溝眶象轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星特征分析

武政梅,高 朋,溫俊寶

(北京林業(yè)大學(xué)林木有害生物防治北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京100083)

?

溝眶象轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星特征分析

武政梅,高 朋,溫俊寶*

(北京林業(yè)大學(xué)林木有害生物防治北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京100083)

本研究基于高通量測(cè)序獲得的溝眶象Eucryptorrhynchuschinensis(Olivier)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，采用MISA(Micro Satellite)軟件對(duì)其簡(jiǎn)單序列重復(fù)(simple sequence repeat, SSR)位點(diǎn)進(jìn)行了高通量發(fā)掘。對(duì)篩選得到的1 kb以上的Unigene(17590條，占Unigene總數(shù)的26.98%)進(jìn)行了SSR分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)含SSR的序列有1665條，共發(fā)現(xiàn)1823個(gè)SSR，平均32.52 kb出現(xiàn)一個(gè)SSR。溝眶象微衛(wèi)星主要以三堿基重復(fù)類型為主(637，34.94%)，其次為單堿基重復(fù)(576，31.60%)。共發(fā)現(xiàn)104種堿基重復(fù)基元，所占比例最高的為(A/T)n(30.39%)，其次為(AT/AT)n(6.91%)。溝眶象SSR的平均長(zhǎng)度為15.74 bp，長(zhǎng)度大于20 bp的SSR僅占總數(shù)的12.70%。研究還發(fā)現(xiàn)溝眶象微衛(wèi)星出現(xiàn)的頻率和其長(zhǎng)度呈極顯著負(fù)相關(guān)(P<0.01)，相關(guān)系數(shù)為-0.572。研究結(jié)果為開發(fā)高多態(tài)性微衛(wèi)星引物來(lái)進(jìn)行溝眶象功能基因組學(xué)、種群遺傳結(jié)構(gòu)、種群遺傳多樣性等研究奠定了基礎(chǔ)。

溝眶象；微衛(wèi)星；轉(zhuǎn)錄組；重復(fù)類型；重復(fù)基元

微衛(wèi)星(microsatellite)又稱簡(jiǎn)單序列重復(fù)(simple sequence repeat, SSR)，一般以1-6個(gè)堿基為核心序列，其長(zhǎng)度通常較短(何平，1998)。由于這些序列廣泛存在于真核細(xì)胞的基因組(史潔等，2012)，同時(shí)具有可重復(fù)性高、多態(tài)性強(qiáng)、數(shù)量豐富、共顯性、對(duì)基因組有很好覆蓋性等特點(diǎn)(Liuetal., 2013)，因此微衛(wèi)星已經(jīng)成為不同物種遺傳研究中使用最廣泛的分子標(biāo)記(王麗鴛等，2014)，已被廣泛應(yīng)用于種群遺傳多樣性分析、動(dòng)植物分類和進(jìn)化、遺傳圖譜的構(gòu)建、基因定位和克隆、分子標(biāo)記輔助育種、品種鑒定等領(lǐng)域(Lietal., 2002; Varshneyetal., 2005)。SSR按來(lái)源分為基因組SSR(Genomic SSR, gSSR)和表達(dá)序列標(biāo)簽SSR(Expressed SSR，EST-SSR)(王東等，2014)。兩種SSR相比較，因EST-SSR源于基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)，其多態(tài)性與基因功能可能有直接關(guān)系(Eujayletal., 2002)，因此通用性更高。新一代高通量測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展為利用轉(zhuǎn)錄組序列開發(fā)SSR標(biāo)記帶來(lái)了福音，它不僅具有EST-SSR標(biāo)記的優(yōu)點(diǎn)，而且能產(chǎn)生更為海量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，因此為SSR標(biāo)記的開發(fā)提供了更全面的信息，從而提高了遺傳多樣性研究的準(zhǔn)確性。目前，研究者們已經(jīng)對(duì)很多物種轉(zhuǎn)錄組中的微衛(wèi)星進(jìn)行了研究分析，鞘翅目昆蟲中就有云南切梢小蠹Tomicusyunnanensis(袁遠(yuǎn)等，2014)、綠豆象Callosobruchuschinensis(Duanetal., 2014)、黃粉蟲Tenebriomolitor(Zhuetal., 2013)等，結(jié)果顯示在不同物種中微衛(wèi)星的分布特征差異很大。

