金魚(yú)源維氏氣單胞菌JY01全基因組測(cè)序及生物信息分析

吳尉鳳 饒秋華 柯文輝 劉洋 卓藝蓉 鄭欣欣 羅土炎

摘 要：維氏氣單胞菌（ Aeromonasveronii ?JY01）是從福州某養(yǎng)殖場(chǎng)內(nèi)金魚(yú)爛尾、腐皮和潰瘍等病灶處分離出的1株革蘭氏陰性?xún)?yōu)勢(shì)菌。為了解其基因組結(jié)構(gòu)及功能特征，基于IlluminaPE150和Pacbio測(cè)序平臺(tái)對(duì)維氏氣單肥菌菌株JY01進(jìn)行全基因組測(cè)序，并對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行組裝和組分分析，利用生物信息學(xué)手段進(jìn)行基因預(yù)測(cè)與功能注釋、同時(shí)預(yù)測(cè)致病因子和耐藥基因。結(jié)果表明：維氏氣單肥菌菌株JY01基因組序列長(zhǎng)度為4.97 Mb，GC含量為58.17%;共預(yù)測(cè)到4601個(gè)編碼基因、31個(gè)rRNA、16個(gè)基因島及124個(gè)tRNA;其中，3461個(gè)基因在COG中獲得注釋?zhuān)?082個(gè)基因聚集到GO聚類(lèi)分析中，4345個(gè)基因在KEGG代謝通路中富集，預(yù)測(cè)維氏氣單胞菌菌株JY01攜帶13種毒力因子包含240個(gè)相關(guān)毒力基因及9大類(lèi)抗生素耐藥性包含175個(gè)抗生素耐藥基因。

關(guān)鍵詞：金魚(yú);維氏氣單胞菌;全基因組測(cè)序;基因注釋

中圖分類(lèi)號(hào)：S 943?? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A?? 文章編號(hào)：0253-2301（2021）07-0018-08

DOI： 10.13651/j.cnki.fjnykj.2021.07.003

Whole Genome Sequencing and Bioinformatic Analysis of ?Aeromonas Veronii ?JY01 from Goldfish

WU Weifeng1， RAO Qiuhua2， KE Wenhui3， LIU Yang2， ZHUO Yirong1， ZHENG Xinxin1， LUO Tuyan2*

（1. Fujian Ocean Vocational College， Fuzhou， Fujian 350013， China; 2. Institute of Agricultural Quality Standards

and Testing Technology / Fujian Key Laboratory of Agroproducts Quality and Safety， Fujian Academy of

Agricultural Sciences， Fuzhou， Fujian 350003， China; 3. Institute of Agricultural Economics and

Scientific Information， Fujian Academy of Agricultural Sciences， Fuzhou， Fujian 350003， China）

Abstract： ?Aeromonas veronii ?JY01 is a strain of dominant gramnegative bacterium isolated from the lesions of goldfish， such as rotten tails， rot， and ulcers in a farm in Fuzhou. In this study， the whole genome of the strain of ?Aeromonas veronii ?JY01 was sequenced based on the IlluminaPE150 sequencing platform and Pacbio sequencing platform. The sequencing data was assembled and analyzed， the gene prediction and functional annotation were performed by bioinformatics methods， meanwhile the prediction of pathogenic genes and drug resistance genes were carried out. The results showed that the genomic sequence length of the strain of ?Aeromonas veronii ?JY01 was 4.97 Mb， and the GC content was 58.17%. A total of 4601 encoding genes， 31 rRNA， 16 gene islands and 124 tRNA were predicted， among which， 3461 genes were annotated in COG， 3082 genes were aggregated in GO cluster analysis， and 4345 genes were enriched in KEGG metabolic pathway. It was predicted that the strain of ?Aeromonas veronii ?JY01 carried 13 virulence factors including 240 related virulence genes， and 9 types of antibiotics resistance including 175 antibiotic resistance genes.

