基于生物信息學(xué)分析miRNA-195-5p在肝癌中的表達(dá)及其臨床意義

宋秀道,馬 錦

(1.南京中醫(yī)藥大學(xué)蘇州附屬醫(yī)院蘇州市吳門醫(yī)派研究院,中國(guó)江蘇蘇州215009;2.蘇州大學(xué)附屬兒童醫(yī)院藥劑科,中國(guó)江蘇蘇州215025)

肝細(xì)胞肝癌(liver hepatocellular carcinoma,LIHC)是世界范圍內(nèi)常見(jiàn)的高度惡性腫瘤之一,對(duì)人類健康構(gòu)成嚴(yán)重威脅,具有早期病程隱匿、發(fā)病率高、預(yù)后差以及術(shù)后高復(fù)發(fā)與高轉(zhuǎn)移等特點(diǎn)[1]。盡管目前包括手術(shù)、介入治療、放療、化療和分子靶向治療等在內(nèi)的諸多治療方法已經(jīng)取得了很大進(jìn)步,但由于LIHC轉(zhuǎn)移與復(fù)發(fā)高,其預(yù)后仍然較差[2]。學(xué)者們致力尋找LIHC發(fā)生發(fā)展過(guò)程中的高度穩(wěn)定和特異的分子靶點(diǎn),這對(duì)LIHC的早期診斷、靶向治療以及預(yù)后評(píng)價(jià)具有重要的臨床意義。目前,生物信息學(xué)在腫瘤研究各方面的應(yīng)用越來(lái)越廣泛,采用生物信息學(xué)分析可快速挖掘出肝癌組織與正常組織的差異表達(dá)基因,獲得靶基因表達(dá)水平與患者生存預(yù)后的關(guān)系,為尋找與肝癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)的分子靶標(biāo)提供線索。

微RNA(microRNA,miRNA)是一類長(zhǎng)度大約22個(gè)核苷酸的小分子非編碼RNA,其通過(guò)與靶基因的3′端非翻譯區(qū)的堿基配對(duì),促進(jìn)靶基因降解或抑制靶基因翻譯,從而抑制靶基因表達(dá)[3]。miRNA參與細(xì)胞分化、增殖、凋亡等生物體內(nèi)多種調(diào)控過(guò)程,其功能失調(diào)與腫瘤、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎和心肌纖維化等多種疾病的發(fā)生發(fā)展有著密切的聯(lián)系[4]。目前,miRNA已經(jīng)成為腫瘤治療領(lǐng)域的一個(gè)新亮點(diǎn),引起了相關(guān)研究人員的廣泛關(guān)注。有研究利用miRNA芯片等最新的高通量技術(shù)手段獲取癌組織與配對(duì)的正常組織中miRNA的差異表達(dá)譜,發(fā)現(xiàn)其中某些特異miRNA的改變參與腫瘤的發(fā)生發(fā)展[5]。作為miRNA家族一員,miRNA-195在某些癌癥中已被提出可作為腫瘤抑制因子、腫瘤轉(zhuǎn)移抑制因子以及腫瘤治療的靶標(biāo)[6～7]。最新研究表明miRNA-195-5p在肝癌組織中的表達(dá)明顯降低[8],但其發(fā)揮作用的分子機(jī)制尚不清楚。據(jù)此,本研究綜合應(yīng)用數(shù)據(jù)挖掘和網(wǎng)絡(luò)分析等生物信息學(xué)方法,研究miRNA-195-5p在LIHC組織中的表達(dá)及其對(duì)患者預(yù)后的影響;預(yù)測(cè)其調(diào)控的靶基因,同時(shí)對(duì)其靶基因進(jìn)行基因本體論(Gene Ontology,GO)富集、京都基因和基因組途徑百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)分析,篩選出PPI網(wǎng)絡(luò)中的核心基因,并在公開(kāi)訪問(wèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)一步驗(yàn)證篩選出的核心基因。這將有助于更深入地研究miRNA-195-5p在LIHC發(fā)生發(fā)展中的作用,評(píng)估m(xù)iRNA-195-5p在LIHC中的臨床意義和診斷價(jià)值。

