不同節(jié)點(diǎn)尺度下基于共同鄰居的功能腦網(wǎng)絡(luò)建模方法研究

楊艷麗，郭 浩，李海芳,鄧紅霞

(太原理工大學(xué) 計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，太原 030024)

不同節(jié)點(diǎn)尺度下基于共同鄰居的功能腦網(wǎng)絡(luò)建模方法研究

楊艷麗，郭 浩，李海芳,鄧紅霞

(太原理工大學(xué) 計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，太原 030024)

采用腦網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)特性與功能特性相結(jié)合的建模方法,探索了3種不同節(jié)點(diǎn)尺度下的建模效果好壞。結(jié)構(gòu)特性采用解剖距離;功能特性采用共同鄰居這一相似性指標(biāo)，從腦網(wǎng)絡(luò)的全局屬性與局部屬性的角度分析了建模效果,并提出了一種評(píng)估構(gòu)建的模型網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)的擬合相似程度的指標(biāo)E值。結(jié)果表明,采用共同鄰居相似性這一指標(biāo),在3種尺度下構(gòu)建的腦網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)的屬性擬合程度不同,90個(gè)節(jié)點(diǎn)下的擬合程度最好,其他2種次之。

多尺度;功能腦網(wǎng)絡(luò)建模;解剖距離;共同鄰居;網(wǎng)絡(luò)相似度

人腦是一個(gè)復(fù)雜多變的系統(tǒng),與之相似的還包括銷售、生態(tài)、公共交通、計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)等,這些系統(tǒng)均可以采用不同的方法來定義網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點(diǎn)和邊。利用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)基本原理[1]以及統(tǒng)計(jì)物理學(xué)[2]等方法進(jìn)行拓?fù)鋵傩苑治?以期發(fā)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)基本屬性及節(jié)點(diǎn)間潛在的拓?fù)潢P(guān)系。

近年來,越來越多關(guān)于腦網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和功能特性的關(guān)系[3],取得了顯著的成果。很多神經(jīng)疾病被證實(shí)了與人腦的結(jié)構(gòu)和功能拓?fù)洚惓Ｏ嚓P(guān)[4]。因此,在不同尺度下來研究結(jié)構(gòu)腦網(wǎng)絡(luò)與功能腦網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵傩砸约八鼈冎g存在怎樣的關(guān)系是非常重要的。

不同的節(jié)點(diǎn)定義,將直接影響全腦網(wǎng)絡(luò)功能特化的解釋。同時(shí),網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵傩砸彩芫W(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)尺度的影響。目前的研究中,節(jié)點(diǎn)定義方法主要采用的是利用先驗(yàn)的解剖模板,來進(jìn)行腦區(qū)的劃分。如AAL[5]、ANIMAL[6]模板等。這些模板往往是針對(duì)某一個(gè)或幾個(gè)樣本,人為的進(jìn)行腦區(qū)的分割,再通過標(biāo)準(zhǔn)化方法,映射到新的樣本中。這一方法簡單有效,但卻存在一定的缺陷。為了避免上述問題的出現(xiàn),一些研究提出了新的節(jié)點(diǎn)定義方法。Hagmann[7]利用DTI影像數(shù)據(jù),通過隨機(jī)種子點(diǎn)方法,定義了506,1 013,2 026以及4 052等4種不同節(jié)點(diǎn)規(guī)模模板。利用相同的方法,Honey[8]定義了低分辨率(66個(gè)節(jié)點(diǎn))和高分辨率(998個(gè)節(jié)點(diǎn))兩個(gè)模板。不同尺度的節(jié)點(diǎn)規(guī)模對(duì)功能連接的計(jì)算產(chǎn)生極大影響的同時(shí),對(duì)網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵傩匀匀痪哂袥Q定性的作用[9]。選擇合理的節(jié)點(diǎn)規(guī)模,是我們理解網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩约跋嚓P(guān)結(jié)論的重要前提。

