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    基于Wikidata的COVID-19信息組織策略研究

    2023-06-22 23:01:01楊倩李小麗
    現(xiàn)代信息科技 2023年3期
    關(guān)鍵詞:維基百科數(shù)據(jù)模型知識(shí)庫(kù)

    楊倩 李小麗

    摘? 要:對(duì)Wikidata數(shù)據(jù)模型以及其對(duì)COVID-19信息組織等模式進(jìn)行研究,以期對(duì)國(guó)內(nèi)信息組織等相關(guān)領(lǐng)域的研究以及COVID-19數(shù)據(jù)整合的相關(guān)工作提供借鑒和參考。首先對(duì)主流的三個(gè)知識(shí)庫(kù)進(jìn)行對(duì)比分析,其次將Wikidata中的中國(guó)COVID-19數(shù)據(jù)與中國(guó)國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)的疫情數(shù)據(jù)進(jìn)行多個(gè)維度的比較分析,最后對(duì)Wikidata中的COVID-19數(shù)據(jù)可視化基礎(chǔ)框架進(jìn)行分析,以探索Wikidata對(duì)COVID-19信息組織策略。Wikidata具有靈活的數(shù)據(jù)模型,使用RDF三元組的形式存儲(chǔ)數(shù)據(jù),并通過(guò)限定符和參考引用提供基本語(yǔ)句的附加特性和來(lái)源。Wikidata記錄的COVID-19數(shù)據(jù)具有多種可獲取途徑和較高的準(zhǔn)確性,但在數(shù)據(jù)及時(shí)性和完整性方面有待進(jìn)一步完善。

    關(guān)鍵詞:Wikidata;COVID-19;信息組織;COVIWD

    中圖分類號(hào):TP391;G254? 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A? 文章編號(hào):2096-4706(2023)03-0001-07

    Research on COVID-19 Information Organization Strategy Based on Wikidata

    YANG Qian, LI Xiaoli

    (School of Public Administration, Sichuan University, Chengdu? 610065, China)

    Abstract: This paper studies the Wikidata data model and its mode on COVID-19 information organization, with a view to providing reference for the research of domestic information organization and the relevant work of COVID-19 data integration. First, the three mainstream knowledge bases are compared and analyzed. Secondly, the COVID-19 data from China in Wikidata and the epidemic data of the National Health Commission of China are compared and analyzed from multiple dimensions. Finally, the basic framework of COVID-19 data visualization in Wikidata is analyzed to explore the strategy of Wikidata to COVID-19 information organization. Wikidata has a flexible data model, stores data in the form of RDF triples, and provides additional features and sources of basic statements through qualifiers and reference. The COVID-19 data recorded by Wikidata has multiple access ways and high accuracy, but the timeliness and integrity of the data need to be further improved.

    Keywords: Wikidata; COVID-19; information organization; COVIWD

    0? 引? 言

    2019年新型冠狀病毒感染(COVID-19)的爆發(fā)對(duì)全球的政治、經(jīng)濟(jì)、生活等各方面產(chǎn)生了巨大的影響。截至2022年10月11日,全球累計(jì)確診病例已達(dá)61 916萬(wàn)人,累計(jì)死亡人數(shù)已達(dá)653萬(wàn)[1],由此,各領(lǐng)域需要采取多種行動(dòng)來(lái)抗擊COVID-19的傳播。COVID-19的爆發(fā)導(dǎo)致世界各地?zé)o時(shí)無(wú)刻不在產(chǎn)生著海量的數(shù)據(jù),因此,對(duì)COVID-19各類數(shù)據(jù)進(jìn)行有效的組織與整合是當(dāng)下研究的熱點(diǎn)話題,同時(shí),對(duì)結(jié)構(gòu)化的COVID-19數(shù)據(jù)的開(kāi)放共享,有利于推進(jìn)各領(lǐng)域?qū)OVID-19相關(guān)工作的開(kāi)展以及學(xué)術(shù)界的研究。

    Wikidata是一個(gè)開(kāi)放、協(xié)作的平臺(tái),集成了各類主題的結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù),截至2022年1月20日,總計(jì)包含9 666 172個(gè)數(shù)據(jù)條目[2],其數(shù)據(jù)主要來(lái)源于維基百科和其他維基媒體的數(shù)據(jù)條目,采用眾包的模式建立,支持包含中文版本在內(nèi)的多種語(yǔ)言,是一個(gè)機(jī)器和人都能編輯的免費(fèi)、開(kāi)放的知識(shí)庫(kù)。Wikidata整合了COVID-19各類主題的數(shù)據(jù),用戶可以免費(fèi)查詢和獲取有關(guān)數(shù)據(jù),眾包模式允許任何人添加或編輯其專業(yè)知識(shí)領(lǐng)域或感興趣的主題信息,便于對(duì)COVID-19科學(xué)數(shù)據(jù)的開(kāi)放獲取,旨在改善關(guān)于新冠病毒和大流行的公開(kāi),提高語(yǔ)義關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)的可用性。

