王曦
摘? 要:試驗(yàn)旨在探究腸炎沙門(mén)氏菌攻毒對(duì)SPF雛雞糞便微生物區(qū)系的影響。選擇1日齡SPF雛雞24只,隨機(jī)分為2組,每組12只。在4日齡處理組口服107 CFU腸炎沙門(mén)氏菌(ATCC13076)攻毒,對(duì)照組口服等量PBS溶液。試驗(yàn)期22 d。結(jié)果顯示:①處理組SPF雞的存活率為75%,對(duì)照組全部存活,期間兩組雞的體重?zé)o顯著性差異;②OTU水平上,相同日齡兩組雞糞便菌群的豐富度相近,中期處理組糞便菌群多樣性更高(P<0.05),后期對(duì)照組菌群穩(wěn)定性更高,而且攻毒對(duì)SPF雞糞便菌群的影響隨日齡增加而減弱;③在屬水平上,與對(duì)照組相比,處理組Bacteroides(擬桿菌門(mén))、Enterococcus(腸球菌屬)和Aeriscardovia(卡多維亞氏菌屬)的相對(duì)豐度明顯升高(P<0.05);Lactobacillus(乳桿菌屬)、Alistipes(另枝菌屬)、Faecalibacterium(糞桿菌屬)、Romboutsia(羅姆布茨菌屬)和Ruminococcaceae_UCG_005(瘤胃球菌UCG_005)的相對(duì)豐度明顯降低(P<0.05);④KEGG分析顯示攻毒影響了菌群參與的多個(gè)代謝通路。綜上,腸炎沙門(mén)氏菌感染影響了SPF雛雞糞便菌群的結(jié)構(gòu)組成、穩(wěn)定性及菌群參與的代謝通路。Bacteroides(擬桿菌門(mén))、Lactobacillus(乳桿菌屬)等差異菌屬可能對(duì)SPF雛雞抵抗沙門(mén)氏菌入侵起到積極作用。
關(guān)鍵詞:腸炎沙門(mén)氏菌;SPF雛雞;16S rRNA測(cè)序;糞便菌群;KEGG代謝通路
動(dòng)物腸道中含有極其復(fù)雜的共生微生物群組分,其抵抗病原菌入侵產(chǎn)生的定殖抗性對(duì)宿主的健康起到保護(hù)作用[1]。腸道微生物的組成會(huì)隨著時(shí)間的推移而發(fā)展[2],也會(huì)隨著病原菌入侵而發(fā)生變化[3]。腸炎沙門(mén)氏菌是一種常見(jiàn)人畜共患病的腸道病原體,引起宿主腸道炎癥反應(yīng),臨床表現(xiàn)一般為腹瀉。在腹瀉癥狀消失后,腸炎沙門(mén)氏菌可以在宿主體內(nèi)隱性攜帶,并伴隨著長(zhǎng)期的間歇性排菌[4]。在剛孵化的SPF雞腸道菌群?jiǎn)我坏拇翱谄谝肽c炎沙門(mén)氏菌,使其更容易引起腸道菌群結(jié)構(gòu)的變化[5]。而我們感興趣的是早期腸炎沙門(mén)氏菌感染對(duì)SPF雛雞糞便菌群結(jié)構(gòu)產(chǎn)生怎樣的影響。本研究利用16S rRNA基因高通量測(cè)序技術(shù)來(lái)探究腸炎沙門(mén)氏菌攻毒對(duì)SPF雛雞糞便菌群的影響,并結(jié)合日齡來(lái)研究糞便菌群的相關(guān)性變化。
1? 材料和方法
1.1? 試驗(yàn)設(shè)計(jì)與試驗(yàn)動(dòng)物? 試驗(yàn)選取山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院家禽研究所SPF雞胚場(chǎng)孵化的1日齡SPF雛雞24只,隨機(jī)分成兩組,每組12只,其中處理組在4日齡時(shí)口服0.2 mL(約107CFU)的腸炎沙門(mén)氏菌(ATCC13076),對(duì)照組口服等量無(wú)菌PBS溶液,分別在隔離器內(nèi)隔離飼養(yǎng),正常飼喂雛雞飼料和飲水。
1.2? 生存曲線(xiàn)、體重與糞便樣品采集? 每天觀(guān)察雞的生長(zhǎng)情況,實(shí)驗(yàn)結(jié)束后繪制生存曲線(xiàn)。在第1、4、5、7、9、11、14、18和22日齡時(shí)稱(chēng)量每組雞的體重。在第5、7、9、18和22日齡收集兩組SPF雞的糞便,每組隨機(jī)采集6份新鮮糞便,每份都收集到一個(gè)5 mL離心管里,加入少量PBS緩沖液混勻后,-20℃保存,用于檢測(cè)糞便菌群多樣性。
1.3? 糞便菌群16S rRNA高通量測(cè)序及分析
