王宇晨 曲春浦 劉關(guān)君
摘要:【目的】鑒定楊樹(shù)天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶(ASPAT)基因家族成員,并檢測(cè)其組織表達(dá)特異性,為研究ASPAT在楊樹(shù)初級(jí)氮素同化中的生物學(xué)功能提供參考依據(jù)?!痉椒ā繌臈顦?shù)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選鑒定ASPAT基因家族成員,利用生物信息學(xué)軟件分析各基因家族成員序列和基因結(jié)構(gòu)及編碼蛋白的理化性質(zhì)、亞細(xì)胞定位和保守基序等,并利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)正常施氮處理(1 mmol/L NH4NO3)下其在楊樹(shù)根、莖和葉中的組織表達(dá)特異性?!窘Y(jié)果】從楊樹(shù)基因組中共鑒定出9個(gè)ASPAT基因家族成員,包括7個(gè)真核型ASPAT(AAT)基因(PtASPAT1~PtASPAT7)和2個(gè)原核型ASPAT(PAT)基因(PtASPAT8~PtASPAT9),編碼區(qū)(CDS)序列長(zhǎng)度1215~1791 bp,編碼的氨基酸數(shù)目304~480個(gè),外顯子數(shù)7~14個(gè),編碼蛋白的等電點(diǎn)5.66~8.99,相對(duì)分子質(zhì)量33.11~53.31 kD,脂融指數(shù)76.36~93.54,分別定位于葉綠體、線(xiàn)粒體和胞質(zhì)中,除PtASPAT6和PtASPAT7為不穩(wěn)定蛋白,其他均為穩(wěn)定蛋白。擬南芥和楊樹(shù)的ASPAT蛋白可聚為兩大類(lèi),Ⅰ類(lèi)為AAT蛋白,包括PtASPAT1~PtASPAT7和AtASPAT1~AtASPAT5;Ⅱ類(lèi)為PAT蛋白,包括PtASPAT8、PtASPAT9和擬南芥PAT(AtPAT)。PtASPAT1~PtASPAT6均含有5個(gè)保守基序,PtASPAT7缺少2個(gè)保守基序,PtASPAT8和PtASPAT9均僅含有1個(gè)與AtPAT相同的保守基序。9個(gè)楊樹(shù)ASPAT蛋白均含有磷酸吡哆醛結(jié)合位點(diǎn)(SGTHNYSSK)、同源二聚體多肽結(jié)合位點(diǎn)(GAVAER)和催化殘留活性位點(diǎn)(K)。正常氮素處理下,PtASPAT1基因在楊樹(shù)根、莖和葉中表達(dá)量無(wú)明顯差異;PtASPAT2~PtASPAT9基因在根部的表達(dá)量較在莖和葉中的高,尤其是PtASPAT4和PtASPAT8基因表達(dá)量較高?!窘Y(jié)論】楊樹(shù)ASPAT基因家族成員主要在根部表達(dá),尤其是PtASPAT4和PtASPAT8基因在楊樹(shù)根部的初級(jí)氮素同化中發(fā)揮重要作用。
關(guān)鍵詞: 楊樹(shù);天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶(ASPAT);基因家族;生物信息學(xué);基因表達(dá)
中圖分類(lèi)號(hào): S792.119? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A 文章編號(hào):2095-1191(2019)03-0506-09
0 引言