1 材料與方法

1.1 miRNA-195-5p保守性分析

利用miRbase 22數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.mirbase.org/)查找各物種已知的成熟miRNA-195-5p序列,比對(duì)分析miRNA-195-5p序列在各物種之間的保守性。

1.2 miRNA-195-5p在LIHC中的表達(dá)

癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫(kù)包含了40種常見(jiàn)癌癥的DNA、RNA和蛋白質(zhì)的高通量數(shù)據(jù)及臨床信息。利用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)在線分析工具bioinfo[9](http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miR_path/index.html)獲得各種人類癌癥和鄰近正常組織的miRNA-195-5p表達(dá)譜。

1.3 生存分析

Kaplan-Meier plotter數(shù)據(jù)庫(kù)[10](http://kmplot.com/analysis/)將 GEO、EGA、TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)中肝癌等癌癥的mRNA與miRNA的表達(dá)和預(yù)后數(shù)據(jù)進(jìn)行整合。文中利用Kaplan-Meier plotter數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行LIHC患者生存分析。

1.4 hsa-miRNA-195-5p靶基因預(yù)測(cè)

miRWalk 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)[11](http://zmf.umm.uniheidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/)是一個(gè)綜合性數(shù)據(jù)庫(kù),不僅提供基因全長(zhǎng)序列上潛在的miRNA結(jié)合位點(diǎn),而且可以將預(yù)測(cè)結(jié)果與12個(gè)miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件(miRWalk,DIANA-microTv 4.0,miRanda,miRbridge,miRDB,miRMap,miRNAMap,PICTAR,PITA,RNA22,RNAhybrid,Targetscan)的預(yù)測(cè)信息進(jìn)行結(jié)合關(guān)聯(lián)。此外,miRWalk 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)還記錄了通過(guò)自動(dòng)文本挖掘搜索收集的經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的miRNA靶基因。文中利用miRWalk 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)獲取hsa-miRNA-195-5p的預(yù)測(cè)和經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的靶基因,去除重復(fù)基因后剩下的基因合并作為hsa-miRNA-195-5p靶基因。

1.5 hsa-miRNA-195-5p靶基因的生物信息學(xué)分析

利用DAVID 6.8在線軟件[12](https://david.ncifcrf.gov/)對(duì)hsa-miRNA-195-5p靶基因進(jìn)行GO功能富集分析與KEGG通路富集分析。在DAVID軟件中選擇物種為Homo sapiens,背景也選擇Homo sapiens,獲得所提交的基因的功能富集結(jié)果。FDR＜0.01且基因數(shù)目≥10代表該預(yù)測(cè)結(jié)果具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

1.6 hsa-miRNA-195-5p靶基因PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)[13]分析和Cytoscape軟件構(gòu)建hsa-miRNA-195-5p靶基因PPI網(wǎng)絡(luò)。將hsa-miRNA-195-5p靶基因的蛋白質(zhì)名稱列表輸入到STRING數(shù)據(jù)庫(kù)(https://string-db.org/cgi/input.pl),選擇物種為human species,蛋白質(zhì)相互作用評(píng)分＞0.4且經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,執(zhí)行PPI網(wǎng)絡(luò)分析。使用Cytoscape 3.6.1軟件繪制PPI網(wǎng)絡(luò),節(jié)點(diǎn)度≥10的蛋白質(zhì)編碼基因被設(shè)定為PPI中的核心基因。

1.7 hsa-miRNA-195-5p靶基因PPI網(wǎng)絡(luò)中的核心基因在肝癌組織中的表達(dá)分析

基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)動(dòng)態(tài)分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)數(shù) 據(jù) 庫(kù)[14]包括來(lái)自TCGA和GTEx的RNA測(cè)序表達(dá)數(shù)據(jù)。人類蛋白質(zhì)圖譜(The Human Protein Atlas,HPA)數(shù)據(jù)庫(kù)[15]提供24 000種人類蛋白質(zhì)的組織和細(xì)胞分布信息。利用GEPIA在線分析工具(http://gepia.cancer-pku.cn)和HPA數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.proteinatlas.org)分別分析miRNA-195-5p靶基因PPI網(wǎng)絡(luò)中的核心基因在LIHC和正常肝組織中的mRNA與蛋白質(zhì)表達(dá)水平。

