徐東紫
(北京交通大學(xué)計算機(jī)與信息技術(shù)學(xué)院,北京 100044)
?綜 述?
獨立成分分析在腦功能網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用
徐東紫
(北京交通大學(xué)計算機(jī)與信息技術(shù)學(xué)院,北京 100044)
腦功能網(wǎng)絡(luò)的研究不僅能揭示大腦的結(jié)構(gòu)和功能,還對腦神經(jīng)等相關(guān)疾病等的治療以及開發(fā)大腦型計算機(jī)都有重要價值。獨立成分分析作為一種數(shù)據(jù)驅(qū)動方法已被廣泛應(yīng)用于腦功能網(wǎng)絡(luò)的研究中,并被證明是處理生物醫(yī)學(xué)信號的非常有效的工具。本文對獨立成分分析在腦功能網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用進(jìn)行綜述,先簡介獨立成分分析的數(shù)學(xué)原理,接著詳細(xì)介紹了獨立成分分析在幾種常用的腦功能數(shù)據(jù)(fMRI、EEG、MEG、fNIRS)分析中的應(yīng)用,最后概括獨立成分分析的優(yōu)勢與缺陷,并對未來的算法改進(jìn)方向進(jìn)行展望。
獨立成分分析;腦功能網(wǎng)絡(luò);功能磁共振成像;腦電圖;腦磁圖;功能近紅外成像
大腦是人體最復(fù)雜、最高效的信息處理系統(tǒng),神經(jīng)影像學(xué)中的腦功能成像技術(shù)能夠直接、可靠、實時地獲取大腦的工作信息,極大地推動了人們對大腦的正常功能和腦疾病機(jī)制的研究[1]。大腦執(zhí)行功能時依賴多個腦區(qū)之間的廣泛交互,形成了復(fù)雜的腦功能網(wǎng)絡(luò),腦功能網(wǎng)絡(luò)的研究已經(jīng)成為神經(jīng)信息科學(xué)中的熱門領(lǐng)域[2]。
獨立成分分析(Independent Component Analysis,ICA)是解決盲源分離(Blind Source Separation,BSS)問題的一種有效的方法,在生物醫(yī)學(xué)信號處理中主要用于去除噪聲以提取所需的生物醫(yī)學(xué)信號,為神經(jīng)精神疾病的臨床診斷提供科學(xué)依據(jù),比如對阿爾茨海默病[4]、自閉癥[5]、遺忘型輕度認(rèn)知損傷[6]、早產(chǎn)兒[7]等疾病的研究就證明了ICA對腦功能網(wǎng)絡(luò)研究的有效性。
ICA的基本思路是從一組混合的觀測信號中分離出獨立信號。其數(shù)學(xué)原理如下。
設(shè)有m個未知的源信號Si(t),i=1~m,由源信號構(gòu)成列向量s(t)=[s1(t),s2(t),……,sm(t)]T,設(shè)A是一個n×m維矩陣,一般稱為混合矩陣。設(shè)有n個觀測信號Xi(t),i=1~n,由觀測信號構(gòu)成列向量X
(t)=[X1(t),X2(t),……,Xn(t)]T,n(t)為n維附加噪聲,其瞬時線性模型表示為:X(t)=As+n(t) (1)
一般情況下,噪聲可以忽略不計,則ICA模型可以簡化為:x(t)=As(t) (2)
對任何t,根據(jù)已知的x(t)在A未知的條件下求解未知的s(t),這就變成了一個無噪聲的盲信號分離問題,ICA就是設(shè)置一個解混矩陣W使得X經(jīng)過W變換后得到n維輸出列向量y(t),即:y(t)=WX(t)=WAs(t) (3)
各分量yi之間盡可能的獨立,這時y可以看做是對源信號的恢復(fù),但是存在著分解順序和幅度大小的不確定性。
2.1 ICA在fMRI分析中的應(yīng)用
功能磁共振成像(fMRI)技術(shù)可以直接觀察到行為狀態(tài)下人腦的變化,已經(jīng)得到了廣泛的應(yīng)用。由于ICA具有不需要先驗知識等優(yōu)點,因此在fMRI分析中得到了廣泛的應(yīng)用。