1.3.1? DNA提取和PCR擴(kuò)增? 根據(jù)E.Z.N.A.soil試劑盒(Omega Bio-tek, Norcross, GA, U.S.) 說(shuō)明書(shū)進(jìn)行總DNA抽提,DNA濃度和純度利用NanoDrop 2000進(jìn)行檢測(cè),利用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA提取質(zhì)量,用338F(5'- ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3')和806R (5'- GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')引物對(duì) V3~V4可變區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增程序?yàn)椋?5 ℃預(yù)變性3 min,27個(gè)循環(huán)(95 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s),最后72 ℃延伸10 min(PCR儀:ABIGeneAmp?9700型)。擴(kuò)增體系為20 μL,4 μL 5×Fast Pfu緩沖液、2 μL 2.5 mMdNTPs、0.8 μL引物(5 μM)、0.4 μLFastPfu聚合酶和10 ngDNA模板。
1.3.2? Illumina Miseq測(cè)序? 使用2%瓊脂糖凝膠回收PCR產(chǎn)物,利用AxyPrep DNA Gel Extraction Kit (Axygen Biosciences, Union City, CA, USA)進(jìn)行純化,Tris-HCl洗脫,2%瓊脂糖電泳檢測(cè)。利用QuantiFluorTM-ST(Promega, USA) 進(jìn)行檢測(cè)定量。根據(jù)Illumina MiSeq平臺(tái) (Illumina,San Diego, USA)標(biāo)準(zhǔn)操作規(guī)程將純化后的擴(kuò)增片段構(gòu)建PE 2×300的文庫(kù)。利用Illumina公司的Miseq PE300平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序(上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司)。
1.4? 數(shù)據(jù)處理與分析? 測(cè)序序列使用 Trimmomatic軟件質(zhì)控,使用FLASH軟件進(jìn)行拼接:①設(shè)置50 bp的窗口,如果窗口內(nèi)的平均質(zhì)量值低于20,從窗口開(kāi)始截去后端堿基,去除質(zhì)控后長(zhǎng)度低于50 bp的序列;②barcode需精確匹配,引物允許2個(gè)堿基的錯(cuò)配,去除模糊堿基;③根據(jù)重疊堿基overlap將兩端序列進(jìn)行拼接,overlap需大于10 bp,去除無(wú)法拼接的序列。使用的UPARSE 軟件(version 7.1 http://drive5.com/uparse/),根據(jù)97%的相似度對(duì)序列進(jìn)行OTU聚類(lèi);使用UCHIME軟件剔除嵌合體。利用RDP classifier(http://rdp.cme.msu.edu/)對(duì)每條序列進(jìn)行物種分類(lèi)注釋?zhuān)葘?duì)Silva數(shù)據(jù)庫(kù)(SSU123),設(shè)置比對(duì)閾值為70%。主坐標(biāo)分析(Principal coordinates analysis,PCoA)、線(xiàn)性判別分析(Linear discriminant analysis Effect Size,LEfSe)、冗余分析(Redundancy analysis,RDA)和PICRUSt功能預(yù)測(cè)分析在上海美吉生物免費(fèi)云平臺(tái)進(jìn)行(https://www.i-sanger.com/)。變異系數(shù)(coefficient of variation, CV)為標(biāo)準(zhǔn)差與平均值的商(SD/Mean)。在軟件GraphPad Prism7中利用Mann-Whitney 算法進(jìn)行差異顯著性檢驗(yàn)。
