光皮樹SNP高密度遺傳圖譜構(gòu)建

吉悅娜，夏 栗，曾 霞，張路紅，3，陳韻竹，楊 艷，李培旺，李黨訓(xùn)，陳景震

(1.湖南省林業(yè)科學(xué)院省部共建木本油料資源利用國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，湖南 長沙 410004； 2.湖南財政經(jīng)濟(jì)學(xué)院，湖南 長沙 410205； 3.中南林業(yè)科技大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，湖南 長沙 410004)

木本油料植物泛指富含天然油脂的灌喬木，隨著經(jīng)濟(jì)與科學(xué)技術(shù)的發(fā)展，植物油脂用途不斷拓展，植物油脂市場需要逐步壯大，在國民經(jīng)濟(jì)中起著不可替代的作用[1]。篩選、培育高產(chǎn)、高含油、適性強(qiáng)的木本油料植物資源成為當(dāng)前的研究熱點(diǎn)之一。光皮樹(Swidawilsoniana)為山茱萸科(Cornaceae)梾木屬(Swida)落葉喬木[2]。該樹種抗逆性、生態(tài)適應(yīng)性強(qiáng)，果實(shí)含油率較高，且加工性能好，不僅是優(yōu)質(zhì)的木本食用油樹種，亦是品質(zhì)較高的多用途工業(yè)原料油樹種，其嫁接苗3 a后開始掛果，結(jié)果時間長、產(chǎn)量高，豐產(chǎn)期油脂產(chǎn)量可達(dá)1 125～1 500 kg·hm-2[3-6]。目前光皮樹優(yōu)良品種的選育主要采用傳統(tǒng)的自然選種、雜交育種以及倍性育種等手段，個體間樹體生長勢、開花結(jié)果特性、果實(shí)含油率等性狀均存在較明顯差異[7]。由于選育周期長，且缺乏遺傳研究基礎(chǔ)，對高產(chǎn)、高含油、高抗等表型優(yōu)異的功能基因的挖掘篩選不足，限制了其優(yōu)良新種質(zhì)的開發(fā)及其推廣應(yīng)用。

簡化基因組測序(reduced representation genome sequencing，RRGS)，是利用限制性內(nèi)切酶打斷基因組DNA，對特定片段進(jìn)行高通量測序獲得海量遺傳多態(tài)性標(biāo)簽序列來充分代表目標(biāo)物種全基因組信息的測序策略。其實(shí)驗(yàn)方法步驟簡單，成本低，而且可以不依賴參考基因組就能獲得全基因組范圍內(nèi)的遺傳多態(tài)性標(biāo)簽，因而廣泛應(yīng)用于生態(tài)學(xué)、進(jìn)化學(xué)和基因組學(xué)等領(lǐng)域[8]。單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記(simple nucleotide polymorphism，SNP)為第三代分子標(biāo)記最早由 Lander 提出，因其高效、快速、穩(wěn)定、可靠等諸多優(yōu)點(diǎn)，在物種遺傳多樣性和進(jìn)化分析、高密度遺傳圖譜的構(gòu)建以及數(shù)量性狀位點(diǎn)(quantitative trait loci，QTL)定位、基因組關(guān)聯(lián)分析等研究領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用[9]。在光皮樹上關(guān)于遺傳圖譜構(gòu)建的研究起步較晚，前期分子水平研究主要集中在ISSR、SSR等分子標(biāo)記開發(fā)上面[10-12]，但存在上圖量少、標(biāo)記間遺傳距離較大、基因組覆蓋率低等缺點(diǎn)，而SNP標(biāo)記的上圖量遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過傳統(tǒng)分子標(biāo)記，圖譜分辨率高、定位精度高[13]。例如，Sun等[14]通過全基因組重測序構(gòu)建了楊樹(Populus)的高密度遺傳圖譜，得出該連鎖圖譜由19個連鎖群(LGs)的5 796個SNP標(biāo)記組成，平均標(biāo)記距離為0.46 cM，確定了數(shù)量性狀位點(diǎn)(QTL)，其研究結(jié)果有助于植物育種家培育高生物量基因型楊樹。徐禮羿[15]研究了油茶(Camelliaoleifera)遺傳圖譜，開發(fā)了適用于 327 個茶樹作圖群體基因分型的 SNP 標(biāo)記。King等[16]應(yīng)用來自美洲、非洲和東南亞的多個麻瘋樹(Jatrophacurcas)種質(zhì)進(jìn)行種內(nèi)雜交，構(gòu)建了4個F2作圖群體，隨后SNP標(biāo)記構(gòu)建了連鎖圖譜，有助于麻瘋樹農(nóng)藝性狀的QTL定位及分子輔助育種研究。

