張 浩,柳 絮,宣 寧,張 華,高瑞鈺,趙倩倩,姚方印
(1.山東師范大學(xué),山東 濟南 250014;2.山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院 生物技術(shù)研究中心,山東 濟南 250100)
水稻抽穗期(Heading stage)作為水稻生命活動的一個重要生理時期,它決定了水稻品種的種植區(qū)域和環(huán)境適應(yīng)性。水稻的抽穗期(開花時間)主要是由感光性(Photoperiod sensitivity,PS)、感溫性(Temperature sensitivity,TS)和基本營養(yǎng)生長狀況(Basic vegetative growth,BVG)3個因素決定的[1]。水稻屬于短日照植物,一般來說在長日照條件下抽穗期延長,短日照條件下抽穗期縮短,高溫環(huán)境下抽穗期縮短,低溫環(huán)境下抽穗期延長。水稻營養(yǎng)物質(zhì)的積累時間和光合作用的長短,及籽粒的灌漿時間和生長進程都受到抽穗期的影響,因此,要使種植品種達到高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)的效果,必需關(guān)注抽穗期這一性狀。研究學(xué)者從粳稻品種日本晴和秈稻品種(Kasalath)雜交后代的分離群體中鑒定出了一定數(shù)量的與開花調(diào)控有關(guān)的QTLs,包括Hd1、Hd2/Ghd7.1/OsPRR37、Hd3a、Ghd7和DTH8/Ghd8[1-5]。一些開花基因如Ghd7、DTH8等存在一因多效現(xiàn)象,這些基因不僅能作為主效基因調(diào)控水稻的生育期,同時可以通過調(diào)控生長發(fā)育過程和植株的形態(tài)結(jié)構(gòu)來調(diào)控水稻產(chǎn)量構(gòu)成因素。DTH8(Ghd8/Hd5)是株高和抽穗期多效性控制基因,全長1 156 bp,含有1個外顯子,編碼一個由297個氨基酸組成的多肽[2,5-6]。DTH8在許多組織中表達,長日照條件下能下調(diào)Ehd1和Hd3a的轉(zhuǎn)錄,且獨立于Ghd7和Hd1;DTH8通過調(diào)節(jié)Ehd1、RFT1和Hd3a使水稻開花期延長,但短日照條件下促進水稻提前開花[5]。長日照條件下,導(dǎo)入Asominori中有功能的DTH8等位基因能顯著增加CSSL61的抽穗期和株高[6]。綜上所述,DTH8不僅能同時調(diào)控水稻的生育期、株高和產(chǎn)量性狀,還能調(diào)控分蘗數(shù)和穗部分枝,當(dāng)DTH8突變后,能有效減弱水稻的光周期敏感性。
CRISPR/Cas9(Clustered Regularly Inter-spaced Short Palindromic Repeat,CRISPR)技術(shù)是近幾年來發(fā)展較快的一項基因編輯技術(shù),它具有精準、高效、快捷等優(yōu)點[7],通過核酸酶引起靶位點處的DNA雙鏈斷裂,激活細胞內(nèi)非同源末端連接(Nor homologous End Joining,NHEJ)和同源重組(Homologous Recombination,HR)2種修復(fù)機制進行修復(fù)。目前,CRISPR/Cas9技術(shù)不但在酵母、人、鼠、果蠅中廣泛應(yīng)用[8-11],在擬南芥、小麥、甜橙、煙草、水稻、玉米等植物中也實現(xiàn)了基因的定點編輯[12-16]。該技術(shù)在多種生物中已逐漸成為一種成熟的基因組編輯工具,在研究基因功能方面具有一定的促進作用[17]。CRISPR/Cas9系統(tǒng)即成簇的、有規(guī)律的、間隔短回文重復(fù)序列在古細菌和細菌中普遍存在,能夠為機體提供一種特異性免疫保護機制[18]。