Key words： Goldfish; ?Aeromonas veronii ; Whole genome sequencing; Gene annotation

維氏氣單胞菌 Aeromonas veronii 隸屬于氣單胞菌科Aeromonadaceae氣單胞菌屬 Aeromonas ，革蘭氏染色陰性，端生或多生鞭毛短桿菌。該菌株由HiekmanBrenner等于1983年從臨床腹瀉病人的糞便中分離，于1987年利用DNAblot法首次鑒定為氣單胞菌屬內(nèi)的新種[1]。因其能產(chǎn)生多種毒力因子，如氣溶素、腸毒素以及菌毛、S層、莢膜、內(nèi)毒素（LPS）和外膜蛋白（OMP）等粘附因子等[2-4]，該菌株對(duì)人和多種水生動(dòng)物具有很強(qiáng)的致病性。魚(yú)類(lèi)感染維氏氣單胞菌后主要出現(xiàn)皮下點(diǎn)狀潰爛、皮膚隆起、出血等癥狀。陸夢(mèng)瑩等[5]發(fā)現(xiàn)懷頭鯰感染維氏氣單胞菌后表現(xiàn)為明顯出血、皮膚潰瘍、鰭條充血、肛門(mén)紅腫外突等臨床癥狀;田甜等[6]發(fā)現(xiàn)中華鱘感染維氏氣單胞菌后游動(dòng)緩慢、食欲差且反應(yīng)遲鈍，體表口四周、眼眶、鰭條及側(cè)骨板充血，肛門(mén)紅腫，部分病鱘胸鰭出現(xiàn)蛀鰭現(xiàn)象。

本研究從福州某養(yǎng)殖場(chǎng)內(nèi)金魚(yú)爛尾、腐皮等病灶處分離純化出1株維氏氣單胞菌優(yōu)勢(shì)菌JY01。為了深入研究菌株JY01潛在的致病機(jī)制和耐藥機(jī)制，用于流行病學(xué)、疫苗開(kāi)發(fā)、微生物進(jìn)化等領(lǐng)域。本研究采用第二代Illumina與第三代PacBio平臺(tái)相結(jié)合的測(cè)序技術(shù)對(duì)維氏氣單胞菌JY01進(jìn)行全基因組測(cè)序，從而獲得其全基因組序列，在KEGG、SwissProt、GO、NR和COG數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)菌株JY01基因功能進(jìn)行注釋、預(yù)測(cè)其致病因子和抗性基因，以期為金魚(yú)維氏氣單胞菌病的防控研究提供理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

1.1.1 試驗(yàn)菌株 維氏單胞菌菌株JY01來(lái)自實(shí)驗(yàn)室前期從自然發(fā)病的金魚(yú)潰瘍、爛尾和腐皮等病灶處分離的1株優(yōu)勢(shì)菌株，用于全基因組測(cè)序分析。

1.1.2 試劑材料 腦心浸出液培養(yǎng)基（BHI，BectoTM Brain Heart Infusion）購(gòu)自BD中國(guó)代理機(jī)構(gòu)，細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒購(gòu)自生工生物工程（上海）股份有限公司。

1.2 菌株的全基因組測(cè)序與組裝

采用DNA提取試劑盒提取菌株JY01基因組DNA，其純度和完整性利用瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測(cè)，采用Qubit方法進(jìn)行定量。采用Covaris gTUBE將經(jīng)電泳檢測(cè)合格的DNA樣品打斷成構(gòu)建文庫(kù)所需大小的目的片段，按照PacBio SMRT全基因組DNA建庫(kù)流程建立10 kb文庫(kù)，建庫(kù)后根據(jù)PacBio SMRT RS Ⅱ 測(cè)序平臺(tái)上機(jī)流程進(jìn)行全基因組測(cè)序;同時(shí)質(zhì)量合格的DNA樣品用Covaris超聲波破碎儀隨機(jī)打斷成長(zhǎng)度約為350 bp的片段，利用DNA文庫(kù)構(gòu)建（NEB， USA）試劑盒，構(gòu)建350 bp小片段文庫(kù)，步驟為：末端修復(fù)、加A尾、加測(cè)序接頭、純化、PCR擴(kuò)增等，然后利用Illumina NovaSeq PE150測(cè)序。

