陳 鵬,鐘瑜娜,于轢文,胡 瑾,謝梅英
(廣東生態(tài)工程職業(yè)學(xué)院,廣東 廣州 510520)
哺乳動物腸炎是由循環(huán)系統(tǒng)中的促炎癥細(xì)胞因子,如腫瘤壞死因子(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、干擾素(interferon gamma,IFN-γ)和白細(xì)胞介素(interleukin,IL)-8等水平升高,引起機(jī)體劇烈的炎癥反應(yīng),導(dǎo)致腹痛腹瀉,甚至可能有血便,引發(fā)全身并發(fā)癥,如皮疹、關(guān)節(jié)疼痛等,嚴(yán)重影響人類身體健康[1]。腸上皮細(xì)胞作為腸道黏膜的重要組成,能夠阻斷腸道微生物進(jìn)入人體內(nèi),在腸道免疫功能中扮演著重要角色[2]。以腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡為代表的腸上皮細(xì)胞損傷被認(rèn)為是腸炎的初始步驟,與腸炎的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)[3]。Chen Jiali等[4]利用綠原酸抑制斷奶豬腸上皮細(xì)胞炎癥和細(xì)胞凋亡,促進(jìn)腸道發(fā)育;Wang Yunxia等[5]利用葡萄籽多酚抑制腸上皮細(xì)胞炎癥和細(xì)胞凋亡,抑制硫酸葡聚糖鈉誘導(dǎo)的小鼠結(jié)腸炎;因此,阻斷腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡可能成為治療腸炎的有效手段。
羅伊氏乳桿菌是一種天然的益生菌,定殖在許多哺乳動物的胃腸道中,對宿主的健康發(fā)揮重要的調(diào)節(jié)作用[6]。給予乙酸誘導(dǎo)潰瘍性大腸炎的大鼠5×107~7×107CFU/g劑量的羅伊氏乳桿菌,可有效阻止?jié)冃源竽c炎的發(fā)展[7],但目前對于羅伊氏乳桿菌阻抑制腸炎發(fā)生的機(jī)制尚不清晰。
微小核糖核酸(microRNAs,miRNAs)是目前研究最多的一種非編碼小RNA,其作用的機(jī)制是通過抑制mRNA的翻譯或降解mRNA調(diào)節(jié)基因表達(dá),在個體生長、發(fā)育、免疫、代謝等多種生物進(jìn)程中發(fā)揮作用[8],對人類疾病治療有重要意義。研究表明,miRNA也與腸道微生物群-宿主的相互作用密切相關(guān),如野生型小鼠和無菌小鼠的盲腸黏膜中存在16 種差異表達(dá)的miRNAs,這些miRNAs的功能主要與腸屏障和免疫調(diào)節(jié)有關(guān)[9]。因此本實(shí)驗(yàn)擬探究羅伊氏乳桿菌是否通過改變宿主miRNAs表達(dá)調(diào)控腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡及其相關(guān)調(diào)控機(jī)制。
小鼠腸上皮細(xì)胞MODE-K和人腎上皮細(xì)胞293T購自ATCC公司;羅伊氏乳桿菌I5007由中國農(nóng)業(yè)大學(xué)譙仕彥教授團(tuán)隊(duì)從健康豬腸道分離,本研究所使用羅伊氏乳桿菌I5007(簡稱羅伊氏乳桿菌)為譙仕彥教授團(tuán)隊(duì)贈予。程序性細(xì)胞死亡因子4(programmed cell death 4,PDCD4)過表達(dá)質(zhì)粒(pcDNA3.1),野生型及突變型PDCD4雙熒光素酶pmirGLO質(zhì)粒,miR-196a mimics、inhibitor及對照均由北京擎科生物科技股份有限公司構(gòu)建或合成。