CRISPR/Cas系統(tǒng)能夠特異地識別外源DNA,切割外源DNA造成基因的沉默。由于Ⅰ型和Ⅲ型結(jié)構(gòu)復(fù)雜,在切割DNA鏈時,需要多個Cas蛋白形成復(fù)合體發(fā)揮作用,而Ⅱ型系統(tǒng)在對靶DNA進行切割時,只需一個Cas9蛋白即可,該系統(tǒng)中只含有一個Cas9蛋白和一小段sgRNA序列,約20 bp,主要用來識別目的序列,Cas9指導(dǎo)前體crRNA的成熟和對外源DNA的切割。DNA雙鏈斷裂能夠引起細胞內(nèi)的自我修復(fù)機制,非同源末端連接保真度較低,在切割位點能夠引起堿基的缺失或插入,造成基因沉默或移碼突變等,都可能導(dǎo)致基因失去功能;在修復(fù)過程中,若存在DNA模板時,則會啟動高保真的同源重組修復(fù)機制,通過插入一段同源序列與目的基因進行同源交換,從而完成基因組的定向精準編輯[19]。
香糯99-25稻米品質(zhì)優(yōu)良,全生育期168 d,抗倒伏,抽穗期較晚,抗病能力一般,產(chǎn)量約9 000~9 750 kg/hm2。生產(chǎn)上對照品種臨稻10號于8月25日抽穗,香糯99-25于9月6日抽穗,大約比生產(chǎn)上對照品種臨稻10號晚11 d左右,極大地制約了其在生產(chǎn)上的應(yīng)用。由于我國北方地區(qū)秋冬兩季長日低溫,不適宜種植熟期較長的水稻品種,在一定程度上限制了一些高產(chǎn)、穩(wěn)產(chǎn)水稻品種的種植。不少研究表明,水稻的生物學(xué)和經(jīng)濟學(xué)產(chǎn)量會隨著抽穗期的縮短而降低[20],如果能利用基因編輯技術(shù)對控制抽穗期的基因進行編輯,將有利于培育早熟、豐產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)的種質(zhì)資源,對于水稻研究進展的各個方面及指導(dǎo)今后的育種工作、品種改良都具有極其重要的意義。本研究利用CRISPR/Cas9基因編輯技術(shù)對水稻抽穗期DTH8基因進行了編輯,獲得了抽穗期較野生型香糯99-25明顯提前的突變體水稻材料,結(jié)合田間抽穗期調(diào)查,結(jié)果符合預(yù)期,為后續(xù)DTH8基因功能的研究提供了重要的理論基礎(chǔ)。
本試驗使用的水稻野生型粳稻品種香糯99-25,該品種農(nóng)藝性狀優(yōu)良,在黃淮區(qū)抽穗期比生產(chǎn)上主栽品種平均晚抽穗10 d左右,限制了在生產(chǎn)上的推廣應(yīng)用。該品種夏季種植在山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院飲馬泉試驗基地,冬季種植在三亞南繁站試驗田。
大腸桿菌DH5α感受態(tài)細胞來自上海生工生物工程有限公司,EHA105農(nóng)桿菌感受態(tài)細胞來自濟南博門特生物科技有限公司,本試驗所采用的CRISPR/Cas9載體由華南農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院劉耀光老師提供。系統(tǒng)包括2個載體,分別為中間載體和表達載體。中間載體AtU6-26-sgRNA-SK構(gòu)建Single Guide RNA(sgRNA)cassette,表達載體pCAMBIA1300-YAO∶Cas9轉(zhuǎn)化植物。
限制性內(nèi)切酶BsaⅠ、SpeⅠ和NheⅠ(New England Biolabs),DNA連接酶T4DNA ligase(TaKaRa);質(zhì)粒提取試劑盒(上海生工生物工程有限公司);瓊脂糖凝膠回收試劑盒(上海生工生物工程有限公司);卡那霉素(Kanamycin)、氨芐青霉素(Ampicillin)(上海先鋒藥業(yè)公司);DNA測序服務(wù)(上海生工生物工程有限公司);本研究所有引物均由上海生工生物工程有限公司合成(表1)。
