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    青杄PwVQ1基因的克隆與表達(dá)1)

    2018-03-07 01:39:59胡安妮張凌云
    關(guān)鍵詞:逆境擬南芥幼苗

    胡安妮 張凌云

    (北京林業(yè)大學(xué),北京,100083)

    VQ蛋白是一類轉(zhuǎn)錄輔助蛋白,含有一段保守的VQ基序FxxxVQxhTG,其中x代表任意一種氨基酸,h表示疏水性氨基酸[1]。VQ蛋白最初在擬南芥中被鑒定出來(lái)(SIB1,也稱為VQ23)[2-3]。之后,VQ在擬南芥、水稻、玉米、葡萄、毛白楊、毛竹等植物中陸續(xù)被發(fā)現(xiàn)并鑒定。

    研究發(fā)現(xiàn),VQ蛋白不僅可以參與植物的生長(zhǎng)發(fā)育和光形態(tài)建成過(guò)程,還響應(yīng)多種非生物脅迫[4-8]。如擬南芥AtVQ29能參與幼苗的去黃化過(guò)程,是光形態(tài)建成的一個(gè)調(diào)節(jié)因子[9]。擬南芥AtVQ21的異源表達(dá)導(dǎo)致高涼菜和矮牽牛植株矮化和開(kāi)花延遲[10]。AtVQ10、AtVQ11、AtVQ23基因的表達(dá)受到高鹽、高滲透壓、低溫及高溫的誘導(dǎo)[11]。此外,VQ蛋白還能通過(guò)保守的V和Q殘基與WRKY互作,共同調(diào)控植物的生命活動(dòng)[12]。在模式植物擬南芥中,AtVQ14通過(guò)與WRKY10互作調(diào)控種子大小和胚乳發(fā)育[5]。過(guò)表達(dá)AtVQ15提高了植株對(duì)鹽脅迫和滲透脅迫的敏感性[4]。AtVQ23和AtVQ16與WRKY33互作,增加其與W-box的結(jié)合能力來(lái)影響植株的抗病能力[12]。擬南芥AtVQ9蛋白通過(guò)與AtWRKY8轉(zhuǎn)錄因子互作,參與鹽脅迫的負(fù)調(diào)控[13]。在香蕉中,MaVQ5通過(guò)和MaWRKY26相互作用,使MaWRKY26激活茉莉酸合成基因的作用減弱,從而參與冷脅迫過(guò)程[14]。

    青杄(PiceawilsoniiM.)又名華北云杉,屬于松科(Pinaceae)云杉屬(Picea)喬木,是中國(guó)特有的常綠針葉樹(shù)種,對(duì)惡劣的環(huán)境有較好的適應(yīng)能力。本文以植物所多年生青杄和6周大青杄幼苗為試驗(yàn)材料,從其cDNA中克隆得到一個(gè)VQ基因,將其命名為PwVQ1。并對(duì)PwVQ1進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。對(duì)PwVQ1進(jìn)行了序列對(duì)比、理化性質(zhì)和親/疏水性、無(wú)序化和蛋白二級(jí)/三級(jí)結(jié)構(gòu)等方面的分析。通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量實(shí)驗(yàn)檢測(cè)PwVQ1在不同組織中及非生物脅迫處理下的表達(dá)模式,旨在為后期PwVQ1的功能研究提供理論參考,以期豐富VQ在青杄響應(yīng)逆境脅迫中的理論機(jī)制。

    1 材料方法

    1.1 材料與試劑

    組織表達(dá)試驗(yàn)中多年生青杄的花、果實(shí)、種子、根、莖、葉均取于中國(guó)科學(xué)院植物研究所。將青杄種子點(diǎn)播于培養(yǎng)皿中后于溫室中培養(yǎng)至6周大,以用于逆境脅迫試驗(yàn)。溫室中的培養(yǎng)條件控制為16 h光照、8 h黑暗的光周期,溫度21 ℃,空氣濕度50%~60%。pEASY-T1載體購(gòu)自全式金生物技術(shù)(北京)有限公司、大腸桿菌菌株DH5α感受態(tài)和熒光定量PCR試劑盒(SYBR Green Supereal Premix)購(gòu)于天根生化科技(北京)有限公司,RNA提取試劑盒和反轉(zhuǎn)錄試劑盒均購(gòu)于艾德萊(北京)生物技術(shù)有限公司。引物合成和測(cè)序由鉑尚生物技術(shù)(上海)有限公司完成。

