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    腦卒中多分類預(yù)后預(yù)測的深度集成優(yōu)化方法

    2023-03-13 10:04:22陶永軍陳錫程伍亞舟
    計算機(jī)工程與應(yīng)用 2023年5期
    關(guān)鍵詞:分類深度特征

    葉 偉,陶永軍,陳錫程,伍亞舟

    1.陸軍軍醫(yī)大學(xué) 軍事預(yù)防醫(yī)學(xué)系 軍隊衛(wèi)生統(tǒng)計學(xué)教研室,重慶 400038

    2.浙江省臺州市立醫(yī)院 神經(jīng)內(nèi)科,浙江 臺州 318000

    急性缺血性腦卒中(acute ischemic stroke,AIS)是腦卒中最常見、最易預(yù)后不良的發(fā)病類型[1-3]。AIS的有效預(yù)后預(yù)測對于患者的臨床診治和預(yù)后康復(fù)具有重要意義。

    當(dāng)前,利用傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)預(yù)測腦卒中預(yù)后的研究已取得了一定進(jìn)展。Matsumoto等[4]收集了單中心急性缺血性腦卒中患者的臨床特征,運(yùn)用線性回歸或決策樹集成學(xué)習(xí)構(gòu)建了性能較優(yōu)的預(yù)測模型,取得了92%的受試者特征曲線下面積(area under the curve,AUC)。Avery等[5]選取了缺血性腦卒中CT影像組學(xué)的特征,運(yùn)用機(jī)器學(xué)習(xí)和特征選擇算法構(gòu)建了預(yù)測模型。Sung等[6]結(jié)合了臨床和計算機(jī)斷層掃描報告運(yùn)用機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)構(gòu)建了預(yù)測模型,取得了86%的AUC值。Wang等[7]運(yùn)用臨床和影像組學(xué)特征構(gòu)建缺血性腦卒中預(yù)后模型,取得了80%的AUC。2007至2018年間相關(guān)Meta分析[8]表明,89%(260篇)的AIS預(yù)后研究文章在方法上僅為回歸分析,這揭示了數(shù)據(jù)和方法改良的必要性。

    既往研究在數(shù)據(jù)、方法、應(yīng)用等層面存在較大提升空間,這限制了預(yù)后預(yù)測能力的提升。就數(shù)據(jù)而言,聯(lián)用多種類型特征并采用多分類結(jié)局變量構(gòu)建模型的既往研究相對較少。就方法而言,采用深度學(xué)習(xí)和集成學(xué)習(xí)預(yù)測缺血性腦卒中預(yù)后的研究更為少見。這些問題為預(yù)測準(zhǔn)確性的提升帶來了較大障礙。

    近年來,深度學(xué)習(xí)、集成學(xué)習(xí)等新興人工智能技術(shù)被提出和應(yīng)用,存在廣闊的應(yīng)用前景。Heo等[9]運(yùn)用急性缺血性腦卒中的臨床特征構(gòu)建預(yù)后預(yù)測模型,運(yùn)用深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)取得的AUC值為88%。Hwangbo等[10]利用集成學(xué)習(xí)以預(yù)測缺血性腦卒中患者6個月的死亡率,AUC值為78.3%,其95%置信區(qū)間為75.8%到80.8%,且證實了集成學(xué)習(xí)的性能優(yōu)于單一學(xué)習(xí)模型,這也在諸多研究中得到了驗證[11-14]。這些研究為本文提供了一定研究思路和啟示,但深度學(xué)習(xí)和集成學(xué)習(xí)的聯(lián)合應(yīng)用于AIS的預(yù)后預(yù)測鮮有報道。此外,隨著深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)層數(shù)的增長及集成的加入,網(wǎng)絡(luò)參數(shù)量可能呈現(xiàn)幾何倍數(shù)的增長,應(yīng)用中存在較大難點[15-17]。因此,本文將利用AIS多類型特征,以深度學(xué)習(xí)、集成學(xué)習(xí)為契機(jī),構(gòu)建深度集成學(xué)習(xí)模型并實施參數(shù)優(yōu)化,從而進(jìn)一步分析比較新興人工智能方法的應(yīng)用效果。