2? 結(jié)果和分析
2.1? 生存曲線(xiàn)與體重變化? 對(duì)照組存活率為100%,處理組存活率為75%,見(jiàn)圖1。在14~22日齡,處理組SPF雛雞的均重都大于對(duì)照組,但沒(méi)有顯著性差異(P>0.05),見(jiàn)表1。
2.2? 16S rRNA基因高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析
2.2.1? OTU水平上糞便菌群結(jié)構(gòu)與差異分析? 在方法與材料中已經(jīng)列出了兩組SPF雞5個(gè)時(shí)間點(diǎn)的糞便樣本。在進(jìn)行Illumina MiSeq測(cè)序和質(zhì)量過(guò)濾后,為了降低每個(gè)糞便樣本間的測(cè)序深度差異造成的影響,這些序列被統(tǒng)一抽平至樣本中最小序列數(shù)(每個(gè)樣本28423個(gè)序列)。OTU水平上,兩組在5個(gè)日齡除了重疊的OTU,各自都含有差異OTU,見(jiàn)表2。
通過(guò)α多樣性分析比較了兩組糞便樣本的Chao指數(shù)和Shannon指數(shù),發(fā)現(xiàn)比較相同日齡處理組與對(duì)照組糞便菌群Chao指數(shù)始終無(wú)顯著性差異,見(jiàn)表3;而在第5、9、18日齡時(shí)處理組的Shannon指數(shù)顯著大于對(duì)照組,見(jiàn)表4。
Chao和Shannon指數(shù)變異系數(shù)用來(lái)衡量SPF雞糞便菌群的穩(wěn)定性。結(jié)果發(fā)現(xiàn),對(duì)照組糞便菌群的穩(wěn)定性大于處理組,見(jiàn)圖2。
基于Brays-Curtis 算法的主坐標(biāo)分析樣本的β多樣性。根據(jù)組別和年齡所有樣本均可以分為10個(gè)不同的小組,在PCoA圖上對(duì)日齡的分析顯示出樣品的異質(zhì)分布,隨著時(shí)間的推移,兩組的群落結(jié)構(gòu)愈加相似,見(jiàn)圖3A;另一方面,考慮到攻毒的PCoA分析表明,在每個(gè)采樣時(shí)間點(diǎn),處理組和對(duì)照組的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)明顯不同,見(jiàn)圖3B。
2.2.2? 門(mén)、屬級(jí)糞便菌群結(jié)構(gòu)組成與差異分析? 在門(mén)分類(lèi)水平上,兩組的菌門(mén)(相對(duì)豐度>1%)都由Firmicutes(厚壁菌門(mén))、Bacteroidetes(擬桿菌門(mén))、Actinobacteria(放線(xiàn)菌門(mén))和Proteobacteria(變形菌門(mén))組成,見(jiàn)圖4A和4B。
Actinobacteria與Proteobacteria的平均相對(duì)豐度在兩組均處于較低水平。兩組中Firmicutes的相對(duì)豐度均在18日齡之前超過(guò)95%,從第18日齡起,兩組Firmicutes的相對(duì)豐度開(kāi)始下降的同時(shí),伴隨著B(niǎo)acteroidetes的相對(duì)豐度迅速上升。18~22日齡,處理組的Firmicutes平均相對(duì)豐度極顯著低于對(duì)照組(P<0.01),處理組的Bacteroidetes平均相對(duì)豐度極顯著高于對(duì)照組(P<0.01),見(jiàn)圖5。
在屬分類(lèi)水平,有24個(gè)屬的細(xì)菌相對(duì)豐度在兩組樣本中曾大于1%,在第7日齡之前,兩組糞便菌群都比較單一,第9日齡之后菌群多樣性迅速上升。兩組的糞便菌群主要由Lactobacillus(乳桿菌屬)細(xì)菌組成,處理組糞便菌群含有更多的Bacteroides(擬桿菌屬)和Enterococcus(腸球菌屬)細(xì),而對(duì)照組Alistipes、Romboutsia和Faecalibacterium等菌屬更加豐富。在第5~18日齡,Lactobacillus都是最豐富的屬,豐度隨時(shí)間推移而緩緩降低。第22日齡,處理組中Bacteroides相對(duì)豐度最高,約25.8%;在處理組中Alistipes相對(duì)豐度最高,約18.5%,結(jié)果見(jiàn)圖4C。