    儀表盤主要整合大量不同主題的數(shù)據(jù),并提供可視化服務(wù)。目前,國(guó)外已經(jīng)有多個(gè)領(lǐng)域?qū)x表盤進(jìn)行了研究及應(yīng)用,如美國(guó)亞特蘭大市政府機(jī)構(gòu)于2002年提出了一個(gè)業(yè)績(jī)衡量系統(tǒng),即亞特蘭大儀表盤,主要用于評(píng)估市政業(yè)績(jī)的各個(gè)方面,從而提高市政服務(wù)的效率和效力[3];私營(yíng)部門基于不同制造目標(biāo)群體關(guān)鍵績(jī)效指標(biāo)的調(diào)查結(jié)果,設(shè)計(jì)了三個(gè)具有代表性的制造儀表盤,包括工人操作儀表盤、經(jīng)理戰(zhàn)術(shù)儀表盤和高管戰(zhàn)略儀表盤,用于制造企業(yè)[4];在醫(yī)療保健領(lǐng)域,有學(xué)者提出一種醫(yī)療儀表盤——BESTBoard,并在一家三甲醫(yī)院中的所有病房實(shí)施[5]。

    在新冠疫情背景下,國(guó)外針對(duì)COVID-19數(shù)據(jù)開(kāi)發(fā)出了許多儀表盤可視化平臺(tái),如世界衛(wèi)生組織[6]、約翰霍普金斯大學(xué)[7]和Worldometers[8]。除此之外,Wikidata也提供了COVID-19相關(guān)主題數(shù)據(jù)的可視化服務(wù)——COVID-19 Wikidata的儀表盤(COVIWD),COVIWD采用了RDF技術(shù)進(jìn)行數(shù)據(jù)建模,以及SPARQL構(gòu)建查詢,是最早利用開(kāi)放知識(shí)圖譜及相關(guān)技術(shù)提供實(shí)時(shí)、直觀的COVID-19數(shù)據(jù)的應(yīng)用,其中包含了疫情病例癥狀、風(fēng)險(xiǎn)因素、各國(guó)病例和死亡人數(shù)的比較以及隨時(shí)間的變化趨勢(shì),并以可視化的形式呈現(xiàn)給用戶,用戶可以通過(guò)該儀表盤快速了解到相關(guān)主題數(shù)據(jù)的信息。目前,國(guó)內(nèi)對(duì)儀表盤的研究及應(yīng)用較少,本文對(duì)Wikidata的COVIWD分析,以期為國(guó)內(nèi)相關(guān)領(lǐng)域的研究提供借鑒和啟示。

    本文基于Wikidata知識(shí)庫(kù),在對(duì)其數(shù)據(jù)模型分析的基礎(chǔ)上,針對(duì)Wikidata上的COVID-19主題數(shù)據(jù)進(jìn)行調(diào)查分析,并通過(guò)與中國(guó)國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)的疫情數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比分析,旨在對(duì)Wikidata整合的COVID-19數(shù)據(jù)進(jìn)行可訪問(wèn)性、準(zhǔn)確性、及時(shí)性和完整性四個(gè)維度的評(píng)價(jià),并根據(jù)提供的COVIWD可視化儀表盤,構(gòu)建SPARQL查詢及可視化呈現(xiàn)。Wikidata作為一個(gè)開(kāi)放、協(xié)作的平臺(tái),國(guó)內(nèi)學(xué)者可以很好地借鑒并使用,從而促進(jìn)我國(guó)信息組織領(lǐng)域和新冠疫情數(shù)據(jù)整合等方面的研究。

    1? Wikidata知識(shí)庫(kù)概述

    1.1? Wikidata、DBpedia和YOGO對(duì)比分析

    語(yǔ)義網(wǎng)是由Berners-Lee等于2001年提出的,其思想是以語(yǔ)義化結(jié)構(gòu)的方式在Web上發(fā)布和查詢知識(shí)[9]。在實(shí)現(xiàn)其思想過(guò)程中,知識(shí)圖譜的概念被提出,并被視為其最重要的組件之一。目前,《本體論手冊(cè)》一書(shū)中將知識(shí)圖譜定義為知識(shí)庫(kù),即本體與本體中類與實(shí)例的組合,包含大量有關(guān)實(shí)體的事實(shí)[10]。近年來(lái),有關(guān)知識(shí)圖譜的研究及應(yīng)用日益流行,各種各樣的知識(shí)圖譜可以在諸如Wikidata、DBpedia、YAGO、OpenCyc、NELL和ConceptNet等網(wǎng)站上找到。維基百科是目前最大的公共知識(shí)庫(kù)之一,也是網(wǎng)絡(luò)上最大的百科全書(shū),包含各種主題的文本和結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù),但并不支持任何語(yǔ)言進(jìn)行數(shù)據(jù)查詢?cè)L問(wèn)數(shù)據(jù)或下載轉(zhuǎn)儲(chǔ),目前Wikidata、DBpedia、YAGO等知識(shí)庫(kù)抽取維基百科頁(yè)面的數(shù)據(jù)信息,并將數(shù)據(jù)存儲(chǔ)為RDF三元組形式,實(shí)現(xiàn)了維基百科中數(shù)據(jù)的查詢和獲取。因此,本節(jié)選取Wikidata、DBpedia、YAGO三個(gè)使用最廣泛的知識(shí)庫(kù),進(jìn)行多個(gè)維度的對(duì)比分析,比較結(jié)果如表1所示。

