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    舟山近海3 種鰧科魚類及其DNA 條形碼研究

    2020-06-19 17:04:06任米佳俞正森徐勝勇徐開達徐漢祥高天翔
    關(guān)鍵詞:背鰭胸鰭體長

    任米佳,俞正森,徐勝勇,徐開達,徐漢祥,高天翔

    (1.浙江海洋大學(xué)水產(chǎn)學(xué)院,浙江舟山 316022;2.中國海洋大學(xué)水產(chǎn)學(xué)院,山東青島 266003;3.浙江海洋大學(xué)海洋與漁業(yè)研究所,浙江省海洋水產(chǎn)研究所,浙江舟山 316021)

    鰧科Uranoscopidae 魚類隸屬于硬骨魚綱Osteichthyes、鱸形目Perciformes、龍鰧亞目Trachinoidei[1]。Fishbase(Froese and Pauly,2019)資料顯示現(xiàn)生鰧科魚類共有8 屬53 種,在中國已知有3 屬7 種。在《浙江海洋魚類志》[1]755中記載浙江省鰧科魚類共有3 屬5 種,分別為日本鰧Uranoscopus japonicusHouttuyn,1782、土佐鰧Uranoscopus tosae(Jordan &Hubbs,1925)、少鱗鰧Uranoscopus oligolepisBleeker,1878、披肩鰧Ichthyscopus lebeck(Bloch &Schneider,1801) 和青鰧Xenocephalus elongatus(Temminck &Schlegel,1843)。鰧科魚類作為經(jīng)濟魚類[1],少量出現(xiàn)于兼捕漁獲物中,目前僅見一些鰧科魚類分類學(xué)研究介紹[2-5],而關(guān)于鰧科魚類生物學(xué)、遺傳學(xué)的研究報道極少。

    線粒體DNA (mitochondrial DNA) 是線粒體中的遺傳物質(zhì)。魚類線粒體DNA 包括13 個蛋白質(zhì)編碼基因、22 個轉(zhuǎn)運RNA、2 個核糖體RNA、1 個非編碼區(qū)和1 個輕鏈復(fù)制起始區(qū)。它們具有自我復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯的能力[6]。2003 年HEBERT,et al[7]提出DNA 條形碼(DNA barcoding)作為物種鑒定的標記,以此建立DNA 序列和生物物種間的對應(yīng)關(guān)系。DNA 條形碼是指生物體內(nèi)能夠代表物種的、標準的、有足夠變異的、易擴增且相對較短的DNA 片段[8],目前已被廣泛應(yīng)用于物種鑒定等研究。例如,2006 年YOSHIDA,et al[9]利用線粒體12S rRNA 及COⅠ序列探討烏賊科Sepiidae 的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系;2013 年李淵等[10]利用COⅠ基因?qū)K屬Pampus魚類進行分類研究;2015 年王燕平[11]基于COⅠ序列探討蛇鯔屬Saurida魚類的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系;2016 年張靜等[12]利用DNA 條形碼技術(shù)對中國沿海分布的6 種棱鳀屬Thryssa魚類樣品進行了物種鑒定;2018 年趙娜等[13]基于DNA 條形碼可以對除南極小帶腭魚Cryodraco antarcticus和羅斯海小帶腭魚Cryodraco atkinsoni之外的南極魚類物種進行鑒定。2015 年MIYA,et al[14]設(shè)計了12S rRNA 基因片段引物作為metabarcoding,主要用于海洋魚類多樣性監(jiān)測研究。

    本研究對近年來采集的鰧科魚類進行形態(tài)特征分析,并測定線粒體12S rRNA 和COⅠ基因片段,結(jié)合GenBank 中同源序列進行比較分析,探討鰧科魚類種間遺傳變異程度及其系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,以期為鰧科魚類分類的深入研究提供基礎(chǔ)資料。

