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    EMS-ARTP復(fù)合誘變選育高產(chǎn)DHA裂殖壺菌

    2018-05-03 01:51:38
    食品與機(jī)械 2018年2期
    關(guān)鍵詞:壺菌突變率致死率

    趙 犇

    王 武1

    李昌靈2

    楊海麟1

    (1.江南大學(xué)生物工程學(xué)院教育部工業(yè)微生物技術(shù)重點實驗室,江蘇 無錫 214122;2.懷化學(xué)院生物與食品工程學(xué)院,湖南 懷化 418000)

    隨著世界范圍內(nèi)能源和資源的日益緊張,可再生能源與資源的研究與開發(fā)已成為關(guān)注熱點。近幾年,各國紛紛開始在微藻生物燃料和營養(yǎng)化學(xué)品領(lǐng)域謀求突破與發(fā)展:美國能源部宣布將投資1 800萬美元用于藻類生物燃料與生物基產(chǎn)品研究;歐盟也積極投資藻類研究,旨在示范從藻種選育、培養(yǎng)條件優(yōu)化、油脂提取、生物燃料生產(chǎn)等過程[1]。微藻在食品資源方面的利用涉及到裂殖壺菌,又稱裂壺藻,是屬于破囊壺菌科的單細(xì)胞海洋微藻,在一定的培養(yǎng)條件下,裂殖壺菌胞內(nèi)油脂中二十二碳六烯酸(DHA,C22:6)含量較高,是值得研究和深度開發(fā)的生物合成DHA的優(yōu)質(zhì)種源[2]。

    DHA為ω-3多不飽和脂肪酸,是一種重要的食品添加劑。它是大腦和視網(wǎng)膜的重要組成成分,還具有抗癌、消炎、預(yù)防心血管疾病等諸多功能[3-4],其保健和醫(yī)療功效越來越受到重視。與傳統(tǒng)的深海魚油生產(chǎn)DHA的方式相比,裂殖壺菌發(fā)酵生產(chǎn)DHA具有培養(yǎng)簡單、無季節(jié)波動、目的產(chǎn)物含量比高、無污染、無魚腥味、成本低、不影響海洋生態(tài)等優(yōu)點[5],裂殖壺菌發(fā)酵生產(chǎn)DHA開始進(jìn)入了工業(yè)化階段[6]。

    近些年,不斷見到優(yōu)化裂殖壺菌發(fā)酵,提高DHA產(chǎn)量的研究報道,如發(fā)酵培養(yǎng)基優(yōu)化[7-9]、pH調(diào)控[10-11]、溶氧調(diào)控[12-14]、補(bǔ)料策略優(yōu)化[15]等,靠傳統(tǒng)發(fā)酵策略提高DHA的發(fā)酵生產(chǎn)強(qiáng)度的余地越來越小。而借助遺傳育種手段,培育高產(chǎn)DHA的裂殖壺菌變異株仍有一定的發(fā)展空間,這也是發(fā)酵法提高DHA生產(chǎn)強(qiáng)度的上游基礎(chǔ)。

    裂殖壺菌基因組約39 Mb[16],且裂殖壺菌代謝體系中脂肪酸合成途徑復(fù)雜,既存在短鏈飽和脂肪酸的脂肪酸合酶(fatty acid synthase, FAS)合成途徑,又存在長鏈不飽和脂肪酸的聚酮合酶(polyketide synthase, PKS)的合成通路[17]。盡管基因工程已普遍應(yīng)用于微生物育種,并且在裂殖壺菌上也有所研究[18-19],但考慮到裂殖壺菌復(fù)雜的遺傳背景和尚不十分明晰的DHA合成途徑,物理和化學(xué)誘變?nèi)耘f是可以考慮的選擇。