    DBpedia從維基百科中提取結(jié)構(gòu)化信息,其包含了大多數(shù)其他知識(shí)庫(kù)如Wikipedia、YAGO、Wikidata、Freebase等的鏈接,DBpedia是一個(gè)靜態(tài)的知識(shí)圖譜,從維基百科的靜態(tài)轉(zhuǎn)儲(chǔ)中定期更新,信息提取過(guò)程比較繁雜。由于維基百科的內(nèi)容每秒鐘都在更新,Mohamed Morsey等人于2012年提出DBpedia LIVE[11]版本,其目的是為了提供與維基百科同步的信息,但其數(shù)據(jù)質(zhì)量依賴于維基百科的內(nèi)容和提取算法/模板映射,不如Wikidata和YAGO的人工評(píng)估。

    YAGO是最早自動(dòng)創(chuàng)建的知識(shí)庫(kù)學(xué)術(shù)項(xiàng)目之一[12],其主要思想是從維基百科中獲取有關(guān)實(shí)體的信息,并將獲取的信息與WordNet[13]中類派生的本體結(jié)合。YAGO創(chuàng)建者對(duì)數(shù)據(jù)提取、過(guò)濾過(guò)程以及本體、關(guān)系的選擇、語(yǔ)義約束的嚴(yán)格控制,提高了YAGO知識(shí)庫(kù)數(shù)據(jù)的質(zhì)量,人工驗(yàn)證的準(zhǔn)確率達(dá)到95%[14]。然而,盡管新版本YAGO 4在之前版本的范圍和規(guī)模上有了巨大的飛躍以及高度精準(zhǔn)的特點(diǎn),但對(duì)維基百科信息框的關(guān)注意味著YAGO還沒(méi)有達(dá)到Wikidata的規(guī)模。

    綜合上述維度的對(duì)比分析可知,Wikidata與其他兩個(gè)知識(shí)庫(kù)相比,擁有更大規(guī)模的數(shù)據(jù)量、更廣泛的數(shù)據(jù)來(lái)源以及靈活的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),并支持多種數(shù)據(jù)格式的獲取,其實(shí)體以唯一的ID來(lái)標(biāo)識(shí),Wikidata的數(shù)據(jù)模型允許用戶對(duì)某個(gè)特定主題靈活、及時(shí)地表示,例如Wikidata創(chuàng)建了候選疫苗的條目(Q28051899),但由于其沒(méi)有出現(xiàn)在維基百科上,因此該概念在DBpedia中也沒(méi)有出現(xiàn)。綜合來(lái)說(shuō),Wikidata具有開(kāi)放協(xié)作、多語(yǔ)言、結(jié)構(gòu)化的特點(diǎn)[15],其為每個(gè)條目添加聲明,并記錄了其來(lái)源,使得數(shù)據(jù)更具有可靠性和真實(shí)性。故本文選取Wikidata知識(shí)庫(kù),對(duì)其數(shù)據(jù)模型進(jìn)行分析,并對(duì)Wikidata中的COVID-19維基項(xiàng)目進(jìn)行進(jìn)一步的探析,以期借鑒Wikidata知識(shí)庫(kù)的信息組織模式,促進(jìn)國(guó)內(nèi)相關(guān)領(lǐng)域研究的發(fā)展,引發(fā)對(duì)COVID-19數(shù)據(jù)有效整合的進(jìn)一步思考。

    1.2? Wikidata數(shù)據(jù)模型分析

    Wikidata的主要目的是存儲(chǔ)維基百科頁(yè)面中任何語(yǔ)言描述的實(shí)物的結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù),換言之,Wikidata是結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)的集成。而Wikibase是Wikidata的軟件基礎(chǔ)設(shè)施,可以將其理解為一個(gè)實(shí)體集,這些實(shí)體是知識(shí)庫(kù)的基本元素,可以用Wikibase數(shù)據(jù)模型來(lái)描述和引用[16]。MediaWiki是為維基百科和其他維基媒體項(xiàng)目開(kāi)發(fā)和使用的特定wiki引擎。Wikibase數(shù)據(jù)模型描述了在Wikibase中處理的數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu),它指定了用戶可以向系統(tǒng)提供具體類型的信息。在更抽象的層面上,Wikibase數(shù)據(jù)模型提供了一個(gè)元模型或本體來(lái)描述現(xiàn)實(shí)世界的實(shí)體。

    Wikidata上數(shù)據(jù)的組織包含三個(gè)命名空間[17]:

    (1)主命名空間,主要存儲(chǔ)Wikidata上的條目,在Wikidata數(shù)據(jù)模型中,每個(gè)概念都有相應(yīng)的條目,Wikidata上存儲(chǔ)的信息通常與條目的主題相關(guān)。

    (2)屬性命名空間,用于存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的屬性并生成描述性語(yǔ)句。

    (3)查詢命名空間,用于定義查詢和顯示信息的方法。

    Wikidata條目的字段包含:多語(yǔ)言標(biāo)簽(label)、標(biāo)識(shí)符(ID)、多語(yǔ)言描述(description)、多語(yǔ)言別稱(aliases)、陳述(statements)或聲明(claims)等。Wikidata上COVID-19大流行的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)如圖1所示。

    Wikidata中的基本語(yǔ)句是RDF三元組的形式,即主語(yǔ)、謂語(yǔ)和賓語(yǔ),主語(yǔ)即各種條目,謂語(yǔ)是每個(gè)條目對(duì)應(yīng)的屬性,賓語(yǔ)是另一個(gè)條目或?qū)傩?。Wikidata為每個(gè)條目分配唯一標(biāo)識(shí)符,用Q+ID表示,同時(shí),為每個(gè)屬性分配唯一標(biāo)識(shí)符,用P+ID表示。部分屬性將條目作為賓語(yǔ)關(guān)聯(lián)起來(lái),如實(shí)例(P31)、子類(P279)和部分(P361),也可以是重要人物(P3342)、用于治療的藥物(P2176)或癥狀(P780)。大多數(shù)情況下,屬性所連接的賓語(yǔ)是一個(gè)值,如病例數(shù)(P1603)、時(shí)間點(diǎn)(P585)、URL(如官方網(wǎng)站[P856])、字符串(如官方名稱[P1448])或外部標(biāo)識(shí)符(如疾病本體ID[P699])。Wikidata向每個(gè)條目添加了限定符和參考引用,通過(guò)限定符或參考引用提供其限定條件或參考來(lái)源,使數(shù)據(jù)更具有真實(shí)性和可靠性,用戶也可通過(guò)參考來(lái)源對(duì)該條目進(jìn)行進(jìn)一步的了解。

    1.3? Wikidata相關(guān)研究綜述

    國(guó)外在Wikidata等知識(shí)庫(kù)的研究相對(duì)比較成熟,其研究?jī)?nèi)容主要集中是將Wikidata應(yīng)用于數(shù)據(jù)重用以及對(duì)Wikidata數(shù)據(jù)質(zhì)量的評(píng)估等方面。DENNY和MARKUS對(duì)Wikidata的基本情況進(jìn)行了闡述,包括Wikidata的基本目標(biāo),即抽取包括維基百科等網(wǎng)站頁(yè)面結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù),實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的可見(jiàn)性和實(shí)用性,以及Wikidata的眾包模式,允許全球社區(qū)編輯數(shù)據(jù)[18]。Erxleben等人將Wikidata連接到關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò),引入了新的RDF導(dǎo)出,從而解決了Wikidata中豐富、復(fù)雜的數(shù)據(jù)不能以RDF形式提供的問(wèn)題,并探討了Wikidata的數(shù)據(jù)模型及其RDF編碼[19]。Malyshev等人探討了Wikidata發(fā)揮其全部潛力的主要挑戰(zhàn),即數(shù)據(jù)共享與查詢提供的服務(wù),并分析了Wikidata依賴的語(yǔ)義網(wǎng)技術(shù)以及Wikidata的底層基礎(chǔ)設(shè)施,包括Wikidata及其RDF編碼和導(dǎo)出服務(wù)、SPARQL服務(wù)等[20]。此外,國(guó)外還有學(xué)者對(duì)Wikidata數(shù)據(jù)貢獻(xiàn)者進(jìn)行了研究,Piscopo等人提出了一個(gè)用于評(píng)估本體質(zhì)量的框架,利用回歸模型,研究了Wikidata中不同用戶角色與Wikidata本體質(zhì)量之間的關(guān)系,并探討了每種角色是如何影響本體質(zhì)量的[21]。