使用LEfSe分析比較了在同一日齡兩組間的差異菌群。在第5和7日齡無(wú)差異菌屬(閾值≥4),所以只呈現(xiàn)了第9、18、22日齡的LDA得分。我們發(fā)現(xiàn)在這3個(gè)日齡中共出現(xiàn)了8個(gè)差異菌屬(見(jiàn)圖6A~C),處理組處于優(yōu)勢(shì)水平的有3個(gè)菌屬,分別是Enterococcus、Aeriscardovia和Bacteroides。對(duì)照組處于優(yōu)勢(shì)水平的有5個(gè)菌屬,分別是Romboutsia、Lactobacillus、Ruminococcaceae_UCG_005、Faecali-bacterium和Alistipes?;贚DA得分進(jìn)行RDA分析,表明腸炎沙門(mén)氏菌攻毒影響了SPF雛雞腸道菌群結(jié)構(gòu),且腸炎沙門(mén)氏菌攻毒與Ruminococcaceae_UCG_005、Romboutsia、Faecali-bacterium、Alistipes和Lactobacillus成負(fù)相關(guān),與Enterococcus、Bacteroides和Aeriscardovia成正相關(guān),見(jiàn)圖6D。
通過(guò)LEfSe分析得出了差異菌屬在不同日齡的豐度變化。處理組中Enterococcus在9日齡之后持續(xù)處于較高豐度水平且顯著高于對(duì)照組;Aeriscardovia的豐度在9~18日齡顯著高于對(duì)照組,Bacteroides的豐度在18日齡之后顯著高于對(duì)照組;處理組中Romboutsia和Lactobacillus的豐度在多數(shù)日齡顯著小于對(duì)照組,Ruminococcaceae_UCG_005、Alistipes和Faecalibacterium的豐度在22日齡顯著小于對(duì)照組,見(jiàn)圖7。
2.2.3? KEGG代謝途徑差異分析? 經(jīng)與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),發(fā)現(xiàn)在第5、9和22日齡有顯著差異的代謝通路共有22個(gè),其中3個(gè)日齡共同的有6個(gè);第5和22日齡共同的有2個(gè);第9和22日齡共同的有6個(gè)。攻毒后,從日齡發(fā)展上看,處理組中代謝能力(Metabolism)、外源生物降解與代謝(Xenobiotics Biodegradation and Metabolism)、碳水化合物代謝(Carbohydrate Metabolism)、不良特征(Poorly Characterized)、其他氨基酸代謝(Metabolism of Other Amino Acids)和膜運(yùn)輸(Membrane Transport)水平升高,且后期顯著高于對(duì)照組(P<0.05);處理組中折疊、分類(lèi)和降解(Folding, Sorting and Degradation)、細(xì)胞過(guò)程和信號(hào)(Cellular Processes and Signaling)、輔助因子和維生素的代謝(Metabolism of Cofactors and Vitamins)、氨基酸代謝(Amino Acid Metabolism)、遺傳信息處理(Genetic Information Processing)和脂質(zhì)代謝(Lipid Metabolism)水平下降,且后期顯著低于對(duì)照組(P<0.05)。有6條代謝通路在第22日齡時(shí)第一次出現(xiàn),其中信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(Signal Transduction)在處理組顯著高于對(duì)照組(P<0.01);酶家族(Enzyme Families)、聚糖生物合成與代謝(Glycan Biosynthesis and Metabolism)、核苷酸代謝(Nucleotide Metabolism)、翻譯(Translation)、復(fù)制和修復(fù)(Replication and Repair)在處理組顯著低于對(duì)照組(P<0.05),見(jiàn)圖8。
