魏薇 李雨珊 黃遠(yuǎn) 譚佐軍
摘 要: 嫁接愈合狀態(tài)早期無損判別能提高嫁接愈合裝置的利用率。以甜瓜嫁接苗為研究對(duì)象,獲取嫁接后第1~10 天嫁接部的高光譜數(shù)據(jù),對(duì)原始光譜利用一階導(dǎo)數(shù)和二階導(dǎo)數(shù)、標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)變換和去趨勢處理、平滑21 點(diǎn)、多元散射矯正等預(yù)處理方法,以及兩種以上的方法組合,建立支持向量機(jī)、決策樹和XGBoost 3 種分類模型,優(yōu)選模型對(duì)應(yīng)的最優(yōu)預(yù)處理算法,并利用主成分分析、競爭性自適應(yīng)重加權(quán)算法、遺傳算法和連續(xù)投影算法4 種算法進(jìn)行特征變量選擇,最后利用特征變量建立分類判別模式。結(jié)果顯示,一階導(dǎo)數(shù)?遺傳算法?XGBoost 模型挑選出30 個(gè)特征波長,預(yù)測準(zhǔn)確率達(dá)到93%,效果最好。相比于嫁接后靠人工經(jīng)驗(yàn)判斷愈合狀態(tài),此方法在嫁接后第6 天對(duì)嫁接苗的愈合狀態(tài)進(jìn)行判定,具有一定的理論和實(shí)踐價(jià)值。
關(guān)鍵詞:高光譜成像;甜瓜嫁接苗;光譜預(yù)處理;特征提取;分類識(shí)別模型
中圖分類號(hào):S126文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A文章編號(hào):2095-1795(2023)11-0025-07
DOI:10.19998/j.cnki.2095-1795.2023.11.004
0 引言
甜瓜是國內(nèi)外重要的園藝作物和經(jīng)濟(jì)作物,其在促進(jìn)農(nóng)民增收和滿足人們?nèi)找嬖鲩L的瓜果需求方面發(fā)揮巨大作用。農(nóng)戶往往固定地點(diǎn)栽培,由于土傳病害的影響無法連作,嚴(yán)重影響甜瓜的正常生長,導(dǎo)致產(chǎn)量和品質(zhì)下降,阻礙了甜瓜產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。嫁接換根可以解決連作障礙,提高產(chǎn)量和果實(shí)品質(zhì)[1]。嫁接愈合是嫁接育苗的重要階段,盡早地實(shí)現(xiàn)嫁接愈合情況的快速、自動(dòng)和無損檢測分析,有利于愈合環(huán)境的優(yōu)化管理,能夠有效提高嫁接愈合裝置的利用率,增加甜瓜產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟(jì)效益[2]。
傳統(tǒng)的嫁接苗愈合狀態(tài)主要是通過有經(jīng)驗(yàn)的農(nóng)藝人員觀察接穗真葉是否出現(xiàn)來判斷,耗費(fèi)大量的人力物力,成本高。實(shí)際上,接穗真葉出現(xiàn)往往是嫁接愈合后,無法實(shí)現(xiàn)盡早檢測的目的[3]。XU Jiannuo 等[4]采用熒光示蹤的方法實(shí)現(xiàn)甜瓜嫁接愈合狀態(tài)的早期判定。但是該方法是人工、破壞式表型測量方法。蘇穎欣等[5] 利用機(jī)器視覺技術(shù)和機(jī)器學(xué)習(xí)方法對(duì)瓜果蔬菜嫁接苗的成活情況進(jìn)行研究,能夠提早1 d 或者2 d 確定嫁接苗的成活狀況。但是該方法也只是替代了人工觀察接穗真葉的方法,而且僅從圖像層面區(qū)分。近年來,高光譜成像技術(shù)能夠?qū)崟r(shí)、非接觸、高效地測量植物結(jié)構(gòu)形態(tài)、生理生化等多樣化的表型,在高通量植物表型分析中表現(xiàn)出良好的潛力[6]。楊杰鍇等[7] 通過對(duì)甜瓜嫁接苗新長出真葉區(qū)域的高光譜圖像進(jìn)行分析,實(shí)現(xiàn)對(duì)甜瓜嫁接愈合情況的提前預(yù)測,然而該方法也是對(duì)接穗真葉進(jìn)行檢測。XU Jiannuo 等[4]發(fā)現(xiàn)瓜果蔬菜嫁接后砧木、接穗及嫁接口生理生化特性產(chǎn)生明顯變化,未愈合時(shí)由于韌皮部堵塞,光合產(chǎn)物(糖類物質(zhì))無法有效運(yùn)輸,接穗和砧木有機(jī)物運(yùn)輸通道重連則意味著嫁接苗已愈合。本研究以甜瓜嫁接苗為研究對(duì)象,獲取嫁接后第1~10 天嫁接部的高光譜數(shù)據(jù),提出一種甜瓜嫁接苗嫁接愈合早期無損的檢測方法。
1 試驗(yàn)
1.1 試驗(yàn)材料
