產(chǎn)氣腸桿菌攜帶基因blaNDM-1的質(zhì)粒特征及基因環(huán)境分析

肖偉強(qiáng)，許青霞，李鐵鵬，王智中，潘 軍，姚新偉，常彥敏，孫明月

(鄭州大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院，河南 鄭州 450000)

·論著·

產(chǎn)氣腸桿菌攜帶基因blaNDM-1的質(zhì)粒特征及基因環(huán)境分析

肖偉強(qiáng)，許青霞，李鐵鵬，王智中，潘 軍，姚新偉，常彥敏，孫明月

(鄭州大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院，河南 鄭州 450000)

目的 了解產(chǎn)氣腸桿菌攜帶blaNDM-1質(zhì)粒的轉(zhuǎn)移性、復(fù)制子分型及周圍環(huán)境。方法 產(chǎn)氣腸桿菌HN-NDM0711為實(shí)驗(yàn)菌株，利用接合實(shí)驗(yàn)研究其質(zhì)粒的轉(zhuǎn)移性，對(duì)接合子進(jìn)行穩(wěn)定性試驗(yàn)，采用質(zhì)粒復(fù)制子分型法對(duì)質(zhì)粒進(jìn)行分型，利用染色體步移技術(shù)對(duì)基因blaNDM-1上下游進(jìn)行測序，使用BLASTN和BLASTP對(duì)基因組序列進(jìn)行比對(duì)，使用Vector NTI 11.5.1注釋并生成序列管道圖，序列通過軟件Banklt遞交至Genbank。結(jié)果 產(chǎn)氣腸桿菌HN-NDM0711接合實(shí)驗(yàn)陽性，陽性接合子穩(wěn)定傳代4 d后，所有克隆株對(duì)亞胺培南和美羅培南的最低抑菌濃度(MIC)均未發(fā)生變化，基因blaNDM-1均為陽性。質(zhì)粒復(fù)制子為IncA/C型；基因blaNDM-1位于不常見的插入序列ISAba14和IS91之間，在blaNDM-1的上游出現(xiàn)一個(gè)Tn3轉(zhuǎn)座子和I型整合子，整合子上含有一個(gè)由龐大鑲嵌序列構(gòu)成的少見耐藥基因盒。 結(jié)論 IncA/C型質(zhì)粒pHN-NDM0711攜帶基因blaNDM-1及耐藥基因盒，可能源于不同抗菌藥物選擇壓力下的基因重組，建議嚴(yán)格控制臨床、工業(yè)和農(nóng)業(yè)抗菌藥物的使用，從源頭上減少此類細(xì)菌的產(chǎn)生。

產(chǎn)氣腸桿菌； NDM-1； 接合實(shí)驗(yàn)； 質(zhì)粒復(fù)制子分型； β-內(nèi)酰胺酶

[Chin J Infect Control，2017，16(3)：195-198]

耐碳青霉烯類革蘭陰性桿菌的出現(xiàn)和傳播成為全球公共健康的重大威脅，其中獲得性金屬類β-內(nèi)酰胺酶，如新德里金屬β-內(nèi)酰胺酶基因(New Delhi metallo-β-lactamase-1，NDM-1)也可造成碳青霉烯類抗生素耐藥[1-2]。研究[2-3]表明，基因NDM-1多發(fā)現(xiàn)于大腸埃希菌和肺炎克雷伯菌等細(xì)菌中，常存在于IncA/C、IncF、IncFII等不同類型的質(zhì)粒上，該基因周圍存在不同的基因環(huán)境。在前期的實(shí)驗(yàn)中，本課題組發(fā)現(xiàn)了3株因交叉感染而引起傳播的產(chǎn)氣腸桿菌[4]，均表現(xiàn)為多重耐藥，金屬酶表型實(shí)驗(yàn)和聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)方法均證實(shí)攜帶基因NDM-1，脈沖場凝膠電泳實(shí)驗(yàn)證實(shí)為同一型別，但尚不清楚其攜帶blaNDM-1質(zhì)粒的轉(zhuǎn)移性、復(fù)制子分型及基因環(huán)境等特征，且較少文獻(xiàn)報(bào)道產(chǎn)氣腸桿菌攜帶blaNDM-1的基因周圍環(huán)境，故對(duì)此進(jìn)行研究，現(xiàn)將結(jié)果報(bào)告如下。

