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    蛋白質(zhì)乙?;揎椦芯窟M展

    2015-04-09 12:35:18呂斌娜梁文星
    生物技術(shù)通報 2015年4期
    關(guān)鍵詞:賴氨酸乙?;?/a>乙酰

    呂斌娜 梁文星

    (青島農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學與植物保護學院,青島 266109)

    蛋白質(zhì)乙酰化修飾研究進展

    呂斌娜 梁文星

    (青島農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學與植物保護學院,青島 266109)

    蛋白質(zhì)乙酰化是一種普遍存在的、可逆而且高度調(diào)控的蛋白質(zhì)翻譯后修飾方式,主要發(fā)生在蛋白質(zhì)賴氨酸殘基的ε-NH2位。乙?;难芯繗v史已達50多年,目前已成為國際上蛋白質(zhì)領(lǐng)域的研究熱點。乙?;揎椨梢阴;D(zhuǎn)移酶和去乙?;腹餐{(diào)節(jié),且參與了幾乎所有的生物學過程,如轉(zhuǎn)錄、應激反應、新陳代謝以及蛋白合成與降解等。近年來,乙酰化修飾的檢測技術(shù)發(fā)展迅速,從已廣泛應用的質(zhì)譜法到新技術(shù)如蛋白質(zhì)芯片的加入,都為深入研究乙?;峁┝藦娪辛Φ墓ぞ?。蛋白質(zhì)乙?;瘧脧V泛,主要在代謝疾病中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用,而且去乙?;敢种苿┮呀?jīng)成為治療心臟病、糖尿病和癌癥等多種疾病的有潛力的試劑。圍繞乙酰化的研究歷程、功能、檢測技術(shù)和應用進行了探討和歸納,并在此基礎(chǔ)上進行了展望和討論。

    蛋白質(zhì)乙?;揎?;代謝;去乙?;敢种苿灰阴;D(zhuǎn)移酶

    1 蛋白質(zhì)乙?;跋嚓P(guān)概念

    蛋白質(zhì)翻譯后修飾(Post-translational modification,PTM)是指蛋白質(zhì)翻譯后的化學修飾,幾乎參與了細胞所有的正常生命活動過程,并發(fā)揮著十分重要的調(diào)控作用。PTM作為蛋白質(zhì)功能調(diào)節(jié)的一種重要方式,對蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能至關(guān)重要[1]。研究表明,人體內(nèi)50%-90%的蛋白質(zhì)發(fā)生了翻譯后修飾,主要通過肽鏈骨架的剪接、在特定氨基酸側(cè)鏈上添加新的基團或者對已有基團進行化學修飾等方式進行。這些種類繁多的修飾方式顯著增加了蛋白質(zhì)的多樣性和復雜性,使可編碼的蛋白質(zhì)種類大大超過了20種天然氨基酸的組合限制[2]。目前已經(jīng)確定的翻譯后修飾方式超過400種,常見的修飾方式包括甲基化、磷酸化、泛素化、乙?;⑻腔?、SUMO化、亞硝基化和氧化等[3]。因此,PTM已經(jīng)成為國際上蛋白質(zhì)研究的一個極其重要的領(lǐng)域。

    蛋白質(zhì)乙?;且环N重要的蛋白質(zhì)翻譯后修飾,是乙?;w(如乙酰輔酶A)通過酶學或非酶學的方式將乙?;鶊F共價結(jié)合到賴氨酸殘基上的過程。除此之外,蛋白質(zhì)也可以進行丙?;⒍□;顽牾;m然這些過程大部分是由特定的轉(zhuǎn)移酶催化,但仍有一部分在非酶促條件下也可以發(fā)生[4]。其中蛋白質(zhì)的乙酰化是近年來研究的熱點。

    目前,已知有兩類乙?;问健狽α乙?;蚇ε乙酰化。Nα乙?;侵傅鞍踪|(zhì)的N末端被乙?;揎?,一般認為不可逆,在真核生物中非常普遍,存在于將近85%的真核蛋白中,在原核生物中卻非常少見。例如,大腸桿菌的核糖體蛋白S5、S18和L12,以及分支桿菌的核糖體蛋白L12都存在Nα乙?;?]。與Nα乙?;喾矗琋ε乙?;莿討B(tài)的、可逆的。其中,研究最多的是賴氨酸殘基的乙?;揎棧谡婧松镏幸呀?jīng)發(fā)現(xiàn)了1 500多種賴氨酸乙?;牡鞍踪|(zhì),有不同的功能。在原核生物中也發(fā)現(xiàn)了很多。Nε乙酰化會隨著細胞的生理狀態(tài)和外界環(huán)境變化而改變,從而起到細胞內(nèi)外信號傳遞、酶原激活的作用,因此可以作為蛋白質(zhì)構(gòu)象和活性改變的調(diào)控開關(guān),一旦發(fā)生異常會導致疾病的發(fā)生。