    1.2 青杄PwVQ1基因引物序列

    取正常生長(zhǎng)的6周大青杄幼苗6株,通過(guò)EASYspin Plus植物RNA快速提取試劑盒(艾德萊)提取青杄的RNA,并利用TRUE script 1st Strand cDNA Synthesis Kit反轉(zhuǎn)錄試劑盒(艾德萊)合成第1鏈cDNA,合成引物選用Oligo dT。反轉(zhuǎn)錄后的cDNA作為模板備用。

    根據(jù)青杄轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),篩選到一個(gè)青杄PwVQ轉(zhuǎn)錄本序列,命名為PwVQ1。并據(jù)此序列設(shè)計(jì)了一對(duì)克隆引物VQ1-F和VQ1-R(見(jiàn)表1),以青杄cDNA為模板進(jìn)行擴(kuò)增,將PCR片段連到pEASY-T1載體上,轉(zhuǎn)化大腸桿菌,通過(guò)測(cè)序驗(yàn)證。

    1.3 生物信息學(xué)分析

    通過(guò)DNAMAN軟件,分析PwVQ1的CDS區(qū)域,翻譯得到PwVQ1的氨基酸序列。在NCBI網(wǎng)站上用Protein Blast搜索其他物種中PwVQ1基因的同源序列,用軟件ClustalX生成aln文件,通過(guò)BOXSHADE(http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html)進(jìn)行氨基酸多序列比對(duì)分析,并用ClustalX和MEGA5.0軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。用ExPASy分析氨基酸的組成和理化性質(zhì)、等電點(diǎn)和分子質(zhì)量(http://web.Expasy.org/protaram/)。ProtScale分析蛋白疏水性(http://web.expasy.org/protoscale)。用SignalP工具做信號(hào)肽預(yù)測(cè)(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP)。通過(guò)Iupred工具進(jìn)行蛋白無(wú)序化特征預(yù)測(cè)(http://iupred.enzim.hu/)。并利用TMHMM對(duì)蛋白跨膜結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/),用GOR4(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_gor4.pl)對(duì)蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè),SWISS(http://swissmodel.expasy.org)對(duì)蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)。

    1.4 非生物脅迫試驗(yàn)

    選取長(zhǎng)勢(shì)大小均一致的6周大青杄幼苗(選取整株幼苗)。參考周燕妮等[15]的方法對(duì)植株進(jìn)行脅迫處理。低溫處理:將幼苗置于冰箱4 ℃保存0、3、6、12 h,高溫處理:將幼苗置于金屬浴42 ℃保存0、3、6、12 h。干旱處理:將青杄幼苗放在吸水紙上0、3、6、9、12 h。鹽處理:將青杄幼苗根浸入200 mmol·L-1的鹽溶液0、3、6、9、12 h。ABA處理:將青杄幼苗根浸入100 μmol·L-1的ABA溶液中0、3、6、12 h。對(duì)照組為沒(méi)有進(jìn)行處理的植株,將所有處理完的植物材料和對(duì)照組植物材料用液氮速凍,置于-80 ℃保存?zhèn)溆茫糜谀婢稠憫?yīng)分析,試驗(yàn)重復(fù)3次。

    1.5 組織特異性表達(dá)檢測(cè)

    分別提取多年生青杄的花粉、果實(shí)、種子、根、莖、葉各樣品的總RNA,并反轉(zhuǎn)錄成cDNA第1條鏈,用于后期的表達(dá)量的檢測(cè)。提取RNA和反轉(zhuǎn)錄試劑盒均購(gòu)于艾德萊公司,其中反轉(zhuǎn)錄過(guò)程中選用Oligo dT為引物。qRT-PCR反應(yīng)在ABI的Step One Plus Real Time RT-PCR儀器上進(jìn)行,反應(yīng)體系為20 μL分別為0.5 μL正向引物和反向引物,10 μL 2×Fastfire qPCR PreMix,2 μL 50×ROX Reference Dye,1 μL模板和6 μL RNase-free ddH2O。試驗(yàn)程序采用兩步法:95 ℃預(yù)變性15 min,95 ℃變性30 s,60 ℃退火30 s(40個(gè)循環(huán))。根據(jù)PwVQ1基因設(shè)計(jì)特異性引物VQ-RT-F和VQ-RT-R內(nèi)參基因?yàn)镋F1-α-F和EF1-α-R(登錄號(hào)為AJ132534)[16],試驗(yàn)進(jìn)行3次重復(fù),引物見(jiàn)表1。

