基于銀鯧RNA-seq數(shù)據(jù)中SSR標記的信息分析

劉 磊，彭士明，高權(quán)新，張晨捷，施兆鴻*

( 1.中國水產(chǎn)科學(xué)研究院東海水產(chǎn)研究所，農(nóng)業(yè)部東海與遠洋漁業(yè)資源開發(fā)利用重點實驗室，上海 200090； 2.上海海洋大學(xué)水產(chǎn)與生命學(xué)院，上海 201306)

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基于銀鯧RNA-seq數(shù)據(jù)中SSR標記的信息分析

劉 磊1，2，彭士明1，高權(quán)新1，張晨捷1，施兆鴻1，2*

( 1.中國水產(chǎn)科學(xué)研究院東海水產(chǎn)研究所，農(nóng)業(yè)部東海與遠洋漁業(yè)資源開發(fā)利用重點實驗室，上海 200090； 2.上海海洋大學(xué)水產(chǎn)與生命學(xué)院，上海 201306)

[目的]開發(fā)銀鯧分子標記技術(shù)。[方法]通過對銀鯧(Pampusargenteus)進行高通量轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-seq)獲得銀鯧轉(zhuǎn)錄組原始試驗數(shù)據(jù)，經(jīng)過拼接后，獲得3 715 603條unigene序列。采用生物信息學(xué)分析軟件MISA對所有unigene進行簡單重復(fù)序列(simple sequence repeat，SSR)位點鑒定。同時，利用軟件對銀鯧轉(zhuǎn)錄組SSR的多態(tài)性進行評價。[結(jié)果]銀鯧轉(zhuǎn)錄組水平上，共鑒定出107 007個SSR位點，分布在97 289條unigene中，發(fā)生頻率為2.62%，SSR平均密度為476個/Mbp。在銀鯧轉(zhuǎn)錄組SSRs中，單核苷酸與二核苷酸重復(fù)序列為主要重復(fù)類型，分別占總SSRs的48.14%和34.10%。銀鯧轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中SSR序列共包括424種重復(fù)基元類型，單核苷酸重復(fù)基元A占較高比例，占同一重復(fù)類型SSRs的49.57%，二核苷酸重復(fù)基元TG/AC和三核苷酸重復(fù)基元GAG/AAC是優(yōu)勢重復(fù)基元，分別占同一重復(fù)類型SSRs的42.43%和9.61%。重復(fù)序列長度在12 bp以上的SSR標記位點數(shù)占總SSR的76.95%，具有豐富的多態(tài)性。[結(jié)論]銀鯧SSRs位點具有極大的可開發(fā)性，可為銀鯧遺傳多樣性研究、遺傳圖譜構(gòu)建及分子輔助育種提供有效工具。

銀鯧；轉(zhuǎn)錄組測序；SSR標記

SSR(Simple Sequence Repeat)標記，又稱微衛(wèi)星DNA，是目前最常用的微衛(wèi)星標記之一。由于SSR標記與其他分子標記相比，具有保守性高、多態(tài)性豐富、共顯性遺傳以及在基因組中分布廣泛等特點[1]，近年來在構(gòu)建動物遺傳圖譜[2]、種質(zhì)鑒定[3-4]、基因定位[5]、遺傳多樣性分析[6]、分類與進化[7-8]以及分子標記輔助育種[9]等領(lǐng)域被廣泛應(yīng)用。目前在水生動物研究中，已經(jīng)對牙鲆(Paralichthysolivaceus)[10]、二長棘鯛(Parargyropsedita)[11]、興國紅鯉(Cyprinuscarpiovar.singuonensis)[12]、中國明對蝦(Fenneropenaeuschinensis)[13]等品種進行了轉(zhuǎn)錄組測序，并基于測序結(jié)果對所得數(shù)據(jù)進行了深入分析。