    賴氨酸的乙酰化修飾由乙?;D(zhuǎn)移酶(histone/ Lysine(K)acetyltransferase,HATs/KATs)和去乙酰 化 酶(histone/Lysine(K)deacetylase,HDACs/ KDACs)來共同調(diào)節(jié)。原核生物中的乙?;负腿ヒ阴;盖闆r比較簡單,如沙門氏菌目前只發(fā)現(xiàn)一種蛋白質(zhì)乙?;窹at和一種依賴于NAD+的去乙?;窩obB。真核生物中則比較復雜,不同的細胞區(qū)域中有不同的乙?;负腿ヒ阴;冈谄鹱饔谩D壳鞍l(fā)現(xiàn)乙?;窴ATs主要分為5組:(1)GNAT超家族,包括GCN5、PCAF、ElP3、Hat1、ARD1、Eco1和MCM3AP 等;(2)MYST家族,主要包括MOZ、Ybf2/Sas3、Sas2和Tip60,與進化有關(guān);(3)P160家族,是一組核受體輔轉(zhuǎn)錄激活因子,有ACTR、SRCI等;(4)CBP/p300家族,有超過75個非組蛋白底物,與細胞分化與凋亡關(guān)系密切;(5)TAF II230/250家族,在人類中是TAF II 250,是轉(zhuǎn)錄因子復合體TAF II D的組成部分[6]。其中GNAT是最具有特征、作用最強的乙?;D(zhuǎn)移酶家族。

    去乙?;窰DACs分為兩個大家族:經(jīng)典的大家族包括11 個成員,它們在二級結(jié)構(gòu)上都與酵母的Hda1/Rpd3 蛋白相似,并且都依賴Zn2+來促進去乙?;?;第2個大家族包括了所有依賴于NAD+的酵母Sir2 同源蛋白,其中包括SIRT I-VII 7 個SIRT 家族成員[7]。不同的HDAC蛋白質(zhì)定位于不同的細胞區(qū)間,參與不同的基因表達調(diào)控和功能蛋白質(zhì)的乙酰化修飾。乙?;D(zhuǎn)移酶與去乙?;腹餐{(diào)節(jié)細胞內(nèi)蛋白質(zhì)賴氨酸的乙酰化修飾,在中間代謝調(diào)控及代謝相關(guān)疾病的發(fā)生中具有重要作用[8]。

    2 乙?;难芯繗v程

    早在50年前,Allfrey等[9]首次提出真核生物組蛋白乙?;鳛橐环N蛋白質(zhì)翻譯后修飾與基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控密切相關(guān)這一假說。組蛋白因富含精氨酸和賴氨酸等堿性氨基酸而帶正電荷,與帶負電荷的DNA 緊密結(jié)合成組蛋白-DNA 復合物。乙?;揎椫泻唾嚢彼釟埢恼姾桑蛊渑cDNA 的結(jié)合不再緊密而利于基因的轉(zhuǎn)錄。此后,人類對蛋白質(zhì)乙酰化的研究越來越廣泛,研究主要集中在組蛋白和一些與轉(zhuǎn)錄相關(guān)的蛋白質(zhì)上。隨著研究的深入,近些年在原核生物中也發(fā)現(xiàn)了蛋白質(zhì)乙?;揎?。在大腸桿菌(Escherichia coli)和腸道沙門氏菌(Salmonella enterica)中,分別確定了144 和191 種乙?;牡鞍踪|(zhì)參與細胞代謝調(diào)節(jié)等過程[10,11]。另外,研究方向也由組蛋白擴展到了非組蛋白。第一個發(fā)現(xiàn)的乙?;揎椀姆墙M蛋白是P53,乙?;绊懫渑c目的DNA 的結(jié)合;大量非組蛋白如轉(zhuǎn)錄因子、核相關(guān)蛋白、激素受體、細胞代謝相關(guān)蛋白、癌癥相關(guān)蛋白等也存在乙?;揎?。正如Kouzarides[12]所預測的一樣,乙?;揎椏赡芘c蛋白質(zhì)的磷酸化修飾一樣,在生物體內(nèi)是重要而且廣泛存在的。

    3 蛋白質(zhì)乙酰化的主要功能

    乙?;揎検且粋€在細胞核或細胞質(zhì)的亞細胞器內(nèi)廣泛存在的翻譯后修飾調(diào)控機制,參與了轉(zhuǎn)錄、趨化作用、新陳代謝、細胞信號轉(zhuǎn)導、應激反應、蛋白質(zhì)水解、細胞凋亡,以及神經(jīng)元的發(fā)育等多個過程。

