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    權(quán)重初始化-滑動窗口CNN 的醫(yī)學(xué)圖像分類

    2022-08-16 12:21:38安鳳平李曉薇
    計(jì)算機(jī)與生活 2022年8期
    關(guān)鍵詞:分類數(shù)據(jù)庫融合

    安鳳平,李曉薇,曹 翔

    1.淮陰師范學(xué)院 物理與電子電氣工程學(xué)院,江蘇 淮安223300

    2.北京理工大學(xué) 信息與電子學(xué)院,北京100081

    隨著計(jì)算機(jī)和醫(yī)學(xué)影像領(lǐng)域的快速發(fā)展,電子計(jì)算機(jī)斷層掃描(computed tomography,CT)、磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)等醫(yī)學(xué)影像能夠在非介入的情況下反映人體內(nèi)部組織和器官的生理狀態(tài),已逐漸成為醫(yī)學(xué)研究、臨床診療以及手術(shù)規(guī)劃中不可或缺的重要工具。這些新技術(shù)在為醫(yī)學(xué)理論和醫(yī)療技術(shù)帶來進(jìn)步的同時(shí),也提出了新的問題,比如需要醫(yī)生對診斷結(jié)果進(jìn)行分類和處理等。圖像分類技術(shù)能夠在一定程度上對圖像內(nèi)容進(jìn)行自動理解,它可以對醫(yī)學(xué)圖像中的病灶區(qū)域進(jìn)行有效識別,可以協(xié)助醫(yī)生進(jìn)行高效診斷。但是,現(xiàn)實(shí)中的醫(yī)學(xué)圖像種類繁多,為了區(qū)分這些醫(yī)學(xué)圖像的類別信息,往往需要采用不同的處理和分析方法。目前,醫(yī)學(xué)圖像分類大多基于模式識別方法,然后利用分類模型對醫(yī)學(xué)圖像進(jìn)行識別和區(qū)分。根據(jù)分類模型訓(xùn)練方法的不同,一般可以將醫(yī)學(xué)圖像分類分為有監(jiān)督分類方法和無監(jiān)督分類方法。

    有監(jiān)督的分類方法是指提前給定樣本標(biāo)簽,通過帶標(biāo)簽的圖像特征訓(xùn)練分類模型,分類的類別通常都是預(yù)先指定的。主要的有監(jiān)督分類方法包括K近鄰算法、貝葉斯模型、邏輯回歸、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、支持向量機(jī)等。以基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的醫(yī)學(xué)圖像分類方法效果最佳,這是因?yàn)樯窠?jīng)網(wǎng)絡(luò)能夠解決圖像分類中小樣本、非線性可分等問題,并且分類精度和運(yùn)算時(shí)間都具有較大優(yōu)勢。Abbass提出了一種基于Pareto 差分進(jìn)化算法的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)用于乳腺癌WBCD(Wisconsin breast cancer database)數(shù)據(jù)集分類,獲得了比傳統(tǒng)的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)更好的分類性能。Karabatak 等人利用關(guān)聯(lián)規(guī)則進(jìn)行維度約減,將9 個(gè)特征約減為4 個(gè)特征,再用ANN(artificial neural network)進(jìn)行分類,在乳腺癌WBCD 數(shù)據(jù)集上其2 折交叉驗(yàn)證的準(zhǔn)確率達(dá)到90%。但是該類方法存在無法自適應(yīng)地匹配醫(yī)學(xué)圖像本身特征信息,導(dǎo)致分類效果在不同醫(yī)學(xué)圖像存在較大的差異性。

    無監(jiān)督的分類方法是在沒有預(yù)設(shè)樣本標(biāo)簽的前提下,根據(jù)樣本間的相似度自動劃分出不同類別,無監(jiān)督學(xué)習(xí)本質(zhì)上是一個(gè)聚類過程,常用的聚類算法如-means、模糊C 均值以及主成分分析(principal components analysis,PCA)等都是典型無監(jiān)督方法。比如2010 年,Juang 等人提出了利用具有均值聚類技術(shù)的顏色轉(zhuǎn)換分割算法。該方法能夠通過添加基于顏色的分割操作來解決磁共振成像(MRI)圖像中無法精確找到病變對象輪廓的問題。2004年,Zhang 等人提出了一種新的MRI 數(shù)據(jù)模糊分割算法,分割效果較好,但后面的識別準(zhǔn)確率較低。2012 年,Singh 等人提出了一種基于PCA 的自動分類MRI 圖像和自然圖像的方法,實(shí)驗(yàn)表明,分類精度達(dá)到91%。雖然該類方法實(shí)現(xiàn)比較簡單,在圖像識別和分類應(yīng)用取得了一定的效果,但是分類效果在不同醫(yī)學(xué)圖像分類和識別中存在較大差異問題,不能根據(jù)醫(yī)學(xué)圖像本身特性進(jìn)行良好的自適應(yīng)分類和識別。

