基于InDel分子標(biāo)記的云南地方稻秈粳屬性與表型性狀相關(guān)分析

陳越 陳玲 丁明亮 柯學(xué) 張敦宇 付堅(jiān) 鐘巧芳 肖素勤 王波 程在全

摘要：【目的】明確云南地方稻資源的秈粳屬性及秈粳基因頻率與表型性狀間的相關(guān)性，為有效利用云南地方稻資源改良水稻品種提供理論依據(jù)?！痉椒ā坷?9對InDel秈粳特異性標(biāo)記對來自云南12個(gè)地州69個(gè)縣區(qū)的406份云南地方稻資源進(jìn)行秈粳屬性分析，通過計(jì)算云南地方稻資源在39個(gè)InDel位點(diǎn)上的秈粳基因頻率，確定其秈粳類型;并對倒伏性、芒長、穎尖色、谷粒形狀、株高、穗頸長、穗長、有效穗數(shù)、劍葉長、劍葉寬、每穗總粒數(shù)、每穗實(shí)粒數(shù)、一次枝梗數(shù)、二次枝梗數(shù)、千粒重、結(jié)實(shí)率、谷粒長和谷粒寬等18個(gè)表型性狀進(jìn)行調(diào)查，分析秈粳基因頻率與表型性狀的相關(guān)性。【結(jié)果】406份云南地方稻資源中有303份秈型稻（典型秈稻、秈稻和偏秈），占74.63%，其中典型秈稻77份、秈稻214份、偏秈12份;中間型資源11份，占2.71%;粳型稻（典型粳稻、粳稻和偏粳）有92份，占22.66%，其中典型粳稻36份、粳稻54份、偏粳2份。秈粳基因頻率與表型性狀的相關(guān)分析結(jié)果表明，粳型基因頻率與穗頸長、谷粒寬、芒長、穎尖色、穗長、劍葉長、每穗總粒數(shù)、一次枝梗數(shù)、二次枝梗數(shù)、谷粒長和谷粒形狀等11個(gè)表型性狀呈極顯著相關(guān)（P<0.01，下同），其中與谷粒寬（r=0.374）的正相關(guān)性最高，與谷粒形狀（r=-0.429）的負(fù)相關(guān)性最高?！窘Y(jié)論】云南地方稻資源存在明顯的秈粳分化，InDel分子指數(shù)法所劃分的7種秈粳類型在406份資源中均有出現(xiàn)，且其秈粳屬性的分化與多個(gè)表型性狀存在極顯著相關(guān)性，尤其與谷粒寬（極顯著正相關(guān)）和谷粒形狀（極顯著負(fù)相關(guān)）的相關(guān)性最高。因此，利用云南地方稻資源進(jìn)行秈、粳稻定向改良及選育時(shí)應(yīng)綜合考慮谷粒寬和谷粒形狀2個(gè)表型性狀。