2010年,Newman[10]驗(yàn)證了生成隨機(jī)圖的理論模型,即腦區(qū)之間存在連接的概率與其之間的結(jié)構(gòu)度有一定的關(guān)系。隨后,Hermundstad et al[11]研究發(fā)現(xiàn)了一些結(jié)構(gòu)屬性(包括白質(zhì)流的長度、數(shù)量和空間位置)可以作為先驗(yàn)條件來進(jìn)行功能連接的預(yù)測(cè)。2013年,Tewarie[12]利用解剖距離、結(jié)構(gòu)連接和結(jié)構(gòu)度來進(jìn)行功能連接的預(yù)測(cè),結(jié)果證明了結(jié)構(gòu)度在預(yù)測(cè)中發(fā)揮了最大程度的作用,其次是解剖距離。越來越多的研究證明,在某種程度上,腦網(wǎng)絡(luò)中的結(jié)構(gòu)連接和功能連接存在關(guān)聯(lián)。Vértes首次鏈路預(yù)測(cè)指標(biāo)[13-14]引入了功能腦網(wǎng)絡(luò)建模中,其中共同鄰居指標(biāo)(Common neighbor)是基于局部信息的最簡單的相似性指標(biāo)。

文中采用在不同的尺度下,將結(jié)構(gòu)特性與功能特性結(jié)合構(gòu)建的功能腦網(wǎng)絡(luò),這里具體是指解剖距離和共同鄰居相似度指標(biāo),利用數(shù)學(xué)公式構(gòu)建功能腦網(wǎng)絡(luò),目的是能夠找出其最佳擬合。

1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)及預(yù)處理

在本實(shí)驗(yàn)中共采集了28名健康被試腦部的功能磁共振(functional magnetic resonance imaging,fMRI)數(shù)據(jù)。采集及預(yù)處理工作過程均與山西醫(yī)科大學(xué)第一醫(yī)院合作完成。在實(shí)驗(yàn)前,均與所有被試本人簽署了書面協(xié)議。

在掃描的過程中,要求被試在清醒放松的狀態(tài)下進(jìn)行。掃描參數(shù)設(shè)置如下:33 axial slices,repetition time (tR)=2000 ms,echo time (tE)=30 ms,thickness/skip=4/0 mm,field of view (FOV)=192 mm×192 mm,matrix=64 mm×64 mm,flip angle=90°,248 volumes。

數(shù)據(jù)的預(yù)處理過程是通過SPM8(Statistical Parametric Mapping)[15]軟件進(jìn)行的。(http:∥www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm)。具體步驟包括時(shí)間片校正;頭動(dòng)校正(頭動(dòng)大于3 mm或轉(zhuǎn)動(dòng)大于3°而被棄除);空間標(biāo)準(zhǔn)化(圖像進(jìn)行12維度的優(yōu)化仿射變換,將其標(biāo)準(zhǔn)化到3 mm體素的MNI標(biāo)準(zhǔn)空間中);低頻濾波(0.06～0.11 Hz,以降低低頻漂移及高頻的生物噪音)。

2 功能腦網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

功能腦網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建主要包括:節(jié)點(diǎn)的定義,邊的定義及閾值的選擇。

2.1 節(jié)點(diǎn)定義

在節(jié)點(diǎn)的定義上,以AAL模板為基礎(chǔ),通過隨機(jī)種子的設(shè)置,對(duì)AAL原有腦區(qū)進(jìn)行細(xì)分,以達(dá)到不同尺度下節(jié)點(diǎn)的定義。具體方法如下:首先,設(shè)置N為預(yù)期的節(jié)點(diǎn)數(shù)。在研究中,我們嘗試了250和500兩個(gè)尺度下的節(jié)點(diǎn)數(shù),加上原有AAL模板90節(jié)點(diǎn)的定義,共得到3個(gè)不同的節(jié)點(diǎn)尺度。接下來,計(jì)算得到原有模板的每個(gè)腦區(qū)占全部腦區(qū)的體素比例V；然后,根據(jù)預(yù)設(shè)的節(jié)點(diǎn)數(shù)N,可計(jì)算得到AAL原有腦區(qū)可細(xì)化的子區(qū)域的個(gè)數(shù)k=VN，即腦區(qū)BR在N的節(jié)點(diǎn)規(guī)模下,應(yīng)該細(xì)分為k個(gè)子區(qū)域。此后,令腦區(qū)BR設(shè)置k個(gè)隨機(jī)種子體素S=S1,S2,S3，…，Sk,然后依次計(jì)算全部余下的體素與Si種子體素的距離。在此采用動(dòng)態(tài)隨機(jī)種子點(diǎn)的設(shè)置方法,即在計(jì)算距離之后,當(dāng)前體素V與距離最近的體素Si組合,形成新的子區(qū)域,并且將V和Si的物理中心設(shè)置為生成新的種子體素。依次循環(huán),直至腦區(qū)內(nèi)所有體素均劃分完成。至此,腦區(qū)BR便完成了k的劃分。當(dāng)所有腦區(qū)劃分完成后,便可完成預(yù)期節(jié)點(diǎn)尺度N下的腦區(qū)劃分。