近年來，隨著幾代測序技術(shù)、分子標(biāo)記技術(shù)的發(fā)展和一些針對林木作圖策略的提出，林木的遺傳圖譜構(gòu)建研究進(jìn)展迅速。本研究基于課題組前期對光皮樹種質(zhì)資源的大量研究，選取農(nóng)藝性狀差異較大的光皮樹親本及其F1代為原材料，基于全基因組重測序技術(shù)和生物信息學(xué)分析方法對它們進(jìn)行SNP標(biāo)記多態(tài)性分析，構(gòu)建光皮樹高密度遺傳圖譜，旨在為光皮樹多種農(nóng)藝性狀的QTL定位和基因挖掘奠定良好的基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

試驗(yàn)材料來源于湖南省林業(yè)科學(xué)院實(shí)驗(yàn)林場光皮樹種質(zhì)資源收集圃，為光皮樹優(yōu)良無性系父本XL-G4和母本XL-G1親本及其雜交的121株F1代幼苗。采集健康幼嫩的葉片，放入液氮罐速凍帶回實(shí)驗(yàn)室，于-60 ℃保存待用。

1.2 DNA提取

采用新型DNA 提取試劑盒(天根生化科技(北京)有限公司，試劑盒型號DP320-02)提取DNA，嚴(yán)格按照其使用說明步驟操作。DNA純度檢測采用NanoDrop方法，其OD260/OD280范圍在 1.7～1.9 視為合格。DNA完整性檢測用1%瓊脂糖凝膠電泳，1×TAE緩沖液，電壓5 V·cm-1，電泳時間30 min。

1.3 簡化基因組測序與建庫

光皮樹DNA測序工作委托上海美吉生物科技醫(yī)藥有限公司完成。采用RAD建庫方式構(gòu)建pair-end文庫，長度范圍在300～500 bp，用Illumina HiSeq PE50進(jìn)行測序。

1.4 SNP分子標(biāo)記的開發(fā)

首先，將樣本的RAD-tag進(jìn)行比較、對照和歸類，按照不同tag的深度信息對其進(jìn)行排序(降序)；隨后將各個樣本內(nèi)部的RAD-tag進(jìn)行比對獲取其雜合位點(diǎn)信息，進(jìn)一步將不同樣本之間的RAD-tag進(jìn)行比對搜索個體之間的單堿基差異信息；最后，通過各個樣本的RAD-tag頻數(shù)表和比對表信息，刪除可能來自重復(fù)區(qū)域的結(jié)果，得到高可信度的群體SNP標(biāo)記基因分型結(jié)果，標(biāo)記類型為hk×hk、lm×ll、nn× np，即親本一方純合，一方雜合，或均雜合，并最后對其校正后的數(shù)據(jù)進(jìn)行再次過濾與篩選。

1.5 高精度遺傳圖譜構(gòu)建

通過SNP標(biāo)記基因分型結(jié)果與統(tǒng)計將所得的標(biāo)記用于構(gòu)建光皮樹SNP遺傳連鎖圖譜。使用軟件Joinmap 4.0對過濾篩選獲得的標(biāo)記進(jìn)行聚類分析，采用LOD=8進(jìn)行分群構(gòu)建父母本的連鎖圖譜，獲得連鎖群。

1.6 數(shù)據(jù)分析軟件

利用SPSS Statistics 17.0中文軟件進(jìn)行分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 光皮樹雜交F1代幼苗DNA質(zhì)量檢測

對測序樣品的DNA質(zhì)量進(jìn)行把控是簡化基因組測序的前提條件，高質(zhì)量的光皮樹DNA為后續(xù)的數(shù)據(jù)分析提供可靠的基礎(chǔ)。使用NanoDrop進(jìn)行光皮樹DNA純度檢測，Qubit對其濃度進(jìn)行檢測。所提取的樣本DNA，OD260/OD280大于1.60，濃度大于10 ng·μL-1，且樣品量大于500 ng，滿足簡化基因組文庫建庫需求。