【研究意義】氮素是植物生長(zhǎng)發(fā)育必不可少的元素之一,是生物大分子如蛋白質(zhì)、核酸及生長(zhǎng)激素等的重要組分(于妍等,2008;趙會(huì)杰等,2017;杜亞琳等,2018)。我國(guó)北方土地干旱、貧瘠,影響著當(dāng)?shù)亓帜炯稗r(nóng)作物的生長(zhǎng)發(fā)育,嚴(yán)重制約著生態(tài)重建和木材供求,目前多采用增施氮肥的方法促進(jìn)其生長(zhǎng),但易對(duì)環(huán)境造成不利影響(馬文奇等,2006;劉寶林等,2017;李源等,2019)。因此,如何平衡二者關(guān)系一直是土壤肥料學(xué)科的研究熱點(diǎn)。與合理施加氮肥相比,采用分子手段改造植物的氮素利用效率,更加省時(shí)省力。天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶(ASPAT)作為初級(jí)氮素同化的關(guān)鍵酶,可提高植物氮素利用效率(劉瑞響等,2012;梁成剛等,2013;劉紅江等,2017)。本研究對(duì)楊樹(shù)(Populus tomentosa)ASPAT基因家族進(jìn)行鑒定,明確其生物學(xué)功能及表達(dá)特性,對(duì)提高楊樹(shù)乃至我國(guó)北方林木的氮素利用率具有重要意義?!厩叭搜芯窟M(jìn)展】天冬氨酸是多種氨基酸及衍生代謝物生物合成的前體,是生命有機(jī)體重要的組成成分,由ASPAT催化轉(zhuǎn)氨基反應(yīng)而合成(Wilkie et al.,1996)。植物質(zhì)體中包含兩種ASPAT,即真核型ASPAT(AAT)和原核型ASPAT(PAT)(Robinson et al.,1994;Schultz and Coruzzi,1995)。與AAT相比,PAT不僅具有ASPAT活性,還具有預(yù)苯酸轉(zhuǎn)氨酶活性(de la Torre et al.,2014)。擬南芥(Arabidopsis thaliana)作為模式植物,其ASPAT基因家族較小,僅含有5種AAT和1種PAT(de la Torre et al.,2006)。其中,ASPAT2和ASPAT4基因在細(xì)胞溶質(zhì)中發(fā)揮功能;ASPAT3和ASPAT5基因在葉綠體中行使功能;ASPAT1則在線(xiàn)粒體行使功能(Schultz and Coruzzi,1995);擬南芥PAT基因與上述5種AAT基因的序列相似度較低,但與藍(lán)細(xì)菌PAT基因序列相似度較高(de la Torre et al.,2006)。有研究表明,PAT與發(fā)育中的葉綠體蛋白積累密切相關(guān)(Graindorge et al.,2014),已從高等植物如發(fā)豆、番茄和羽扇豆等中成功克隆并鑒定(Martins et al.,2002;Miesak and Coruzzi,2002;Silvente et al.,2003)。Sentoku等(2000)研究發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)ASPAT基因煙草的線(xiàn)粒體或胞質(zhì)中ASPAT基因過(guò)表達(dá),其ASPAT活性比野生型煙草高3倍,且磷酸烯醇丙酮酸羧化酶基因(PEPC)轉(zhuǎn)錄水平明顯上調(diào)。Miesak和Coruzzi(2002)研究發(fā)現(xiàn),擬南芥胞質(zhì)ASPAT2基因參與種子天冬氨酸和天冬酰胺的合成。Zhou等(2009)研究發(fā)現(xiàn),水稻葉綠體或胞質(zhì)過(guò)表達(dá)ASPAT基因時(shí)其種子中的總游離氨基酸含量明顯增加。【本研究切入點(diǎn)】目前,在擬南芥、煙草和水稻等植物中ASPAT基因已被深入研究。與這些材料相比,楊樹(shù)具有生長(zhǎng)迅速、環(huán)境適應(yīng)性強(qiáng)、易無(wú)性繁殖和多年生長(zhǎng)等特點(diǎn),可用于長(zhǎng)期研究目的基因在不同生長(zhǎng)周期或不同環(huán)境條件下的生物學(xué)功能,但至今鮮見(jiàn)有關(guān)楊樹(shù)ASPAT基因家族鑒定及表達(dá)分析的研究報(bào)道?!緮M解決的關(guān)鍵問(wèn)題】根據(jù)擬南芥ASPAT蛋白氨基酸序列,在楊樹(shù)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(Phytozome 13.0)進(jìn)行同源蛋白BLASTp比對(duì)分析,獲得楊樹(shù)ASPAT基因家族候選成員。