    本文貢獻(xiàn)和創(chuàng)新可總結(jié)如下。(1)對AIS臨床和影像組學(xué)特征進(jìn)行特征提取和融合,旨在更加全面和有效地處置高維特征。(2)選擇深度集成學(xué)習(xí)進(jìn)行訓(xùn)練,增添了在腦卒中預(yù)后預(yù)測中方法的多樣性。(3)構(gòu)建了改良人工蜂群算法,并對深度集成學(xué)習(xí)方法進(jìn)行超參數(shù)優(yōu)化,提高了模型的精確度。(4)采用腦卒中預(yù)后三分類結(jié)局(正常組、輕度組、中重度組),提升了分級的針對性??傊噍^于既往研究,本文模型有更好的準(zhǔn)確性和泛化性,可依據(jù)具體問題和實際場景靈活應(yīng)用。

    1 數(shù)據(jù)和預(yù)處理

    1.1 數(shù)據(jù)來源

    本采用患者入院時大腦三維MRI圖像提取影像組學(xué)特征,并融合臨床特征,根據(jù)深度集成學(xué)習(xí)算法構(gòu)建模型進(jìn)行分級預(yù)測。

    本課題組回顧性收集了浙江省臺州市立醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科在2021年7月至2022年2月期間確診為AIS的患者,共計331例,最終納入本實驗為317例。納入標(biāo)準(zhǔn):(1)首次確診且符合急性缺血性腦卒中的診斷標(biāo)準(zhǔn);(2)患者臨床資料完整且可獲得3D大腦MRI圖像,MRI影像清晰、無偽影;(3)顱部未接受過外科手術(shù)等任何形式的治療。排除標(biāo)準(zhǔn):合并肝腎功能不全、血液系統(tǒng)疾病、惡性腫瘤和其他常見的心腦血管等疾病。

    患者標(biāo)簽選用美國國立衛(wèi)生研究院卒中量表(national institute of health stroke scale,NIHSS),以評估患者出院時的預(yù)后情況。依據(jù)NIHSS評分[18-19]進(jìn)行分組:正常組(<1分)62例、輕度組(1~4分)213例、中重度組(≥5分)42例。

    1.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理

    圖像數(shù)據(jù)預(yù)處理選擇ITK-SNAP 3.6.0軟件,具體步驟如下。

    (1)將收集到的圖像(DICOM格式)轉(zhuǎn)換成Python軟件可操作的圖像(NIFTI格式)。

    (2)由主治醫(yī)師標(biāo)注三維MRI圖像的病灶感興趣區(qū)域(region of interest,ROI)進(jìn)行標(biāo)注,使用大津(OSTU)閾值法獲取粗略分割掩碼,再針對各切片的病灶行手動精分割,將切片組合為該患者的3D掩膜標(biāo)簽。該過程如圖1所示。

    圖1 患者的3D掩膜標(biāo)注過程Fig.1 Patient’s 3D masking process

    (3)將圖像按原始3D圖像與3D掩膜標(biāo)簽對應(yīng)整理,隨后運(yùn)用Python中的Pyradiomics包[20]提取影像組學(xué)特征。依據(jù)患者ID號匹配相應(yīng)的NIHSS評分分級標(biāo)簽。

    2 本文方法

    基于預(yù)處理后AIS影像和臨床的融合特征,構(gòu)建了改良人工蜂群算法優(yōu)化的深度集成學(xué)習(xí)模型(improved artificial bee colony algorithm-deep ensemble learning,IABC-DEL),技術(shù)路線如圖2所示。模型構(gòu)建過程可分為特征融合、模型構(gòu)建和模型優(yōu)化。

    圖2 深度集成優(yōu)化模型流程圖Fig.2 Flow chart of IABC-DEL model for AIS fusion feature

    2.1 特征融合

    特征融合可解決特征間量綱差距。因此,在高維特征融合過程中進(jìn)行特征選擇,將重要性高的特征納入模型中。

    針對臨床和影像組學(xué)特征各自存在的差異,本文實施了個性化處理措施,詳細(xì)特征融合過程如圖3所示。

    圖3 特征融合過程Fig.3 Schematic of feature fusion process

    在臨床特征中,利用組間比較選擇出對結(jié)局變量有統(tǒng)計學(xué)意義的自變量。隨后,利用獨熱編碼將變量歸置于[0,1]間。獨熱編碼可將離散特征的取值擴(kuò)展至歐式幾何空間,特征離散的取值對應(yīng)歐式幾何空間的某個點。