    3.1 調(diào)控轉(zhuǎn)錄

    生物通過調(diào)控DNA結(jié)合蛋白、轉(zhuǎn)錄因子或者與轉(zhuǎn)錄相關(guān)的其他蛋白的乙酰化狀態(tài)來控制基因的表達。自從發(fā)現(xiàn)第1 個非組蛋白p53 的賴氨酸乙?;揎椧詠恚絹碓蕉嗟馁嚢彼嵋阴;揎棻话l(fā)現(xiàn),其中轉(zhuǎn)錄因子占了相當?shù)谋戎亍houdhary等[13]鑒定出29 個轉(zhuǎn)錄因子上的40 個乙?;稽c,這些賴氨酸乙?;揎椀霓D(zhuǎn)錄因子調(diào)控著細胞中不同的生物學過程。

    目前,對于p53的乙?;揎椧呀?jīng)研究得較為清楚,在p300/CBP 的催化下,p53 的C 端DNA 結(jié)合調(diào)控區(qū)域上發(fā)生多個賴氨酸位點的乙酰化修飾,從而激活p53 上特異DNA 結(jié)合區(qū)域的活化。進一步研究表明,p300/CBP 介導的乙?;D(zhuǎn)移酶作用在p53 基因調(diào)控表達中是必不可少的。p53 的轉(zhuǎn)錄活性同時還受HDAC1、SIRT1 等去乙?;傅恼{(diào)控;SIRT1 對p53 的去乙酰化會降低p53 對細胞周期抑制因子p21 的轉(zhuǎn)錄激活,從而使細胞在DNA 修復成功后再次進入細胞周期[14]。

    p300/CBP 是多種轉(zhuǎn)錄因子(p53、HIF-1α、c-Myc、IRF-3、CREB 等)的輔助激活因子,存在與這些轉(zhuǎn)錄因子相結(jié)合的結(jié)構(gòu)域。此外,p300 和CBP 作為高度保守的轉(zhuǎn)錄輔助因子,通過乙?;D(zhuǎn)移酶的活性將染色質(zhì)重塑和轉(zhuǎn)錄過程相聯(lián)系,從而整合細胞核中不同的信號轉(zhuǎn)導途徑[15]??傊?,可逆的賴氨酸乙酰化修飾廣泛存在于轉(zhuǎn)錄因子中,乙?;D(zhuǎn)移酶和去乙?;竿ㄟ^調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子或輔助因子的乙酰化修飾,調(diào)控細胞的轉(zhuǎn)錄過程,進而調(diào)控細胞的生命活動。

    3.2 參與蛋白質(zhì)降解

    蛋白質(zhì)組學研究證明,在許多情況下,蛋白質(zhì)乙酰化影響蛋白質(zhì)的活性、穩(wěn)定性和蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間或者蛋白質(zhì)與DNA之間的相互作用,從而影響細胞的生理狀況。Liang等[16]首次發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)乙?;軌蛴绊懺松锏鞍踪|(zhì)的穩(wěn)定性。核糖核酸酶RNase R是存在于細菌中的非常特殊的酶,對細菌的生存至關(guān)重要。Liang[17]首次發(fā)現(xiàn)RNase R的表達受多種逆境誘導的分子機制是由蛋白質(zhì)乙酰化引起的。乙酰化修飾能促進tmRNA和SmpB復合物的結(jié)合,改變RNase R的結(jié)構(gòu),從而導致其被蛋白酶降解。在逆境條件下,RNase R不被修飾,不能被蛋白酶降解,所以保持穩(wěn)定。另外,Liang等[18]從細菌中分離鑒定到了一個新的蛋白質(zhì)乙?;窹ka,且發(fā)現(xiàn)該酶的表達也受外界環(huán)境的調(diào)控,表明蛋白質(zhì)乙?;揎椩谏锏目鼓婢撤磻芯哂兄匾饔?。這一發(fā)現(xiàn)首次在蛋白質(zhì)乙?;c抗逆境反應之間建立了聯(lián)系,對控制病原細菌的發(fā)生具有重要意義。

    3.3 調(diào)控趨化反應

    CheY是細菌趨藥性反應的調(diào)控器,能使趨藥信號從受體復合物轉(zhuǎn)移到鞭毛馬達復合物的開關(guān)元件上。并且,CheY能夠利用與其同源的受體結(jié)合的組氨酸激酶CheA,在天冬氨酰殘基上自行磷酸化,能降低它們之間的親和力,同時提高了CheY 與開關(guān)分子FliM 和磷酸酶CheZ的親和力。CheY 與開關(guān)分子結(jié)合后,能夠促進鞭毛的順時針旋轉(zhuǎn),而CheY的去磷酸化由CheZ 完成。CheY 的乙?;材艽龠M鞭毛的順時針旋轉(zhuǎn)[19]。