關(guān)鍵詞： 云南地方稻;秈粳屬性;秈粳基因頻率;表型性狀;InDel分子標(biāo)記

Abstract：【Objective】To clarify the indica-japonica attribute of Yunnan rice landraces and the correlation between the gene frequencies of indica-japonica with phenotypic traits. It provided a theoretical basis for the effective utilization of Yunnan rice landraces to improve rice varieties. 【Method】Based on 39 pairs of indica-japonica specific markers， the indica-japonica attribute of 406 Yunnan rice landraces from 69 counties in 12 prefectures of Yunnan were analyzed.? By calculating the frequencies of indica-japonica genes in 39 InDel loci of Yunnan rice landraces， the indica-japonica types of 406 Yunnan rice landraces were determined. The lodging degree， awn length， glume colour， grain shape， plant height， panicle neck length， panicle length， panicles per plant， flag leaf length， flag leaf width， grain number per panicle， filled grain number per panicle， number of first panicle branch， number of secondary panicle branch， thousand seeds weight， seed setting rate， grain length and grain width of 406 Yunnan rice landraces were investigated. The correlation between indica-japonica gene frequencies and phenotypic traits in 406 Yunnan rice landraces were analyzed. 【Result】Among 406 rice landraces in Yunnan， 303 were indica type rice（typical indica， indica and indicaclinous）， accounting for 74.63%， of which 77 were typical indica rice， 214 were indica rice and 12 were indicaclinous rice; 11 were Intermediate type， accounting for 2.71%. 92 were japonica type rice（typical japonica， japonica and japonicaclinous）， accounting for 22.66%， of which 36 were typical japonica rice， 54 were japonica rice， 2 were japonicaclinous rice. The correlation analysis between the gene frequencies of indica-japonica and phenotypic traits showed that the gene frequencies of japonica had extremely significant correlation with panicle neck length， grain width， awn length， glume colour， panicle length， flag leaf length， grain number per panicle， number of first panicle branch， number of secondary panicle branch， grain length and grain shape（P<0.01，the same below）. The positive correlation between the gene frequencies of japonica and grain width（r=0.374） was the largest， and so was the negative correlation between the gene frequencies of japonica and grain shape（r=-0.429）.【Conclusion】The differentiation of indica-japonica in Yunnan rice landraces is obvious. All of the 7 indica-japonica types classified by InDel molecular index appear in 406 Yunnan rice landraces. The differentiation of indica-japonica attributes of rice landraces in Yunnan has? extremely significant correlation with multiple phenotypic traits， especially the highest correlation with the grain width（extremely significant positive correlation） and the grain shape（extremely significant negative correlation）. Therefore， when using Yunnan rice landraces for indica-japonica directed improvement and bree-ding， grain width and grain traits should be comprehensively considered.

Key words： Yunnan rice landraces; indica-japonica attribute; gene frequencies of indica-japonica; phenotypic trait; InDel markerFoundation item：National Key Research and Development Program（2017YFD0100202）; Yunnan Major Science and Technology Project（2018ZG005）; Joint Project of Basic Agricultural Research in Yunnan[2017FG001（-023）]