    國(guó)內(nèi)Wikidata相關(guān)的研究較少,主要研究學(xué)者是賈君枝教授及其團(tuán)隊(duì),研究?jī)?nèi)容集中在對(duì)Wikidata上的人物類、機(jī)構(gòu)類等結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)集的分析。賈君枝和馮婕運(yùn)用因果鏈求解算法挖掘Wikidata人物親屬關(guān)系,通過(guò)羅馬親等方法計(jì)算親屬關(guān)系遠(yuǎn)近,并構(gòu)建了個(gè)人實(shí)體關(guān)聯(lián)模型[22]。賈君枝和崔西燕對(duì)Wikidata的屬性特征進(jìn)行了分析,并根據(jù)屬性特征利用Gephi工具進(jìn)行進(jìn)一步的挖掘研究[23]。劉超針對(duì)Wikidata編纂條目,構(gòu)建了PROV起源模型,并評(píng)估了Wikidata條目編纂的可信度,對(duì)其數(shù)據(jù)來(lái)源和質(zhì)量進(jìn)行有效追溯[24]。賈君枝和葉壯壯基于Wikidata上的機(jī)構(gòu)類,利用子類和實(shí)例屬性,構(gòu)建機(jī)構(gòu)類目范疇樹(shù)并在此基礎(chǔ)上提出了對(duì)其優(yōu)化方法,可有效地解決機(jī)構(gòu)類層級(jí)混亂等問(wèn)題[25]。賈君枝和趙宇飛對(duì)Wikidata上的人物類條目進(jìn)行研究,實(shí)現(xiàn)其與名稱規(guī)范檔數(shù)據(jù)的聚合,并在此基礎(chǔ)上,構(gòu)建了D2R三元組映射模型,初步實(shí)現(xiàn)名稱規(guī)范檔人物數(shù)據(jù)的語(yǔ)義化整合[26]。

    Wikidata與其他知識(shí)庫(kù)相比,在數(shù)據(jù)源、數(shù)據(jù)量、數(shù)據(jù)質(zhì)量等各方面具有一定的優(yōu)勢(shì),目前國(guó)外在Wikidata數(shù)據(jù)模型以及利用其對(duì)新冠疫情數(shù)據(jù)進(jìn)行整合集成研究上相對(duì)成熟,而國(guó)內(nèi)的相關(guān)研究較少,盡管在新冠疫情數(shù)據(jù)整理方面,國(guó)內(nèi)各政府部門每日發(fā)布實(shí)時(shí)數(shù)據(jù),但目前尚未形成一個(gè)全面的數(shù)據(jù)組織模式。Wikidata:COVID-19維基項(xiàng)目整合了新冠疫情相關(guān)的各方面數(shù)據(jù),并以可視化形式呈現(xiàn)給用戶,分析Wikidata數(shù)據(jù)模型以及其對(duì)疫情數(shù)據(jù)在信息組織與發(fā)布的模式對(duì)國(guó)內(nèi)疫情大數(shù)據(jù)的有效組織集成具有重要意義,值得進(jìn)一步的探討和借鑒。

    2? Wikidata COVID-19開(kāi)放數(shù)據(jù)分析

    2.1? Wikidata COVID-19主要條目

    Wikidata中COVID-19知識(shí)圖譜的核心包含三個(gè)主要條目:COVID-19(Q84263196)、SARS-CoV-2(Q82069695)和COVID-19大流行(Q81068910),這三個(gè)核心條目之間存在一定的關(guān)系:SARS-CoV-2病毒導(dǎo)致了COVID-19疾病的產(chǎn)生,而COVID-19疾病本身就具有導(dǎo)致COVID-19大流行的因素。Wikidata中與COVID-19各方面相關(guān)的所有條目都與這三個(gè)核心條目相互鏈接,其基本數(shù)據(jù)模型如圖2所示,該圖可從Wikidata網(wǎng)站上獲取[27]。

    圖2中內(nèi)圓部分表示與COVID-19相關(guān)的三個(gè)主要條目,Wikidata上與這三個(gè)條目相關(guān)的其他條目在圖中外圓部分顯示,它們之間的關(guān)系用箭頭進(jìn)行連接,相關(guān)類別中每個(gè)條目的陳述數(shù)量都標(biāo)注在條目旁邊。由圖可知三個(gè)核心條目相關(guān)的學(xué)術(shù)文章對(duì)應(yīng)的發(fā)表數(shù)量,可以看出,目前在COVID-19方面的學(xué)術(shù)研究數(shù)量最多,而在COVID-19大流行方面相對(duì)較少。

    2.1.1? COVID-19

    COVID-19疫情條目在Wikidata上由Q84263196唯一標(biāo)識(shí),陳述部分的內(nèi)容主要描述了COVID-19與Wikidata上其他條目的關(guān)系。COVID-19的屬性大致可分為兩類:通用屬性和醫(yī)學(xué)特有屬性。通用屬性包含:實(shí)例(P31)、子類(P279)、圖像(P18)、重要人物(P3342)、等;醫(yī)學(xué)特有屬性包含健康專業(yè)(P1995)、癥狀和體征(P780)、基本繁殖數(shù)(P3492)、病原體傳播過(guò)程(P1060)等。用戶可以直接了解到COVID-19的基本信息以及在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的專業(yè)知識(shí)。

    2.1.2? SARS-CoV-2

    SARS-CoV-2(Q82069695)是COVID-19條目的病因(P828)的屬性值。SARS-CoV-2的通用屬性包括實(shí)例(P31)和圖像(P18)等,其病毒特有屬性包括寄主(P2975)、分類單元名稱(P225)、分類單元等級(jí)(P105)、基因組大?。≒2143)和親本分類單元(P171)。通過(guò)這些屬性關(guān)系,領(lǐng)域研究者可以追溯與SARS-CoV-2嚴(yán)重急性呼吸綜合征相關(guān)的冠狀病毒,還可以追溯其祖父母(即薩爾貝病毒)等,Wikidata上建立的SARS-CoV-2相關(guān)信息對(duì)生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有著重要意義,能對(duì)其他病毒的溯源追溯和控制提供一定的幫助。