1 對(duì)象與方法

1.1 菌株及來源 本院有3株具有同源性的產(chǎn)氣腸桿菌(均攜帶NDM-1基因)引起的交叉感染，取其中1株產(chǎn)氣腸桿菌0711(HN-NDM0711)，該菌株僅對(duì)多粘菌素、左氧氟沙星和環(huán)丙沙星敏感，對(duì)碳青霉烯類、頭孢菌素類、喹諾酮類、單環(huán)β-內(nèi)酰胺類等抗菌藥物全部耐藥，菌株及患者信息見文獻(xiàn)[4]。質(zhì)控菌株為大腸埃希菌ATCC 25922，耐疊氮鈉大腸埃希菌J53由河南農(nóng)業(yè)大學(xué)杜向黨教授提供。

1.2 儀器與試劑 全自動(dòng)細(xì)菌鑒定儀Phenix-100為美國BD公司產(chǎn)品，PCR擴(kuò)增儀購自美國ABI公司，凝膠成像系統(tǒng)為美國Bio-Rad公司產(chǎn)品。質(zhì)粒DNA提取試劑盒購自德國QIAGEN公司，疊氮鈉和美羅培南均購自Sigma公司，DNA Marker和2×PCR Premix購自大連寶生物公司，引物合成及測序由上海生工技術(shù)有限公司完成。

1.3 接合試驗(yàn) 產(chǎn)氣腸桿菌HN-NDM0711為供體菌，大腸埃希菌J53為受體菌，取兩種細(xì)菌對(duì)數(shù)生長期菌液各1 mL，加入100 mL的營養(yǎng)肉湯中，37℃靜置過夜，取200 μL均勻涂布于篩選平板上(含100 μg/mL疊氮鈉和2 μg/mL美羅培南)，培養(yǎng)12～24 h，并用瓊脂稀釋法測定接合子的亞胺培南和美羅培南最小抑菌濃度(minimal inhibitory concentration,MIC)。試劑盒提取接合子質(zhì)粒DNA，命名為pHN-NDM0711，PCR方法檢測blaNDM-1基因[4]。

1.4 接合子穩(wěn)定性試驗(yàn)[5]挑取陽性接合子接種于不含抗菌藥物的LB肉湯培養(yǎng)基中，37 ℃ 300 r/min震蕩過夜，使用LB肉湯培養(yǎng)基稀釋至103CFU/mL，繼續(xù)震蕩過夜，用同樣方法連續(xù)稀釋震蕩培養(yǎng)4 d，分別在第2、3和4 天取0.1 mL的培養(yǎng)液，用0.9 mL的生理鹽水稀釋，傾注于營養(yǎng)瓊脂平板，37 ℃培養(yǎng)過夜，挑10個(gè)菌落(共30個(gè)菌落)測定亞胺培南和美羅培南的MIC，并提取質(zhì)粒DNA檢測blaNDM-1基因。

1.5 質(zhì)粒復(fù)制子分型(PCR-based replicon typing，PBRT分型) 提取的質(zhì)粒DNA作為模板，利用18對(duì)引物，使用5次多重PCR和3次單一PCR擴(kuò)增FIA、FIB、FIC、HI1、HI2、I1-Iγ、L/M、N、P、W、T、A/C、K、B/O、X、Y、F和FIIA等質(zhì)粒復(fù)制子類型，PCR反應(yīng)條件和結(jié)果判讀均參照相關(guān)文獻(xiàn)[6]。