2 結(jié)果

2.1 不同物種中miRNA-195-5p的成熟序列

通過(guò)miRbase在線數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)miRNA-195-5p進(jìn)行保守性分析。人類成熟hsa-miRNA-195-5p的序列號(hào)為MIMAT0000461,序列為“15-UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC-35”,在獼猴、大鼠、大猩猩、倭黑猩猩、牛以及黑猩猩6個(gè)哺乳物種之間具有高度保守性,提示hsa-miRNA-195-5p具有潛在的重要生物學(xué)功能(表1)。

2.2 人體各腫瘤組織及相應(yīng)正常組織中miRNA-195-5p的表達(dá)差異

表1 不同物種中miRNA-195-5p的成熟序列Table 1 The mature sequences of miRNA-195-5p in different species

通過(guò)bioinfo在線工具挖掘TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中大樣本的LIHC miRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù),分析miRNA-195-5p在人體各腫瘤組織及其鄰近正常組織中的表達(dá)差異。結(jié)果顯示,與鄰近正常組織相比,miRNA-195-5p在肝癌、肺癌、乳腺浸潤(rùn)性癌等人體大多數(shù)腫瘤組織中均呈現(xiàn)低表達(dá)(圖1),提示miRNA-195-5p在肝癌、肺癌、乳腺浸潤(rùn)性癌等大多數(shù)腫瘤組織中可能扮演著抑癌基因的角色,并通過(guò)其下調(diào)表達(dá)的方式參與這些腫瘤的發(fā)生發(fā)展。

2.3 hsa-miRNA-195表達(dá)量與LIHC患者總生存時(shí)間的關(guān)系

對(duì)Kaplan-Meier plotter數(shù)據(jù)庫(kù)中肝癌患者的總生存時(shí)間進(jìn)行Kaplan-Meier分析,結(jié)果顯示hsa-miRNA-195低表達(dá)的LIHC患者總生存時(shí)間低于hsa-miRNA-195高表達(dá)的LIHC患者,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.011,圖2)。

2.4 hsa-miRNA-195-5p靶基因預(yù)測(cè)

利用miRWalk 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)(包括12個(gè)在線預(yù)測(cè)軟件)對(duì)hsa-miRNA-195-5p進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè),篩選出至少在8個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)中都存在靶向關(guān)系的基因。預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,去除重復(fù)基因后,共有822個(gè)共同基因被至少8個(gè)預(yù)測(cè)軟件同時(shí)預(yù)測(cè)到。此外,利用miRWalk 2.0軟件獲取經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的靶基因,去除重復(fù)基因后,篩選出605個(gè)基因。由圖3可見(jiàn),實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)支持的靶基因中有209個(gè)被預(yù)測(cè)到了,說(shuō)明靶基因預(yù)測(cè)是比較準(zhǔn)確的。對(duì)hsa-miRNA-195-5p的預(yù)測(cè)和經(jīng)驗(yàn)證的靶基因進(jìn)行整理,取其并集,去除交集基因209個(gè)后,共得到1 218個(gè)靶基因(圖3)。

