203例漢族人群9個STR基因座的遺傳多態(tài)性分析

張艷萍 王 琳 王 毅 王曉梅 陳先麗 程 捷 劉 慶 馬 旭

國家人口計生委科學技術研究所(北京，100081)

STR是一類廣泛存在于人類基因組中具有高度多態(tài)性的DNA短串聯(lián)重復序列［1］。由于其分型簡便快速，易于標準化，已成為目前法醫(yī)鑒定中最常用的遺傳標記之一。目前國內外廣泛使用的Powerplex16和IdentifilerTM試劑盒在發(fā)生突變案件中不能滿足法醫(yī)學親權鑒定、個體識別對系統(tǒng)效能的要求，需要提供更多高鑒別力的STR基因座。本文應用STR_Typer_10_vl熒光檢測試劑盒對203例中國漢族無關個體的9個非CODIS系統(tǒng)的STR基因座包括 D11S2368、D12S391、D13S325 D18S1364、D22－GATA198B05、 D6S1043、 D2S1772、 D7S3048、D8S1132進行多態(tài)性調查，以獲得其群體遺傳學資料，為法醫(yī)學鑒定、人類學和遺傳學研究提供新的工具和相關的群體研究資料［2］。

1 材料與方法

1.1 樣本

在知情同意的情況下收集本實驗室親子鑒定案件中日常積累的203份無關個體血樣。

1.2 DNA提取、PCR擴增、電泳及分型

采用15%濃度的 Chlex－100提取基因組DNA。按照STR_Typer_10_vl(珠海科登生物公司)熒光標記試劑盒說明書復合擴增 D18S1364、D12S391、D13S325、D6S1043、D2S1772、D11S2368、D22－GATA198B05、D8S1132和D7S3048等9個STR基因座。在ABI310型遺傳分析儀上電泳擴增產物，由GeneMapperIDv 3.2軟件分析被測樣品的各基因座分型。

1.3 統(tǒng)計分析

用 PowerStatsV 12.xls分析軟件［3］統(tǒng)計分析，得到相關法醫(yī)學參數，包括:群體的等位基因頻率及雜合度(H0)、匹配率(MP)、個人識別率(DP)、非父排除率(PE)、多態(tài)性信息含量(PIC)、典型父權指數(TPI)等群體遺傳學參數，并用PowerMarker軟件［4］進行Hardy－Weinberg平衡檢驗。

2 結果

2.1 等位基因頻率分布

203例中國漢族人群9個STR基因座等位基因頻率分布見表1。

表1 中國漢族人群9個STR基因座等位基因頻率分布(n=203)

2.2 9個STR基因座和CODIS系統(tǒng)基因座法醫(yī)學參數比較

對本組203例無關個體所得到的法醫(yī)學參數與已經報道的中國漢族人群CODIS系統(tǒng)基因座法醫(yī)學參數［5］和童大躍等［6］報道的中國南方漢族本組1 619例無關個體基因座法醫(yī)學參數比較，結果見表2。檢測樣本量越大此9個STR基因座的H0和DP值比CODIS系統(tǒng)的大多數基因座高得也越多。經對每個基因座的基因型分布進行Hardy－Weinberg平衡檢驗，P＞0.05，均符合 Hardy－Weinberg平衡定律。按照 Gill等［7］認為的標準，DP≥0.9、H0≥0.7的基因座具有高鑒別力。

表2 比較中國漢族人群9個STR基因座和CODIS系統(tǒng)基因座法醫(yī)學參數

3 討論

目前在法醫(yī)鑒定中使用廣泛的Powerplex16和IdentifilerTM復合擴增體系均具有高度的個體識別和非父排除率，CDP和三連體CPE均可達到0.999 9以上。通常情況下檢測這些試劑盒的STR基因座已能夠基本滿足法醫(yī)物證中個體識別和親子鑒定的檢測要求。但是在一些二聯(lián)體和出現(xiàn)了突變可能的三聯(lián)體案件中，需要增加檢測更多的STR基因座。本實驗通過對203個無關個體的檢測，在STR_Typer_10_vl熒光檢測試劑盒9個STR基因座共檢出105個等位基因、376種基因型。各個基因座的等位基因數為9～17個，基因頻率為 0.003～0.277，H0為0.763 ～0.865，三聯(lián)體 PE 為 0.533 ～0.726，DP為0.910～0.965，PIC 值為0.78～0.87。9個 STR基因座的累積DP為0.999 999 999 999 676，三聯(lián)體的累積PE為0.999 955 67。

本文所調查的9個STR基因座均屬于高鑒別力、高雜合度、高信息量(PIC＞0.7)的基因座，均具有很高的多態(tài)性，有較好的應用價值，可作為CODIS系統(tǒng)的補充，用于法醫(yī)學親權鑒定和個體識別。

1 Edwaeds A，Civitello A，Hammond HA，et al.DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats［J］.Am J Hum Genet，1991，49(4):746－756.

2 孫麗娜，張波，許穎，等.廣州市40－65歲居民載脂蛋白E基因多態(tài)性與血脂水平的關系［J］.中山大學學報:醫(yī)學科學版，2008，29(2):181－185.

3 Tereba A.Tools for analysis of population statistics，Profiles in DNA 3，Promega Corporation，1999［CP/OL］.http://www.promega.com/geneticidtools/powerstats/.

4 Liu KJ，Muse SV.PowerMarker:an integrated analysis environment for genetic marker analysis［J］.Bioinformatics，2005，21(9):2128－2129.

5 Tong DY，Sun HY，Gao F，et al.Polymorphism Analysis of 15 STR Loci in A Large Sample of the Han Population in Southern China［EB/OL］.http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigen.2009.01，015.

6 童大躍，孫宏鈺，伍新堯，等.中國南方漢族人群9個STR基因座多態(tài)性分析［J］.中山大學學報(醫(yī)學科學版)，2009，30(4):400－403.

7 Gill P.Anew method of STR interpretation using inferential logic development of a criminal intelligence database［J］.Int J Leg Med，1996，109:14.