    CheY有6個乙酰化位點,集中在CheY 與CheA、CheZ 及FliM 相互作用的區(qū)域[20]。CheY 乙?;臋C制主要有兩種:第一,以AcCoA 為乙?;w,自行催化完成乙?;揎?;第二,以乙酸鹽為乙?;w,由ACS 催化[6]。兩種去乙?;瘷C制也被報道:一種是依賴于ACS,它能調(diào)控CheY的可逆的乙?;?;另一種依賴于去乙?;窩obB。其中,后者占主導地位[21]。因而,CheY 對趨藥作用有快調(diào)和慢調(diào)兩種模式,前者是對外界環(huán)境所做出的反應,由磷酸化介導;后者是細胞新陳代謝狀態(tài)的顯示,由乙酰化介導[22]。CheY的磷酸化抑制它的乙?;珻heZ催化其去磷酸化后增強它的乙?;?3]。

    3.4 調(diào)控代謝

    隨著乙?;瘷z測技術(shù)的發(fā)展,人們開始在蛋白質(zhì)組學水平上對賴氨酸乙?;鞍走M行鑒定,并在細胞內(nèi)發(fā)現(xiàn)了大量受乙?;{(diào)控的中間代謝酶和代謝相關(guān)蛋白,這也為人們進一步研究乙?;诖x調(diào)控中的作用提供了依據(jù)。

    Kim 等從小鼠肝細胞線粒體中鑒定賴氨酸乙?;鞍讜r發(fā)現(xiàn),線粒體中有20%以上的蛋白能發(fā)生賴氨酸乙?;揎?,其中包括很多生長因子和代謝酶類[24]。Zhao 等[25]用人肝臟組織作為研究對象,確定了1 047 種人類蛋白質(zhì)的1 300 個賴氨酸乙?;揎椢稽c,發(fā)現(xiàn)幾乎所有的中間代謝酶都發(fā)生了賴氨酸乙酰化修飾。在原核生物沙門氏菌中,研究發(fā)現(xiàn)了191 種蛋白質(zhì)的235個賴氨酸乙?;稽c,大約一半的乙?;鞍踪|(zhì)參與了代謝途徑,幾乎覆蓋了所有與生命代謝有關(guān)的酶[26]。這些研究成果不斷擴展了對乙?;揎椀恼J識,也為乙?;揎梾⑴c調(diào)節(jié)細胞代謝提供了重要證據(jù)。

    在對沙門菌屬的研究中發(fā)現(xiàn),用不同碳源培養(yǎng)細胞,核心代謝酶的乙?;癄顟B(tài)會發(fā)生改變以提高能源的利用效率。當培養(yǎng)基中以葡萄糖為營養(yǎng)來源時,糖酵解和檸檬酸循環(huán)占有絕對優(yōu)勢;當營養(yǎng)物為檸檬酸時,乙醛酸途徑被激活,同時碳的代謝也由糖酵解轉(zhuǎn)而傾向于糖異生方向[26]。這種根據(jù)營養(yǎng)物來源的變化而迅速改變代謝通路的能力大大增強了原核生物對環(huán)境的適應性。

    相比原核生物,真核生物由于要求更加穩(wěn)定的內(nèi)環(huán)境,其代謝的調(diào)控也更加精細。在肝細胞生長過程中改變一些營養(yǎng)物質(zhì)(葡萄糖、氨基酸和脂肪酸)的濃度將影響相應中間代謝酶的賴氨酸乙?;?,從而改變這些酶在細胞中間代謝中的活性和穩(wěn)定性[27]。

    進一步比較了沙門氏菌和人肝臟組織中的代謝酶賴氨酸乙酰化修飾情況后發(fā)現(xiàn),賴氨酸乙酰化修飾調(diào)控新陳代謝是一個在進化上高度保守的調(diào)控機制,在新陳代謝的代謝方向改變以及不同代謝途徑轉(zhuǎn)換過程中起到關(guān)鍵作用。代謝酶乙酰化修飾的研究使人們更清晰地看到乙?;揎椏赡苁桥c磷酸化、糖基化、甲基化等翻譯后修飾機制一樣,受到精細的調(diào)控,并且發(fā)揮著關(guān)鍵的作用[8]。

    3.5 參與應激反應

    賴氨酸的乙?;軌虼偈勾竽c桿菌抵御不同環(huán)境的刺激,乙?;D(zhuǎn)移酶YfiQ的提高,不僅會導致細胞濃度的增加,而且能夠提高大腸桿菌抗熱和抗氧化的應激能力[28]。然而,通過對去乙?;窩obB過量表達來減少乙?;?,會得到完全不同的結(jié)果。轉(zhuǎn)錄組學和實時熒光定量PCR技術(shù)(qRT-PCR)表明,CobB在氧化應激條件下能夠抑制katG的表達。另外,參與抗氧化活動且由兩種成分組成的調(diào)節(jié)蛋白,如CpxA、UvrY、PhoP和 BasR可能是乙酰化的靶標位點。這表明,乙?;趹し磻邪l(fā)揮著一定的作用[29]。