需要注意的是,在腦區(qū)劃分時(shí),目前采用的方法下,只面對(duì)獨(dú)立的AAL腦區(qū)劃分。對(duì)于AAL模板中相鄰腦區(qū),即便其體素距離更近,我們?nèi)圆贿M(jìn)行劃分。此外,子區(qū)域個(gè)數(shù)k可能不是一個(gè)整數(shù)。在這種情況下,采用四舍五入方式進(jìn)行。所以,實(shí)際生成的節(jié)點(diǎn)數(shù)與預(yù)期設(shè)置N會(huì)存在細(xì)微的偏差。

將上述過程重復(fù)2次,分別設(shè)置N為250和500。三個(gè)尺度下,所得到的腦區(qū)個(gè)數(shù)分別為256和497。結(jié)合原有AAL模板,共完成了3種節(jié)點(diǎn)尺度的定義,分別標(biāo)記為AAL90,Parc256以及Parc497。其中前綴AAL表示采用原有AAL模板,Parc表示此定義采用上述算法生成。

2.2 邊的定義

本文網(wǎng)絡(luò)中邊的定義采用了皮爾遜相關(guān)系數(shù)。首先,為了去除由于頭動(dòng)引起的偽差異,將每個(gè)節(jié)點(diǎn)的平均時(shí)間序列進(jìn)行多元線性回歸分析。然后,將其結(jié)果殘差做兩兩皮爾遜相關(guān),具體是:

(1)

式中,Xi和Yi分別表示體素i和體素j的時(shí)間序列。最后根據(jù)閾值將所得的關(guān)聯(lián)矩陣轉(zhuǎn)換為對(duì)應(yīng)的二值矩陣。

2.3 閾值選擇

在復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)比較研究中,由于圖的規(guī)模及連接密度決定了度量指標(biāo)的量化值，所以在進(jìn)行復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)之間的拓?fù)鋵傩缘亩勘容^之前,必須對(duì)其進(jìn)行控制。實(shí)驗(yàn)中,對(duì)閾值的設(shè)置采用稀疏度S,即網(wǎng)絡(luò)中實(shí)際存在的邊數(shù)與網(wǎng)絡(luò)中可能存在的最大邊數(shù)的比值。由于腦網(wǎng)絡(luò)是表現(xiàn)出典型的小世界屬性的低消耗網(wǎng)絡(luò),所以利用這一基本特性,來進(jìn)行閾值空間的設(shè)定,這樣在保證小世界屬性的同時(shí),最大程度的去掉偽連接。其具體規(guī)則如下:

所有節(jié)點(diǎn)的平均度(節(jié)點(diǎn)的度是指所有連接到該節(jié)點(diǎn)的邊的數(shù)量)大于2×ln(N)。此時(shí)N為網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)數(shù)量。

小世界標(biāo)量σ>1.1(小世界標(biāo)量定義見下節(jié))。

由于研究中采用了3種不同的節(jié)點(diǎn)尺度的定義,其節(jié)點(diǎn)數(shù)各不相同。那么,根據(jù)上述原則所得的閾值空間,在3種節(jié)點(diǎn)尺度下并不完全一致。為了研究的可比性,在統(tǒng)一的空間,我們統(tǒng)一采用了90個(gè)節(jié)點(diǎn)下的閾值空間S∈(8 %,32 %)作為標(biāo)準(zhǔn)空間進(jìn)行比較,并以步長為0.1在所有稀疏度下,構(gòu)建腦功能網(wǎng)絡(luò)。