銀鯧(Pampusargenteus)屬鱸形目鯧亞目鯧科鯧屬，為暖溫性近海中下層魚類，分布于印度洋、印度—太平洋、朝鮮和日本西部海域，在我國沿海地區(qū)均有分布，是主要的捕撈魚種之一，屬名貴食用魚類。目前國內(nèi)外已經(jīng)開展了銀鯧繁育和養(yǎng)殖研究[14-16]。近年來不論是養(yǎng)殖還是自然海域捕撈的銀鯧，均出現(xiàn)個體小型化的現(xiàn)象，種質(zhì)資源有衰退跡象；長期累代的養(yǎng)殖也會導(dǎo)致遺傳性狀單一；同時我國沿海分布的銀鯧，不僅形態(tài)上存在差異，而且對環(huán)境的適應(yīng)性也有很大不同。因此，開展銀鯧轉(zhuǎn)錄組SSR的多態(tài)性研究具有重要的理論和現(xiàn)實意義。筆者基于銀鯧RNA-seq數(shù)據(jù)中SSR標記的信息，通過對養(yǎng)殖銀鯧群體轉(zhuǎn)錄組測序，從其分布特點、頻率及多態(tài)性方面分析銀鯧微衛(wèi)星在總RNA水平的分布特點，以期為銀鯧基因克隆、遺傳圖譜構(gòu)建、遺傳多樣性分析等提供參考。

1 材料與方法

1.1 試驗材料 銀鯧取自上海市水產(chǎn)研究所啟東基地，為中國水產(chǎn)科學(xué)研究院東海水產(chǎn)研究所自行繁育的1齡銀鯧，從養(yǎng)殖池中隨機撈取5尾，平均體重為(18.8±7.2)g，平均體長為(9.1±1.1)cm。采樣時間為2015年8月。

1.2 RNA提取及cDNA文庫構(gòu)建 銀鯧解剖后分別取肝臟組織裝入凍存管內(nèi)，加入RNA保存液于-80 ℃冰箱保存。銀鯧肝臟組織總RNA提取參照Aidlab公司的RNApure超總RNA快速提取試劑盒操作說明書進行?？俁NA質(zhì)量和數(shù)量經(jīng)安捷倫生物分析儀2100( Agilent)、紫外分光光度計Bioanalyzer 2000進行檢測，RNA完整數(shù)大于8.0即可用于后續(xù)cDNA文庫構(gòu)建。

1.3 RNA測序及組裝 利用HiSeqTM2500測序儀對構(gòu)建的銀鯧cDNA進行轉(zhuǎn)錄組測序，5個被測序的樣本總計獲得27 G的原始數(shù)據(jù)，測序共獲得347 435 132條原始讀數(shù)，去除質(zhì)量較低以及重復(fù)的原始讀數(shù)后，得到338 525 690條純凈讀數(shù)。使用轉(zhuǎn)錄組de novo 組裝軟件Trinity對純凈讀數(shù)進行組裝，并進行去冗余處理和進一步拼接，共獲得3 715 603條unigene序列。

1.4 SSR標記篩選 通過SSR分析軟件MicroSAtellite(MISA)對3 715 603條unigene序列進行SSR搜索，設(shè)定篩選條件：1～6 bp的SSR單元長度，其序列總長度≥10 bp，單堿基的重復(fù)基元數(shù)≥10，二堿基的重復(fù)次數(shù)≥6，三、四、五、六堿基重復(fù)次數(shù)≥5。

1.5 數(shù)據(jù)分析 利用Excel對銀鯧轉(zhuǎn)錄組SSR數(shù)據(jù)進行分類統(tǒng)計分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 銀鯧轉(zhuǎn)錄組中SSR位點的數(shù)量與分布 使用軟件對組裝所得的3 715 603條unigene序列進行比對篩選，結(jié)果發(fā)現(xiàn)97 289條unigene序列符合SSR序列的條件，發(fā)生頻率(含有SSR的unigene數(shù)目/總unigene數(shù)目)為2.62%。在這些unigene序列中有76 774條包含單一SSR位點，占含有SSR序列條數(shù)的78.91%，剩余的20 515條unigene的SSR位點數(shù)目均超過1個，占含有SSR序列條數(shù)的21.09%。