溝眶象EucryptorrhynchuschinensisOlivier 隸屬鞘翅目Coleptera象甲科Curculioniclae隱喙象亞科Cryptorrhynchinae溝眶象屬EucryptorrhynchusHdler，主要以幼蟲蛀食臭椿根部為害。由于近10多年來(lái)檢疫不嚴(yán)，溝眶象及其近緣種臭椿溝眶象Eucryptorrhynchusbrandti已傳播擴(kuò)散至西北多個(gè)省區(qū)并成片嚴(yán)重發(fā)生，整個(gè)寧夏二代農(nóng)田林網(wǎng)中臭椿受害株率達(dá)15%以上，致死率達(dá)7%，嚴(yán)重影響了臭椿的環(huán)境生態(tài)效益和觀賞經(jīng)濟(jì)價(jià)值(楊貴軍等，2008a)。目前有關(guān)溝眶象的報(bào)道，主要集中在生物學(xué)、生態(tài)學(xué)以及防治措施等領(lǐng)域，幾乎沒(méi)有有關(guān)其遺傳背景和分子生物學(xué)方面的研究。本文根據(jù)已構(gòu)建的溝眶象轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)其微衛(wèi)星進(jìn)行了高通量發(fā)掘，旨在為今后開發(fā)高多態(tài)性微衛(wèi)星引物，對(duì)溝眶象進(jìn)行功能基因組學(xué)、種群遺傳結(jié)構(gòu)、種群遺傳多樣性等研究打下基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試蟲來(lái)源和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)

溝眶象樣品采自寧夏回族自治區(qū)銀川市靈武市梧桐樹鄉(xiāng)一隊(duì)，經(jīng)液氮瞬時(shí)冷凍后放于-80℃的冰箱中保存?zhèn)溆?。溝眶象總RNA樣品檢測(cè)合格后，利用Illumina HiSeq 2500測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行高通量深度測(cè)序，共獲得65186條Unigenes，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)未發(fā)表。

1.2 微衛(wèi)星的篩選

利用MISA軟件(Micro Satellite identification tool)(http://www.pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/)對(duì)溝眶象轉(zhuǎn)錄組中1 kb以上的Unigene進(jìn)行SSR位點(diǎn)分析，篩選標(biāo)準(zhǔn)為：?jiǎn)螇A基、二堿基、三堿基、四堿基、五堿基、六堿基的最少重復(fù)次數(shù)分別為12、6、5、5、5、5。復(fù)合SSR兩個(gè)位點(diǎn)間最大間隔堿基數(shù)為(Maximal number of bases interrupting 2 SSRs in a compound microsatellite)：100。

2 結(jié)果與分析

2.1 溝眶象轉(zhuǎn)錄組序列中SSR重復(fù)的分布

本研究利用MISA軟件對(duì)篩選得到的1 kb以上的Unigene進(jìn)行了SSR 分析，評(píng)估序列拼接總長(zhǎng)度為59281851 bp，獲得SSR數(shù)目為1823個(gè)(完整型SSR 1709個(gè))，這些SSR分布于1665條序列中，平均相隔32.52 kb出現(xiàn)一個(gè)SSR序列，SSR的出現(xiàn)頻率為10.36%。本研究?jī)H對(duì)溝眶象轉(zhuǎn)錄組中1-6堿基完整型SSR進(jìn)行分析，部分SSR信息見(jiàn)表1。

2.2 溝眶象轉(zhuǎn)錄組重復(fù)基元的分布

在溝眶象所有堿基重復(fù)類型中，三堿基重復(fù)SSR含量最多，約占總數(shù)的37.27%，其次為單堿基重復(fù)SSR(33.70%)、二堿基重復(fù)SSR(26.04%)，沒(méi)有發(fā)現(xiàn)六堿基重復(fù)SSR。研究還發(fā)現(xiàn)在溝眶象104種重復(fù)基元中，(A/T)n、(AT/AT)n、(TTA/TAA)n、(ATAA/TTAT)n、(AGGTT/AACCT)n和(AAGTA/TACTT)n分別在單、二、三、四、五堿基中出現(xiàn)頻率最多，它們?cè)诟髯灾貜?fù)基元類型中的比例分別是96.18%、28.31%、14.76%、23.26%、50.00%(表2)。