3? 討論
16S rRNA基因高通量測(cè)序分析得出兩組雞糞便菌群豐富度和多樣性都隨著日齡的增加而增加,與已報(bào)道的結(jié)果一致[2],且糞便菌群的豐富度在相同日齡沒(méi)有顯著差異,但處理組的菌群多樣性在9~18日齡顯著高于對(duì)照組,說(shuō)明攻毒導(dǎo)致了SPF雞糞便菌群多樣性增加[6],這或許與處理組SPF雞對(duì)抗腸炎沙門(mén)氏菌的入侵相關(guān)。在22日齡時(shí),對(duì)照組糞便菌群穩(wěn)定性均高于處理組,說(shuō)明攻毒導(dǎo)致了SPF雞糞便菌群穩(wěn)定性變差。同時(shí)處理組多樣性的增加也表明了多樣性不能成為腸道菌群好壞的判定標(biāo)準(zhǔn)[7]。兩組菌群的β多樣性分析使用了基于Brays-Curtis算法的PCoA,5個(gè)日齡中處理組與對(duì)照組的糞便菌群OTU明顯分開(kāi)??傮w的樣本分布表明,隨著時(shí)間的推移,兩組的菌群結(jié)構(gòu)愈加接近,攻毒對(duì)SPF雞的糞便菌群結(jié)構(gòu)的影響隨時(shí)間推移逐漸變?nèi)酢?/p>
兩組雞糞便菌群在門(mén)水平(相對(duì)豐度>1%)組成一致,都由Firmicutes、Bacteroidetes、Actinobacteria和Proteobacteria組成[8];其中Firmicutes始終為最豐富的菌門(mén)[9]。第18和22日齡,Bacteroidetes的相對(duì)豐度急劇攀升,且處理組中Bacteroidetes的相對(duì)豐度顯著高于對(duì)照組(P<0.01)??傮w來(lái)看,F(xiàn)irmicutes與Bacteroidetes是兩組SPF雞糞便菌群中比重最大的菌門(mén)[9],攻毒使處理組的菌門(mén)波動(dòng)比對(duì)照組更明顯。
腸炎沙門(mén)氏菌入侵后會(huì)劫持宿主吞噬體系統(tǒng),為避免被宿主清除而形成含沙門(mén)氏菌液泡(Salmonella-containing vacuoles,SCVs),并從其中招募膜和蛋白質(zhì)。SCV通過(guò)與胞吞和循環(huán)途徑的持續(xù)相互作用而成熟,從成熟的SCV延伸出來(lái)的廣泛的管膜網(wǎng)絡(luò),促進(jìn)了宿主細(xì)胞信號(hào)、膜運(yùn)輸和一些蛋白質(zhì)的生成[10]。
在第18日齡之后,Bacteroides在處理組的相對(duì)豐度顯著高于對(duì)照組(P<0.01),它具有增強(qiáng)雞新陳代謝的能力,分解難消化碳水化合物(包括纖維素和淀粉)促進(jìn)碳水化合物代謝,合成丙酸[11-13]。丙酸對(duì)沙門(mén)氏菌具有抑制作用[14]。處理組中Enterococcus在9日齡之后均保持在較高的豐度水平,它作為一種重要的家禽病原體,可以通過(guò)產(chǎn)生細(xì)胞外超氧化物和過(guò)氧化氫來(lái)?yè)p傷結(jié)腸上皮細(xì)胞中的真核細(xì)胞DNA[15],引起的局部細(xì)胞損傷和活性氧可能改變腸道通透性,導(dǎo)致細(xì)胞死亡,從而觸發(fā)炎癥和肥胖等不良表征[16]。處理組中外源生物降解與代謝的增強(qiáng)應(yīng)該是由腸炎沙門(mén)氏菌攻毒引起的,這或許可以作為動(dòng)物狀態(tài)異常的標(biāo)志。
在18日齡之前,Lactobacillus的相對(duì)豐度在兩組中一直處于很高的水平(兩組相對(duì)豐度均大于0.5);第22日齡時(shí),處理組Lactobacillus的相對(duì)豐度顯著低于對(duì)照組(P<0.01)。Lactobacillus可合成乳酸來(lái)調(diào)節(jié)腸道pH值,可發(fā)酵低聚糖(低聚果糖和低聚葡萄糖)、多糖(菊粉),促進(jìn)聚糖生物合成與代謝,刺激產(chǎn)丁酸鹽的細(xì)菌生長(zhǎng)[17-19]。第22日齡時(shí),Ruminococcaceae_UCG-005、Alistipes和Faecalibacterium在處理組中的相對(duì)豐度顯著低于對(duì)照組(P<0.01)。Ruminococcaceae_UCG-005在消化多糖和纖維方面起著重要作用[20]。
