據(jù)物理學(xué)家組織網(wǎng)6月20日(北京時(shí)間)報(bào)道,多年來,科學(xué)家一直依靠靜態(tài)的圖像來了解導(dǎo)致癌癥復(fù)發(fā)的關(guān)鍵蛋白?,F(xiàn)在,美國南方衛(wèi)理公會(huì)大學(xué)(SMU)的生物化學(xué)家另辟蹊徑,為人體P糖蛋白(P-glycoprotein)構(gòu)建了動(dòng)態(tài)的三維計(jì)算機(jī)結(jié)構(gòu)模型,使其能更直觀地顯示P糖蛋白的工作原理,這有助于改進(jìn)阻止癌癥復(fù)發(fā)的化學(xué)療法。相關(guān)研究報(bào)告發(fā)表在《生物化學(xué)》雜志的網(wǎng)絡(luò)版上。
P糖蛋白又被稱之為多藥耐藥性蛋白,很多化療藥物不起作用都與其有關(guān)。P糖蛋白能夠自發(fā)地從細(xì)胞內(nèi)吸出毒素,但當(dāng)癌癥細(xì)胞表達(dá)出比正常細(xì)胞更多的P糖蛋白時(shí),化療藥物將不再有效,因?yàn)镻糖蛋白會(huì)把它當(dāng)作毒素,在其摧毀癌細(xì)胞之前將其抽出。
該校生物科學(xué)系的副教授約翰·懷斯表示:“我們正在找尋一些能臨時(shí)抑制抽吸作用的小分子,一種能夠保持化療化合物存在直至其殺死癌細(xì)胞的安全、有效的新藥?!?/p>
科研人員通過進(jìn)化關(guān)系和有關(guān)P糖蛋白組成的科學(xué)知識(shí),推斷出了人類P糖蛋白的結(jié)構(gòu)。并利用計(jì)算機(jī)模型,動(dòng)態(tài)模擬展示了這種蛋白的抽吸動(dòng)作。他們基于囊括了2100萬可商購化合物的ZINC數(shù)據(jù)庫展開了模擬篩查,其每天可借助SMU的高效計(jì)算機(jī)篩選大概4萬種化合物。懷斯等人還能在計(jì)算機(jī)中構(gòu)建這些化合物分子,并將溫度提升至37攝氏度以模擬人體環(huán)境,或是保持適當(dāng)?shù)柠}分和其他適宜的環(huán)境等,就像在實(shí)際的實(shí)驗(yàn)中一樣,從而營(yíng)造出可遵循物理定律和生物化學(xué)原理移動(dòng)的三維模型。借助這種方式,科學(xué)家能看到化合物如何與蛋白發(fā)生動(dòng)態(tài)的相互作用,而不僅僅是靜態(tài)的快照。