三角帆蚌育珠蚌群體生長性狀和轉(zhuǎn)錄組差異分析

張愛菊，張根芳，顧志敏，周志明

( 1.浙江省淡水水產(chǎn)研究所，中國水產(chǎn)科學(xué)研究院東海水產(chǎn)研究所浙江研究中心，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部淡水漁業(yè)健康養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，浙江省淡水水產(chǎn)遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，浙江 湖州 313001；2.金華職業(yè)技術(shù)學(xué)院，浙江 金華 321000 )

三角帆蚌(Hyriopsiscumingii)廣泛分布于長江、淮河等流域，是我國特有的河蚌資源，又是淡水珍珠養(yǎng)殖的優(yōu)良品種。然而, 由于現(xiàn)有的供片蚌和育珠蚌質(zhì)量參差不齊以及養(yǎng)殖群體種質(zhì)退化等問題日益突出，使得淡水珍珠產(chǎn)業(yè)可持續(xù)發(fā)展受到制約。因此，開展三角帆蚌的遺傳改良和品種選育對淡水珍珠產(chǎn)業(yè)有著極為重要的意義。迄今為止，國內(nèi)關(guān)于三角帆蚌不同地理種群間形態(tài)學(xué)及其育珠性狀的比較研究等方面已有較多報(bào)道[1-4]，均表明三角帆蚌不同地理種群的形態(tài)及育珠相關(guān)性狀差異明顯。然而，不同三角帆蚌育珠蚌選育群體形態(tài)及育珠相關(guān)性狀的差異分析尚未有報(bào)道。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平上研究基因表達(dá)情況的學(xué)科[5]，它將基因組學(xué)研究帶入了高速發(fā)展的嶄新時(shí)代[6]。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可用于分析不同組織或生理狀態(tài)下某些基因表達(dá)水平的差異，從而發(fā)掘與特定生理功能相關(guān)的未知基因，具有信噪比高、分辨率高、應(yīng)用范圍廣、價(jià)格低廉等優(yōu)勢。目前，用于第二代高通量測序的技術(shù)主要有3種：Roche公司的454測序、Illumina公司的Solexa測序以及ABI公司的SOLiD測序[7]。目前，軟體動(dòng)物中大多數(shù)研究主要集中于利用Roche-454測序或Illumina測序技術(shù)研究海洋物種的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[8-10]，而在淡水育珠貝類中，僅見利用Roche-454測序技術(shù)研究紫色和白色珍珠層三角帆蚌組織中轉(zhuǎn)錄組表達(dá)差異[11]和利用Illumina測序技術(shù)研究三角帆蚌組織總RNA轉(zhuǎn)錄組[12]的報(bào)道。

為探究3個(gè)已經(jīng)過2代選育無顯著形態(tài)學(xué)差異的三角帆蚌育珠蚌選育群體——鷹蚌、超長蚌和縱紋蚌群體幼蚌之間的差異，筆者運(yùn)用聚類分析、主成分分析兩種多元統(tǒng)計(jì)方法比較分析這3個(gè)群體幼蚌的生長性狀指標(biāo)，并利用Illumina測序技術(shù)比較鷹蚌和超長蚌群體肝胰腺組織轉(zhuǎn)錄組表達(dá)的差異情況，以期篩選出具有明顯生長優(yōu)勢、適合作為插核或插片的育珠蚌群體，為三角帆蚌優(yōu)良育珠品種的選育和育珠實(shí)踐提供科學(xué)指導(dǎo)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

以鷹蚌、超長蚌、縱紋蚌3個(gè)三角帆蚌幼蚌選育群體為研究對象，于2014年10月在同一養(yǎng)殖池塘中隨機(jī)抽取這3個(gè)選育群體各40只，暫養(yǎng)于試驗(yàn)池塘，2 d后進(jìn)行測量。取樣時(shí)，暫養(yǎng)池內(nèi)水溫23 ℃、pH 7.69、透明度30 cm、亞硝酸氮質(zhì)量濃度4.98 mg/L、氨氮質(zhì)量濃度1.38 mg/L。2015年3月再次于同一養(yǎng)殖池塘取樣，隨后暫養(yǎng)，方法同上所述。此時(shí)暫養(yǎng)池內(nèi)水溫10 ℃、pH 7.64、透明度30 cm、亞硝酸氮質(zhì)量濃度3.05 mg/L、氨氮質(zhì)量濃度1.16 mg/L。兩次取樣的幼蚌均為2014年春季同批繁殖，且均取自浙江金華威旺養(yǎng)殖新技術(shù)有限公司試驗(yàn)基地。3個(gè)群體均從良種場的自然養(yǎng)殖群體中通過家系選育的方法篩選而出，且已經(jīng)過2代選育。

