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    CHPF2在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)及預(yù)后意義

    2023-04-29 23:05:17馬原浩趙宗仁陳中俊季歡歡李靖劉宇鄭金玉
    臨床神經(jīng)外科雜志 2023年2期
    關(guān)鍵詞:免疫生物信息學(xué)膠質(zhì)瘤

    馬原浩 趙宗仁 陳中俊 季歡歡 李靖 劉宇 鄭金玉

    【摘要】 目的 采用生物信息技術(shù)分析軟骨素聚合因子2(CHPF2)在膠質(zhì)瘤中的預(yù)后意義,并通過實驗進(jìn)一步驗證其在正常和膠質(zhì)瘤細(xì)胞中的表達(dá)情況。方法 首先在GEPIA和HPA數(shù)據(jù)庫對CHPF2在膠質(zhì)瘤和正常細(xì)胞的表達(dá)水平進(jìn)行分析,隨后在癌癥基因組圖譜(TCGA)和中國腦膠質(zhì)瘤基因組圖譜(CGGA)下載基因表達(dá)和臨床信息文件對CHPF2在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)、預(yù)后、功能注釋、免疫浸潤和免疫檢查點等情況作進(jìn)一步闡明。最后采用蛋白質(zhì)印跡(Western Blot,WB)技術(shù)分析了CHPF2在正常和膠質(zhì)瘤組織中的表達(dá)水平。結(jié)果 CHPF2在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)量高于正常組織,且隨著腫瘤等級的升高而增加。除性別、放療和腫瘤再發(fā)情況外,年齡、化療、腫瘤復(fù)發(fā)、IDH、1p/19q及MGMT等在CHPF2高低表達(dá)組中均具有統(tǒng)計學(xué)差異。CHPF2較一些常見預(yù)后標(biāo)志物(如TP53、MKI67及EGFR等)對膠質(zhì)瘤患者生存具有更好的預(yù)測性能,可以作為一個獨立的預(yù)后因素,并通過對TCGA和CGGA數(shù)據(jù)庫的獨立預(yù)后分析結(jié)果進(jìn)行綜合的Meta分析作進(jìn)一步驗證。通過GO、KEGG和GSEA方法,對CHPF2可能富集到的通路進(jìn)行研究。采用TIMER、CIBERSORT和ssGSEA三種方法,對CHPF2高低風(fēng)險組中的免疫浸潤情況進(jìn)行分析,并在最后對CHPF2在免疫檢查點的情況進(jìn)行了分析。為了進(jìn)一步驗證可靠性,本研究通過WB技術(shù)證實了CHPF2在膠質(zhì)瘤細(xì)胞的表達(dá)量較正常細(xì)胞中高。結(jié)論 CHPF2能夠影響膠質(zhì)瘤的發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后,可以作為膠質(zhì)瘤患者預(yù)后的生物標(biāo)志物。

