“大數(shù)據(jù)基建”海量醫(yī)學(xué)信息變成“寶藏”

陳冰 黃祺

如果說(shuō)撬動(dòng)地球需要一個(gè)支點(diǎn)，要撬動(dòng)臨床研究，需要的不是一個(gè)單薄的支點(diǎn)，而是厚重、寬廣、堅(jiān)實(shí)、開放的大數(shù)據(jù)平臺(tái)。

2020年，上海申康醫(yī)院發(fā)展中心（以下簡(jiǎn)稱申康）啟動(dòng)第二輪“臨床創(chuàng)新三年行動(dòng)計(jì)劃”，其中一個(gè)重要的內(nèi)容是建立載體，其中“數(shù)字化臨床研究”基礎(chǔ)建設(shè)受到了醫(yī)療界廣泛的關(guān)注。

中國(guó)擁有龐大的患者群，作為醫(yī)療高地，上海每年吸引全國(guó)各地疑難疾病患者就醫(yī)。海量的診療數(shù)據(jù)和診療經(jīng)驗(yàn)如果沒(méi)有被收集和整理，就無(wú)法發(fā)揮它們?cè)谂R床科研上的價(jià)值。過(guò)去很多年，中國(guó)的醫(yī)院守著診療信息的“寶藏”，卻很少貢獻(xiàn)出世界級(jí)的臨床科研成果。

申康引導(dǎo)上海市級(jí)醫(yī)院進(jìn)行“大數(shù)據(jù)基建”，第二輪行動(dòng)計(jì)劃中將建設(shè)15個(gè)重大專病數(shù)據(jù)庫(kù)和生物樣本全息庫(kù)，以及30個(gè)特色專病數(shù)據(jù)庫(kù)。

“我們希望構(gòu)建一個(gè)服務(wù)于臨床研究和臨床質(zhì)量評(píng)價(jià)的真實(shí)世界數(shù)據(jù)庫(kù)，這些數(shù)據(jù)將為生物醫(yī)藥的研發(fā)提供臨床證據(jù)和線索?！鄙虾Ｉ昕滇t(yī)院發(fā)展中心市級(jí)醫(yī)院臨床研究促進(jìn)發(fā)展中心（以下簡(jiǎn)稱“臨促中心”）主任錢碧云在接受《新民周刊》采訪時(shí)表示。

“臨床研究”對(duì)于普通人而言是個(gè)高大上的詞語(yǔ)，但現(xiàn)實(shí)中，很多醫(yī)院里臨床研究信息化程度還比較低，不少臨床研究停留在手寫病歷、人工輸入信息的階段，未標(biāo)準(zhǔn)化的信息即便積累了不少，也并不能高效地為臨床研究服務(wù)。簡(jiǎn)單而言，很多臨床研究還停留在“半手工”狀態(tài)，信息記錄不規(guī)范、關(guān)鍵信息缺失、統(tǒng)計(jì)不規(guī)范等問(wèn)題普遍存在，海量的臨床信息最后并沒(méi)有體現(xiàn)出價(jià)值。

上海的一些高水平醫(yī)院從幾年前開始建設(shè)自己的臨床研究數(shù)據(jù)平臺(tái)，目的就是要建設(shè)好臨床研究的“基石”。

點(diǎn)開復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院信息與智能發(fā)展部的網(wǎng)站，幾個(gè)數(shù)據(jù)跳到眼前：互聯(lián)網(wǎng)醫(yī)院注冊(cè)用戶數(shù)110萬(wàn)+，數(shù)據(jù)中臺(tái)總數(shù)據(jù)量59.4億條，自研開放系統(tǒng)100+，本月信息化改造需求16，專病庫(kù)數(shù)量40+。信息與智能發(fā)展部由中山醫(yī)院院長(zhǎng)樊嘉院士和黨委書記汪昕教授擔(dān)任主任，可見(jiàn)這個(gè)部門在醫(yī)院發(fā)展中的重要性。