ICA應(yīng)用到fMRI數(shù)據(jù)中有兩種方式:空間獨立成分分析(sICA)和時間獨立成分分析(tICA)。sICA假設(shè)多個腦區(qū)是不相關(guān)的,因此sICA將每一次掃描得到的整幀圖像數(shù)據(jù)看成一個混合成分,由此進(jìn)行ICA操作,并最終得到一系列獨立的圖像及相應(yīng)的時間序列。tICA假設(shè)時間序列不相關(guān),因此tICA將同一個體素在所有時間點得到的數(shù)據(jù)看成是一個混合成分,通過ICA處理后,最終得到一系列獨立的時間序列和與其對應(yīng)得腦圖像[2]。要根據(jù)實際情況選擇使用sICA還是tICA。
Petersen等[9]比較了sICA和tICA這兩種方式,發(fā)現(xiàn)sICA側(cè)重于保全空間獨立性,而tICA側(cè)重于保全時間獨立性,因此最好是同時采用sICA和tICA來分析。Seifritz等[11]提出了時空獨立成分分析(stICA)。Tsatsishvili V[12]等人提出了約束時空獨立成分分析(restricted-stICA),以便在空間和時間域中找到最大獨立的目標(biāo)源信號,并取得了很好的結(jié)果。
2.1.1 用ICA分析單個測試的fMRI數(shù)據(jù)
Calhoun等[13]提供了一種數(shù)據(jù)分析模型,該模型有數(shù)據(jù)產(chǎn)生和數(shù)據(jù)處理兩個步驟。數(shù)據(jù)產(chǎn)生又分為數(shù)據(jù)的預(yù)處理和數(shù)據(jù)降維,以去除噪聲和提高計算效率。數(shù)據(jù)處理階段則使用ICA分析降維后的數(shù)據(jù),分離出數(shù)據(jù)中的獨立成分。
信息最大化(InfomaX)以及FastICA是ICA較為常用的算法。目前,McKeown等[14]已實現(xiàn)將上述算法應(yīng)用于fMRI數(shù)據(jù)的實際處理中。Correa N等[15]人發(fā)現(xiàn)InfomaX和FastICA在多次運行中產(chǎn)生一致的結(jié)果。V Zarzoso等[16]提出了RobustICA算法,增加了精確線性搜索優(yōu)化技術(shù),使其比FastICA算法更有優(yōu)勢。Correa N[15]等人研究了ICA的四大類算法的性能,即InfomaX、FastICA、交叉累積矩陣的聯(lián)合對角化(JADE)和二階相關(guān)方法,結(jié)果表明,使用高階統(tǒng)計信息的ICA算法在fMRI數(shù)據(jù)分析中是相當(dāng)一致的。InfomaX,F(xiàn)astICA和JADE都產(chǎn)生可靠的結(jié)果,每個都具有在特定領(lǐng)域的優(yōu)勢。使用二階統(tǒng)計量的算法的特征值分解(EVD)對于fMRI數(shù)據(jù)不能可靠地執(zhí)行。
2.1.2 用ICA分析多個測試的fMRI數(shù)據(jù)
為了能讓結(jié)果具有統(tǒng)計上的意義,還需要把ICA應(yīng)用到多個測試的fMRI數(shù)據(jù)中。Calhoun等[17]提供了一個group-ICA模型來分析多個測試的fMRI數(shù)據(jù)。該模型仍然分為數(shù)據(jù)產(chǎn)生和數(shù)據(jù)處理兩個步驟,與單個測試的處理的不同在于:在對每個測試分別進(jìn)行預(yù)處理和數(shù)據(jù)降維后,還要把所有測試的數(shù)據(jù)整合再進(jìn)行數(shù)據(jù)降維,對得到的新的混合數(shù)據(jù)使用ICA,最后得到獨立成分[10]。
