宏基因二代測(cè)序鑒定普雷沃菌肺部感染一例

曾桂星，蔡興東，劉升明

暨南大學(xué)附屬第一醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科，廣東 廣州 510630

普雷沃菌(Prevotella)是從擬桿菌屬(Bacteroides)中分出來(lái)的、包括產(chǎn)黑色素?cái)M桿菌的部分菌種組成的一個(gè)新菌屬，為革蘭陰性短球桿菌，專性厭氧菌，屬于人體正常菌群，可從口腔、上呼吸道和泌尿生殖道[1]分離得到，在一定條件下可引起上述部位甚至其他部位的感染?，F(xiàn)報(bào)道一例由普雷沃菌引起的肺部感染，通過(guò)宏基因二代測(cè)序確診為普雷沃菌感染并進(jìn)行了有效的抗感染治療，以供臨床參考。

1 病例簡(jiǎn)介

患者24歲，男性，因“咳嗽、咳痰1周”于2019年9月29日入院?；颊?周前無(wú)明顯誘因出現(xiàn)咳嗽、咳痰，咳白色黏痰、量少，伴口干、胸痛。曾至我院呼吸科門(mén)診就診，查C反應(yīng)蛋白(CRP)70.17 mg/L，白細(xì)胞15.74×109/L、嗜中性粒細(xì)胞百分比82.9%；胸片(2019年9月23日)提示：右肺下葉背段及左肺上葉見(jiàn)片狀、斑片狀高密度影，右肺為著，邊界欠清，考慮雙肺炎癥。門(mén)診予“頭孢硫脒1.5 g/qd”抗感染治療。后癥狀無(wú)明顯緩解，再次至我院呼吸科門(mén)診就診。復(fù)查胸部CT(2019年9月26日)提示：左肺上葉及右肺下葉可見(jiàn)多發(fā)結(jié)節(jié)狀、片狀高密度影，邊界不清，可見(jiàn)多發(fā)空洞形成，并可見(jiàn)空氣支氣管征，考慮雙肺多發(fā)感染，對(duì)比2019年9月23日胸片，病灶吸收不明顯(圖1A)。門(mén)診擬“肺部感染”收入我科。既往2周前患者曾患牙周炎，經(jīng)對(duì)癥治療后好轉(zhuǎn)。入院查體：體溫(T)36.6℃，脈搏(P)96次/min，呼吸(R)20次/min，血壓(BP)112/75 mmHg(1 cmH2O=0.098 kPa)。咽不紅，扁桃體無(wú)腫大。語(yǔ)顫對(duì)稱，雙下肺叩診呈濁音，雙下肺可聞及少量濕性啰音。入院后查：CRP 41.41mg/L，白細(xì)胞10.50×109/L、嗜中性粒細(xì)胞百分比78.0%，血沉87mm/h；痰涂片+培養(yǎng)未見(jiàn)明顯異常。于2019年9月30日完善纖維支氣管鏡檢查+支氣管肺泡灌洗。肺泡灌洗液送宏基因二代測(cè)序，結(jié)果提示：普雷沃菌、韋榮球菌屬、嗜血桿菌屬(副流感嗜血桿菌)檢出率分別是58.01%、20.64%、15.44%?？紤]普雷沃菌感染，予“莫西沙星0.4g/qd”抗感染治療，輔以止咳、化痰等對(duì)癥處理后癥狀好轉(zhuǎn)出院。出院1周后復(fù)查胸部CT(2019年10月13日)：雙肺多發(fā)感染，對(duì)比2019年9月26日CT片，病灶較前吸收(圖1B)。1月后復(fù)查胸部CT(2019年11月13日)：雙肺多發(fā)感染，對(duì)比2019年10月13日CT片，病灶較前吸收(圖1C)。

圖1 患者治療前后同一平面肺部CT影像圖

2 討論

普雷沃菌為條件致病菌，主要引起口腔感染，如牙齦炎、牙周炎、根尖周炎；女性生殖道炎癥，如前庭腺炎、尿道旁腺炎、汗腺炎、陰唇癤腫及外陰陰道膿腫等外陰感染，還可逆行感染引起子宮內(nèi)膜炎和子宮積膿等[2]；男性泌尿生殖道感染亦有見(jiàn)報(bào)道[3]。此外，尚可侵入機(jī)體其他部位引起感染，如皮膚和軟組織感染[4]、關(guān)節(jié)感染[5]和顱內(nèi)感染[6]等。常發(fā)生在機(jī)體免疫力低下、侵入性操作后和長(zhǎng)期使用免疫抑制劑的患者。值得注意的是，本例患者發(fā)病前2周曾患有牙周炎，考慮是由口腔感染病灶遷延至肺部引起的內(nèi)源性感染。臨床上由普雷沃菌引起的肺炎、甚至肺膿腫并不常見(jiàn)。