圖1 TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中miRNA-195-5p的表達(dá)譜Fig.1 Expression profile of miRNA-195-5p from TCGA datasetACC:Adrenocortical carcinoma;BLCA:Bladder urothelial carcinoma;BRCA:Breast invasive carcinoma;CESC:Cervical and endocervical cancers;CHOL:Cholangiocarcinoma;COAD:Colorectal adenocarcinoma;DLBC:Diffuse large B-cell lymphoma;ESCA:Esophageal carcinoma;FPPP:FFPE pilot phaseⅡ;GBM:Glioblastoma multiforme;HNSC:Head and neck squamous cell carcinoma;KICH:Kidney chromophobe;KIRC:Kidney renal clear cell carcinoma;KIRP:Kidney renal papillary cell carcinoma;LAML:Acute myeloid leukemia;LGG:Lower grade glioma;LIHC:Liver hepatocellular carcinoma;LUAD:Lung adenocarcinoma;LUSC:Lung squamous cell carcinoma;MESO:Mesothelioma;OV:Ovarian serous cystadenocarcinoma;PAAD:Pancreatic adenocarcinoma;PCPG:Pheochromocytoma and paraganglioma;PRAD:Prostate adenocarcinoma;READ:Rectum adenocarcinoma;SARC:Sarcoma;SKCM:Skin cutaneous melanoma;STAD:Stomach adenocarcinoma;TGCT:Testicular germ cell tumors;THCA:Thyroid carcinoma;THYM:Thymoma;UCEC:Uterine corpus endometrial carcinoma;UCS:Uterine carcinosarcoma;UVM:Uveal melanoma.

圖2 hsa-miRNA-195表達(dá)量與LIHC患者預(yù)后的Kaplan-Meier總生存分析Fig.2 Kaplan-Meier overall survival analyses for hsamiRNA-195 expression in LIHC patients

圖3 hsa-miRNA-195-5p的預(yù)測(cè)與驗(yàn)證的靶基因數(shù)目Venn圖Fig.3 Venn diagram of predicted and validated target genes of hsa-miRNA-195-5p

2.5 hsa-miRNA-195-5p靶基因GO功能富集分析與KEGG信號(hào)通路富集分析

對(duì)篩選出的預(yù)測(cè)和驗(yàn)證的1 218個(gè)靶基因進(jìn)行GO功能富集分析和KEGG信號(hào)通路富集分析。GO功能富集分析結(jié)果顯示:在生物學(xué)功能方面,hsa-miRNA-195-5p的靶基因主要富集于蛋白質(zhì)磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)節(jié)、RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的負(fù)調(diào)節(jié)等;在細(xì)胞組分方面,hsa-miRNA-195-5p的靶基因主要富集于細(xì)胞質(zhì)、核質(zhì)以及胞液等;在分子功能方面,hsamiRNA-195-5p的靶基因主要富集于蛋白質(zhì)的結(jié)合功能、泛素蛋白連接酶活性以及ATP結(jié)合功能等(表2)。KEGG信號(hào)通路富集分析顯示,hsa-miRNA-195-5p的靶基因主要富集于調(diào)節(jié)干細(xì)胞多能性的信號(hào)通路、癌癥通路以及前列腺癌通路(表2)。

2.6 靶基因PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及核心基因

應(yīng)用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)hsa-miRNA-195-5p靶基因構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)圖,通過(guò)Cytoscape軟件將其可視化,利用CytoHubba插件計(jì)算PPI網(wǎng)絡(luò)中每個(gè)基因的節(jié)點(diǎn)度(degree),篩選PPI網(wǎng)絡(luò)中核心蛋白質(zhì)的編碼基因(核心基因)。選擇節(jié)點(diǎn)度≥10作為標(biāo)準(zhǔn),共選出6個(gè)核心基因,分別為POLR2A(degree=19)、MAPK3(degree=12)、MIB1(degree=12)、ASH1L(degree=11)、ACACA(degree=11)以及MAP3K3(degree=10)(圖 4)。

表2 hsa-miRNA-195-5p靶基因的GO功能與KEGG信號(hào)通路顯著性富集分析結(jié)果Table 2 Significantly enriched GO terms and KEGG pathways of target genes of hsa-miRNA-195-5p

2.7 核心基因的驗(yàn)證

GEPIA表達(dá)分析顯示,6個(gè)核心基因中,只有MAPK3 mRNA水平在LIHC組織中高于正常肝組織,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＜0.01,圖5)。HPA免疫組化分析顯示,相比正常肝組織,LIHC組織中MAPK3蛋白的表達(dá)水平增加(圖6)。Kaplan-Meier分析結(jié)果顯示,MAPK3 mRNA高表達(dá)的LIHC患者總生存時(shí)間低于MAPK3 mRNA低表達(dá)的LIHC患者組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＜0.001,圖7)。

3 討論

圖4 hsa-miRNA-195-5p靶基因PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及核心基因PPI網(wǎng)絡(luò)中核心基因的顏色由黃至紅,顏色越深代表該基因在整個(gè)PPI網(wǎng)絡(luò)中所起的作用越大。Fig.4 The PPI network constructed with the target and hub genes of hsa-miRNA-195-5pThese hub genes are shown in the PPI network with a color scheme from yellow(essential)to red(highly essential).