脂質(zhì)體3000、L2630脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)美國Sigma公司;胎牛血清、DMEM(Dulbecco’s modified Eagle medium)高糖培養(yǎng)基、RPMI 1640培養(yǎng)基和胰蛋白酶 美國Gibco公司;pmirGLO質(zhì)粒、雙熒光素酶報(bào)告基因檢測試劑盒 美國Promega公司;IL-1β、IL-6和TNF-α酶聯(lián)免疫吸附檢測(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)試劑盒 武漢華美生物技術(shù)有限公司;PDCD4抗體 美國CST公司;RNA快速提取試劑盒 廣州美基生物科技公司;逆轉(zhuǎn)錄試劑盒日本TaKaRa公司。
CFX96熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)儀、12003153凝膠成像系統(tǒng) 美國Bio-Rad公司;NanoDrop One分光光度計(jì)、I160細(xì)胞培養(yǎng)箱美國Thermo Fisher Scientific公司;DMi8倒置顯微鏡德國Leica公司。
1.3.1 細(xì)胞培養(yǎng)及處理
首先腸上皮細(xì)胞按照3×105個/孔的密度接種于6 孔細(xì)胞培養(yǎng)板,細(xì)胞貼壁后約30%匯合;待細(xì)胞匯合至50%后,轉(zhuǎn)染miR-196a inhibitor、mimics或PDCD4的pcDNA3.1過表達(dá)質(zhì)粒(pcDNA3.1質(zhì)粒通過自身攜帶的CMV啟動子可在大多數(shù)細(xì)胞中對質(zhì)粒中插入基因的過表達(dá)),繼續(xù)培養(yǎng);待細(xì)胞匯合達(dá)到90%后,使用108CFU/mL的羅伊氏乳桿菌處理細(xì)胞5 h,然后更換含有1 μg/mL LPS的完全培養(yǎng)基繼續(xù)處理細(xì)胞24 h,用于檢測細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡。對照組為在培養(yǎng)基中添加和實(shí)驗(yàn)組等體積的磷酸鹽緩沖液(phosphate buffered saline,PBS)。
1.3.2 ELISA檢測炎癥因子水平
按照IL-1β、IL-6和TNF-α ELISA試劑盒操作步驟檢測細(xì)胞培養(yǎng)基中相關(guān)炎癥因子水平。
1.3.3 免疫熒光染色
用體積分?jǐn)?shù)為4%的多聚甲醛溶液固定不同處理?xiàng)l件的腸上皮細(xì)胞10 min,用PBS浸洗3 遍,5%羊血清封閉1 h,加入Cleaved Caspase-3抗體(稀釋比1∶200),4 ℃過夜孵育,用PBS浸洗3 遍,每遍5 min,按1∶1 000的稀釋比加入熒光二抗Alexa Fluor 594,室溫避光孵育1 h,按1∶2 000加入4′,6-二脒基-2-苯基吲哚(4′,6-diamidino-2-phenylindole,DAPI)細(xì)胞核染色劑,室溫孵育5 min,PBS浸洗后在熒光顯微鏡下觀察。
1.3.4 實(shí)時PCR(real-time PCR)
按照RNA快速提取試劑盒操作說明提取小鼠腸上皮細(xì)胞RNA。按照逆轉(zhuǎn)錄試劑盒操作說明將組織總RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA,用于后續(xù)real-time PCR擴(kuò)增。取cDNA 0.4 μL加入上下游引物各0.8 μL、SYBR Green Premix 10 μL和雙蒸水8 μL組成20 μL反應(yīng)體系,置于PCR儀中按照設(shè)定的反應(yīng)條件進(jìn)行擴(kuò)增,反應(yīng)條件:94 ℃預(yù)變性60 s;94 ℃變性30 s,60 ℃退火30 s,35 個循環(huán);最后72 ℃延伸2 min。采用2-ΔΔCT法分別以U6和GAPDH計(jì)算目的基因表達(dá)水平。相關(guān)基因引物序列見表1。
表1 real-time PCR引物序列Table 1 Primer sequences used in real-time PCR
1.3.5 miRNA篩選及miR-196a靶基因預(yù)測