0 引言

【研究意義】亞洲栽培稻在自然和人工雙重選擇作用下，經(jīng)過長期栽培和不斷馴化，產(chǎn)生一系列形態(tài)、生理生化及基因上的遺傳多樣性，并形成2個(gè)適應(yīng)不同海拔、緯度和農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境的公認(rèn)栽培稻亞種——秈稻和粳稻（鄒文廣，2011;陳萍萍等，2017）。秈稻與粳稻雜交產(chǎn)生的雜種優(yōu)勢在我國水稻生產(chǎn)中發(fā)揮了重要作用，是培育優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)水稻品種的重要途徑之一（夏士健等，2011）。云南是我國也是世界公認(rèn)的稻種資源多樣性分布中心之一，擁有包括疣粒野生稻、藥用野生稻和普通野生稻在內(nèi)的3種野生稻資源、秈稻和粳稻2個(gè)栽培稻亞種及六大生態(tài)群，是我國優(yōu)異地方稻種資源的富集地（曾亞文等，2001;湯翠鳳等，2018）。云南地方稻資源具有豐富的遺傳多樣性，是水稻育種和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的寶貴資源，也是確保糧食生產(chǎn)可持續(xù)發(fā)展的物質(zhì)基礎(chǔ);而通過對云南地方稻資源進(jìn)行秈粳屬性鑒定，并結(jié)合其表型性狀可為水稻品種改良及新品種選育提供重要參考依據(jù)。【前人研究進(jìn)展】充分了解育種親本的秈粳屬性背景是育種家正確、合理進(jìn)行雜交組合親本選配的前提和基礎(chǔ)。傳統(tǒng)上鑒定栽培稻秈粳屬性的方法主要是在Kato等（1928）、Oka（1958）鑒定秈粳屬性的基礎(chǔ)上，由程侃聲等（1988）以稃毛、酚反應(yīng)、1～2穗節(jié)長、抽穗時(shí)殼色、葉毛及粒形等6個(gè)形態(tài)指標(biāo)建立并被廣泛應(yīng)用的程式指數(shù)法?；谛螒B(tài)學(xué)而形成的秈粳分類方法一直存在對偏秈和偏粳等非典型秈、粳稻類型難以準(zhǔn)確劃分的問題，表型形態(tài)是內(nèi)部基因和外部環(huán)境共同作用下的綜合表現(xiàn)，且同一栽培稻品種在不同緯度、海拔及生態(tài)環(huán)境下其表觀形態(tài)也存在差異，進(jìn)而影響基于栽培稻形態(tài)學(xué)秈粳鑒定法的準(zhǔn)確性（徐建欣等，2012）。粳稻品種日本晴和秈稻品種9311全基因組測序的完成，為基于InDel分子標(biāo)記的秈粳分類方法建立提供了重要工具。王林友等（2013）通過InDel分子指數(shù)法對全國各地育種上常用的48份秈稻、粳稻及中間型材料進(jìn)行秈粳屬性鑒定，并利用程式指數(shù)法對InDel分子標(biāo)記秈粳分類的準(zhǔn)確性進(jìn)行驗(yàn)證，結(jié)果表明，兩種秈粳屬性鑒定方法的一致性高達(dá)89.58%，且在鑒定具有復(fù)雜遺傳背景的中間型材料時(shí)InDel分子指數(shù)法準(zhǔn)確性更高，證明了InDel分子標(biāo)記在栽培稻秈粳屬性鑒定上的可行性。Lu等（2009）從已報(bào)道的秈、粳InDel差異位點(diǎn)（Shen et al.，2004）中選擇45對秈、粳InDel差異位點(diǎn)標(biāo)記用于對已知秈粳屬性的44個(gè)栽培稻材料及部分野生稻資源進(jìn)行秈粳屬性檢驗(yàn)，結(jié)果表明，InDel分子標(biāo)記不僅能準(zhǔn)確穩(wěn)定地對栽培稻的秈粳屬性進(jìn)行分類，在野生稻秈粳屬性鑒定方面也具有很高的應(yīng)用價(jià)值。云南地方稻資源的遺傳背景復(fù)雜，至今已有許多學(xué)者從表型性狀上開展種質(zhì)資源多樣性研究，發(fā)現(xiàn)云南地方稻資源的遺傳多樣性豐富且具有極高的利用價(jià)值（李自超等，2001;徐福榮等，2010;湯翠鳳等，2018）?！颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】隨著水稻秈粳鑒定技術(shù)的不斷完善，目前針對云南地方稻資源的秈粳鑒定研究工作已取得長足進(jìn)展，但主要集中在某一類型資源的秈粳鑒定，如光殼稻（曾亞文等，2000）、糯稻（王明軍等，2010;楊慧等，2010）和陸稻（徐建欣等，2012），或僅對較少數(shù)量及部分地區(qū)資源的秈粳鑒定（劉克德等，1995），其研究結(jié)果具有一定局限性，尚未對云南地方稻資源的秈粳分化水平及秈粳基因頻率與表型性狀的相關(guān)性進(jìn)行深入研究?！緮M解決的關(guān)鍵問題】利用39對InDel秈粳特異性標(biāo)記對來自云南省12個(gè)地州69個(gè)縣區(qū)的406份地方稻資源進(jìn)行秈粳屬性鑒定，并調(diào)查其18個(gè)表型性狀，分析秈粳基因頻率與表型性狀間的相關(guān)性，為有效合理利用云南地方稻資源改良水稻品種提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1. 1 試驗(yàn)材料

供試云南地方稻資源來自云南12個(gè)地州69個(gè)縣區(qū)，包括普洱市6個(gè)縣區(qū)的65份，西雙版納州4個(gè)縣區(qū)的27份，德宏州5個(gè)縣區(qū)的25份，臨滄市9個(gè)縣區(qū)的88份，文山州3個(gè)縣區(qū)的22份，紅河州8個(gè)縣區(qū)的57份，昆明市5個(gè)縣區(qū)的9份，曲靖市7個(gè)縣區(qū)的20份，大理州7個(gè)縣區(qū)的17份，楚雄州5個(gè)縣區(qū)的10份，保山市5個(gè)縣區(qū)的35份，玉溪市5個(gè)縣區(qū)的31份，共406份，均由云南省作物種質(zhì)資源庫提供，以日本晴和9311作為典型粳稻和典型秈稻的對照品種。