    2.1.3? COVID-19大流行

    COVID-19大流行(Q81068910)是指SARS COV-2引起的持續(xù)性大流行,在該主題下,概述了COVID-19從國(guó)家到省份,再到城市等不同實(shí)體的流行病學(xué)演變狀況,實(shí)體層面可以細(xì)分到COVID-19的確診病例數(shù)、死亡人數(shù)、痊愈人數(shù)。該條目下包含了各個(gè)國(guó)家關(guān)于COVID-19流行的數(shù)據(jù)信息,即每個(gè)國(guó)家都有針對(duì)COVID-19的特定的Wikidata條目,這樣有利于檢測(cè)COVID-19在各個(gè)國(guó)家的傳播情況,也便于數(shù)據(jù)的組織和訪問(wèn)。

    2.2? Wikidata COVID-19其他相關(guān)主題

    Wikidata中COVID-19的相關(guān)數(shù)據(jù)主要圍繞三個(gè)核心條目展開(kāi),同時(shí)也包含了其他相關(guān)的主題。在生物醫(yī)學(xué)方面,Wikidata記錄了COVID-19相關(guān)的分類群,包括親本分類群(P171)和其他乙型冠狀病毒(Q16532287),還記錄了基因組、蛋白質(zhì)等信息,有助于醫(yī)學(xué)研究者追溯COVID-19病原體以及相關(guān)的醫(yī)學(xué)信息。在醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)方面,Wikidata實(shí)現(xiàn)了對(duì)各國(guó)COVID-19相關(guān)出版物(包括學(xué)術(shù)文章、預(yù)印本等)的有效整合和開(kāi)放獲取,并提供了多種文獻(xiàn)服務(wù)平臺(tái),如Allen人工智能研究所和其他研究小組發(fā)布的COVID-19開(kāi)放研究數(shù)據(jù)集[28],收錄了在1951—2020年期間來(lái)自不同來(lái)源的出版物約有47 000份,包括:

    (1)PubMed的PMC開(kāi)放獲取文集。

    (2)來(lái)自世衛(wèi)組織維護(hù)的文集的COVID-19研究文章。

    (3)bioRxiv和medRxiv預(yù)印本。

    用戶可以在這些平臺(tái)上檢索和獲取相關(guān)文獻(xiàn),實(shí)現(xiàn)構(gòu)建學(xué)術(shù)命運(yùn)共同體,從而促進(jìn)對(duì)COVID-19有效管控。除此之外,Wikidata還建立了社會(huì)、經(jīng)濟(jì)方面影響有關(guān)的條目,但這些條目的信息相對(duì)來(lái)說(shuō)并不完整,還有待進(jìn)一步完善。

    2.3? Wikidata中的中國(guó)疫情數(shù)據(jù)分析

    Wikidata的COVID-19項(xiàng)目記錄了各國(guó)的COVID-19大流行的條目,如中國(guó)COVID-19大流行(Q83872271)。中國(guó)國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)(簡(jiǎn)稱國(guó)家衛(wèi)健委)是國(guó)務(wù)院組成部門,其發(fā)布的數(shù)據(jù)具有一定的權(quán)威性,本文選取國(guó)家衛(wèi)健委發(fā)布的數(shù)據(jù),從數(shù)據(jù)可獲取性、準(zhǔn)確性、及時(shí)性、完整性四個(gè)維度與Wikidata上的中國(guó)COVID-19大流行數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比。

    2.3.1? 可獲取性

    Wikidata提供了一個(gè)公共SPARQL端點(diǎn)來(lái)訪問(wèn)數(shù)據(jù)集,可通過(guò)瀏覽器或編程語(yǔ)言進(jìn)行訪問(wèn),而國(guó)家衛(wèi)健委提供的數(shù)據(jù)可通過(guò)官方網(wǎng)站直接訪問(wèn)每日疫情通報(bào)鏈接,但在獲取和利用數(shù)據(jù)方面,衛(wèi)健委尚未提供數(shù)據(jù)獲取途徑。

    2.3.2? 準(zhǔn)確性

    中國(guó)的疫情數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)主要依靠健全的行政組織來(lái)完成,Wikidata上的COVID-19數(shù)據(jù)主要來(lái)源于約翰霍普金斯大學(xué)系統(tǒng)科學(xué)與工程中心(CSSE)的COVID-19數(shù)據(jù)存儲(chǔ)庫(kù)[29],其存儲(chǔ)的中國(guó)數(shù)據(jù)源來(lái)自中國(guó)衛(wèi)健委和中國(guó)疾病預(yù)防控制中心以及國(guó)內(nèi)權(quán)威科普網(wǎng)站“丁香園”?;羝战鹚勾髮W(xué)存儲(chǔ)的COVID-19數(shù)據(jù)實(shí)時(shí)更新,準(zhǔn)確率高且具備糾錯(cuò)能力,是相當(dāng)權(quán)威的疫情數(shù)據(jù),因此,Wikidata上記錄的COVID-19數(shù)據(jù)具有較高的準(zhǔn)確性。

