞；結(jié)構(gòu)分子；細(xì)胞核結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子；分子功能調(diào)節(jié)因子；電子傳遞；轉(zhuǎn)錄因子活性，蛋白結(jié)合；抗氧化劑；翻譯因子；化學(xué)排斥物；化學(xué)引誘物；形態(tài)發(fā)生；金屬伴侶蛋白；丙氨酸?；d體蛋白；營(yíng)養(yǎng)儲(chǔ)存；蛋白標(biāo)簽。橫坐標(biāo)為GO的三個(gè)大類及其具體的子類，左側(cè)縱坐標(biāo)為差異基因在該子類中所占的比例，右縱坐標(biāo)為該子類富集到的基因數(shù)。不同的顏色代表不同的組別。The abscissa is the three major classes of GO and their specific subclasses. The left ordinate is the proportion of different genes in this subclass, and the right ordinate is the number of genes enriched in this subclass. Different colors represent different groups. )

2.4 KEGG聚類分析

對(duì)于差異表達(dá)的基因進(jìn)行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析，得到眾多差異富集的通路。F1與M1 組的差異表達(dá)基因在33個(gè)KEGG通路中較為富集，其中有7個(gè)極顯著差異富集通路，分別為神經(jīng)活性配體-受體相互作用、細(xì)胞粘附分子、造血細(xì)胞系、肥大型心肌病、細(xì)胞外基質(zhì)相互作用、PI3K-Akt信號(hào)通路、金黃色葡萄球菌感染；而F2與M2 組的差異表達(dá)基因在32個(gè)KEGG通路中顯著富集，其中有3個(gè)極顯著差異富集通路，包括神經(jīng)活性配體-受體相互作用、細(xì)胞粘附分子、病毒性心肌炎(見圖 4)。

(①病毒性心肌炎；②弓形蟲?。虎劢瘘S色葡萄球菌感染；④小細(xì)胞肺癌；⑤沙門氏菌感染；⑥核糖體；⑦類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎；⑧肌動(dòng)蛋白骨架調(diào)節(jié)；⑨癌癥的蛋白聚糖；⑩PI3k-Akt信號(hào)通路；吞噬體；百日咳；氮代謝；尼古丁成癮；神經(jīng)活性配體-受體相互作用；瘧疾；白細(xì)胞跨內(nèi)皮遷移；利什曼??；軍團(tuán)病；肥大心肌??；低氧誘導(dǎo)因子通路;造血細(xì)胞系；谷氨酸突觸；氨基丁酸突觸；細(xì)胞外基質(zhì)的相互作用；DNA復(fù)制；擴(kuò)張型心肌??；補(bǔ)體系統(tǒng)；細(xì)胞黏附分子；上皮細(xì)胞細(xì)菌入侵；軸突導(dǎo)向；右室心肌??；抗原加工與遞呈；b: F2、M2組的差異表達(dá)基因 KEGG 通路。①病毒性心肌炎；②弓形蟲?。虎劢瘘S色葡萄球菌感染；④小細(xì)胞肺癌；⑤沙門氏菌感染；⑥唾液分泌；⑦類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎；⑧肌動(dòng)蛋白骨架調(diào)節(jié)；⑨癌癥的蛋白聚糖；⑩PI3k-Akt信號(hào)通路；吞噬體；百日咳；癌癥通路；破骨細(xì)胞分化；神經(jīng)活性配體-受體相互作用；瘧疾；亞油酸代謝；白細(xì)胞跨內(nèi)皮遷移；利什曼病；肥大心肌?。坏脱跽T導(dǎo)因子通路;造血細(xì)胞系；糖鞘脂生物合成神經(jīng)節(jié)；細(xì)胞外基質(zhì)相互作用；擴(kuò)張型心肌病；細(xì)胞粘附分子；鈣信號(hào)通路；上皮細(xì)胞細(xì)菌感染；軸突導(dǎo)向；右室心肌??；花生四烯酸代謝；黏附連接。縱坐標(biāo)為通路名稱，橫坐標(biāo)為富集因子，圓圈顏色代表 q value 值，顏色越紅代表顯著富集性越可靠，圓圈越大代表富集的基因數(shù)目越多。The ordinate is the name of the pathways， the abscissa is the enrichment factors.The circle color represents q value.The color is redder， the significant enrichment is more reliable.The circle is larger means the number of genes are greater.)