共鑒定發(fā)現(xiàn)107 007個SSR位點，重復(fù)基元數(shù)目為424種，在這些類型的重復(fù)基元中，數(shù)量最多的SSR類型是五核苷酸基元，為152種，其次為四核苷酸和三核苷酸堿基基元，分別含有143和59種(表1)。微衛(wèi)星的平均覆蓋深度(鑒定出的微衛(wèi)星個數(shù)/uningene總數(shù))為2.88%，有15 233個SSR的存在形式為復(fù)合形，占總SSR數(shù)量的14.24%。平均距離(銀鯧轉(zhuǎn)錄所得的unigene總長度/微衛(wèi)星數(shù)量)是最佳體現(xiàn)密度的參數(shù)，平均每2.10 kbp出現(xiàn)1個SSR，即平均密度為476個/Mbp。

銀鯧轉(zhuǎn)錄組中含有大量的SSR，但不同種類核苷酸組成的SSR總量存在較大差異。在這6種類型中，SSR數(shù)目最多的是單堿基基元組成的重復(fù)形成，為51 510個，所占比例為48.14%，二、三、四、五、六堿基重復(fù)類型的SSR數(shù)量依次遞減，重復(fù)形式最少的SSR是六堿基重復(fù)，僅有100個，占總SSR的比例為0.09%(表1)。

表1 SSR在銀鯧轉(zhuǎn)錄組中的出現(xiàn)頻率

2.2 銀鯧轉(zhuǎn)錄組SSR的特點 從SSR類型基元重復(fù)次數(shù)可以看出，發(fā)生頻率最高的是6～10次重復(fù)，此區(qū)間內(nèi)的SSR數(shù)量為46 539個，占SSR總數(shù)的43.49%；其次為11～15次重復(fù)，有32 473個SSR，占30.35%；5次重復(fù)的SSR有8 394個，占7.84%；所占比例較低的類型是25次以上重復(fù)的SSR，所占比例僅為3.62%(表2)。表明隨著同一重復(fù)類型SSR重復(fù)次數(shù)的增加SSR總數(shù)目呈遞減趨勢。

從出現(xiàn)頻率(不同重復(fù)類型SSR數(shù)目/含有SSR的unigene數(shù)量)的角度研究發(fā)現(xiàn)，出現(xiàn)頻率在不同類型SSR重復(fù)中差異較明顯，出現(xiàn)頻率最高的是單核苷酸重復(fù)，所占比例為52.95%；其次是二堿基和三堿基重復(fù)，分別為37.51%和16.19%；四、五、六堿基重復(fù)出現(xiàn)的頻率較低，僅為3.34%，不同SSR類型所占比例隨著核苷酸個數(shù)增加呈遞減的趨勢(表2)。在單堿基SSR中，A類型組成的SSR數(shù)量最多，為25 532個；C類型組成的SSR數(shù)量最少，僅為572個。在二堿基SSR中，TG/AC所占比例最高，為42.43%，其次為GT/CA，GC/CG所占比例最少，為0.05%(圖1)。三堿基SSR中，以GAG/AAC、AAT/CAG、ATT/CCT 3種為主，分別占三堿基SSR總數(shù)的9.61%、7.55%和7.08%(圖2)。出現(xiàn)頻率最低的是五、六核苷酸SSR，所占比例僅為0.48%和0.10%。

2.3 銀鯧轉(zhuǎn)錄組SSR多態(tài)性評價 統(tǒng)計SSR長度分布并進行分析，結(jié)果顯示，銀鯧轉(zhuǎn)錄組的SSR片段長度大部分分布在10～449 bp，其中，12～<20 bp含有數(shù)量最多的SSR片段，共有48 820個，占總SSR個數(shù)的45.06%；≥20 bp的SSR有34 125個，占31.89%；<12 bp的SSR數(shù)量最少，為24 662個，占23.05%(圖3)。按照不同長度將SSR分為2類：具有高度的多態(tài)性(Ⅰ型)，其SSR長度≥20 bp；多態(tài)性中等(Ⅱ型)，其SSR長度12～<20 bp；而<12 bp的SSR多態(tài)性較低，但其突變潛力較高。根據(jù)該結(jié)果，可推測該研究中31.89%的SSR為Ⅰ型SSR，多態(tài)性高；Ⅱ型SSR的比例為45.06%，具有中等多態(tài)性；以上2種類型的SSR具有較高的潛在可用性。