Ruminococcaceae被認(rèn)為是潛在的有益菌,具有抗炎活性,參與了腸道環(huán)境的正向調(diào)節(jié),并與免疫調(diào)節(jié)和健康的動(dòng)態(tài)平衡有關(guān)[21]。Lactobacillus和Alistipes都可以將色氨酸代謝成吲哚[22, 23],吲哚的存在降低體內(nèi)沙門(mén)氏菌侵襲,可與短鏈脂肪酸(丙酸、丁酸)的協(xié)同增強(qiáng)抗沙門(mén)氏菌的作用,降低沙門(mén)氏菌毒力基因(SPI-1)表達(dá),增強(qiáng)上皮細(xì)胞對(duì)沙門(mén)氏菌侵襲的抵抗力[24],吲哚可減輕宿主細(xì)胞炎癥并增加腸上皮細(xì)胞屏障的完整性[25]。Faecalibacterium屬是一種功能高度活躍的有益菌,它消耗醋酸和產(chǎn)生大量的丁酸,Sokol等人在人體外細(xì)胞模型和小鼠體內(nèi)結(jié)腸炎模型中發(fā)現(xiàn)Faecalibacterium均具有不依賴(lài)丁酸額外的抗炎特性[26]。因此Faecalibacterium對(duì)腸道穩(wěn)態(tài)至關(guān)重要,在促進(jìn)腸道健康方面具有潛在的重要作用。丁酸鹽可以提高脂肪利用率,增強(qiáng)脂肪代謝[27],減少沙門(mén)氏菌感染[28],并能刺激上皮細(xì)胞生長(zhǎng)[29]。第9日齡后,Romboutsia在對(duì)照組的相對(duì)豐度顯著高于處理組(P<0.01)。Romboutsia可利用來(lái)自宿主的L-巖藻糖[30],而宿主能夠調(diào)節(jié)其腸道上皮細(xì)胞的巖藻糖基化反應(yīng),以巖藻糖為能源的微生物可能有助于保護(hù)宿主免受內(nèi)源性病原體的感染[31]。雖然目前沒(méi)有充分的功能性研究證明Romboutsia可以促進(jìn)宿主健康,但它依然具有成為益生菌的潛力。
健康的微生物區(qū)系對(duì)于宿主消化道有著重要作用,如:產(chǎn)生各種酶,促進(jìn)消化道發(fā)育和腸粘膜增殖,維生素合成和利用,發(fā)酵和內(nèi)源產(chǎn)品的利用等[32]。處理組的糞便菌群中脂質(zhì)代謝、聚糖生物合成與代謝、酶家族、細(xì)胞過(guò)程和信號(hào)、氨基酸代謝、折疊、分類(lèi)和降解、輔助因子和維生素的代謝、遺傳信息處理、核苷酸代謝、翻譯、復(fù)制與修復(fù)等代謝水平降低,可能是因?yàn)槟c炎沙門(mén)氏菌的入侵損傷了菌群結(jié)構(gòu)的結(jié)果。以上這些代謝通路的變化可在一定程度上解釋腸炎沙門(mén)氏菌入侵與糞便微生物相對(duì)豐度的變化相關(guān)關(guān)系。
4? 結(jié)論
隨著日齡的推移,糞便菌群的豐富度與多樣性增加的同時(shí)也變得更加穩(wěn)定。腸炎沙門(mén)氏菌感染影響了SPF雞早期糞便菌群的結(jié)構(gòu)組成、穩(wěn)定性以及菌群參與的代謝通路,處理組中占優(yōu)的Bacteroides以及對(duì)照組占優(yōu)的Lactobacillus、Alistipes、Faecalibacterium和Ruminococcaceae_UCG_005等有益菌可能對(duì)SPF雞抵抗沙門(mén)氏菌入侵起到積極作用。未來(lái)需要進(jìn)一步深入研究這些顯著變化的差異菌在調(diào)控腸道菌群中的具體作用及機(jī)制,為將來(lái)臨床開(kāi)發(fā)利用某種益生菌來(lái)改善動(dòng)物表現(xiàn)奠定基礎(chǔ)。
參考文獻(xiàn):
[1]? LIBERTUCCI J, YOUNG V B. The role of the microbiota in infectious diseases[J]. Nature microbiology, 2019,4(1):35-45.