在溝眶象的104種堿基重復(fù)基元中，單、二、三、四、五堿基重復(fù)基元分別有4、12、58、23、7種，出現(xiàn)頻率最高的是(A/T)n(30.39%)，其次是(AT/AT)n(6.91%)、(TA/TA)n(6.80%)、(TTA/TAA)n(5.16%)、(AAT/ATT)n(4.44%)等。不同類型重復(fù)基元的SSR分布見(jiàn)圖1。

表1 溝眶象轉(zhuǎn)錄組中微衛(wèi)星數(shù)據(jù)庫(kù)的部分結(jié)果

表2 溝眶象轉(zhuǎn)錄組中不同微衛(wèi)星優(yōu)勢(shì)重復(fù)基元出現(xiàn)的頻率

圖1 基于重復(fù)基元類型的微衛(wèi)星分布(考慮到堿基互補(bǔ))Fig.1 Microsatellites distribution on different repeat motifs (considering sequence complementary)注：Other motifs 表示頻率小于0.80%的重復(fù)基元類型。Note：Other motifs denote the repeat motifs with frequency below 0.80%.

2.3 溝眶象轉(zhuǎn)錄組序列中微衛(wèi)星的長(zhǎng)度分布

溝眶象轉(zhuǎn)錄組中所發(fā)現(xiàn)的1709個(gè)完整型SSR中，微衛(wèi)星長(zhǎng)度存在顯著變異，從12-48個(gè)堿基不等，平均長(zhǎng)度為15.74個(gè)堿基。如圖2顯示，溝眶象微衛(wèi)星以重復(fù)長(zhǎng)度小于20 bp的短重復(fù)序列最多，其中12-15 bp的數(shù)量最多(1098，64.25%)，其次為16-20 bp(394，23.05%)，長(zhǎng)度大于20 bp的長(zhǎng)序列重復(fù)僅占微衛(wèi)星總數(shù)的12.70%。本研究進(jìn)一步利用SPSS軟件進(jìn)行Person相關(guān)性分析，結(jié)果表明溝眶象微衛(wèi)星出現(xiàn)的頻率和其長(zhǎng)度呈極顯著負(fù)相關(guān)(P<0.01)，相關(guān)系數(shù)為-0.572。

圖2 溝眶象轉(zhuǎn)錄組中微衛(wèi)星的長(zhǎng)度分布Fig. 2 Length distribution of microsatellites in Eucryptorrhynchus chinensis transcriptome

3 結(jié)論與討論

本研究從溝眶象轉(zhuǎn)錄組中發(fā)掘到1823個(gè)SSR位點(diǎn)，分布于1665條Unigene序列中。溝眶象SSR的出現(xiàn)頻率為10.36%，這與黑翅土白蟻Odontotermesformosaanus(9.98%)(Huangetal., 2012)中SSR的出現(xiàn)頻率差不多，高于煙粉虱Bemisiatabaci(5.07%)(Xieetal., 2012)、細(xì)梢小卷蛾Rhyacionialeptotubula(3.09%)(Zhuetal., 2013)、粘蟲Mythimnaseparate(1.93%)(胡艷華等，2015)中SSR的出現(xiàn)頻率。鞘翅目昆蟲中，云南切梢小蠹Tomicusyunnanensis(袁遠(yuǎn)等，2014)和黃粉蟲Tenebriomolitor(Zhuetal., 2013)轉(zhuǎn)錄組中檢測(cè)出的SSR的出現(xiàn)頻率分別為1.29%、1.79%，明顯低于溝眶象轉(zhuǎn)錄組中SSR的出現(xiàn)頻率，這說(shuō)明溝眶象轉(zhuǎn)錄組中SSR數(shù)量相對(duì)來(lái)說(shuō)十分豐富。分析其中的原因，除了SSR位點(diǎn)的搜索方法或計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)有差異外，最根本的原因可能是物種特異性(黃海燕等，2013)。