首先通過基因表達(dá)綜合(Gene Expression Omnibus,GEO)數(shù)據(jù)庫下載LPS誘導(dǎo)腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)的miRNA測序數(shù)據(jù),并通過GOR2R軟件進(jìn)行差異表達(dá)miRNAs分析,real-time PCR檢測表達(dá)變化倍數(shù)前10的miRNAs在正常腸上皮細(xì)胞、LPS誘導(dǎo)炎癥反應(yīng)的腸上皮細(xì)胞、羅伊氏乳桿菌和LPS共處理的腸上皮細(xì)胞中水平,篩選正常腸上皮細(xì)胞與羅伊氏乳桿菌和LPS共處理的腸上皮細(xì)胞中進(jìn)行驗(yàn)證表達(dá)一致,且兩組內(nèi)miRNA表達(dá)水平與LPS誘導(dǎo)炎癥反應(yīng)的腸上皮細(xì)胞中表達(dá)存在差異的miRNAs。然后通過TargetScan數(shù)據(jù)庫分析miR-196a下游靶基因,利用GEO數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下載LPS處理的小鼠腸上皮細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)(GSE139903),通過GEO2R軟件分析發(fā)現(xiàn):LPS處理后小鼠腸上皮細(xì)胞基因表達(dá)變化倍數(shù)排名前20的基因中,僅PDCD4基因是TargetScan數(shù)據(jù)庫預(yù)測的miR-196a下游靶基因,因此選擇PDCD4作為miR-196a下游靶基因進(jìn)行驗(yàn)證,使用RNA Hybird分析miR-196a與PDCD4基因3′非翻譯區(qū)(3′ untranslated region,3?UTR)的結(jié)合位點(diǎn)。
1.3.6 雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)
293T細(xì)胞采用含有10%胎牛血清DMEM高糖培養(yǎng)基,置于37 ℃、5% CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。取對數(shù)生長期293T細(xì)胞以20 000 個/孔接種于24 孔板,進(jìn)行雙熒光素酶實(shí)驗(yàn)。根據(jù)雙熒光素酶報(bào)告基因質(zhì)粒的不同進(jìn)行分組,設(shè)置野生型質(zhì)粒(pmirGLO-PDCD4-WT)、突變型質(zhì)粒(pmirGLO-PDCD4-Mut)和空質(zhì)粒(pmirGLO)分別與miRNA陰性對照或miR-196a mimics共同轉(zhuǎn)染;轉(zhuǎn)染48 h后按照雙熒光素酶報(bào)告基因檢測試劑盒操作步驟檢測熒光素酶活性。pmirGLO載體包含螢火蟲熒光素酶基因和海腎熒光素酶基因,其中海腎熒光素酶基因有獨(dú)立的啟動子和3′UTR,能夠穩(wěn)定表達(dá)海腎熒光素酶蛋白,是pmirGLO載體轉(zhuǎn)染效率的內(nèi)參基因;而螢火蟲熒光素酶基因的3′UTR包含多酶切位點(diǎn),可進(jìn)行同源重組,將靶基因3′UTR插入螢火蟲熒光素酶基因下游后,通過觀察miRNA對螢火蟲熒光素酶活性的影響,判斷miRNA和基因是否存在靶向關(guān)系。
1.3.7 Western blotting(WB)
按照蛋白提取試劑盒說明書提取細(xì)胞總蛋白,Bradford法進(jìn)行蛋白定量,12%十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳分離,轉(zhuǎn)移至PVDF膜,加入兔抗鼠PDCD4(稀釋比1∶1 000)抗體孵育過夜,PBS洗膜后加入過氧化物酶偶聯(lián)的二抗,37 ℃孵育2 h,PBS清洗后,用化學(xué)發(fā)光系統(tǒng)檢測目的條帶,以GAPDH抗體(稀釋比1∶1 000)作內(nèi)參照。