    在高維影像組學(xué)定量特征中,本文首先進(jìn)行歸一標(biāo)準(zhǔn)化處理,其次以方差過濾法過濾掉大量差異性小的特征,隨后通過基于隨機(jī)森林(random forest,RF)模型的Embedded嵌入法,對特征進(jìn)行權(quán)重排序,旨在選出對結(jié)局變量有用的特征。

    最后,本文結(jié)合臨床和影像組學(xué)的特征形成了融合特征,并采用Borderline-SMOTE算法[21]對融合特征進(jìn)行平衡化處理,旨在規(guī)避偏移的發(fā)生。

    2.1.1 臨床特征篩選

    從患者臨床特征中,本文提取了性別、年齡、血液中總膽固醇值、血液中低密度脂蛋白值、高血壓史、糖尿病病史、冠心病史、同型半胱氨酸血癥、房顫、吸煙、喝酒、入院時NIHSS評分、TOAST分型、OCSP分型等14個特征。分析各臨床特征對于出院時NIHSS分級的效果,進(jìn)而篩選出性別、糖尿病病史、入院時NIHSS評分、TOAST分型和OCSP分型這5個有統(tǒng)計學(xué)意義的特征,如表1所示。

    表1 臨床特征篩選的結(jié)果Ta ble 1 Results of screening for clinical features

    2.1.2 影像組學(xué)特征篩選

    用Python的影像組學(xué)特征分析工具包(Pyradiomics包)獲得每個患者的3D影像組學(xué)特征,共計1 781個??煞譃?類:一階統(tǒng)計量342個、基于3D形狀14個、灰度共生矩陣456個、灰度游程矩陣304個、灰度大小區(qū)域矩陣304個、灰度依賴性矩陣266個以及鄰域灰度差矩陣95個。

    對1 781個影像組學(xué)特征實施方差過濾法和Embedded嵌入法篩選特征,以閾值為橫坐標(biāo),特征數(shù)作為主縱坐標(biāo),隨機(jī)森林算法得到的準(zhǔn)確率作為次縱坐標(biāo)繪制閾值散點圖并擬合曲線。根據(jù)圖4(a)結(jié)果,以方差閾值為0.06篩選出115個特征后,以選出特征為特征變量、以NIHSS為結(jié)局變量,以0.015作為閾值實施Embedded嵌入法,最后對納入的11個特征進(jìn)行重要性排序,如圖4(b)所示。

    圖4 影像組學(xué)特征選擇過程Fig.4 Image omics feature selection process

    2.2 模型構(gòu)建

    以DNN、LSTM和GRU模型為基學(xué)習(xí)器構(gòu)建深度集成學(xué)習(xí)模型。

    2.2.1 基學(xué)習(xí)器

    將本文使用的深度學(xué)習(xí)基學(xué)習(xí)器介紹如下。

    深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(deep neural networks,DNN)指隱藏層數(shù)量超過單層的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。輸入層與隱藏層、隱藏層與隱藏層及隱藏層與輸出層間均對應(yīng)于一個線性關(guān)系,可表達(dá)為:

    其中,yi為后一個神經(jīng)元,xi為與yi相連的特征或神經(jīng)元,σ為該層的激活函數(shù),n為該神經(jīng)元所連接的神經(jīng)元個數(shù)或特征數(shù),wi為特征與神經(jīng)元之間或神經(jīng)元與神經(jīng)元之間的權(quán)重系數(shù),b為常量。

    長短期記憶網(wǎng)絡(luò)(long-short term memory,LSTM)是為解決循環(huán)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的梯度消失或梯度爆炸問題而提出[22-23]。其循環(huán)單元結(jié)構(gòu)如圖5所示。