利用生物信息學(xué)軟件分析各成員序列和基因結(jié)構(gòu)及編碼蛋白的理化性質(zhì)、亞細(xì)胞定位和保守基序等,并利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)正常施氮處理下各基因的組織表達(dá)特異性,為深入研究ASPAT在楊樹(shù)初級(jí)氮素同化中的生物學(xué)功能提供理論依據(jù)。
1 材料與方法
1. 1 試驗(yàn)材料
供試材料為1年生小黑楊(P. simonii Carr.×P. nigra L.)莖段插穗,來(lái)源于東北林業(yè)大學(xué)林木遺傳育種國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。主要試劑:植物總RNA提取試劑盒購(gòu)自上海恪敏生物科技有限公司;反轉(zhuǎn)錄試劑盒(PrimeScriptTM RT reagent Kit with gDNA Eraser)購(gòu)自TaKaRa公司;實(shí)時(shí)熒光定量PCR試劑盒購(gòu)自北京康為世紀(jì)生物科技有限公司。主要設(shè)備儀器:7500型熒光定量PCR儀(ABI,美國(guó))。
1. 2 樣品處理
將冷凍保存的1年生小黑楊莖段插穗(莖粗0.8~1.0 cm)進(jìn)行扦插。1個(gè)月后對(duì)扦插苗進(jìn)行截頂,長(zhǎng)度為4~5個(gè)節(jié)間,約15 cm。每個(gè)幼苗保留2~3片嫩葉,清水培養(yǎng)至生根,移栽至蛭石中,以1 mmol/L硝酸銨(NH4NO3)作為唯一氮源,添加至不含氮素的LA營(yíng)養(yǎng)液,每3 d澆200 mL LA營(yíng)養(yǎng)液。處理至16 d,采集幼苗的根、莖和葉,每3株按組織混樣,用錫紙進(jìn)行包裹,液氮冷凍于-80 ℃保存。
1. 3 楊樹(shù)ASPAT基因家族成員搜索及鑒定
從擬南芥全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(TAIR)下載獲得6個(gè)擬南芥ASPAT蛋白氨基酸序列,并在Phytozome 13.0數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行BLASTp比對(duì),獲得楊樹(shù)ASPAT基因家族候選成員。利用Pfam和SMART對(duì)候選基因進(jìn)行進(jìn)一步確認(rèn),以獲得楊樹(shù)ASPAT基因家族的染色體位置、編碼區(qū)序列(CDS)及編碼蛋白的氨基酸序列等信息。
1. 4 生物信息學(xué)分析
利用ExPASy ProtParam分析楊樹(shù)ASPAT的分子量和等電點(diǎn);運(yùn)用Plant-mPloc對(duì)楊樹(shù)ASPAT進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè);利用GSDS繪制楊樹(shù)ASPAT基因結(jié)構(gòu)圖,分析其外顯子和內(nèi)含子結(jié)構(gòu);利用MEME對(duì)楊樹(shù)ASPAT蛋白的保守基序進(jìn)行預(yù)測(cè),參數(shù)預(yù)測(cè)數(shù)目設(shè)為5,長(zhǎng)度設(shè)為6~50,其他參數(shù)均為默認(rèn)設(shè)置。利用ClustalX 1.83將6個(gè)擬南芥ASPAT蛋白與楊樹(shù)ASPAT蛋白進(jìn)行同源比對(duì),并采用MEGA 5.0的相鄰連接法(Neighbor-Joining,NJ)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù),校驗(yàn)參數(shù)BootStrap重復(fù)為1000次,其他參數(shù)均為默認(rèn)值。運(yùn)用SOPMA預(yù)測(cè)楊樹(shù)ASPAT蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu);對(duì)楊樹(shù)AAT與擬南芥AAT進(jìn)行氨基酸序列比對(duì),并從NCBI上下載多個(gè)物種的PAT蛋白氨基酸序列進(jìn)行比對(duì)分析。