    1 材料與方法

    1.1 實驗材料

    于2017 年4 月-2019 年10 月在浙江舟山近海采集日本鰧、土佐鰧和青鰧標本。形態(tài)學(xué)實驗所用日本鰧27 尾,體長范圍為148.5~261.9 mm,體質(zhì)量范圍為25.73~337.9 g;土佐鰧5 尾,體長范圍為142.5~183.5 mm,體質(zhì)量范圍為131.1~234.3 g;青鰧24 尾,體長范圍為239.5~392.5 mm,體質(zhì)量范圍為378.9~1 807.9 g(表1)。所有標本保存于浙江海洋大學(xué)漁業(yè)生態(tài)與生物多樣性實驗室。

    表1 本研究所用鰧科樣品信息Tab.1 Information of Uranoscopidae samples in this study

    1.2 實驗方法

    1.2.1 形態(tài)學(xué)研究

    對樣品進行形態(tài)學(xué)測定[10]。用游標卡尺測量體長、頭長、吻長、眼徑、眼間距、眼后頭長、尾柄長、尾柄高、第一背鰭基長、第二背鰭基長、胸鰭基長、腹鰭基長和臀鰭基長,精確到0.1 mm,各測量指標見圖1(以日本鰧為例)。對背鰭鰭條數(shù)、臀鰭鰭條數(shù)、尾鰭鰭條數(shù)、胸鰭鰭條數(shù)和腹鰭鰭條數(shù)進行計數(shù)。用電子天平測定樣品質(zhì)量,精確到0.1 g。

    圖1 日本鰧的形態(tài)學(xué)測量指標Fig.1 Morphometric characters for U.japonicus

    1.2.2 DNA 提取、擴增和測序

    剪取樣品肌肉,采用苯酚-氯仿法提取DNA[15]。將乙醇沉淀后的基因組DNA 溶解于100 μL 滅菌水中,并保存于4 ℃冰箱備用。所得的DNA 用1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,并用于PCR 擴增。

    本研究擴增的基因片段為12S rRNA 及COⅠ基因片段。線粒體DNA 的12S rRNA 基因擴增引物為Mifish-U-F:5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3’和Mifish-U-R:5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3’[11],COI 基因擴增引物為F1:5’-TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC-3’,R1:5’-TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA-3’及R2:5’-ACTTCAGGGTGACCGAAGAATCAGAA-3’[16]。PCR 反應(yīng)總體積25 μL,其中10×buffer 2 μL、正反向引物各1 μL、DNTPs 2 μL、ExTaq酶0.15 μL、滅菌水17.5 μL、ExTaq酶0.15 μL 以及DNA 模板1 μL。反應(yīng)條件為:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性45 s,54 ℃退火30 s,72 ℃延伸45 s,共35 個循環(huán);最后72 ℃延伸10 min。擴增產(chǎn)物經(jīng)電泳檢測后,送上海美吉生物科技有限公司進行雙向測序。

    1.2.3 數(shù)據(jù)分析

    將測得的mtDNA 12S rRNA 及COⅠ基因片段用DNAStar(DNASTAR,Inc)軟件包中的Seqman 軟件進行序列比對,并輔以人工校正;采用NCBI 在線BLAST 與網(wǎng)上序列對比;使用Arlequin 軟件計算堿基組成、多態(tài)位點、單倍型多樣性(haplotype diversity,h)、核苷酸多樣性(nucleotide diversity,π)等數(shù)據(jù),使用MEGA 6.0 計算Kimura-2-parameter 遺傳距離,并用黃鰭刺蝦虎魚Acanthogobius flavimanus作為外群,基于鄰接法(Neighbor-Joining)構(gòu)建系統(tǒng)樹分析3 種鰧科魚類的親緣關(guān)系,并對所得系統(tǒng)樹進行自展法檢驗(1 000 次重復(fù))。