為了找到多個測試組之間的差別,ICA也可以用于處理多組數(shù)據(jù)。Calhoun等[17]提供了用于兩個組的數(shù)據(jù)分析方法,先對每個組單獨進(jìn)行ICA,得到各自的獨立成分,分別對所需要的獨立成分進(jìn)行比較,進(jìn)而找到兩組數(shù)據(jù)的差別。Y Du等[19]人提出了組信息指導(dǎo)ICA(GIG-ICA)框架,首先使用標(biāo)準(zhǔn)組ICA工具獲得組獨立成分(GIC),然后在新的具有空間參考的單元ICA(ICA-R)的多目標(biāo)優(yōu)化求解器中使用GIC作為參考。結(jié)果證明,GIG-ICA能夠獲得具有更強(qiáng)的獨立性和更好的空間對應(yīng)性的受試者特異性成分。
2.2 ICA在EEG信號分析中的應(yīng)用
腦電圖(EEG)是目前應(yīng)用最為廣泛的腦圖譜映射技術(shù)之一,是反映大腦皮層高級功能活動的敏感的指標(biāo)[1]。但是在采集過程中,EEG信號會摻雜各種生理噪聲和儀器等噪聲。ICA給出了一個去除偽跡信號的方法,該方法不需要知道偽跡信號產(chǎn)生過程的準(zhǔn)確模型。因此,ICA非常適用于偽跡信號鑒別和去除。Mekeig等[8]給出了ICA應(yīng)用到EEG信號的模型;Jung等[20]采用ICA對EEG信號進(jìn)行了分析,結(jié)果表明ICA要比回歸的方法能夠得到更好的結(jié)果;Vigário R等[21]用FastICA進(jìn)行多通道EEG數(shù)據(jù)的特征提取,并結(jié)合支持向量機(jī)構(gòu)造分類器,結(jié)果表明這種方法適合于多任務(wù)條件下的大腦信號分析。
2.3 ICA在MEG信號分析中的應(yīng)用
腦磁圖(MEG)是一種無創(chuàng)的探測大腦電磁生理信號的腦功能檢測技術(shù),而且比EEG有更高的空間分辨率。但是MEG信號通?;祀s了很多非自然信號,比如頭動噪音、儀器噪音等。在進(jìn)行ICA分析之前,要先對MEG原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理,如減小噪聲、消除趨勢等,另外可以對MEG進(jìn)行降維處理來降低計算量。在預(yù)處理后再進(jìn)行ICA分析,從而分離MEG信號中的干擾源。Ikeda等[22]使用ICA分析了含有噪音的MEG數(shù)據(jù),首先用因子分析處理得到的獨立成分,再使用最小描述長度(MDL)來估計出源信號的數(shù)目,最后用特征矩陣近似聯(lián)合對角化(JADE)技術(shù)估計算出旋轉(zhuǎn)矩陣,結(jié)果表明ICA能夠較好地分離出腦活動信號和非自然信號。另外Iversen JR等[23]詳細(xì)介紹了基于ICA的MEG/EEG數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)處理模型EEGLAB。
2.4 ICA在fNIRS信號分析中的應(yīng)用
功能近紅外光譜成像技術(shù)(Functional Near Infrared Spectroscopy,fNIRS)是一種無創(chuàng)的大腦皮層功能活動檢測手段。由于它的便攜性、低成本、高時間分辨率以及實時性,fNIRS被應(yīng)用于越來越多的場合,特別是對于不適合MRI的嬰兒和患者。它正在成為腦功能成像研究的重要重要手段之一。
ICA不僅可用于檢測來自fNIRS測量的靜止?fàn)顟B(tài)大腦功能連通性,而且勝過具有更高靈敏度和特異性的傳統(tǒng)種子相關(guān)方法[24]。此外,ICA可以有效地將各種噪聲和偽像與fNIRS數(shù)據(jù)分離,產(chǎn)生更可靠和更魯棒的功能連通性結(jié)果。Y Zhang[25]等人用ICA來分離腦信號和干擾,使用最小絕對偏差(LAD)估計器來恢復(fù)腦活動信號,結(jié)果表明ICA算法能很好地分離fNIRS數(shù)據(jù)中的生理干擾,LAD估計器可能是恢復(fù)大腦活動信號的有用標(biāo)準(zhǔn)。Z Yuan[26]提出了一種ICA和Granger因果映射相結(jié)合的方法,結(jié)果表明該方法能夠有效地識別基于fNIRS的時頻域中的定向大腦網(wǎng)絡(luò)動力學(xué)。