    圖5 LSTM循環(huán)單元結(jié)構(gòu)圖Fig.5 LSTM recurrent unit structure diagram

    該單元結(jié)構(gòu)通過引入一個新的內(nèi)部狀態(tài)Ct-1以記錄當(dāng)前狀態(tài)的患者特征信息,并進(jìn)行內(nèi)部信息傳遞。首先,利用當(dāng)前狀態(tài)的患者特征信息xt和上一時刻隱藏狀態(tài)ht-1計算輸入門it、遺忘門ft和輸出門ot。然后,通過輸入門it和遺忘門ft分別控制保留的患者歷史特征信息和當(dāng)前狀態(tài)特征信息,得到新的Ct。最后,再利用輸入門ot將內(nèi)部狀態(tài)患者特征信息傳遞給隱藏狀態(tài)ht。

    門控循環(huán)單元(gated recurrent unit,GRU)[24]將LSTM網(wǎng)絡(luò)的輸入門it與遺忘門ft合并成一個更新門,并可結(jié)合xt和ht-1的信息獲得輸出yt和傳遞給下一個隱層信息ht。GRU的內(nèi)部主要包括重置門控r和更新門控z兩個門控系統(tǒng),可各自表達(dá)為:

    其中,δ為GRU單元的門控,即Sigmoid激活函數(shù)。wr與wz各代表兩個門控系統(tǒng)的權(quán)重系數(shù)。

    2.2.2 深度集成學(xué)習(xí)

    在深度學(xué)習(xí)領(lǐng)域,主流的集成學(xué)習(xí)方法包括Hardvoting、Soft-voting和Stacking等[25-27]。以DNN、LSTM和GRU模型為基學(xué)習(xí)器構(gòu)建深度集成學(xué)習(xí)模型,結(jié)構(gòu)如圖6所示,其中圖6(b)中基學(xué)習(xí)器概率數(shù)值均為示例,不代表實際概率。

    圖6 集成學(xué)習(xí)示意圖Fig.6 Ensemble learning diagram

    在Hard-voting中,每個分類器投票給一個類標(biāo)簽,以獲得一半以上選票的標(biāo)簽為最終輸出類標(biāo)簽。

    在Soft-voting中,將模型預(yù)測樣本類概率的均值作為標(biāo)準(zhǔn),以概率最高對應(yīng)的類為預(yù)測結(jié)果。

    在Stacking中,在前述基學(xué)習(xí)器的基礎(chǔ)上,以隨機(jī)森林(random forest,RF)為元學(xué)習(xí)器,繼而實現(xiàn)更高的預(yù)測準(zhǔn)確性,最終構(gòu)建了深度集成學(xué)習(xí)(deep ensemble learning,DEL)模型。利用DNN、LSTM、GRU網(wǎng)絡(luò)模型分別擬合訓(xùn)練集,訓(xùn)練過程中各自進(jìn)行參數(shù)優(yōu)化,訓(xùn)練集利用五折交叉驗證,將輸出結(jié)果縱向拼接為新特征,新特征作為新的訓(xùn)練集;測試集運(yùn)用上述已訓(xùn)練的基學(xué)習(xí)器輸出結(jié)果的拼接值作為新的測試集。訓(xùn)練集和驗證集具有一致的分類結(jié)局變量。模型對新訓(xùn)練集進(jìn)行訓(xùn)練,新測試集得出的分類結(jié)果為DEL模型的預(yù)測結(jié)果。

    2.3 模型優(yōu)化

    深度學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)隱藏層的層數(shù)和神經(jīng)元的個數(shù)較大程度上影響了模型參數(shù)量和效率。選擇合適的隱藏層和神經(jīng)元數(shù)量至關(guān)重要,可能較大程度上影響著神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的性能。人工蜂群算法的原理是模仿蜜蜂采蜜的行為,通過個體蜂局部尋優(yōu)行為在蜂群中獲得最優(yōu)解。以優(yōu)化問題的解空間維度指代神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的隱藏層層數(shù),以蜜源的位置信息指代神經(jīng)元的個數(shù),以測試集的準(zhǔn)確率指代問題所得值。采蜜過程包含三類蜂群的采蜜行為:采蜜蜂采集初始蜜源,觀察蜂根據(jù)采蜜蜂采蜜的花蜜量尋找新的蜜源,偵察蜂在蜜源附近隨機(jī)尋找新的蜜源。最終,依據(jù)最大所得值確定各深度學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)的最優(yōu)參數(shù)。

