基于RNA-Seq的向日葵脂肪酸合成基因篩選與分析

郭樹春,張艷芳,李素萍,邵 盈,邢慧軍,于海峰*

(1 內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學(xué)院 作物科學(xué)研究所,呼和浩特 010031;2 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 園藝與植物保護(hù)學(xué)院,呼和浩特 010010;3 四子王旗林業(yè)和草原局,內(nèi)蒙古烏蘭察布 011800)

植物油脂是由脂肪酸和甘油化合而成的天然高分子化合物。它是人體必需營養(yǎng)成分,可為人體提供必要的能量、維持特定的功能,同時它還是脂溶性維生素的載體[1]。脂肪酸中的單不飽和油酸、多不飽和亞油酸都是有益脂肪酸,其含量及組成是決定其營養(yǎng)價值和用途的關(guān)鍵[2]。向日葵(HelianthusannuusL.)是世界四大油料作物之一。向日葵籽油(又稱葵花籽油)是日常消費、食品加工中的一種優(yōu)質(zhì)植物油,其脂肪酸(fatty acid,FA)主要由油酸、亞油酸、棕櫚酸和硬脂酸組成[3]。向日葵籽油飽和脂肪酸(棕櫚酸和硬脂酸)相對含量很低,介于4%～13%之間,不飽和脂肪酸(油酸、亞油酸)含量高,在87%～94%之間[4-5],不飽和脂肪酸中油酸和亞油酸含量呈負(fù)相關(guān)關(guān)系。早在1999年聯(lián)合國糧農(nóng)組織根據(jù)向日葵油酸含量的不同,將其基因型分為三大類:①低油酸向日葵(傳統(tǒng)向日葵),油酸含量14%～39%;②中油酸向日葵,油酸含量42%～72%;③高油酸向日葵,油酸含量75%～91%?，F(xiàn)在市場上的向日葵油原料主要是傳統(tǒng)向日葵,其不飽和脂肪酸中亞油酸占55%～65%,油酸占20%～30%[6]。油酸因其分子結(jié)構(gòu)中不飽和烯鍵數(shù)目少于亞油酸而更加穩(wěn)定,高油酸向日葵油烹制的食品貨架期會更長,更加健康[7-8],因此市場對高油酸向日葵油更加青睞?，F(xiàn)已證實,向日葵籽油中油酸和亞油酸的占比是決定其品質(zhì)的關(guān)鍵,其脂肪酸含量和組分由基因型決定,還受到一些環(huán)境因子如溫度、光照和濕度等影響[9-10],且這些環(huán)境因子中對其影響最大的是溫度[11-12]。進(jìn)一步研究表明,隨著溫度的升高,低油酸向日葵籽中的油酸含量明顯升高,亞油酸含量隨之降低,而溫度越低,則相反。而高油酸向日葵中的油酸含量對環(huán)境變化的敏感性較低,其脂肪酸組成變化也較小[10]。但是,從轉(zhuǎn)錄組層面在不同生長條件下對向日葵脂肪酸代謝的分子機(jī)制研究較少。

隨著中國農(nóng)業(yè)的高質(zhì)量發(fā)展,不同脂肪酸組分表型的向日葵需求將不斷增加。為了迎合社會發(fā)展的需要,彌補(bǔ)相關(guān)研究的不足,本研究以高油酸自交系J9、低油酸自交系P50為試驗材料,采用錯期播種方法,通過轉(zhuǎn)錄組分析,解析向日葵脂肪酸合成及組分變化的分子調(diào)控機(jī)制,促進(jìn)高油酸向日葵分子育種穩(wěn)步發(fā)展,為向日葵產(chǎn)業(yè)高質(zhì)量發(fā)展提供理論依據(jù)。

1 材料和方法

1.1 試驗材料

以自育高油酸向日葵自交系J9(油酸相對含量大于85.0%)和低油酸自交系P50(油酸含量小于35.0%)為試驗材料,于2022年4月20日開始分期播種,每間隔10 d設(shè)1個播期,共設(shè)6個不同的播種期,每個播期處理設(shè)3次重復(fù)。試驗在呼和浩特市(N40.49°,E111.41°,海拔106 m)內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學(xué)院試驗田進(jìn)行,試材采取相同的栽培管理措施。

