郝俊杰,李 楊
(成都中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院,成都 611137)
甘草麻黃湯出自張仲景《金匱要略》,由甘草和麻黃兩味藥組成,主治“里水,一身面目黃腫”。麻黃和甘草配伍具有利水消腫的功效,在麻黃湯、葛根湯、越婢湯、麻杏石甘湯等中醫(yī)名方中廣泛使用。麻黃-甘草在臨床使用過(guò)程中逐漸形成常用的相對(duì)固定的配伍形式,即“藥對(duì)”〔1-3〕。麻黃-甘草藥對(duì)對(duì)水腫的治療作用及其相關(guān)的利尿作用已有文獻(xiàn)報(bào)道,但其藥效成分和療效機(jī)制尚待進(jìn)一步研究。
中藥治療疾病是多成分、多途徑、多靶點(diǎn)、協(xié)同作用的結(jié)果,采用系統(tǒng)生物學(xué)等技術(shù)方法可以全面、準(zhǔn)確把握中藥治療疾病的整體特征。2007年Hopkins等提出了“網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)”的概念,通過(guò)分析藥物對(duì)疾病網(wǎng)絡(luò)的干預(yù),構(gòu)建“藥物-靶點(diǎn)-疾病”的作用網(wǎng)絡(luò),為藥物研發(fā)及中藥作用分析提供了新的策略〔4-5〕。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)來(lái)預(yù)測(cè)中藥配伍作用機(jī)制具有天然的優(yōu)勢(shì),近年來(lái)利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)對(duì)中藥及其配伍的作用機(jī)制進(jìn)行了大量的預(yù)測(cè)研究〔6-7〕。因此,本研究運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究方法構(gòu)建麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的“疾病-基因-藥物”網(wǎng)絡(luò),并預(yù)測(cè)其分子機(jī)制,揭示其治療水腫的作用靶點(diǎn)和生物學(xué)信號(hào)通路,為后續(xù)的分子生物學(xué)驗(yàn)證找到切入點(diǎn),為藥物開(kāi)發(fā)和臨床拓展應(yīng)用提供依據(jù)。
1.1 藥物靶蛋白和疾病基因的查找 通過(guò)中藥臺(tái)灣數(shù)據(jù)庫(kù)(TDT,http:∕∕tcm.cmu.edu.tw∕)和中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺(tái)TCMSP(http:∕∕lsp.nwu.edu.cn∕tcmsp.php)獲得麻黃和甘草所含的化學(xué)成分和靶點(diǎn)信息。通過(guò)人類基因和基因表型綜合數(shù)據(jù)庫(kù)(OMIM,http:∕∕www.omim.org∕)篩選水腫相關(guān)的基因,使用Uniprot(https:∕∕www.uniprot.org∕)數(shù)據(jù)庫(kù)轉(zhuǎn)化為蛋白格式,建立水腫靶點(diǎn)數(shù)據(jù)集。人類的靶點(diǎn)連接蛋白通過(guò)交互蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)(http:∕∕dip.doe-mbi.ucla.edu)獲得。為了便于統(tǒng)一分析,以上所有靶點(diǎn)均轉(zhuǎn)化成UniProt ID(蛋白編號(hào)ID)格式〔8〕。
1.2 網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及分析 先通過(guò)PPI(http:∕∕www.genome.jp∕kegg∕)分析,尋找麻黃和甘草的化學(xué)成分對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)和水腫的疾病靶點(diǎn)的交互蛋白。然后利用Cytoscape 3.6.1軟件將麻黃和甘草的化學(xué)成分、成分對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)、水腫對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)和交互蛋白對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)連接成“化學(xué)成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)分析。將以上網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化分析,并將每個(gè)點(diǎn)的度、接近中心度等拓?fù)鋮?shù)進(jìn)行評(píng)估,篩選麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的目的靶點(diǎn)。
1.3 網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 對(duì)“1.2”項(xiàng)篩選出的靶點(diǎn)使用STRING(https:∕∕string-db.org∕)進(jìn)行蛋白互作關(guān)系分析,最后對(duì)篩選的靶點(diǎn)使用DAVID(https:∕∕david.ncifcrf.gov∕)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行KEGG通路分析和使用Cytoscape軟件的Blue GO插件進(jìn)行基因功能分析。
2.1 “藥物-靶點(diǎn)-疾病”之間交互網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 基于數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建方法,共篩選出麻黃中223個(gè)化學(xué)成分和370個(gè)靶點(diǎn)蛋白;甘草中27個(gè)化學(xué)成分和135個(gè)靶點(diǎn)蛋白。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測(cè)出麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的交互網(wǎng)絡(luò),采用不同的形狀圖形使其可視化后,讓我們更清晰直觀地看出化合物與疾病靶點(diǎn)之間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。其中方形代表藥物與疾病共同作用的靶點(diǎn),也是麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫最重要的靶點(diǎn)蛋白;圓點(diǎn)代表藥物與疾病潛在的交互作用靶點(diǎn);三角形代表麻黃-甘草藥對(duì)中被預(yù)測(cè)出的活性化合物。見(jiàn)圖1。
圖1 麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的“化學(xué)成分-靶點(diǎn)-疾病”交互網(wǎng)絡(luò)