3 基于共同鄰居指標(biāo)的功能腦網(wǎng)絡(luò)建模

本文采用的是基于解剖距離及共同鄰居指標(biāo)的功能腦網(wǎng)絡(luò)建模方法。將解剖距離和共同另據(jù)指標(biāo)作為參數(shù),利用數(shù)學(xué)公式構(gòu)建腦網(wǎng)絡(luò)功能連接。

3.1 功能腦網(wǎng)絡(luò)建模方法

本實(shí)驗(yàn)采集了28例健康被試的fMRI數(shù)據(jù)。為了避免被試之間的差異,數(shù)學(xué)建模在所有被試的均值網(wǎng)絡(luò)上進(jìn)行,并且選出最優(yōu)模型。隨后再將最優(yōu)模型得到的參數(shù)映射到每個(gè)被試,最終構(gòu)建每個(gè)被試的最優(yōu)網(wǎng)絡(luò)模型,并且利用最優(yōu)網(wǎng)絡(luò)模型來評(píng)價(jià)建模效果。

本文沿用了Vértes提出的基于結(jié)構(gòu)特性和功能特性相結(jié)合的功能腦網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法,其數(shù)學(xué)建模公式2所示。其中結(jié)構(gòu)特性采用的是解剖距離,功能特性采用的是共同鄰居這一相似性指標(biāo)。

Pi,j∝(Si,j)γ×(di,j)-η.

(2)

式中：Si，j為共同鄰居指標(biāo);di,j為解剖距離;γ和η是常數(shù)參數(shù)。實(shí)驗(yàn)中參數(shù)的取值范圍設(shè)置為[0,3],將步長為0.1。

3.2 網(wǎng)絡(luò)相似度評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)

構(gòu)建的腦網(wǎng)絡(luò)模型與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)之間的相似度如何評(píng)價(jià)是值得深思的一個(gè)問題。Vértes et al在構(gòu)建模型時(shí)就提出利用E值計(jì)算網(wǎng)絡(luò)相似度,其計(jì)算公式為:

(3)

式中：P1，P2，P3，P4分別為模型網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)屬性之間進(jìn)行組間t檢驗(yàn)得到的P值。

之后,Roger Guimer[16]利用相對(duì)誤差來評(píng)估重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)的網(wǎng)絡(luò)之間存在的差異。具體是假設(shè)真實(shí)網(wǎng)絡(luò)的屬性為Vt;重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的屬性為Vm,相對(duì)誤差的計(jì)算如式(4)所示。

(4)

本文結(jié)合上述兩種方法,提出了一種新的計(jì)算方法,如式(5)所示。

(5)

大量的網(wǎng)絡(luò)指標(biāo)可以從不同層面刻畫網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵傩?。研究?我們選擇了幾種較為基礎(chǔ)的指標(biāo)，特征路徑長度(Characteristic Path Length,l),全局效率(Global Efficiency,Eg),局部效率(Local Efficiency,Eloc),聚合系數(shù)(Clustering Coefficient,C),傳遞性(Transitivity,T)。其中,特征路徑長度和全局效率是全局屬性,其余為局部屬性。根據(jù)上述公式,顯而易見E值越大,其構(gòu)建的網(wǎng)絡(luò)模型與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)之間的相似度越高。

最優(yōu)模型是指在不同稀疏度下,所對(duì)應(yīng)的使E值最大的參數(shù)對(duì)γ和η。實(shí)驗(yàn)中設(shè)置的稀疏度為5%～40%,以5%為步長,共8個(gè)不同的稀疏度。因此,每個(gè)尺度下,利用均值網(wǎng)絡(luò)建模共得到8個(gè)最優(yōu)模型。

4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析

在三種不同尺度下,采用共同鄰居這一相似性指標(biāo)和解剖距離進(jìn)行腦功能網(wǎng)絡(luò)建模,并且進(jìn)行了腦網(wǎng)絡(luò)全局和局部屬性擬合相似度的分析,評(píng)估了建模效果的優(yōu)劣。