1. 2 表型性狀調(diào)查

2019年2月，在云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)與種質(zhì)資源研究所元江基地種植供試材料，每份材料單株種植4行，每行10株，行株距為15 cm×25 cm，田間管理同常規(guī)水稻大田生產(chǎn)。按照韓龍植（2006）的考察評價(jià)標(biāo)準(zhǔn)對406份云南地方稻資源的18個(gè)表型性狀進(jìn)行調(diào)查，每份材料選取中間行且生長一致的5株，調(diào)查倒伏性（Lodging degree，LD）、芒長（Awn length，AL）、穎尖色（Glume colour，GC）和谷粒形狀（Grain shape，GS）等4個(gè)質(zhì)量性狀及株高（Plant height，PH）、穗頸長（Panicle neck length，PNL）、穗長（Panicle length，PL）、有效穗數(shù)（Panicles number per plant，PNP）、劍葉長（Flag leaf length，F(xiàn)LL）、劍葉寬（Flag leaf width，F(xiàn)LW）、每穗總粒數(shù)（Grain number per panicle，GNP）、每穗實(shí)粒數(shù)（Filled grain number per panicle，F(xiàn)GNP）、一次枝梗數(shù)（Number of first panicle branch，NFPB）、二次枝梗數(shù)（Number of secondary panicle branch，NSPB）、千粒重（Thousand seeds weight，TSW）、結(jié)實(shí)率（Seed setting rate，SSR）、谷粒長（Grain length，GL）和谷粒寬（Grain width，GW）等14個(gè)數(shù)量性狀。

1. 3 InDel秈粳屬性鑒定

1. 3. 1 水稻基因組DNA提取 2019年4月，采集406份云南地方稻資源單株的劍葉葉片置于牛皮紙袋中，40 ℃烘箱烘干保存。用美國Axygen公司的植物基因組DNA提取試劑盒提取云南地方稻和對照日本晴、9311的基因組DNA，用1.0%瓊脂糖凝膠電泳和核酸濃度測定儀檢測DNA純度和濃度，并將濃度統(tǒng)一稀釋至30 ng/μL，-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1. 3. 2 PCR擴(kuò)增及檢測 InDel引物參照Shen等（2004）、Lu等（2009）基于典型粳稻日本晴和典型秈稻9311全基因組DNA序列比對獲得的45對InDel分子標(biāo)記，選取30份不同來源且表型性狀差異明顯的地方稻資源進(jìn)行InDel分子標(biāo)記篩選，最終選出39對覆蓋水稻12條染色體且在30份表型差異地方稻資源中均能擴(kuò)增出與對照品種帶型一致的InDel分子標(biāo)記（表1），委托上海捷瑞生物工程有限公司合成。PCR反應(yīng)體系及擴(kuò)增程序參照陳越等（2019）的方法，擴(kuò)增產(chǎn)物用4.0%瓊脂糖凝膠進(jìn)行分離，經(jīng)核酸染料染色后在紫外燈下用BioRAD凝膠成像儀拍攝，并分析電泳結(jié)果。對于未出現(xiàn)電泳條帶的DNA材料重新進(jìn)行PCR擴(kuò)增，重復(fù)3次仍未出現(xiàn)則作缺失條帶處理。

1. 4 統(tǒng)計(jì)分析

根據(jù)InDel分子標(biāo)記擴(kuò)增產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果，以日本晴和9311的擴(kuò)增條帶為標(biāo)準(zhǔn)，在每個(gè)InDel位點(diǎn)上，條帶位置與粳稻日本晴一致的為純合粳稻基因型，以JJ表示;與秈稻9311一致的為純合秈稻基因型，以II表示;條帶位置既與秈稻9311一致又與粳稻日本晴一致，為秈—粳雜合基因型，以IJ表示。參照Lu等（2009）的方法，計(jì)算406份云南地方稻資源的秈型或粳型基因頻率，根據(jù)表2中的秈粳屬性分類標(biāo)準(zhǔn)對云南地方稻資源的秈粳類型進(jìn)行劃分。所調(diào)查406份云南地方稻資源的表型性狀使用Excel 2016計(jì)算其均值、標(biāo)準(zhǔn)差、方差和變異系數(shù)，并以SPSS 20.0進(jìn)行相關(guān)分析。