2.2 麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫作用篩選和相互作用分析 通過(guò)對(duì)Cytoscape交互網(wǎng)絡(luò)分析,得出在麻黃-甘草藥對(duì)活性成分關(guān)聯(lián)水腫的40個(gè)蛋白靶點(diǎn)。對(duì)這些蛋白靶點(diǎn)進(jìn)行拓?fù)鋮?shù)計(jì)算。選擇度大于中位數(shù)值2倍,介度中心度和接近中心度大于中位數(shù)值的靶點(diǎn)共同作為麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的重要靶點(diǎn)蛋白,3個(gè)拓?fù)鋮?shù)中位數(shù)分別為:4.000 00、0.002 87和0.268 03。通過(guò)篩選得到10個(gè)麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的靶點(diǎn)。見(jiàn)表1。篩選出的靶點(diǎn)的蛋白互作關(guān)系見(jiàn)圖2,蛋白相互作用關(guān)系表明篩選出麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的作用蛋白是相互關(guān)聯(lián)和彼此調(diào)節(jié)的。把麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的靶點(diǎn)相關(guān)的化學(xué)成分進(jìn)行提取。見(jiàn)圖3和表2~3。
圖2 麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的蛋白靶點(diǎn)互作關(guān)系圖
圖3 麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的靶點(diǎn)和相關(guān)的化學(xué)成分
表1 麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫篩選的靶點(diǎn)蛋白信息
表2 甘草治療水腫的靶點(diǎn)的相關(guān)化學(xué)成分信息
2.3 麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的GO功能(基因功能)分析 通過(guò)基因分析發(fā)現(xiàn)麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫主要通過(guò)以下的生物學(xué)功能:血管內(nèi)皮細(xì)胞遷移的調(diào)控(regulation of blood vessel endothelial cell migration)和單核細(xì)胞分化(monocyte differentiation)。見(jiàn)圖4。
2.4 麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的KEGG通路分析對(duì)“2.2”項(xiàng)中篩選出的靶點(diǎn)在KEGG通路富集分析中,篩選出15條麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的通路。主要包括血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子信號(hào)通路(VEGF signaling pathway)、B細(xì)胞受體信號(hào)通路(B cell receptor signaling pathway)、PI3K-Akt信號(hào)通路(PI3K-Akt signaling pathway)、T細(xì)胞受體信號(hào)通路(B cell receptor signaling pathway)、腫瘤壞死因子信號(hào)通路(TNF signaling pathway)、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)素信號(hào)通路(Neurotrophin signaling pathway)、Ras信號(hào)通路(Ras signaling pathway)等。見(jiàn)表4。
表3 麻黃治療水腫的靶點(diǎn)的相關(guān)化學(xué)成分信息
表4 麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫KEGG通路信息
本研究通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析構(gòu)建了麻黃-甘草藥對(duì)的“化學(xué)成分-靶點(diǎn)-疾病”交互網(wǎng)絡(luò)圖,篩選出麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的靶點(diǎn)蛋白并進(jìn)一步分析其機(jī)制。在篩選出的蛋白中,核轉(zhuǎn)錄因子(Inhibitor of nuclear factor)〔9〕、血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(Vascularendothelial growth)〔10〕、血清白蛋白(Serum albumin)〔11〕、過(guò)氧化物酶體增生物激活受體γ(proliferator-activated receptor gamma)〔12〕和前列腺素(Prostaglandin G∕H synthase 2)〔13〕都與水腫密切相關(guān)。通過(guò)分析發(fā)現(xiàn)血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子信號(hào)通路和基因功能分析得到的血管內(nèi)皮細(xì)胞遷移的調(diào)控在麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫中發(fā)揮著極其重要的作用。血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子調(diào)控內(nèi)皮細(xì)胞遷移行為〔14〕,據(jù)報(bào)道血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子可通過(guò)影響內(nèi)皮緊密結(jié)合蛋白的功能增加血管通透性,造成毛細(xì)血管滲漏,抗血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子藥物可以治療水腫〔15〕,因此麻黃-甘草藥對(duì)可通過(guò)調(diào)節(jié)血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子信號(hào)通路來(lái)治療水腫。其他信號(hào)通路如PI3K-Akt信號(hào)通路(PI3K-Akt signaling pathway)、腫瘤壞死因子信號(hào)通路(TNF signaling pathway)、Ras信號(hào)通路(Ras signaling pathway)、MAPK信號(hào)通路(MAPK signaling pathway)等均有報(bào)道在水腫中發(fā)揮了重要作用〔16-19〕。綜上所述,采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探索麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的作用機(jī)制,能夠找到與療效相關(guān)的生物信號(hào)通路。為下一步麻黃-甘草藥對(duì)治療水腫的分子生物學(xué)驗(yàn)證奠定了基礎(chǔ),本研究揭示了麻黃-甘草藥對(duì)在治療水腫方面的多維調(diào)控作用,為藥物開(kāi)發(fā)及臨床應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。