    2 結(jié)果

    2.1 形態(tài)描述

    在形態(tài)特征中,日本鰧、土佐鰧與青鰧的差異主要表現(xiàn)在背鰭和肱棘特征上。日本鰧和土佐鰧都具有2 個背鰭,且肱棘強大,而青鰧只具有1 個背鰭,且肱棘不明顯。3 種鰧科魚類可數(shù)、可量性狀比較見表2。

    表2 3 種鰧科魚類可數(shù)、可量性狀比較Tab.2 Meristic characters and proportional measurements of the three Uranoscopidae species

    2.1.1 日本鰧Uranoscopus japonicusHouttuyn,1782

    測量樣品27 尾,全長范圍為175.6~251.1 mm,體長范圍為136.4~192.6 mm,D.Ⅳ-14;P.18;V.Ⅰ-5;A.15;C.16。

    體長為體高的4.2~5.7 倍,為頭長的3.9~4.1 倍,為體寬的5.8~6.0 倍;頭長為吻長的6.9~8.2 倍,為眼徑的10.9~11.1 倍,為眼間距的3.7~4.9 倍;眼間距為眼徑的2.2~3.0 倍;體長為腹鰭基長的10.3~10.9 倍,為胸鰭基長的30.6~32.5 倍;體長為尾柄長的8.4~8.9 倍;尾柄長為尾柄高的1.04~1.21 倍。

    體延長,頭粗大,吻短。體背面中央與眼間隔間有1 凹窩??羟肮窍戮売? 個短骨突。鼻孔2 個,位于吻前端。鰓蓋后方胸鰭上方具2 個肱棘,后棘特別尖長。前鰓蓋骨下緣有4~5 個尖棘,下鰓蓋骨下方有1埋在皮內(nèi)的尖棘。

    體被小圓鱗,鱗斜向后下方。頭部、頸背部、胸腹部、背鰭基均無鱗。側(cè)線1 條,位高。體背側(cè)呈黃褐色,腹部白色,體兩側(cè)及背面具白色斑點。第一背鰭黑色,基底白色;第二背鰭淡黃色。臀鰭白色。胸鰭黃色。腹鰭淡紅色。尾鰭黃色,后緣白色。

    日本鰧分布于西北太平洋海域,我國沿海均有分布,屬廣溫性底層中小型魚類,多棲息于沙泥質(zhì)淺海水域。詳細體態(tài)特征見圖4。

    圖2 日本鰧(192.6 mm SL,226 g)Fig.2 Uranoscopus japonicus Houttuyn,1782

    2.1.2 土佐鰧Uranoscopus tosae (Jordan &Hubbs,1925)

    測量樣品5 尾,全長范圍為188.5~228.5 mm,體長范圍為142.5~183.5 mm,D.Ⅳ-13;P.19;V.Ⅰ-5;A.13;C.17。

    體長為體高的3.26~4.57 倍,為頭長的2.8~2.9 倍,為體寬的2.9~3.2 倍;頭長為吻長的8.5~8.7 倍,為眼徑的5.8~9.3 倍,為眼間距的3.7~4.5 倍;眼間距為眼徑的1.6~2.1 倍;體長為腹鰭基長的5.1~5.3 倍,為胸鰭基長的17.0~18.2 倍;體長為尾柄長的10.7~13.1 倍;尾柄長為尾柄高的1.2~1.4 倍。

    體長形,頭粗大,稍平扁,近四棱形,吻短鈍。眼間隔中央微凹。頭部中央凹入,形成1 凹刻??羟肮窃谖乔岸擞?個短棘突。頭部兩側(cè)各有1 低縱骨棱,鰓蓋后方胸鰭上方具2 個肱棘。鼻孔2 個,位于吻前端。上、下頜緣邊均有1行小須狀突起。前鰓蓋骨下緣有6 個短棘,下鰓蓋骨下端有1 短小棘。