2 結(jié)果與分析

2. 1 云南地方稻資源的秈粳屬性分析結(jié)果

篩選出的39對InDel分子標(biāo)記在擴(kuò)增云南地方稻時(shí)帶型分化明顯，從406份云南地方稻資源中可擴(kuò)增出與日本晴條帶位置吻合的純合粳稻帶型、與9311條帶位置吻合的純合秈稻帶型，以及同時(shí)出現(xiàn)2條分別與日本晴和9311帶型吻合的秈粳雜合帶型，說明這39對InDel分子標(biāo)記具有較強(qiáng)的秈粳特異性，部分云南地方稻資源的擴(kuò)增結(jié)果見圖1。根據(jù)對照日本晴和9311的帶型計(jì)算每份資源的秈粳基因頻率，并參照表2對其進(jìn)行秈粳屬性劃分，結(jié)果表明，在406份云南地方稻資源中，有典型粳稻36份，占8.87%;粳稻54份，占13.30%;偏粳2份，占0.49%;中間型資源11份，占2.71%;偏秈12份，占2.96%;秈稻214份，占52.71%;典型秈稻77份，占18.97%。因此，所鑒定的云南地方稻資源中有92份粳型基因頻率>0.60的粳型稻（典型粳稻、粳稻和偏粳），占22.66%;303份秈型基因頻率>0.60的秈型稻（典型秈稻、秈稻和偏秈），占74.63%。

2. 2 云南地方稻資源在地理上的秈粳分布情況

以地州為單位，統(tǒng)計(jì)406份云南地方稻資源秈粳類型在不同地州的分布情況。由圖2和表3可看出，曲靖市和昆明市的地方稻資源以粳型基因頻率≥0.75的粳型稻為主，其中曲靖市的典型粳稻（4份）和粳稻（8份），分別占曲靖市鑒定資源總數(shù)的20.00%和40.00%，昆明市的典型粳稻（2份）和粳稻（3份），分別占昆明市鑒定資源總數(shù)的22.22%和33.33%;其他10個(gè)地州的地方稻資源均以秈型基因頻率為0.75～0.89的秈稻為主。由406份云南地方稻資源7種秈粳類型在12個(gè)地州的數(shù)量分布及所占比例（表3）可看出，大多數(shù)地州收集到的地方稻為秈型基因頻率>0.60的秈型稻資源，其中，楚雄州（100.00%）、玉溪市（93.55%）及西雙版納州（92.31%）地方稻資源中秈型稻數(shù)量占本地州鑒定資源的比例較高，而曲靖市（60.00%）和昆明市（55.55%）所收集的粳型稻數(shù)量占本地州鑒定資源的比例相對于其他地州更高。

2. 3 云南地方稻資源表型性狀的變異分析結(jié)果

2. 3. 1 質(zhì)量性狀表型頻率分布情況 406份云南地方稻資源的倒伏性、芒長、穎尖色及谷粒形狀表型頻率分布情況如圖3所示。在倒伏性調(diào)查中，有329份地方稻資源表現(xiàn)為直，占81.03%;表現(xiàn)為倒的地方稻資源33份，占8.13%，中間型（20份）和斜（16份）的地方稻資源分別占4.90%和3.94%。對于芒長而言，以無芒（356份）的地方稻資源為主，占87.68%;表現(xiàn)為短芒（24份）、中芒（13份）、長芒（9份）的地方稻資源分別占5.91%、3.20%和2.22%，僅有4份地方稻資源為極長芒，占0.99%。在穎尖色方面，以稈黃色（272份）為主，占67.00%;表現(xiàn)為褐色（57份）、紅色（37份）和紫色（31份）的地方稻資源分別占14.04%、9.11%和7.64%，穎尖色為黑色（9份）的地方稻資源最少，僅占2.22%。對于谷粒形狀而言，以橢圓形（281份）的地方稻資源數(shù)量最多，占69.21%;其次為闊卵形（65份）和中長形（34份），分別占16.01%和8.37%;表現(xiàn)為短圓形和細(xì)長形的地方稻資源均有13份，占3.20%。從以上4個(gè)質(zhì)量性狀的頻率分布情況（圖3）可看出，云南地方稻資源質(zhì)量性狀的遺傳變異較豐富，4個(gè)質(zhì)量性狀的所有變異類型在406份資源中均有存在。

