劉迪文,謝敏,陳雁虹,衛(wèi)振
(浙江大學實驗動物中心,杭州 310058)
Zmu-1:DHP近交系豚鼠的培育及其分子遺傳結構初步鑒定
劉迪文,謝敏,陳雁虹,衛(wèi)振
(浙江大學實驗動物中心,杭州 310058)
目的 培育近交系豚鼠品系,建立檢測豚鼠遺傳結構的微衛(wèi)星分子標記。方法 采取近交與回交、單線與優(yōu)選繁育、選擇與淘汰等方法,試圖將Zmu-1:DHP遠交系豚鼠培育成Zmu-1:DHP近交系豚鼠。用15對已篩選出的豚鼠多態(tài)性微衛(wèi)星引物(另行報道),對該近交系及參照的Zmu-1:DHP遠交系和Zmu-2:DHP近交系豚鼠DNA樣本進行PCR,通過產物電泳條帶分析相關品系的遺傳結構,評價各品系遺傳純合性。同樣方法研究Zmu-1:DHP近交系各支系豚鼠的遺傳結構,評價各支系的遺傳純合性。結果 經過13年培育,獲得8個20代以上的近交豚鼠支系(窩),每個支系分別有1-3只。經鑒定,Zmu-1:DHP近交2系的基因頻率達到86.7%,分別高于Zmu-1:DHP遠交系的6.7%及Zmu-2:DHP近交系的66.7%;其位點平均基因數為1.13個,分別低于Zmu-1:DHP遠交系的2.47個及Zmu-2:DHP近交系的1.33個;Zmu-1:DHP近交系基因型頻率也高于其他品系。Zmu-1:DHP近交系的基因類型均包含在Zmu-1:DHP遠交系的基因內,但缺少Zmu-2:DHP近交系所攜帶的2個特征基因。Zmu-1:DHP近交系8個支系的基因純合率各不相等,第2、8支系基因純合率較高。結論 Zmu-1:DHP近交系與Zmu-1:DHP遠交系之間既有同源性,又有特異性,Zmu-1:DHP近交系第2支系基本培育成新的近交系豚鼠,多個近交支系的形成有利于篩選具優(yōu)勢性狀的支系。Zmu-2:DHP黑色近交系攜帶白色品系未有的微衛(wèi)星標記,可能攜有與毛色性狀關聯(lián)的優(yōu)越性狀基因。
近交系豚鼠;微衛(wèi)星分子標記;遺傳結構
豚鼠(Caviaporcellus) 又名荷蘭豬或荷蘭鼠,因其特殊的解剖結構及生物學特征而廣泛用于藥理學、病毒及細菌學、呼吸病學、耳眼科學研究和疫苗研制等,據報道,豚鼠生物學特性比大小鼠更接近人類[1]。目前,我國應用于實驗的豚鼠主要是英國短毛種和哈脫萊Hartley遠交系豚鼠。相對遠交系動物,近交系動物基因位點純合,遺傳穩(wěn)定,實驗反應敏感,個體間遺傳結構及實驗結果一致,是探索疾病分子機理及藥物作用靶點、定位疾病及正?;虻壤硐氲膶嶒灢牧稀H上常用的近交系豚鼠有美國1906-1933年間培育的2系及13系豚鼠[2],我國從未成功培育近交系豚鼠,也鮮見應用近交系豚鼠的報道。本研究組于2000年成功培育Zmu-1:DHP遠交系豚鼠[3],研究發(fā)現(xiàn)該品系具多種優(yōu)越遺傳性狀[4-6]。為了建立豚鼠動物模型、深入研究優(yōu)越性狀的分子機理及開發(fā)優(yōu)勢基因,培育攜帶優(yōu)勢基因的近交系顯得非常有意義。于是,2002年筆者在Zmu-1:DHP遠交系豚鼠的基礎上啟動了近交系豚鼠培育工作。
微衛(wèi)星是廣泛分布于基因組內含子的特定序列,微衛(wèi)星重復序列因長度變化而使得同一位點的基因呈多態(tài)性,微衛(wèi)星結構比較穩(wěn)定易檢測,因此是用于鑒定動物群體遺傳相似性及定位性狀基因等的分子標記[7]。本文擬就Zmu-1:DHP近交系豚鼠的培育及其分子標記遺傳結構鑒定作一初步報道,為我國近交系豚鼠的培育及開發(fā)應用研究奠定基礎。
1.1 材料
普通級Zmu-1:DHP遠交系豚鼠(白色),來源于浙江大學實驗動物中心【SCXK(浙)2012-0052】。
1.2 方法
1.2.1 Zmu-1:DHP近交系豚鼠的培育
Zmu-1:DHP近交系培育路徑見圖1。
(1)環(huán)境條件
采用屏障設施開放環(huán)境飼養(yǎng)【SYXK(浙)2012-0178】,飼養(yǎng)盒為W 60 cm × L 90 cm × H 25 cm塑料盒,墊料為消毒木片及稻草,飼喂直徑3 mm顆粒飼料及少量青綠蔬菜,飲用消毒瓶裝自來水,每周更換一次墊料。