表2 銀鯧SSR不同基序長度和重復(fù)次數(shù)的分布規(guī)律

圖1 銀鯧轉(zhuǎn)錄組SSR二堿基基元重復(fù)類型分布Fig.1 Distribution of dinucleotide motifis repeat SSR identified by transcriptomoc sequencing in P.argenteus

圖2 銀鯧轉(zhuǎn)錄組SSR三堿基基元重復(fù)類型分布Fig.2 Distribution of trinucleotide motifis repeat SSR identified by transcriptomoc sequencing in P.argenteus

圖3 銀鯧轉(zhuǎn)錄組SSR長度分布Fig.3 Length distribution of transcriptomic SSR in P.argenteus

3 結(jié)論與討論

近年來通過轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的研究得到含有微衛(wèi)星的序列，并對其遺傳學(xué)研究已有很多報道[17-18]。采用轉(zhuǎn)錄組高通量測序，研究者從牙鲆轉(zhuǎn)錄組測序所得序列中成功篩選得到了42 183個SSR 標記[10]；Fu等[19]從鰱魚轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果中鑒定出13 327個SSR 標記；Liao等[20]從鯽魚轉(zhuǎn)錄組拼接所得序列中得到 11 295個SSR標記。由此可知，該研究途徑已在魚類SSR標記位點的大規(guī)模篩選中成功應(yīng)用。該研究通過Illumina 高通量測序平臺對銀鯧肝組織轉(zhuǎn)錄組測序，從大量組裝所得序列中篩選獲得SSR位點。相對于傳統(tǒng)微衛(wèi)星標記的篩選方式，此方式篩選效率較高，工作量相對較小，適合大范圍開拓SSR標記位點?；虻墓δ芸赡芘c這些被發(fā)現(xiàn)的位點有關(guān)，以此可為后續(xù)遺傳圖譜構(gòu)建、QTL定位等奠定基礎(chǔ)。

該研究發(fā)現(xiàn)，在3 715 603個拼接所得的unigene序列中篩選得到107 007個微衛(wèi)星標記。從得到的微衛(wèi)星數(shù)量上看，其數(shù)目遠大于其他物種轉(zhuǎn)錄得到的SSR數(shù)量，分析發(fā)現(xiàn)，序列拼接的長度及測序的數(shù)據(jù)量是其主要原因，李超等[10]在對牙鲆SSR標記信息的分析中，對牙鲆和團頭魴轉(zhuǎn)錄組測序獲得的微衛(wèi)星標記數(shù)目上的較大差異進行了分析。該研究獲得的測序數(shù)據(jù)量大，它是將5個測序樣本混合拼接，拼接得到的unigene數(shù)量龐大，因此鑒定出來的SSR標記數(shù)量較多，其覆蓋度也更廣。