在鑒定得到的溝眶象轉(zhuǎn)錄組SSR中，三堿基重復(fù)類型的數(shù)量最高，約占總數(shù)的33.70%。這與綠豆象Callosobruchuschinensis(Duanetal., 2014)、二點(diǎn)委夜蛾Athetislepigone(Lietal., 2013)、白背飛虱Sogatellafurcifera(Xuetal., 2012)、云南切梢小蠹Tomicusyunnanensis(袁遠(yuǎn)等，2014)等昆蟲的SSR以三堿基重復(fù)為主類似。大部分昆蟲中的微衛(wèi)星都是以三堿基重復(fù)為主導(dǎo)重復(fù)類型，這有可能是為了防止蛋白質(zhì)編碼時(shí)發(fā)生移碼突變現(xiàn)象(Sunetal., 2011)。本研究中溝眶象微衛(wèi)星重復(fù)基元中所占比例最高的為(A/T)n，達(dá)到30.39%，這與黃粉蟲、云南切梢小蠹、扶桑綿粉蚧Phenacoccussolenopsis(羅梅等，2014)的轉(zhuǎn)錄組中SSR的分析結(jié)果一致。溝眶象三堿基重復(fù)中，TTA/TAA為優(yōu)勢(shì)重復(fù)基元，而鞘翅目昆蟲中的黃粉甲和云南切梢小蠹三堿基重復(fù)中都是以AAT/ATT為優(yōu)勢(shì)重復(fù)基元。這種差異可能與昆蟲自身SSR特點(diǎn)以及轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來(lái)源等緊密相關(guān)。

SSR分子標(biāo)記的多態(tài)性是判斷其可用性的重要依據(jù)，而其長(zhǎng)度又是影響其多態(tài)性高低的重要因素。Temnykh等(2001)的研究表明，當(dāng)SSR長(zhǎng)度≥20 bp時(shí)多態(tài)性較高，長(zhǎng)度在12-20 bp時(shí)多態(tài)性中等，而長(zhǎng)度在12 bp以下時(shí)SSR多態(tài)性極低。本研究在SSR篩選過(guò)程中已經(jīng)將長(zhǎng)度在12 bp 以下的SSR過(guò)濾掉，最終發(fā)現(xiàn)溝眶象轉(zhuǎn)錄組中SSR長(zhǎng)度在12-48個(gè)堿基不等，平均長(zhǎng)度為15.74個(gè)堿基，具有高多態(tài)性的SSR所占比例僅為12.70%，這部分多態(tài)性潛能高的SSR在高效開發(fā)溝眶象微衛(wèi)星標(biāo)記方面應(yīng)該具有較高的利用價(jià)值(楊華等，2011)。本研究還發(fā)現(xiàn)溝眶象微衛(wèi)星出現(xiàn)的頻率和其長(zhǎng)度呈極顯著負(fù)相關(guān)(P<0.01)，相關(guān)系數(shù)為-0.572。根據(jù)Samadi等(1998)的研究可以得出，基因組中長(zhǎng)度較短的SSR變異速率較快，而長(zhǎng)度較長(zhǎng)的SSR變異速率則較慢，相對(duì)來(lái)說(shuō)較穩(wěn)定。雖然基因序列中的SSR增加了基因的不穩(wěn)定性，但正是這樣的不穩(wěn)定性為基因變異提供了動(dòng)力。

本研究基于構(gòu)建獲得的溝眶象轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)其SSR進(jìn)行了高通量發(fā)掘，并對(duì)溝眶象SSR的特征進(jìn)行了分析，表明利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)發(fā)掘SSR是高效可行的。研究結(jié)果為開發(fā)高多態(tài)性微衛(wèi)星引物來(lái)進(jìn)行溝眶象功能基因組學(xué)、種群遺傳結(jié)構(gòu)、種群遺傳多樣性等研究奠定了基礎(chǔ)，這對(duì)于從分子角度探究溝眶象的擴(kuò)散機(jī)制及綜合防治等都具有非常重要的意義，同時(shí)為探索溝眶象和其近緣種臭椿溝眶象的起源進(jìn)化關(guān)系打下基礎(chǔ)。

References)

Duan CX, Li DD, Sun SL,etal. Rapid development of microsatellite markers forCallosobruchuschinensisusing Illumina paired-end sequencing[J].PLoSONE, 2014,9(5): e95458.