1.2 樣品采集

在開花授粉后(days after flowering,DAF)20 d,取整齊一致單株的向日葵籽仁為試驗樣品,累計采集12份樣品,液氮速凍。編號為:J9_S1、J9_S2、J9_S3、J9_S4、J9_S5、J9_S6和P50_S1、P50_S2、P50_S3、P50_S4、P50_S5、P50_S6,每份樣品采集6份,3份(3次重復(fù))用于轉(zhuǎn)錄組測序,3份(3次重復(fù))用于脂肪酸含量與組分測定。采樣期氣象數(shù)據(jù)來源于中國氣象數(shù)據(jù)網(wǎng)(http://data.cma.cn/)。

1.3 脂肪酸組分與含量測定

利用液相色譜法測定各樣品(累計36個)主要脂肪酸相對含量,如:油酸、亞油酸、硬脂酸、亞麻酸、棕櫚酸等組分參照GB 5009.168—2016第三法測定其含量。

1.4 轉(zhuǎn)錄組測序

利用TaKaRa公司的RNAisoPlus提取樣本總RNA[13],并文庫構(gòu)建,構(gòu)建好的文庫用Illumina HiSeqTM 4000進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。

1.5 測序數(shù)據(jù)過濾與組裝

使用Trinity軟件對轉(zhuǎn)錄組的De novo進(jìn)行從頭組裝[14]。原始序列數(shù)據(jù)經(jīng)雜質(zhì)去除后得到clean reads,然后將每個樣品clean reads用短reads比對軟件TMAP比對到參考基因序列上(DDBJ/ENA/GenBank,MNCJ00000000[15]),組裝得到的Unigene[16],得到最終的Unigene信息,具體信息分析過程及分析流程見圖1。

圖1 數(shù)據(jù)處理流程

1.6 基因表達(dá)量計算和功能注釋

使用RPKM法(reads per kb per million reads)[17]計算基因的表達(dá)量,兩樣本間的差異表達(dá)基因篩選參考Audic[18]基于測序的差異基因檢測方法,此方法發(fā)表于GenomeResearch,公式為:MRPKM=(1000000×C)/(N×L/1000)。通過控制FDR(fa1se discovery rate)≤0.001且︱log2R︱≥1(倍數(shù)差異在2倍以上)的值校正P閾值。

RPKM法公式各符號含義:A基因的表達(dá)量用RPKM(A)表示,則C表示能唯一比對到基因A區(qū)域的Reads數(shù),N為唯一比對到參考基因的總reads數(shù),L為基因A的堿基數(shù)。具體計算過程:首先將測序得到的reads匹配到參考基因上,將能匹配到參考基因上的reads數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化到106,以此為基礎(chǔ)來換算某一基因上匹配上的reads數(shù),再除以該基因長度就得到該基因的表達(dá)量(RPKM值)。RPKM不僅對測序深度作了歸一化,而且對基因長度也作了歸一化,使得不同長度的基因在不同測序深度下得到的基因表達(dá)水平估計值有了可比性,是目前最可靠的基因表達(dá)估計方法,計算得到的基因表達(dá)量可直接用于比較不同樣品間的基因表達(dá)差異分析。

每個樣品中的每個Unigene表達(dá)量確定后,為了便于后續(xù)對基因的功能研究,對每個基因進(jìn)行功能注釋,將每個基因序列首先跟NCBI的NR庫用(http://www.geneontology.org/)BLAST軟件進(jìn)行比對,再將每個基因注釋到NT、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO功能庫。例如:用Blast2 GO軟件注釋到GO的各級條目下。基因序列通過BLAST比對到KEGG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行KEGG注釋,Q≤0.05的Pathway定義為在差異表達(dá)基因中顯著富集的Pathway,通過Pathway顯著性富集能確定差異表達(dá)基因參與的主要生物代謝途徑和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路[19]。

2 結(jié)果與分析

2.1 油酸含量測定結(jié)果

錯期播種同期采樣試驗條件下,測定自交系J9和P50在6個播期的油酸相對含量,并收集采樣期(從開始授粉到20 DAF)平均溫度。結(jié)果(圖2)顯示:高油酸品系J9油酸相對含量受日平均溫度變化影響不顯著,其油酸相對含量基本穩(wěn)定在85.0%左右;而低油酸品系P50油酸相對含量隨日平均溫度的降低而顯著降低,在S1播種期油酸相對含量最高達(dá)42.0%,而S6播種期油酸相對含量僅為20.49%。由此可見,向日葵脂肪酸組分和含量易受溫度影響,且高油酸向日葵品系脂肪酸組分和含量受溫度影響小,而低油酸品系易受溫度影響。因此,筆者設(shè)定了錯期播種同期采樣試驗,在授粉期不同溫度下篩選向日葵脂肪酸合成基因,并研究其調(diào)控關(guān)系。