2.2 簡化基因組測序原始數(shù)據(jù)質(zhì)控

運(yùn)用統(tǒng)計學(xué)的方法，采用軟件Trimmomatic(http：//www.usadellab.org cmsuploads/supplementary/Trimmomatic)對所有測序reads的每個circle進(jìn)行堿基分布和質(zhì)量波動的統(tǒng)計，可以直觀地反映出樣本的測序質(zhì)量和文庫構(gòu)建質(zhì)量。圖1為原始數(shù)據(jù)的堿基組成分布圖，序列的前后位置與測序的引物接頭相連，堿基A、T、G、C在起始端會有所波動，后面趨于穩(wěn)定。該文庫堿基A與堿基T數(shù)量趨于平衡，堿基G與堿基C也相近，說明各堿基在此文庫分布均勻。

原始數(shù)據(jù)reads的堿基質(zhì)量是后續(xù)試驗(yàn)的基礎(chǔ)和保障，堿基質(zhì)量越高說明測序過程中模糊堿基(unkown bases，N)就越少，reads錯誤率越低。堿基的排列(5’-3’端)在0～95之間堿基質(zhì)量值基本上都大于36；堿基的排列(5’-3’端)在95～120之間堿基質(zhì)量值有所下降；堿基排列在125以后又趨于穩(wěn)定，堿基質(zhì)量值在32左右(見圖2)?？傮w來看，所有reads堿基的綜合質(zhì)量較高，為后續(xù)試驗(yàn)的準(zhǔn)確性提供了保障。

圖2 堿基質(zhì)量分布圖(PE150)Fig.2 Bases mass distribution (PE150)

2.3 簡化基因組測序原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計

對光皮樹進(jìn)行conting denovo組裝。為了保證數(shù)據(jù)分析的可靠性與準(zhǔn)確性，需要對測得的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行篩查和過濾，以此來獲取到高質(zhì)量的clean data以保證后續(xù)生信分析的順利開展。通過軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)過濾統(tǒng)計，各個樣本總的序列和堿基數(shù)據(jù)均比較大。堿基GC的所占總數(shù)的百分比為：36.22% ～ 37.2%；Q20最大值為98.40%，最小值為97.84%；Q30最大值為95.16%，最小值為93.80%。即過濾篩選后，堿基錯誤率大大降低，質(zhì)量大大得到提高，保證了生物信息分析的準(zhǔn)確性。

2.4 RAD-tag文庫構(gòu)建與深度統(tǒng)計

為使接下來的SNP分析更具可靠性，做RAD-tag分析時，應(yīng)遵循以下過濾條件對數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選和過濾，即RAD-tag序列中不允許存在模糊堿基(N)，起始端(5’)非酶切位點(diǎn)(AATTC)起始的序列。建立121個子代單株RAD文庫，子代單株RAD文庫中含有1 177 021 204條原始序列，父本XL-G4含有14 808 894條原始reads，母本XL-G1含有14 219 880條原始reads，PE150(5’-3’端)的reads中在105 bp以后序列堿基的測序質(zhì)量出現(xiàn)較為明顯波動，去除reads中105 bp以后的讀段。隨后根據(jù)相同酶切處RAD-tag測序reads之間的序列全同性(stacks軟件，ustacks程序)，將reads進(jìn)行統(tǒng)計并獲得各個樣本RAD-tag的數(shù)目和深度信息，用于評估RAD技術(shù)對于酶切區(qū)域的富集效果。最終原始序列經(jīng)過質(zhì)量控制過濾，子代單株RAD文庫保留1060573106條高質(zhì)量reads，高質(zhì)量reads占有比率90.11%；父本XL-G4有13277760條高質(zhì)量reads，母本XL-G1保留12780718條高質(zhì)量reads，父母本保留高質(zhì)量序列比例分別達(dá)到89.66%和89.88%；最終RAD-tag文庫中高質(zhì)量序列達(dá)到了1 086 631 584條，比率達(dá)到了90.10%，滿足測序文庫中高質(zhì)量序列達(dá)到原始序列80%以上的要求，滿足了RAD文庫的構(gòu)建要求(見表1)。