    3.6 調(diào)控功能性乙?;鞍住狝CS的活性

    乙酰輔酶A 是能量代謝的重要中間代謝產(chǎn)物,在植物和細菌中,它可以由乙酸鹽和輔酶A 經(jīng)乙酰輔酶A 合成酶(acetyl-CoA synthase,ACS)催化得到,從而參與脂質(zhì)合成和產(chǎn)生能量等過程。

    在沙門氏菌中,ACS 的活性受高度保守的賴氨酸K609調(diào)控,Pat 乙酰化ACS 使其失去催化活性,CobB 使乙?;腁CS 去乙?;写呋钚裕?0,31]。這種調(diào)控方式在細菌中可能是一種普遍的現(xiàn)象,例如,在E. coli K-12中,與Pat和CobB同源的YfiQ和NpdA,其相應的ACS也受K609調(diào)控。在Bacillus subtilis中,Acs同樣由乙酰化或去乙?;{(diào)控,但是這個過程由于有兩種去乙酰化酶——SrtN(依賴于NAD+)和AcuC(不依賴于NAD+)的參與而更加復雜。另外,Rhodopseudomonas palustris以及Mycobacterium tuberculosis中的ACS 的活性均可以受乙酰化進行可逆性的調(diào)控[32],只是M. tuberculosis 中ACS 是由乙酸鹽而非乙酰輔酶A 提供乙?;?,并進行自身乙?;揎椪{(diào)控的[33]。

    4 乙?;芯考夹g(shù)的發(fā)展

    蛋白質(zhì)乙?;揎椀臋z測不同于磷酸化,磷酸化相對來說易于檢測,可通過原位磷酸化標記、靈敏的磷酸化特異性抗體等穩(wěn)定有效的手段進行研究。而對于蛋白質(zhì)乙酰化研究的手段和方法十分有限,這些技術(shù)上的困難限制了蛋白質(zhì)乙?;饔玫难芯亢桶l(fā)展。

    Kim等[34]于2006年,首次在蛋白質(zhì)組學水平上研究出一種檢測賴氨酸乙?;姆椒?,即用賴氨酸乙?;禺愋钥贵w富集乙酰化肽段,再利用液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用(HPLC/MS)的方法進行檢測,結(jié)果在200多個蛋白質(zhì)中檢測出大約400 個賴氨酸乙酰化位點。Choudhary 等[13]采用細胞培養(yǎng)條件下穩(wěn)定同位素標記氨基酸(stable isotope labeling with amino acids in cell culture,SILAC)技術(shù)和高分辨率、高靈敏度的電場軌道阱回旋共振組合(LTQ Orbitrap)質(zhì)譜儀完成了乙?;M學的全面鑒定。另外,該研究小組對大約1 700 個乙酰化蛋白進行檢測,結(jié)果發(fā)現(xiàn)超過3 500 個乙酰化位點,而磷酸化組學在大約2 200 個蛋白中檢測出6 600 個磷酸化位點[35]。因此,乙?;揎棊缀鹾土姿峄揎椷@一最重要的蛋白質(zhì)修飾方式一樣,能夠廣泛存在,并且發(fā)揮著重要的修飾作用。

    SILAC技術(shù)對于乙?;娜骅b定及定量分析是十分有利的,其在不同實驗條件下,通過用不同分子量的同位素標記細胞的蛋白質(zhì),并對混合的蛋白質(zhì)組中特異性乙酰化肽段進行定量分析,能夠?qū)㈠e誤率控制在0.1%-0.3%的低水平[36,37]。但是,SILAC技術(shù)是基于對成對樣本用穩(wěn)定同位素進行蛋白標記的,這一過程很難在活體動物中進行。非標記定量(label-free quantification,LFQ)質(zhì)譜法很好地解決了活體檢測這個問題。Schwer 等[38]采用LFQ 質(zhì)譜法,對能量限制(calorie restriction)過程中肝細胞線粒體的賴氨酸乙?;阶兓M行了檢測,使能量限制與線粒體蛋白質(zhì)上的乙?;兓?lián)系到一起,從而表明LFQ 質(zhì)譜法對組織中的乙?;降臋z測是可行的。研究表明,以SILAC 和LFQ為基礎(chǔ)的質(zhì)譜分析方法已成為賴氨酸乙酰化研究的關(guān)鍵技術(shù)。運用這些技術(shù),可以在生理、病理和藥理條件下對乙?;鞍踪|(zhì)水平的高低進行定量檢測和定性分析,從而為揭示乙?;揎椩谏砑安±項l件下的作用提供豐富的信息。