    甲基磺酸乙酯(EMS)誘變?yōu)榛瘜W(xué)誘變,其作用機(jī)制是對DNA上高密度的堿基進(jìn)行烷化作用,形成轉(zhuǎn)換型或置換型突變[20]。目前EMS誘變在微生物育種以及農(nóng)作物的優(yōu)良品種選育上廣泛應(yīng)用,并獲得了不錯的效果[21-22]。常壓室溫等離子體(ARTP)是一種新型的誘變技術(shù),它利用大氣壓輝光放電,產(chǎn)生多種活性粒子,作用于DNA上,引發(fā)基因突變[23],它具有操作簡單、可控性強(qiáng)、誘變效果好的特點,已逐步開始在科研與工業(yè)領(lǐng)域發(fā)揮重要作用[24]。由于單種誘變方法往往會使菌種產(chǎn)生抗性,或得到的誘變菌株性能不夠穩(wěn)定,在實際應(yīng)用中往往采用2種或多種誘變方式相結(jié)合的方法進(jìn)行誘變,即復(fù)合誘變[25]。

    裂殖壺菌具有多層的細(xì)胞壁結(jié)構(gòu)保護(hù)著胞內(nèi)物質(zhì)[26],DHA的合成途徑與代謝機(jī)制又十分復(fù)雜。以往針對裂殖壺菌的育種手段往往采用單一的誘變方法,這會產(chǎn)生誘變效果差、誘變效率低或誘變株性能不穩(wěn)定、易退化等問題,如呂曉義等[27]僅僅利用60Co-γ射線輻照誘變裂殖壺菌,獲得的誘變菌產(chǎn)量只有5.65 g/L;梁園梅等[28]采用單一UV誘變育種,獲得的誘變株性能也沒有突出的提升。欲獲得性狀良好、遺傳穩(wěn)定的裂殖壺菌高產(chǎn)DHA變異株,本研究將EMS-ARTP復(fù)合誘變方法應(yīng)用于裂殖壺菌誘變育種,以期獲得裂殖壺菌高產(chǎn)DHA誘變菌。

    1 材料與方法

    1.1 材料與儀器

    1.1.1 材料與試劑

    菌株:裂殖壺菌(Schizochytriumsp.S31,ATCC 20888),美國菌種保藏中心;

    脂肪酸:標(biāo)準(zhǔn)品,美國Sigma公司;

    正己烷:HPLC級,美國Fisher公司;

    其他試劑:分析純,國藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司。

    1.1.2 主要儀器設(shè)備

    離心機(jī):3K15型,德國Sigma公司;

    分光光度計:T6新世紀(jì)型,北京普禧通用儀器有限公司;

    ARTP誘變儀:ARTP-III型,北京思清源生物科技有限公司;

    氣相色譜儀:GC-2010型,日本島津公司。

    1.1.3 培養(yǎng)基

    790 By+固體培養(yǎng)基:葡萄糖5 g/L、胰蛋白胨1 g/L、酵母粉1 g/L、瓊脂20 g/L、海水晶17.5 g/L,121 ℃ 滅菌20 min;

    種子培養(yǎng)基:葡萄糖30 g/L、胰蛋白胨10 g/L、酵母粉5 g/L、海水晶15 g/L、VB10.05 g/L、VB60.05 g/L、VB120.000 5 g/L,115 ℃滅菌20 min;

    發(fā)酵培養(yǎng)基:葡萄糖100 g/L、胰蛋白胨5.6 g/L、谷氨酸鈉20 g/L、磷酸二氫鉀2.5 g/L、硫酸鎂7.2 g/L、硫酸鈉 12.8g/L、氯化鈣 0.4 g/L、海水晶17.5 g/L、VB10.1 g/L、VB60.1 g/L、VB120.001 g/L,115 ℃滅菌20 min;

    0.2 mol/L PBS緩沖液(pH 7.2):用雙蒸水分別溶解24.00 g 磷酸二氫鈉和28.39 g磷酸氫二鈉至1 000 mL,然后混合280 mL磷酸二氫鈉溶液和720 mL磷酸氫二鈉溶液,121 ℃滅菌20 min,備用;

