張冬梅 姜世勃 石正麗
摘 要:2019年12月,一種由新型冠狀病毒(2019-nCoV)引起的病毒性肺炎開始在武漢暴發(fā)流行。2020年2月11日,世界衛(wèi)生組織(WHO)將新型冠狀病毒肺炎命名為COVID-19(冠狀病毒病2019),國際病毒分類學委員會(ICTV)的冠狀病毒研究小組(CSG)建議把新型冠狀病毒命名為SARS-CoV-2(嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2),既沒有與疾病名稱一致,也沒有完全真實地顯示該病毒本身的特征,因而立即引發(fā)關注和爭議?;贑OVID-19的病原學、流行病學和臨床特征的基本信息,建議將新型冠狀病毒命名為“人類冠狀病毒2019”(human coronavirus 2019,簡稱HCoV-19)。文章回顧并評價了CSG的命名方法,指出他們使用基于基因序列信息進行病毒命名的方法并不合適,建議采用傳統(tǒng)的聯(lián)系疾病的病毒命名方法對具有明顯疾病特點的病毒如2019-nCoV進行命名。
關鍵詞:冠狀病毒;肺炎;2019新型冠狀病毒;人類冠狀病毒2019;冠狀病毒病2019
引 言
2019年12月在武漢出現(xiàn)的不明原因肺炎造成了中國乃至世界的恐慌。2020年1月初,中國幾個研究小組相繼發(fā)現(xiàn)該肺炎為一個全新的B亞群β屬冠狀病毒(β-B CoV)感染所致[1-3]。2020年1月12日,世界衛(wèi)生組織(WHO)將該病毒臨時命名為“2019新型冠狀病毒”(2019-nCoV)。
2020年2月11日,WHO將新型冠狀病毒肺炎命名為“冠狀病毒病2019” (coronavirus disease 2019,COVID-19)。就在同一天,國際病毒分類學委員會(ICTV)的冠狀病毒研究小組(CSG)在bioRxiv預印本網(wǎng)站上公開的一篇文章中將2019-nCoV命名為“嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2”(SARS-CoV-2),該文于2020年3月2日在Nature Microbiology 雜志上在線發(fā)表[4]。根據(jù)Science雜志2020年2月12日的報道,WHO并不接受這個名稱[5]。明尼蘇達大學傳染病研究與政策中心主任Mike Osterholm表示不會使用這個名稱,認為這個名稱不準確,它實際上把一種完全不同的疾?。⊿ARS)和COVID-19混淆了[5]。在WHO的文件中仍然使用“COVID-19病毒(the COVID-19 virus)”或“可導致COVID-19的病毒(the virus responsible for COVID-19)”[6]。Nature雜志在2020年2月13日報道了中國病毒學家對CSG將2019-nCoV 命名為SARS-CoV-2的關注[7]。針對SARS-CoV-2這個病毒名,中國病毒學界的學者并不認可,認為新型冠狀病毒應該有一個自己獨立的名稱[8]。
眾所周知,不同知識背景、不同工作經(jīng)歷、不同視野、不同洞察力和擁有不同信息的人通常對相同的一件事?lián)碛胁煌挠^點。學術爭議和辯論非常有益,本文作者認為新型冠狀病毒需要一個獨特的名字以取代SARS-CoV-2。為了充分討論這一議題,將首先回顧COVID-19疫情的基本情況,中國在該領域的科技實力和突出成果,然后描述、分析和評價CSG采用的命名方法。
一 COVID-19疫情的基本情況和中國在該領域的突出成果
在這次針對COVID-19的戰(zhàn)疫中,中國科學家以創(chuàng)紀錄的速度取得研究進展并及時與世界分享信息。2020年1月10日,復旦大學生物醫(yī)學研究院張永振教授領導的協(xié)作團隊完成了2019-nCoV基因組序列的工作,并將該基因組序列信息首次在virological.org網(wǎng)站公布。幾小時后,美國國家健康研究院(NIH)下屬的國家過敏和傳染病研究所(NIAID)主任Anthony S. Fauci召開高級別會議啟動針對2019-nCoV的疫苗研發(fā)工作,中國和美國的快速反應均以前所未有的速度與病毒賽跑[9]。中國石正麗研究員、譚文杰研究員和張永振研究員等學者領導的團隊第一時間分離出2019-nCoV病毒并進行了多株病毒的全基因組測序[1-3]。