1. 5 組織表達(dá)特異性檢測(cè)
采用植物總RNA提取試劑盒提取楊樹(shù)樣品的總RNA,用反轉(zhuǎn)錄試劑盒反轉(zhuǎn)錄合成cDNA。采用Primer 5.0設(shè)計(jì)定量引物(表1),由哈爾濱市新?;蛴邢薰竞铣伞?shí)時(shí)熒光定量PCR試劑盒檢測(cè)楊樹(shù)ASPAT基因家族成員在楊樹(shù)根、莖和葉的表達(dá)情況,以PtActin2為內(nèi)參基因。反應(yīng)體系20.0 μL:SYBR Mixture 10.0 μL,cDNA模板2.0 μL,上、下游游引物各0.8 μL,ddH2O補(bǔ)足至20.0 μL。擴(kuò)增程序:95 ℃預(yù)變性10 min;95 ℃ 15 s,60 ℃ 1 min,共進(jìn)行40個(gè)循環(huán);95 ℃ 15 s,60 ℃ 1 min;95 ℃ 15 s;60 ℃ 15 s。每個(gè)樣品設(shè)3次重復(fù),重復(fù)數(shù)據(jù)采用2-ΔΔCt方法進(jìn)行計(jì)算相對(duì)表達(dá)量。
1. 6 統(tǒng)計(jì)分析
試驗(yàn)數(shù)據(jù)采用Excel 2017進(jìn)行整理及制圖。
2 結(jié)果與分析
2. 1 楊樹(shù)ASPAT基因家族鑒定及編碼蛋白的氨基酸序列分析結(jié)果
由表2和表3可知,從楊樹(shù)基因組中共鑒定到9個(gè)ASPAT基因家族成員,CDS序列長(zhǎng)度為1215~1791 bp,編碼的氨基酸數(shù)目304~480個(gè),理論等電點(diǎn)5.66~8.99,相對(duì)分子質(zhì)量33.11~53.31 kD,脂融指數(shù)76.36~93.54。除了PtASPAT6和PtASPAT7蛋白為不穩(wěn)定蛋白,其他均為穩(wěn)定蛋白。9個(gè)ASPAT基因家族成員分布于第5、6、7、14、16和18號(hào)染色體,其中,PtASPAT9位于第5號(hào)染色體,PtASPAT1、PtASPAT2和PtASPAT5位于第6號(hào)染色體,PtASPAT8位于第7號(hào)染色體,PtASPAT6位于第14號(hào)染色體,PtASPAT7位于第16號(hào)染色體,PtASPAT3和PtASPAT4位于第18號(hào)染色體。PtASPAT1和PtASPAT3定位于葉綠體和線(xiàn)粒體,PtASPAT4、PtASPAT5、PtASPAT8和PtASPAT9定位于葉綠體,PtASPAT2和PtASPAT6定位于線(xiàn)粒體,PtASPAT7定位于細(xì)胞質(zhì)??缒そY(jié)構(gòu)域數(shù)目為1~13,其中,PtASPAT9只有1個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域,PtASPAT3有13個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域。PtASPAT3和PtASPAT7疏水性分值(GARVY)分別為0.050和0.053,推測(cè)為疏水性蛋白,其余蛋白為親水性蛋白。