    表1 引物序列

    2 結(jié)果與分析

    2.1 青杄PwVQ1基因的克隆

    提取青杄嫩苗的RNA,反轉(zhuǎn)錄成cDNA模板,PCR擴(kuò)增目的序列,測(cè)序結(jié)果與編碼區(qū)比對(duì),結(jié)果一致。PwVQ1(登錄號(hào)為MF624271)的開(kāi)放閱讀框?yàn)?19 bp,共編碼272個(gè)氨基酸。用NCBI網(wǎng)站上用BLAST工具分析結(jié)果表明,PwVQ1含有VQ結(jié)構(gòu)域FxxxVQxLTG,屬于VQ蛋白家族。

    2.2 青杄PwVQ1蛋白氨基酸理化性質(zhì)

    PwVQ1的理化分析結(jié)果顯示,PwVQ1的理論分子質(zhì)量為69.05 ku,PI值為5.03,蛋白分子質(zhì)量為C2408H3999N819O990S274,無(wú)負(fù)電殘基(Asp+Glu)和正電氨基酸殘基(Arg+Lys)。肽鏈含有19% Ala,33.5% Cys,26.7% Gly,20.8% Thr。該蛋白的不穩(wěn)定系數(shù)為50.97,預(yù)測(cè)該蛋白不穩(wěn)定。PwVQ1不含有信號(hào)肽,不屬于分泌蛋白。ProtScale工具分析顯示,多肽鏈第49位纈氨酸(Val)有最高分值2.478,多肽鏈第191(Glu)和192(Glu)位谷氨酸有最低分值-3.111。PwVQ1的總平均親水性數(shù)值為-0.44,親水區(qū)域大于疏水區(qū)域,整條肽鏈表現(xiàn)出輕微的親水性(圖1-a)。TMHMM工具預(yù)測(cè)跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)域顯示,整條肽鏈都在細(xì)胞膜外,該蛋白不存在跨膜結(jié)構(gòu)域。Iupred工具對(duì)蛋白無(wú)序化進(jìn)行進(jìn)行長(zhǎng)無(wú)序性預(yù)測(cè)類型分析,結(jié)果如圖1-b所示,PwVQ1含有5個(gè)無(wú)序化區(qū)域,無(wú)序化區(qū)域含有119個(gè)氨基酸,無(wú)序化的比例為43.75%,預(yù)測(cè)此蛋白有較強(qiáng)的動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu),推測(cè)該蛋白在行使功能時(shí)構(gòu)象容易發(fā)生變化。

    2.3 PwVQ1二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

    用GOR4工具分析二級(jí)結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn)(圖1-c),PwVQ1中α-螺旋含量為23.90%,無(wú)β-轉(zhuǎn)角結(jié)構(gòu),無(wú)規(guī)則卷曲結(jié)構(gòu)含量達(dá)到62.13%。用SWISS-MODEL預(yù)測(cè)得到的三級(jí)結(jié)構(gòu)(圖1-d)和二級(jí)結(jié)構(gòu)結(jié)果相似,有α螺旋,無(wú)β折疊。

    圖1 PwVQ1理化性質(zhì)分析及蛋白結(jié)構(gòu)

    2.4 PwVQ1多序列對(duì)比和系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)

    根據(jù)PwVQ1的氨基酸序列,在NCBI上通過(guò)在線數(shù)據(jù)庫(kù)BLAST其同源序列,共找到8個(gè)同源基因,分別是辣椒(CapsicumannuumCaVQ, XP_016575020.1)、番茄(Solanumlycopersicum, SlVQ, XP_019070125.1)、煙草(Nicotianatabacum, NtVQ, XP_018631968.1)、牽牛(Lpomoeanil, LnVQ, XP_019156681.1)、核桃(Juglansregia, JrVQ, XP_018817571.1)、花生(Arachisipaensis, AiVQ, XP_016201112.1)、油菜(Brassicanapus, BnVQ, CDY31674.1)、甜橙(Citrussinensis, CsVQ, XP_006466466.1)8種同源物種的VQ基因,用ClustalX和BOXSHADE進(jìn)行序列對(duì)比(圖2),發(fā)現(xiàn)不同物種的VQ都有一定的相似性,都具有一個(gè)保守結(jié)構(gòu)域FRxxVQxLTG。