    體被圓鱗,細小,半埋于皮下,呈斜行排列。僅喉部到肛門間和胸鰭基部附近無鱗。側(cè)線完全,位高,自鰓蓋后上方起沿背緣向后延伸,在尾柄中部斜折至尾鰭基中部。體背側(cè)黃褐色,身上無特殊斑紋,腹側(cè)灰白色,第一背鰭黑色,下緣黃白色,第二背鰭、胸鰭與尾鰭灰黃色,腹鰭與臀鰭白色??谇慌c鰓腔白色。

    土佐鰧分布于西北太平洋海域,我國產(chǎn)于南海、東海及臺灣海域,屬于暖水性底棲中小型魚類,棲息水深可達420 m。詳細體態(tài)特征見圖3。

    圖3 土佐鰧(193.1 mm SL,235 g)Fig.3 Uranoscopus tosae (Jordan &Hubbs,1925)

    2.1.3 青鰧Xenocephalus elongatus(Temminck &Schlegel,1843)

    測量樣品24 尾,全長范圍為312.3~470.5 mm,體長范圍為289.5~432.1 mm,D.13;P.19~20;V.Ⅰ-5;A.18;C.12~13。

    體長為體高的6.6~7.7 倍,為頭長的3.9~4.2 倍,為體寬的7.3~8.4 倍;頭長為吻長的8.6~10.4 倍,為眼徑的8.9~10.4 倍,為眼間距的4.2~5.4 倍;眼間距為眼徑的3.0~3.2 倍;體長為腹鰭基長的12.2~12.7 倍,胸鰭基長的35.0~41.2 倍;體長為尾柄長的15.3~17.2 倍;尾柄長為尾柄高的1.10~1.16 倍。

    體長形,頭中大,吻短鈍。眼間隔中央凹入。鼻孔2 個,位于吻前緣,前鼻孔后緣有1 皮瓣??诰売? 行短毛狀皮突。鰓蓋后方胸鰭上方無肱棘。鰓孔大。峽部有2 個黑點。

    體被很小圓鱗,大多埋于皮下。頭部、胸部和腹部均無鱗。側(cè)線1 條,位高。體背部灰青綠色,腹部淡青灰色,體背部及兩側(cè)上方具許多不規(guī)則褐色小斑,背鰭淡黃色。臀鰭、胸鰭及腹鰭淡棕色。尾鰭灰青色。

    青鰧分布于西北太平洋海域,我國沿海均有分布。屬于廣溫性較深海底棲中型魚類,主要棲息于大陸架邊緣泥沙質(zhì)底的較深海區(qū)。詳細體態(tài)特征見圖4。

    圖4 青鰧(254.7 mm SL,498 g)Fig.4 Xenocephalus elongatus (Temminck&Schlegel,1843)

    2.2 DNA 條形碼分析

    2.2.1 mtDNA 12S rRNA 基因片段序列

    本實驗共測得41 條12S rRNA 序列,其中日本鰧22 條,土佐鰧5 條,青鰧14 條,所有序列未出現(xiàn)堿基插入與缺失,片段長度均為173 bp。3 種鰧科魚類的4 種堿基平均含量為:A 為34.65%,T 為16.83%,G為24.23% C 為24.24%,平均A+T 含量(51.53%)略高于G+C 含量(48.47%)(表3)。41 個序列中共有8 個單倍型,其中日本鰧5 個單倍型,土佐鰧2 個單倍型及青鰧1 個單倍型。在173 個位點中,保守位點129個,變異位點44 個,簡約信息位點41 個,單一突變位點3 個。日本鰧和土佐鰧單倍型多樣性分別為0.337 7±0.127 8 和0.400 0±0.237 3,核苷酸多樣性分別為0.002 2±0.002 4 和0.002 4±0.003 0。

    表3 3 種鰧科魚類12S rRNA 基因序列特征Tab.3 Characters of 12S rRNA gene fragments of the three Uranoscopidae species