    【關(guān)鍵詞】 膠質(zhì)瘤;CHPF2;生物信息學(xué);免疫;預(yù)后

    【中圖分類號】 R739.41 【文獻(xiàn)標(biāo)志碼】 A 【文章編號】 1672-7770(2023)02-0163-10

    Abstract: Objective The prognostic significance of chondroitin polymerization factor 2(CHPF2) in glioma was analyzed by bioinformatics technology, and its expression in normal and glioma cells was further verified by experiments. Methods The expression levels of CHPF2 in glioma and normal cells were first analyzed in the GEPIA and HPA databases, followed by downloading gene expression and clinical information files from The Cancer Genome Atlas(TCGA) and The Chinese Glioma Genome Atlas(CGGA) to further elucidate the expression, prognosis, functional annotation, immune infiltration, and immune checkpoints of CHPF2 in glioma. Finally, the expression levels of CHPF2 in normal and glioma tissues were determined using the Western blotting approach. Results CHPF2 expression in gliomas was greater than in normal tissues, and it increased with tumor grade. Except for gender, radiation, and tumor recurrence, the high and low CHPF2 expression groups differed statistically in age, chemotherapy, tumor recurrence, IDH, 1p/19q, and MGMT. CHPF2 outperforms certain popular prognostic markers(e.g. TP53, MKI67, and EGFR) in predicting glioma patient survival and may be utilized as an independent prognostic factor. A complete meta-analysis of the outcomes of separate prognostic analysis of the TCGA and CGGA databases corroborated this further. GO, KEGG, and GSEA techniques were used to examine the pathways for which CHPF2 may be enriched. Initially, three approaches(TIMER, CIBERSORT, and ssGSEA) were utilized to investigate immune infiltration in the high and low-risk groups of CHPF2, and finally, the immunological checkpoints of CHPF2 were examined. To further corroborate the dependability, Western blotting was used to demonstrate the elevated expression of CHPF2 in gliomas relative to normal tissues. Conclusion CHPF2 may be able to influence the occurrence, progression and prognosis of glioma and may serve as a biomarker for the prognosis of glioma patients.

    Key words: glioma; CHPF2; bioinformatics; immunology; prognosis

    基金項目:淮安市自然科學(xué)研究計劃項目(HAB202118)

    作者單位:223002 淮安,徐州醫(yī)科大學(xué)附屬淮安醫(yī)院

    通信作者:鄭金玉

    膠質(zhì)瘤是起源于神經(jīng)上皮的惡性腫瘤,由于膠質(zhì)瘤的發(fā)病機(jī)制復(fù)雜,導(dǎo)致其具有侵襲性強(qiáng)、易復(fù)發(fā)、預(yù)后差等特點[1-2],目前尚無有效的膠質(zhì)瘤治療策略。雖然一些標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)對膠質(zhì)瘤的分類和診斷起到了重要作用,但目前的早期診斷和臨床治療效果仍不理想。因此,進(jìn)一步探索膠質(zhì)瘤潛在的重要標(biāo)志物具有重要意義。

    硫酸軟骨素(chondroitin sulfate,CS)是一種多糖,由 N-乙酰-D-半乳糖胺和D-葡萄糖醛酸殘基的重復(fù)二糖單元組成,在不同位置用硫酸化殘基修飾。CS生物合成和硫酸化平衡受到嚴(yán)格控制,并在疾病的進(jìn)展中發(fā)揮重要作用[3-4]。此外,碳鏈的特定硫酸化模式?jīng)Q定了其功能和結(jié)合親和力,利用降解銫鏈的抑制劑或酶的研究表明,銫對腫瘤轉(zhuǎn)移、增殖和黏附過程有相當(dāng)大的影響[5-6]。軟骨素聚合因子(chondroitin polymerization factor,CHPF)是軟骨素聚合活性所必需的一種獨特的蛋白質(zhì)因子,對它的鑒定可能會闡明CS的分子基礎(chǔ)。本研究經(jīng)過查詢相關(guān)文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn),CHPF在膠質(zhì)瘤進(jìn)展中起重要作用[7-9],同樣,CHPF在其他腫瘤中的表達(dá)水平也進(jìn)行了相關(guān)研究[10-11];而CHPF2是否也具有和CHPF一樣的作用,目前暫未發(fā)現(xiàn)相關(guān)性研究報道。

    本研究基于生物信息學(xué),分析CHPF2在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)、預(yù)后及與免疫的關(guān)系,為并通過實驗作進(jìn)一步驗證,為進(jìn)一步研究CHPF2在膠質(zhì)瘤發(fā)生發(fā)展中的作用機(jī)制和治療等提供依據(jù)和參考。

    1 資料與方法

    1.1 數(shù)據(jù)下載與處理 從癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫(https://portal.gdc.cancer.gov/)中下載了698例膠質(zhì)瘤樣本及與其匹配的臨床信息。從中國腦膠質(zhì)瘤基因組圖譜(Chinese Glioma Genome Atlas,CGGA)數(shù)據(jù)庫(http://www.cgga.org.cn/)中下載了1 018例膠質(zhì)瘤樣本及相應(yīng)的臨床信息?;騃D的轉(zhuǎn)換使用Perl腳本,數(shù)據(jù)的處理和矯正采用R軟件(版本4.1.2)。臨床信息缺失和生存時間為0 d的樣本予以刪除。