試驗(yàn)材料為甜瓜嫁接苗,由華中農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝林學(xué)學(xué)院提供。甜瓜接穗和砧木種子品種為阿可可口奇,由新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈密瓜研究中心提供。取適量的甜瓜種子,使用 0.1% 高錳酸鉀溶液給種子消毒 15 min,然后用網(wǎng)帶將種子包住,在流動(dòng)的清水中反復(fù)沖洗,將種子外面的雜質(zhì)去除,然后放置于清水中浸種 10 h,將浸泡后的種子再次用蒸餾水沖洗,30 °C 黑暗條件下進(jìn)行種子催芽,露白后播種,于50 孔黑色穴盤,2022年4 月在華中農(nóng)業(yè)大學(xué)園林樓人工氣候室培養(yǎng)。將甜瓜幼苗培養(yǎng)至2 葉1 心時(shí)進(jìn)行單子葉嫁接,嫁接后于園林樓人工氣候室培養(yǎng)。嫁接愈合期間,需要及時(shí)去除砧木萌蘗,按照嫁接標(biāo)準(zhǔn)管理方法進(jìn)行科學(xué)管理[8]。
1.2 高光譜數(shù)據(jù)采集
采用四川雙利合譜公司的蓋亞便攜式高光譜儀,其核心部件主要有高光譜成像鏡頭、光源、樣品架、計(jì)算機(jī)及控制軟件等部分。該光譜儀能獲取 400~1 000 nm波長范圍內(nèi)共 360 個(gè)波段的灰度圖像。為了避免環(huán)境光的影響,試驗(yàn)于2022 年4—5 月在華中農(nóng)業(yè)大學(xué)逸夫樓 A309 暗室中進(jìn)行,光源為15 W 鹵素?zé)?,高光譜儀對(duì)甜瓜嫁接苗采樣物距30 cm 和曝光時(shí)間25 ms,以0.15 cm/s 的推掃速度采集,試驗(yàn)裝置如圖1 所示。由于高光譜成像系統(tǒng)中噪聲的影響,需要對(duì)獲得的光譜圖像按式(1)進(jìn)行校正。
利用以上方法,共采集29 株嫁接苗嫁接第1~10天的高光譜圖像,其中最終嫁接成功,即維管連通的嫁接苗有9 株;最終嫁接未成功,即維管未連通的嫁接苗有20 株。9 株活的嫁接苗6 株訓(xùn)練、3 株測試;20 株死的嫁接苗14 株訓(xùn)練、6 株測試。對(duì)29 株嫁接苗隨機(jī)進(jìn)行劃分,選擇嫁接后第4、5、6 天嫁接苗的光譜數(shù)據(jù)作為樣本數(shù)據(jù),最終有訓(xùn)練集數(shù)據(jù)60 個(gè),測試集數(shù)據(jù)27 個(gè)。
2 結(jié)果和討論
2.1 光譜分析
由圖2 可知,曲線具有相同的變化趨勢,波峰波谷主要分布在420、580、740 和900 nm 附近。450 和540 nm 波段附近是植物內(nèi)葉綠素的吸收峰和反射峰。900~1 000 nm 的吸收峰主要是由于樣品內(nèi)部水分的吸收引起,該波段內(nèi)存在水的O-H 基團(tuán)的2 倍頻特征吸收峰[9]。從700~800 nm 反射率急劇增加,出現(xiàn)一個(gè)明顯的爬升陡坡,一直到1 000 nm,反射率最大超過50%,這是源于植被細(xì)胞散射而出現(xiàn)的“紅邊效應(yīng)”。光譜曲線比較類似,但是在嫁接后第1~4 天時(shí),嫁接苗嫁接部位尚未愈合,韌皮部堵塞,光合產(chǎn)物(糖類物質(zhì))無法有效運(yùn)輸,砧穗嫁接口的淀粉含量差異越大,逐漸愈合后,砧木、接穗及嫁接口生理生化特性均會(huì)產(chǎn)生明顯變化,這種變化差異在光譜中仍然表現(xiàn)出細(xì)微差別,根據(jù)這些差異仍能區(qū)分嫁接苗的愈合狀態(tài)。
2.2 原始光譜與預(yù)處理光譜分類結(jié)果分析
原始光譜利用一階導(dǎo)數(shù)(First Derivatives,F(xiàn)D)、二階導(dǎo)數(shù)(Second Derivatives,SD)、標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)變換(Standard Normal Variate, SNV) 和 支趨勢處理(Detrending)等算法,以及不同預(yù)處理算法之間相互結(jié)合進(jìn)行預(yù)處理,分別建立支持向量機(jī)(Support VectorMachine,SVM)、決策樹分類(Decision Tree Analysis,DTA) 和極端梯度提升( eXtreme Gradient Boosting,XGBoost)3 種分類模型,結(jié)果如表1 所示[10]。不難發(fā)現(xiàn),并不是所有的預(yù)處理算法都能提高模型分類效果。
對(duì)于SVM 模型, 只有多元散射矯正( Multivariatescattering correction ,MSC)算法將分類效果提高1 個(gè)百分點(diǎn),平滑21 點(diǎn)(Smooth21)算法與原始數(shù)據(jù)分類效果一樣。XGBoost 分類模型,預(yù)處理算法對(duì)分類效果提高最明顯,F(xiàn)D 和FD+Centralization 組合算法將分類效果從65% 提高到了82%。而決策樹分類模型,F(xiàn)D和SD+Centralization 預(yù)處理算法將分類效果分別提高4個(gè)百分點(diǎn)和3 個(gè)百分點(diǎn)。分析得到FD-XGBoost 為最優(yōu)分類模型,該模型校正集和預(yù)測集分類準(zhǔn)確率分別為93% 和82%。