中山醫(yī)院信息與智能發(fā)展部規(guī)劃與管理中心主任助理王治勛向《新民周刊》介紹相關(guān)情況。王治勛是計(jì)算機(jī)專業(yè)人員，而中心幾十名專職工作人員中，很多人的專業(yè)背景都與大數(shù)據(jù)、信息工程、人工智能等相關(guān)。

中山醫(yī)院信息與智能發(fā)展部規(guī)劃與管理中心建立于2020年，目標(biāo)是落實(shí)院領(lǐng)導(dǎo)在數(shù)字化轉(zhuǎn)型上的戰(zhàn)略部署，通過(guò)數(shù)據(jù)中臺(tái)、業(yè)務(wù)中臺(tái)和知識(shí)中臺(tái)的建設(shè)，打通院內(nèi)各類信息資源，形成標(biāo)準(zhǔn)化、模塊化的數(shù)字化工具，支撐醫(yī)院高質(zhì)量發(fā)展。數(shù)據(jù)中臺(tái)建設(shè)的第一步是把過(guò)去用描述性語(yǔ)言存檔的病歷數(shù)據(jù)進(jìn)行結(jié)構(gòu)化的整理，這樣如果臨床研究需要提取某個(gè)信息，就可以通過(guò)搜索關(guān)鍵信息檢索到。

數(shù)據(jù)庫(kù)打通后，既減輕了臨床科室隨訪的工作負(fù)擔(dān)，也能更全面地獲得患者隨訪信息，有研究需求的人可以申請(qǐng)使用這些數(shù)據(jù)，同時(shí)減少了對(duì)患者生活的打擾。數(shù)據(jù)共享后，也給科研帶來(lái)了更多的深度研究的空間。

生物樣本信息庫(kù)的打通和共享是同樣的道理，信息整合要做的不僅是把原本各自獨(dú)立的各個(gè)生物樣本庫(kù)連通，而且還要將生物樣本信息與總體的大數(shù)據(jù)庫(kù)連通，醫(yī)院信息平臺(tái)進(jìn)行統(tǒng)一的管理。

中山醫(yī)院信息與智能發(fā)展部的信息平臺(tái)。

有了大數(shù)據(jù)庫(kù)后，課題研究者可以申請(qǐng)使用數(shù)據(jù)。王治勛做了一個(gè)形象的比喻，大數(shù)據(jù)平臺(tái)建立后為臨床研究帶來(lái)的改變，相當(dāng)于互聯(lián)網(wǎng)時(shí)代與過(guò)去不聯(lián)網(wǎng)的電腦PC時(shí)代的差別，在大數(shù)據(jù)平臺(tái)之上，臨床科研的質(zhì)量和速度都會(huì)大大提高。

他介紹，中山醫(yī)院的臨床研究大數(shù)據(jù)平臺(tái)建設(shè)得到了申康“臨促中心”在政策上和資金上的支持。而中山醫(yī)院參與的一些涉及到全市的多中心臨床研究，則更是必須依靠申康在市級(jí)層面建立的更大數(shù)據(jù)共享平臺(tái)才能實(shí)現(xiàn)。

近日，一套名為《臨床研究專病結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)集》的工具書出版，由申康組織編寫。臨床研究機(jī)構(gòu)拿到這套書，就可以按照指南生成標(biāo)準(zhǔn)化、模塊化的專病數(shù)據(jù)庫(kù)，為臨床研究打下基礎(chǔ)。

“專病庫(kù)”具體是什么意思？

海軍軍醫(yī)大學(xué)附屬長(zhǎng)海醫(yī)院，李兆申院士帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)建立了全國(guó)最大的慢性胰腺炎臨床信息庫(kù)和大樣本庫(kù)，希望通過(guò)全基因組測(cè)序方法，篩查發(fā)現(xiàn)中國(guó)特發(fā)性慢性胰腺炎患者特有的易感基因突變位點(diǎn)，確立我國(guó)漢族人群慢性胰腺炎基因突變的遺傳方式以及臨床特征，通過(guò)構(gòu)建針對(duì)中國(guó)漢族人群的高頻致病突變以及新易感基因突變小鼠模型，進(jìn)一步闡明我國(guó)慢性胰腺炎患者的發(fā)病機(jī)制，為藥物研發(fā)提供重要模型，最終為慢性胰腺炎患者的早期診斷、預(yù)后判斷、制定精準(zhǔn)治療方案提供依據(jù)。