表1 RAD-tag文庫測序結(jié)果統(tǒng)計Tab.1 Sequencing results of rad tag library樣品原始序列高質(zhì)量序列Q20/%Q30/%比率/%父本14 808 89413 277 76095.5890.7189.66母本14 219 88012 780 71895.5490.6389.88F1子代1 177 021 2041 060 573 10694.7989.8990.11合計1 206 049 9781 086 631 58490.10

對光皮樹無性系雜交的2個親本和121個F1子代進(jìn)行RAD-tag聚類并統(tǒng)計RAD-tag 數(shù)據(jù)顯示，深度值RAD-Tag、Depth>1、Depth>4，Depth>9的最大頻數(shù)值依次為：2133541、740494、528903、341909，最小頻數(shù)值分別為：468570、186751、27824、2925，平均頻數(shù)值為：983331、465442、212989、65226，表現(xiàn)為深度值越大，頻數(shù)值越小(見圖3)。

圖3 Depth>4頻數(shù)統(tǒng)計圖Fig.3 The frequency statistics of Depth>4

2.5 SNP標(biāo)記基因分型結(jié)果與統(tǒng)計

在未進(jìn)行校正前得到基因型分類結(jié)果為hk×hk、nn× np、lm×ll的數(shù)量分別是：8707個、23095個、25287個，共57089個。校正后基因型hk×hk、nn× np、lm×ll數(shù)量分別是：8707個、23087個、25277個，此時共有57071個標(biāo)記，hk×hk標(biāo)記無變化，nn× np刪減標(biāo)記8個(nn× np 97、nn× np 285、nn× np 341、nn× np 450、nn× np 575、nn× np 936、nn× np 4336、nn× np 4856)，lm×ll刪減標(biāo)記10個(lm×ll 207、lm×ll 266、lm×ll 498、lm×ll 1 245、lm×ll 1427、lm×ll 1578、lm×ll 1992、lm×ll 2083、lm×ll 2705、lm×ll 4112)(見表2)。

表2 SNP標(biāo)記基因分型與校正結(jié)果Tab.2 SNP marker genotyping and correction results基因型校正前數(shù)量校正后數(shù)量校正后結(jié)果(刪除標(biāo)記)hk×hk8 7078 707無刪除標(biāo)記lm×ll25 28725 277lm×ll 207、lm×ll 266、lm×ll 498、lm×ll 1 245、lm×ll 1 427、lm×ll 1 578、lm×ll 1 992、lm×ll 2 083、lm×ll 2 705、lm×ll 4 112nn×np23 09523 087nn×np 97、nn×np 285、nn×np 341、nn×np 450、nn×np 575、nn×np 936、nn×np 4 336、nn×np 4 856合計57 08957 07118

為獲得可信度高的遺傳圖譜可用標(biāo)記，需要對其校正后的數(shù)據(jù)進(jìn)行再次過濾與篩選。過濾與篩選后共剩余標(biāo)記9110個，占過濾前的15.96%。hk×hk、nn×np、lm×ll基因型分別為2490個、3353個、3267個，分別占過濾前的28.59%、14.52%、12.92%。

以過濾篩選后的9110個標(biāo)記進(jìn)行分型，將121個F1子代與篩選過濾后的SNP標(biāo)記tag進(jìn)行比對，通過統(tǒng)計F1子代SNP基因型(hk×hk、nn×np、lm×ll)，得到F1子代SNP標(biāo)記基因分型結(jié)果。2490個hk×hk基因型中hh、hk、kk分型數(shù)分別為39942個、79814個、39866個，分別占此基因型總數(shù)的21.08%、42.14%、21.05%。3353個nn×np基因型中nn、np分型數(shù)分別為101124個、105619個，分別占此基因型總數(shù)的40.73%、42.54%。3353個基因型為lm×ll中l(wèi)l、lm分型數(shù)分別為111453個、101382個，分別占此基因型總數(shù)的43.69%、39.74%。分型hh、hk、kk、nn、np、ll、lm、未分型，所占總分型的百分比分別為：5.77%、11.52%、5.75%、14.60%、15.25%、16.09%、14.63%、16.40%。