表1 本研究所用的引物
在CRISPR-P網(wǎng)站(http://cbi.hzau.edu.cn/crispr/)輸入DTH8基因序列號進行靶位點設(shè)計。根據(jù)CRISPR/Cas9系統(tǒng)識別PAM上游大約20個堿基序列的特點來篩選合適的靶位點[21],通過Blast分析進行靶位點特異性的比對驗證。確定靶位點后,在靶位點序列前面加上BsaⅠ限制性內(nèi)切酶的黏性末端的接頭,具體引物序列見表1。
用雙蒸水將靶點引物(DTH8-M1F/R、DTH8-M2F/R)稀釋到10 μmol/L,通過退火形成引物二聚體,F(xiàn)引物和R引物各取1 μL加8 μL ddH2O稀釋,沸水浴30 s立刻取出,自然冷卻。通過限制性內(nèi)切酶BsaⅠ酶切將AtU6-26-sgRNA-SK載體線性化,經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測,切膠回收酶切產(chǎn)物,利用T4連接酶將目的片段(Target)連接到線性化AtU6-26-sgRNA-SK載體上,用熱激法轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)細胞DH5α,次日挑取單克隆菌落用U6-sgRNA-F和DTH8-M1R進行菌落PCR鑒定,并測序驗證。獲得的中間載體AtU6-26-sgRNA-SK-DTH8用SpeⅠ和NheⅠ雙酶切后,切膠回收約642 bp的片段,與SpeⅠ酶切后的pCAMBIA1300∶Cas9載體通過T4DNA連接酶進行連接,熱激法轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)細胞DH5α,次日挑取單克隆菌落用1300-F和1300-R進行菌落PCR鑒定,并測序驗證,獲得雙元載體CRISPR-DTH8。
利用農(nóng)桿菌介導(dǎo)法將CRISPR-DTH8載體轉(zhuǎn)入香糯水稻愈傷組織,利用潮霉素進行篩選。在分蘗盛期,采用CTAB法[22]提取水稻T0基因編輯植株葉片DNA,利用潮霉素引物Hpt-F/R對載體中的潮霉素抗性基因進行PCR檢測,得到基因編輯陽性植株。
分蘗盛期取基因編輯植株葉片,采用CTAB法[22]提取水稻基因組DNA。根據(jù)不同靶位點所在位置的附近序列,利用Primer 5.0設(shè)計引物對不同靶位點的突變類型進行檢測。對試驗中的靶位點的轉(zhuǎn)基因陽性植株設(shè)計2對引物DTH8-1-F/R、DTH8-2-F/R(表1)分別進行目的片段的擴增。PCR體系:DNA模板2 μL,2×Power Taq PCR Master Mix 10 μL,正向引物1 μL,反向引物 1 μL,ddH2O 6 μL混合,共20 μL。PCR反應(yīng)程序:98 ℃預(yù)變性2 min;98 ℃變性30 s,60 ℃退火30 s,72 ℃延伸1 min,30個循環(huán);72 ℃延伸7 min。經(jīng)120 V 1%瓊脂糖凝膠電泳25 min,將產(chǎn)物送至上海生工生物有限公司進行測序,并利用DNAMAN對測序結(jié)果進行分析。
采用TRIzol法[23]提取突變體及野生型葉片總RNA。首先利用DNase Ⅰ處理總RNA,以消化處理后的RNA為模板,采用cDNA合成試劑盒反轉(zhuǎn)錄合成第一鏈cDNA,然后利用實時熒光定量PCR(qRT-PCR)方法分析DTH8在野生型和突變體中的表達量,其中Ubiquitin基因作為內(nèi)參基因。qRT-PCR體系:cDNA模板2 μL,正向引物 1 μL,反向引物 1 μL,2×SYBR qPCR Mix 12.5 μL,ddH2O 8.5 μL,共計 25 μL。PCR擴增程序:預(yù)變性95 ℃ 5 min;變性95 ℃ 15 s,退火60 ℃ 20 s,延伸72 ℃ 30 s,42個循環(huán)。利用公式2-ΔΔCT方法計算基因相對表達量。