2. 3. 2 數(shù)量性狀表型變異情況 由表4可知，406份云南地方稻資源的14個(gè)數(shù)量性狀存在不同程度的變異，其中穗頸長（62.85%）、二次枝梗數(shù)（42.80%）、有效穗數(shù)（38.80%）、每穗實(shí)粒數(shù)（36.54%）和每穗總粒數(shù)（31.70%）的變異系數(shù)均在30.00%以上，高于其余9個(gè)數(shù)量性狀的變異系數(shù)（10.34%～26.29%），而谷粒長的變異系數(shù)（10.34%）最小。所調(diào)查14個(gè)表型性狀的變異系數(shù)均在10.00%以上，表明406份云南地方稻資源14個(gè)數(shù)量性狀的變異較大，具有極其豐富的表型多樣性。

2. 4 云南地方稻資源粳型基因頻率與表型性狀的相關(guān)分析結(jié)果

以406份云南地方稻資源的粳型基因頻率與18個(gè)表型性狀進(jìn)行相關(guān)分析，結(jié)果（表5）表明，在秈粳屬性方面，粳型基因頻率與穗頸長、谷粒寬、芒長和穎尖色等4個(gè)表型性狀呈極顯著正相關(guān)（P<0.01，下同），與穗長、劍葉長、每穗總粒數(shù)、一次枝梗數(shù)、二次枝梗數(shù)、谷粒長和谷粒形狀等7個(gè)表型性狀呈極顯著負(fù)相關(guān)，其中與谷粒寬（r=0.374）的正相關(guān)性最高，與谷粒形狀（r=-0.429）的負(fù)相關(guān)性最高，說明云南地方稻資源的秈粳屬性與這兩個(gè)表型性狀密切相關(guān)，在定向選育秈型、粳型水稻材料時(shí)應(yīng)綜合考慮谷粒寬和谷粒形狀。

3 討論

3. 1 云南地方稻資源秈粳屬性及其與地理分布的關(guān)系

栽培稻秈粳分化是一個(gè)復(fù)雜而連續(xù)的過程，在其分化過程中不僅產(chǎn)生典型的秈稻和粳稻，還出現(xiàn)大量滲入亞種片段的偏秈、偏粳及中間類型。近年來，基于分子標(biāo)記技術(shù)開展了大量針對栽培稻秈粳屬性的分類研究工作。針對栽培稻秈粳特異性差異建立的InDel分子標(biāo)記可精確計(jì)算該品種的秈粳基因頻率，且其PCR擴(kuò)增產(chǎn)物帶型簡單、條帶清晰，采用瓊脂糖電泳即可獲得與聚丙烯酰胺凝膠電泳相同的區(qū)分效果，有效降低了試驗(yàn)成本和縮短了試驗(yàn)周期，在秈粳屬性鑒定方面具有廣闊的應(yīng)用前景（姚國新和黃文超，2013;趙小燕等，2015）。王明軍等（2010）用34對InDel秈粳特異性分子標(biāo)記對181份來自云南7個(gè)州市17個(gè)縣區(qū)的糯稻資源秈粳屬性進(jìn)行鑒定，結(jié)果表明云南糯稻資源遺傳分化明顯，181份資源中包括典型粳稻、粳稻、偏粳、偏秈、秈稻及典型秈稻等6種秈粳類型。趙小燕等（2015）對浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院自育的不育系浙粳4A、22個(gè)恢復(fù)系及其組合的InDel秈粳屬性進(jìn)行鑒定，結(jié)果表明InDel分子標(biāo)記在水稻秈粳屬性分析方面具有較高的準(zhǔn)確度和靈敏度。李小湘等（2019）通過38對InDel引物分別對1982、2008和2017年保存于廣東野生稻資源圃里的江永普通野生稻秈粳性進(jìn)行分析，結(jié)果表明大部分江永普通野生稻為粳稻，且隨著時(shí)間推移秈型基因頻率不斷提高。本研究利用39對InDel分子標(biāo)記對云南地方稻資源進(jìn)行秈粳屬性鑒定，結(jié)果表明，來自云南12個(gè)地州69個(gè)縣區(qū)的406份地方稻資源有303份秈型稻（典型秈稻、秈稻和偏秈），占74.63%，其中典型秈稻77份、秈稻214份、偏秈12份;粳型稻（典型粳稻、粳稻和偏粳）有92份，占22.66%，其中典型粳稻36份、粳稻54份、偏粳2份;中間型資源有11份，占2.71%?？梢?，406份云南地方稻資源秈粳分化明顯，InDel分子指數(shù)法所劃分栽培稻的7種秈粳類型均有出現(xiàn)。