石正麗研究團隊通過基因序列比對,發(fā)現(xiàn)2019-nCoV與2002—2003年的SARS-CoV相似度僅為79.6%,與蝙蝠來源的SL-CoV RaTG13則有96%的相似度;2019-nCoV與SARS-CoV一樣均通過血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2(ACE2)受體進入人體細胞,兩者的受體結合域有較高的相似性,因而推測新型冠狀病毒的最初來源很可能為蝙蝠[2]。
2019-nCoV與SARS-CoV和MERS-CoV一樣,同屬于β冠狀病毒屬。冠狀病毒是一類有包膜RNA病毒,目前已鑒定出7種人類冠狀病毒(HCoVs),包括HCoV-229E、HCoV-HKU1、HCoV-OC43、HCoV-NL63、SARS-CoV、MERS-CoV和2019-nCoV[1-2]。2019-nCoV所屬的冠狀病毒家族可引發(fā)從輕微的感冒到致命性肺炎的一系列呼吸系統(tǒng)疾病。COVID-19已被WHO定性為全球大流行[6]?;趥鞑ニ俣瓤?、疾病程度嚴重和對全球經(jīng)濟影響巨大,COVID-19這一威脅屬于百年一遇[10]。截至北京時間2020年3月22日15∶17,全球共有185個國家(地區(qū))出現(xiàn)COVID-19確診病例,累計確診病例306 223人,累計死亡12 979人。其中,中國確診患者累計81 501人,累計死亡3 267人。(數(shù)字來自鳳凰衛(wèi)視官網(wǎng):https://news.ifeng.com/c/special/7tPlDSzDgVk。)
2018年,WHO第一次提出“X疾病”(由一個未知的病原體引起大流行的傳染?。┑母拍睿⒑粲醣M快研發(fā)防控X疾病的疫苗和藥物時,姜世勃等人[11]認為第一個X疾病很可能是來自于蝙蝠的冠狀病毒所引起的高致病性傳染病,并著手開始研發(fā)廣譜抗冠狀病毒多肽融合抑制劑,用于預防和治療當時正在流行的中東呼吸綜合征冠狀病毒(MERS-CoV)及其他人類冠狀病毒的感染,以及將來新發(fā)與再現(xiàn)的高致病性冠狀病毒感染。他們以病毒表面刺突(S)蛋白S2亞單位內(nèi)氨基酸序列非常保守的HR1區(qū)域為靶標,成功地設計和研發(fā)出一個冠狀病毒的通用抑制劑多肽——EK1。EK1能抑制所有5個被測試的人類冠狀病毒感染及3個來自于蝙蝠的SARS相關冠狀病毒(SARSr-CoV)感染。此次新型冠狀病毒肺炎暴發(fā)之后,姜世勃等人第一時間呼吁研發(fā)安全有效的防治策略[12-13],并快速設計和檢測了衍生于新型冠狀病毒S蛋白HR2區(qū)域的多肽和優(yōu)化的EK1多肽——EK14C多肽,發(fā)現(xiàn)這兩個多肽能抑制新型冠狀病毒S蛋白介導的膜融合及新型冠狀病毒活病毒及假病毒的感染[14-15]。肖庚富、胡志紅、鐘武合作團隊使用體外活病毒感染系統(tǒng)很快篩選出5個具有抑制新型冠狀病毒潛力的美國食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)批準上市的藥物或進入臨床試驗II期的候選藥物,其中瑞德西韋(Remdesivir)和磷酸氯喹(chloroquine)EC50分別為0.77和1.13微摩爾,體外抑制效應較為顯著[16]。2020年3月20日,P. Gautret等人[17]報道了他們對氯喹治療新型冠狀病毒肺炎的臨床試驗結果。每個患者每天接受600毫克羥基氯喹,并根據(jù)臨床表現(xiàn),適時給予阿奇霉素。盡管樣本量很?。ü?6名患者),但結果提示羥基氯喹因治療與新型冠狀病毒肺炎患者體內(nèi)的病毒載量降低/消失明顯相關,與阿奇霉素聯(lián)合使用可顯著地提高其降低病毒載量的效果。