過(guò)濾掉測(cè)序質(zhì)量值低的reads，保留高質(zhì)量reads即Clean Data。使用Unicycler軟件（https：//github.com/rrwick/Unicycler）[7]對(duì)Clean Data進(jìn)行基因組組裝，并將染色體序列組裝成一個(gè)環(huán)狀基因組完成圖。

1.3 基因組組分分析

基因編碼框采用GeneMarkS（Version 4.17）[8]軟件從組裝結(jié)果中進(jìn)行預(yù)測(cè)，用于后續(xù)的基因功能注釋分析。采用Tandem Repeats Finder（V.4.07b）軟件[9]和RepeatMasker（V.4.0.5）

[10]軟件分別對(duì)串聯(lián)重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座子進(jìn)行預(yù)測(cè);通過(guò)tRNAscanSE軟件（Version 1.3.1）[11]和rRNAmmer軟件（Version 1.2）[12]分別預(yù)測(cè)tRNA和rRNA。采用CRISPRdigger（Version 1.0）[13]預(yù)測(cè)基因組中的CRISPR，使用IslandPathDIOMB 軟件預(yù)測(cè)基因島。

1.4 基因組的生物信息學(xué)分析

在已知的功能數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)（evalue≤1×10-5）預(yù)測(cè)到的基因蛋白序列，在每條序列的比對(duì)結(jié)果中，選取score最高的比對(duì)結(jié)果（identity≥40%，coverage≥40%）作為基因功能注釋的結(jié)果。參考數(shù)據(jù)庫(kù)分別為非冗余的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)（Nr，NonRedundant Protein Database）[14]、SwissPro數(shù)據(jù)庫(kù)[15]、基因本體論（GO，Gene Ontology）[16]、蛋白相鄰類(lèi)的聚簇（COG，Cluster of OrthologousGroups of proteins）[17]、碳水化合物活性酶數(shù)據(jù)庫(kù)（CAZy，CarbohydrateActive enZymes Database）[18]和京都基因和基因組百科全書(shū)（KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes andGenomes）[19]功能數(shù)據(jù)庫(kù)。

采用毒力因子數(shù)據(jù)庫(kù)（VFDB，Virulence Factors of Pathogenic Bacteria）[20]和抗生素耐藥基因數(shù)據(jù)庫(kù)（CARD，the Comprehensive Antibiotic Research Database）[21]對(duì)菌株的基因組中所包含的毒力基因和耐藥基因進(jìn)行比對(duì)。

2 結(jié)果與分析

2.1 測(cè)序結(jié)果的統(tǒng)計(jì)及組裝

采用第二代Illumina平臺(tái)與第三代PacBio平臺(tái)相結(jié)合的測(cè)序技術(shù)，對(duì)菌株JY01全基因組進(jìn)行測(cè)序。質(zhì)控后共得到1 661 097 097 bp clean data，組裝質(zhì)控后的數(shù)據(jù)，并進(jìn)行矯正和優(yōu)化，最終獲得基因組序列長(zhǎng)度為4 969 544 bp，（G+C）mol%含量為58.17%，平均測(cè)序深度為334.26 X（圖1）。

2.2 菌株JY01的基因結(jié)構(gòu)

質(zhì)粒是獨(dú)立于核基因組可自主復(fù)制的環(huán)狀DNA，普遍存在于原核生物細(xì)胞內(nèi)。通過(guò)對(duì)組裝后的測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析，在JY01菌株未發(fā)現(xiàn)相應(yīng)的質(zhì)粒序列。原核生物中的CRISPR序列與Cas gene（CRISPR相關(guān)基因，CRISPRassociated genes）起到免疫系統(tǒng)（CRISPRCas系統(tǒng)）的作用，能識(shí)別并使入侵的功能元件沉默，經(jīng)CRISPRdigger程序預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)菌株JY01含有2組CRISPR相關(guān)序列。非編碼RNA（ncRNA），如siRNA、snRNA、rRNA、tRNA等，從基因組上轉(zhuǎn)錄，可直接以RNA分子的形式發(fā)揮功能作用，菌株JY01中預(yù)測(cè)到的ncRNA 統(tǒng)計(jì)結(jié)果見(jiàn)表 1?；驆u編碼蛋白具有多種功能，涉及發(fā)病機(jī)理和共生關(guān)系，還具有提高生物適應(yīng)性等，菌株JY01基因組中預(yù)測(cè)到16個(gè)基因島。