2.3 特征變量選擇
利用主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)、遺傳算法(Genetic Algorithms,GA)、競爭性自適應(yīng)重加權(quán)算法(Competitive Adaptive ReweightingSampling, CARS) 和連續(xù)投影算法( SuccessiveProjections Algorithm,SPA)等特征波長選擇算法,選擇不同分類模型下數(shù)據(jù)預(yù)處理效果最好的兩種方法,進(jìn)行預(yù)處理后光譜數(shù)據(jù)的特征變量計(jì)算,4 種算法選擇的特征變量如表2 所示,特征變量位置如圖3、圖4 和圖5 所示[11]。
SVM 分類模型下,CARS 算法對(duì)經(jīng)過MSC 預(yù)處理后的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征選擇,將原始光譜的360 個(gè)波長降維至21 個(gè)特征波長,主要分布在400~520 和760~1 000 nm 區(qū)域。對(duì)經(jīng)過Smooth21 預(yù)處理的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征選擇,得到14 個(gè)特征波長,波長主要是分布在880~1 000 nm 區(qū)域。利用遺傳算法GA 分別對(duì)MSC和Smooth21 預(yù)處理后的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征挑選,嫁接苗360 個(gè)波長數(shù)據(jù)分別降維至39 個(gè)和18 個(gè),平滑處理后的數(shù)據(jù)挑選出的特征波長主要分布在400~760 nm區(qū)域之間。SPA 算法對(duì)Smooth21 預(yù)處理后數(shù)據(jù)進(jìn)行特征波長挑選,將360 個(gè)特征波長降維至30 個(gè),特征波長分布于全波段光譜的各個(gè)區(qū)域。對(duì)于MSC 處理后數(shù)據(jù)特征波長降維至30 個(gè), 特征波長主要分布于400~520 和760~1 000 nm 區(qū)域。最后利用PCA 對(duì)經(jīng)過Smooth21 處理的數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分分析,得到前5 個(gè)主成分的累積貢獻(xiàn)率如表3 所示,第1 主成分的貢獻(xiàn)率超過90%,達(dá)到91.16%,前5 個(gè)主成分的累積貢獻(xiàn)99.93%,接近100%。利用MSC 對(duì)嫁接苗第4、5、6天的原始光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行處理, 隨后利用PCA 分析MSC 預(yù)處理后的數(shù)據(jù),如表4 所示。前5 個(gè)主成分累積貢獻(xiàn)率達(dá)到98.01%, 但是第1 主成分的貢獻(xiàn)率61.73%,遠(yuǎn)低于經(jīng)Smooth21 處理第1 主成分的貢獻(xiàn)率。
DTA 模型下,CARS 算法對(duì)經(jīng)過FD 預(yù)處理后的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征選擇,將原始光譜的360 個(gè)波長降維至36個(gè)特征波長,主要分布在400~520 和760~1 000 nm。
對(duì)經(jīng)過SD+Centralization 預(yù)處理的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征選擇,得到47 個(gè)特征波長,波長主要是分布在400~640和760~1 000 nm 區(qū)域。利用遺傳算法GA 分別對(duì)FD和SD+Centralization 預(yù)處理后的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征挑選,嫁接苗360 個(gè)波長數(shù)據(jù)分別降維至31 個(gè)和40 個(gè)。SPA算法對(duì)FD 預(yù)處理后數(shù)據(jù)進(jìn)行特征波長挑選,將360 個(gè)特征波長降維至30 個(gè),特征波長分布于400~520 和760~1 000 nm 區(qū)域。