圖1 近交系豚鼠品系培育路線Fig.1 Route chart of breeding of guinea pig inbred strains
(2)育種過程及方法
2002年從Zmu-1:DHP遠交系豚鼠種群中隨機挑選雌雄各4只豚鼠,要求身體健康有活力,全身白色,耳朵及腳爪粉色。按雌∶雄=1∶1配對同居,連續(xù)同胞兄妹近親繁殖,當時采取單線平行法傳代。第5~6代后,2條支線出現(xiàn)不育、體質差及耳朵和腳爪呈黑色的豚鼠,隨即淘汰,剩余豚鼠采取優(yōu)選法傳代,選擇繁殖性能高、全身呈純白色的2條支線繼續(xù)繁殖。突破10代繁殖瓶頸效應后,兩支豚鼠后代逐漸增多,分離出多個支系。至第15代時,改為家族優(yōu)勢法選擇,即保持優(yōu)質支系,淘汰質劣支系。因豚鼠多種優(yōu)勢性狀與毛色連鎖,所以為了方便主要選擇毛色純白及生活力強為表型的豚鼠作為種鼠繁殖。一般情況下為了加快繁殖時間,采用第1胎作為種鼠,個別采用第2~3胎留種。某些情況下,個別豚鼠生產性能較差,為防止斷種,只得采取親子代回交繁殖,但其下一代不能晉級。等下一代繁殖性能回復正常,再繼續(xù)采取同胞兄妹近親繁殖晉級。育種過程中記錄個體繁殖性能,進行個體編號,嚴格代數記錄,編制家族系譜。
1.2.2 微衛(wèi)星標記檢測Zmu-1:DHP近交系豚鼠遺傳結構
(1)樣本采集
實驗組為新培育的Zmu-1:DHP近交系豚鼠(白色),各支系編號、代數及數量見表1。對照組為原種Zmu-1:DHP遠交系(白色)及Zmu-2:DHP近交系(黑色,第9代)。豚鼠行心臟采血1 mL,肝素抗凝,按照說明書介紹用TaKaRa試劑盒提取DNA(由于Zmu-1:DHP近交系豚鼠繁殖量低,又剛達到21代不久,所以每窩樣本量較少)。
表1 Zmu-1:DHP近交系采樣情況
(2)遺傳結構鑒定
①微衛(wèi)星引物設計及多態(tài)性引物篩選:從加州大學圣克魯茲學院Genome Browser Home(http://genome.ucsc.edu/)網站的數據庫內隨機查找核心為AC、GT重復序列的豚鼠微衛(wèi)星DNA,用軟件設計引物。通過PCR對10份豚鼠全基因組DNA進行初次擴增,用凝膠電泳從400個位點中篩選出110對具多態(tài)性位點的引物(結果另處報道)。
②三個品系豚鼠對比實驗:從上述多態(tài)性微衛(wèi)星引物中選擇15對多態(tài)性較高、條帶少及清晰度高的引物,PCR擴增Zmu-1:DHP近交系、Zmu-1:DHP遠交系及Zmu-2:DHP部分近交系豚鼠基因組DNA的微衛(wèi)星位點,引物及退火溫度見表2。豚鼠微衛(wèi)星位點擴增及其產物電泳、照相等按常規(guī)程序操作[8]。根據擴增產物電泳條帶的一致性,評估各品系的遺傳差異及近交系豚鼠培育是否達到標準。
③ Zmu-1:DHP近交系豚鼠不同支系對比實驗:同方法②,檢測Zmu-1:DHP近交系豚鼠的微衛(wèi)星位點,評估其各支系的遺傳結構。
表2 豚鼠多態(tài)性微衛(wèi)星位點引物
2.1 近交系豚鼠建立
2015年10月誕生第21代豚鼠個體,命名為Zmu-1:DHP近交系,并形成若干個支系的群體。其中第21代豚鼠2窩,第20代8窩,第19、18、17代分別有3、7、7窩。這些不同支系豚鼠主要來源于4對原種的2大支系,每支又保持若干分支,各成支系。
2.2 近交系外觀
上述大多數個體性狀為全身白毛,耳朵和腳爪呈粉紅色,見圖2。在Zmu-1:DHP遠交系豚鼠中發(fā)現(xiàn),有些性狀都與毛色相關,例如白色毛品系呈近視,黑色毛呈遠視,等等,但有些性狀如病毒敏感性實驗因涉及生物安全問題,不宜操作,所以采取毛色作為遺傳標記進行選擇育種。
2.3 Zmu-1:DHP近交系的遺傳純合性
圖2 Zmu-1:DHP近交系豚鼠Fig.2 Zmu-1:DHP inbred strain guinea pig