    2.3.3? 及時(shí)性

    中國(guó)COVID-19大流行條目下的病例數(shù)據(jù)是實(shí)時(shí)更新的,但就及時(shí)性來(lái)說(shuō),仍不及國(guó)家衛(wèi)健委官方網(wǎng)站公布的數(shù)據(jù)。截至2022年1月25日,Wikidata上的中國(guó)COVID-19大流行條目下的病例數(shù)據(jù)更新至2022年1月22日,而國(guó)家衛(wèi)健委的數(shù)據(jù)已經(jīng)更新至2022年1月24日。

    2.3.4? 完整性

    Wikidata上的中國(guó)COVID-19大流行數(shù)據(jù)中,以表格的形式記錄了各省份的基本數(shù)據(jù),但其表格頁(yè)面的編輯和維護(hù)在2021年7月后停止更新。由此可見(jiàn),Wikidata上中國(guó)的COVID-19各省份數(shù)據(jù)的更新尚不完整。從國(guó)家衛(wèi)健委疫情通報(bào)內(nèi)容上看,每日公布的疫情數(shù)據(jù)中包含了病例的具體省份、市區(qū)等,以及密切接觸者、醫(yī)學(xué)觀察者的相關(guān)信息,而Wikidata上的COVID-19數(shù)據(jù)相對(duì)來(lái)說(shuō)尚不完整和直觀,可根據(jù)相關(guān)方面的內(nèi)容進(jìn)一步完善。

    3? Wikidata COVIWD基礎(chǔ)框架分析

    COVIWD(Wikidata:COVID-19儀表盤)為Wikidata上的COVID-19相關(guān)主題提供一站式信息及可視化服務(wù)。COVIWD的主要數(shù)據(jù)來(lái)源為Wikidata上存儲(chǔ)的COVID-19相關(guān)的數(shù)據(jù),其核心依賴于RDF和SPARQL技術(shù)。Wikidata中的數(shù)據(jù)以RDF三元組的形式進(jìn)行存儲(chǔ),并提供了一個(gè)SPARQL端點(diǎn),可以通過(guò)SPARQL查詢語(yǔ)言高效地查詢所需要的數(shù)據(jù),從大規(guī)模知識(shí)圖中動(dòng)態(tài)地提取三重信息,其查詢結(jié)果在COVIWD中以不同形式的可視化視圖展示。當(dāng)用戶訪問(wèn)COVIWD頁(yè)面時(shí),對(duì)應(yīng)的每個(gè)主題版塊可對(duì)Wikidata進(jìn)行實(shí)時(shí)查詢,并將查詢結(jié)果的可視化視圖組成的界面呈現(xiàn)給用戶。

    全球COVID-19病例數(shù)、死亡人數(shù)、痊愈人數(shù)可通過(guò)SPARQL查詢進(jìn)行可視化呈現(xiàn),直觀地了解到全球各國(guó)COVID-19傳播現(xiàn)狀以及對(duì)人口帶來(lái)的影響。相關(guān)的主要屬性及條目包括病例數(shù)(P1603)、國(guó)家(Q3624078),以各國(guó)確診病例數(shù)的最大值作為最新病例數(shù)。如圖3所示。

    同時(shí),還可以按國(guó)家每10萬(wàn)人中的病例數(shù)進(jìn)行查詢,查詢結(jié)果如圖4所示。

    由圖3可知,美國(guó)COVID-19病例數(shù)在全球最高,但從圖4可以得知,全球確診病例每10萬(wàn)人中人數(shù)最高的國(guó)家是圣馬力諾共和國(guó)(San Marino)。同樣,該查詢也適用于比較各國(guó)的COVID-19死亡人數(shù)、痊愈人數(shù),從而了解各國(guó)COVID-19發(fā)展現(xiàn)狀,為各國(guó)COVID-19管控或研究提供一定的事實(shí)依據(jù)。

    自COVID-19爆發(fā)以來(lái),學(xué)術(shù)界一直致力于各方面的研究,以期有效控制COVID-19蔓延,由此,學(xué)界在COVID-19研究中發(fā)表了很多相關(guān)的出版物,包括預(yù)印本(Q580922)和學(xué)術(shù)文章(Q13442814)。COVID-19主題相關(guān)的學(xué)術(shù)文章標(biāo)題進(jìn)行關(guān)鍵詞形成的氣泡圖如圖5所示。

    由此可見(jiàn),COVID-19相關(guān)的研究大多數(shù)集中在疫情大流行主題中,但由于查詢僅選取了1 000個(gè)出版物條目進(jìn)行關(guān)鍵詞提取,故查詢結(jié)果可能會(huì)存在一定的偏差。除此之外,還可以對(duì)其關(guān)鍵詞進(jìn)行共現(xiàn)研究,以期實(shí)現(xiàn)對(duì)電子文獻(xiàn)更廣泛的查詢和獲取。