圖5 LIHC組織與正常肝組織中MAPK3 mRNA的表達(dá)差異LIHC樣本有369個(gè),標(biāo)記為紅色;正常樣本有160個(gè),標(biāo)記為灰色;*:P＜0.01。Fig.5 Difference of MAPK3 mRNA expression levels between LIHC and normal liver tissuesThere are 369 LIHC samples(marked in red)and 160 normal samples(marked in gray).*:P＜0.01.

LIHC的發(fā)生和發(fā)展被認(rèn)為是一個(gè)涉及多種基因和多種蛋白質(zhì)相互作用以及多種信號(hào)通路相互調(diào)節(jié)的復(fù)雜過(guò)程。miRNA是一類高度保守的非編碼RNA,通過(guò)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控抑制其靶基因表達(dá)而廣泛參與發(fā)育、生理和病理過(guò)程,如細(xì)胞分化、增殖、凋亡、侵襲和轉(zhuǎn)移[16]。新近證據(jù)表明miRNA在LIHC發(fā)生和發(fā)展中發(fā)揮關(guān)鍵作用[17]。miRNA-195-5p是miRNA-15家族的成員之一,因其在多種腫瘤中高度異常表達(dá),近年來(lái)越來(lái)越受到人們關(guān)注。Zheng等[18]報(bào)道,miRNA-195可通過(guò)靶向染色盒同源物4抑制HepG2細(xì)胞增殖。Xu等[19]報(bào)道,miRNA-195-5p在肝癌組織中的表達(dá)水平明顯低于配對(duì)的癌旁組織,其可通過(guò)靶向PHD鋅指蛋白19來(lái)抑制肝癌細(xì)胞的增殖、遷移和生長(zhǎng),并誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡。盡管已有上述研究報(bào)道了miRNA-195-5p表達(dá)下調(diào)對(duì)肝癌細(xì)胞惡性生物學(xué)行為的影響,但用于評(píng)估m(xù)iRNA-195-5p在肝癌和配對(duì)的正常組織中表達(dá)的樣本數(shù)相對(duì)較小,且miRNA-195-5p在肝癌中的調(diào)控機(jī)制還有待闡明。基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的LIHC miRNA-Seq數(shù)據(jù),本研究綜合薈萃分析了miRNA-195-5p在LIHC組織中的表達(dá)。相對(duì)于正常肝組織,miRNA-195-5p在LIHC組織中表達(dá)降低(圖1),這與Shi等[20]的研究相一致。在此基礎(chǔ)上,本研究通過(guò)Kaplan-Meier生存分析證實(shí),miRNA-195低表達(dá)的LIHC患者的總生存時(shí)間明顯低于miRNA-195高表達(dá)的LIHC患者(圖2)。這些結(jié)果提示miRNA-195-5p在LIHC的發(fā)生發(fā)展過(guò)程中起抑癌基因的作用,且其低表達(dá)可能導(dǎo)致LIHC患者不良預(yù)后,為進(jìn)一步深入研究miRNA-195-5p與肝癌之間的關(guān)系奠定了基礎(chǔ)。

圖6 HPA免疫組化分析LIHC組織與正常肝組織中MAPK3蛋白的表達(dá)差異Fig.6 Difference of MAPK3 protein expression between LIHC and normal liver tissues analyzed by the HPA database

圖7 MAPK3 mRNA表達(dá)量與LIHC患者預(yù)后的Kaplan-Meier總生存分析Fig.7 Kaplan-Meier overall survival analyses of MAPK3 mRNA expression level and prognosis in LIHC patients