    EMS溶液:取5 mL EMS原液,加入到15 mL預(yù)冷的乙醇溶液中,加蓋并輕輕轉(zhuǎn)動試管混合均勻。

    1.2 方法

    1.2.1 裂殖壺菌誘變菌株制備

    (1) 菌懸液制備:將裂殖壺菌接種于裝有50 mL種子培養(yǎng)基的250 mL搖瓶中,28 ℃、200 r/min培養(yǎng)2 d。取1 mL培養(yǎng)液3 000 r/min離心5 min收集菌體,用PBS緩沖液洗滌2次后稀釋至OD540為0.6~0.7(以PBS緩沖液為參比管)。

    (2) EMS誘變株制備:在10 mL菌懸液中加入400 μL EMS溶液,輕輕搖勻后置于搖床,28 ℃、200 r/min條件下分別處理0,10,20,30,40,50,60 min(0 min為對照組),取出后用5%硫代硫酸鈉溶液洗滌2~3次終止反應(yīng),細(xì)胞用PBS緩沖液懸浮后吸取100 μL均勻涂布于固體培養(yǎng)基平皿上,置于30 ℃避光培養(yǎng)4 d。

    (3) ARTP誘變株制備:吸取20 μL菌懸液,均勻涂抹在滅過菌的載物鐵片上,將鐵片置于ARTP誘變儀載物臺上,用高純氦氣等離子體誘變分別處理0(對照組),5,10,15,20,25 s,誘變參數(shù)為:電源功率100 W,氦氣流量10 L/min,照射距離2 mm。ARTP誘變處理后,將鐵片轉(zhuǎn)移至裝有1 mL PBS緩沖液的EP管中,震蕩洗脫菌體。吸取100 μL菌體懸浮液均勻涂布于固體培養(yǎng)基平皿上,置于30 ℃避光培養(yǎng)4 d。

    (4) EMS-ARTP復(fù)合誘變菌制備:將EMS誘變處理40 min 后制備的誘變菌懸液吸取100 μL均勻涂布于固體培養(yǎng)基平皿上,置于30 ℃避光培養(yǎng)4 d?;旌掀矫笊祥L出的單菌落,并挑取一環(huán),接種于裝有50 mL種子培養(yǎng)基的250 mL搖瓶中,按1.2.1(1)制備菌懸液,然后按1.2.1(3)經(jīng)ARTP照射誘變15 s,獲得EMS-ARTP復(fù)合誘變菌。其中對照組EMS處理時間0 min,ARTP照射時間0 s。

    1.2.2 致死率、突變率計算

    (1) 致死率計算:各誘變試驗中,對對照組和誘變組固體培養(yǎng)基平皿上長出的菌落進(jìn)行計數(shù)。按式(1)計算致死率。

    (1)

    式中:

    rL——致死率,%;

    N0——對照組菌落數(shù);

    Nm——誘變組菌落數(shù)。

    (2) 突變率計算:各誘變試驗中,選取致死率為80%~90%的處理時間作為最終誘變時間。在該誘變時間下對裂殖壺菌進(jìn)行誘變處理,平板培養(yǎng)4 d后各組隨機(jī)挑選50株菌,搖瓶培養(yǎng)120 h后測DHA產(chǎn)量,記產(chǎn)量高于原始菌株10%的誘變株為正突變株,產(chǎn)量低于原始菌株10%的誘變株為負(fù)突變株,并按式(2)計算突變率。

    (2)

    式中:

    rm——突變率,%;

    rP——正突變率,%;

    rN——負(fù)突變率,%;

    NP——正突變株菌株數(shù);

    NN——負(fù)突變株菌株數(shù)。

    1.2.3 分析方法

    (1) 生物量測定:各誘變株搖瓶培養(yǎng)120 h后,取5 mL發(fā)酵液于離心管中,8 000 r/min離心15 min,用雙蒸水洗滌離心2次,冷凍干燥后稱重計算生物量。