*表示兩品系在同一時期的顯著水平(P<0.05)。下同。

2.2 RNA-Seq測序質(zhì)量評估結(jié)果

通對36個(12個樣品,3個重復(fù))樣品使用Hiseq 4000測序平臺進(jìn)行RNA-Seq測序,2個品系共測得265.79 G數(shù)據(jù),平均每個樣品數(shù)據(jù)約7.38 G,單個樣品數(shù)據(jù)最少的為J9_S2_2,共測得6.12 G數(shù)據(jù);最多的為P50_S2_2,共測得9.06 G數(shù)據(jù)。樣品平均Q20為96.59%,平均Q30為92.93%。堿基錯誤率分布符合一般規(guī)律。GC含量平均值為46.50%,且不存在明顯分離現(xiàn)象,結(jié)果見表1。上述結(jié)果顯示,RNA-Seq測序數(shù)據(jù)質(zhì)量達(dá)到預(yù)期,可用于后續(xù)分析。

表1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估

2.3 RNA-Seq測序重復(fù)性檢驗

根據(jù)每個樣本基因表達(dá)量的數(shù)值,計算皮爾遜相關(guān)系數(shù)的平方(R2),得出重復(fù)樣本之間的相關(guān)性。結(jié)果(圖3)為:在J9品系中,相關(guān)系數(shù)最高的為J9_S5_1和J9_S5_3之間,相關(guān)系數(shù)高達(dá)0.935;相關(guān)系數(shù)最低的為J9_S1_2和J9_S1_3之間,相關(guān)系數(shù)為0.754。在P50品系中,相關(guān)系數(shù)最高的為P50_S4_1和P50_S4_3之間,相關(guān)系數(shù)高達(dá)0.918;相關(guān)系數(shù)最低的為P50_S3_2和P50_S3_1之間,相關(guān)系數(shù)為0.769。平均相關(guān)系數(shù)高于0.8。因此,本研究中各個生物學(xué)重復(fù)間相關(guān)性較好,樣品的重復(fù)性良好。

圖中橫向、縱向數(shù)字1,2,3表示3個重復(fù)。

2.4 Unigene基因表達(dá)量分析和功能注釋

利用測序得到的clean reads,采用RPKM算法確定基因的表達(dá)量。首先將某一樣品測序得到的reads匹配到參考基因上,并將reads數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化為106,以此為基礎(chǔ)來換算該基因上匹配上的reads數(shù),再除以該基因長度得到該樣品該基因的基因表達(dá)量,每個樣本每個基因的基因表達(dá)量用RPKM方法表示。按RPKM值的大小,將基因分為高表達(dá)基因(RPKM≥10)、中表達(dá)基因(1

圖4 不同向日葵品系基因表達(dá)量的疊加直方圖

對上述所有Unigene進(jìn)行功能注釋,這些基因被注釋到了GO功能庫下的1 283個GO條目下。在3個GO本體(ontology)中,生物學(xué)過程(biological process,BP)中條目最多,包含665個條目;其次分子功能(molecular function,MF)和細(xì)胞組分(cellular component,CC),分別包含451,166個條目。在圖5中列出了位于3個GO本體中前10位的GO條目,KEGG庫注釋的Unigene共計3 286個,其中位于前20位中的角質(zhì)層、木栓質(zhì)和蠟生物合成(cutin, suberine and wax biosynthesis)屬于脂質(zhì)代謝。