2.3 預(yù)測(cè)蛋白的數(shù)據(jù)庫(kù)注釋

2.3.1 COG注釋結(jié)果 維氏氣單胞菌菌株JY01基因序列中預(yù)測(cè)到了4601個(gè)編碼基因。在COG數(shù)據(jù)庫(kù)得到注釋的有3461個(gè)蛋白質(zhì)，占總量的75.22%。菌株JY01中預(yù)測(cè)到的蛋白序列注釋主要集中在以下功能（圖2），分別為E（氨基酸的運(yùn)輸和代謝）355個(gè)，T（信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制）329個(gè)，R（僅適用于一般功能預(yù)測(cè)）297個(gè)，K（轉(zhuǎn)錄）296個(gè)，J（翻譯，核糖體結(jié)構(gòu)與生物發(fā)生）261個(gè)，C（能源生產(chǎn)與轉(zhuǎn)換）240個(gè)，S（未知功能）232個(gè)，M（細(xì)胞壁/膜/膜生物合成）216個(gè)，P（無(wú)機(jī)離子的轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝）205個(gè)，G（碳水化合物的運(yùn)輸和代謝）204個(gè)，H（輔酶的運(yùn)輸和代謝）182個(gè)和N（細(xì)胞運(yùn)動(dòng)）180個(gè)。COG注釋結(jié)果顯示，關(guān)于碳水化合物的運(yùn)輸和代謝的基因達(dá)204個(gè)，另外有182個(gè)基因注釋到輔酶運(yùn)輸代謝，表明該菌株可能具有糖類(lèi)代謝及產(chǎn)多種輔酶的功能。

2.3.2 GO注釋結(jié)果 維氏氣單胞菌菌株JY01編碼蛋白在GO數(shù)據(jù)庫(kù)中得到注釋共有3082個(gè)蛋白質(zhì)序列，占總蛋白序列數(shù)量的66.98%。由圖3可知，在分子功能方面，主要被注釋到轉(zhuǎn)運(yùn)活性、結(jié)合、催化活性、活動(dòng)分子傳感器和核酸結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子活性單元;在細(xì)胞組分方面，主要注釋到細(xì)胞、細(xì)胞部分、細(xì)胞器、高分子配合物單元;在生物學(xué)過(guò)程方面，主要與細(xì)胞內(nèi)過(guò)程、代謝過(guò)程、定位、定位建立、生物調(diào)節(jié)、刺激反應(yīng)、生物過(guò)程調(diào)節(jié)、信號(hào)發(fā)射、細(xì)胞組成組織或生物發(fā)生單元有關(guān)。

2.3.3 KEGG注釋結(jié)果 將測(cè)序結(jié)果與KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)，菌株JY01預(yù)測(cè)到的基因有4345個(gè)富集到KEGG Pathway的217條代謝通路中，占基因總量的94.44%;其中含有大于50個(gè)基因數(shù)的代謝通路有15個(gè)（表2）。KEGG富集結(jié)果表明，代謝途徑、次生代謝物的生物合成、抗生素的生物合成作為最主要的 3 條代謝通路，分別注釋到620、285和194個(gè)基因;另外，微生物在不同環(huán)境中的代謝、雙組分調(diào)節(jié)系統(tǒng)、碳代謝、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、氨基酸生物合成、嘌呤代謝通路與菌株JY01基因組具有較高的相關(guān)度。

2.3.4 CAZy功能分析 與CAZy數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)結(jié)果發(fā)現(xiàn)，菌株JY01的基因組中屬于CAZy家族的共有151個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域，其中包括40個(gè)蛋白基因?qū)儆?3類(lèi)糖苷轉(zhuǎn)移酶家族（Glycosyl Transferases，GTs）、64個(gè)蛋白基因?qū)儆?4類(lèi)糖苷水解酶（Glycoside Hydrolases，GHs）、4個(gè)蛋白基因?qū)儆?類(lèi)碳水化合物酯酶（Carbohydrate Esterases，CEs）、1個(gè)蛋白基因?qū)儆?類(lèi)輔助酶類(lèi)（Auxiliary Activities，AAs）、42個(gè)蛋白基因?qū)儆?類(lèi)碳水化合物結(jié)合組件（CarbohydrateBinding Modules，CBMs）。菌株JY01基因組中未發(fā)現(xiàn)多糖裂解酶（Polysaccharide Lyases，PLs），可能與該菌株在淡水環(huán)境中的生境相關(guān)。