ELISA實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,與對照組相比,LPS處理后腸上皮細(xì)胞促炎癥因子IL-1β、IL-6和TNF-α分泌顯著增加,羅伊氏乳桿菌和LPS共處理后,羅伊氏乳桿菌抑制了腸上皮細(xì)胞炎癥因子IL-1β、IL-6和TNF-α的分泌(圖1A)。免疫熒光染色結(jié)果表明,與對照組相比,LPS處理的腸上皮細(xì)胞中細(xì)胞凋亡相關(guān)蛋白Caspase-3表達(dá)顯著上調(diào),羅伊氏乳桿菌顯著抑制LPS引起的腸上皮細(xì)胞凋亡相關(guān)蛋白Caspase-3表達(dá)的上調(diào)(圖1B、C)。上述結(jié)果表明羅伊氏乳桿菌能夠阻斷腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡。
圖1 羅伊氏乳桿菌緩解LPS誘導(dǎo)的腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和細(xì)胞凋亡Fig.1 Lactobacillus reuteri alleviated LPS-induced inflammation and apoptosis in intestinal cells
由圖2A可知,與小鼠腸上皮細(xì)胞相比,LPS誘導(dǎo)細(xì)胞炎癥反應(yīng)后,miR-196a水平降低82.14%(變化程度排名第2);羅伊氏乳桿菌和LPS共處理后,其細(xì)胞miR-196a水平較LPS處理細(xì)胞中miR-196a水平上調(diào)16.5 倍(變化程度排名第1),GEO測序數(shù)據(jù)和定量分析結(jié)果均表明miR-196a在此過程中變化最為顯著,miR-196a可能在LPS引起的腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)、細(xì)胞凋亡和羅伊氏乳桿菌緩解LPS毒性過程中均發(fā)揮重要調(diào)控作用,且miR-196a在腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡中的功能鮮有報(bào)道。因此,利用羅伊氏乳桿菌和LPS共同處理抑制腸上皮細(xì)胞中miR-196a的表達(dá)(圖2B),結(jié)果表明干擾miR-196a表達(dá)后,羅伊氏乳桿菌抑制LPS引起的腸上皮細(xì)胞凋亡和炎癥反應(yīng)的作用消失(圖2C~E),表明羅伊氏乳桿菌可能通過上調(diào)腸上皮細(xì)胞中miR-196a的表達(dá),抑制細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡。
圖2 羅伊氏乳桿菌緩解腸上皮細(xì)胞損傷依賴miR-196aFig.2 Lactobacillus reuteri alleviated intestinal epithelial cell injury by miR-196a
為進(jìn)一步解析miR-196a腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡的分子機(jī)制,本研究通過TargetScan網(wǎng)站對miR-196a的靶基因進(jìn)行分析預(yù)測,并與LPS誘導(dǎo)腸上皮細(xì)胞炎癥和凋亡模型的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)比對,發(fā)現(xiàn)miR-196a與PDCD4可能存在靶向結(jié)合(圖3A),且PDCD4在LPS誘導(dǎo)炎癥反應(yīng)的腸上皮細(xì)胞中表達(dá)上調(diào),羅伊氏乳桿菌和LPS共處理抑制LPS引起的PDCD4表達(dá)上調(diào)(圖3B)。使用RNAhybrid 2.2在線網(wǎng)站分析miR-196a與PDCD43′UTR結(jié)合自由能情況,結(jié)果顯示二者的結(jié)合自由能較低(圖3C),miR-196a與PDCD4可能存在靶向結(jié)合。在腸上皮細(xì)胞中過表達(dá)miR-196a,可減少PDCD4 mRNA和蛋白含量;與之相反,在干擾miR-196a表達(dá)的腸上皮細(xì)胞中,PDCD4 mRNA和蛋白水平上調(diào)(圖3D、F)。此外,在293T細(xì)胞中開展的雙熒光素酶報(bào)告基因結(jié)果表明,miR-196a顯著抑制包涵PDCD4野生型3′UTR的pmirGLO載體熒光素酶活性,但對包涵PDCD4突變型3′UTR的pmirGLO載體熒光素酶活性無影響(圖3G)。上述結(jié)果表明miR-196a靶向抑制PDCD4表達(dá)。