    在基線算法上,本文添加了無限折疊迭代混沌映射(iterative chaotic map with infinite collapses,ICMIC)以提升其全局搜索能力,并添加非線性自適應(yīng)慣性權(quán)重以加快收斂速度。在執(zhí)行上述改良后,本文構(gòu)建了IABC,現(xiàn)將算法的操作步驟介紹如下。

    (1)設(shè)問題的解空間是D維,解空間的維度即各隱藏層的層數(shù)(D={1,2,3,4,5}),各個采蜜蜂和蜜源進(jìn)行逐個對應(yīng),采蜜蜂與觀察蜂數(shù)量相同為bn,蜜源的位置對應(yīng)問題的可行解,蜜源的花蜜對應(yīng)可行解xi的適應(yīng)度Fi,即測試集的準(zhǔn)確率??傻螖?shù)為t,第t次適應(yīng)度Fi的標(biāo)準(zhǔn)差為St。利用ICMIC映射初始化各蜜源xi,蜜源間的關(guān)系可表達(dá)為:

    其中,a為任意常數(shù),a∈(0,∞)。

    (2)為蜜源xi分配一只觀察蜂,在D維的空間進(jìn)行搜索,則新蜜源xˉid可表達(dá)為:

    其中,i=1,2,…,bn,d=1,2,…,D,k≠i,wt為引入的非線性自適應(yīng)慣性權(quán)重。

    其中,wmax、wmin為慣性權(quán)重的上下界值,b為阻尼因子,一般為0~1之間,Tmax為設(shè)定的最大迭代次數(shù),k(t)為種群優(yōu)化離散參數(shù),如下式:

    (3)依據(jù)下式,計算觀察蜂找到的蜜源被跟隨的概率:

    (4)采蜜蜂將對當(dāng)前花蜜量(測試集的準(zhǔn)確率)與觀察蜂找到的蜜源的花蜜量(測試集的準(zhǔn)確率)進(jìn)行對比,根據(jù)貪婪選擇的方法確定保留的蜜源。

    (5)判斷蜜源在給定步驟(定義為控制參數(shù)limit<0.01)內(nèi)的適應(yīng)值Fi并未提高,則滿足被放棄的條件。若滿足,對應(yīng)的觀察蜂變?yōu)閭刹旆?,不滿足轉(zhuǎn)至步驟(7)。

    (6)偵察蜂根據(jù)式(9)隨機(jī)產(chǎn)生新蜜源x′id:

    其中,xdmax和xmdin是第d維的上下界。

    (7)迭代次數(shù)t=t+1;判斷算法是否滿足最大迭代次數(shù)Tmax,若滿足則終止,輸出最優(yōu)解,否則轉(zhuǎn)至步驟(2)。

    改良人工蜂群算法各參數(shù)設(shè)置如表2。

    表2 IABC各參數(shù)設(shè)置Table 2 Parameter setting of IABC

    2.4 實驗環(huán)境和參數(shù)設(shè)置

    在配備GPU的Linux工作站進(jìn)行訓(xùn)練,處理器為Intel Xeon?Gold 6246R CPU@3.40 GHz,運(yùn)行內(nèi)存為256 GB,GPU為NVIDIA Tesla V100,軟件平臺基于Python 3.7,所提算法均基于Tensorflow 2.8框架實現(xiàn)。對于各種算法模型,以7∶3的比例拆分為訓(xùn)練集與測試集,在訓(xùn)練集上對模型進(jìn)行擬合,通過網(wǎng)格搜索法確定除隱藏層層數(shù)與神經(jīng)元個數(shù)以外的超參數(shù),五折交叉驗證后選擇最佳參數(shù)模型。最后使用測試集進(jìn)行模型測試,以評估各模型的泛化性。本文網(wǎng)格搜索法確定的超參數(shù)包括學(xué)習(xí)率設(shè)置為10?4,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的批大小為20,動量項設(shè)置為0.9,epoch為32。另外,各類別樣本數(shù)量分布不均衡將導(dǎo)致模型的預(yù)測偏倚。為消除此影響,采用Borderline-SMOTE算法對融合特征進(jìn)行數(shù)據(jù)增強(qiáng)。