1.2 生長性狀差異分析

1.2.1 數(shù)據(jù)測量

形態(tài)學(xué)測量參數(shù)為殼長、殼寬、殼高等11個(gè)可量性狀，采用游標(biāo)卡尺等測量工具(精確至0.01 mm)，測量方法參照文獻(xiàn)[1]的方法，測量部位與參數(shù)見圖1。測量性狀有：殼長(AB)、殼高(OH)、殼寬(WI)、全高(FG)，以及殼頂至前端長(OA)、殼頂至后端長(OB)、殼頂至鉸合部前緣長(OC)、殼頂至鉸合部后緣長(OD)、殼頂至殼頂上方突起長(OE)、帆狀頂點(diǎn)至前端長(FA)、帆狀頂點(diǎn)至后端長(FB)。質(zhì)量參數(shù)采用電子天平等工具測量(精確至0.1 g)，為濕質(zhì)量、殼質(zhì)量、內(nèi)臟團(tuán)質(zhì)量等3個(gè)參數(shù)。

圖1 形態(tài)學(xué)測量位點(diǎn)

1.2.2 數(shù)據(jù)計(jì)算

為消除蚌體規(guī)格大小對參數(shù)值的影響，將每只蚌的所有形態(tài)學(xué)參數(shù)分別除以殼長(AB)予以校正，得出10個(gè)形態(tài)學(xué)比例性狀。同時(shí)，參考文獻(xiàn)[4，13]的方法計(jì)算體質(zhì)量指數(shù)(IBW)、殼質(zhì)量指數(shù)(ISW)、肥滿度(CF)和殼寬指數(shù)(IST)。按下式計(jì)算每個(gè)選育群體的絕對生長率和相對生長率：

ρ1=(L2-L1)/t

ρ2=(L2-L1)/L1/t×100%

式中，ρ1為絕對生長率(cm/月或g/月)，ρ2為相對生長率(%/月)，L1為第一次采樣時(shí)殼長、殼寬、殼高或體質(zhì)量(cm或g)，L2為第二次采樣時(shí)殼長、殼寬、殼高或體質(zhì)量(cm或g)，t為采樣間隔月數(shù)(月)。

1.2.3 數(shù)據(jù)處理

應(yīng)用Excel 2007與SPSS 16.0軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)處理。數(shù)據(jù)表示為平均值±標(biāo)準(zhǔn)差，以P<0.05為差異顯著，P<0.01為差異極顯著。對10個(gè)形態(tài)學(xué)比例性狀參數(shù)與4個(gè)指數(shù)參數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。采用的多元統(tǒng)計(jì)方法主要為聚類分析、主成分分析。其中，聚類方法為歐式距離的最短系統(tǒng)聚類法[1,14]。

1.3 轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析

1.3.1 組織樣本獲取

形態(tài)學(xué)測量參數(shù)和質(zhì)量參數(shù)測量完成后，挑選2015年選取的批次中殼體完整、活力好的鷹蚌和超長蚌2個(gè)群體幼蚌各9只，清除其體表附著生物及污物，活體解剖，迅速取肝胰腺組織，用液氮速凍后分別放在對應(yīng)的群體凍存管中，存于-80 ℃冰箱中備用。

1.3.2 總RNA的提取

試驗(yàn)用槍頭在DEPC-H2O中過夜后高壓滅菌，置于100 ℃烘箱中烘干備用。采用TRIzol總RNA提取試劑(Invitrogen, USA) 分別提取2個(gè)選育群體肝胰腺樣本的總RNA。

1.3.3 轉(zhuǎn)錄組測序

參照文獻(xiàn)[12]的方法，由上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司提供測序服務(wù)。

1.3.4 測序數(shù)據(jù)處理及分析

Illumina HiseqTM2000測序得到的原始圖像數(shù)據(jù)處理參照文獻(xiàn)[12]的方法進(jìn)行質(zhì)控后，使用TopHat軟件分別將鷹蚌組和超長蚌組質(zhì)控后得到的clean reads與文獻(xiàn)[12]的de novo組裝結(jié)果比對和組裝。組裝好的結(jié)果按照文獻(xiàn)[12]的方法進(jìn)行功能注釋與功能分類。

