基因組Mapping系統(tǒng)索引構(gòu)建原理

國宏哲　王亞東

摘要： 基因組mapping是將由高通量測序技術(shù)產(chǎn)生的大量短read數(shù)據(jù)映射到人類參考基因組，對基因組表達量分析，SNP位點預(yù)測及疾病預(yù)測有重要意義。首先，介紹基因組mapping的研究背景和研究現(xiàn)狀， 介紹mapping系統(tǒng)中索引構(gòu)建的基本概念和主要方法，并重點分析基于BWT結(jié)構(gòu)的索引構(gòu)建原理，同時也介紹序列比對的主要加速方法。最后，以總結(jié)BWT技術(shù)和mapping系統(tǒng)索引構(gòu)建中涉及的相關(guān)方法和原理，揭示了新型索引技術(shù)的本質(zhì)。

關(guān)鍵詞：

中圖分類號：TP391文獻標(biāo)識碼：A文章編號：2095-2163（2012）04-0047-03