圖5 所有Unigene GO和Unigene KEGG分類結(jié)果

2.5 差異表達(dá)基因篩選與分析結(jié)果

首先對品種內(nèi)不同處理樣品差異表達(dá)分析,將同一品種不同播期品與其對照(S1)間的比對所獲得的差異表達(dá)基因總和定義為S-CK數(shù)據(jù)集,S-CK數(shù)據(jù)集(S2-CK、S3-CK、S4-CK、S5-CK、S6-CK,累計5個數(shù)據(jù)集,表2)反映了J9和P50在脂肪酸積累關(guān)鍵時期,在不同播期下條件下,品種內(nèi)響應(yīng)環(huán)境變化的DEGs;把J9和P50在相同播期的測序結(jié)果經(jīng)比對所獲得的差異表達(dá)基因之和定義為S數(shù)據(jù)集(累計6個數(shù)據(jù)集,表2),該數(shù)據(jù)集反映J9和P50在脂肪酸積累各關(guān)鍵時期,品種間響應(yīng)環(huán)境變化的DEGs。

表2 差異表達(dá)基因篩選數(shù)據(jù)集命名

對S-CK數(shù)據(jù)集進(jìn)行品種內(nèi)差異分析發(fā)現(xiàn),在S-CK數(shù)據(jù)集中,高油酸品系J9在S5-CK中的差異基因數(shù)(different expression genes,DEGs)最多,為1 022個;低油酸品系P50在S3-vs-S1中的差異基因數(shù)最多,為1 712個。上述結(jié)果表明,高油酸品系在S5響應(yīng)環(huán)境變換的差異表達(dá)基因較多,而低油酸品系在S3期響應(yīng)環(huán)境變換的差異表達(dá)基因較多;總體上高油酸品系響應(yīng)環(huán)境變換的差異表達(dá)基因較少,這和2.1節(jié)向日葵籽粒中油酸含量和溫度變化關(guān)系研究結(jié)果相吻合。

在基因表達(dá)調(diào)控類型研究中,S-CK數(shù)據(jù)集的5種比較(S2 vs S1、S3 vs S1、S4 vs S1、S5 vs S1和S6 vs S1)中,高油酸品系J9中含有258,382,100,311,207個上調(diào)DEGs,有551,467,346,711,1 427個下調(diào)DEGs;低油酸品系P50中含有12,930,34,305,873個上調(diào)DEGs,有12,782,42,355,980個下調(diào)DEGs(圖6,A和圖6,B);上述與油酸合成相關(guān)DEGs的獲得,為油酸合成的共表達(dá)分析以及通路分析提供了基礎(chǔ)。

A.品種內(nèi)上調(diào)差異分析結(jié)果;B.品種內(nèi)下調(diào)差異分析結(jié)果;C.品種內(nèi)特異表達(dá)分析。粉色填充表上調(diào);綠色填充表下調(diào);黃色線表J9品系;藍(lán)色線表P50品系。

上述結(jié)果經(jīng)試驗內(nèi)特異表達(dá)分析顯示,在S-CK數(shù)據(jù)集的5種比較(S2 vs S1、S3 vs S1、S4 vs S1、S5 vs S1和S6 vs S1)策略中,高油酸品系J9中含有372,279,115,322,147個特異上調(diào)DEGs;有664,386,718,660,1 249個特異下調(diào)DEGs(圖6,C),分析發(fā)現(xiàn)J9和P50的品種特異性表達(dá)基因數(shù)遠(yuǎn)超其品種共表達(dá)數(shù)量,該結(jié)論證明了本研究材料選擇的可靠性,提取特異表達(dá)基因功能條目,為后續(xù)研究提供信息。同時,為了進(jìn)一步確定影響高油酸和低油酸品系的關(guān)鍵差異基因,對S數(shù)據(jù)集(來源于RNA-Seq數(shù)據(jù))進(jìn)行品種間特異表達(dá)分析(見表2),結(jié)果如圖7。由圖7可知,在S數(shù)據(jù)集中,無論是上調(diào)基因還是下調(diào)基因,各時期品種間特異表達(dá)基因相當(dāng)。最后,品種特異性表達(dá)基因和品種間特異表達(dá)基因去除重復(fù)后,在J9和P50在-CK和S數(shù)據(jù)集得到15 885個與向日葵脂肪酸代謝相關(guān)的品種間特異表達(dá)DEGs用于后續(xù)功能分析。

圖7 J9 vs P50在相同播種期差異表達(dá)基因分析

2.6 特異表達(dá)基因功能分析

將2.5節(jié)分析得到的15 885個特異表達(dá)DEGs映射到GO注釋中,經(jīng)GO功能富集,得到與脂質(zhì)代謝相關(guān)的GO條目:如,脂質(zhì)生物合成過程(GO:0008610)、脂肪酸代謝過程(GO:0006631)、類固醇生物合成過程(GO:0006694)和類固醇代謝過程(GO:0008202)等。J9在中特異表達(dá)DEGs的GO注釋中,累計獲得96與脂質(zhì)代謝相關(guān)DEGs(表3),P50中獲得43個(表4);J9和P50在品種間特異表達(dá)GO條目映射研究中,獲得278個DEGs(表5)。