根據(jù)每個(gè)基因/轉(zhuǎn)錄本在樣本中的FPKM值，分析差異表達(dá)分析。對篩選出的差異表達(dá)基因，使用EdgeR軟件對所有基因在各組樣本中的表達(dá)進(jìn)行差異顯著性分析，篩選標(biāo)準(zhǔn)為：FDR(False Discovery Rate)<0.05，并且︱logFC︱≥1。使用Goatools軟件進(jìn)行GO富集分析，使用KOBAS軟件進(jìn)行KEGG富集分析,滿足條件FDR<0.05所對應(yīng)的GO條目和KEGG代謝通路即為顯著富集的GO條目代謝通路和KEGG代謝通路。

2 結(jié) 果

2.1 3個(gè)選育群體間生長性狀比較

2.1.1 性狀參數(shù)比較

方差分析結(jié)果顯示，殼頂至鉸合部后緣長/殼長、殼頂至殼頂上方突起長/殼長在3個(gè)群體間均無顯著性差異(P>0.05)；鷹蚌群體的殼寬/殼長為(0.23±0.003)，顯著高于超長蚌的(0.20±0.018)和縱紋蚌的(0.21±0.003)(P<0.05)，超長蚌與縱紋蚌殼寬/殼長之間差異不顯著(P>0.05)；殼高/殼長、全高/殼長、殼頂至前端長/殼長、殼頂至后端長/殼長、殼頂至鉸合部前緣長/殼長、帆狀頂點(diǎn)至前端長/殼長在3個(gè)群體間差異顯著(P<0.05)，均呈現(xiàn)縱紋蚌>鷹蚌>超長蚌的趨勢；鷹蚌群體帆狀頂點(diǎn)至后端長/殼長顯著高于縱紋蚌和超長蚌(P<0.05)。綜合分析可知， 鷹蚌群體偏寬型，縱紋蚌次之；縱紋蚌群體偏高型，鷹蚌次之；超長蚌偏長型，鷹蚌次之。

分析結(jié)果顯示，殼質(zhì)量指數(shù)、殼寬指數(shù)、體質(zhì)量指數(shù)、肥滿度在3個(gè)群體間差異顯著(P<0.05)，鷹蚌群體的殼質(zhì)量指數(shù)(21.26±0.402)和體質(zhì)量指數(shù)(68.09±0.583)均低于超長蚌的(28.59±0.895，74.76±0.991)和縱紋蚌的(22.19±0.383，68.27±0.638)群體的(P>0.05)，而其殼寬指數(shù)(0.13±0.001)顯著高于超長蚌的(0.12±0.001)和縱紋蚌的(0.12±0.001)(P<0.05)，且其肥滿度(36.08±0.481)高于超長蚌的(33.76±0.577)和縱紋蚌的(32.15±0.527)群體(P>0.05)。故推測鷹蚌群體具有相對較肥滿的內(nèi)臟團(tuán)，且在殼寬生長上具有明顯優(yōu)勢，可能為更適合內(nèi)臟囊插核的三角帆蚌養(yǎng)殖群體。

2.1.2 聚類分析

對所有樣本14個(gè)參數(shù)進(jìn)行聚類分析得出(圖2)，鷹蚌群體與縱紋蚌群體首先聚在一起，表示鷹蚌與縱紋蚌的距離較短，在形態(tài)上可能更為接近。

圖2 3個(gè)三角帆蚌選育群體聚類分析

2.1.3 主成分分析

主成分分析結(jié)果顯示，只有前4個(gè)特征根大于1，因此SPSS只提取了前4個(gè)主成分。第一主成分的總方差貢獻(xiàn)率為28.2%，第二主成分為16.74%，第三主成分為16.68%，第四主成分為8.61%，貢獻(xiàn)率累積達(dá)到70.24%(表1)。4個(gè)主成分的累計(jì)貢獻(xiàn)率較高，基本可以反映不同選育群體之間的生長差異。由表1可見，主成分1在體質(zhì)量指數(shù)、殼質(zhì)量指數(shù)和殼高/殼長上有較大的載荷，主要從體質(zhì)量和殼高上反映形態(tài)和育珠性能；主成分2在殼寬指數(shù)、殼寬/殼長上有較大載荷，從殼寬方面反映形態(tài)和育珠性能。主成分3在帆狀頂點(diǎn)至前端長/殼長上有較大載荷，表現(xiàn)為三角帆蚌縱向的性狀方面；主成分4在全高/殼長、殼頂至后端長/殼長上有較大載荷，也主要表現(xiàn)為三角帆蚌縱向的性狀方面。

表1 4個(gè)主成分的載荷值和方差貢獻(xiàn)率

注：*表示載荷值>0.700.