此外，作者也分析了排卵前后(F1組與F2組)和釋精前后(M1組與M2組)的顯著差異表達(dá)基因，結(jié)果表明排卵前后的文昌魚(F1組與F2組)有11 288個(gè)顯著差異表達(dá)的基因，釋精前后的文昌魚(M1組與M2組)有8 476個(gè)顯著差異表達(dá)的基因。對(duì)這些差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG通路聚類分析，發(fā)現(xiàn)文昌魚排卵前后(F1組與F2組)，差異表達(dá)的基因極顯著地富集到4個(gè)KEGG通路中，分別為神經(jīng)活性配體-受體相互作用、DNA復(fù)制(DNA replication)、核糖體合成和細(xì)胞粘附分子。而文昌魚釋精前后(M1組與M2組)，差異表達(dá)的基因極顯著地富集到3個(gè)KEGG通路中，包括細(xì)胞粘附分子、金黃色葡萄球菌感染和神經(jīng)活性配體-受體相互作用。

3 討論

性別決定和分化是由許多不同基因控制的復(fù)雜過程，盡管人們對(duì)果蠅、小鼠等模式動(dòng)物的性別分化基因有較深入的了解, 但由于不同的物種在性別分化機(jī)制上存在很大的不同，如今還很缺乏對(duì)從低等動(dòng)物到人類性別分化和發(fā)育機(jī)制的進(jìn)化規(guī)律的認(rèn)識(shí)。文昌魚作為從無脊椎動(dòng)物到脊椎動(dòng)物進(jìn)化的一個(gè)過渡類群, 在研究性別分化和發(fā)育的分子機(jī)制方面有其獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。然而目前關(guān)于文昌魚的性腺發(fā)育和性別分化的分子調(diào)控機(jī)制等科學(xué)問題還知之甚少，甚至連不同性別的文昌魚在基因表達(dá)上有哪些差異也不清楚。為此, 作者對(duì)雌雄文昌魚進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，鑒定雌雄文昌魚差異表達(dá)基因，為進(jìn)一步研究文昌魚的性別分化和性腺發(fā)育的分子機(jī)制及其進(jìn)化奠定基礎(chǔ)。

通過分析轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)，作者獲知不同性別的文昌魚至少有5 957個(gè)顯著差異表達(dá)的基因。通過對(duì)幾個(gè)在其它物種中已有報(bào)道的基因進(jìn)行查驗(yàn)，驗(yàn)證了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果的正確性。比如，促性腺激素釋放激素基因(Gnrh)可刺激促黃體生成素的產(chǎn)生，進(jìn)而促進(jìn)排卵和精子的釋放[31]，其在雌性文昌魚中要比在雄性文昌魚中的表達(dá)高，這與斑馬魚中Gnrh3的表達(dá)模式相一致[32]。再如，鋅指蛋白Glp-1(GATA-like protein 1)是卵子發(fā)育命運(yùn)的重要細(xì)胞決定因子，其在雌性小鼠中的表達(dá)顯著高于在雄性中的表達(dá)[33]。本研究的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)也顯示該基因在雌性文昌魚中的表達(dá)顯著高于其在雄性文昌魚中的表達(dá)。

本研究利用 KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)分別對(duì)成熟期雌雄文昌魚的差異表達(dá)基因進(jìn)行聚類后分析發(fā)現(xiàn)，這些在文昌魚不同性別中差異表達(dá)的基因，還與魚的生長(zhǎng)發(fā)育、免疫應(yīng)答和新陳代謝等生命活動(dòng)密切相關(guān)。排卵和釋精前，雌雄文昌魚的差異表達(dá)基因主要聚類在細(xì)胞和代謝過程，其中神經(jīng)活性配體-受體相互作用富集的差異基因數(shù)最多，細(xì)胞粘附分子、細(xì)胞外基質(zhì)相互作用、PI3K-Akt信號(hào)通路富集的差異基因數(shù)較多；而排卵和釋精后，雌雄文昌魚的差異表達(dá)基因主要集中在代謝和組織系統(tǒng)過程，包括白細(xì)胞遷移、軸突導(dǎo)向、吞噬體、神經(jīng)活性配體-受體相互作用、細(xì)胞粘附分子等通路上，其中神經(jīng)活性配體-受體相互作用和細(xì)胞粘附分子富集的差異基因數(shù)最多。