[2]? CHAMBERS J R, GONG J. The intestinal microbiota and its modulation for Salmonella control in chickens[J].Food research international, 2011,44(10):3149-3159.
[3]? LUPP C, ROBERTSON M L, WICKHAM M E, et al. Host-mediated inflammation disrupts the intestinal microbiota and promotes the overgrowth of Enterobacteriaceae[J]. Cell host & microbe, 2007,2(2):119-129.
[4]? CARTER A J,ADAMS M R,WOODWARD M J,et al.Control strategies for Salmonella colonisation of poultry:the probiotic perspective[J]. Food science & technology bulletin: functional foods, 2009,5(9):103-115.
[5]? ROTO S M,KWON Y M,RICKE S C. Applications of In Ovo Technique for the Optimal Development of the Gastrointestinal Tract and the Potential Influence on the Establishment of Its Microbiome in Poultry[J].Frontiers in veterinary science, 2016,3:63.
[6]? VAN DONGEN W F, WHITE J, BRANDL H B, et al.Age-related differences in the cloacal microbiota of a wild bird species[J]. BMC ecology, 2013,13:11.
[7]? FOSTER K R, SCHLUTER J, COYTE K Z, et al. The evolution of the host microbiome as an ecosystem on a leash[J].Nature,2017,548(7665):43-51.
[8]? WEI S, MORRISON M, YU Z. Bacterial census of poultry intestinal microbiome[J]. Poultry science, 2013,92(3):671-683.
[9]? MANCABELLI L, FERRARIO C, MILANI C, et al. Insights into the biodiversity of the gut microbiota of broiler chickens[J]. Environmental microbiology, 2016,18(12):4727-4738.
[10]? VORWERK S, KRIEGER V, DEIWICK J, et al. Proteomes of host cell membranes modified by intracellular activities of Salmonella enterica[J]. Molecular & cellular proteomics,2015,14(1):81-92.
[11]? PANDIT R J, HINSU A T, PATEL N V, et al. Microbial diversity and community composition of caecal microbiota in commercial and indigenous Indian chickens determined using 16s rDNA amplicon sequencing[J]. Microbiome,2018,6(1):115.
[12]? BECKMANN L, SIMON O, VAHJEN W. Isolation and identification of mixed linked beta-glucan degrading bacteria in the intestine of broiler chickens and partial characterization of respective 1,3-1,4-beta-glucanase activities[J]. Journal of basic microbiology, 2006,46(3):175-185.
[13]? FISCHBACH M A, SONNENBURG J L. Eating for two:how metabolism establishes interspecies interactions in the gut[J]. Cell host & microbe, 2011,10(4):336-347.
[14]? VERMEULEN K, VERSPREET J, COURTIN C M,et al.Reduced particle size wheat bran is butyrogenic and lowers Salmonella colonization, when added to poultry feed[J].Veterinary microbiology, 2017,198:64-71.
[15]? JONES B V,BEGLEY M,HILL C,et al. Functional and comparative metagenomic analysis of bile salt hydrolase activity in the human gut microbiome[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2008,105(36):13580-13585.