    隨著人們對乙?;芯康纳钊耄恍┬录夹g(shù)和新方法也在乙?;难芯恐械玫搅藦V泛的應用,同時發(fā)揮著重要的作用。例如,Mertins等[39]采用SEDPM(serial enrichments of different post-translational modification)技術(shù)對同一個生物樣品蛋白的翻譯后修飾進行了整合分析,這為整體性研究細胞代謝及信號轉(zhuǎn)導途徑奠定了基礎(chǔ)。Lu 等[40]利用生物信息學技術(shù)對PhosphositePlus、Uniprot和 Choudhary 檢測的3 000 多個乙?;稽c這3個數(shù)據(jù)庫進行了分析,并結(jié)合gene ontology(GO)、KEGG、二級結(jié)構(gòu)預測等途徑整體分析了乙?;鞍椎墓δ?。另外,蛋白質(zhì)芯片作為蛋白質(zhì)組學強有力的工具,也被用于乙?;难芯?。Thao 等[41]利用蛋白質(zhì)芯片發(fā)現(xiàn)了大腸桿菌中Pat 蛋白的乙?;孜?;Zhang 等[42]利用蛋白質(zhì)芯片發(fā)現(xiàn)了大腸桿菌中CobB 的去乙?;孜?。這些結(jié)果表明,利用蛋白質(zhì)芯片對于尋找乙?;孜镆约靶碌娜ヒ阴;阜浅S欣?,這也為將來全局性尋找乙?;鞍紫嗷プ饔玫鞍祝罱K構(gòu)成一個乙?;{(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供強有力的工具。

    5 蛋白質(zhì)乙酰化的應用及前景

    5.1 蛋白乙?;c代謝疾病

    正常情況下,細胞內(nèi)蛋白質(zhì)的乙酰化與去乙?;梢阴;D(zhuǎn)移酶和去乙酰化酶協(xié)同調(diào)控,二者處于動態(tài)平衡,精確地調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄和表達,從而維持細胞的正常生理和生化過程。然而,這種平衡一旦被打破,就會導致基因表達調(diào)控的紊亂,從而引起相關(guān)疾病的發(fā)生。目前,研究已發(fā)現(xiàn)多種疾病的發(fā)生與蛋白質(zhì)乙酰化和去乙?;胶馐д{(diào)有關(guān),其中,研究最多的是與代謝相關(guān)的疾病。

    研究發(fā)現(xiàn),細胞質(zhì)和線粒體中存在大量的乙?;鞍踪|(zhì),絕大多數(shù)與中間代謝有關(guān)。在催化中間代謝的蛋白酶中,賴氨酸乙酰化可以通過至少兩種機制調(diào)節(jié)代謝酶:乙?;閷У恼{(diào)節(jié)代謝酶的活性;影響蛋白酶的穩(wěn)定性[43]。另外,代謝酶乙?;稽c的喪失會導致代謝酶活性與穩(wěn)定性不受乙酰化修飾的調(diào)控,從而引起體內(nèi)代謝紊亂,造成一些代謝中間產(chǎn)物的積累或者合成不足繼而引發(fā)代謝相關(guān)疾病。其中,糖尿病、肥胖癥等疾病均可能與代謝酶的乙?;稽c突變有關(guān)[44,45]。蛋白質(zhì)乙酰化還參與阿爾茨海默氏癥、亨廷頓綜合征的調(diào)節(jié),并且與心血管疾病和多種癌癥的發(fā)生有關(guān)[46,47]。因此,蛋白質(zhì)乙?;诖x疾病中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用,并可能為治療與代謝相關(guān)的疾病提供理論指導和新的思路[48,49]。

    5.2 HDACIs的應用

    大量的研究表明,去乙?;敢种苿℉DACIs)具有廣泛的治療疾病的功能,已經(jīng)成為治療心臟病、糖尿病和癌癥等多種疾病的有潛力的試劑,并且部分已經(jīng)在臨床等中得到了很好的應用。目前,HDACIs可分為四類:(1)短鏈脂肪酸,有丁酸鈉、丙戊酸等;(2)氧肟酸類,如曲古抑菌素(TSA)和辛二酰苯胺異羥肟酸(SAHA),其中,TSA是最早發(fā)現(xiàn)的天然組蛋白去乙?;敢种苿?,它通過改變?nèi)旧|(zhì)折疊構(gòu)象調(diào)節(jié)基因表達,且能改變蛋白質(zhì)乙?;蕉{(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的功能。而SAHA已被美國FDA批準用于治療皮膚T 細胞淋巴瘤。(3)環(huán)形四肽類,有TrapoxinA、Apicidin和FR901128等;(4)苯甲酰胺類,如4-乙酰氨基-N-(2'-氨基苯基)-苯甲酰胺(CI994)和MS-275,兩者均有抗腫瘤作用[50,51]。