KEGG通路分析顯示，無論排卵和釋精前還是排卵和釋精后，雌雄文昌魚的差異表達(dá)基因極富集的共同信號(hào)途徑是神經(jīng)活性配體-受體相互作用和細(xì)胞粘附分子信號(hào)通路。在魚類、小鼠等脊椎動(dòng)物中，有一類性分化關(guān)鍵基因AMH等屬于TGF-β細(xì)胞因子超家族，其也是通過配體-受體相互作用發(fā)揮作用的，說明性別分化的分子機(jī)制在進(jìn)化上存在保守性[34-35]。再如，在斑馬魚中，Gnrh3可通過MAPK途徑調(diào)控PGCs(原始生殖細(xì)胞)的增殖，在早期性別分化中承擔(dān)重要功能[36]，這整個(gè)過程離不開一系列配體-受體的相互作用。另一在雌性中高表達(dá)的絨毛膜促性腺激素受體(LHCGR)基因的純合子錯(cuò)義突變會(huì)導(dǎo)致空卵泡綜合征和XY性發(fā)育障礙。研究表明，LHCGR啟動(dòng)子區(qū)域的去甲基化是調(diào)節(jié)卵泡發(fā)育過程中細(xì)胞類型特異性分化的關(guān)鍵機(jī)制[37-38]。

對(duì)文昌魚雌雄差異表達(dá)的相關(guān)基因進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，與血管內(nèi)皮生成相關(guān)的基因如F11R、JAM2、CDH5等，無論排卵和釋精前還是排卵和釋精后，雌性都比雄性文昌魚呈顯著的高表達(dá)(見圖 5a)；而與白細(xì)胞免疫相關(guān)的基因如ITGB1、SELP、SELE等，以及與神經(jīng)系統(tǒng)的神經(jīng)突觸相關(guān)的基因如CDH2、NCAM、L1CAM、PTPRF、SDC1等，排卵和釋精前，其在雌性要比雄性文昌魚中表達(dá)高，而排卵和釋精后，其在雌性要比雄性文昌魚中表達(dá)低(見圖 5b)。其中，F(xiàn)11R、CDH2等基因主要參與細(xì)胞粘附過程，并未見它們?cè)谛詣e分化過程中發(fā)揮作用的報(bào)道，而本研究結(jié)果暗示其在文昌魚性別分化及決定過程中可能有一定的作用。

(①免疫系統(tǒng)；②抗原遞呈細(xì)胞(直流巨噬細(xì)胞)；③T細(xì)胞；④肽；⑤T細(xì)胞受體信號(hào)通路；⑥毒性T細(xì)胞；⑦靶細(xì)胞；⑧輔助T細(xì)胞；⑨B細(xì)胞；⑩上皮細(xì)胞；緊密連接；白細(xì)胞跨內(nèi)皮遷移；白血球；血小板；補(bǔ)體系統(tǒng)；神經(jīng)系統(tǒng)；神經(jīng)元(突觸前)；神經(jīng)元(突觸后)；神經(jīng)元(生長(zhǎng)錐)；神經(jīng)元(軸突)；施萬細(xì)胞；節(jié)點(diǎn)；副節(jié)點(diǎn)；近節(jié)點(diǎn)；施萬細(xì)胞(髓磷脂)；周期線；少突細(xì)胞(髓磷脂)；其它系統(tǒng)；黏附連接；精細(xì)胞；足細(xì)胞；纖毛體；色素上皮；無色素上皮；成肌細(xì)胞；凱尼海撒實(shí)驗(yàn)室；細(xì)胞粘附分子。a: F1與M1組間差異表達(dá)基因富集到的通路圖注釋示例。b : F2與M2組間差異表達(dá)基因富集到的通路圖注釋示例。紅色表示注釋到該KO的基因?yàn)樯险{(diào)基因，綠色表示注釋到該KO的基因?yàn)橄抡{(diào)基因。a :Examples of annotated pathway diagrams in which differentially expressed genes between F1 and M1 groups are enriched. b : Examples of annotated pathway diagrams in which differentially expressed genes between F2 and M2 groups are enriched. The red indicates that the gene annotated to the KO is up-regulated, and the green indicates that the gene annotated to the KO is down-regulated.)

本研究通過轉(zhuǎn)錄組分析獲得的雌雄文昌魚差異表達(dá)的基因，為從基因水平上研究文昌魚雌雄性別的差異乃至性別分化的分子機(jī)制提供了基礎(chǔ)信息。