該研究發(fā)現(xiàn)，銀鯧所有鑒定出的微衛(wèi)星標記中，單核苷酸重復(fù)微衛(wèi)星數(shù)目所占比例最高，為48.14%；其次為二核苷酸，所占比例為34.10%，其中TG/AC占主要比例，占該重復(fù)類型總數(shù)的42.43%。李偲等[21]對草魚的研究發(fā)現(xiàn)，其二核苷酸重復(fù)類型數(shù)量最多，且 AC/GT 所占比例為50.3%；Wang等[22]對草魚新型EST-SSR分子標記的開發(fā)研究發(fā)現(xiàn)，AC/GT的數(shù)目最多，為60.19%；宋春妮等[23]對日本蟳(Charybdisjaponica)的研究發(fā)現(xiàn)二堿基AC重復(fù)類型在基因組中的含量非常高。上述結(jié)果與該研究結(jié)果有所差異，銀鯧二堿基不是占有比例最高的，單堿基重復(fù)類型處于優(yōu)勢地位，但在二堿基重復(fù)類型的分布中，AC重復(fù)類型在各物種中含量極其豐富，這種相似性的原因有待于進一步研究。各物種的重復(fù)基元存在種屬特異性，該研究結(jié)果顯示，銀鯧中CG類型僅為5個。研究表明，在牙鲆[10]中CG僅占總SSR的0.06%，斑海豹[24]為0.2%，在日本沼蝦[25]中未發(fā)現(xiàn)，而在桃樹[26]、大豆[27]等植物中未發(fā)現(xiàn)CG重復(fù)基元。該情況產(chǎn)生的原因與生物進化是否相關(guān)，有待于后續(xù)進一步研究。在該研究中，重復(fù)類型所占比例居于第三位的是三堿基重復(fù)類型，占SSR總數(shù)的14.72%，其中以GAG/AAC、AAT/CAG、AAT/CCT 3種為主，這與徐鵬等[13]和Jin等[25]的研究結(jié)果不同，可能是由于研究的組織差異及鑒定的微衛(wèi)星總數(shù)目差異引起的，該研究基于轉(zhuǎn)錄組測序得到的微衛(wèi)星數(shù)目多，且是基于公共數(shù)據(jù)庫獲得的，從零星EST庫中篩選的SSR序列數(shù)量不足以支撐整個基因組，其SSR分布情況較片面。

SSR在整個基因組的不同位點都有分布，多態(tài)性是分析分子標記性能優(yōu)劣的重要依據(jù)，SSR片段長度又是判斷其多態(tài)性的重要依據(jù)[28]。從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)篩選得到的SSR中，重復(fù)序列長度在12 bp以上的SSR標記位點數(shù)占總SSR數(shù)的76.95%，多態(tài)性較豐富，基于該研究結(jié)果能夠進行有針對性的引物設(shè)計。在QTL定位研究及遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建中，SSR多態(tài)性越高，所建立的圖譜越精密精確，基因的定位越精準[29]。

對于銀鯧種質(zhì)資源衰退、遺傳性狀單一及種群受環(huán)境影響較大等諸多尚未解決的問題，可以通過微衛(wèi)星標記找出其是否為遺傳學(xué)方面的原因。基于SSR標記，利用微衛(wèi)星引物對銀鯧不同群體進行擴增，篩選擴增出的穩(wěn)定條帶進行分析。由于微衛(wèi)星具有高度多態(tài)性的特性，且遵循孟德爾遺傳規(guī)律，可以通過觀察不同個體位點擴增情況，進一步判斷遺傳情況。

該研究基于銀鯧轉(zhuǎn)錄組的高通量測序信息，初次篩選獲得大量的SSR標記，對銀鯧SSR的分布特征進行分析，不僅在RNA水平上體現(xiàn)了銀鯧SSR的分布特點和規(guī)律，而且也為開發(fā)銀鯧功能基因奠定SSR分子標記基礎(chǔ)，同時也為銀鯧QTL定位、基因克隆、遺傳結(jié)構(gòu)分析及其他遺傳學(xué)研究提供有效的分子標記。

[1] 趙瑩瑩，朱曉琛，孫效文，等.蝦夷扇貝的多態(tài)性微衛(wèi)星座位[J].動物學(xué)報，2006，52(1)：229-233.

[2] SONG W T，LI Y Z，ZHAO Y W，et al.Construction of a high density microsatellite genetic linkage map and mapping of sexual and growth-related traits in half-smooth tongue sole(Cynoglossussemilaevis)[J].Plos One，2012，7(11)：1-13.

[3] 柳明，喻達輝，黃桂菊，等.中國海南三亞大珠母貝不同年代種群的遺傳變異研究[J].南方水產(chǎn)科學(xué)，2011，7(1)：26-31.