    本研究深度學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)的實現(xiàn)基于Tensorflow2.0的Keras包,運(yùn)用Adam優(yōu)化器對深度學(xué)習(xí)模型進(jìn)行梯度優(yōu)化,將交叉熵?fù)p失函數(shù)與SoftMax激活函數(shù)結(jié)合用以更好獲得分類效果。三種基學(xué)習(xí)器神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)初始設(shè)置為雙層,各層神經(jīng)元個數(shù)為10個,IABC算法超參數(shù)優(yōu)化后固定模型。

    各深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的最優(yōu)參數(shù)為DNN隱藏層為2層,各層神經(jīng)元的個數(shù)為34與34;LSTM隱藏層為2層,各層神經(jīng)元的個數(shù)為24與24;GRU隱藏層為1層,該層神經(jīng)元的個數(shù)為39。集成學(xué)習(xí)方法中,各基學(xué)習(xí)器采用與單一方法時相同的最優(yōu)參數(shù)設(shè)置。

    2.5 評價指標(biāo)

    本文為三分類任務(wù),評價指標(biāo)包括:準(zhǔn)確率(ACC)、精確率(Macro-P)、召回率(Macro-R)、F1分?jǐn)?shù)(Macro-F1 score)和曲線下面積(Macro-AUC)。取值范圍均為0~1之間,取值越大代表分類效果越好。

    在混淆矩陣中,每個分類i均有TPi、TNi、FPi和FNi。TPi代表將真實的分類i正確地預(yù)測為分類i,F(xiàn)Pi代表將真實的分類非i錯誤地預(yù)測為分類i。各評價指標(biāo)表達(dá)為:

    其中,三分類任務(wù)的n取值為3。

    為求解Macro-AUC的值,以各分類的真陽性率作為縱軸、以各分類的假陽性率作為橫軸而繪制各分類的ROC曲線。各分類ROC曲線下面積就是各分類的AUC取值。而該模型的Macro-AUC為所有分類的AUC求和取平均。

    3 實驗結(jié)果與分析

    3.1 不同方法的分類性能比較

    以融合特征為例分析各種方法的分類性能,如表3、圖7~8所示?;诳傮w加權(quán)準(zhǔn)確率、Macro-AUC等指標(biāo)從方法類型的角度對實驗結(jié)果進(jìn)行分析:首先從總體上看,IABC-DEL的所有指標(biāo)最優(yōu),其準(zhǔn)確率為88.02%、精確率為88.01%、召回率為88.02%、Macro-F1分?jǐn)?shù)為87.88%和Macro-AUC為96.27%;其次,由Macro-AUC的結(jié)果可知,優(yōu)化后的深度學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)優(yōu)于機(jī)器學(xué)習(xí)、深度學(xué)習(xí)和集成學(xué)習(xí)方法;再者,從準(zhǔn)確率、精確率、召回率和Macro-F1分?jǐn)?shù)上看,集成學(xué)習(xí)方法整體上優(yōu)于機(jī)器學(xué)習(xí)和優(yōu)化前后的深度學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)?;诖?,將比較方法類型之間或方法類型內(nèi)的各項指標(biāo),比較結(jié)果與可能原因如下。

    圖7 深度學(xué)習(xí)優(yōu)化前后的ROC曲線Fig.7 ROC curve before and after deep learning

    3.1.1 單一學(xué)習(xí)方法(機(jī)器學(xué)習(xí)/深度學(xué)習(xí))的分類性能

    在融合特征上,比較了單一機(jī)器學(xué)習(xí)與深度學(xué)習(xí)方法的分類性能。結(jié)果表明:在默認(rèn)優(yōu)化方式(即網(wǎng)格搜索法)下,三種深度學(xué)習(xí)方法(GRU、DNN和LSTM)的性能優(yōu)于其他三種機(jī)器學(xué)習(xí)方法,DNN的ACC最高,達(dá)到了86.46%,LSTM的Macro-AUC最佳,達(dá)到了95.35%,詳見表3中。決策樹的節(jié)點結(jié)構(gòu)在訓(xùn)練集訓(xùn)練過程中易趨向過擬合,可能陷于局部最小值;隨機(jī)森林分類樹亦在訓(xùn)練過程中容易產(chǎn)生過擬合;支持向量機(jī)則較多分類結(jié)局變量更善于處理二分類結(jié)局變量的數(shù)據(jù)。這些可能導(dǎo)致機(jī)器學(xué)習(xí)模型在此次任務(wù)中性能表現(xiàn)不佳。