4.1 網(wǎng)絡(luò)屬性擬合

圖1顯示了在三種不同尺度下構(gòu)建的模型網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)屬性的平均相對(duì)誤差。首先,在每個(gè)尺度下,我們計(jì)算了所有被試在8個(gè)稀疏度下的網(wǎng)絡(luò)屬性的相對(duì)誤差,然后求均值得到每個(gè)被試平均相對(duì)誤差。

圖1 三種不同尺度下模型屬性與真實(shí)屬性的相對(duì)誤差

建模結(jié)果表明,總體來說,在三個(gè)不同尺度下,90個(gè)節(jié)點(diǎn)構(gòu)建的腦網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)屬性的擬合效果最好。

從網(wǎng)絡(luò)屬性上來說,無論在哪種尺度下,特征路徑長度、全局效率和傳遞性這三種屬性的擬合效果都比較理想,相對(duì)誤差較低。而局部效率屬性的擬合效果在90個(gè)節(jié)點(diǎn)的尺度下其擬合效果較好,在256和497個(gè)節(jié)點(diǎn)尺度下,相對(duì)誤差會(huì)急劇增大。聚合系數(shù)這一屬性在三種不同尺度下其擬合效果都比較差,相對(duì)誤差都高。

4.2 網(wǎng)絡(luò)相似度的評(píng)價(jià)(E值)

三種尺度下構(gòu)建的模型網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)之間的相似性擬合程度通過E值來評(píng)估,詳見圖2。

圖2 三種不同尺度下模型網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)整體相似度E值

從圖中可以看出,在三種尺度下的相似度E值差別不是很明顯。90個(gè)節(jié)點(diǎn)的尺度下模型網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)的相似程度稍高,其次是256和497這兩種節(jié)點(diǎn)尺度下相似程度。

5 結(jié)論

主要研究了不同尺度下,采用共同鄰居指標(biāo)在功能腦網(wǎng)絡(luò)建模中的應(yīng)用。建模方法是將腦網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)與功能特性相結(jié)合的數(shù)學(xué)方法。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示三種尺度下,對(duì)腦網(wǎng)絡(luò)全局或局部屬性的擬合效果不同。從整體擬合程度來看,90個(gè)節(jié)點(diǎn)構(gòu)建的腦網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)擬合效果最好,其他兩種次之。此外,利用E值來評(píng)價(jià)網(wǎng)絡(luò)相似度,是否還有更好的評(píng)價(jià)指標(biāo)有待探索。并且,本文對(duì)所選擇的屬性并沒有考慮權(quán)重問題,這些問題都會(huì)在未來的研究中進(jìn)行更深一步的研究。

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(編輯：朱 倩)

Research on Method of Brain Functional Network Modeling Based onCommon Neighbor with different node scales

YANG Yanli，GUO Hao，LI Haifang，DENG Hongxia

(CollegeofComputerScienceandTechnology,TaiyuanUniversityofTechnology,Taiyuan030024，China)

This paper adopts a modeling method combining brain network structural and functional characteristics and explores the modeling effect under three node scales.The structural characteristic uses anatomical distance and functional characteristic uses common neighbor similarity index.We analyze the modeling effect from the global properties and local properties of five kinds of brain network and put forward an indexEas the evaluation of the fitting similarily between model and real networks.Results show the fitting degree under the three node scales is different.The fitting degree for 90 nodes scale is best and the other two is slightly inferior.

multi-scale;brain functional network modeling;anatomical distance;common neighbor;network similarity

1007-9432(2015)06-0760-04

2015-06-26

國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目:多模態(tài)腦功能復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析方法及應(yīng)用研究(61373101),基于解剖距離及節(jié)點(diǎn)相似度功能腦網(wǎng)絡(luò)建模方法研究(61402318);山西省教育廳高?？萍紕?chuàng)新項(xiàng)目(20121003),太原理工大學(xué)青年基金項(xiàng)目(2012L014，2013T047)

楊艷麗(1987-)，女，太原市人，博士,主要從事智能信息處理、腦信息學(xué)的研究，(E-mail)yangyanli0111@163.com

鄧紅霞，女，副教授，主要從事智能信息處理腦信息學(xué)研究，(E-mail)denghz@tyut.edu.cn

文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A DOI：10.16355/j.cnki.issn1007-9432tyut.2015.06.022