1.8.1 抽穗期及主要農(nóng)藝性狀調(diào)查 T1種植篩選得到的基因型純合的株系,野生型和每個突變體各種植40株。野生型材料和每個突變體材料各調(diào)查20株的抽穗期,求其平均抽穗期;同時考察株高、每穗實粒數(shù)、千粒質(zhì)量、穗長等產(chǎn)量性狀,獲得數(shù)據(jù)通過SPSS 16.0進行統(tǒng)計分析。
1.8.2 通過t檢驗驗證基因編輯的抽穗期 利用t檢驗來比較野生型水稻材料和不同突變體之間的差異顯著性。以概率α=10-6為閾值,即當(dāng)突變體的抽穗天數(shù)與對照抽穗天數(shù)之間的t檢驗的P≤10-6時,證明該突變體上基因編輯引起了抽穗期的變化。
分析DTH8基因序列,設(shè)計引物DTH8-M1F和DTH8-M1R、DTH8-M2F和DTH8-M2R,將退火后的靶點DTH8-M1、DTH8-M2分別與BsaⅠ 酶切后的AtU6-26-sgRNA-SK(圖1-A)連接,連接后轉(zhuǎn)化涂板過夜培養(yǎng)后挑單克隆菌,通過菌落PCR檢測,瓊脂糖凝膠電泳后片段大小為499 bp(圖1-C),連接正確。菌液經(jīng)過搖菌提質(zhì)粒(PCR產(chǎn)物)分別測序,測序結(jié)果含有靶點DTH8-M1、DTH8-M2證明連接正確。
M.DL5000 DNA 標記(由大到小分別為5 000,3 000,1 500,1 000,750,500,250,100 bp);A.AtU6-26-sgRNA-SK 酶切瓊脂糖凝膠電泳圖;1.AtU6-26-sgRNA-SK質(zhì)粒;2-3.AtU6-26-sgRNA-SK質(zhì)粒酶切產(chǎn)物;B.AtU6-26-sgRNA-SK-靶點質(zhì)粒雙酶切瓊脂糖凝膠電泳圖;1-6.AtU6-26-sgRNA-SK-靶點質(zhì)粒雙酶切產(chǎn)物;C.AtU6-26-sgRNA-SK-靶點菌液PCR瓊脂糖凝膠電泳圖;1-17.AtU6-26-sgRNA-SK-靶點菌落1-17;D.pCAMBIA1300-DTH8-M1菌液PCR瓊脂糖凝膠電泳圖;1-14.pCAMBIA1300-DTH8-M1菌落1-14;E.pCAMBIA1300-DTH8-M1-DTH8-M2菌液PCR瓊脂糖凝膠電泳圖;1-15.pCAMBIA1300-DTH8-M1-DTH8-M2菌落1-15。
挑菌后提質(zhì)粒分別進行NheⅠ和SpeⅠ雙酶切,回收大約為642 bp的片段(圖1-B),得到DTH8-M1-sgRNA cassette、DTH8-M2-sgRNA cassette,然后分別與SpeⅠ單酶切后的pCAMBIA1300∶Cas9質(zhì)粒連接,轉(zhuǎn)化大腸桿菌后,菌落PCR檢測電泳片段約為750 bp(圖1-D),測序結(jié)果包含靶點DTH8-M1、DTH8-M2。選取正確的菌落過夜培養(yǎng)搖菌提取pCAMBIA1300-DTH8-M1、pCAMBIA1300-DTH8-M2質(zhì)粒?;蚓庉媶伟悬c載體pCAMBIA1300-DTH8-M1、pCAMBIA1300-DTH8-M2 構(gòu)建完成。命名為CRISPR-DTH8-1、CRISPR-DTH8-2。將DTH8-M2-sgRNA cassette與SpeⅠ單酶切后的pCAMBIA1300-DTH8-M1質(zhì)粒連接,轉(zhuǎn)化涂板過夜培養(yǎng)后挑取單克隆菌,PCR檢測電泳片段約為1 500 bp(圖1-E),測序結(jié)果包含靶點DTH8-M1和DTH8-M2。選取正確的菌落過夜培養(yǎng)搖菌提取pCAMBIA1300-DTH8-M1-DTH8-M2質(zhì)粒?;蚓庉嬰p靶點載體構(gòu)建完成,命名為CRISPR-DTH8-M1-DTH8-M2。