    5.2.1 HDACIs在抗腫瘤中的應用 近年來,HDACIs作為一種新型抗腫瘤藥物,能夠抑制腫瘤細胞的增殖,誘導腫瘤細胞生長停滯、分化和凋亡,是很有前景的腫瘤治療藥物。已有大量研究報道,大部分組蛋白在腫瘤細胞中呈低乙酰化狀態(tài),組蛋白乙酰化修飾能夠調(diào)控基因的表達,并且其在腫瘤發(fā)生、發(fā)展中扮演重要角色。這對加深認識腫瘤的發(fā)生機制有重要意義,也為腫瘤的治療提供了新的思路。研究表明,胃癌、乳腺癌等多種腫瘤組織中均有HDAC 表達的異常上調(diào),導致了腫瘤細胞內(nèi)增殖、分化、凋亡相關(guān)基因表達的紊亂[52,53],且HDACIs在基礎(chǔ)及臨床實驗中均展示了良好的抗腫瘤效應,且無明顯毒副作用[54]。Li等[55]研究發(fā)現(xiàn),多種HDACIs已進入抗腫瘤治療的Ⅰ期或Ⅱ期臨床研究,而且HDACIs不僅對腫瘤細胞存在直接的抑制作用,而且還可以克服腫瘤對其他藥物的抗藥性,這使得HDACIs與其他抗腫瘤藥物的聯(lián)用成為可能。目前,HDACIs 抗癌藥物已經(jīng)進入臨床試驗階段。組蛋白去乙?;敢种苿┛梢詫е翫NA 損傷,正常細胞可以修復這種損傷,而異常細胞不能,從而殺死癌癥細胞[56]。HDAC I和HDAC II類的抑制劑已經(jīng)被設(shè)計并應用到臨床作為抗癌的試劑[57]。另外,HDAC III類(Sirtuin)的激活劑作為抗衰老和抗癌試劑,對治療心血管疾病和代謝疾病具有潛在的價值[58]。

    最初對HDACIs的分子機制研究主要局限在轉(zhuǎn)錄過程的表觀遺傳調(diào)控(特別是對腫瘤抑制基因的調(diào)控)及其作用靶點組蛋白上,但隨著越來越多的非組蛋白上賴氨酸乙酰化的發(fā)現(xiàn),HDACIs抑制腫瘤的分子機制也有了新的突破點和進展。已有研究表明,發(fā)生賴氨酸乙酰化的非組蛋白也是HDACIs的作用靶點[59],并且Kim等對兩種組蛋白去乙?;敢种苿㏒AHA 和MS-275 的作用靶點進行比較發(fā)現(xiàn),HDACIs具有非常高的特異性。例如,Hsp90 的α 和β 亞基在SAHA 處理后乙酰化水平明顯升高,而MS-275 幾乎沒有影響;在誘導組蛋白乙?;?,SAHA比MS-275要更加有效;而p53 上5 個乙酰化位點中的4 個的乙?;礁妆籑S-275 所提高[13]。這表明HDACIs存在非常高的底物特異性,同時為HDACIs作用機制的研究提供了理論依據(jù)。

    5.2.2 HDACIs在抗炎癥中的應用 蛋白質(zhì)乙?;揎検墙陙肀妒荜P(guān)注的炎癥基因表達調(diào)控的新機制,蛋白質(zhì)去乙?;讣耙种苿ρ装Y及抗炎作用具有雙向的影響,主要表現(xiàn)為抑制作用。HDACIs對糖皮質(zhì)激素類藥物的抗炎作用具有抑制效果,其相互之間的作用機制尚不完全清楚。但是,基于HDACIs對免疫細胞、細胞因子等具有調(diào)節(jié)作用,且不依賴于HDACs 的表達的特點,其可能是治療糖皮質(zhì)激素類藥物不敏感型患者的理想藥物。研究證明,HDACIs 對免疫細胞的增殖分化、免疫細胞表面因子的表達及細胞因子的分泌均有較強的抑制作用,說明其在器官移植抗免疫排斥治療中亦有較廣的應用前景[60]。

    5.2.3 HDACIs在其他疾病治療中的應用 用組蛋白去乙?;敢种苿┱T導治療耐藥復發(fā)的白血病患者,取得完全的臨床緩解。例如,SAHA 可以引起急性髓樣白血病細胞的DNA 損傷[61]。這說明HATs /HDACs 功能紊亂是白血病發(fā)生或耐藥的一個重要機制,調(diào)節(jié)HATs/HDACs 的平衡,促進蛋白質(zhì)的正常乙?;?,可能是治療白血病及其他惡性腫瘤的新途徑[62]。因而,設(shè)計開發(fā)新的、具有較低毒性和選擇性的HDACIs具有重大的意義。