    1.2 生存和預(yù)后分析 TCGA和CGGA數(shù)據(jù)庫中的臨床病理特征在CHPF2高低表達(dá)組中的差異性采用R包“ggpubr”分析,本研究中生存曲線、ROC曲線、獨立預(yù)后及Meta分析均采用R軟件進(jìn)行分析并可視化(涉及的R包中包括“survival、survivalROC、pROC、survcomp、Meta”等)。

    1.3 富集分析及共表達(dá)分析 基因蛋白間的相互作用關(guān)系使用STRING(https://string-db.org/)網(wǎng)站生成,圖形繪制使用“Cytoscape”軟件完成,核心基因按照中介中心性進(jìn)行篩選。 采用R包“clusterProfiler、org.Hs.eg.db、digest、GOplot、enrichplot、ggplot2”進(jìn)行GO和KEGG富集分析。GSEA富集分析采用GSEA軟件完成?;蜷g的共表達(dá)分析使用R包“corrplot”完成。

    1.4 免疫 免疫浸潤使用TIMER、CIBERSORT和ssGSEA三種方法聯(lián)合分析,使用R包“pheatmap”進(jìn)行可視化。免疫檢查點基因與CHPF2的spearman相關(guān)性分析采用R包“ggpubr、corrplot”進(jìn)行可視化。

    1.5 主要試劑 CHPF2抗體購買自Sigma公司。ECL試劑盒購買自賽默飛世爾科技有限公司。PAGE凝膠快速準(zhǔn)備試劑盒購買自大連美倫生物技術(shù)有限公司。RIPA裂解液、SDS-PAGE蛋白上樣緩沖液(5x)和BCA蛋白濃度測定試劑盒購買自碧云天生物技術(shù)有限公司。蛋白酶抑制劑購自GLPBIO公司。PVDF膜購買自Millipore公司。鼠抗人β-Actin單克隆抗體、山羊抗鼠IgG購買自Cell Signaling公司。

    1.6 Western Blot 正常膠質(zhì)細(xì)胞系(HA1800)和膠質(zhì)瘤細(xì)胞系(C6、T98G和U87)由徐州醫(yī)科大學(xué)神經(jīng)系統(tǒng)疾病研究所提供。細(xì)胞在37 ℃、5%CO2、相對濕度90%的培養(yǎng)箱中進(jìn)行培養(yǎng)。收集細(xì)胞蛋白前使用冰PBS對培養(yǎng)的細(xì)胞進(jìn)行清洗,加入含蛋白酶抑制劑的RIPA細(xì)胞裂解液,用細(xì)胞刮收集細(xì)胞至EP管,置于冰上充分裂解30 min。然后將EP管放置于4 ℃離心機(jī)中進(jìn)行離心,收集上清液于新離心管中。使用BCA蛋白濃度測定試劑盒檢測上清液中的總蛋白并進(jìn)行配平,加入5xSDS蛋白上樣緩沖液混勻,金屬浴100 ℃煮沸10 min。將煮沸變性的蛋白樣品進(jìn)入濃縮膠,電泳分離蛋白,然后將蛋白電轉(zhuǎn)到PVDF膜上。3% BSA室溫下封閉2 h,加入一抗工作液,4 ℃孵育過夜。TBST清洗條帶,加入二抗工作液,室溫孵育2 h。繼續(xù)使用TBST清洗條帶,然后將ECL顯影液滴加至PVDF膜上,置于凝膠成像系統(tǒng)中曝光顯影。使用Image J分析目的條帶與各自內(nèi)參的灰度值比值,判斷目的蛋白的表達(dá)水平。