    除了上述對(duì)COVID-19相關(guān)數(shù)據(jù)的示例查詢與可視化呈現(xiàn)外,Wikidata上還有很多方面的數(shù)據(jù)可以做進(jìn)一步的研究。此外,Wikidata上也存在一些數(shù)據(jù)缺失,例如Wikidata目前并未對(duì)各國(guó)每年更新的社會(huì)經(jīng)濟(jì)信息進(jìn)行記錄,如失業(yè)率(P1198)和國(guó)民生產(chǎn)總值(P2131)等,因此不利于將知識(shí)圖譜技術(shù)應(yīng)用于研究COVID-19對(duì)全球經(jīng)濟(jì)的影響。同時(shí),Wikidata在COVID-19相關(guān)法律規(guī)定方面的數(shù)據(jù)也不完整,如居家令、口罩等方面的政策,因此,審核和驗(yàn)證Wikidata不同主題內(nèi)容的標(biāo)準(zhǔn)化方法有待進(jìn)一步的完善。Wikidata通過(guò)COVID-19關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)發(fā)布,以及COVIWD提供SPARQL查詢以及可視化形式呈現(xiàn),能夠直觀地將COVID-19數(shù)據(jù)呈現(xiàn)給用戶,實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)的開(kāi)放獲取,值得國(guó)內(nèi)相關(guān)領(lǐng)域的學(xué)習(xí)和借鑒。

    4? 結(jié)? 論

    本文旨在通過(guò)對(duì)Wikidata數(shù)據(jù)模型以及其對(duì)COVID-19信息組織等模式上的研究,以期對(duì)國(guó)內(nèi)信息組織等相關(guān)領(lǐng)域的研究以及中國(guó)COVID-19大流行的相關(guān)工作提供借鑒和參考。目前,本文完成了:

    (1)對(duì)當(dāng)前主流的Wikidata、DBpedia、YAGO三個(gè)知識(shí)庫(kù)進(jìn)行多維度的對(duì)比分析,分析發(fā)現(xiàn)Wikidata主要區(qū)別在于使用RDF三元組的形式存儲(chǔ)數(shù)據(jù),并通過(guò)使用限定符和參考引用來(lái)提供基本語(yǔ)句的附加特性和來(lái)源。

    (2)基于Wikidata中記錄的COVID-19數(shù)據(jù)進(jìn)行主要條目和其他相關(guān)主題的調(diào)查分析。

    (3)將國(guó)家衛(wèi)健委的疫情數(shù)據(jù)與Wikidata的中國(guó)COVID-19大流行數(shù)據(jù)進(jìn)行四個(gè)維度的比較分析,結(jié)果表明,Wikidata記錄了實(shí)時(shí)更新且數(shù)據(jù)質(zhì)量真實(shí)可靠的COVID-19數(shù)據(jù),其數(shù)據(jù)在目前的基礎(chǔ)上,可從密切接觸者數(shù)、醫(yī)學(xué)觀察人數(shù)、市區(qū)病例數(shù)等方面進(jìn)一步完善。

    本文僅對(duì)Wikidata及其記錄的COVID-19數(shù)據(jù)進(jìn)行了的初步分析和研究,并未在實(shí)踐上實(shí)現(xiàn)對(duì)其數(shù)據(jù)的應(yīng)用。從Wikidata數(shù)據(jù)發(fā)布者來(lái)看,機(jī)構(gòu)知識(shí)庫(kù)是其數(shù)據(jù)發(fā)布者的主要組成,目前已經(jīng)有VIAF、GND等許多機(jī)構(gòu)知識(shí)庫(kù)參與到Wikidata數(shù)據(jù)發(fā)布中,而國(guó)內(nèi)機(jī)構(gòu)知識(shí)庫(kù)參與其中的較少。在信息組織、開(kāi)放數(shù)據(jù)的發(fā)布及語(yǔ)義網(wǎng)技術(shù)應(yīng)用等方面,Wikidata是一個(gè)很好的平臺(tái),在未來(lái)的研究中,將繼續(xù)對(duì)Wikidata開(kāi)放數(shù)據(jù)的組織、發(fā)布及應(yīng)用進(jìn)行研究,并深入探討國(guó)內(nèi)知識(shí)庫(kù)與Wikidata數(shù)據(jù)發(fā)布的連接,從而提高國(guó)內(nèi)數(shù)據(jù)的開(kāi)放性和可獲取性。

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    作者簡(jiǎn)介:楊倩(1998—),女,藏族,四川瀘定人,碩士研究生在讀,研究方向:信息檢索與情報(bào)服務(wù);李小麗(1998—),女,漢族,四川德陽(yáng)人,碩士研究生在讀,研究方向:信息檢索與情報(bào)服務(wù)。

    收稿日期:2022-10-08

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    意林(2014年2期)2014-02-11 11:09:17
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