使用農(nóng)桿菌介導(dǎo)的水稻遺傳轉(zhuǎn)化方法共獲得30株再生植株,利用CTAB法提取水稻葉片DNA,用潮霉素鑒定Cas9載體元件是否整合到再生植株基因組上,經(jīng)潮霉素篩選標記,特異性擴增的片段大小為557 bp,結(jié)果表明,在獲得的30株T0再生苗中有29株能擴增出目的條帶,說明這些植株均為基因編輯陽性植株,陽性轉(zhuǎn)化率約為96.7%(圖2)。
M.DL2000 DNA標記(由大到小分別為2 000,1 000,750,500,250,100 bp);Hpt引物對CRISPR-DTH8-1-DTH8-2轉(zhuǎn)化植株進行PCR檢測;B.空白對照;N.陰性對照;P.陽性對照。
利用設(shè)計好的特異性引物對陽性植株進行擴增,通過對PCR擴增產(chǎn)物的測序發(fā)現(xiàn)靶位點1附近未發(fā)生突變;靶位點2附近發(fā)生了2種類型的堿基置換和插入突變。通過劉耀光課題組的DSDecode解碼方法(http:/cbi.hzau.edu.cn/crispr/),分析該突變體的具體堿基突變類型,編號為DTH8-5、DTH8-10、DTH8-12、DTH8-21結(jié)果顯示在外顯子第602號堿基G被C替換、603號堿基T被C替換、609號堿基G被T替換、610號堿基C被G替換、614號堿基A被C替換、615號堿基G被C替換、620號堿基G被T替換的純合突變類型(圖3);該類型突變導(dǎo)致靶位點編碼蛋白的第201位氨基酸處形成甘氨酸→丙氨酸的置換;第203位氨基酸處形成谷氨酰胺→組氨酸的置換;第204位氨基酸處形成谷氨酰胺→谷氨酸的置換;第205位氨基酸處形成谷氨酰胺→脯氨酸的置換;第207位氨基酸處形成甘氨酸→纈氨酸的置換;DTH8-9、DTH8-17結(jié)果顯示在外顯子872號堿基G被A替換,導(dǎo)致第291位氨基酸由精氨酸→賴氨酸的置換。DTH8-2測序結(jié)果顯示在外顯子第671號堿基后面插入堿基AA,結(jié)果導(dǎo)致第234位氨基酸處發(fā)生提前終止(圖3)。
灰色字體.靶位點序列;下劃線.候選識別位點的毗鄰基序(PAM)序列;方框.插入堿基;黑色陰影.替換堿基;省略號.中間省略的堿基序列。
在T0獲得轉(zhuǎn)基因苗30株,其中陽性苗29株,編號分別為DTH8-1~15、DTH8-17~30。其中,有7份材料較野生型相比抽穗期提前,分別為DTH8-2、DTH8-5、DTH8-9、DTH8-10、DTH8-12、DTH8-17、DTH8-21(圖4-A),其余材料均表現(xiàn)為正常表型。進一步研究了DTH8基因在T0的表達情況,對香糯99-25和7個突變體材料的抽穗期基因進行了RNA表達水平的檢測。提取了8組材料抽穗期葉片總RNA,通過實時熒光定量PCR技術(shù),定量分析了DTH8基因的表達情況,經(jīng)統(tǒng)計分析發(fā)現(xiàn),突變體材料中DTH8基因在RNA水平下表達量呈現(xiàn)出下降趨勢(圖4-B)。該結(jié)果有力地證明了DTH8基因外顯子的堿基置換或插入影響了該基因的轉(zhuǎn)錄水平,導(dǎo)致該基因在突變體材料DTH8-2、DTH8-9和DTH8-17中表達顯著下調(diào)。
A.香糯99-25及DTH8突變體植株表現(xiàn);a.WT;b.突變體;B.香糯99-25及DTH8突變體中DTH8 RNA水平。不同小寫字母表示在0.05水平上差異顯著(P<0.05)。圖5同。