表3 J9特異表達(dá)DEGs GO term映射結(jié)果

表4 P50特異表達(dá)DEGs GO term映射結(jié)果

表5 J9和P50特異表達(dá)DEGs GO term映射結(jié)果

總之,在品種內(nèi)特異表達(dá)分析和品種間特異表達(dá)分析中,累計403個DEGs被注釋到與脂質(zhì)代謝相關(guān)的GO條目下。在品種內(nèi)特異表達(dá)分析結(jié)果中,將通過GO功能富集獲得的與脂質(zhì)代謝直接相關(guān)的403個DEGs映射到與脂質(zhì)代謝相關(guān)的KEGG代謝通路,累計29個DEGs直接參與了19條相關(guān)KEGG通路(圖8,A)。其中,顯著富集于糖基磷脂酰肌醇(GPI)生物合成KEGG通路的DEGs 5個、脂肪酸延伸的4個、脂肪酸代謝的4個、類固醇生物合成的3個、脂肪酸生物合成的3個、萜類骨架生物合成的3個、不飽和脂肪酸生物合成的2個、α-亞麻酸代謝的2個和甘油磷脂代謝通路的3個(圖8)。

圖8 特異表達(dá)DEGs的KEGG功能富集

3 討 論

將在品種間特異表達(dá)分析結(jié)果與品種內(nèi)特異表達(dá)分析得到DEGs和去除重復(fù)DEGs,共得到42個DEGs,經(jīng)分析其隸屬于22種酶。以此為基礎(chǔ)繪制了向日葵脂肪酸代謝相關(guān)DEGs通路圖,向日葵脂肪酸代謝過程論述如下。

首先,向日葵通過光合作用合成蔗糖(suc),然后被蔗糖轉(zhuǎn)用酶(suc transporter,SUC)運送到向日葵種子細(xì)胞中,經(jīng)過磷酸化、糖酵解、氧化生成脂肪酸合成的碳源乙酰輔酶A(acetyl-CoA),在質(zhì)體(plastid)中開始其脂肪酸的從頭合成(圖9)。首先,乙酰-CoA在乙酰-CoA羧化酶(ACCase)催化下,與酰基載體蛋白(acyl carrier protein,ACP)結(jié)合,生成向日葵脂肪酸合成的直接原料丙二酰-CoA(malonyl-CoA);然后,丙二酰-CoA在脂肪酸合成酶復(fù)合體(fatty acid synthase,FAS)或?；d體蛋白轉(zhuǎn)移酶(MCAT)催化下[20]生成脂肪酸碳鏈延長供體丙二酰-ACP(malonyl-ACP);同時,乙酰-CoA,ACP轉(zhuǎn)酰基酶將1個丙二?；鶊F(tuán)由乙酰-CoA轉(zhuǎn)移至ACP的絲氨酸殘基上,生成乙酰-ACP,并釋放CoA(圖10)。本試驗中,基因110889119和110925594參與了脂肪酸合成的限速酶乙酰-CoA羧化酶(ACCase)的調(diào)節(jié),基因110889119在J9和P50的脂肪酸積累前期相對表達(dá)量偏高,其在J9中更高;基因110925594P50卻在P50中的相對表達(dá)量更高,說明該基因更容易受到環(huán)境因素的影響。

圖9 脂肪酸生物合成通路中的表達(dá)模式

其次,由β-酮酯酰-ACP還原酶(β-ketoacyl-ACP reductase,KAR)催化乙酰-ACP生成β-ketoacyl-ACP,然后在NADPH等酶的參與下,生成β-羥基丁酰-ACP(β-hydroxyacyl-ACP),此步是脂肪酸生物合成的最初還原步驟。本試驗中,有累計6個基因參與了上述過程的調(diào)節(jié),其中調(diào)節(jié)β-酮酯酰-ACP還原酶(KAR)的2個基因在A-試驗中表達(dá)特征明顯,基因110864403在積累前期低表達(dá),后期高表達(dá),而基因110893771則表現(xiàn)相反。4個基因參與了NADPH等酶的調(diào)節(jié),基因1109382561和110868833表達(dá)特征明顯,基因110868833在整個播期在J9中表達(dá)量較高,而1109382561則相反,它們在A-試驗中也表現(xiàn)出同樣的特征;值得注意的是,雖然基因110868833在J9整個脂肪酸積累期表達(dá)量相對較高,但是其在油酸積累關(guān)鍵期(20 DAFs)表達(dá)量最高。