1.6blaNDM-1基因周圍序列測序 提取的質(zhì)粒DNA送交上海生工項(xiàng)目部，采用DNA步移技術(shù)對(duì)目的基因blaNDM-1周圍序列測序，blaNDM-1基因號(hào)：KJ577744[4]。

1.7 DNA序列注釋和遞交 使用GeneMark軟件進(jìn)行基因預(yù)測，并通過軟件BLASTN 和軟件BLASTP雙向比對(duì)基因的相似性，使用Vector NTI 11.5.1注釋并生成序列管道圖，序列通過軟件Banklt遞交到Genbank獲得序列號(hào)為KU764665。

2 結(jié)果

2.1 接合實(shí)驗(yàn)和blaNDM-1基因擴(kuò)增結(jié)果 篩選平板培養(yǎng)12 h有細(xì)小菌落，24 h有明顯單個(gè)菌落，鑒定為大腸埃希菌，測定亞胺培南和美羅培南的MIC分別為4、8 μg/mL，blaNDM-1基因檢測陽性。

2.2 接合子穩(wěn)定性試驗(yàn)結(jié)果 陽性接合子穩(wěn)定傳代4 d后，所有克隆株對(duì)亞胺培南和美羅培南的MIC均未發(fā)生變化，blaNDM-1均為陽性。

2.3 PBRT分型結(jié)果 使用A/C的正反向引物擴(kuò)增，在400 bp附近(目的基因?yàn)?65 bp)處有清晰條帶，證明供體菌和陽性接合子的質(zhì)粒均為IncA/C型。見圖1。

M：DL1000 DNA Marker，1：陽性接合子，2：產(chǎn)氣腸桿菌0711

圖1 陽性接合子和產(chǎn)氣腸桿菌0711質(zhì)粒的PBRT分型電泳圖

Figure 1 PBRT map of positive conjugant andE.aerogenes0711 plasmid

2.4 基因環(huán)境分析 測序獲得一段18 621 bp的DNA序列，共包含17個(gè)核心編碼序列(coding sequences，CDS)。blaNDM-1位于IS91和ISAba14之間,下游為ISAba125，上游為bleo、trpF和dsbC；緊接此序列是I型整合子，除攜帶實(shí)現(xiàn)其自身功能的整合酶基因(int I1)外，還攜帶由一個(gè)由dfrA14、arr-2、cmlA7、blaOXA-10、aadA1、qacEdelta1、sul I構(gòu)成的龐大耐藥基因盒。在I型整合子的上游，含有一個(gè)Tn3的轉(zhuǎn)座子，同時(shí)攜帶有實(shí)現(xiàn)其自身功能的轉(zhuǎn)座酶和解旋酶。比對(duì)發(fā)現(xiàn)序列上游(1～13 099 bp)與來自于肺炎克雷伯NDM-1基因陰性的pHM881QN(LC055503)和IncA/C-LS6(JX442976)具有高度相似性(>99%)，而下游攜帶blaNDM-1(13 100～18 621 bp)序列與來自鮑曼不動(dòng)桿菌GB661的質(zhì)粒(KP009590)具有高度的相似性(>99%)，但方向相反。見圖2。

注：箭頭代表轉(zhuǎn)錄方向，灰色表示一致性序列?；蛎Q、編碼蛋白分別為Tn3 tnpA(Tn3轉(zhuǎn)座酶)、Tn3 tnpR(Tn3 解旋酶)、IntI1(Int I型整合酶)、dfrA14(二氫葉酸還原酶，磺胺類增效劑耐藥)、arr-2(利福平ADP-核糖基化轉(zhuǎn)移酶)、cmlA7(氯霉素耐藥蛋白)、blaOXA-10(β-內(nèi)酰胺酶)、aadA1(氨基糖苷乙酰轉(zhuǎn)移酶)、qacEdelta1(季銨鹽類外排泵)、sulI(二氫蝶酸合成酶，磺胺類耐藥)、IS91(插入序列元件)、dsbC(二硫鍵異構(gòu)酶)、trpF[ N -(5’-磷酸核糖基)鄰氨基苯甲酸異構(gòu)酶]、bleo(博來霉素耐藥蛋白)、NDM-1(金屬β-內(nèi)酰胺酶)、aphA6(氨基糖苷類3'磷酸轉(zhuǎn)移酶)、Isba14(插入序列元件)