圖3 miR-196a靶向抑制PDCD4表達(dá)Fig.3 Targeted inhibition of PDCD4 expression by miR-196a
為驗(yàn)證miR-196a是否通過靶向PDCD4抑制腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡,在過表達(dá)miR-196a的腸上皮細(xì)胞中觀察過表達(dá)PDCD4對腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡的影響。ELISA結(jié)果表明,與LPS處理組相比,miR-196a過表達(dá)顯著抑制LPS誘導(dǎo)腸上皮細(xì)胞炎癥因子分泌;而過表達(dá)PDCD4后逆轉(zhuǎn)了miR-196a對腸上皮細(xì)胞炎癥因子分泌的抑制作用(圖4A)。進(jìn)一步的免疫熒光實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,與LPS處理組相比,miR-196a過表達(dá)后顯著抑制腸上皮細(xì)胞中細(xì)胞凋亡相關(guān)蛋白Caspase-3表達(dá),PDCD4的過表達(dá)消除miR-196a對Caspase-3表達(dá)的抑制作用(圖4B、C)。
圖4 miR-196a通過PDCD4抑制腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和細(xì)胞凋亡Fig.4 MiR-196a inhibited inflammation and apoptosis in intestinal cells by targeting PDCD4
腸道不僅是人體消化、吸收、營養(yǎng)物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)的主要器官,也是體內(nèi)最大的免疫器官和“細(xì)菌庫”,位于連接機(jī)體內(nèi)外環(huán)境的核心位置,對維持人體健康生長具有重要作用[10]。腸道黏膜作為機(jī)體免疫的第一道防線,在抵抗天然毒素、腸道共生菌群和入侵的病原體引起的腸道炎癥反應(yīng)中扮演著重要角色[11]。腸炎是一種腸黏膜免疫系統(tǒng)紊亂性疾病[12],由遺傳因素、上皮屏障受損、腸道菌群失調(diào)等因素相互作用導(dǎo)致[13]。雖然,抗生素等藥物治療可緩解腸炎,但由于抗生素治療容易導(dǎo)致細(xì)菌產(chǎn)生耐藥性,所以腸炎極易復(fù)發(fā)[14-15]。因此,探究腸炎的發(fā)生發(fā)展機(jī)制、開發(fā)利用高效無副作用的生物制劑,對于防治腸炎具有緊迫的研究意義。
腸道微生物群被認(rèn)為是調(diào)節(jié)宿主健康的關(guān)鍵因素之一[16]。益生菌是一種對宿主健康有益的微生物,它通過調(diào)節(jié)腸道微生物區(qū)系和腸道免疫等方式抑制病原微生物對腸道健康的損害。Kim等[17]研究表明,短乳桿菌KU15152對HT-29細(xì)胞有較強(qiáng)的黏附力,其通過調(diào)節(jié)絲裂原活化蛋白激酶、細(xì)胞外信號調(diào)節(jié)激酶和糖原合酶激酶抑制核因子-κB的活化,從而減輕金黃色葡萄球菌脂磷壁酸誘導(dǎo)的腸道炎癥反應(yīng)。戊糖片球菌ZY-B通過上調(diào)緊密連接蛋白的表達(dá)改善腸屏障功能障礙,并下調(diào)大麻素受體1和大麻素受體2表達(dá),降低小鼠回腸、盲腸和結(jié)腸的副溶血性弧菌含量,從而防止結(jié)腸萎縮,增強(qiáng)黏膜完整性[18]。