這個(gè)慢性胰腺炎臨床信息庫(kù)就是“專病庫(kù)”的概念。

上海交大醫(yī)學(xué)院附屬仁濟(jì)醫(yī)院的專病庫(kù)，已經(jīng)形成了規(guī)模和特色。仁濟(jì)醫(yī)院臨床研究中心主任李佩盈告訴《新民周刊》，風(fēng)濕科是仁濟(jì)醫(yī)院的優(yōu)勢(shì)學(xué)科，30多年前，風(fēng)濕科就開始建設(shè)自己的專病庫(kù)，如紅斑狼瘡的患者長(zhǎng)期隨訪形成的病例數(shù)據(jù)，已經(jīng)成為臨床研究的“寶藏”，近年來(lái)風(fēng)濕科團(tuán)隊(duì)的多篇高水平臨床研究論文發(fā)表在醫(yī)學(xué)頂級(jí)學(xué)術(shù)期刊上，為風(fēng)濕疾病的診治提供了更多新的方法。

“我們過(guò)去常常羨慕國(guó)外研究者，他們利用幾千人、幾萬(wàn)人的大數(shù)據(jù)隊(duì)列，做出高水平的臨床研究成果。重要原因之一就是發(fā)達(dá)國(guó)家臨床研究專病庫(kù)的建設(shè)更早，他們的數(shù)據(jù)收集和整理早就實(shí)現(xiàn)了標(biāo)準(zhǔn)化、規(guī)范化，才能從數(shù)據(jù)中進(jìn)行總結(jié)研究。”李佩盈說(shuō)。

如今上海市級(jí)醫(yī)院正迎頭追趕。在仁濟(jì)醫(yī)院，如肝移植、腎移植、腎癌、紅斑狼瘡、炎癥性腸病等優(yōu)勢(shì)?？?，都建立了標(biāo)準(zhǔn)化的專病庫(kù)，這些科室本身患者數(shù)量多，診療水平高，疑難患者多，可以形成高水平的臨床研究專病大數(shù)據(jù)，為臨床科研提供支撐。

李佩盈介紹，研究者發(fā)起申請(qǐng)，通過(guò)審批后，就有資格拿到隱去了患者真實(shí)身份信息的“脫敏”數(shù)據(jù)，這些來(lái)自真實(shí)世界的數(shù)據(jù)就成為了研究者著手研究的基礎(chǔ)材料。

她介紹說(shuō)，申康從宏觀政策引導(dǎo)醫(yī)院建立優(yōu)勢(shì)學(xué)科的專病數(shù)據(jù)庫(kù)，以項(xiàng)目為抓手，引導(dǎo)醫(yī)院做好數(shù)據(jù)的收集和整理。臨床研究項(xiàng)目推進(jìn)的過(guò)程中，申康的數(shù)據(jù)工程專家還會(huì)進(jìn)行指導(dǎo)，幫助數(shù)據(jù)專家和臨床醫(yī)生之間的溝通?！叭绻麤](méi)有推動(dòng)的話，專業(yè)壁壘其實(shí)是很高的，數(shù)據(jù)專家聽(tīng)不懂醫(yī)生的話，醫(yī)生也聽(tīng)不懂?dāng)?shù)據(jù)專家的話。”

在申康的推動(dòng)下，近兩年，上海市級(jí)醫(yī)院臨床研究大數(shù)據(jù)平臺(tái)的建設(shè)快速推進(jìn)。相信未來(lái)中國(guó)的臨床研究者，一定能貢獻(xiàn)出世界級(jí)的成果。