    1.7 統(tǒng)計學(xué)分析 所有統(tǒng)計學(xué)分析均采用R(版本 4.1.2)軟件完成。所有統(tǒng)計檢驗均為雙側(cè),以P<0.05認(rèn)為差異具有統(tǒng)計學(xué)意義。其中,*P<0.05,**P<0.01,***P<0.001,****P<0.000 1。

    2 結(jié) 果

    2.1 CHPF2在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)分析 本研究首先在GEPIA數(shù)據(jù)庫中分析了CHPF2在正常與低級別膠質(zhì)瘤組織、正常與高級別膠質(zhì)瘤組織中的表達(dá)水平。隨后,TCGA和CGGA數(shù)據(jù)庫的分析結(jié)果顯示,隨著腫瘤級別的增高,CHPF2的表達(dá)水平也隨之升高。為了進(jìn)一步驗證上述結(jié)果,本研究在HPA數(shù)據(jù)庫中對CHPF2的免疫組化進(jìn)行分析,結(jié)果同樣表明,CHPF2隨著腫瘤的進(jìn)展,其表達(dá)水平也在逐漸升高,所以CHPF2的表達(dá)與腫瘤分級呈正相關(guān)。見圖1。

    2.2 CHPF2的表達(dá)與膠質(zhì)瘤患者的臨床病理特征之間的關(guān)系 在TCGA和CGGA兩個數(shù)據(jù)庫共有的臨床特征中,除性別外,CHPF2表達(dá)量在臨床病理特征的分組中均具有統(tǒng)計學(xué)意義;此外,在CGGA數(shù)據(jù)庫中,膠質(zhì)瘤患者再發(fā)情況以及是否放療與CHPF2表達(dá)水平無統(tǒng)計學(xué)意義。見圖2。

    2.3 CHPF2與常見膠質(zhì)瘤預(yù)后標(biāo)志物對生存的預(yù)測在剔除TCGA和CGGA數(shù)據(jù)庫中生存信息缺失的臨床樣本后,CHPF2低表達(dá)組患者的總體生存率高于高風(fēng)險組,CHPF2表達(dá)對于1年、3年、5年膠質(zhì)瘤患者的生存率均有良好的預(yù)測能力(圖3)。通過查閱相關(guān)文獻(xiàn),本研究選取了膠質(zhì)瘤患者常見的幾個預(yù)后標(biāo)志物,利用ROC曲線和C-index指數(shù)比較了它們與CHPF2對膠質(zhì)瘤患者總體生存率的預(yù)測,結(jié)果表明,與其他標(biāo)志物相比,CHPF2仍具有較好的生存預(yù)測能力。為了進(jìn)一步展現(xiàn)CHPF2的預(yù)測能力,本研究還比較了各臨床預(yù)后標(biāo)志物對膠質(zhì)瘤患者1年、3年生存率的預(yù)測,得到的結(jié)果與總體生存的結(jié)果一致(圖4)。

    2.4 獨立預(yù)后與Meta分析 為了驗證CHPF2是否可以作為預(yù)測膠質(zhì)瘤患者預(yù)后的獨立危險因素,本研究采用Cox回歸模型來評估CHPF2的表達(dá)與臨床特征。首先,通過單因素Cox回歸分析來觀察CHPF2表達(dá)量和每一個臨床特征是否與生存相關(guān),隨后將單因素中Cox回歸分析得到的與生存顯著相關(guān)的特征提取出來,利用多因素Cox回歸同時檢測多個特征是否與生存相關(guān)。對TCGA和CGGA數(shù)據(jù)庫中共有的臨床特征進(jìn)行分析,無論是單因素還是多因素Cox分析,CHPF2均可以作為膠質(zhì)瘤患者預(yù)后的獨立危險因素(圖5)。隨后,本研究對CGGA數(shù)據(jù)庫中的復(fù)發(fā)類型以及放化療與CHPF2表達(dá)進(jìn)行生存分析,分析結(jié)果均具有統(tǒng)計學(xué)意義。為了進(jìn)一步證實結(jié)果的可靠性,本研究通過Meta分析對TCGA和CGGA數(shù)據(jù)庫分析的結(jié)果進(jìn)行綜合分析(圖6)。因此,CHPF2可以作為膠質(zhì)瘤患者預(yù)后的獨立危險因素。