2.3.5 SwissProt數(shù)據(jù)庫(kù)和NR數(shù)據(jù)庫(kù)注釋結(jié)果 菌株JY01的基因中序列與NR數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行alignment發(fā)現(xiàn)，在NR數(shù)據(jù)庫(kù)中共有4431個(gè)基因得到相應(yīng)注釋?zhuān)饕械?Aeromonas veronii、Aeromonas、Aeromonas hydrophila、Aeromonas allosaccharophila、Aeromonas jandaei、Aeromonas salmonicida、Aeromonas caviae和Edwardsiellaanguillarum 這8類(lèi)物種，數(shù)量分別為2149、1760、149、68、46、28、27和20個(gè)。SwissPro是一個(gè)精選的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，包括蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、功能、翻譯后修飾、變異等信息，菌株JY01中有2397個(gè)基因的蛋白序列功能在該數(shù)據(jù)庫(kù)中得到有意義的注釋。

2.3.6 毒力因子分析 與VFDB數(shù)據(jù)庫(kù)alignment表明，菌株JY01共含有13種毒力因子及240個(gè)相關(guān)毒力基因，其中與細(xì)菌粘附功能相關(guān)的毒力因子有6個(gè)包含148個(gè)基因，說(shuō)明該菌株對(duì)宿主具有較強(qiáng)的黏附能力，這是病原菌入侵的第一步;與分泌系統(tǒng)相關(guān)的毒力因子有3個(gè)包含88個(gè)基因;與毒素相關(guān)的毒力因子有4個(gè)包含4個(gè)基因（表3）。

2.3.7 耐藥基因分析 CARD數(shù)據(jù)庫(kù)注釋結(jié)果發(fā)現(xiàn)，菌株JY01含有多種類(lèi)型的抗生素耐藥基因，包括9大類(lèi)共175個(gè)抗生素耐藥基因。從表4可知，外排泵系統(tǒng)基因數(shù)量最多，主要包括 macB （18個(gè)）、 patA （12個(gè)）和 lmrB （8個(gè)）等107個(gè)耐藥基因。其次為多抗基因簇包含13個(gè)耐藥基因，其余為介導(dǎo)磺胺類(lèi)、多肽類(lèi)抗生素（多粘菌素）、四環(huán)素類(lèi)抗生素（四環(huán)素）、二氨基嘧啶類(lèi)、β內(nèi)酰胺類(lèi)和喹諾酮類(lèi)等抗生素耐藥基因。

3 討論

基因組測(cè)序伴隨著生物信息學(xué)的發(fā)展，給研究微生物多樣性、進(jìn)化以及物種間相互作用等帶來(lái)了全新的機(jī)會(huì)。在動(dòng)植物病原菌的鑒定與分析方面，全基因組測(cè)序技術(shù)已廣泛被引用，其可在分子水平上系統(tǒng)闡明致病菌的遺傳進(jìn)化地位、致病機(jī)理和與寄主的互作機(jī)制等，為病原菌的進(jìn)化關(guān)系確定、耐藥性的特征分析、預(yù)防策略的制定及疫苗開(kāi)發(fā)奠定了理論基礎(chǔ)。而維氏氣單胞菌是一類(lèi)兼性厭氧的革蘭氏陰性桿菌，在水環(huán)境以及土壤中普遍存在，是一種條件致病菌，可同時(shí)夠感染人類(lèi)和魚(yú)類(lèi)，在水產(chǎn)業(yè)上常常給養(yǎng)殖業(yè)帶來(lái)重大經(jīng)濟(jì)損失。因此，本研究旨在通過(guò)全基因組測(cè)序和生物信息學(xué)分析，了解金魚(yú)源維氏氣單胞菌JY01的基因組結(jié)構(gòu)和功能，為進(jìn)一步研究其致病機(jī)制和耐藥機(jī)制提供重要生物信息學(xué)基礎(chǔ)。