SARS和MERS患者的癥狀較重,且是在癥狀出現(xiàn)后才釋放大量病毒,這時患者已經(jīng)在尋求醫(yī)療服務,其人傳人主要發(fā)生在衛(wèi)生服務場所,致病性強而傳染性弱,故這兩個傳染病容易得到控制[10,18]。與前兩者相比,COVID-19致病性較弱但傳染性及傳染的隱蔽性較強,不僅有癥狀的患者能傳播病毒,而且無癥狀者(病毒攜帶者)或輕微癥狀但感知無癥狀者也能傳播病毒,1個感染者平均傳染2個人以上,有超級傳播者,傳染性強,致病性弱,難以控制,為疫情控制帶來極大挑戰(zhàn);危重病例和死亡病例大多數(shù)是老年人和患有基礎疾病的病例,COVID-19的病死率為1.4%[19-25]。基于中國現(xiàn)有在國際權威期刊發(fā)表的論文數(shù)據(jù),考慮到假定的無癥狀者或輕微癥狀者的數(shù)量是報道病例數(shù)的幾倍,美國NIAID主任Anthony S.Fauci、NIAID臨床研究和特殊項目副主任兼臨床研究部主任Lane H.Clifford、美國疾病控制和預防中心(CDC)主任Robert R.Redfield認為COVID-19的病死率低于1%,這提示在醫(yī)療資源有效應對的情況下,它的整個臨床結果最終可能更類似于一個嚴重的季節(jié)性流感(病死率約為0.1%)或大流行性流感(類似于1957年、1968年和2009年),而不是類似SARS(病死率為9%~10%)或MERS(病死率為36%)[26]。預計到2020年3月底中國能夠基本控制COVID-19疫情,中國戰(zhàn)疫很快成功是由于中國政府采取超強的防控行動、全國人民的奉獻支持、海內(nèi)外華人包括國際友人的齊心投入。2020年3月6日,Science雜志發(fā)文建議其他國家學習和借鑒中國的戰(zhàn)疫實踐,應對COVID-19全球大流行[27]。最近,歐洲呼吸學會向鐘南山院士請教和借鑒中國抗疫經(jīng)驗,意大利、西班牙整個國家也在借鑒武漢封城的中國實踐。預計更多的國家將會學習和借鑒中國戰(zhàn)疫富有成效的實踐經(jīng)驗。2020年3月13日,武漢大學中南醫(yī)院重癥監(jiān)護室主任彭志勇、中日友好醫(yī)院副院長曹彬、上海復旦大學附屬華山醫(yī)院感染科張文宏,通過線上視頻交流向美國頂級醫(yī)療專家和政界人士分享抗疫經(jīng)驗。所以,中國在COVID-19方面的豐碩研究成果,為世界及時貢獻了戰(zhàn)疫的知識和信息,能夠指導其他國家的戰(zhàn)疫實踐。
二 CSG采用的命名方法和對該方法的評價
2020年3月2日CSG在Nature Microbiology雜志介紹的命名方法[4],是根據(jù)基因組序列這一明確特征定義病毒的,命名原則基于病毒之間的種系關系和分類學(分析方法是聚類分析)。他們根據(jù)2019-nCoV基因組測序信息,分析了它的進化史,認定它不是一個新的病毒種類,而是與SARS-CoV基因接近,屬于同一個種類。但CSG在文章中也提到,從病毒新穎性上看,SARS-CoV-2與 SARS-CoV和MERS-CoV不同;又根據(jù)已有的流行病學、臨床表現(xiàn)、診斷方法方面的資料,指出SARS-CoV-2與SARS-CoV也明顯不同。CSG在文章中指出SARS-CoV-2雖然確實不是SARS-CoV的后代(見文中圖2),但這兩個病毒在基因上如此接近,以致它們的進化史和特征可以互相提供信息。
顯而易見,即便是基于CSG自己的描述,把2019-nCoV命名為SARS-CoV-2邏輯上也是說不通的。
第一,SARS-CoV和SARS-CoV-2在系統(tǒng)發(fā)生上是否屬于親緣關系應有客觀標準,從系統(tǒng)發(fā)生關系上,CSG的文中圖2顯示SARS-CoV-2與SARS-CoV既不是并列也不是后代關系。
第二,二者感染致病在流行病學、臨床表現(xiàn)、診斷方法等方面均不相同,病毒的命名應當對防控和臨床實踐提供指導,將2019-nCoV命名為SARS-CoV-2無助于防控和臨床實踐,甚至可能帶來不利的影響。
第三,在既沒有SARS-CoV-1命名的,也沒有其他冠狀病毒按照該編號命名的情況下,卻將新型冠狀病毒命名為SARS-CoV-2,隨意性較大,給人類冠狀病毒的命名體系帶來不必要的混亂。
第四,CSG中沒有中國大陸的專家,也沒有征求中國大陸從事冠狀病毒研究的專家特別是新型冠狀病毒發(fā)現(xiàn)者的意見,這也與慣例不符。
從CSG文中圖2可以看出,分析時納入的冠狀病毒種類數(shù)量少,這會影響聚類分析結果的可靠性。任何統(tǒng)計分析方法都有適用條件和局限性,統(tǒng)計分析是為專業(yè)服務的,脫離了醫(yī)學專業(yè)知識和常識的統(tǒng)計分析方法和結果沒有任何意義。
總之,我們認為,在已經(jīng)有可用的流行病學、臨床表現(xiàn)和總的臨床結果數(shù)據(jù)時,僅僅基于基因測序信息給新出現(xiàn)的病毒命名,這種方法值得商榷。