ICA方法有很多優(yōu)點:1、噪聲可以看做是獨立成分,避免了去噪的問題;2、ICA不需要假設(shè)源信號的數(shù)學(xué)模型,避免了模型假設(shè)過程中的誤差,更能揭示腦功能數(shù)據(jù)所反映的人腦活動的本質(zhì),是分析腦成像數(shù)據(jù)非常有效的工具。
但是,ICA在腦功能網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用仍然存在著很多問題:1、腦成像數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)量龐大,目前主流的降維方法主成分分析(PCA)、局部線性嵌入(LLE)等對腦網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)的降維效果并不理想,因此如何在保證盡量在不丟失源信號信息的基礎(chǔ)上進(jìn)行數(shù)據(jù)降維是一個很重要的問題;2、源信號數(shù)目問題。如果能確定源信號數(shù)目,就能提高運算速度。Calhound等[18]比較了Akaike信息準(zhǔn)則(AIC)和最小描述長度(MDL)這兩種確定源信號的數(shù)目的方法,發(fā)現(xiàn)使用MDL能逐漸地逼近正確的結(jié)果,但是AIC在低信噪比的情況下能夠得到比MDL更好的結(jié)果,因此要根據(jù)實際情況合理地選擇方法[17]。目前也有許多信息理論準(zhǔn)則方法已經(jīng)廣泛運用于源信號數(shù)目估計中,但通常容易出現(xiàn)過估計現(xiàn)象。最近基于有效檢測準(zhǔn)則(EDC)的fMRI源信號數(shù)目的估計方法也是一個比較有前景的改進(jìn)方向[27]。
總之,ICA的應(yīng)用提高了腦功能網(wǎng)絡(luò)分析的準(zhǔn)確性和可靠性,還需要在現(xiàn)有基礎(chǔ)上繼續(xù)努力。
[1] 唐孝威.腦功能成像[J].自然科學(xué)進(jìn)展,2009.
[2] 胡德文,沈 輝.腦磁共振影像數(shù)據(jù)時空分析[J].科學(xué)出版社,2014.
[3] 胡漢彬.功能近紅外光譜成像研究及應(yīng)用[D].中國科學(xué)技術(shù)大學(xué),2010.
[4] GREICIUS M D,SRIVASTAVA G,REISS A L,et al.Defaultmode network activity distinguishes Alzheimer's disease from healthy aging: evidence from functional MRI[J].Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,2004,101(13):4637-4642.
[5] ASSAF M,JAGANNATHAN K,CALHOUN V D,et al.Abnormal functional connectivity of default mode sub-networks in autism spectrum disorder patients.[J].Neuroimage,2010,53(53):247-256.
[6] QI Z,WU X,WANG Z,et al.Impairment and compensation coeXist in amnestic MCI default mode network.[J]. Neuroimage,2010,50(1):48-55.
[7] DAMARAJU E,PHILLIPS J R,LOWE J R,et al.Resting-state functional connectivity differences in premature children.[J]. Frontiers in Systems Neuroscience,2010,4:23.