    2.2.2 mtDNA COⅠ基因片段序列

    本實驗共測得20 條線粒體COⅠ基因片段序列,其中日本鰧2 條,土佐鰧5 條,青鰧13 條,所有序列未出現(xiàn)堿基插入與缺失,片段長度為655 bp。3 種鰧科魚類的4 種堿基平均含量為:A 為22.38%,T 為28.36%,G 為18.42%,C 為30.84%,平均A+T 含量(50.74%)高于G+C 含量(49.26%)(表4)。20 個序列中共測得8 個單倍型,其中日本鰧2 個單倍型,土佐鰧2 個單倍型及青鰧4 個單倍型。在655 個位點中,保守位點476 個,變異位點179 個,簡約信息位點174 個,單一突變位點5 個。日本鰧、土佐鰧和青鰧的單倍型多樣性分別為1.000±0.500 0、0.400 0±0.237 3 和0.423 1±0.164 5,核苷酸多樣性分別為0.128 2±0.129 0、0.0018±0.001 6 和0.000 7±0.000 74。

    表4 3 種鰧科魚類CO I 基因序列特征Tab.4 Characters of CO I gene fragments of the three Uranoscopidae species

    2.3 種內(nèi)與種間遺傳距離

    采用MEGA 6.0 軟件,基于Kimura 2-parameter 算法計算12S rRNA 及CO I 的凈遺傳距離(表5、6)。在12S rRNA 基因中,種內(nèi)遺傳距離均為0.002;種間遺傳距離范圍為0.147~0.216,其中日本鰧與土佐鰧的遺傳距離最?。?.147),其次是土佐鰧與青鰧(0.209),日本鰧與青鰧遺傳距離最大,為0.216。在CO I 基因中,3 種鰧科魚類種內(nèi)遺傳距離范圍為0.001~0.005;種間遺傳距離范圍為0.192~0.261,種間遺傳距離最大的是土佐鰧與青鰧(0.261),日本鰧與土佐鰧遺傳距離最小。

    表5 基于12S rRNA 基因序列的種內(nèi)(對角線)和種間(下三角)遺傳距離Tab.5 Intraspecific (on diagonal) and interspecific (below diagonal) genetic distance based on 12S rRNA gene fragments

    表6 基于CO I 基因序列的種內(nèi)(對角線)和種間(下三角)遺傳距離Tab.6 Intraspecific (on diagonal) and interspecific (below diagonal) genetic distance based on CO I gene fragments

    2.4 系統(tǒng)發(fā)育分析

    以黃鰭刺蝦虎魚作為外群,從GenBank 上下載3 種鰧科魚類的12S rRNA 序列,日本鰧、土佐鰧和青鰧的引用序列號分別為AB974631、LC037149 和LC 506657;從GenBank 上下載3 種鰧科魚類的CO I 序列,日本鰧和土佐鰧的引用序列號分別為AP017446 和KX641475,青鰧的引用序列號為KU892957 和JQ738420。采用鄰接法(NJ)構(gòu)建系統(tǒng)進化樹(圖4、5)。結(jié)果顯示,基于12S rRNA 與CO I 基因構(gòu)建的系統(tǒng)樹結(jié)構(gòu)基本一致,其中日本鰧和土佐鰧之間的親緣關(guān)系較近,與青鰧的親緣關(guān)系較遠。

    圖5 基于12S rRNA 基因構(gòu)建的單倍型NJ 樹Fig.5 Phylogenetic tree of the three Uranoscopidae species based on 12S rRNA gene fragments

    圖6 基于COⅠ基因片段構(gòu)建的單倍型NJ 樹Fig.6 Phylogenetic tree of the three Uranoscopidae species based on CO I gene fragments