    表3 各種方法的分類性能比較(融合特征)Table 3 Effect comparison of various methods(fusion feature) 單位:%

    3.1.2 集成學(xué)習(xí)方法的分類性能

    在融合特征上,比較了不同集成方法的分類性能。本研究獲得Hard-voting,Soft-voting和Stacking三種集成學(xué)習(xí)模型在融合特征的分類結(jié)果,詳見表3。研究結(jié)果表明:基于Stacking的DEL性能優(yōu)于Hard-voting和Soft-voting,Macro-AUC值達(dá)到了95.02%。在深度集成方面,本文利用Stacking的集成學(xué)習(xí)方式將三種強(qiáng)監(jiān)督學(xué)習(xí)器進(jìn)行了有效的結(jié)合,從而使模型準(zhǔn)確度得到了提升。這證實了Stacking算法更適合融合特征AIS的NIHSS預(yù)后分級的預(yù)測,分析原因在于Stacking可有效從基學(xué)習(xí)器、元學(xué)習(xí)器中提取融合特征的有效信息,獲得更高的預(yù)測效果[28-29]。

    3.1.3 優(yōu)化前后的分類性能比較

    IABC的優(yōu)化對象為深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的層數(shù)和神經(jīng)元。因此,本文以深度學(xué)習(xí)模型為例,說明優(yōu)化前后的分類性能比較,如表3、圖7~8所示。結(jié)果表明:相較于未經(jīng)優(yōu)化的深度學(xué)習(xí)方法和集成方法(GRU、DNN、LSTM、Hard-voting、Soft-voting和DEL),經(jīng)IABC優(yōu)化后的模 型(IABC-GRU、IABC-DNN、IABC-LSTM、IABC-Hard-voting、IABC-Soft-voting和IABC-DEL)的分類效果均得到提升。其中,DEL在優(yōu)化后準(zhǔn)確率和Macro-AUC分別提高了0.52個百分點和1.25個百分點。

    圖8 集成學(xué)習(xí)優(yōu)化前后的ROC曲線Fig.8 ROC curve before and after ensemble learning

    對于深度集成學(xué)習(xí)而言,參數(shù)的優(yōu)化對于模型運(yùn)行效率和準(zhǔn)確性至關(guān)重要,因此有必要引入新型智能算法。相較于傳統(tǒng)優(yōu)化算法,本文的IABC算法在收斂速度和結(jié)果精度等方面有所提升,具有更好的全局搜索能力和更高的預(yù)測精度。

    圖9 不同特征下IABC-DEL模型的ROC曲線Fig.9 ROC curve of IABC-DEL in different features

    表4 不同特征的分類效果比較(IABC-DEL)Table 4 Classification performance comparison in different features(IABC-DEL) 單位:%

    3.2 不同特征的分類性能比較

    利用上述最佳的IABC-DEL模型對不同類型特征進(jìn)行預(yù)測,基于臨床和影像特征的融合特征在所有指標(biāo)中均獲得了最優(yōu)的結(jié)果。而臨床特征預(yù)測效果優(yōu)于影像組學(xué)特征的預(yù)測效果,其原因可能是收集的AIS患者的三維MRI圖像大多為正常組和低度組,使得獲取的3D掩膜圖大多體積較小,從而導(dǎo)致提取的影像組學(xué)特征較于臨床特征差異性不夠。如表4與圖9的結(jié)果表明,臨床特征與影像組學(xué)特征分別包含了患者不同方面的特征信息,融合不同類型的特征信息能夠更全面地、更好地反映患者的整體特征,從而獲得更好的分類預(yù)測效果。

    3.3 數(shù)據(jù)平衡算法的分類性能比較

    為了更好地驗證類別不平衡分布對分類性能的影響,利用IABC-DEL模型對原始數(shù)據(jù)、5種平衡算法處理后數(shù)據(jù)進(jìn)行分級預(yù)測,結(jié)果如表5、圖10所示。Borderline-SMOTE平衡算法處理后,在5個指標(biāo)上IABC-DEL模型均可取得最優(yōu)的分類效果。其原因可能是該算法使用邊界上的少數(shù)類樣本合成新樣本的方法,更好地改善AIS患者各樣本的預(yù)后類別分布。在未平衡的原始數(shù)據(jù)上,因各類別分布的不均衡,使得正常組的Macro-AUC(91.18%)明顯高于低度組(77.71%)和中重度組(71.96%)。而在接受平衡后,這種預(yù)測偏差得到了有效降低。