為了進(jìn)一步分析miRNA-195-5p參與肝癌發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制,本研究利用生物信息學(xué)軟件構(gòu)建了hsa-miRNA-195-5p靶基因所編碼蛋白質(zhì)之間的相互作用網(wǎng)絡(luò),并探索其在肝癌中的潛在分子功能。因?yàn)閱蝹€(gè)miRNA可以通過(guò)靶向多個(gè)基因發(fā)揮其功能,所以我們將生物信息學(xué)預(yù)測(cè)得到的hsa-miRNA-195-5p靶基因與經(jīng)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)支持的hsa-miRNA-195-5p靶基因進(jìn)行了整合(圖3),這樣對(duì)hsa-miRNA-195-5p功能的研究會(huì)更加全面。通過(guò)對(duì)1 218個(gè)靶基因進(jìn)行GO功能富集和KEGG信號(hào)通路富集分析,產(chǎn)生了大量有用的信息。GO富集分析表明,hsa-miRNA-195-5p可能會(huì)通過(guò)參與蛋白質(zhì)磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)節(jié)、RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的負(fù)調(diào)節(jié)等生物學(xué)過(guò)程影響肝癌的發(fā)生、發(fā)展(表2)。KEGG信號(hào)通路富集分析揭示了hsa-miRNA-195-5p參與肝癌發(fā)病機(jī)制可能涉及多條信號(hào)途徑(表2),如癌癥通路,進(jìn)一步證明了hsa-miRNA-195-5p與肝癌的相關(guān)性。此外,本研究篩選出的6個(gè)核心基因(圖4)中,僅分裂原活化蛋白激酶基因MAPK3的mRNA(圖5)與蛋白質(zhì)(圖6)水平在LIHC組織中均顯著增加。Kaplan-Meier生存分析也顯示,MAPK3 mRNA高表達(dá)LIHC患者的總生存時(shí)間明顯低于MAPK3 mRNA低表達(dá)的LIHC患者(圖7)。MAPK3基因編碼的蛋白質(zhì)屬于MAP激酶家族,也稱為細(xì)胞外信號(hào)調(diào)節(jié)激酶(ERK),在MAPK/ERK級(jí)聯(lián)反應(yīng)中起到重要作用。MAPK/ERK信號(hào)通路通過(guò)調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄、翻譯以及細(xì)胞骨架重排介導(dǎo)多種生物學(xué)功能,例如增殖、分化和細(xì)胞周期進(jìn)程,在肝癌發(fā)生中起到至關(guān)重要的作用[21]。已有文獻(xiàn)報(bào)道,抑制MAPK/ERK信號(hào)通路是索拉非尼(Sorafenib)抗肝癌的重要機(jī)制之一[22]。理論上,miRNA-195-5p與MAPK3的3′-UTR存在結(jié)合關(guān)系(表3),MAPK3有可能是miRNA-195-5p在肝癌中的直接靶基因,但仍有待進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)證實(shí)。因此,我們推測(cè)miRNA-195-5p在腫瘤發(fā)生發(fā)展中的作用可能與其對(duì)PPI網(wǎng)絡(luò)中的核心蛋白質(zhì)MAPK3的調(diào)控有關(guān)。

本研究首次通過(guò)生物信息學(xué)挖掘了miRNA-195-5p在LIHC中的表達(dá)情況以及對(duì)預(yù)后的影響,并構(gòu)建了miRNA-195-5p的靶基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。這些生物信息學(xué)結(jié)果為miRNA-195-5p作為L(zhǎng)I-HC新的診斷指標(biāo)和治療的潛在靶點(diǎn)提供了依據(jù),也為今后研究miRNA-195-5p在肝癌發(fā)生發(fā)展中的作用提供了潛在的作用機(jī)制以及進(jìn)一步的研究思路。

表3 MAPK3基因3′-UTR與hsa-miRNA-195-5p的結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)Table 3 The 3′-UTR sequences of MAPK3 targeted by hsa-miRNA-195-5p