對(duì)于SD+Centralization 處理后數(shù)據(jù)特征波長降維至30 個(gè)。最后利用PCA 對(duì)經(jīng)過FD 處理的數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分分析,得到前5 個(gè)主成分的累積貢獻(xiàn)率如表5 所示,前5 個(gè)主成分累積貢獻(xiàn)95.53%。利用SD+Centralization 對(duì)嫁接苗第4、5、6 天的原始光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,隨后利用PCA 分析MSC 預(yù)處理后的數(shù)據(jù),如表6 所示,前5 個(gè)主成分累積貢獻(xiàn)率達(dá)到89.5%,遠(yuǎn)低于經(jīng)FD 處理前5 個(gè)主成分的貢獻(xiàn)率。
XGBoost 分類模型下, CARS 算法對(duì)經(jīng)過FD+Centralization 預(yù)處理的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征選擇,得到30個(gè)特征波長。利用遺傳算法GA 分別FD+Centralization預(yù)處理后的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征挑選,嫁接苗360 個(gè)波長數(shù)據(jù)分別降維至41 個(gè)。SPA 算法對(duì)FD+Centralization預(yù)處理后數(shù)據(jù)進(jìn)行特征波長挑選,將360 個(gè)特征波長降維至30 個(gè),特征波長更多分布在光譜波段400~520 nm 和760~1 000 nm 區(qū)域。
最后利用PCA 對(duì)經(jīng)過FD+Centralization 處理的數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分分析,得到前5 個(gè)主成分的累積貢獻(xiàn)率如表7 所示,前5 個(gè)主成分的累積貢獻(xiàn)率95.58%,接近于100%。
2.4 基于特征變量的模型建立
特征變量建立的分類判別模型結(jié)果如表8 所示。在 SVM 模型的分類結(jié)果中,兩種數(shù)據(jù)預(yù)處理方法組合3 種特征變量選擇算法,選擇的特征變量建立的模型校正集和預(yù)測集準(zhǔn)確率分別為58%~87%和53%~80%。其中光譜原始數(shù)據(jù)經(jīng)過CARS 特征選擇,模型預(yù)測的準(zhǔn)確率最高。在 DT 模型分類結(jié)果中,校正集和預(yù)測集準(zhǔn)確率分別為58%~89%和53%~85%,其中FD 數(shù)據(jù)預(yù)處理后,再通過GA 和PCA 兩種算法進(jìn)行降維,得到的準(zhǔn)確率都達(dá)到85%。在XGBoost 模型的分類結(jié)果中,同樣用兩種預(yù)處理方法組合3 種算法選擇的特征變量建立的模型校正集和預(yù)測集準(zhǔn)確率分別為83%~95%和 80%~93%。通過FD 數(shù)據(jù)預(yù)處理與GA算法組合后,模型預(yù)測率最高,達(dá)到93%。在所有的數(shù)據(jù)預(yù)處理方法和分類模型的組合中,F(xiàn)D-GAXGBoost模型效果最好。
3 結(jié)束語
基于高光譜技術(shù), 通過對(duì)甜瓜嫁接處的高光譜數(shù)據(jù)分析處理與模型評(píng)估,實(shí)現(xiàn)了對(duì)甜瓜嫁接苗愈合狀態(tài)的提前量化預(yù)測。建立SVM、DTA 和XGBoost的3 種分類模型,組合不同的數(shù)據(jù)預(yù)處理方法和特征變量選擇算法,所有組合中,F(xiàn)D-GA-XGBoost 模型挑選出30 個(gè)特征波長,預(yù)測準(zhǔn)確率達(dá)到93%,效果最好。相比傳統(tǒng)人工在嫁接后靠經(jīng)驗(yàn)判斷愈合狀態(tài),此方法在嫁接后6 d 對(duì)嫁接苗的愈合狀態(tài)可進(jìn)行較為準(zhǔn)確的判定,為甜瓜嫁接苗生產(chǎn)提供參考。
優(yōu)選出的特征波長更多地集中在460~640 和760~1 000 nm 區(qū)域中,而400~520 nm 是類胡蘿卜素吸收峰,類胡蘿卜素會(huì)影響植物的光合作用。除此之外,水分的光譜吸收范圍覆蓋近紅外和短波紅外區(qū)間,即波長780~2 526 nm。嫁接苗高光譜特征波長出現(xiàn)在以上區(qū)域,說明嫁接苗存活狀態(tài)與植物光合作用和其含水量之間的密切關(guān)系。
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