[4] PEREZ E R，TAKAGI M，TANIGUCHI N.Genetic variability and pedigree tracing of a hatchery-reared stock of red sea bream(Pagrusmajor)used for stock enhancement，based on microsatellite DNA markers[J].Aquaculture，1999，173(1)：413-423.

[5] OZAKI A，YOSHIDA K，F(xiàn)UJI K，et al.Quantitative trait loci(QTL)associated with resistance to a monogenean parasite(Benedeniaseriolae)in yellowtail(Seriolaquinqueradiata)through genome wide analysis[J].PLoS One，2013，8(6)：1-14.

[6] 孫成飛，葉星，董浚鍵，等.羅氏沼蝦6個養(yǎng)殖群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[J].南方水產(chǎn)科學(xué)，2015，11(2)：20-26.

[7] 魏繼海，趙金良，吳俊偉，等.尼羅羅非魚(♀)×薩羅羅非魚(♂)雜交F2與F3群體遺傳特征的微衛(wèi)星分析[J].南方水產(chǎn)科學(xué)，2016，12(1)：30-35.

[8] TSAI C C，SHIH H C，WANG H V，et al.RNA-Seq SSRs of moth orchid and screening for molecular markers across genus Phalaenopsis(Orchidaceae)[J].PLoS One，2013，10(11)：1-18.

[9] BOSAMIA T C，MISHRA G P，THANKAPPAN R A，et al.Novel and stress relevant EST derived SSR markers developed and validated inPeanut[J].PLoS One，2015，10(6)：1-19.

[10] 李超，候吉倫，王桂興，等.基于牙鲆RNA-seq數(shù)據(jù)中SSR標記的信息分析[J].海洋漁業(yè)，2015，37(2)：122-127.

[11] 楊兵，林琳，李純厚，等.基于高通量測序的二長棘鯛微衛(wèi)星標記開發(fā)與評價[J].南方水產(chǎn)科學(xué)，2015，11(4)：116-120.

[12] 岳華梅，翟晴，宋明月，等.基于轉(zhuǎn)錄組測序的興國紅鯉微衛(wèi)星標記篩選[J].淡水漁業(yè)，2016，46(1)：24-28.

[13] 徐鵬，周令華，田麗萍，等.從中國對蝦ESTs中篩選微衛(wèi)星標記的研究[J].水產(chǎn)學(xué)報，2003，27(3)：213-218.

[14] 施兆鴻，馬凌波，高露姣，等.人工育苗條件下銀鯧仔稚幼魚攝食與生長特性[J].海洋水產(chǎn)研究，2007，28(4)：38-46.

[15] 施兆鴻，彭士明，王建鋼，等.人工養(yǎng)殖銀鯧子代胚胎發(fā)育及仔稚幼魚形態(tài)觀察[J].中國水產(chǎn)科學(xué)，2011，18(2)：267-274.

[16] 彭士明，施兆鴻，高權(quán)新，等.增加飼料中VC質(zhì)量分數(shù)對銀鯧血清溶菌酶活性及組織抗氧化能力的影響[J].南方水產(chǎn)科學(xué)，2013，9(4)：16-21.

[17] TIAN C X，GLIAN X F，YANG M，et al.New microsatellite locifor the mandarin fishSinipercachuatsiand their application in population genetic analysis[J].Genet Mol Res，2014，13(1)：546-558.

[18] XIAO T Q，LU C Y，XU Y L，et al.Screening of SSR markers associated with scale cover pattern and mapped to a genetic linkage map of common carp(CyprinuscarpioL.)[J].J Appl Genet，2015，56(2)：261-269.

[19] FU B D，HE S P.Transcriptome analysis of silver carp(Hypophthalmichthysmolitrix)by paired-end RNA sequencing[J].DNA Res，2012，19(2)：131-142.

[20] LIAO X L，CHENG L，XU P，et al.Transcriptome analysis of crucian carp(Carassiusauratus)，an important aquaculture and hypoxia-tolerant species[J].PLoS One，2013，8(4)：1-11.