[8] MAKEIG S,JUNG T P,BELL A J,et al.Blind Separation of Auditory Event-Related Brain Responses into Independent Components[J].Proceedings of the National Academy of Scienc es,2007,94(20):10979-10984.
[9] PETERSEN K S,HANSEN L K,KOLENDA T,et al.On the Independent Components of Functional Neuroimages[C]. 2000:2062-2067.
[10] 武振華,唐煥文,唐一源,等.獨立成分分析在生物醫(yī)學(xué)信號處理中的應(yīng)用[J].國際生物醫(yī)學(xué)工程雜志,2004,27(4):211-214.
[11] SEIFRITZ E,ESPOSITO F,HENNEL F,et al.Spatiotemporal pattern of neural processing in the human auditory corteX.[J]. Science,2002,297(5587):1706-8.
[12] TSATSISHVILI V,CONG F,TOIVIAINEN P,et al.Combining PCA and multiset CCA for dimension reduction when group ICA is applied to decompose naturalistic fMRI data[J].2015.
[13] CALHOUN V D,ADALI T,PEARLSON G D,et al.Spatial and temporal independent component analysis of functional MRIdata containing a pair of task-related waveforms.[J].Human Brain Mapping,2001.
[14] MCKEOWN M J,MAKEIG S,BROWN G G,et al.Analysis of fMRI data by blind separation into independent spatial components.[J].Human Brain Mapping,2008,6(3):160-188.
[15] CORREA N,ADALI T,CALHOUN V D.Performance of blind source separation algorithms for fMRI analysis using a group ICA method[J].Magnetic Resonance Imaging,2007,25(5):684.
[16] ZARZOSO V,COMON P.Comparative Speed Analysis of FastICA[M]// Independent Component Analysis and Signal Separation.Springer Berlin Heidelberg,2007:293-300.
[17] CALHOUN V D,ADALI T,PEARLSON G D,et al.A method for making group inferences from functional MRI data using independent component analysis.[J].Human Brain Mapping,2001,14(3):140-151.
[18] SVENSéN M,KRUGGEL F,BENALI H.ICA of fMRI group study data[J].Neuroimage,2002,16(1):551-63.
[19] DU Y,FAN Y.Group information guided ICA for fMRI data analysis.[J].Neuroimage,2013,69(4):157-197.
[20] JUNG T P,HUMPHRIES C,LEE T W,et al.EXtended ICA removes artifacts from electroencephalographic recordings[C].Conference on Advances in Neural Information Processing Systems.MIT Press,2008:894-900.
[21] VIGáRIO R,S?REL? J,JOUSM?KI V,et al.Independent component approach to the analysis of EEG and MEG recordings.[J].IEEE transactions on bio-medical engineering,2000,47(5):589-93.
[22] IKEDA S,TOYAMA K.Independent component analysis for noisy data--MEG data analysis.[J].Neural Networks the Offcial Journal of the International Neural Network Society,2000,13(10):1063.
[23] IVERSEN J R,MAKEIG S.MEG/EEG Data Analysis Using EEGLAB[J].2014.
[24] ZHANG H,ZHANG Y J,LU C M,et al.Functional connectivity as revealed by independent component analysis of resting-state fNIRS measurements.[J].Neuroimage,2010,51(3):1150.
[25] ZHANG Y,SHI M,SUN J,et al.Recovering fNIRS brain signals: physiological interference suppression with independent component analysis[J].Proc Spie,2014,9446(6):873-890(18).
[26] YUAN Z.Combining independent component analysis and Granger causality to investigate brain network dynamics with fNIRS measurements.[J].Biomedical Optics EXpress,2013,4(11):2629-2643.
[27] ALKHALDI W,ISKANDER D R,ZOUBIR A M.Model-order selection in Zernike polynomial eXpansion of corneal surfaces using the effcient detection criterion.[J].IEEE transactions on biomedical engineering,2010,57(10):2429.
本文編輯:吳玲麗
R318
A
ISSN.2095-8242.2017.034.6724.03