由表4可知,9個(gè)楊樹(shù)ASPAT蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)主要以α-螺旋、無(wú)規(guī)則卷曲和延伸鏈結(jié)構(gòu)為主,β-轉(zhuǎn)角所占比例均較小。其中PtASPAT1、PtASPAT2、PtASPAT3、PtASPAT4、PtASPAT5、PtASPAT6和PtASPAT7均以α-螺旋結(jié)構(gòu)所占比例最大,為37.59%~46.78%,其次為無(wú)規(guī)則卷曲結(jié)構(gòu),占30.26%~35.82%;PtASPAT8和PtASPAT9則以無(wú)規(guī)則卷曲所占比例最大,分別為37.80%和38.75%,其次為α-螺旋結(jié)構(gòu),分別為35.39%和38.12%。
2. 2 系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建結(jié)果
采用MEGA5.0的相鄰連接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù)。擬南芥和楊樹(shù)的ASPAT蛋白可聚為兩大類(lèi),Ⅰ類(lèi)為AAT蛋白,包括PtASPAT1~PtASPAT7和AtASPAT1~AtASPAT5;Ⅱ類(lèi)為PAT蛋白,包括PtASPAT8、PtASPAT9和擬南芥PAT(AtPAT),PtASPAT8與PtASPAT9氨基酸序列相似度高達(dá)90%。由此推測(cè),PtASPAT8和PtASPAT9為PAT,其他7個(gè)PtASPAT為AAT。
2. 3 楊樹(shù)ASPAT基因家族成員基因結(jié)構(gòu)分析結(jié)果
PtASPAT1和PtASPAT3均含10個(gè)內(nèi)含子和11個(gè)外顯子,PtASPAT2、PtASPAT6和PtASPAT9均含9個(gè)內(nèi)含子和10個(gè)外顯子,PATSPAT5含13個(gè)內(nèi)含子和14個(gè)外顯子,PtASPAT4含11個(gè)內(nèi)含子和12個(gè)外顯子,PtASPAT7含8個(gè)內(nèi)含子和9個(gè)外顯子;PtASPAT8含7個(gè)內(nèi)含子和7個(gè)外顯子。
2. 4 楊樹(shù)ASPAT蛋白的保守基序及序列比對(duì)分析結(jié)果
楊樹(shù)ASPAT蛋白共有5個(gè)保守基序,其中PtASPAT1~PtASPAT6與AtASPAT1~AtASPAT5一致,均含有5個(gè)保守基序,PtASPAT7缺少2個(gè)保守基序。PtASPAT8和PtASPAT9與AtPAT一致,僅含有1個(gè)相同的保守基序,進(jìn)一步證實(shí)PtASPAT8和PtASPAT9為PAT。
楊樹(shù)AAT蛋白(PtASPAT1、PtASPAT2、PtASPAT3、PtASPAT4、PtASPAT5、PtASPAT6和PtASPAT7)含有磷酸吡哆醛結(jié)合位點(diǎn)(SGTHNYSSK)、同源二聚體多肽結(jié)合位點(diǎn)(GAVAER)及催化殘留活性位點(diǎn)(K)。從NCBI下載多個(gè)物種的PAT蛋白氨基酸序列,并與楊樹(shù)PAT蛋白(PtASPAT8和PtASPAT9)進(jìn)行比對(duì)分析。PtASPAT8和PtASPAT9含有磷酸吡哆醛結(jié)合位點(diǎn)(SGTHNYSSK)、同源二聚體多肽結(jié)合位點(diǎn)(GAVAER)及催化殘留活性位點(diǎn)(K),與植物乳酸桿菌(Lactobacillus plantarum)、大腸桿菌(Escherichia coli str. K-12 sub)、短藥野生稻(Oryza brachyantha)和擬南芥(A. thaliana)的PAT蛋白氨基酸序列的相似度為36%~77%,其中與AtPAT相似度最高,為77%,與植物乳酸桿菌PAT蛋白相似度最低,為36%。
2. 5 楊樹(shù)ASPAT基因家族的組織表達(dá)特異性檢測(cè)結(jié)果
