預(yù)先打印“夢想成真”

王大鵬/編譯

●一個致力于在同行評議之前分享生物學(xué)論文的網(wǎng)站促進了期刊的變革。

生物學(xué)家們在害怕什么？物理學(xué)家、數(shù)學(xué)家和社會科學(xué)家們通常會在他們的論文正式發(fā)表之前，把它們粘貼到預(yù)印本伺服器上，比如arXiv.org，而幾乎沒有生命科學(xué)家會這樣做。剛剛上線的一個網(wǎng)站則期望改變這種狀況。這個網(wǎng)站—bioRχiv.org—是由位于紐約的冷泉港實驗室出版社開發(fā)的，并把自己標(biāo)榜為“生物學(xué)預(yù)印本伺服器”。其運營模式類似于arXiv,科學(xué)家們一旦準(zhǔn)備好與同行分享其研究論文，他們就可以粘貼到這個網(wǎng)站上，這要比正式發(fā)表早數(shù)周或者數(shù)月。

這個網(wǎng)站的上線預(yù)示著生物學(xué)家們開始擁抱預(yù)先打印了，arXiv的定量生物學(xué)分站上線于2003年，并且在過去的兩年里其獲得的收益呈指數(shù)增加。2013年的目標(biāo)是吸引超過1 500篇手稿，保羅·金斯伯格（Paul Ginsparg）說。他是位于紐約伊薩卡的康奈爾大學(xué)的物理學(xué)家，并且與1991年創(chuàng)辦了arXiv，同時也是bioRχiv的咨詢委員會成員。同時，開源期刊PeerJ在2013年四月份上線了它自己的生物學(xué)預(yù)印本伺服器，并且迄今為止已經(jīng)登載了大約90篇文章。

特別是遺傳學(xué)家們成群結(jié)隊地涌向arXiv的定量生物學(xué)儲備庫，其網(wǎng)站上發(fā)布的一些主題的研究論文，比如南非人和歐洲人的遺傳血統(tǒng)，已經(jīng)在重要的期刊中發(fā)表了，比如《自然通訊》和《PloS生物學(xué)》。研究傳染病的科學(xué)家們還利用這個網(wǎng)站來對持續(xù)爆發(fā)的傳染病進行快速地報告，比如2013年早些時候發(fā)生在中國的H7N9流感。

但是arXiv并不打算把其業(yè)務(wù)擴展到生命科學(xué)的其他領(lǐng)域中去，比如細胞生物學(xué)和分子生物學(xué)，這個網(wǎng)站在設(shè)計之初就沒有把生物學(xué)家納入進來。和其位于冷泉港實驗室出版社的同事約翰·英格利斯（John Inglis）一起創(chuàng)辦了 bioRχiv的理查德·賽沃（Richard Sever）說，“這個網(wǎng)站和arXiv之間的關(guān)系不是競爭性的。它應(yīng)該是補充了arXiv的不足?！?/p>

與位于加州斯坦福的HighWire出版社共同運營的BioRχiv有意地追求極簡主義。賽沃說，“其設(shè)計本著基礎(chǔ)性和功能性的原則，因為這是一個共享手稿的機制。”

論文——已經(jīng)有9篇了，其中大多數(shù)都曾經(jīng)在arXiv上發(fā)表過——將會被整合到20多個分支學(xué)科中，包括腫瘤生物學(xué)和免疫學(xué)。具有獨特的數(shù)字對象標(biāo)識符（DOIs）的個人論文使得它們?nèi)菀妆灰?，且被描述為新的研究結(jié)果，驗證結(jié)果和相反的結(jié)果。研究人員可以對這些論文進行討論，并出現(xiàn)在論文的旁邊；同時這些評論將被審核。

目前，冷泉港實驗室負責(zé)該網(wǎng)站的運營經(jīng)費，但是賽沃和英格利斯拒絕透漏該網(wǎng)站的運營成本及其年度預(yù)算。他們將會尋求持續(xù)的收入來源，包括基金會的贊助，并且他們計劃繼續(xù)讓這個網(wǎng)站對用戶免費開放。arXiv的年度預(yù)算達到75萬美元，其中大部分來自于西蒙斯基金會,這個位于紐約的非營利組織，同時大學(xué)和其他機構(gòu)也提供了少部分的經(jīng)費。

列昂尼德·克魯格利亞克 （Leonid Kruglyak）是位于洛杉磯的加利福尼亞大學(xué)的一名遺傳學(xué)家，同時還是bioRχiv咨詢委員會的成員，他期望有更多的同行會使用這個網(wǎng)站。以前阻止生物學(xué)家使用預(yù)印本伺服器的障礙似乎在逐步消失，他說。通過把自己論文的預(yù)印本放到arXiv上，很多開展量化研究的遺傳學(xué)家就不用再擔(dān)心他們的研究成果被別人搶先發(fā)表了，因為很多科學(xué)家現(xiàn)在把這個過程看作是為他們的成果建立優(yōu)先權(quán)的一種方式。

很多期刊，諸如美國遺傳學(xué)會和美國生態(tài)學(xué)會出版的期刊，在近幾個月修改了他們的政策，允許了上述做法。自然出版集團允許發(fā)布預(yù)印本，《科學(xué)》在很多情況下也接受這些預(yù)印本。出版諸如《細胞》和《神經(jīng)元》等分子生物學(xué)期刊的細胞出版社,則不鼓勵發(fā)布預(yù)印本。但是“你能容易地想到這樣一種情景，在不久的將來，如果你的期刊不是預(yù)印友好型的，那么它將會成為出版的一種阻礙”，克魯格利亞克如是說。

然而，作為德國漢諾威醫(yī)學(xué)院的一名血液病學(xué)家，馬丁·芬納（Martin Fenner）認為,很多生命科學(xué)家將會越來越適應(yīng)開源的同行評議，現(xiàn)在這種做法在諸如F1000Research等期刊中已經(jīng)實行了。在開源的同行評議中，出版社在接受作者提交給期刊的手稿之前會把它粘貼在其網(wǎng)站上。芬納認為，和粘貼在第三方網(wǎng)站上——諸如bioRχiv——的預(yù)印本相比而言，這個過程會縮短第一稿和最終出版版本之間的延遲時間，并且不同的版本存在著明確的關(guān)聯(lián)。

格雷厄姆·庫普（Graham Coop）是加利福尼亞大學(xué)戴維斯分校的一名進化遺傳學(xué)家，他把自己實驗室產(chǎn)生的研究論文粘貼在了arXiv上并且把其中一篇交叉粘貼在bioRχiv上。同行的壓力將促使其他領(lǐng)域的研究人員如法炮制這種做法，他說到?！叭绻藗兛吹剿麄兪煜さ娜说恼撐某霈F(xiàn)在諸如bioRχiv這樣的網(wǎng)站上，那么他們自然而然地會感到很舒服。”