    為了進(jìn)一步了解PwVQ1與其他物種的關(guān)系,將PwVQ1與模式植物擬南芥(Arabidopsisthaliana)中已知的全部34個(gè)VQ基因進(jìn)行比較,用MEGA5.0進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析(圖3)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),PwVQ1蛋白與擬南芥AtVQ4、AtVQ13、AtVQ19、AtVQ33、AtVQ11、AtVQ31蛋白聚為一族。

    2.5 PwVQ1組織特異性表達(dá)

    實(shí)時(shí)熒光定量PCR結(jié)果顯示,PwVQ1在不同組織中均有表達(dá)。根、莖、葉中的表達(dá)量明顯高于PwVQ1在花粉、種子、果實(shí)中的表達(dá)量。其中,在葉中的表達(dá)量最高,其次是根中的表達(dá)量(表2)。

    2.6 PwVQ1在逆境脅迫下的表達(dá)模式

    PwVQ1的表達(dá)量受到溫度、鹽脅迫、干旱脅迫、ABA的誘導(dǎo)。4 ℃冷脅迫下,PwVQ1的表達(dá)量在3 h時(shí)下調(diào),在6 h時(shí)明顯上調(diào),達(dá)到對(duì)照組的8倍左右,在12 h時(shí)表達(dá)量再次下調(diào)(表2)。42 ℃高溫脅迫下的表達(dá)模式則與4 ℃不同,和對(duì)照組相比,PwVQ1在處理3、6、12 h時(shí)的表達(dá)量都下調(diào),其中,在處理3 h后的表達(dá)量下調(diào)10倍左右(表2)。鹽脅迫下,PwVQ1的表達(dá)量上調(diào),6 h表達(dá)量達(dá)到最高,為4.73倍(表2)。干旱脅迫下,PwVQ1的表達(dá)量上調(diào),3 h時(shí)的表達(dá)量達(dá)到最大值,為對(duì)照組的13倍左右(表2)。ABA處理下,PwVQ1的表達(dá)量呈現(xiàn)上升趨勢(shì),6 h的表達(dá)量為對(duì)照組的3倍(表2)。

    圖2 PwVQ1多序列對(duì)比

    植物器官及處理PwVQ1平均Ct值EF-α內(nèi)參平均Ct值△Ct△△Ct2-△△Ct花粉34.04±0.4819.96±0.1914.08±0.300 1.00根26.02±0.0620.83±0.115.19±0.07-8.89±0.20474.41±0.09莖25.11±0.0219.32±0.055.79±0.03-8.29±0.10313.00±0.12葉28.90±0.0520.77±0.085.73±0.05-8.35±0.02326.29±0.05果實(shí)26.38±0.1519.72±0.086.67±0.14-7.41±0.08170.07±0.08種子30.23±0.0820.94±0.189.29±0.06-4.79±0.0927.67±0.104℃0h32.61±0.2722.76±0.179.86±0.2201.004℃3h35.84±0.4722.97±0.3512.87±0.773.01±0.100.13±0.104℃6h29.18±0.0222.36±0.196.82±0.11-3.04±0.058.20±0.03

    續(xù)(表2)

    注:表中數(shù)據(jù)為平均值±標(biāo)準(zhǔn)差。

    圖3 PwVQ1的進(jìn)化樹(shù)分析

    3 結(jié)論與討論

    VQ是一類特異蛋白,以多基因家族形式廣泛存在植物中[8],在模式植物擬南芥中發(fā)現(xiàn)VQ對(duì)植物生長(zhǎng)發(fā)育、生物脅迫和非生物脅迫過(guò)程都起著十分重要的作用。目前,已經(jīng)分別在擬南芥、葡萄、水稻、玉米、白菜等植物中發(fā)現(xiàn)了34、18、39、61、57個(gè)VQ蛋白。但在青杄中,鮮有關(guān)于VQ的報(bào)道。