在地理分布上，秈稻主要分布于熱帶和亞熱帶的低緯度低海拔地區(qū)，而粳稻主要分布于高緯度低海拔及低緯度高海拔地區(qū)（王明軍等，2010;徐建欣等，2017）。本研究鑒定的406份云南地方稻資源以秈型基因頻率>0.60的秈型稻為主，可能是本研究檢測的地方稻資源多收集于云南南部低緯度地區(qū)，而被鑒定為粳型稻的資源大多收集于云南高海拔地區(qū)。以地州為單位進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，除曲靖市和昆明市外，其他地州收集的資源均以秈型稻為主，其中楚雄州、玉溪市和西雙版納州地方稻資源中秈型稻數(shù)量占本地州所收集資源的比例明顯高于其他地州，分別為100.00%、93.55%和92.31%;而曲靖市和昆明市鑒定出粳型稻的數(shù)量占本地州資源總數(shù)的比例明顯高于其他地州，分別為60.00%和55.55%。這除了與緯度、海拔和溫度等因素有關(guān)外，可能還與當(dāng)?shù)剞r(nóng)民的換種行為及農(nóng)業(yè)部門的頻繁引種有關(guān)。

3. 2 云南地方稻資源秈粳基因頻率與表型性狀的相關(guān)性

近年來，利用InDel分子標(biāo)記鑒定水稻秈粳屬性并進(jìn)行遺傳多樣性的研究越來越多，但對秈粳基因頻率與表型性狀進(jìn)行相關(guān)分析的研究較少。為更好地了解云南地方稻資源秈粳基因頻率與各表型性狀間的相關(guān)性，本研究將云南地方稻資源的粳型基因頻率與18個(gè)表型性狀進(jìn)行相關(guān)分析，結(jié)果表明，云南地方稻資源的粳型基因頻率與12個(gè)表型性狀存在顯著或極顯著相關(guān)，其中粳型基因頻率與谷粒寬和谷粒形狀的相關(guān)性最高且達(dá)極顯著水平，對應(yīng)的相關(guān)系數(shù)分別為0.374和-0.429。此外，在所調(diào)查的18個(gè)表型性狀中，株高、穗長、劍葉長、劍葉寬、每穗總粒數(shù)及一次枝梗數(shù)等6個(gè)表型性狀不僅與粳型基因頻率緊密相關(guān)，還與其他表型性狀存在顯著或極顯著的相關(guān)性，說明云南地方稻資源秈粳屬性與表型性狀間存在高度的相關(guān)性。

4 結(jié)論

云南地方稻資源存在明顯的秈粳分化，InDel分子指數(shù)法所劃分的7種秈粳類型在406份資源中均有出現(xiàn)，且其秈粳屬性的分化與多個(gè)表型性狀具有顯著或極顯著相關(guān)性，尤其與谷粒寬（極顯著正相關(guān)）和谷粒形狀（極顯著負(fù)相關(guān)）的相關(guān)性最高。因此，利用云南地方稻資源進(jìn)行秈、粳稻定向改良和選育時(shí)應(yīng)綜合考慮谷粒寬和谷粒形狀2個(gè)表型性狀。

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（責(zé)任編輯 蘭宗寶）