    (2) 含油量測定:采用磷酸香草醛法[29]。

    (3) 脂肪酸含量測定:采用氣相色譜法[11]。

    各誘變組選取5株DHA產(chǎn)量最高的菌株,其發(fā)酵平均水平作為該誘變方法下得到的高產(chǎn)菌的發(fā)酵水平。

    2 結(jié)果與分析

    2.1 誘變劑量的確定

    2種誘變方法對裂殖壺菌的致死效應(yīng)見圖1。裂殖壺菌菌體的致死率與EMS處理時間存在明顯的正相關(guān)效應(yīng),當(dāng)EMS處理時間為40 min時,致死率達(dá)到87%。因此,選取40 min作為EMS處理的誘變劑量。

    裂殖壺菌菌體的致死率隨著ARTP照射時間的延長而顯著增加。當(dāng)照射時間在15 s以上時,致死率曲線趨于平緩,可能是細(xì)胞SOS修復(fù)機(jī)制的激活,突變率開始增加[30]。此時,裂殖壺菌的致死率達(dá)到80%以上。因此,選取15 s作為ARTP照射的誘變劑量。

    從圖1可以看出,對裂殖壺菌誘變的化學(xué)處理中,致死率對應(yīng)于處理時間,形成較為平緩的上升曲線,而物理誘變中,致死率對應(yīng)于照射時間則顯得陡峭,說明準(zhǔn)確掌控照射時間點非常重要。

    圖1 2種誘變方法對裂殖壺菌的致死效應(yīng)Figure 1 Lethal effects of 2 mutagenesis factors to Schizochytrium sp.31 (n=3)

    2.2 EMS、ARTP和EMS-ARTP處理突變率的對比

    分別使用EMS、ARTP和EMS-ARTP復(fù)合誘變3種誘變方法對裂殖壺菌進(jìn)行誘變處理,并對誘變株進(jìn)行搖瓶培養(yǎng)后測DHA產(chǎn)量,統(tǒng)計正、負(fù)突變率,結(jié)果見圖2。3種誘變方法對裂殖壺菌的誘變效果呈現(xiàn)出一定的差異性。比較2種單因子誘變方法,裂殖壺菌突變率相差不大,介于40%與45%之間,但是在ARTP突變株中,正突變株的數(shù)量占到約60%,遠(yuǎn)高于負(fù)突變株;而在EMS突變株中,正、負(fù)突變株數(shù)量相當(dāng)。EMS-ARTP復(fù)合誘變后,突變率達(dá)到55.7%,明顯高于2種單因子誘變。其中正突變率達(dá)到32.2%,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于負(fù)突變率。

    對裂殖壺菌而言,3種突變方法形成的突變率截然不同。表觀上分析,推測EMS-ARTP復(fù)合誘變造成了更豐富的突變位點,因此回復(fù)突變的頻率遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于單因子誘變。

    圖2 3種誘變方法對裂殖壺菌誘變處理的突變率Figure 2 Mutation rate of 3 mutagenesis factors to Schizochytrium sp.31 (n=3)

    2.3 高產(chǎn)誘變株的關(guān)鍵發(fā)酵指標(biāo)類比

    從3種誘變方法獲得的誘變株當(dāng)中各挑選5株DHA產(chǎn)量最高的菌株,其發(fā)酵平均水平作為該誘變方法下得到的DHA高產(chǎn)菌株的發(fā)酵水平,結(jié)果見表1、2。從表1可知,與出發(fā)菌株相比,3種DHA高產(chǎn)菌株的生物量無明顯的變化,而在含油量上,均有不同程度的提高,其中EMS誘變高產(chǎn)株含油量提升略高于ARTP誘變的,而復(fù)合誘變高產(chǎn)株含油量最高,達(dá)到51%。如表2所示,EMS誘變高產(chǎn)株的DHA較出發(fā)菌株無明顯變化,而ARTP誘變高產(chǎn)株和復(fù)合誘變高產(chǎn)株DHA含量均得到了提升,分別約為40%和43%?;谏鲜鲎兓罱K3種誘變菌的DHA產(chǎn)量均得到了一定程度的提升,其中EMS-ARTP復(fù)合誘變高產(chǎn)株的產(chǎn)量達(dá)到了7.2 g/L,提升了近36%,效果最明顯。