    3 討論

    《魚類分類學(xué)》中記載了瞻星魚科Uranoscopoidae 有瞻星魚屬Uranoscopus和青鰧屬Gnathagnus[2]。在《中國魚類系統(tǒng)檢索》中記載了我國鰧科有4 屬6 種[4]。在《東海魚類志》中,朱元鼎等[17]記錄了我國鰧科有4 屬5 種,4 屬有鰧屬Uranoscopus、項鱗鰧屬Zalescopus、魚鰧屬Ichthyscopus和青鰧屬Gnathagnus,5 種有日本鰧Uranoscopus japonicus(Houttuyn,1782)、少鱗鰧Uranoscopus oligolepis(Bleeker,1878)、項鱗鰧Uranoscopus tosae(Jordan &Hubbs,1925)、魚鰧Ichthyscopus lebeck (Bloch &Schneider,1801)和青鰧Gnathagnus elongatus (Temminck &Schlegel,1843),其中將鰧屬魚類中具背鰭Ⅳ-13~14、臀鰭13~14、胸鰭17~18、腹鰭Ⅰ-5、尾鰭16~18、體背側(cè)全部有白色網(wǎng)狀斑紋、鰓孔后方具2 個尖肱棘和后棘特別尖長等特征的魚種鑒定為日本鰧;將項鱗鰧屬魚類中具背鰭Ⅳ-13、臀鰭13、胸鰭19、腹鰭Ⅰ-5、尾鰭17、前鰓蓋骨下緣有6 個短棘和下鰓蓋骨下端有一短小棘的魚種鑒定為項鱗鰧;將青鰧屬魚類中具背鰭12~13、臀鰭16~18、胸鰭18~20、腹鰭Ⅰ-5、尾鰭11~13、體背部灰青綠色且具不規(guī)則小斑、背鰭淡黃色和前鰓蓋骨后緣無小突起等特征的魚種鑒定為青鰧。在《福建魚類志》中記載了我國鰧科有3 屬5 種,其中鰧屬Uranoscopus有日本鰧、雙斑鰧Uranoscopus bicinctus(Temminck &Schlegel,1843)和少鱗鰧;魚鰧屬Ichthyscopus有魚鰧;青鰧屬Gnathagnus有青鰧[5]。在《浙江海洋魚類志》一書中,趙盛龍等[1]760將中文名項鱗鰧改名為土佐鰧,日本鰧、土佐鰧和青鰧的形態(tài)學(xué)研究結(jié)果與《東海魚類志》[17]的研究結(jié)果一致。山田[18]將具2 背鰭、鰓蓋后方胸鰭上方肱棘明顯的鰧科魚類劃分為鰧屬,將魚體背部具淡色斑紋、前鰓蓋骨下緣具4 個尖棘和頭部頂端達到兩眼后緣連線的魚種鑒定為日本鰧;將鰧屬魚類中魚體背部無特殊斑紋的魚種鑒定為土佐鰧;青鰧體背側(cè)斑點呈褐色,胸鰭基底上沒有羽狀皮質(zhì)小突起,背鰭上僅有軟條。

    本研究中日本鰧的臀鰭鰭條數(shù)與《浙江海洋魚類志》[1]757、《福建魚類志》[5]和《東海魚類志》[17]所描述的不一致;青鰧的胸鰭鰭條數(shù)與《浙江海洋魚類志》[1]762和《東海魚類志》[17]中的研究結(jié)果不一致,但與《福建魚類志》[5]中關(guān)于青鰧的胸鰭鰭條數(shù)的描述相一致。其他關(guān)于日本鰧、土佐鰧和青鰧的形態(tài)特征結(jié)果與本研究中的形態(tài)特征結(jié)果基本一致。本研究形態(tài)特征描述結(jié)果可為鰧科魚類形態(tài)分析、物種鑒定等工作提供補充資料。