    近年來,隨著深度學(xué)習(xí)理論的發(fā)展,基于深度學(xué)習(xí)的醫(yī)學(xué)圖像分類研究再度引起相關(guān)學(xué)者的高度關(guān)注。深度學(xué)習(xí)是有監(jiān)督和無監(jiān)督方法有機(jī)結(jié)合,它通常先利用無監(jiān)督學(xué)習(xí)訓(xùn)練深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),然后通過有監(jiān)督學(xué)習(xí)方法進(jìn)行微調(diào)。在深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)發(fā)展初期,醫(yī)療圖像識別側(cè)重于無監(jiān)督的預(yù)訓(xùn)練,如棧式自編碼器(stacked autoencoder,SAE)和RBM(restricted Boltzmann machine)。比如,2013 年Brosch 等人利用深度信念網(wǎng)絡(luò)用于神經(jīng)影像學(xué)的圖像分類。Plis 等人利用深度信念網(wǎng)絡(luò)和棧式自編碼器,基于腦磁共振成像診斷患者是否患有阿爾茨海默病。Cheng 等人利用SAE 進(jìn)行乳房超聲病灶和非結(jié)節(jié)的智能識別,性能與常規(guī)方法相比有顯著的提升。Kallenberg 等人利用卷積稀疏自編碼器從無標(biāo)簽的乳腺癌X 射線照片中提取特征,卷積稀疏自編碼器和經(jīng)典卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(convolutional neural networks,CNN)之間的主要區(qū)別是使用具有稀疏自動編碼器的無監(jiān)督預(yù)訓(xùn)練。近期對醫(yī)療圖像分類方法的研究主要集中在卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方面,這是因?yàn)樵擃惙椒ň哂休^高的自適應(yīng)能力和較好的效果。同時(shí),在實(shí)際的醫(yī)學(xué)影像中的分類任務(wù)通常指的是將醫(yī)學(xué)圖像的某個(gè)局部(先前識別的)分為兩個(gè)或多個(gè)類別。對于這類任務(wù),往往需要結(jié)合關(guān)于病變出現(xiàn)的局部信息和關(guān)于病變位置的全局上下文信息以更加精確分類。此類要求通過通用深度學(xué)習(xí)架構(gòu)是很難實(shí)現(xiàn)的。相關(guān)研究者嘗試?yán)枚嗑W(wǎng)絡(luò)分支架構(gòu)解決該問題。比如,2015 年,Shen 等人通過構(gòu)建三個(gè)CNN,每個(gè)都采用不同尺度的結(jié)節(jié)片作為輸入。然后將三個(gè)CNN 的輸出連接以形成最終特征向量。2016 年,Kawahara 等人嘗試?yán)枚喾种NN 對皮膚病變進(jìn)行分類,其中每個(gè)分支工作在不同的圖像分辨率上。2017 年,Esteva等人使 用129 450張臨床圖像的數(shù)據(jù)集對CNN 進(jìn)行模型訓(xùn)練,實(shí)驗(yàn)內(nèi)容為兩個(gè)二分類任務(wù):一個(gè)是角質(zhì)形成細(xì)胞癌與良性脂溢性角化病,另外一個(gè)是惡性黑素瘤與良性痣。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,CNN對皮膚癌的分類水平基本達(dá)到了皮膚科醫(yī)生的水平。2018年,針對乳腺癌晚期患者,Bidart等人利用全卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(fully convolutional neural networks,F(xiàn)CNN)設(shè)計(jì)了一種乳腺癌組織切片細(xì)胞核自動定位方法,并將乳腺癌組織切片的細(xì)胞核圖像分成淋巴細(xì)胞、良性上皮細(xì)胞和惡性上皮細(xì)胞三類,分類準(zhǔn)確率達(dá)到94.6%。綜上可知,深度學(xué)習(xí)理論在醫(yī)學(xué)圖像分類中得到了廣泛的應(yīng)用。但是醫(yī)療圖像與自然圖像特征不相同,比如病灶只占整個(gè)圖像的一小部分,而且病灶的發(fā)生對周圍的組織會產(chǎn)生影響等。如何根據(jù)這些特點(diǎn)構(gòu)建性能更優(yōu)異的CNN,獲得更高性能的醫(yī)療圖像智能分類結(jié)果,是一個(gè)需要解決的難題。同時(shí),由于網(wǎng)絡(luò)深度影響了卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的非線性建模能力,初始化不當(dāng)會導(dǎo)致深層網(wǎng)絡(luò)難以收斂,當(dāng)前還沒有較好的初始化方法。鑒于此,本文首先從網(wǎng)絡(luò)優(yōu)化角度出發(fā),通過優(yōu)化方法提高網(wǎng)絡(luò)的非線性建模能力,并可通過改善吸引域提高收斂后的解的泛化性能。進(jìn)而提出了一種新的網(wǎng)絡(luò)權(quán)重初始化方法,緩解了現(xiàn)有深度學(xué)習(xí)的初始化理論受限于非線性單元類型的問題,使得深層網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)可以有更多的選擇,增加了神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)處理不同視覺任務(wù)的潛力。同時(shí),為了充分利用醫(yī)學(xué)圖像的特性,本文針對多列卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的框架進(jìn)行了研究。首先,通過改變卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)不同層次的特征圖數(shù)量和卷積核的大小,構(gòu)造了不同結(jié)構(gòu)的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,以更好地適應(yīng)待處理醫(yī)學(xué)圖像的醫(yī)學(xué)特性;然后,不同的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型分別在同一個(gè)數(shù)據(jù)集上進(jìn)行訓(xùn)練;最后,訓(xùn)練得到的異構(gòu)多列卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)再通過本文提出的一種自適應(yīng)的滑動窗口融合機(jī)制,共同完成醫(yī)學(xué)圖像的分類任務(wù),實(shí)現(xiàn)醫(yī)學(xué)圖像的自適應(yīng)、高精度分類?;谏鲜鏊枷?,本文提出了一種基于權(quán)重初始化-多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)滑動窗口融合的醫(yī)學(xué)分類算法。