Eujayl I, Sorrells M, Banm M,etal. Isolation of EST-derived microsatellite markers for genotyping the A and B genomes of wheat[J].TheoreticalandAppliedGenetics,2002,104(2): 399-407.

He P. Abundance, polymorphism and applications of microsatellite in eukaryote[J].Hereditas,1998,20(4):42-47.[何平.真核生物中的微衛(wèi)星及其應(yīng)用[J].遺傳,1998, 20(4):42-47]

Huang HY, Du HY, Wuyun TN,etal.Development of SSR molecular markers based on transcriptome sequencing ofEucommiaulmoides[J].ScientiaSilvaeSinicae, 2013, 49(5): 176-181.[黃海燕,杜紅巖,烏云塔娜,等.基于杜仲轉(zhuǎn)錄組序列的SSR分子標(biāo)記的開發(fā)[J]. 林業(yè)科學(xué), 2013,49(5): 176-181]

Huang Q, Sun P, Zhou X,etal.Characterization of head transcriptome and analysis of gene expression involved in caste differentiation and aggression inOdontotermesformosanus(Shiraki)[J].PLoSONE,2012,7(11): e50383.

Hu YH, Li M, Zhang HF,etal. The information analysis of SSR loci in theMythimnaseparate(Walker) transcriptome[J].JournalofShanxiAgriculturalUniversity, 2015, 35(5): 484-489.[胡艷華,李敏,張虎芳,等.粘蟲轉(zhuǎn)錄組中SSR位點(diǎn)的信息分析[J].山西農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào), 2015, 35(5): 484-489]

Li LT, Zhu YB,Ma JF,etal.An analysis of theAthetislepigonetranscriptome from four developmental stages[J].PLoSONE, 2013, 8(9): e73911.

Li YC, Korol AB, Fahima T,etal.Microsatellites: Genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: A review[J].MolecularEcology, 2002,11(12): 2453-2465.

Liu T, Zhu S, Fu L,etal. Development and characterization of 1827 expressed sequence tag-derived simple sequence repeat markers for ramie (BoehmerianiveaL. Gaud)[J].PLoSONE,2013,8(4): e60346.

Luo M, Zhang H, Bin SY,etal. High-throughput discovery of SSR genetic markers in the mealybug,Phenacoccussolenopsis(Hemiptera:Pseudococcidae), from its transcriptome database[J].ActaEntomologicaSinica,2014,57(4): 395-400. [羅梅,張鶴,賓淑英,等.基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)高通量發(fā)掘扶桑綿粉蚧微衛(wèi)星引物[J].昆蟲學(xué)報(bào), 2014, 57(4): 395-400]

Samadi S, Artiguebielle E, Estoup A,etal. Density and variability of dinucleotide microsatellites in the parthenogenetic polyploid snailMelanoidestuberculata[J].MolecularEcology,1998,7(9):1233-1236.

Shi J,Yin TM,Guan HW,etal.Characteristic analysis of microsatellitesCamelliaspp.[J].JournalofNanjingForestryUniversity(Natural Sciences Edition),2012,36:47-52. [史潔,尹佟明,管宏偉,等.油茶基因組微衛(wèi)星特征分析[J].南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版), 2012,36:47-52]

Temnykh S, DeClerck G, Lukashova A,eta1. Computational and experimental analysis of microsatellites in rice (OryzasativaL.)[J].GenomeResearch, 2001,11:1441-1452.

Varshney RK, Graner A, Sorrells ME. Genic microsatellite markers in plants:Features and applications [J].TrendsinBiotechnology, 2005, 23(1):48-55.

Wang D, Cao LY, Gao JP. Data mining of simple sequence repeats inCodonopsispilosulatranscriptome[J].ChineseTraditionalandHerbalDrugs, 2014, 46(8):2390-2394.[王東,曹玲亞,高建平.黨參轉(zhuǎn)錄組中SSR位點(diǎn)信息分析[J].中草藥,2014,46(8): 2390-2394]

Wang LY, Wei K, Zhang CC,etal.Characterization of micorsatellites in tea (Camelliasinensis) floral transcriptome[J].ActaAgronomicaSinica, 2014, 40(1): 80-85. [王麗鴛,韋康,張成才,等.茶樹花轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星分布特征[J].作物學(xué)報(bào), 2014, 40(1): 80-85]

Xie W, Meng QS, Wu QJ,etal. Pyrosequencing theBemisiatabacitranscriptome reveals a highly diverse bacterial community and a robust system for insecticide resistance[J].PLoSONE, 2012, 7(4): e35181.