3個(gè)育珠蚌選育群體第1、2主成分的散布情況見圖3。由圖3可見，3個(gè)群體均有較多的重疊區(qū)域，尤其是鷹蚌群體和縱紋蚌群體，進(jìn)一步驗(yàn)證其形態(tài)更為相近。

圖3 3個(gè)三角帆蚌選育群體第1、2主成分散布

2.1.4 生長速率比較

超長蚌群體和鷹蚌群體的殼長絕對生長率顯著高于縱紋蚌群體(P<0.05)，但鷹蚌群體和超長蚌群體之間差異不顯著(P>0.05)；鷹蚌群體的殼寬絕對生長率顯著高于其他2個(gè)群體(P<0.05)，而其殼高絕對生長率顯著高于縱紋蚌群體(P<0.05)，但與超長蚌群體差異不顯著(P>0.05)；鷹蚌群體和超長蚌群體的體質(zhì)量絕對生長率極顯著高于縱紋蚌群體(P<0.01)(圖4)。同時(shí)，3個(gè)選育群體的殼長、殼寬、殼高和體質(zhì)量的相對生長率呈現(xiàn)與對應(yīng)參數(shù)的絕對生長率相同的趨勢(圖5)。因此，綜合分析認(rèn)為，鷹蚌群體在殼寬和殼高生長上具有明顯優(yōu)勢，超長蚌群體在殼長生長方面具有明顯優(yōu)勢。

2.2 轉(zhuǎn)錄組差異分析

2.2.1 測序產(chǎn)量統(tǒng)計(jì)及質(zhì)量評價(jià)

測序共計(jì)獲得61.92×106條原始序列，堿基數(shù)達(dá)到62.5×108bp，近94.20%的序列測序質(zhì)量值均在Q20以上。質(zhì)控后獲得58.09×106條高質(zhì)量序列，堿基數(shù)56.79×108bp，近98.48%的序列測序質(zhì)量值均在Q20以上。

2.2.2 de novo 序列組裝結(jié)果

利用Trinity軟件進(jìn)行de novo拼接，將58.09×106條高質(zhì)量序列拼接成92 347條非冗余unigene。unigene長度為351～28 861 bp，平均長度1150.61 bp。

圖4 3個(gè)三角帆蚌選育群體的絕對生長率變化Tukey Test分析，柱狀圖上同個(gè)參數(shù)中不同小寫字母的表示群體組間差異顯著(P<0.05)，不同大寫字母的表示群體組間差異極顯著(P<0.01)，下同.

圖5 3個(gè)三角帆蚌選育群體的相對生長率變化

2.2.3 unigene功能注釋

利用GO數(shù)據(jù)庫，可以將基因通過GO功能分類，共有11 174條unigenes獲得了GO信息，歸為生物學(xué)過程，分子功能和細(xì)胞組件3個(gè)分支。細(xì)胞組件分支中，歸類到細(xì)胞組分和細(xì)胞條目的unigenes最多，均為5181條，分別占22.47%。其次為細(xì)胞器和細(xì)胞器組分，分別為3670條(15.92 %)和2168條(9.40%)；分子功能分支中，結(jié)合功能的unigenes最多，5772條(45.27%)，其次為催化活性(5262條，41.27%)和轉(zhuǎn)運(yùn)活性(494條，3.87%)；生物學(xué)過程分支中，歸為細(xì)胞生理過程的unigenes最多(17.78%)，代謝過程次之，占14.82%。