    之前研究發(fā)現(xiàn),在擬南芥中有6種AtVQ(LTG,LTS,LTD,F(xiàn)TG,VTG,YTG)蛋白[17],其中大部分蛋白結(jié)構(gòu)域都是LTG,本實(shí)驗(yàn)的PwVQ1也屬于LTG這一類。組織表達(dá)分析發(fā)現(xiàn),PwVQ1在各個(gè)組織中均有表達(dá),但是在花、果實(shí)、種子中的表達(dá)量顯著低于在根、莖、葉中的表達(dá)量。于。PwVQ1在葉和根中的表達(dá)量分別是花粉中的494和473倍。據(jù)此推測(cè),PwVQ1可能在植物的根和葉的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮特定作用。

    對(duì)PwVQ1在非生物脅迫下的表達(dá)模式進(jìn)行研究發(fā)現(xiàn),PwVQ1對(duì)各種逆境均有響應(yīng),在4 ℃低溫處理時(shí),PwVQ1的表達(dá)量得到上調(diào),這與Zhang et al.[18]等在白菜中的研究相似,大部分白菜BrVQ能受到冷脅迫的誘導(dǎo),其中部分基因BrVQ的表達(dá)量能在冷脅迫下得到上調(diào)。辣椒CaVQ家族6個(gè)亞組中挑選的12個(gè)基因在低溫處理后,11個(gè)基因均表現(xiàn)出一定的調(diào)節(jié)作用[19]。但是在42 ℃高溫處理下,PwVQ1的表達(dá)量下調(diào)。這與白菜BrVQ9-2、BrVQ10-2、BrVQ10-3在高溫脅迫下的表達(dá)量下調(diào)的結(jié)論相似[18]。在玉米中,大多數(shù)的ZmVQ基因響應(yīng)NaCl脅迫,其中ZmVQ37能在NaCl處理24 h后顯著上調(diào)。擬南芥中,VQ10、VQ11、VQ23基因的表達(dá)明顯受高鹽脅迫誘導(dǎo)[11]。鹽處理下,毛白楊中的大部分VQ基因都得到上調(diào),如PtVQ4,PtVQ6,PtVQ11,PtVQ37,PtVQ39,PtVQ45和PtVQ46[20]。在鹽脅迫下,PwVQ1的表達(dá)量也上調(diào),可推測(cè)其參與鹽脅迫。在干旱處理下發(fā)現(xiàn),PwVQ1能參與干旱脅迫,且表達(dá)量上調(diào),這和水稻、葡萄、玉米、毛竹等植株中的研究相似,如水稻中有22個(gè)VQ基因在干旱脅迫下的表達(dá)上調(diào),其中OsVQ2、OsVQ16、OsVQ20能明顯受到干旱誘導(dǎo)[21]。葡萄中的18個(gè)VvVQ基因均響應(yīng)干旱脅迫,其中VvVQ1和VvVQ6能明顯地響應(yīng)干旱脅迫,而VvVQ4對(duì)干旱脅迫的響應(yīng)則不明顯[22]。毛竹中的大部分VQ基因也能受到干旱、ABA的誘導(dǎo)[23]。長(zhǎng)期干旱處理下的玉米轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析表明,玉米ZmVQ基因能響應(yīng)干旱脅迫[24]。

    此外,PwVQ1還受到外源激素ABA的誘導(dǎo)。其他植物的VQ也能受到ABA的誘導(dǎo),如實(shí)時(shí)定量PCR(qRT-PCR)和啟動(dòng)子分析表明,毛竹中的29個(gè)VQ基因都能在脫落酸、水楊酸和聚乙二醇處理后不同程度地上調(diào)[24]。ABA(脫落酸)能誘導(dǎo)氣孔閉合,從而影響植物吸收水分。由于,PwVQ1能受到ABA的誘導(dǎo),同時(shí)在干旱脅迫中響應(yīng)強(qiáng)烈,據(jù)此推測(cè)PwVQ1可能是通過(guò)ABA的某種信號(hào)途徑來(lái)參與干旱脅迫,但是具體的作用機(jī)理仍需要進(jìn)一步研究探索。

    綜上所述,基于對(duì)PwVQ1的研究,我們推測(cè)PwVQ1可能參與逆境響應(yīng),但是其參與逆境的具體機(jī)制和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)目前仍不明確,后續(xù)工作需要篩選出其互作蛋白以及將該基因轉(zhuǎn)入擬南芥中,進(jìn)一步來(lái)驗(yàn)證其抗逆機(jī)制及在植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中的作用。

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