2.6 光皮樹遺傳圖譜構(gòu)建

兩個親本連鎖群內(nèi)SNP標(biāo)記數(shù)為579～1744個，平均連鎖群 991個SNP標(biāo)記，一共有SNP標(biāo)記數(shù)量為8921個(見表3)。其中父本XL-G4 9個連鎖群遺傳距離從74.90到273.75 cM不等，覆蓋圖距為1277.55 cM；母本XL-G1 9個連鎖群遺傳距離從48.25到198.55 cM不等，覆蓋圖距為1011.47 cM；父母本SNP標(biāo)記個數(shù)都是一樣的，都是8921個，但是父本XL-G4平均標(biāo)記距離為0.14 cM，母本XL-G1平均標(biāo)記距離為0.11 cM，表明母本XL-G1連鎖群體標(biāo)記密度明顯高于父本XL-G4連鎖群。光皮樹父本、母本SNP標(biāo)記連鎖圖見圖4和圖5。

表3 光皮樹親本連鎖群中SNP標(biāo)記分離比率統(tǒng)計表Tab.3 Statistical of the separation ratio SNP marker in parent linkage group of S.wilsoniana連鎖群父本母本SNP標(biāo)記數(shù)/個標(biāo)記距離/cM覆蓋圖距/cMSNP標(biāo)記數(shù)/個標(biāo)記距離/cM覆蓋圖距/cMLg11 7440.13226.831 7440.11198.55Lg21 3750.16273.751 3750.14197.48Lg31 1360.11187.011 1360.12136.37Lg41 0350.07120.501 0350.0880.06Lg59330.07117.889330.0982.19Lg68210.0477.128210.19156.91Lg77140.0474.907140.0857.66Lg85840.0595.505840.0848.25Lg95790.06104.065790.0954.00總計8 9210.731 277.558 9210.111 011.47

圖4 光皮樹父本 SNP 標(biāo)記連鎖圖Fig.4 The S.wilsonianamale parent SNP marker linkage map

將兩個親本的分離比率進(jìn)行整合，進(jìn)行綜合遺傳圖譜統(tǒng)計(見表4)。9個連鎖群綜合遺傳距離從93.26到241.02 cM不等，綜合覆蓋圖距為1 260.94 cM，平均每個連鎖群1 091個標(biāo)記；標(biāo)記數(shù)最大的連鎖群是Lg1，標(biāo)記數(shù)為1 744個，標(biāo)記數(shù)最小的連鎖群是Lg9，只有579個；9個連鎖群標(biāo)記距離0.11～0.18 cM不等，平均標(biāo)記距離0.14cM，標(biāo)記距離最大和最小的連鎖群分別是Lg 2和Lg 4，標(biāo)記距離分別為0.18 cM和0.11cM。通過SNP 標(biāo)記數(shù)、標(biāo)記距離和覆蓋圖距3個參數(shù)指標(biāo)進(jìn)行相關(guān)性分析，SNP 標(biāo)記數(shù)與覆蓋圖距呈極顯著正相關(guān)，相關(guān)系數(shù)0.907，其中SNP 標(biāo)記數(shù)超過1 000個標(biāo)記的連鎖群包括Lg 1、 Lg 2、Lg 3和Lg 4，覆蓋圖距均超過了110 cM。通過整合后的數(shù)據(jù)構(gòu)建遺傳圖譜連鎖群圖(見圖6)。

表4 光皮樹親本連鎖群中 SNP 標(biāo)記分離比率統(tǒng)計表(整合圖譜)Tab.4 Statistical of the separation ratio SNP marker in parent linkage group of Swida wilsoniana(Inte-grated atlas)連鎖群SNP 標(biāo)記數(shù)/個標(biāo)記距離/cM覆蓋圖距/cMLg11 7440.12216.02Lg21 3750.18241.02Lg31 1360.14159.00Lg41 0350.11116.02Lg59330.14130.66Lg68210.15121.26Lg77140.1389.47Lg85840.1694.23Lg95790.1693.26總計8 9210.141 260.94

圖6 光皮樹親本 SNP 標(biāo)記連鎖圖(整合圖譜)Fig.6 The Swida wilsoniana parental SNP marker linkage map(Integrated atlas)