2.2.4 差異表達(dá)基因的篩選

鑒于鷹蚌群體和超長蚌群體明顯的殼體生長優(yōu)勢，主要對這兩個(gè)群體的轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)進(jìn)行闡述。以超長蚌每個(gè)基因在樣本中的FPKM值為對照，共篩選出差異表達(dá)unigenes 63 098條，其中顯著性差異表達(dá)基因388個(gè)。與超長蚌群體相比，鷹蚌群體中顯著上調(diào)的基因有244個(gè)，顯著下調(diào)的基因有144個(gè)，分析顯示，大部分基因與代謝、免疫功能等生物學(xué)過程相關(guān)。

2.2.5 GO功能富集分析

GO功能富集分析可以給出兩樣本間差異表達(dá)基因所參與的主要生物學(xué)過程。通過GO功能富集分析，共有3571個(gè)差異表達(dá)基因富集上了140個(gè)GO號，其中顯著富集的GO號80個(gè)，歸類到生物學(xué)過程類別的GO號41個(gè)，分子功能類別的GO號20個(gè)，歸類到細(xì)胞組分類別的GO號19個(gè)。分析結(jié)果顯示，顯著富集的GO條目主要參與各類物質(zhì)代謝過程的調(diào)節(jié)、生物合成過程的調(diào)節(jié)以及基因表達(dá)的調(diào)節(jié)等生物學(xué)過程。

2.2.6 KEGG通路富集分析

KEGG代謝通路富集分析可以給出兩樣本間差異表達(dá)基因所參與的最主要代謝通路。本次研究結(jié)果顯示，2個(gè)選育群體中的差異表達(dá)基因共富集上了241條通路，其中注釋到癌癥通路中差異表達(dá)基因最多，共有46個(gè)；其次為泛蛋白介導(dǎo)的蛋白酶解通路、HTLV-I感染通路和弓形蟲(Toxoplasmagondii)病通路，差異表達(dá)基因分別為45、40、38個(gè)。KEGG 通路富集分析結(jié)果顯示，共有2條顯著富集的通路，為半胱氨酸和蛋氨酸代謝通路和檸檬酸循環(huán)通路，注釋到前者通路中差異表達(dá)基因?yàn)?12個(gè)，而注釋到后者通路中差異表達(dá)基因?yàn)?3個(gè)。進(jìn)一步分析后得出，這2條顯著富集的通路分別屬于代謝通路中的氨基酸代謝和糖代謝通路。

3 討 論

3.1 3個(gè)群體幼蚌生長性狀差異比較分析

錢榮華等[1]利用多元分析方法對我國5大淡水湖的三角帆蚌進(jìn)行分析，從形態(tài)學(xué)上探討了地理種群間的差異；董志國等[2]運(yùn)用3種多元分析方法對3個(gè)地理種群雜交與自交后的9個(gè)群體的10個(gè)形態(tài)比例性狀進(jìn)行了比較研究；聞海波等[3-4]先后對長江和淮河兩個(gè)水系的三角帆蚌親本形態(tài)特征及3個(gè)地理種群三角帆蚌形態(tài)等性狀進(jìn)行了比較。這些研究均表明，三角帆蚌不同地理種群的形態(tài)及育珠相關(guān)性狀差異明顯。

本次試驗(yàn)的三角帆蚌是自洞庭湖、鄱陽湖等天然水域中引進(jìn)的親本，經(jīng)過兩代選育形成的3個(gè)不同家系的群體，在形態(tài)上既相似又有一定程度的差異，成熟鷹蚌個(gè)體腹緣具有鷹嘴狀凹刻，成熟超長蚌個(gè)體的殼長/殼高明顯大于鷹蚌和縱紋蚌，而縱紋蚌的成熟個(gè)體貝殼上則具有顯著的縱紋。但這3個(gè)群體的幼蚌則無類似明顯的形態(tài)學(xué)特征。為此，采用多元統(tǒng)計(jì)分析方法，對其生長性狀參數(shù)進(jìn)行了比較分析。聚類分析結(jié)果中，鷹蚌群體與縱紋蚌群體距離最短，形態(tài)更為接近，而超長蚌群體相對這2個(gè)群體形態(tài)差異較大。主成分散布圖進(jìn)一步驗(yàn)證了這一結(jié)果。通常，形態(tài)特征是由遺傳因子與環(huán)境因子共同作用的結(jié)果，本試驗(yàn)的3個(gè)三角帆蚌均采自同一地區(qū)的同一池塘，基本可以排除環(huán)境因子因素。究竟是什么遺傳因素導(dǎo)致這些群體之間形態(tài)的變異，以及這些群體之間的形態(tài)變異究竟多大程度地反應(yīng)在遺傳物質(zhì)與等位基因的變異上，還有待于進(jìn)一步的深入研究。