[16]? HOU Q,KWOK L Y,ZHENG Y,et al. Differential fecal microbiota are retained in broiler chicken lines divergently selected for fatness traits[J]. Scientific reports, 2016,6:37376.
[17]? HATTI-KAUL R, CHEN L, DISHISHA T, et al. Lactic acid bacteria: from starter cultures to producers of chemicals[J]. FEMS microbiology letters, 2018,365(20).
[18]? YADAV M, VERMA M K, CHAUHAN N S. A review of metabolic potential of human gut microbiome in human nutrition[J]. Archives of microbiology, 2018,200(2):203-217.
[19]? MEIMANDIPOUR A, SHUHAIMI M, HAIR-BEJO M, et al. In vitro fermentation of broiler cecal content: the role of lactobacilli and pH value on the composition of microbiota and end products fermentation[J].Letters in applied microbiology, 2009,49(4):415-420.
[20]? ZHANG J, SHI H, WANG Y, et al. Effect of Limit-Fed Diets with Different Forage to Concentrate Ratios on Fecal Bacterial and Archaeal Community Composition in Holstein Heifers[J]. Frontiers in microbiology, 2018,9:976.
[21]? SHANG Q, SHAN X, CAI C, et al. Dietary fucoidan modulates the gut microbiota in mice by increasing the abundance of Lactobacillus and Ruminococcaceae[J]. Food & function, 2016,7(7):3224-3232.
[22]? ZELANTE T, IANNITTI R G, CUNHA C, et al. Tryptophan catabolites from microbiota engage aryl hydrocarbon receptor and balance mucosal reactivity via interleukin-22[J]. Immunity, 2013,39(2):372-385.
[23]? TYRRELL K L, WARREN Y A, CITRON D M, et al. Re-assessment of phenotypic identifications of Bacteroides putredinis to Alistipes species using molecular methods[J]. Anaerobe, 2011,17(3):130-134.
[24]? KOHLI N, CRISP Z, RIORDAN R, et al. The microbiota metabolite indole inhibits Salmonella virulence:Involvement of the PhoPQ two-component system[J].PloS one,2018,13(1):e190613.
[25]? BANSAL T, ALANIZ R C, WOOD T K, et al. The bacterial signal indole increases epithelial-cell tight-junction resistance and attenuates indicators of inflammation[J].Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2010,107(1):228-233.
[26]? SOKOL H, PIGNEUR B, WATTERLOT L, et al. Faecalibacterium prausnitzii is an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2008,105(43):16731-16736.
[27]? KASAHARA K, KRAUTKRAMER K A, ORG E, et al. Interactions between Roseburia intestinalis and diet modulate atherogenesis in a murine model[J]. Nature microbiology, 2018,3(12):1461-1471.
[28]? VAN IMMERSEEL F, BOYEN F, GANTOIS I, et al.Supplementation of coated butyric acid in the feed reduces colonization and shedding of Salmonella in poultry[J]. Poultry science, 2005,84(12):1851-1856.
[29]? KIEN C L, BLAUWIEKEL R, BUNN J Y, et al. Cecal infusion of butyrate increases intestinal cell proliferation in piglets[J].The Journal of nutrition, 2007,137(4):916-922.
[30]? GERRITSEN J, FUENTES S, GRIEVINK W, et al.Characterization of Romboutsia ilealis gen. nov., sp. nov., isolated from the gastro-intestinal tract of a rat, and proposal for the reclassification of five closely related members of the genus Clostridium into the genera Romboutsia gen.? nov.,Intestinibacter gen.nov.,Terrisporobacter gen.nov.and Asaccharospora gen. nov[J].International journal of systematic and evolutionary microbiology, 2014,64(Pt 5):1600-1616.
[31]? PICKARD J M, MAURICE C F, KINNEBREW M A, et al. Rapid fucosylation of intestinal epithelium sustains host-commensal symbiosis in sickness[J]. Nature, 2014,514(7524):638-641.
[32]? LAN Y, VERSTEGEN M W A, TAMMINGA S, et al. The role of the commensal gut microbial community in broiler chickens[J]. World's poultry science journal, 2005,61(1).