對(duì)于厭氧菌的培養(yǎng)及鑒定，臨床微生物實(shí)驗(yàn)室開(kāi)展厭氧菌培養(yǎng)常受到諸多限制，原因如下：(1)厭氧菌對(duì)培養(yǎng)環(huán)境要求苛刻；(2)培養(yǎng)費(fèi)時(shí)且傳代過(guò)程中容易出現(xiàn)丟失；(3)鑒定費(fèi)時(shí)且對(duì)稀有物種鑒定不可靠；(4)難以評(píng)估厭氧菌與其他菌群的相關(guān)性[7]。臨床微生物診斷技術(shù)的不斷進(jìn)步，縮短了厭氧菌鑒定的時(shí)間，使得厭氧菌的培養(yǎng)及鑒定更加方便、快捷。目前厭氧菌的鑒定方法包括：全自動(dòng)細(xì)菌鑒定儀鑒定、基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry，MALDI-TOF MS)鑒定、16S核糖體核糖核酸(16S ribosome ribonucleic acid，16S rRNA)基因測(cè)序鑒定和宏基因二代測(cè)序(metagenomic next-generation sequencing，mNGS)鑒定等。其中，前兩種鑒定方法仍需依賴傳統(tǒng)的細(xì)菌培養(yǎng)，而16S rRNA基因測(cè)序和宏基因二代測(cè)序則可跳過(guò)常規(guī)的細(xì)菌培養(yǎng)，直接進(jìn)行細(xì)菌的鑒定。宏基因二代測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)，通過(guò)隨機(jī)引物擴(kuò)增樣本中的所有核酸序列，理論上能無(wú)偏倚地檢測(cè)出所有潛在病原體，尤其是復(fù)雜感染性疾病中少見(jiàn)、新發(fā)或不典型的病原體，具有敏感性高、精確性強(qiáng)、檢測(cè)時(shí)間短等優(yōu)勢(shì)。李冰等[8]對(duì)29份臨床診斷為厭氧菌感染患者的微生物標(biāo)本進(jìn)行送檢，結(jié)果發(fā)現(xiàn)宏基因二代測(cè)序檢測(cè)陽(yáng)性率(82.76%)高于培養(yǎng)(20.76%)；，平均檢測(cè)時(shí)間短于培養(yǎng)。但是，該技術(shù)同時(shí)具有一定的局限性，包括：由于不用進(jìn)行培養(yǎng)，無(wú)法對(duì)檢出的病原體進(jìn)行藥敏試驗(yàn)；難以區(qū)分檢出的病原體是感染、定植還是污染[9]。本例患者在入院第二天完善纖維支氣管鏡檢查+支氣管肺泡灌洗，并留取肺泡灌洗液送宏基因二代測(cè)序，在痰培養(yǎng)和涂片都是陰性的情況下，很快明確了病原體是普雷沃菌，大大縮短了病原體、尤其是厭氧菌的鑒定時(shí)間。

對(duì)于厭氧菌感染，臨床上多依賴臨床醫(yī)生的經(jīng)驗(yàn)性用藥。普雷沃菌屬于厭氧菌，臨床上常首選甲硝唑[2]作為抗感染用藥。一項(xiàng)多中心的普雷沃菌耐藥性的調(diào)查發(fā)現(xiàn)，普雷沃菌對(duì)甲硝唑、亞胺培南、美羅培南、哌拉西林/他唑巴坦、氨芐西林/舒巴坦、頭孢西丁和替加環(huán)素敏感，而對(duì)氨芐西林、克林霉素、四環(huán)素和莫西沙星耐藥[10]。甲硝唑臨床上廣泛應(yīng)用于抗厭氧菌、滴蟲(chóng)和阿米巴原蟲(chóng)感染，但同時(shí)也帶來(lái)了耐藥的問(wèn)題，普雷沃菌對(duì)甲硝唑耐藥亦有見(jiàn)報(bào)道。SANDOE等[6]報(bào)道了1例普雷沃菌引起的硬腦膜下膿腫，藥敏試驗(yàn)提示對(duì)甲硝唑的敏感性降低。有學(xué)者對(duì)荷蘭的厭氧菌進(jìn)行抗生素敏感性分析發(fā)現(xiàn)，有2株普雷沃菌對(duì)甲硝唑耐藥[11]。莫西沙星抗菌譜廣、對(duì)多種呼吸道病原菌均有較強(qiáng)的活性，且半衰期長(zhǎng)、組織穿透力強(qiáng)、生物利用度高、不良反應(yīng)少，常用于經(jīng)驗(yàn)性治療肺膿腫。曹紅娟[12]的研究發(fā)現(xiàn)，采用莫西沙星治療肺膿腫的有效率(92.50%)高于頭孢哌酮舒巴坦(75.00%)，不良反應(yīng)發(fā)生概率低。對(duì)于本例患者，完善胸部CT明確有肺膿腫形成，考慮肺膿腫多為混合性感染，甲硝唑抗菌譜覆蓋不到非厭氧菌，經(jīng)驗(yàn)性予抗菌譜更廣且兼具抗厭氧菌作用的莫西沙星。在明確是普雷沃菌感染后，予序貫使用莫西沙星，而后續(xù)復(fù)查肺部CT提示病灶較前吸收，這證明抗感染方案是有效的。

普雷沃菌作為正常寄生于人體的條件致病菌，一般情況下只引起寄生部位的感染，偶爾可遷移到身體其他部位引起感染，多形成膿腫。當(dāng)懷疑異位感染時(shí)，一般有特定的感染途徑，可通過(guò)仔細(xì)詢問(wèn)既往史，如是否有侵入性操作史得知。宏基因二代測(cè)序技術(shù)對(duì)厭氧菌感染的病原體評(píng)估較培養(yǎng)更敏感、更快捷，在厭氧菌感染的精準(zhǔn)化診斷方面具有優(yōu)勢(shì)，隨著技術(shù)的發(fā)展，在臨床上會(huì)有越來(lái)越多的應(yīng)用。同時(shí)，在準(zhǔn)確鑒定的基礎(chǔ)上予以經(jīng)驗(yàn)性用藥也非常重要。