    3種DHA高產(chǎn)菌株的脂肪酸組成與出發(fā)菌株具有明顯的差異,見表2。EMS誘變高產(chǎn)株的主要FAS產(chǎn)物,如C14∶0和C16∶0略有增加,主要PKS產(chǎn)物二十二碳五烯酸(DPA)出現(xiàn)下降現(xiàn)象;而ARTP和復(fù)合誘變高產(chǎn)株的FAS產(chǎn)物和PKS產(chǎn)物變化與EMS誘變高產(chǎn)株正好相反,如復(fù)合誘變高產(chǎn)株的FAS產(chǎn)物由原始菌株的42.3%下降到38.6%,而PKS產(chǎn)物由原始菌株的44.9%上升到55.2%。

    表1不同高產(chǎn)DHA裂殖壺菌誘變株發(fā)酵性能分析?
    Table 1 Analysis of fermentation performances on different high DHA yieldSchizochytriummutants (n=3)

    菌株生物量/(g·L-1)含油量/%DHA產(chǎn)量/(g·L-1)w36.41±1.3645.51±2.085.28±0.35mEMS37.01±1.2848.45±2.585.74±0.33mARTP36.82±1.5547.94±2.676.28±0.28mEA36.88±1.2751.15±2.077.16±0.30

    ? w:原始菌株;mEMS:EMS誘變菌株;mARTP:ARTP誘變菌株;mEA:EMS-ARTP復(fù)合誘變菌株。

    表2 不同高產(chǎn)DHA裂殖壺菌誘變株脂肪酸組成?Table 2 Fatty acids composition of different high DHA yield Schizochytrium mutants (n=3) %

    ? w:原始菌株;mEMS:EMS誘變菌株;mARTP:ARTP誘變菌株;mEA:EMS-ARTP復(fù)合誘變菌株。

    2.4 高產(chǎn)誘變株遺傳穩(wěn)定性

    將3種誘變方法獲得的高產(chǎn)DHA誘變株進(jìn)行連續(xù)傳代培養(yǎng),考察其遺傳的穩(wěn)定性,結(jié)果見圖3。經(jīng)過5代的傳代培養(yǎng),EMS誘變高產(chǎn)株和ARTP誘變高產(chǎn)株的發(fā)酵指標(biāo)都出現(xiàn)了一定程度的退化,而復(fù)合誘變高產(chǎn)株的發(fā)酵指標(biāo)保持相對穩(wěn)定,其DHA含量為42.2%~43.3%,DHA產(chǎn)量為7.0~7.2 g/L,與一代菌無明顯差異,遺傳穩(wěn)定性良好。

    2.5 誘變方法對裂殖壺菌誘變機(jī)理

    由3種誘變方法對裂殖壺菌的誘變結(jié)果分析可知,EMS產(chǎn)生的誘變效果弱于ARTP,而復(fù)合誘變的效果最好。EMS具有烷化DNA堿基的機(jī)理,可引發(fā)嘌呤和嘧啶轉(zhuǎn)換[22]。在本試驗中,EMS誘變高產(chǎn)株的含油量高于出發(fā)菌株,但DHA占總脂肪酸的相對含量與出發(fā)菌相比相差不大,說明其脂肪酸合成能力得到了提升,但DHA合成的特定代謝途徑并未增強(qiáng)。