    1 基于自適應(yīng)泰勒的深度學(xué)習(xí)模型權(quán)重初始化方法

    醫(yī)學(xué)圖像的分類問題本質(zhì)上就是特征提取后再進(jìn)行識別的問題。雖然淺層網(wǎng)絡(luò)能夠?qū)崿F(xiàn)識別系統(tǒng)中輸入到輸出的復(fù)雜非線性變換,但需要極高計(jì)算復(fù)雜度才能達(dá)到與深層網(wǎng)絡(luò)相近的非線性表示能力。因此,在一定計(jì)算復(fù)雜度的條件下,增加網(wǎng)絡(luò)深度是解決醫(yī)學(xué)圖像分類問題的最可靠方法。然而深層網(wǎng)絡(luò)的優(yōu)化是深度學(xué)習(xí)中的難題,尤其是初始化不當(dāng)引起的梯度爆炸問題?,F(xiàn)有方法中,MSRA(Microsoft research lab Asia)法具有良好的收斂性和泛化性能,不足之處是受限于特定的網(wǎng)絡(luò)類型;高斯初始化不需要特定的網(wǎng)絡(luò)類型,但是其網(wǎng)絡(luò)收斂性和泛化能力不足。鑒于此,本章提出新的初始化方法,旨在通過優(yōu)化技術(shù)來提高模型的收斂性和泛化能力。本文提出的初始化方法將會結(jié)合上述兩類方法的優(yōu)點(diǎn),避免其不足。本文所提初始化方法是MSRA方法的延伸和擴(kuò)展,因此本章將分為MSRA 方法介紹和本文方法闡述兩部分。

    1.1 MSRA 方法

    對于第個(gè)卷積層,其輸出中的某個(gè)像素y可以表示為:

    其中,y是一個(gè)隨機(jī)變量,wx是相互獨(dú)立的隨機(jī)向量。偏置項(xiàng)b以0 進(jìn)行初始化。接下來考察y方差和y方差的關(guān)系。

    式中,k表示卷積核大小,c是卷積層輸入的通道數(shù)。 wx是相互獨(dú)立的隨機(jī)變量。式(4)的成立條件是式(3)中的隨機(jī)向量w中的元素和x中的元素均是獨(dú)立同分布的。當(dāng)w以0 均值初始化,那式(4)可以轉(zhuǎn)化為下式:

    對于不同類型的非線性單元,式(6)會得到不同的解,不同的解對應(yīng)了不同的初始化方法。對于Sigmoid 非線性,式(6)可以調(diào)整為下式:

    文獻(xiàn)[43-46]在式(7)的基礎(chǔ)上假定原點(diǎn)附近xy是線性關(guān)系,此時(shí)可以得到Xavier 初始化方法。對于ReLU 非線性,式(6)可以調(diào)整為下式:

    He 等利用式(8)將Xavier 初始化推廣到ReLU網(wǎng)絡(luò)。

    1.2 自適應(yīng)泰勒初始化方法

    將式(7)代入式(5)可得到適用于Sigmoid 網(wǎng)絡(luò)的Xavier初始化方法,同理將式(8)代入式(5)可得到適用于ReLU 網(wǎng)絡(luò)的MSRA 初始化方法??梢?,初始化的解析解是xy關(guān)系的函數(shù)。但是,如果式(6)的展開式存在高次項(xiàng),式(5)將難以求解。因此,當(dāng)前主流的初始化方法在理論上不適用于ReLU 和Sigmoid以外其他類型的網(wǎng)絡(luò)。針對這一問題,本文通過引入泰勒公式提出了一種更加通用性的初始化方法。

    根據(jù)Gulcehre 等對非線性單元的定義,非線性單元是一個(gè)由實(shí)數(shù)空間到實(shí)數(shù)空間的映射,且?guī)缀跆幪幙蓪?dǎo),即:R →R,為了推導(dǎo)方便,定義非線性單元為下列函數(shù):

