基因組監(jiān)測(cè)促使巴西家禽沙門菌成為焦點(diǎn)

林子怡 譯自，2022 年6 月17 日

李紅 校

借助基因組測(cè)序技術(shù)，研究人員對(duì)集約化家禽生產(chǎn)對(duì)全球公共衛(wèi)生的影響有了更好了解。

研究人員對(duì)巴西雞群的沙門菌（Salmonella）進(jìn)行了基因組監(jiān)測(cè)，以了解巴西養(yǎng)雞業(yè)的發(fā)展對(duì)行業(yè)內(nèi)傳播的沙門菌的分布情況的影響。

1 人類、動(dòng)物和環(huán)境的健康

英國(guó)-巴西聯(lián)合研究表明，雖然目前巴西沙門菌對(duì)雞肉進(jìn)口國(guó)（如英國(guó)）沒(méi)有直接的健康風(fēng)險(xiǎn)，但對(duì)抗菌藥具有耐藥性。這凸顯了采取“生命共同體”理念的重要性，這一理念強(qiáng)調(diào)了人、動(dòng)物和環(huán)境健康之間的聯(lián)系，尤其是在評(píng)估全球食品供應(yīng)鏈時(shí)。

目前，巴西每年生產(chǎn)近1 400 萬(wàn)t 雞肉，是全球最大的雞肉出口國(guó)。此前已有研究表明，進(jìn)口到英國(guó)和歐盟成員國(guó)的雞肉中存在沙門菌。這些細(xì)菌是導(dǎo)致腹瀉病常見(jiàn)病因之一，它們也可能攜帶某些基因，使其對(duì)用于治療人類感染的抗生素產(chǎn)生耐藥性。

2 巴西家禽中沙門菌的調(diào)查

為了調(diào)查巴西家禽沙門菌感染情況及對(duì)食品安全的潛在風(fēng)險(xiǎn)，英國(guó)東英吉利大學(xué)（University of East Anglia）Quadram 研究所和巴西圣保羅大學(xué)（University of San Paulo）的研究人員對(duì)從巴西雞群中采集的沙門菌樣本進(jìn)行了基因組調(diào)查（作為時(shí)間跨度為7 年的細(xì)菌常規(guī)監(jiān)測(cè)的一部分）。研究人員將巴西出口到英國(guó)和其他歐洲國(guó)家的家禽產(chǎn)品中的沙門菌基因組與英國(guó)人和英國(guó)本土家禽的沙門菌基因組及世界各地?cái)?shù)百個(gè)沙門菌基因組進(jìn)行了序列比對(duì)。

該研究發(fā)現(xiàn)了數(shù)十種不同類型的沙門菌，其中海德堡株和明尼蘇達(dá)株最常見(jiàn)，比例為91%，而引起食物中毒的腸炎沙門菌（Salmonella Enteritidis）僅占樣本的2%。

3 可引發(fā)感染的沙門菌類型

研究團(tuán)隊(duì)與英國(guó)衛(wèi)生安全局合作，從15年前的樣本中研究了導(dǎo)致感染的沙門菌類型。大約每200 人中有1 人感染海德堡株或明尼蘇達(dá)株，其中一些人可能與國(guó)外旅行史有關(guān)。重要的是，將巴西海德堡株和明尼蘇達(dá)株的基因組與從世界各地收集和保存的其他菌株基因組進(jìn)行序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)，巴西沙門菌形成了一個(gè)與人類病例不同的獨(dú)特亞群。此外，研究團(tuán)隊(duì)與動(dòng)植物衛(wèi)生署（Animal and Plant Health Agency，APHA）的合作發(fā)現(xiàn)，在英國(guó)雞群中暫未發(fā)現(xiàn)相關(guān)的巴西沙門菌菌株。

Quadram 研究所的共同負(fù)責(zé)人Alison Mather 教授說(shuō)：“我們的發(fā)現(xiàn)表明，從巴西進(jìn)口的家禽產(chǎn)品中的沙門菌并未給英國(guó)消費(fèi)者造成重大疾病負(fù)擔(dān)。”

研究人員相信，巴西雞群中的新型沙門菌源自2006 年左右出現(xiàn)的一個(gè)共同祖先，可能與3 年前引進(jìn)的腸炎沙門菌疫苗有關(guān)。

巴西圣保羅大學(xué)的Andrea Mickie Moreno 教授及其同事補(bǔ)充道：“研究結(jié)果表明，對(duì)涉及動(dòng)物和人類的沙門菌等重要病原體的持續(xù)監(jiān)測(cè)，對(duì)了解在特定群體中實(shí)施的預(yù)防和控制方案的效果極其重要。”

在人類干預(yù)（如疫苗開(kāi)發(fā)）之后，沙門菌的主要血清型也發(fā)生了類似變化，這為其他研究人員進(jìn)一步研究創(chuàng)造了機(jī)會(huì)。研究人員發(fā)現(xiàn)，海德堡沙門菌和明尼蘇達(dá)沙門菌都攜帶一組特定基因，使其對(duì)不同種類的抗生素（如磺胺類、四環(huán)素類和雙內(nèi)酰胺類）產(chǎn)生耐藥性。這可能使這些類型的沙門菌在抗生素使用率較高的巴西家禽生產(chǎn)環(huán)境中具有競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。

第一作者Nabil-Fareed Alikhan 博士說(shuō)：“我們?cè)谶@個(gè)項(xiàng)目上的合作令人興奮。在大家的共同努力下，我們有了獨(dú)立的數(shù)據(jù)來(lái)判斷這些類型的沙門菌及其對(duì)整個(gè)食品生產(chǎn)鏈的影響?！?/p>

“巴西家禽業(yè)中腸道沙門菌和抗生素耐藥性動(dòng)態(tài)以及對(duì)全球公共健康的影響”(Dynamics ofSalmonella entericaand antimicrobial resistance in the Brazilian poultry industry and global impacts on public health) 這篇文章發(fā)表在PLOS Genetics雜志上，并得到生物技術(shù)和生物科學(xué)研究委員會(huì)、圣保羅研究基金會(huì)的支持。