    6 展望

    賴氨酸乙酰化與甲基化、磷酸化、糖基化等翻譯后修飾機制一樣,都是參與到包括新陳代謝等生命活動的廣泛調(diào)控機制,但是它們之間的關(guān)系如何現(xiàn)在依然未知。利用高分辨率質(zhì)譜技術(shù)相繼發(fā)現(xiàn)賴氨酸的丙二?;顽牾;⑶襊eng等[63]發(fā)現(xiàn)Sirt5 能夠催化賴氨酸去琥珀?;腿ケ狨;?,首次證明了賴氨酸去乙?;福℉DAC)的非去乙?;幕钚浴A硗?,Weinertn 等[64]的研究表明,大腸桿菌中大多數(shù)蛋白質(zhì)乙酰化位點也發(fā)生琥珀?;揎棧瑥亩M一步證明乙?;顽牾;o密相關(guān)??梢灶A測大腸桿菌中還存在新的去乙酰化酶,或許其對琥珀?;捌渌揎椃绞揭灿凶饔?。另外,以代謝調(diào)控為例,乙酰化與其他調(diào)控機制之間是如何相互協(xié)調(diào)而最終實現(xiàn)機體代謝平衡的,以及乙?;诖x調(diào)控中更細致的作用機制,都值得人們進一步探究。隨著乙酰化調(diào)控代謝酶的分子機制的逐漸闡明,可以確定乙酰化是否具有協(xié)調(diào)真核或原核生物整個代謝網(wǎng)絡(luò)的功能。

    蛋白質(zhì)乙?;臋z測技術(shù)正逐漸取得快速發(fā)展,例如,高分辨率質(zhì)譜技術(shù)和蛋白質(zhì)芯片都得到了廣泛的應用,從而推動了乙?;难芯?。然而,檢測技術(shù)的不斷進步帶來了大量乙?;臄?shù)據(jù),這需要更先進的計算機工具和分析工具來獲取有用的信息[65]。因而,對于蛋白質(zhì)乙?;难芯啃枰鄠€學科的研究者共同參與。

    此外,對于蛋白質(zhì)乙?;霈F(xiàn)了很多新的研究方向,已有研究表明組蛋白乙?;瘜χ参锷L、發(fā)育、開花、逆境脅迫及激素信號應答等起著重要的作用;并且其可能在植物的細胞壁防御病菌侵害、減緩細胞壁的降解等方面也發(fā)揮重要的作用[66],但無論是方法上的成熟性,還是目前所取得成果都遠不及在原核以及高等動物中所達到的水平。另外,賴氨酸乙?;谠松镏械姆秶⒃诓≡形窗l(fā)現(xiàn)的功能等問題,都需要進一步探究。HDACIs如上文所述在治療人類疾病方面得到了廣泛的應用,但其是否可用于防治植物病害的發(fā)生并不清楚,可以預測HDACIs非常有潛力來控制植物病害的流行。HDACIs作為一種綠色的、對環(huán)境友好的小分子化合物,將為控制植物病害的發(fā)生提供新的選擇。

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    The Research Progress of Protein Acetylation

    Lü Binna Liang Wenxing
    (College of Agronomy and Plant Protection,Qingdao Agricultural University,Qingdao 266109)

    Protein acetylation is a ubiquitous, reversible and highly regulated protein post-translational modification. It mainly occurs in-NH2of protein lysine residues. Protein acetylation was firstly reported about 50 years ago, and now has been the international research hotspot in the field of protein. Acetylation is catalyzed by lysine acetyltransferases and lysine deacetylases, It was involved in almost every aspects of biological processes, including transcription, stress response, central metabolism and protein synthesis and degradation, etc. In recent years, the detection technology of acetylation, which includes mass spectrometry(MS)and protein chip and so on, has developed rapidly and provides a powerful tool for advanced study of acetylation. Protein acetylation is widely used and mainly plays an important role in metabolic diseases. In addition, histone deacetylase inhibitor(HDACIs)has become the potential agent to treat a variety of diseases such as heart disease, diabetes, and cancer. This review probes and summarizes the study process, function, detecting techniques and applications of the acetylation, and also discusses the future directions as well as the prospects of protein acetylation research.

    protein acetylation;metabolism;HDACIs;lysine acetyltransferase

    10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.03.003

    2015-01-12

    國家自然科學基金項目(31370779)

    呂斌娜,女,碩士研究生,研究方向:蛋白質(zhì)組學,分子植物病理學;E-mial:lvbinna03@163.com

    梁文星,男,博士,教授,研究方向:蛋白質(zhì)組學,分子植物病理學;E-mial:wliang790625@163.com

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