3 結(jié)論與討論

遺傳連鎖圖譜是研究植物性狀基因定位的重要組成部分，其中作圖群體的構(gòu)建尤為關(guān)鍵。而基于高密度遺傳連鎖圖譜的QTL定位，是數(shù)量性狀遺傳研究的重要方法，標(biāo)記和QTL是連鎖的，也是分子標(biāo)記輔助育種和目的基因分離與克隆的重要前提，對縮短育種周期、有目的性的選育新品種材料等具有重要意義。近年來，遺傳圖譜構(gòu)建和QTL定位研究為不少國內(nèi)外育種專家關(guān)注的重點(diǎn)。在非油料植物的連鎖遺傳圖譜方面，喬東亞等[17]利用SNP標(biāo)記對85份紫薇(Lagerstroemiaindica)種質(zhì)資源進(jìn)行聚類分析，探究其遺傳多樣性，篩選得到了高質(zhì)量的SNP標(biāo)記，并進(jìn)一步通過對SNP分型數(shù)據(jù)進(jìn)行遺傳多樣性分析。Tong等[18]利用 2 545個高質(zhì)量的 SNP 標(biāo)記分屬美洲黑楊(Populusdeltoides)“1-69”和小葉楊(Populussimonii)“L3”兩張高密度連鎖圖，分別為 20 個連鎖群。唐海霞等[19]利用已構(gòu)建的 103 株“冬棗”ד金絲 4 號”F1雜交群體和 145 株“冬棗”ד中寧圓棗”F1雜交群體，采用簡化基因組測序技術(shù)，開發(fā)了SNP標(biāo)記，構(gòu)建了棗(Ziziphusjujuba)的高密度集成遺傳連鎖圖譜。史曉暢等[20]以果實(shí)大小和果實(shí)硬度都存在顯著性差異的山楂(Crataeguspinnatifida)品種“山東大綿球”(母本)和“新賓軟籽”(父本)創(chuàng)建雜交群體，選用 130 株雜交 F1 代為作圖群體，采用 RAD 測序技術(shù)開發(fā)的 SNP 標(biāo)記構(gòu)建山楂高密度分子遺傳圖譜。董明亮[21]以華北落葉松(Larixprincipis-rupprechtii)F1代為作圖群體，通過SNP標(biāo)記建立華北落葉松高密度遺傳連鎖圖譜，依據(jù)連續(xù)兩年測得的表型數(shù)據(jù)，將QTL定位應(yīng)用于8個重要性狀分析。而在油料植物的連鎖遺傳圖譜相關(guān)研究中，高鳳云等[22]基于亞麻(Linmusitatissimum)植物構(gòu)建的單核苷酸多態(tài)性連鎖遺傳圖譜，采用CIM對13個性狀進(jìn)行QTL定位，結(jié)論得出有20個與粗脂肪及其組成成分相關(guān)的QTL。滕衛(wèi)麗等[23]利用ICIM法作加性數(shù)量性狀座位和數(shù)量性狀座位間上位性互作檢測，獲得81個與大豆(Glycinemax)粒形性狀相關(guān)的QTL。李文楊等[24]利用篩選到的單核苷酸多態(tài)性SNP位點(diǎn)對作圖群體進(jìn)行基因型分析，構(gòu)建了泡桐(Paulowniafortunei)連鎖遺傳圖譜，此研究為泡桐分子育種學(xué)研究奠定了基礎(chǔ)。

本課題研究在構(gòu)建光皮樹F1代群體基礎(chǔ)上，通過多樣性分析進(jìn)行分子標(biāo)記目標(biāo)性狀，目的是在早期目標(biāo)性狀定位之后，實(shí)現(xiàn)對木本油料光皮樹的精準(zhǔn)育種。本研究利用光皮樹雜交F1代幼苗群體構(gòu)建作圖群體，首次定位標(biāo)記出57 089個SNP，通過過濾與篩選后共剩余標(biāo)記9 110個，基本實(shí)現(xiàn)了多態(tài)性分布和密度高的要求。進(jìn)一步通過研究基本構(gòu)建了光皮樹遺傳連鎖圖譜，對F1代幼苗表型性狀進(jìn)行遺傳連鎖標(biāo)記，分布在9個連鎖群中，遺傳距離在93.26～241.02 cM之間，綜合覆蓋圖距為1 260.94 cM，平均每個連鎖群1091個標(biāo)記，Lg1為標(biāo)記數(shù)最大的連鎖群(1 744個)，Lg9為標(biāo)記數(shù)最小的連鎖群(579個)。這些 QTLs 簇的區(qū)域是后續(xù)挖掘光皮樹相關(guān)性狀功能基因需要重點(diǎn)關(guān)注的區(qū)域。本研究亦可為往后對光皮樹良種選育、相近木本油料植物遺傳圖譜的構(gòu)建策略制定提供參考。