Xu Y, Zhou W, Zhou Y,etal.Transcriptome and comparative gene expression analysis ofSogatellafurcifera(Horvath) in response to southern rice black-streaked dwarf virus[J].PLoSONE, 2012, 7(4): e36238.

Yang GJ, Yong HL, Wang XP.The biological characters and behavior ofEucryptorrhynchuschinensis[J].ChineseBulletinofEntomology, 2008, 45(1): 65-69.[楊貴軍,雍惠莉,王新譜.溝眶象的生物學(xué)特性及行為觀察[J].昆蟲知識(shí), 2008, 45(1): 65-69]

Yang H, Chen Q, Wei ZL,etal.Analysis on SSR information inCamelliasinensistranscriptome[J].JournalofAnhuiAgriculturalUniversity,2011,38:882-886.[楊華,陳琪,韋朝領(lǐng),等.茶樹轉(zhuǎn)錄組中SSR位點(diǎn)的信息分析[J].安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào),2011,38:882-886]

Yuan Y, Zhang LF, Wu GX,etal. High-throughput discovery microsatellites inTomicusyunnanenss(Coleoptera: Scolytonae)[J].JournalofEnvironmentalEntomology,2014,36(2):166-170.[袁遠(yuǎn),張麗芳,吳國(guó)星,等.云南切梢小蠹微衛(wèi)星的高通量發(fā)掘[J].環(huán)境昆蟲學(xué)報(bào), 2014,36(2):166-170]

Zhu JY, Li YH, Yang S,etal.De novo assembly and characterization of the gobal transcriptome forRhyacionialeptotubulausing Illumina paired-end sequencing[J].PLoSONE, 2013, 8(11): e81096.

Zhu JY,Wu GX,Yang B.High-throughput discovery of SSR genetic markers in the yellow mealworm beetle,Tenebriomolitor(Coleoptera: Tenebrionidae), from its transcriptome database[J].ActaEntomologicaSinica,2013,56(7):724-728.

Characteristic analysis of microsatellite inEucryptorrhynchuschinensistranscriptome

WU Zheng-Mei, GAO Peng, WEN Jun-Bao*

(Beijing Key Laboratory for Forest Pest Control, Beijing Forestry University, Beijing 100083, China)

According to the constructed transcriptome database ofEucryptorrhynchuschinensis, the microsatellites have been explored at a high-throughput scale by using Micro Satellite identification tool. The microsatellites in the unigenes (the length ≥1 kb) (17590, 26.89%) were analyzed and a total of 1823 SSR were identified in 1665 unigenes, with one SSR per 32.52 kb. Tri-nucleotide repeats were the most abundant (637, 34.94%), followed by mono nucleotide repeats (576, 31.60%). Among all the 104 SSR motifs, (A/T) n was the most frequent repeat motif (30.39%), followed by (AT/AT) n (6.91%). The average length of microsatellites was 15.74 bp, the microsatellites over 20 bp were only 12.70%.There was significant negative correlation (P<0.01) between the frequency and the length of microsatellites ine.chinensistranscriptome and the correlation coefficient was -0.572. These results lay a foundation for developing high polymorphic microsatellites to research the functional genomics, population genetic structure and genetic diversity ofe.chinensis.

Eucryptorrhynchuschinensis; microsatellite; transcriptome; repeat type; repeat motif

林業(yè)公益性行業(yè)科研專項(xiàng)(201304412;201204501)

武政梅，女，1991年生，山東泰安人，碩士，研究方向?yàn)槔ハx分子生物學(xué)，E-mail: zhengmeibest@163.com

*通訊作者Author for correspondence, E-mail：wenjb@bjfu.edu.cn

Received：2015-10-29；接受日期Accepted：2015-12-29

Q965;S433.5

A

1674-0858(2016)05-0979-05