此外,副益生菌嗜酸乳桿菌PIN7可通過調(diào)節(jié)TLR-6介導(dǎo)的免疫反應(yīng)和腸道菌群組成,改善葡聚糖硫酸鈉誘導(dǎo)的小鼠結(jié)腸炎[19]。羅伊氏乳桿菌I5007最初從仔豬的結(jié)腸中分離出來,能夠上調(diào)豬小腸上皮細(xì)胞緊密連接蛋白和防御肽的表達(dá),進(jìn)而增強(qiáng)豬腸道免疫功能[20-21]。同時,羅伊氏乳桿菌可以預(yù)防和治療人腸道菌群紊亂引起的腸道不適,具有益生功能,但相關(guān)機(jī)制未明。本研究發(fā)現(xiàn)羅伊氏乳桿菌減輕LPS引起的腸上皮細(xì)胞凋亡和炎癥反應(yīng),可開發(fā)為促進(jìn)腸道健康的生物制劑。
miRNA是一種對哺乳動物細(xì)胞內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄翻譯進(jìn)行調(diào)控的非編碼小RNA,盡管不直接編碼蛋白質(zhì),但卻通過對靶基因轉(zhuǎn)錄和翻譯進(jìn)行調(diào)控間接參與哺乳動物細(xì)胞的分化、增殖、轉(zhuǎn)移及凋亡[22]。前期研究發(fā)現(xiàn),miR-196a在骨肉瘤細(xì)胞中表達(dá)上調(diào),從而抑制骨肉瘤細(xì)胞凋亡,促進(jìn)骨肉瘤細(xì)胞的增殖及成瘤能力[23];此外,miR-196a通過抑制RAN結(jié)合蛋白10表達(dá)改善神經(jīng)元形態(tài),為亨廷頓舞蹈癥患者提供神經(jīng)保護(hù)[24]。本研究發(fā)現(xiàn),LPS誘導(dǎo)腸上皮細(xì)胞凋亡和炎癥反應(yīng)過程中miR-196a表達(dá)下調(diào),而羅伊氏乳桿菌通過增加細(xì)胞miR-196a含量抑制腸上皮細(xì)胞凋亡和炎癥反應(yīng)。
PDCD4是Shibahara等[25]在誘導(dǎo)凋亡的鼠細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)的具有MA-3功能域的新基因。PDCD4是進(jìn)化上高度保守的基因,廣泛表達(dá)于多種組織和器官,細(xì)胞凋亡和炎性疾病的發(fā)生密切相關(guān)[26]。在心臟缺血再灌注誘導(dǎo)心肌細(xì)胞凋亡過程中PDCD4基因表達(dá)升高,靶向抑制心肌細(xì)胞中PDCD4蛋白的表達(dá),可顯著減少心肌細(xì)胞凋亡[27];PDCD4蛋白在高濃度葡萄糖誘導(dǎo)凋亡的血管內(nèi)皮細(xì)胞中表達(dá)上調(diào),干擾PDCD4基因表達(dá)顯著抑制血管內(nèi)皮細(xì)胞的凋亡[28]。此外,在腸缺血再灌注過程中,腸上皮細(xì)胞的炎癥反應(yīng)和凋亡是由于miR-21表達(dá)下調(diào),其靶基因PDCD4表達(dá)增加導(dǎo)致[29]。產(chǎn)氣莢膜梭菌β2毒素感染腸上皮細(xì)胞后通過抑制miR-21上調(diào)PDCD4表達(dá),從而誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡和炎癥反應(yīng)[30];而在結(jié)直腸癌細(xì)胞中PDCD4基因表達(dá)降低,而miR-196a表達(dá)增加,miR-196a通過靶向PDCD4抑制結(jié)直腸癌細(xì)胞凋亡。這些研究表明靶向調(diào)控PDCD4表達(dá)可影響細(xì)胞凋亡[31]。
本實(shí)驗(yàn)中羅伊氏乳桿菌通過上調(diào)腸上皮細(xì)胞miR-196a表達(dá),下調(diào)miR-196a靶基因PDCD4表達(dá),抑制LPS引起的腸上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)和凋亡。研究結(jié)果為開發(fā)羅伊氏乳桿菌成為促進(jìn)腸道健康發(fā)育的功能添加劑提供了理論支撐。