三 新型冠狀病毒需要一個獨特名字的充分理由
21世紀暴發(fā)了3次冠狀病毒感染疫情,分別是2002—2003年的SARS流行、2012年的MERS流行和2019—2020年的COVID-19全球大流行。SARS和COVID-19都首先在中國暴發(fā)流行,SARS在2003年夏季突然消失,至今沒有再出現(xiàn);COVID-19是否在夏季消失,目前尚不確定,有專家認為可能明年再度暴發(fā)或成為像季節(jié)性流感那樣的疾病[28]。SARS和COVID-19的流行病學特征、臨床表現(xiàn)和總的臨床結果完全不同,二者病毒的基因測序信息相似度只有79.6%。實際上,國際組織如WHO和Anthony S.Fauci、Lane H.Clifford、Robert R.Redfield、Kristiam G.Andersen、Mike Osterholm等知名學者在其文章中盡量不使用SARS-CoV-2[5-6,26]。WHO在官方文件中使用COVID-19 virus 或virus causing COVID-19,也有人使用中國學者建議的HCoV-19,全球流感數(shù)據(jù)共享組織(GISAID)網(wǎng)站已經(jīng)全部改用HCoV-19。
2020年2月5日,姜世勃等人發(fā)文建議將2019-nCoV命名為 “肺炎相關的呼吸道綜合征冠狀病毒”(pneumonia-associated respiratory syndrome coronavirus,簡稱PARS-CoV)[29]。2020年2月9日,姜世勃和石正麗建議將2019-nCoV改名為 “傳染性急性呼吸綜合征冠狀病毒”(transmissible acute respiratory syndrome coronavirus,簡稱TARS-CoV)[13]。2020年2月19日,姜世勃等7位中國病毒學專家(包括4位新型冠狀病毒的發(fā)現(xiàn)人)以“新型冠狀病毒需要一個截然不同的名字”為題目,在Lancet雜志上發(fā)文,強調(diào)基于特殊的臨床、病毒學和流行病學特征以及新型冠狀病毒的不確定性,為了避免誤導和困惑以及幫助科學家和公眾更好地溝通,建議將新型冠狀病毒命名為“人類冠狀病毒2019”(human coronavirus 2019,簡稱HCoV-19)[8]。這個名稱既可以將之與SARS-CoV相區(qū)別,又使其與WHO命名的疾病名稱COVID-19保持一致[6],同時,也與既往的HCoV-229E、HCoV-HKU1、HCoV-OC43和HCoV-NL63等長期在人間循環(huán)感染的人類冠狀病毒的命名習慣一脈相承。
CSG提出的病毒名目前還只是建議,最后的定名要等ICTV開會確定。建議中國的相關機構成立一個專家委員會來討論新型冠狀病毒的命名議題。中國專家達成共識后,寫一份正式的提議分別發(fā)給ICTV的有關專家和WHO。中國專家共識中應建議ICTV采用傳統(tǒng)的病毒命名方法,新出現(xiàn)病毒的命名應與該病毒引起的疾病相關聯(lián),因為目前已經(jīng)有較為充足的流行病學、臨床表現(xiàn)和總的臨床結果的數(shù)據(jù);也建議CSG今后將根據(jù)疾病和根據(jù)基因序列信息命名這兩種方法進行比較,探索出以基因測序信息命名的適用場景。比如,對不引起人類疾病而只有基因組信息的病毒,可以僅根據(jù)基因組信息命名。2013年WHO命名的MERS曾引發(fā)抗議,該疾病名及其病毒名MERS-CoV有地域性。為了避免不準確或污名化的命名,WHO在2015年推出全新的命名規(guī)則[30]。COVID-19是依據(jù)新規(guī)則命名的,CO表示corona,VI表示virus,D表示disease,19表示出現(xiàn)的年份。疾病名稱和對應的病原體名稱最好保持一致,便于記憶和交流。由于冠狀病毒種類較多,這種命名方式將為未來可能出現(xiàn)的新的冠狀病毒命名提供一種新的模式,這種模式命名因為不冒犯任何人和地區(qū)故不會引起爭議。病毒是全人類面臨的共同敵人,本文作者建議將引起COVID-19的病毒命名為“人類冠狀病毒2019”(human coronavirus 2019,簡稱HCoV-19)。
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