圖2blaNDM-1的基因環(huán)境示意圖

Figure 2 Diagram of genetic environment ofblaNDM-1

3 討論

本文接合實(shí)驗(yàn)及PBRT分型表明，產(chǎn)氣腸桿菌攜帶blaNDM-1基因的質(zhì)粒為可轉(zhuǎn)移性IncA/C質(zhì)粒。blaNDM-1位于IS91和ISAba14之間，為一段保守的序列[7-8]，IncA/C型質(zhì)粒是攜帶blaNDM-1的重要載體[2-3, 8]，該質(zhì)粒能介導(dǎo)多重耐藥，其宿主廣泛，普遍存在于人和家禽的腸道菌群中，IncA/C型質(zhì)粒也是攜帶超廣譜β-內(nèi)酰胺酶和Ampc酶等碳青霉烯酶的重要載體。近幾年引起人們的關(guān)注，IncA/C型質(zhì)粒上常存在可轉(zhuǎn)移性的基因元件，如轉(zhuǎn)座子、I型整合子和ISCRs類插入序列，使其攜帶耐藥基因易發(fā)生轉(zhuǎn)移[8-9]。

接合子穩(wěn)定性試驗(yàn)表明，陽性接合子的多重耐藥特征可穩(wěn)定傳代，符合IncA/C質(zhì)粒的特征，與文獻(xiàn)[2, 7-8]報(bào)道一致。文獻(xiàn)[10]報(bào)道，來自鮑曼不動(dòng)桿菌產(chǎn)NDM-1的質(zhì)粒導(dǎo)入大腸埃希菌J53后，接合子質(zhì)粒不穩(wěn)定，容易丟失，因此，轉(zhuǎn)移性IncA/C型質(zhì)粒引起的潛在傳播方式應(yīng)引起更多的關(guān)注。

基因測序獲得了一段18 621 bp的序列，比對(duì)發(fā)現(xiàn)序列上游(1～13 099 bp)與來自于肺炎克雷伯NDM-1基因陰性的pHM881QN(LC055503)和IncA/C-LS6(JX442976)具有高度相似性(>99%)，而下游攜帶blaNDM-1(13 100～18 621 bp)序列與來自鮑曼不動(dòng)桿菌GB661的質(zhì)粒(KP009590)具有高度的相似性(>99%)，但方向相反；進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)除blaNDM-1上下游保守序列外，還存在ISAba14及IS91，與通常插入序列(如ISCR1[11]或IS26[12])不同，推測類似pHM881QN的質(zhì)粒通過ISAba14及IS91作用發(fā)生了DNA反向重組[13]。

blaNDM-1基因的上游序列(1～13 099 bp )含有Tn3轉(zhuǎn)座子、I型整合子及其攜帶的“鑲嵌拼接區(qū)(mosaic plasmid structure)”，此區(qū)域除了含有實(shí)現(xiàn)其自身功能的轉(zhuǎn)座酶、解旋酶和整合酶外，還含有一個(gè)高達(dá)7個(gè)耐藥基因的龐大基因盒(dfrA14-arr-2-cmlA7-blaOXA-10-aadA1-qacEdelta1-sulI)，分別介導(dǎo)對(duì)磺胺類、氨基糖苷類、利福平、季銨鹽類、窄譜頭孢菌素等耐藥。通常blaNDM-1的上游類似區(qū)域整合子攜帶的基因盒多為2～5個(gè)[8, 11-12]，而本組結(jié)果高達(dá)7個(gè)，說明此區(qū)域的高度可變性，可能此區(qū)域內(nèi)發(fā)生多次DNA重組。攜帶耐藥基因的細(xì)菌所耐抗菌藥物中，部分藥物雖與臨床有關(guān)，但更多的藥物與家禽養(yǎng)殖和環(huán)境消毒有關(guān)，如季銨鹽類并不是臨床使用的抗菌藥物，僅用于食品工業(yè)和環(huán)境消毒，因其選擇性壓力，造成在零售的肉類等食品中檢出率很高[14]；氯霉素、氨基糖苷類、利福平也是獸藥的常見成分，推測本研究發(fā)現(xiàn)的由I型整合酶攜帶的超級(jí)耐藥基因盒可能與食品工業(yè)和環(huán)境消毒濫用抗菌藥物/消毒劑有關(guān)。