3.2 貝殼形態(tài)、生長性狀與選育

珍珠質(zhì)量除受養(yǎng)殖環(huán)境因子影響外[15]，還與多種因素相關(guān)，而其中育珠蚌親本選擇是一個(gè)重要因素。Wada[16]認(rèn)為，育珠蚌親本的選擇應(yīng)主要以珍珠層顏色、貝殼形態(tài)及生長等指標(biāo)為主。白志毅等[17]認(rèn)為，三角帆蚌選育應(yīng)以殼質(zhì)量(或體質(zhì)量)和殼寬為主要選育目標(biāo)，李夢軍等[18]群體選育結(jié)果也證明了這一觀點(diǎn)。由于本研究的目的是篩選出具有明顯生長優(yōu)勢、適合作為插核或插片的育珠蚌群體，不考慮珍珠顏色的選育，故認(rèn)為三角帆蚌親本選育應(yīng)以貝殼形態(tài)及生長等指標(biāo)為主。鑒于鷹蚌和超長蚌群體幼蚌較快的生長速率，主要考慮貝殼形態(tài)方面的因素。本研究對3個(gè)三角帆蚌選育群體幼蚌的貝殼形態(tài)測定與分析結(jié)果表明，鷹蚌幼蚌的殼寬指數(shù)和肥滿度均高于超長蚌和縱紋蚌，因此鷹蚌群體的育珠性能優(yōu)于其他2個(gè)群體，推斷其作為育珠蚌更適合內(nèi)臟囊插核，將有利于大顆粒優(yōu)質(zhì)有核珍珠的培育。同時(shí)，從貝殼形態(tài)上看，超長蚌為長扁型，在殼長生長方面具有明顯優(yōu)勢，作為育珠蚌更適合外套膜插片，可以增加插入的細(xì)胞小片數(shù)量，有利于無核珍珠的培育。

3.3 高通量測序技術(shù)與選育

近年來，運(yùn)用高通量測序技術(shù)輔助水產(chǎn)經(jīng)濟(jì)物種的遺傳選育工作在我國越來越受到重視。目前，對于三角帆蚌的轉(zhuǎn)錄水平研究主要采用cDNA文庫/EST測序技術(shù)[19]、cDNA文庫/抑制消減雜交技術(shù)[20]、cDNA文庫/Roche測序技術(shù)[11]、Illumina/Solexa測序技術(shù)[12]，但這些研究主要集中于三角帆蚌整體水平或者珍珠顏色選育等方面，而關(guān)于有核珍珠/無核珍珠育珠蚌選育方面的研究略有匱乏。

目前，軟體動(dòng)物外套膜轉(zhuǎn)錄組高通量測序的研究較多，且主要用于生物礦化分析[8,11]。然而，鑒于本研究的目的以及鷹蚌和超長蚌各自的殼體生長優(yōu)勢，同時(shí)考慮肝胰腺在軟體動(dòng)物眾多生命大分子的合成及分解代謝等方面的重要功能[21]，很大程度上影響其生長發(fā)育等因素，本研究進(jìn)一步應(yīng)用高通量測序技術(shù)對同齡鷹蚌和超長蚌2個(gè)選育群體的幼蚌肝胰腺轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行深度測序。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，篩選出差異表達(dá)unigenes 63 098條，其中顯著性差異表達(dá)基因388個(gè)，顯著富集的GO條目主要參與各類物質(zhì)代謝過程的調(diào)節(jié)、生物合成過程的調(diào)節(jié)以及基因表達(dá)的調(diào)節(jié)等生物學(xué)過程，顯著富集的KEGG通路為半胱氨酸和蛋氨酸代謝通路和檸檬酸循環(huán)通路，均屬于代謝通路。故推測這2條代謝通路及其中的差異表達(dá)基因可能是造成鷹蚌和超長蚌2個(gè)選育群體生長性能差距的主要遺傳因素。

以上測序結(jié)果和分析為三角帆蚌的遺傳育種提供了豐富的分子生物學(xué)信息，有利于今后的家系選育工作。然而，這些結(jié)果僅是在轉(zhuǎn)錄組水平生物信息學(xué)分析上的一種推測，今后仍需進(jìn)一步進(jìn)行驗(yàn)證。