橡膠樹(shù)HeveaDB基因組數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)完成測(cè)試

近日，“橡膠樹(shù)等主要熱帶作物功能基因組學(xué)研究”創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)搭建的橡膠樹(shù)HeveaDB基因組數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)（hevea.catas.cn）上線運(yùn)行（圖1），并在國(guó)際橡膠研究與發(fā)展委員會(huì)（IRRDB）各成員國(guó)間開(kāi)展測(cè)試工作。經(jīng)過(guò)1個(gè)月的測(cè)試，數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)各項(xiàng)指標(biāo)保持穩(wěn)定，運(yùn)行可靠，達(dá)到預(yù)期效果。

近些年來(lái)，隨著基因組測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，已有4個(gè)國(guó)家（馬來(lái)西亞、泰國(guó)、中國(guó)和日本）獨(dú)立繪制并公開(kāi)發(fā)表了橡膠樹(shù)基因組圖，其中以中國(guó)熱科院橡膠所完成的草圖版本質(zhì)量最高。同時(shí)還產(chǎn)生了大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)亟需一個(gè)整合的數(shù)據(jù)平臺(tái)來(lái)儲(chǔ)存、分發(fā)和共享，并進(jìn)行二次挖掘利用。2017年在印尼雅加達(dá)召開(kāi)的IRC2017國(guó)際橡膠會(huì)議上提出要搭建橡膠樹(shù)基因組數(shù)據(jù)中心的計(jì)劃。在IRRDB理事會(huì)上中國(guó)熱科院代表經(jīng)過(guò)爭(zhēng)取，獲得了牽頭搭建橡膠樹(shù)基因組數(shù)據(jù)中心的任務(wù)，并由“橡膠樹(shù)等主要熱帶作物功能基因組學(xué)研究”創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)承擔(dān)開(kāi)發(fā)工作。經(jīng)過(guò)幾個(gè)月的努力，創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)成功搭建了橡膠樹(shù)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)HeveaDB初期版本，并在2018年4月底在國(guó)內(nèi)外開(kāi)展試運(yùn)行測(cè)試。

HeveaDB數(shù)據(jù)庫(kù)主要儲(chǔ)存了橡膠樹(shù)4個(gè)版本的基因組草圖、1個(gè)遺傳圖譜、142個(gè)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、49 235條EST序列、30 200個(gè)基因注釋、12個(gè)基因家族的信息，以及5 049個(gè)IRRDB 1981野生種質(zhì)資源材料和18 328個(gè)魏克漢材料信息，并以中國(guó)熱科院橡膠所完成的熱研7-33-97品種的基因組數(shù)據(jù)為參考基因組，進(jìn)行了二次挖掘和分析，進(jìn)行可視化展示。主要特色功能有：基因組Gbrowse和Jbrowse可視化瀏覽、基因表達(dá)譜的heatmap展示和檢索、共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)展示等。

在數(shù)據(jù)庫(kù)測(cè)試期間，項(xiàng)目開(kāi)發(fā)成員還編寫(xiě)了使用說(shuō)明，并通過(guò)微信平臺(tái)進(jìn)行宣傳，提高了數(shù)據(jù)庫(kù)的易用性。

經(jīng)過(guò)1個(gè)月的試運(yùn)行，HeveaDB數(shù)據(jù)庫(kù)訪問(wèn)量達(dá)到一千六百余次，共有來(lái)自中國(guó)、馬來(lái)西亞、法國(guó)、巴西、日本、印度、越南、英國(guó)、印度尼西亞等十余個(gè)國(guó)家和地區(qū)的兩百多位獨(dú)立訪客點(diǎn)擊訪問(wèn)了HeveaDB數(shù)據(jù)庫(kù)，并反饋了意見(jiàn)和建議。下一步，將根據(jù)建議在數(shù)據(jù)庫(kù)易用性、后基因組數(shù)據(jù)分析等方面進(jìn)行二次開(kāi)發(fā)和功能升級(jí)，并根據(jù)橡膠樹(shù)基因組研究進(jìn)展及時(shí)更新數(shù)據(jù)內(nèi)容。

HeveaDB數(shù)據(jù)庫(kù)由中國(guó)熱科院橡膠研究所程漢研究員牽頭搭建，相關(guān)工作得到了中國(guó)熱科院“橡膠樹(shù)等主要熱帶作物功能基因組學(xué)研究”創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)和像膠研究所基本業(yè)務(wù)費(fèi)項(xiàng)目國(guó)際合作專(zhuān)項(xiàng)的資助。

（摘自中國(guó)熱科院橡膠研究所網(wǎng)，http：//www.catas.cn/index.html，2018-06-05）