    2.5 富集分析 在確定了CHPF2在膠質(zhì)瘤中的預(yù)后價值后,本研究進(jìn)行了其在膠質(zhì)瘤中的生物功能分析。首先,對TCGA和CGGA數(shù)據(jù)庫中CHPF2高低表達(dá)組中具有差異性表達(dá)的基因取交集,發(fā)現(xiàn)TIMP1、MMP9、COL3A1、ANXA1、ANXA2、S100A4、COL1A1和POSTN是其中的核心基因。單因素Cox分析表明,這些核心基因均與膠質(zhì)瘤患者的預(yù)后有關(guān)。接下來,對差異性表達(dá)的基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析(圖7),對GO富集分析的結(jié)果進(jìn)行注釋(表1)。最后,本研究還對CHPF2進(jìn)行了GSEA富集分析,對分析結(jié)果進(jìn)行了可視化(圖8),對結(jié)果進(jìn)行了匯總(表2)。

    2.6 共表達(dá)分析 在TCGA和CGGA數(shù)據(jù)庫中,對CHPF2進(jìn)行基因間的共表達(dá)分析。分別選取呈正/負(fù)相關(guān)系數(shù)(cor)前10的20個基因進(jìn)行熱圖的繪制(圖9)。與CHPF2呈正相關(guān)/負(fù)相關(guān)的基因以及它們的表達(dá)值見表3。

    2.7 免疫浸潤和免疫檢查點 為了進(jìn)一步分析膠質(zhì)瘤患者中CHPF2表達(dá)與不同免疫細(xì)胞和免疫功能之間的關(guān)系,本研究使用TIMER、CIBERSORT和ssGSEA三種方法綜合分析免疫細(xì)胞和免疫功能在CHPF2高低表達(dá)組中的表達(dá)水平。本研究以熱圖的形式對分析結(jié)果進(jìn)行可視化(圖10)。近年來,免疫檢查點阻斷療法已在多種類型的腫瘤治療中表現(xiàn)出顯著療效。通過查閱相關(guān)文獻(xiàn),本研究選擇免疫檢查點中關(guān)鍵的一些基因(CD86、PDCD1LG2、CD48、CD40、IDO1、CD200、PDCD1和CD274)進(jìn)行研究。結(jié)果表明,CHPF2與CD200呈負(fù)相關(guān),與CD86、PDCD1LG2、CD48、CD40、IDO1、PDCD1和CD274呈正相關(guān)(圖11)。

    2.8 Western Blot 本研究使用神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞(HA1800)和人膠質(zhì)瘤細(xì)胞系(C6、T98G和U87)驗證了CHPF2在兩者中的蛋白表達(dá)水平,結(jié)果顯示,與正常膠質(zhì)細(xì)胞相比,CHPF2的蛋白表達(dá)水平在膠質(zhì)瘤細(xì)胞中更高(圖12)。

    3 討 論

    從組織學(xué)來源上說,膠質(zhì)瘤是源于異常增生的膠質(zhì)細(xì)胞,是神經(jīng)系統(tǒng)中最常見的原發(fā)性惡性腫瘤。盡管目前普遍采用手術(shù)切除、放療和化療的聯(lián)合治療手段,但由于腫瘤容易復(fù)發(fā)的特點,嚴(yán)重影響患者的生活質(zhì)量,總生存率仍然十分不樂觀。目前雖然在很多方面取得了很大的技術(shù)進(jìn)步,例如臨床影像學(xué)、手術(shù)治療和輔助治療,但膠質(zhì)瘤患者的臨床預(yù)后仍然很差。因此,尋找神經(jīng)膠質(zhì)瘤的潛在治療靶點至關(guān)重要。隨著基因組分析技術(shù)的發(fā)展,人們發(fā)現(xiàn)了更多與膠質(zhì)瘤預(yù)后相關(guān)的標(biāo)志物。這些研究為膠質(zhì)瘤的治療帶來了新的方向。