    ARTP誘變?yōu)樾滦偷恼T變育種方法,它集合了質(zhì)量、能量和電荷等損傷因素,產(chǎn)生不同的DNA損傷機(jī)制,遺傳多樣性更豐富[31]。Umu-test顯示ARTP對基因的損傷能力遠(yuǎn)高于UV和常規(guī)化學(xué)誘變方法[32]。ARTP輻射的高活性粒子溫度接近室溫,不會對菌體產(chǎn)生熱致死效應(yīng)。在本試驗中,將ARTP誘變技術(shù)應(yīng)用于裂殖壺菌選育高產(chǎn)DHA菌株,取得了良好的效果,正突變率遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于負(fù)突變率。通過發(fā)酵數(shù)據(jù)和脂肪酸組成的分析可以發(fā)現(xiàn),ARTP高產(chǎn)株的含油量和DHA產(chǎn)量明顯提升,而且脂肪酸組成中PKS產(chǎn)物也有了相應(yīng)的提升,說明誘變株在合成脂肪酸前體物質(zhì)的相關(guān)合成基因和PKS途徑的特定基因都有可能發(fā)生了變異。

    考慮到裂殖壺菌復(fù)雜的脂肪酸合成途徑,單點或少數(shù)幾個點的誘變往往不能對DHA的產(chǎn)量產(chǎn)生顯著、穩(wěn)定的改變。將化學(xué)誘變和物理誘變相結(jié)合,對裂殖壺菌進(jìn)行EMS-ARTP復(fù)合誘變,誘變機(jī)制更多樣,突變位點更豐富,獲得DHA高產(chǎn)菌的概率也更大。通過EMS-ARTP復(fù)合誘變得到的高產(chǎn)菌株,DHA產(chǎn)量達(dá)到7.2 g/L。李慧玲等[33]采用DES-UV復(fù)合誘變結(jié)合丙二酸、碘乙酸聯(lián)合篩選,得到誘變菌株XN001,其DHA產(chǎn)量為5.5 g/L;許永等[34]采用紫外誘變和喹禾靈篩選的方法,篩得的菌株OUC007,其DHA產(chǎn)量為1.2 g/L;袁軍等[35]通過ARTP誘變與強(qiáng)氧化劑施壓篩選得到的菌種D32,其DHA產(chǎn)量達(dá)到7.3 g/L。通過本試驗的誘變方法篩選得到的高產(chǎn)誘變菌株,在未使用任何篩選試劑的情況下,已獲得較高DHA產(chǎn)量。該產(chǎn)量與近期報道的相同菌種、相同發(fā)酵規(guī)模的數(shù)據(jù)相比,已十分具有競爭力(表3)。后期經(jīng)過合適的篩選方法和發(fā)酵培養(yǎng)優(yōu)化后,有望進(jìn)一步提高DHA生產(chǎn)能力。

    表3 不同破囊壺菌DHA產(chǎn)量和DHA含量比較Table 3 Comparative results of DHA production and percentage among different studies by thraustochytrids

    圖3 高產(chǎn)誘變株傳代次數(shù)對發(fā)酵指標(biāo)的影響Figure 3 Effects ofculture passages on fermentation performance of high DHA yield Schizochytrium mutants

    3 結(jié)論

    將EMS-ARTP復(fù)合誘變的方法應(yīng)用于裂殖壺菌誘變選育高產(chǎn)DHA菌株,并對復(fù)合誘變獲得的DHA高產(chǎn)菌株與單因子誘變高產(chǎn)菌株進(jìn)行比較分析得出,EMS-ARTP復(fù)合誘變高產(chǎn)菌株無論在DHA產(chǎn)量還是在遺傳穩(wěn)定性上,都優(yōu)于單因子誘變。再加上后期的理性篩選技術(shù)及定向施壓培養(yǎng)的應(yīng)用,有望進(jìn)一步提高裂殖壺菌合成DHA的產(chǎn)率,繼而提高工業(yè)化生產(chǎn)DHA的效能。

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