    脊椎動物的線粒體基因組中含13 個蛋白質(zhì)編碼基因、2 個核糖體RNA 基因、22 個轉(zhuǎn)運RNA 基因以及非編碼區(qū)基因[19]。線粒體基因組含有多個標志性的遺傳標記位點,可根據(jù)線粒體不同部位的進化速率不同,并結(jié)合研究的情況,選擇合適的遺傳標記位點進行分析。以往研究者們利用線粒體CO I 基因序列對鯔科Mugilidae[20]魚類、鱈科Gadidae[21]魚類、金線魚屬Nemipterus[19]魚類、銀鯧Pampus argenteus[10]等開展了研究,在CO I 基因序列的堿基組成中,結(jié)果表明平均A+T 的含量高于G+C 的含量,本研究中3 種鰧科魚類的A+T 的平均含量(50.74%)略高于G+C 的平均含量(49.26%),這與以上魚類的CO I 基因序列研究結(jié)果一致。MEYER,et al[22]認為,理想DNA 條形碼檢測到的同屬內(nèi)種間遺傳差異應(yīng)該明顯大于種內(nèi)遺傳差異,并在二者之間形成一個明顯的間隔區(qū),稱作barcoding gap,在CO I 基因片段上的種內(nèi)差異低于0.01,種間遺傳差異大于0.02。本研究中種內(nèi)遺傳距離范圍在0.001~0.005 之間,日本鰧與土佐鰧遺傳距離最?。?.192),其次是日本鰧與青鰧(0.241),土佐鰧與青鰧遺傳距離最大(0.261)。研究結(jié)果與MEYER,et al 提出的標準相符,表明3 種鰧科魚類種類的有效性,同時驗證了日本鰧與土佐鰧遺傳關(guān)系更近,青鰧與其兩者遺傳關(guān)系較遠。

    HAJIBABAEI,et al[23]于2006 年將200 bp 左右的序列應(yīng)用于蛾類,并且成功利用所指定的200 bp 長度的序列有效鑒定該物種。由此,HAJIBABAEI,et al[23]提出了DNA 微型條形碼的概念。DNA 微型條形碼技術(shù)作為一個新興的技術(shù),在對物種分類識別上有著其自身快捷、簡單的優(yōu)點。其中,MIYA,et al[14]基于大量的線粒體基因組全序列設(shè)計了180 bp 左右的高通量條形碼(metabarcoding),主要用于海洋魚類多樣性監(jiān)測分析。MIYA,et al 使用12S rRNA 引物對沖繩水族館及其附近海域的水樣進行魚類多樣性驗證,累計準確鑒定出70 個科、152 個屬,共232 種魚類。然而,微型條形碼技術(shù)又由于其發(fā)展不成熟在一定程度上受到部分學(xué)者質(zhì)疑,對于微型DNA 條碼的優(yōu)缺點已有文章綜述[24-25]。本次實驗結(jié)果表明微型DNA 條形碼在鰧科魚類鑒定中具有很高的準確性。本研究使用12S rRNA 引物對3 種鰧科魚類進行分析,結(jié)果表明種內(nèi)遺傳距離均為0.002,種間遺傳距離范圍為0.147~0.216,其中日本鰧與土佐鰧的遺傳距離最?。?.147),其次是土佐鰧與青鰧(0.209),日本鰧與青鰧遺傳距離最大,為0.216。本研究結(jié)果與CO I 基因序列研究結(jié)果一致,說明Metabarcoding 適用于鰧科魚類的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系研究。綜上所述,線粒體12S rRNA、CO I 基因片段可以作為DNA 條形碼用于鰧科魚類鑒定、鰧科魚類種間系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的研究。系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果顯示日本鰧與土佐鰧親緣關(guān)系較近,與青鰧親緣關(guān)系較遠。分子系統(tǒng)發(fā)育結(jié)果與基于形態(tài)學(xué)的種屬劃分相吻合[1]。

    由于魚類的生長環(huán)境和發(fā)育階段的不同影響魚類的形態(tài)特征,僅依據(jù)形態(tài)特征鑒定物種可能會存在偏差,本研究將形態(tài)學(xué)方法與DNA 條形碼技術(shù)相結(jié)合,對3 種鰧科魚類進行分析和比較,為深入展開鰧科魚類的分類和系統(tǒng)發(fā)育研究奠定了基礎(chǔ)。

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