圖3是Zmu-1:DHP近交系2支系5只豚鼠(21代3只,20代2只)及1支系1只豚鼠(21代)、Zmu-1:DHP遠交系20只及Zmu-2:DHP部分近交系4只豚鼠微衛(wèi)星位點的部分凝膠電泳圖像,其基因條帶類型見表3。按照實驗動物遺傳學標準規(guī)定,電泳條帶從快至慢按a、b、c、d劃分,有些等位基因2條連鎖的帶按1條帶計算,如L148、L45、L56、D93引物以前面的一條為主帶。將表3各品系豚鼠檢測到的所有多態(tài)性位點與位點總數的比例,全部位點中最多基因數及所有基因數等匯總成表4。
注:1、22孔為M,2-21孔為Zmu-1:DHP遠交系,23孔為Zmu-1:DHP近交系1系,24-28孔為Zmu-1:DHP近交系2系(標*),29-32孔為Zmu-2:DHP部分近交系。圖3 三個品系豚鼠微衛(wèi)星位點擴增產物電泳圖Note. Lane 1 and 22:DNA marker;Lane 2-21:Zmu-1:DHP outbred strain;Lane 23:1st subline of Zmu-1:DHP inbred strain;Lane 24-28:2nd subline of Zmu-1:DHP inbred strain(*);Lane 29-32:Zmu-2:DHP inbred strain.Fig.3 Amplification products of three guinea pig strain microsatellites
表3、4顯示,Zmu-1:DHP遠交系豚鼠呈多態(tài)性的微衛(wèi)星位點比例較高,多態(tài)性位點基因數較多;Zmu-2:DHP部分近交系居中;相比之下,Zmu-1:DHP近交系多態(tài)性位點顯著減少,純合型位點數增多,說明近交系群體多態(tài)性基因位點數量減少,培育的品系基本符合近交系標準。Zmu-1:DHP遠交系有5個ab雜合位點,而 Zmu-1:DHP近交2系和Zmu-2:DHP部分近交系分別有1個雜合位點,說明近交系同一位點上基因趨于一致。
表3顯示,Zmu-1:DHP近交1系和2系間有8個位點的基因型出現(xiàn)分離,分別形成獨特的基因型或亞型,而Zmu-1:DHP近交2系和Zmu-2:DHP近交系間有11個位點的基因不同,說明育種過程中,品系間遺傳離差大于支系間離差。Zmu-1:DHP近交系所攜帶的基因均包含在Zmu-1:DHP遠交系內,而Zmu-2:DHP部分近交系在L57、D130位點分別攜帶Zmu-1:DHP遠交系不含的d、b特征基因。
2.4 Zmu-1:DHP近交系各支系的遺傳純合性
基于對最高代數個體遺傳結構進行研究的考慮,對Zmu-1:DHP近交系第20、21代8個支系29個樣本(見表1)的微衛(wèi)星位點作了檢測,結果的部分凝膠電泳圖像見圖4,其基因條帶類型見表5,并將表5歸納成表6。
從表5、6可見,Zmu-1:DHP近交系8個支系豚鼠基因均呈顯著趨異現(xiàn)象,在近交培育過程中,各支系從親代隨機獲得不同組合的遺傳物質,形成各自的基因型。經過20代培育,有些支系遺傳結構趨于純合,如第2、8支系,而有些支系還相差甚遠,如第1、5支系,這些標記為我們選擇支系繼續(xù)育種提供量化指標。其次,所有支系的基因數僅為2個,均少于Zmu-1:DHP遠交系4個基因數,且缺少Zmu-2:DHP近交系擁有的特征基因。
表3 三個品系豚鼠多態(tài)性微衛(wèi)星位點基因型分布表
注: Zmu-1:DHP近交1系(n=5);Zmu-1:DHP近交2系(n=1);Zmu-1:DHP遠交系(n=20);Zmu-2:DHP部分近交系(n=4)。
Note. 1st subline of Zmu-1:DHP (n=5);2nd subline of Zmu-1:DHP (n=1);Zmu-1:DHP outbred strain(n=20),Zmu-2:DHP inbred strain(n=4).
表4 各品系豚鼠微衛(wèi)星位點匯總表
注: Zmu-1:DHP近交1系數量太少,只作參考。
Note. Because of the number of Zmu-1:DHP inbred strain is too small, it is for reference only.