總之，產(chǎn)氣腸桿菌HN-NDM0711多重耐藥的原因是IncA/C型可轉(zhuǎn)移性質(zhì)粒攜帶的blaNDM-1及一個(gè)龐大的耐藥基因盒，此質(zhì)?？赡軄碓从谂R床、農(nóng)業(yè)和環(huán)境所使用的不同抗菌藥物/消毒劑壓力下的基因重組，因此，減少細(xì)菌耐藥不僅要加強(qiáng)臨床合理使用抗菌藥物的管理，也應(yīng)加強(qiáng)對(duì)工農(nóng)業(yè)使用抗菌藥物的控制，從源頭上減少此類“超級(jí)細(xì)菌”的產(chǎn)生。

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(本文編輯：豆清婭)

Characteristics andblaNDM-1genetic environment of plasmid fromEnterobacteraerogenes

XIAOWei-qiang,XUQing-xia,LITie-peng,WANGZhi-zhong,PANJun,YAOXin-wei,CHANGYan-min,SUNMing-yue

(AffiliatedCancerHospitalofZhengzhouUniversity,Zhengzhou450000,China)

Objective To study plasmid-mediated transfer, plasmid replicon typing, and genetic environment ofblaNDM-1gene inEnterobacteraerogenes(E.aerogenes).MethodsE.aerogenesHN-NDM0711 was used as the subject of this research, the transferable properties of plasmid were analyzed by conjugation testing, conjugant was performed stability testing, plasmid type was determined by PCR-based replicon typing (PBRT), downstream and upstream ofblaNDM-1were sequenced using chromosome walking method, genetic context was analyzed by BLASTN and BALSTP, as well as annotated using Vector NTI 11.5.1 software, sequence pipeline graph was made, the sequence was submitted to Genbank through software Banklt.Results The conjugation testing ofE.aerogenespHN-NDM0711 was positive, after positive conjugant was conducted 4-day passage, minimal inhibitory concentrations (MICs) of imipenem and meropenem to all the cloned strains didn’t change,blaNDM-1were all positive. The replicon type was IncA/C;blaNDM-1gene was localized between ISAba14 and IS91, at upstream of theblaNDM-1, class 1 integron and Tn3 transposon were identified, class 1 integron contained a new mosaic structure of a drug-resistant resistance gene cassette.ConclusionE.aerogenespHN-NDM0711, bearingblaNDM-1gene in IncA/C plasmid, derived from gene recombination under different antimicrobial selection pressure. Antimicrobial use in clinical, industrial and agricultural area should be strictly controlled, so as to reduce the emergence of such bacteria.

Enterobacteraerogenes； NDM-1； conjugation testing; plasmid replicon typing; β- lactamase

2016-05-05

河南省衛(wèi)生廳科技攻關(guān)項(xiàng)目(201503192)

肖偉強(qiáng)(1975-)，男(漢族)，河南省鄭州市人，主管技師，主要從事細(xì)菌耐藥機(jī)制研究。

許青霞 E-mail：xiaowq126@126.com

10.3969/j.issn.1671-9638.2017.03.001

R378.2

A

1671-9638(2017)03-0195-04