    圖10 各種平衡模型的ROC曲線Fig.10 ROC curve of various balance methods

    表5 各種平衡方法的效果比較(融合特征和IABC-DEL)Table 5 Effect comparison of various balance methods(fusion feature and IABC-DEL) 單位:%

    3.4 與既往研究的分類性能比較

    表6為本文方法與既往經(jīng)典方法的性能進(jìn)行了比較結(jié)果,結(jié)果表明:IABC-DEL的Macro-AUC、ACC等分類性能明顯優(yōu)于既往方法,且既往5篇研究都是基于二分類結(jié)局。證明本文構(gòu)建的IABC-DEL模型對于AIS患者預(yù)后的NIHSS分類預(yù)測是有效的,通過特征融合與超參數(shù)尋優(yōu),使網(wǎng)絡(luò)模型具備更豐富的患者特征信息和更優(yōu)的預(yù)測性能。

    表6 與既往研究效果的比較Table 6 Comparison with previous studies

    在實際預(yù)測效果的比較中,既往研究的方法限制較大,對于分類性能的提升作用有限。如Alaka等[30]利用單一機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測AIS患者治療后的相關(guān)功能障礙,在內(nèi)部數(shù)據(jù)取得了65%~72%的AUC,在外部數(shù)據(jù)上取得了66%~71%的AUC。Wang等[7]利用AIS預(yù)后進(jìn)行二分類預(yù)測,取得了80%的AUC。這些方法往往使用單一數(shù)據(jù)或單一方法,或僅執(zhí)行了二分類預(yù)測,在預(yù)測過程中存在較多限制。

    4 結(jié)束語

    本文提出一種基于AIS特征融合的深度集成學(xué)習(xí)模型IABC-DEL,在特征融合、深度集成和超參數(shù)優(yōu)化等方面進(jìn)行了嘗試和創(chuàng)新。在特征融合方面,通過對臨床特征的卡方檢驗和獨熱編碼與對影像組學(xué)特征的歸一標(biāo)準(zhǔn)化處理和特征篩選,有效地消除特征量綱和數(shù)量級等問題,且選取對結(jié)局變量有重要意義的特征,為后續(xù)的模型構(gòu)建奠定基礎(chǔ)。在深度集成方面,本文利用Stacking的集成學(xué)習(xí)方式將三種強(qiáng)監(jiān)督學(xué)習(xí)器進(jìn)行了有效的結(jié)合,從而使模型準(zhǔn)確度得到了提升。在結(jié)果變量方面,本文執(zhí)行了AIS三分類預(yù)測,所得結(jié)果具有較高的準(zhǔn)確性,在臨床應(yīng)用中有較好的指導(dǎo)作用。同樣,本文研究存在著一些局限性,其不足之處在于數(shù)據(jù)為單中心收集,且模型的驗證為內(nèi)部驗證。未來,將獲取多中心數(shù)據(jù)集,并利用外部數(shù)據(jù)集進(jìn)行外部驗證。

    在臨床診療過程中,因醫(yī)療資源緊張、患者個體化差異大的特征,通過院前資料預(yù)測AIS患者的預(yù)后對臨床診治較為重要。結(jié)合實際,本文收集并提取了臨床與影像組學(xué)特征,利用特征融合、深度集成和超參數(shù)優(yōu)化等理念構(gòu)建了預(yù)后預(yù)測模型,旨在提升患者預(yù)后預(yù)測的精度,為臨床預(yù)測模型的構(gòu)建提供新的思路,對患者的臨床輔助診療和預(yù)后康復(fù)治療具有重要意義。未來,在擴(kuò)大醫(yī)院的收集范圍和增加搜集的樣本量外,本文還將考慮對搜集的醫(yī)學(xué)影像資料進(jìn)行自動分割,旨在降低人力成本,進(jìn)而自動化、精準(zhǔn)化、快捷化地完成預(yù)后預(yù)測任務(wù)。

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