再次,β-羥基丁酰-ACP由β-羥基丁酰-ACP脫水酶(β-hydroxacyl-ACP dehydratase,HAD)催化[21],在其α位和β位碳原子之間脫水生成2,3-反式丁烯酰(巴豆酰)-ACP(enoyl-ACP)。然后,反式丁烯酰-ACP被多功能蛋白(multifunctional protein,MFP)催化[22],轉(zhuǎn)化生成相應(yīng)的丁酰-ACP(butyryl-ACP)。基因110893751參與了此過程中MFP的激活,該基因在J9中脂肪酸合成28 DAFs和35 DAFs表達(dá)量最高。

最后,飽和丁酰-ACP再經(jīng)轉(zhuǎn)酰基作用與新的丙二酸單酰-ACP依次重復(fù)上述4個過程,經(jīng)數(shù)次循環(huán)后,脂肪酸合成通過終止反應(yīng)來終止合成,可生成C16∶0和C18∶1飽和脂肪酸;然后,在脂酰基-ACP硫脂酶(acyl-ACP thioesterase,Fat)作用下,將ACP上的酰基部分(C16∶0和C18∶1飽和脂肪酸)通過水解反應(yīng)釋放出來,成為游離脂肪酸,并釋放1個巰基-ACP,使反應(yīng)終止[23]。碳鏈聚合終止后,產(chǎn)生的不同碳鏈長度游離脂肪酸,由酰基-CoA合成酶(acyl-CoA sythetase,ACS)負(fù)責(zé)催化合成脂酰-CoA(C16∶0-CoA和C18∶1-CoA),并采用某種未知機(jī)制從質(zhì)體轉(zhuǎn)運到內(nèi)質(zhì)網(wǎng)或胞質(zhì)中,完成脂肪酸鏈的延長。此過程中,基因110890752和110871748參與了C16∶0和C18∶1飽和脂肪酸的合成,而基因110941185和110893751參與了脂酰-CoA的合成與轉(zhuǎn)運。

4 結(jié) 論

在向日葵籽粒形成過程中,雖然其脂肪酸組分和含量隨著積累時間的推移而變化,但是向日葵脂肪酸主要以不飽和脂肪酸油酸和亞油酸為主,其合成的關(guān)鍵轉(zhuǎn)折時期是20 DAF;通過播種期調(diào)控可以明顯影響向日葵脂肪酸組分和含量,向日葵脂肪酸組分和含量易受溫度影響,且高油酸向日葵材料脂肪酸組分和含量受溫度影響小,而低油酸材料易受溫度影響。在錯期播種試驗條件下,對36份樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,2個品系共測得265.79 G數(shù)據(jù)。

試驗中,J9在S5-vs-S1中的差異基因數(shù)最多,為1 022個;P50在S3-vs-S1中的差異基因數(shù)最多,為1 712個。經(jīng)基因差異表達(dá)分析,得到的15 885個特異表達(dá)DEGs,經(jīng)GO功能富集,得到與脂質(zhì)代謝相關(guān)的GO條目累計獲得96與脂質(zhì)代謝相關(guān)DEGs;最后,J9和P50品種間特異表達(dá)GO條目映射研究中,獲得278個DEGs。

為進(jìn)一步揭示向日葵種子發(fā)育過程中與油脂積累及油酸生物合成相關(guān)的關(guān)鍵基因,將通過GO功能富集獲得的與脂質(zhì)代謝直接相關(guān)的403個DEGs映射到與脂質(zhì)代謝相關(guān)的KEGG代謝通路,累計29個DEGs直接參與了19條相關(guān)KEGG通路;去除重復(fù)DEGs,共得到43個DEGs,隸屬于22種酶。其中KAS、ACX、DGAT、MGD和OLE是向日葵不飽和脂肪酸生物合成和油脂積累的關(guān)鍵基因。