經(jīng)denovo組裝后，菌株JY01的基因組序列長(zhǎng)度為4.97 Mb，共預(yù)測(cè)得到4601個(gè)編碼基因，有4431個(gè)注釋到已知功能蛋白，涉及轉(zhuǎn)運(yùn)、調(diào)控、環(huán)境適應(yīng)和次級(jí)代謝活動(dòng)等。GO注釋結(jié)果表明，催化活性和結(jié)合等分子功能方面是菌株JY01的蛋白功能主要集中區(qū)，該功能方面的蛋白參與大量的代謝過(guò)程，同時(shí)包括對(duì)外界環(huán)境或自身的催化活性，為蛋白質(zhì)的分泌過(guò)程和功能發(fā)揮提供了分子基礎(chǔ)。COG分類(lèi)具有局限性，菌株JY01內(nèi)基因?qū)⒔?5%沒(méi)有在COG里得到分類(lèi)或功能注釋?zhuān)虼嗽摶蚪M中有很多基因有待于更深層次的基因功能發(fā)掘。KEGG注釋結(jié)果表明，菌株JY01的代謝途徑豐富完整，能夠使生物體自身及外界不斷進(jìn)行能量和物質(zhì)交換，維持自身活動(dòng)必需物質(zhì)和對(duì)外界環(huán)境及時(shí)作出反應(yīng)，增強(qiáng)病原菌的環(huán)境適應(yīng)性。

細(xì)菌對(duì)抗抗生素機(jī)制主要包括：加快細(xì)菌主動(dòng)外排作用，排出菌體內(nèi)的抗生素;影響細(xì)胞膜滲透作用進(jìn)而阻礙抗菌藥物的進(jìn)入;產(chǎn)生滅活酶或鈍化酶破壞抗生素的活性;改變抗生素作用靶位等[22]。菌株JY01基因組上預(yù)測(cè)到9大類(lèi)抗性基因，包含175個(gè)抗生素耐藥基因，外排機(jī)制耐藥基因數(shù)量最多，占61.14%。呈外排機(jī)制的耐藥基因多數(shù)情況下可表現(xiàn)為多種抗菌藥物的耐藥性，如evgA、HNS、evgS同時(shí)具備RND和MFS兩種耐藥機(jī)制，TolC同時(shí)具備ABC、RND、MFS等3種耐藥功能，soxS基因除兼?zhèn)銶FS3、RND、ABC等3種外排機(jī)制外，還具有降低抗生滲透性和改變抗生素作用靶點(diǎn)的功能。豐富的抗生素外排系統(tǒng)表明菌株JY01可能處于高濃度的抗生素環(huán)境中，巨大的選擇壓力導(dǎo)致其具有多種耐藥性質(zhì)。VFDB數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)發(fā)現(xiàn)，菌株JY01包含著多種毒力因子及相關(guān)毒力基因。主要集中在吸附和分泌系統(tǒng)上，分別占60.66%和36.07%。毒力因子中鞭毛、纖毛、粘附和侵襲、Ⅳ型菌毛提供運(yùn)動(dòng)占有重要的比例;而分泌系統(tǒng)能將蛋白整合在細(xì)胞膜或直接分泌到環(huán)境與靶細(xì)胞內(nèi)，參與多種生理學(xué)過(guò)程，如病原菌的致病性、細(xì)胞黏附和環(huán)境的適應(yīng)性等[23]。在毒力基因中，由某些基因共同調(diào)控形成的生物膜，構(gòu)成了抗生素耐藥的第一道防線(xiàn)機(jī)制。本研究對(duì)菌株JY01進(jìn)行了全基因組測(cè)序與分析，有利于更全面地認(rèn)識(shí)該菌株基因組的結(jié)構(gòu)與功能，為該菌株的感染治療和長(zhǎng)期防控提供參考依據(jù)。

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（責(zé)任編輯：林玲娜）