在T1隨機挑選了野生型材料和純合的7個突變株系各20株,進一步對其抽穗期進行考察。經(jīng)統(tǒng)計結(jié)果分析表明,DTH8基因成功編輯后代DTH8-2、DTH8-9、DTH8-17的抽穗期與野生型香糯99-25有顯著性差異。以概率α=10-6為閾值,根據(jù)P≤10-6,結(jié)果表明,所調(diào)查的突變體植株抽穗期與對照存在顯著差異;值得注意的是,在考察的野生型和7個突變株系的株高、每穗實粒數(shù)、千粒質(zhì)量和穗長等性狀中,7個突變株系的農(nóng)藝性狀與野生型基本一致,并經(jīng)統(tǒng)計學(xué)分析發(fā)現(xiàn),除抽穗期外,其他農(nóng)藝性狀與野生型相比均未達到顯著水平(圖5)。進一步證明了突變體抽穗期的變化是由于編輯抽穗期基因DTH8引起的。
圖5 野生型與T1 DTH8突變體的農(nóng)藝性狀
抽穗期作為決定水稻品種的地域種植和季節(jié)適應(yīng)性的重要生理時期[24],近年來,受到育種工作者的關(guān)注。我國北方地區(qū)地處秦嶺-淮河以北,內(nèi)蒙古高原以南,大興安嶺、青藏高原以東,主要包括東北地區(qū)和華北地區(qū),約占全國面積的20%,由于秋冬兩季長日低溫,在水稻育種過程中,不適宜種植抽穗期較長的水稻品種,同時早熟和高產(chǎn)一直是無法兼得的性狀,早熟可能就要面對光合作用和物質(zhì)積累時間長度不夠的矛盾,因此,培育適宜在北方地區(qū)種植的提前抽穗的水稻品種具有重要意義。DTH8是一個控制水稻抽穗期的關(guān)鍵基因,據(jù)報道顯示,該基因有4個等位基因,即Ghd8、LHD1、EF8和DTH8。本研究對抽穗期較晚的粳稻品種香糯99-25中的DTH8基因進行了定向編輯,獲得了7個DTH8功能缺失的早抽穗突變體,與野生型香糯99-25相比,DTH8編碼區(qū)的第602號堿基G被C替換、603號堿基T被C替換、609號堿基G被T替換、610號堿基C被G替換、614號堿基A被C替換、615號堿基G被C替換、620號堿基G被T替換。Zhang等[25]研究表明,利用CRISPR/Cas9技術(shù)對水稻進行編輯,在T0即可獲得純合的基因突變植株,并且這些突變能夠穩(wěn)定遺傳給下一代。
CRISPR/Cas9系統(tǒng)作為一種DNA分子剪刀,是一種較為成熟的基因編輯技術(shù),它能夠精準地對基因組靶標部位進行定點編輯,徹底改變基因組序列,進而實現(xiàn)對目的基因的敲除和編輯。與傳統(tǒng)的基因編輯技術(shù)TALEN和RNAi相比,該技術(shù)更加精準、操作簡便快捷,同時具有多靶點突變且敲除效率高等優(yōu)點。自2013年實現(xiàn)第一次應(yīng)用后,目前已廣泛應(yīng)用于動植物、細菌、真菌基因功能研究中[7]。CRISPR/Cas9技術(shù)已經(jīng)成功地應(yīng)用到水稻[26-27]、玉米[28-29]、小麥[30]、大麥[31]、大豆[32]等多種作物中,并獲得了基因功能缺失的突變體。陳煒等[33]利用此技術(shù)定點敲除水稻葉型相關(guān)基因NRL2,獲得突變體耐旱基因表達水平顯著低于野生型,進一步驗證了NRL2影響植物耐旱性。本研究的抽穗期調(diào)查結(jié)果表明,CRISPR/Cas9技術(shù)編輯后獲得的突變體均可促進抽穗。由此證明了CRISPR/Cas9系統(tǒng)能高效介導(dǎo)水稻基因組編輯修飾。目前,筆者正在將改良后的純合突變體材料進行自交,進一步純化其后代的遺傳背景。隨著CRISPR/Cas9基因編輯技術(shù)的不斷完善,為定向改良某些水稻品種的主要農(nóng)藝性狀提供了一個高效、快速、便捷的分子育種方法,并在基因功能的研究、創(chuàng)建基因功能缺失突變體等方面發(fā)揮了重要作用。