近交系是一種具有較高科研價值的實驗動物。目前世界上已培育出近1000種近交系動物,包括大小鼠及豚鼠等。我國近交系動物培育工作起源于20世紀50年代[2],主要集中在近交系小鼠培育方面,比較有名的是1955年中國醫(yī)學科學院和天津醫(yī)學院分別培育的中國1號和津白1號小鼠;1961年中國醫(yī)科院血液研究所培育的615小鼠;1963年天津醫(yī)學院培育的津白2號小鼠;1974年中國軍事醫(yī)學科學院培育的AMMS/1號小鼠;1983年上海第二軍醫(yī)大學培育的SMMC/c小鼠;1996年南京總后醫(yī)院培育的NJS小鼠,等等。多年來近交系動物的培養(yǎng)已形成較為成熟的方法。本課題組當時培育近交系豚鼠,首先考慮實驗動物資源多樣化反映了國家的生物科技水平,但我國尚未自主培育近交系豚鼠,其次,課題組培育的遠交系豚鼠具多項優(yōu)勢性狀,研究這些性狀的分子機理需要攜帶相應優(yōu)勢基因的近交系豚鼠,三是試圖提高現(xiàn)有豚鼠的實驗一致性及優(yōu)勢基因的頻率。
注:1孔為M;2-4孔為第1支系;5-9孔為第2支系;10-12孔為第3支系;13-16孔為第4支系;17-19孔為第5支系;20-22孔為第6支系;23-25孔為第7支系;26-30孔為第8支系。圖4 Zmu-1:DHP近交系各支系豚鼠微衛(wèi)星位點電泳圖Note. Lane 1:DNA marker;Lane 2-4:1st subline;Lane 5-9:2nd subline;Lane 10-12:3rd subline;Lane 13-16:4th subline;Lane 17-19:5th subline;Lane 20-22:6th subline;Lane 23-25:7th subline;Lane 26-30:8th sublineFig.4 Amplification products of all sublines of the Zmu-1:DHP inbred strain
序號No位點LociZmu?1:DHP近交系基因型Genotyping1支系1st2支系2nd3支系3rd4支系4th5支系5th6支系6th7支系7th8支系8th1L702/3a,1/3b4/5a,1/5b1/3a,2/3b1/4a,3/4b2/3a,1/3b3/3b2/3a,1/3b4/5a,1/5b2L531/3bc,2/3c5/5c3/3c4/4bc1/3bc,2/3c3/3c3/3c5/5bc3L1481/3a,1/3b,1/3ab5/5b1/3b,2/3ab1/4a,3/4ab2/3a,1/3b2/3a,1/3b1/3a,2/3ab1/5a,1/5b,3/5ab4L741/3c,2/3d5/5c2/3c,1/3d3/4c,1/4d1/3c,2/3d1/3c,2/3d1/3c,2/3d5/5d5L451/3a,2/3b5/5a2/3a,1/3b3/4a,1/4b1/3a,2/3b1/3a,2/3b1/3a,2/3b5/5b6D772/3a,1/3b5/5a3/3a4/4a1/3a,2/3b3/3a3/3a4/5a,1/5b7L563/3b5/5a3/3a1/4a,3/4ab1/3a,2/3b1/3a,2/3ab1/3a,2/3ab4/5a,1/5ab8L572/3bc,1/3c5/5c1/3bc,2/3c1/4b,3/4bc1/3b,1/3c,1/3bc2/3bc,1/3c1/3bc,2/c35/5c9L852/3a,1/3b5/5a3/3a4/4a2/3a,1/3b2/3a,1/3b2/3a,1/3b5/5a10D933/3ab5/5b3/3ab4/4b1/3a,1/3b,1/3ab3/3ab2/3a,1/3b5/5b11D863/3a5/5a3/3a4/4a2/3a,1/3b2/3a,1/3b3/3a5/5a12D1172/3a,1/3b5/5a3/3a4/4a3/3a3/3a3/3a5/5a13D1283/3b4/5a,1/5b3/3b1/4ab,3/4b1/3a,2/3b1/3ab,2/3b3/3b1/5b,4/5ab14D1491/3a,2/3b5/5a2/3a,1/3b2/4a,2/4b2/3a,1/3b2/3a,1/3b3/3a4/5a,1/5b15D1302/3a,1/3b5/5a2/3a,1/3b2/4a,2/4b1/3a,2/3b2/3a,1/3b2/3a,1/3b2/5a,3/5b