    其中,為非線性單元的輸出,為非線性單元的輸入,且滿足在∈R 內(nèi)幾乎處處可導(dǎo)。假設(shè)∈R內(nèi)存在一點(diǎn),使得()=0,根據(jù)定義在處具有至少一階導(dǎo)數(shù)或下梯度存在,對在=處進(jìn)行≥1 階泰勒展開有:

    通過觀察式(5)可以發(fā)現(xiàn),當(dāng)式(10)中的階數(shù)為2 時(shí),該方程難以求解。為了解決這一問題,本節(jié)利用泰勒公式對非線性單元做近似計(jì)算,取式(10)中≤1 的線性項(xiàng)。雖然這種方法會引入一定的誤差,但該誤差在初始化階段是可以忽略的。根據(jù)定義,若在=處連續(xù)且可導(dǎo),則式(10)可以簡化為下式:

    若在=處連續(xù)不可導(dǎo)但下梯度存在(比如ReLU),則有:

    式(11)可以看作式(12)的特例,因此本文基于式(13)進(jìn)行推導(dǎo)。

    若′()=′()=0,則=(),任意∈R 。這表明非線性單元的輸出恒為常數(shù)。這將導(dǎo)致卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)失去判別力,因而需排除這種情況。

    式(16)描述了相鄰卷積層的輸出方差之間的關(guān)系,考慮第層的輸出方差與第1 層的輸出方差之間的關(guān)系如下:

    從式(17)可以看出,Var(y)的大小與是指數(shù)上升的關(guān)系。而且,對非線性單元:R →R,如果不存在點(diǎn),使得()=0,則當(dāng)很大時(shí),Var(y)也將是一個(gè)很大的數(shù),從而導(dǎo)致Softmax 層的輸出溢出,網(wǎng)絡(luò)無法收斂。對于大部分非線性單元而言,通常設(shè)計(jì)其函數(shù)過原點(diǎn),即:

    不妨取=0,即在=0 處對做泰勒展開。此時(shí)的初始化值也變?yōu)?,那么式(17)可以簡化為:

    將上式代入式(18)可得:

    通過式(21),如果卷積層參數(shù)的方差滿足上述關(guān)系,則前向傳遞過程中輸入信號的幅值不會發(fā)散或消失,這進(jìn)一步保證了后向傳遞過程中梯度流的合理。通過上述分析,得出本文提出的自適應(yīng)泰勒初始化方法為:

    綜上所述,Xavier 初始方法基于非線性單元在原點(diǎn)處是線性函數(shù)的假設(shè),因此適用于Sigmoid 網(wǎng)絡(luò);MSRA 初始化方法將Xavier 初始化理論推廣到ReLU/PReLU 網(wǎng)絡(luò),但理論上不適用于其他類型的網(wǎng)絡(luò)。雖然LSUV(layer sequence unit variance)初始化是通用性的方法,但基于數(shù)據(jù)驅(qū)動,無法求得解析解且計(jì)算速度較慢。本文提出了自適應(yīng)泰勒初始方法,緩解了現(xiàn)有初始化理論受限于非線性單元類型的問題,與其他方法相比,有較強(qiáng)的通用性且能求得解析解。

    2 基于多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的滑動窗口融合方法

    為了使卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)更多地融合醫(yī)學(xué)圖像自身特征信息,本章從網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和網(wǎng)絡(luò)融合兩方面對卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行進(jìn)一步的研究。在網(wǎng)絡(luò)構(gòu)成上,本章主要研究卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的多層特性,也即通過構(gòu)建不同網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)模型對同一醫(yī)學(xué)圖像進(jìn)行差別化學(xué)習(xí),從而提高整個(gè)網(wǎng)絡(luò)的泛化性能。同時(shí),對于多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,本章提出了一種基于滑動窗口的多層網(wǎng)絡(luò)融合方法,該方法能夠?qū)Χ鄬泳W(wǎng)絡(luò)的分類結(jié)果進(jìn)行靈活的選擇,優(yōu)化多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的融合過程,提高醫(yī)學(xué)圖像分類精度。

    2.1 多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)

    通過結(jié)構(gòu)不同的多個(gè)卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)可以組成多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),該多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的示意圖如圖1 所示。

    圖1 本文所提的多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖Fig.1 Structure diagram of multi-layer convolutional neural network proposed in this paper

    在卷積過程中,卷積層對模型影響如下:(1)卷積核的大小決定感受野的尺度,也影響特征信息的多少;(2)卷積核的數(shù)目決定特征信息豐富程度。鑒于此,本節(jié)通過構(gòu)建卷積核大小以及特征圖數(shù)目不同的多個(gè)卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),而后利用各個(gè)卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行訓(xùn)練,從而實(shí)現(xiàn)通過不同的網(wǎng)絡(luò)模型結(jié)構(gòu)擬合訓(xùn)練數(shù)據(jù)集的目的。最終,融合多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)得到最后輸出結(jié)果,以便獲得較優(yōu)分類精度。