正常氮素處理下,PtASPAT1基因在楊樹(shù)根、莖和葉中的相對(duì)表達(dá)量無(wú)明顯差異;PtASPAT2~PtASPAT9在根部的相對(duì)表達(dá)量較在莖和葉中的高,其中PtASPAT4基因在根部的相對(duì)表達(dá)量最高,是其他基因的3~23倍,其次是PtASPAT8基因,推測(cè)在楊樹(shù)根部主要由PtASPAT4和PtASPAT8催化合成天冬氨酸。
3 討論
植物氮利用效率可從兩方面得到提高:一是增加土壤的施氮肥量,精準(zhǔn)施肥;二是提高植物本身吸收和利用氮的能力。近年來(lái)研究發(fā)現(xiàn),不同物種或品種間總吸氮量及在不同發(fā)育時(shí)期對(duì)氮的吸收、轉(zhuǎn)化和同化能力均存在明顯差異,因此,提高氮利用效率關(guān)鍵在于提高植物本身吸收和利用氮的能力(Krouk et al.,2010;Teng et al.,2017)。Murooka等(2002)研究發(fā)現(xiàn),擬南芥過(guò)表達(dá)天冬酰胺合成酶基因(AS2)可增強(qiáng)植株谷氨酰胺的積累量。Cai等(2009)研究發(fā)現(xiàn),過(guò)表達(dá)谷氨酰胺合成酶基因(GS1.1)使水稻產(chǎn)量明顯增加,過(guò)表達(dá)GS1.2基因使水稻的氮素利用效率明顯提高,且蛋白含量也有所增加。Sentoku等(2000)、Igarashi等(2009)研究表明,擬南芥和煙草過(guò)表達(dá)ASPAT基因時(shí)植株中的天冬氨酸含量均有所增加。周瑩(2009)研究發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)ASPAT1、ASPAT2和PAT基因的水稻植株過(guò)表達(dá)這3個(gè)基因時(shí)均可提高種子的氨基酸和蛋白含量。
本研究從楊樹(shù)基因組庫(kù)中共鑒定出9個(gè)PtASPAT基因,其中7個(gè)編碼AAT蛋白,2個(gè)編碼PAT蛋白,分別定位于葉綠體、線(xiàn)粒體和胞質(zhì)中。但I(xiàn)reland和Joy(1983)研究發(fā)現(xiàn),植物中僅存在一種PAT。本研究結(jié)果顯示,楊樹(shù)的7個(gè)AAT蛋白和2個(gè)PAT蛋白均含有磷酸吡哆醛結(jié)合位點(diǎn)(SGTHNYSSK)、同源二聚體多肽結(jié)合位點(diǎn)(GAVAER)及催化殘留活性位點(diǎn)(K),但數(shù)量和位置存在明顯差異,其原因可能是AAT和PAT單體均包含質(zhì)體靶向的N-末端信號(hào)肽,但二者對(duì)磷酸酯底物的識(shí)別、結(jié)合底物的穩(wěn)定性及最佳結(jié)合方向均不同(Morino et al.,2004)。目前,對(duì)所結(jié)合底物的研究還不是很全面(Wilkie et al.,1996;de la Torre et al.,2009)。本研究的組織特異性表達(dá)檢測(cè)結(jié)果顯示,除PtASPAT1基因在楊樹(shù)根、莖和葉中的表達(dá)量無(wú)明顯差異外,其他8個(gè)PtASPAT基因在根部的表達(dá)量均高于在葉和莖中的表達(dá)量,尤其是PtASPAT4和PtASPAT8基因,其原因是植物NH4+的同化過(guò)程主要發(fā)生在根部,谷氨酰胺合成酶/谷氨酸合成酶(GS/GOGAT)循環(huán)將NH4+同化成谷氨酰胺和谷氨酸,再經(jīng)由ASPAT催化轉(zhuǎn)氨基反應(yīng),最終合成天冬氨酸,推測(cè)PtASPAT4和PtASPAT8基因在該過(guò)程發(fā)揮重要作用。今后應(yīng)深入研究PtASPAT4和PtASPAT8基因在氮素同化機(jī)制的調(diào)控機(jī)制,以提高楊樹(shù)根部氮素利用效率。
4 結(jié)論
楊樹(shù)ASPAT基因家族成員主要在根部表達(dá),尤其是PtASPAT4和PtASPAT8基因在楊樹(shù)根部的初級(jí)氮素同化中發(fā)揮重要作用。
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(責(zé)任編輯 陳 燕)