    基于生物信息學(xué),本研究分析了CHPF2在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)和預(yù)后意義。本研究發(fā)現(xiàn),CHPF2在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)水平明顯高于正常組織,并且隨著腫瘤等級的升高,其表達(dá)量也隨之上升。CHPF2的表達(dá)與多種臨床病理特征有關(guān)。通過對膠質(zhì)瘤患者CHPF2與總生存期(overall survival,OS)的相關(guān)性分析,發(fā)現(xiàn)膠質(zhì)瘤患者CHPF2的表達(dá)水平越高,OS越低。與其他常見的膠質(zhì)瘤預(yù)后標(biāo)志物相比,其對膠質(zhì)瘤患者生存的預(yù)測仍具有較高水平。通過Cox回歸和Meta分析, 本研究發(fā)現(xiàn)CHPF2可以作為一個獨立的預(yù)后因素。為了進(jìn)一步研究CHPF2的生物學(xué)功能,本研究通過GO、KEGG和GSEA富集分析的方法對其可能存在的潛在通路進(jìn)行了預(yù)測。

    本研究還通過共表達(dá)分析篩選出與CHPF2關(guān)聯(lián)性最強(qiáng)的一些基因,這些基因與腫瘤的發(fā)生發(fā)展有著密切關(guān)聯(lián)。如在TCGA數(shù)據(jù)庫中,呈正相關(guān)的前5個基因(PDIA4、PLOD3、CD276、KDELR2和TMEM214)與膠質(zhì)瘤的發(fā)生發(fā)展關(guān)系密切[12-16],呈負(fù)相關(guān)的前5個基因(MXI1、ALDH5A1、THRA、RAB5B和IGIP)中,未發(fā)現(xiàn)IGIP在膠質(zhì)瘤中的相關(guān)文獻(xiàn)報道,但其他基因與膠質(zhì)瘤關(guān)系密切[17-20]。在CGGA數(shù)據(jù)庫,呈正相關(guān)的5個基因(CD276、PLOD3、ZYX、FAM20C和CD151)中,PLOD3和CD276在TCGA數(shù)據(jù)庫中同樣與CHPF2呈正相關(guān),而ZYX、FAM20C和CD151均在膠質(zhì)瘤中起著重要作用[21-23]。在呈負(fù)相關(guān)的基因(CDR1、TUB、RIMS1、NALCN和FAM169A)中,也得到了同樣的結(jié)果[24-28]。

    免疫治療通過激活人體本身的免疫系統(tǒng),依靠自身的免疫機(jī)能殺滅癌細(xì)胞。雖然免疫療法的成功令人振奮,無數(shù)患者在它的干預(yù)下取得了顯著療效。但仍有一部分患者對免疫療法沒有反應(yīng)。通過進(jìn)一步分析和了解腫瘤免疫微環(huán)境將有助于免疫治療反應(yīng)性的改善。本研究基于TIMER、CIBERSORT和ssGSEA三種方法,分析了免疫細(xì)胞和免疫功能與CHPF2表達(dá)間的關(guān)系,并且對免疫檢查點中的關(guān)鍵基因和CHPF2進(jìn)行了相關(guān)性的分析。本研究最后使用蛋白質(zhì)印跡法對CHPF2在正常和膠質(zhì)瘤細(xì)胞間表達(dá)水平進(jìn)行分析,實驗結(jié)果進(jìn)一步證實了分析結(jié)果。

    綜上所述,本研究通過多維數(shù)據(jù)分析,揭示了CHPF2表達(dá)水平與膠質(zhì)瘤的發(fā)生和預(yù)后相關(guān),這可能有助于識別新的生物標(biāo)志物和靶向治療策略的發(fā)展。

    [參 考 文 獻(xiàn)]

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    (收稿2021-12-30 修回2022-05-11)

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