    2.2 多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的滑動窗口融合方法

    文獻(xiàn)[32]提出了針對輸入圖像進(jìn)行不同的預(yù)處理而帶來網(wǎng)絡(luò)模型的多樣性,但本文與文獻(xiàn)[32]的思想不同,本文多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)多樣性是由于該模型中蘊(yùn)含多個(gè)結(jié)構(gòu)不同的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。

    一般的分類器融合方法主要有:最小規(guī)則(min rule)、最大規(guī)則(max rule)、平均規(guī)則(average rule)以及乘積規(guī)則(product rule)等。該類方法功能單一,局限性較大。故本文提出了一種全新的基于滑動窗口的分類器融合方法。該方法是一般分類器融合方法的普遍化拓展。它比傳統(tǒng)的分類器融合方法更靈活和一般化。

    本文以10 層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)為例,對滑動窗口融合方法進(jìn)行描述。該方法的基本流程如圖2 所示。

    圖2 多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)滑動窗口融合示意圖Fig.2 Schematic diagram of sliding window fusion of multi-layer convolutional neural network

    對于一個(gè)輸入的醫(yī)學(xué)圖像,經(jīng)過各層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行前向傳導(dǎo)之后,1 到10 為各層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)針對某個(gè)類別的分類概率。上述概率由低到高排序,然后一個(gè)滑動窗口被運(yùn)用到經(jīng)過排序后的分類概率分布中產(chǎn)生最終的分類結(jié)果。該過程主要完成以下工作:

    (1)確定哪些網(wǎng)絡(luò)的分類結(jié)果會融入到后續(xù)結(jié)果當(dāng)中,該功能通過窗口的起始位置和選取范圍確定。

    (2)確定選定分類結(jié)果的融合方式,該功能通過參數(shù)Operation 來確定。在實(shí)際的網(wǎng)絡(luò)融合過程中,滑動窗口融合相比于傳統(tǒng)的單一融合方式更靈活。融合過程如下:

    ①參數(shù)說明

    對于輸入層,(,)表示第列卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)對第個(gè)類別的預(yù)測概率;表示滑動窗口的起始位置(Start);表示滑動窗口的范圍(Range);表示滑動窗口的操作(Operation,可以設(shè)置為“Sum”和“Product”)。對于輸出層,()表示滑動窗口融合后對第個(gè)類別的預(yù)測概率。

    ②卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的列數(shù):←(,1)。

    ③預(yù)測的類別數(shù):←(,2)。

    ④對于類別從1 到做循環(huán)處理,將多列卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測拼接成一個(gè)向量←[(1,),(2,),…,(,)],對向量中的元素進(jìn)行排序t←(,1)。

    ⑤當(dāng)==Sum,()←從t()開始往后個(gè)元素累加;==Product,()←從t()開始往后個(gè)元素累乘。

    注意:對于t的索引超出時(shí),則從t(1)開始索引。

    Product 表示對所有經(jīng)過滑動窗口選擇的概率相乘得到最終分類概率:

    通過調(diào)整滑動窗口融合參數(shù)后,該方法會轉(zhuǎn)變?yōu)槠渌诸惼鞣椒?,具體如表1 所示。

    表1 滑動窗口融合方法的特例Table 1 Special cases of sliding window fusion method

    該融合方法涉及的參數(shù)(,,)通過窮盡與訓(xùn)練方式得到。窮盡方式雖然理論上可以得到最好的分類效果,但是存在以下缺點(diǎn):(1)窮盡方式得到參數(shù)所采用的算法復(fù)雜度大,記為(),其中是卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型的數(shù)量;(2)窮盡方式可以對已知數(shù)據(jù)測試效果較好,對未知數(shù)據(jù)測試效果較差。因此,窮盡方式不能滿足實(shí)際的測試要求。訓(xùn)練方式是得到在訓(xùn)練集上所有參數(shù)組合,最后找到最優(yōu)參數(shù)進(jìn)行相關(guān)測試。其復(fù)雜度仍為(),但是測試的復(fù)雜度降低為(1)。使用訓(xùn)練的方式得到方法的相關(guān)參數(shù),它有利于提高方法的通用性和普適性。因此,本文使用該方式得到相關(guān)參數(shù)。

    3 基于權(quán)重初始化-多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)滑動窗口融合的醫(yī)學(xué)分類算法

    基于上述內(nèi)容,本章構(gòu)建基于權(quán)重初始化-多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)滑動窗口融合的醫(yī)學(xué)分類算法。首先建立一個(gè)較優(yōu)的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)權(quán)重初始化方法,旨在通過優(yōu)化技術(shù)來提高模型的收斂性和泛化能力。避免由于權(quán)重初始化問題導(dǎo)致卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)出現(xiàn)梯度消失等問題;而后該權(quán)重初始化方法引入到本文第2 章縮減了的多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)滑動窗口融合模型當(dāng)中,從而提升多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)滑動窗口融合模型的自適應(yīng)能力和泛化能力;最后建立基于權(quán)重初始化-多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)滑動窗口融合的醫(yī)學(xué)分類算法。所提出醫(yī)學(xué)圖像分類算法的基本流程圖如圖3所示,它的基本步驟如下:

    圖3 本文所提醫(yī)學(xué)分類算法基本流程圖Fig.3 Basic flow chart of medical classification algorithm proposed in this paper

    (1)首先對醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)進(jìn)行去噪等預(yù)處理。

    (2)利用本文提出的自適應(yīng)泰勒權(quán)重初始化方法進(jìn)行卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)權(quán)重初始化,因?yàn)楸疚奶岢龅木矸e神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)權(quán)重初始化方法能夠有效緩解現(xiàn)有初始化理論受限于非線性單元類型的問題,與其他方法相比,有較強(qiáng)的通用性且能求得解析解,從而提升卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型的自適應(yīng)能力和泛化能力,進(jìn)而更多地獲取醫(yī)學(xué)圖像特征信息。

    (3)為了改善單個(gè)卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)無法完整獲取醫(yī)學(xué)圖像的復(fù)雜特征信息,本文通過構(gòu)建不同的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)對同一個(gè)醫(yī)學(xué)圖像的特征進(jìn)行有差異化的學(xué)習(xí),從而提高整個(gè)網(wǎng)絡(luò)的泛化性能。同時(shí),針對多層網(wǎng)絡(luò)的融合,提出了一種滑動窗口融合機(jī)制,實(shí)現(xiàn)對多層網(wǎng)絡(luò)的分類結(jié)果進(jìn)行靈活的選擇,優(yōu)化多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的融合過程,提高醫(yī)學(xué)圖像分類精度。

    (4)將步驟(2)的方法引入到步驟(3)當(dāng)中,進(jìn)而通過步驟(1)~(3)建立基于權(quán)重初始化-多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)滑動窗口融合的醫(yī)學(xué)分類算法,利用該醫(yī)學(xué)圖像分類算法對相關(guān)實(shí)例進(jìn)行分析,得到分類結(jié)果。

    4 實(shí)例分析

    4.1 乳腺腫塊分類實(shí)驗(yàn)

    本實(shí)驗(yàn)所用乳腺腫塊圖像數(shù)據(jù)集是由南佛羅里達(dá)大學(xué)發(fā)布的乳腺鉬靶X光圖像數(shù)據(jù)集DDSM(digital database for screening mammography)。該數(shù)據(jù)集包含了乳腺腫塊良惡性的類別標(biāo)簽和像素級別精度的病變區(qū)域標(biāo)注信息。具體實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)設(shè)置如下:數(shù)據(jù)集中的600 幅圖像(分別有300 幅良性腫塊圖像和300 幅惡性腫塊圖像)分別按照60%、40%的比例將乳腺腫塊數(shù)據(jù)劃分為訓(xùn)練集和測試集。每個(gè)集合中的良性腫塊和惡性腫塊的數(shù)目相同。

    為了驗(yàn)證本文方法的有效性,本文選擇多次隨機(jī)劃分?jǐn)?shù)據(jù)集的平均分類準(zhǔn)確率(100 次隨機(jī)劃分的平均結(jié)果)作為實(shí)際測試結(jié)果,并與主流方法(其中文獻(xiàn)[48]是機(jī)器學(xué)習(xí)分類方法,文獻(xiàn)[49-50]均為優(yōu)化CNN 方法)進(jìn)行對比。具體測試結(jié)果如表2 所示。

    表2 不同方法分類精度對比Table 2 Comparison of classification accuracy of different methods

    表2 給出了不同分類方法的乳腺腫塊良惡性分類結(jié)果,通過表2 可知,本文所提的基于權(quán)重初始化-滑動窗口融合卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的醫(yī)學(xué)圖像分類方法獲得了較好的效果。本文方法比文獻(xiàn)[48]分類精度高2.8 個(gè)百分點(diǎn),說明本文方法較傳統(tǒng)的機(jī)器學(xué)習(xí)方法具有明顯的優(yōu)勢。本文方法比傳統(tǒng)CNN 精度高1.7個(gè)百分點(diǎn),這說明本文方法較傳統(tǒng)CNN 方法具有一定的優(yōu)勢。本文方法得到的分類精度比文獻(xiàn)[49-50]方法分別高1.5 個(gè)百分點(diǎn)和1.1 個(gè)百分點(diǎn),這也從側(cè)面驗(yàn)證了本文所提的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法要優(yōu)于其他主要優(yōu)化卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法。為了更好地說明本文方法為何優(yōu)于其他卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法,下面就本文方法的理論及實(shí)際計(jì)算思路進(jìn)行解釋和說明。