表6 Zmu-1:DHP近交系各支系微衛(wèi)星位點匯總表
微衛(wèi)星是分析動植物遺傳結構較為方便可靠的分子標記,通常微衛(wèi)星標記與性狀基因連鎖,其純合度反映了性狀基因的純合性及個體一致性,因此為近交系間篩選與之連鎖的性狀基因提供分子標記[9]。經過十多年的工作,我們初步培育出Zmu-1:DHP新近交系豚鼠,通過微衛(wèi)星方法分析該品系的遺傳背景,從表3、4發(fā)現(xiàn)與其他品系比較,該群體遺傳結構一致性顯著提高,基本達到近交系動物水平。結果說明本次育種工作是可行和成功的,當然該品系存在的雜合基因仍需繼續(xù)近交來降低。有報道稱,近交系數是通過理論計算的,不能完全準確地描述所培育的近交系動物,對每一代動物的基因純度無法判明[10],所以近交系動物存在一定數量的雜合基因是允許的,現(xiàn)有的雜合位點可能是連鎖基因的緣故。本近交系豚鼠微衛(wèi)星位點趨于純合也說明其性狀基因可能基本純合,至于該近交系有無攜帶優(yōu)勢性狀目的基因及其性狀表達如何,或這些基因一致性如何,必須通過豚鼠表型分析才能評定。需要說明的是本研究受近交系動物產量較低的限制,檢測的樣本量偏少,今后要擴大生產量,增加樣本數及微衛(wèi)星位點證實新品系的純合度。
從遺傳規(guī)律角度講,通過近親繁殖,遠交系動物各位點上的雜合基因將單獨分配到近交系的各支系中去,形成各種基因組合。表5、6顯示20、21代Zmu-1:DHP近交系豚鼠形成8個支系,各支系從親代得到不同遺傳組合,并且基因位點上的基因頻率降低,等位基因趨于純合,這就是近交系各支系容易固定及選擇優(yōu)越性狀,定位克隆特征基因的優(yōu)點。當然各支系是否攜帶優(yōu)勢基因,如前面所述要通過表型鑒定,從中篩選具備顯著優(yōu)勢性狀的支系。一般來說,分離得到的支系越多,支系位點的基因越單純,篩選出優(yōu)勢性狀支系的可能性就越大。
表3、5顯示,Zmu-1:DHP近交系攜帶的基因全部來自于Zmu-1:DHP遠交系,而Zmu-2:DHP黑色近交系起源于Zmu-2:DHP黑色遠交系豚鼠,攜帶表3中的d、b特異性基因,Zmu-1:DHP近交系卻不攜帶這些基因,證明Zmu-1:DHP近交系在育種過程中沒有受到黑色品系基因污染及出現(xiàn)基因突變,育種方法是可靠的。這兩種毛色豚鼠起源于英國種花豚鼠,經過長期篩選演變成較遠的血緣關系,黑色豚鼠獲得色素基因,而白色豚鼠未獲得。通常微衛(wèi)星標記與某些性狀基因緊密連鎖,不同基因又控制不同品系特征性狀,因此Zmu-1:DHP近交系與Zmu-2:DHP近交系這些基因差異可能與不同色素性狀,以至于其他連鎖的優(yōu)勢性狀有關,當然這種遺傳表型與特征基因的關系有待于進一步研究。
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Breeding of Zmu-1:DHP inbred strain guinea pig and preliminary analysis of molecular genetic structure of the strain
LIU Di-wen*,XIE Min,CHEN Yan-hong,WEI Zhen
(Zhejiang University,Hangzhou 310058,China)