[21] 李偲，劉航，黃容，等.草魚Ⅰ型微衛(wèi)星標記的發(fā)掘及其多態(tài)性檢測[J].水生生物學(xué)報，2011，35(4)：681-687.

[22] WANG D，LIAO X，CHENG L，et al.Development of novel EST-SSR markers in common carp by data mining from public EST sequences[J].Aquaculture，2007，271(1)：558-574.

[23] 宋春妮，李健，劉萍，等.日本蟳微衛(wèi)星富集文庫的建立與多態(tài)性標記的篩選[J].水產(chǎn)學(xué)報，2011，35(1)：35-42.

[24] GAO X，HAN J，LU Z，et al.De novo assembly and characterization of spotted sealPhocalarghatranscriptome using lllumina paired-end sequencing[J].Comp Bio & Phy：Part D，2013，8(2)：103-110.

[25] JIN S，F(xiàn)U H，ZHOU Q，et al.Transcriptome analysis of androgenic gland for discovery of novel genes from the oriental river prawn，Macrobrachiumnipponense，using Illumina Hiseq 2000[J].PloS One，2013，8(10)：1-13.

[26] JUNG S，ABBOTT A，JESUDURAI C，et al.Frequency，type，distribution and annotation of simple sequence repeats inRosaceaeESTs[J].Fun & Intege Gen，2005，5(3)：136-143.

[27] GAO L，TANG J，LI H，et al.Analysis of microsatellites in major crops assessed by computational and experimental approaches[J].Molr Bre，2003，12(3)：245-261.

[28] 孫蛟龍，方揚，靳艷玲，等.浮萍轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)SSR位點的生物信息學(xué)分析[J].應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報，2015，21(3)：401-405.

[29] PINTO L R，OLIVEIRA K M，MARCONI T，et al.Characterization of novel sugarcane expressed sequence tag microsatellites and their comparison with genomic SSRs[J].Pla Bre，2006，125(4)：378-384.

Bioinformatic Analysis of SSR Markers Based on RNA-seq of Pampus argenteus

LIU Lei1, 2, PENG Shi-ming1, GAO Quan-xin1, SHI Zhao-hong1,2*et al

(1. Key and Open Laboratory of Marine and Estuarine Fisheries, Ministry of Agriculture, East China Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Shanghai 200090; 2. College of Fisheries and Life, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306)

[Objective] To develop molecular marker technology ofPampusargenteus. [Method] Transcriptomic sequencing was performed for molecular marker technology development onPampusargenteus, and 3 715 603 unigene was found after assembling. The Microsatellite(MISA) software was used to identify SSRs from unigenes. Meanwhile, SSR polymorphisms were evaluated using software. [Result] 107 007 SSRs were identified, distributed in 97 289 unigenes, which accounted for 2.62% of the whole unigenes and the distribution density of the transcriptomic SSRs from transcriptome were 476/Mbp. The nucleotides were repeated and the dinucleotide were the maintypes, accounting for 48.14% and 34.10%, respectively, of all the SSRs. In total, we found 424 different types of repeat motifs, in which the repeats with A、TG/AC and GAG/AAC as the most frequent motifs, accounting for 49.57%、 42.43% and 9.61%, respectively, of the SSR repeat motifs. Statistics got from repetitive sequence length more than 12 bp SSR markers accounting for 76.95% of all the SSRs, it was very rich polymorphism. [Conclusion] The study also assessed the potential of the transcriptomic SSRs for further use and research. These results provide a useful tool for studies in genetic diversity, genetic mapconstruction and molecular assisted breeding ofPampusargenteus.

Pampusargenteus; RNA-seq; SSR marker

中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費項目(東2014Z02-3)；國家科技支撐項目(2011BAD13B01)。

劉磊(1990-)，男，安徽安慶人，碩士研究生，研究方向：海水魚類養(yǎng)殖生物學(xué)。*通訊作者，研究員，從事海水魚類養(yǎng)殖方面的研究。

2016-08-17

S 965.3

A

0517-6611(2016)28-0102-04