    本文方法對乳腺腫塊圖像進(jìn)行可視化處理,得到的原始乳腺腫塊圖像灰度特征、CNN 特征表示層獲得的腫塊特征和特征變換后的CNN 特征進(jìn)行了特征向量可視化分布,結(jié)果如圖4 所示。圖中,(a)~(c)分別代表腫塊圖像原始灰度特征、CNN 特征表示網(wǎng)絡(luò)層的特征向量和經(jīng)過本文方法處理后的網(wǎng)絡(luò)層特征的可視化結(jié)果。每幅圖中,黃色和藍(lán)色的點(diǎn)分別代表良性腫塊圖像樣本和惡性腫塊圖像樣本。通過比較圖中的不同層特征分布的可視化結(jié)果,可以知道,本文采用的CNN 特征和經(jīng)過多層滑動轉(zhuǎn)換后的特征大幅提升原始良惡性乳腺腫塊圖像間的區(qū)分性。此外,對比網(wǎng)絡(luò)層代表的未經(jīng)過大間隔度量學(xué)習(xí)層轉(zhuǎn)換的CNN 特征表示,可以發(fā)現(xiàn)大間隔度量學(xué)習(xí)層能將原始乳腺腫塊圖像CNN 特征轉(zhuǎn)換到類內(nèi)分布更緊湊、類間分布更離散的新特征空間,使得不同類別腫塊在特征空間中的可區(qū)分性更強(qiáng),保證具有該特性的腫塊圖像特征分布更有利于分類準(zhǔn)確率的提升。

    圖4 乳腺腫塊特征可視化分布Fig.4 Visualized distribution of breast mass features

    4.2 腦腫瘤組織分類實(shí)驗(yàn)

    本實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)源自北京大學(xué)第三醫(yī)院,它包含12名腦腫瘤患者的腦部MRI 橫斷面圖像。所有圖像都進(jìn)行格式、降噪等預(yù)處理,再由神經(jīng)外科和影像科醫(yī)生生動描繪出腦腫瘤真值區(qū)域,將其作為訓(xùn)練樣本標(biāo)簽及對比實(shí)驗(yàn)參照標(biāo)準(zhǔn)。同時(shí),由于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型訓(xùn)練需要大量樣本,為了擴(kuò)大訓(xùn)練樣本數(shù)量和測試本文方法對不同腦腫瘤圖像進(jìn)行分類的結(jié)果,實(shí)驗(yàn)中通過留一法進(jìn)行十折交叉驗(yàn)證。對于所測試的12 幅腦腫瘤MRI 圖,每次選取11 幅圖像進(jìn)行訓(xùn)練,另外1 幅圖像作為測試集,每次實(shí)驗(yàn)中收集的訓(xùn)練樣本和測試樣本數(shù)目如表3 所示。

    表3 每次實(shí)驗(yàn)樣本情況Table 3 Sample situation for each experiment

    實(shí)驗(yàn)中,首先對本文提出的基于權(quán)重初始化-滑動窗口融合卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的腦腫瘤組織分類方法進(jìn)行測試。為了驗(yàn)證本文方法的有效性,將本文方法與傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)方法、其他深度學(xué)習(xí)方法進(jìn)行比較。所有的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)及實(shí)驗(yàn)環(huán)境均保持一致,相關(guān)參數(shù)設(shè)置均通過尋優(yōu)法獲得,腦腫瘤組織分類結(jié)果的準(zhǔn)確率如表4 所示。

    表4 腦腫瘤組織分類結(jié)果對比Table 4 Comparison of classification results of brain tumor tissues %

    通過表4 可知,傳統(tǒng)的機(jī)器學(xué)習(xí)方法SVM 準(zhǔn)確率僅為88.19%,這是因?yàn)镾VM 屬于小樣本訓(xùn)練、測試方法,相對大樣本來說,它的效果不如深度學(xué)習(xí)方法。傳統(tǒng)的CNN 方法平均分類準(zhǔn)確率為91.12%,較SVM 方法提升了將近3 個(gè)百分點(diǎn),這也充分說明了深度學(xué)習(xí)方法較傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)方法具有較大的優(yōu)勢。文獻(xiàn)[51]提出的優(yōu)化CNN 方法的平均分類準(zhǔn)確率為93.67%,它不僅遠(yuǎn)高于傳統(tǒng)SVM 方法,也高于傳統(tǒng)CNN 方法。這是因?yàn)樵摲椒ㄔ谝欢ǔ潭壬弦种屏司矸e神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)存在的過擬合問題,故取得了較好分類效果。本文方法得到的平均分類準(zhǔn)確率達(dá)到95.71%,在12 例腦腫瘤患者M(jìn)RI 樣本的圖像塊分類任務(wù)中,都取得最高的準(zhǔn)確率,尤其是在分類難度較高的2 號樣本、11 號樣本和12 號樣本中體現(xiàn)了較為突出的優(yōu)勢,它充分驗(yàn)證了本文方法在大幅度提升分類準(zhǔn)確率的同時(shí),也具有良好的穩(wěn)定性和魯棒性。這是因?yàn)楸疚姆椒軌蜉^好地解決卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)存在的權(quán)重初始化和過擬合等問題,所以該模型結(jié)構(gòu)能夠充分發(fā)揮深度學(xué)習(xí)方法的優(yōu)勢,故分類效果最高。此外,這四類方法在運(yùn)算速度上,本文方法較其他深度學(xué)習(xí)方法更優(yōu),與其他機(jī)器學(xué)習(xí)方法處于一個(gè)計(jì)算量級上。也就是說本文方法較其他深度學(xué)習(xí)方法的復(fù)雜度要低,與其他機(jī)器學(xué)習(xí)方法復(fù)雜度差異不大。