Objective To breed a guinea pig inbred strain and set up a method for detection of the microsatellite markers of genetic structure in guinea pigs. Method Using inbreeding methods we try to breed the Zmu-1:DHP inbred strain. With 15 pairs of polymorphism microsatellite primers, the genetic homozygosity of Zmu-1:DHP inbred strain,Zmu-1:DHP outbred strain and Zmu-2:DHP inbred strain (as control) were examined by PCR. Results After breeding for 13 years, 8 sublines of Zmu-1:DHP inbred strain (>20 generations) were bred. After identification, the gene frequency of the second subline of Zmu-1:DHP inbred strain was 86.7%,higher than Zmu-1:DHP outbred strain (6.7%) and Zmu-2:DHP inbred strain (66.7%). The average number of loci of Zmu-1:DHP inbred strain was 1.13,lower than that of Zmu-1:DHP outbred strain (2.47%) and Zmu-2:DHP inbred strain (1.33%). The genotypic frequency of Zmu-1:DHP inbred strain was also higher than that of the other strains. The gene types of Zmu-1:DHP inbred strain were included in the genes of Zmu-1:DHP outbred strain, but Zmu-1:DHP inbred strain was short of 2 characteristic genes. The gene homozygous rates of 8 sublines of Zmu-1:DHP inbred strain were different with each other,among them, those of the 2nd and 8th sublines were higher than others. Conclusions There are both homozygosity and specificity in the Zum-1:DHP inbred strain and Zum-1:DHP outbred strain. The second Zum-1:DHP subline becomes a new inbred strain guinea pig. It is essential that the subline with the characteristic property is screened from these sublines. The guinea pigs of black Zmu-2:DHP inbred strain carrying microsatellite markers not present in the white strains, may carry optimal genes related with hair color properties.
Inbred strain guinea pig;Microsatellite marker;Genetic structure
LIU Di-wen,E-mail: liudiwen2004@163.com
衛(wèi)生部科學研究基金(編號98-2-323)。
劉迪文(1958-),男,研究方向:實驗動物育種與遺傳學。E-mail: liudiwen2004@163.com
Q95-33
A
1005-4847(2017) 01-0090-07
10.3969/j.issn.1005-4847.2017.01.017
2016-11-04