    4.3 醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫分類實(shí)驗(yàn)

    為了進(jìn)一步驗(yàn)證本文所提算法對醫(yī)學(xué)圖像的分類效果,本節(jié)將對兩個(gè)公開的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(TCIA-CT數(shù)據(jù)庫和OASIS-MRI 數(shù)據(jù)庫)進(jìn)行分類測試,并與主流圖像分類算法進(jìn)行對比分析。

    (1)數(shù)據(jù)庫介紹及測試過程說明

    TCIA-CT 數(shù)據(jù)庫是美國國家癌癥研究院和華盛頓大學(xué)聯(lián)合建立的開源數(shù)據(jù)庫。按照文獻(xiàn)[54]中的設(shè)置,本文獲得與DICOM 圖像類型相同的TCIA-CT數(shù)據(jù)庫,它將用于本節(jié)的實(shí)驗(yàn)測試,部分圖片示例如圖5 所示。本文從數(shù)據(jù)庫中選擇604 張結(jié)腸影像圖片。而且,該TCIA-CT數(shù)據(jù)庫包含了8類結(jié)腸圖片,各自數(shù)量分別是52、45、52、86、120、98、74和85張。本文使用基于數(shù)據(jù)增強(qiáng)策略來完善該數(shù)據(jù)庫,獲得了988張圖像的訓(xùn)練數(shù)據(jù)集和218 張圖像的測試數(shù)據(jù)集。

    圖5 TCIA-CT 數(shù)據(jù)庫部分示例圖片F(xiàn)ig.5 Some sample pictures of TCIA-CT database

    OASIS-MRI 數(shù)據(jù)庫是被OASIS 機(jī)構(gòu)創(chuàng)立的核磁共振生物醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫包含了416 位來自18 歲到96 歲的個(gè)體。為此,本文將其分為四個(gè)類別,每個(gè)類別分別包含了152、121、88 和68 張圖像,示例圖片如圖6 所示。這四個(gè)類別的圖像分類難度大,即使人眼觀察也存在困難,更何況使用計(jì)算機(jī)進(jìn)行此數(shù)據(jù)庫的分類。針對這個(gè)數(shù)據(jù),本文根據(jù)相同的數(shù)據(jù)選擇和數(shù)據(jù)增強(qiáng)方法,構(gòu)成了498 張圖像的訓(xùn)練集和86 張圖像的測試集。

    圖6 OASIS-MRI數(shù)據(jù)庫部分示例圖片F(xiàn)ig.6 Some sample pictures of OASIS-MRI database

    (2)分類結(jié)果與分析

    使用本文提出的分類算法與其他主流圖像分類算法分別對上述兩個(gè)醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析,再對分類結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì),統(tǒng)計(jì)結(jié)果如表5 所示。

    表5 不同算法在醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)庫的分類精度Table 5 Classification accuracy of different algorithms in medical image database %

    通過表5 可知,本文提出的基于權(quán)重初始化-滑動窗口融合卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的醫(yī)學(xué)圖像分類算法相比傳統(tǒng)分類算法、其他深度學(xué)習(xí)算法,分類精度具有較為明顯的優(yōu)勢。同時(shí),本文方法在兩個(gè)醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)庫中的表現(xiàn)都比較穩(wěn)定,分類結(jié)果也很準(zhǔn)確。具體來看,表中前三個(gè)傳統(tǒng)分類算法主要是將圖像特征提取和分類分開成兩個(gè)步驟,然后組合而成用于醫(yī)學(xué)圖像的分類。而后面三個(gè)對應(yīng)的深度學(xué)習(xí)算法可以將特征提取和分類過程統(tǒng)一到一個(gè)整體里面完成對應(yīng)測試。總體上來說,一體化的分類算法取得分類結(jié)果的魯棒性和精度都要高于組合式的傳統(tǒng)方法。這也是深度學(xué)習(xí)圖像分類算法整體高于傳統(tǒng)圖像分類方法的主要原因。

    具體地,對于TCIA-CT 數(shù)據(jù)庫中的表現(xiàn),只有本文算法獲得了最好的分類結(jié)果。而其他特征對應(yīng)的三個(gè)算法的分類精度明顯較低。而另外兩個(gè)對比的深度模型DeepNet1 和DeepNet3 對應(yīng)方法的結(jié)果還比較滿意,雖然不能取得100%的分類結(jié)果,但是相比傳統(tǒng)方法具有較大優(yōu)勢。對于最難分類的OASISMRI 數(shù)據(jù)庫,可以發(fā)現(xiàn)所有的深度模型算法的效果明顯好于傳統(tǒng)類型的算法,這就表明了自動學(xué)習(xí)深度特征應(yīng)用于醫(yī)學(xué)圖像分類任務(wù)上的精度高于人工設(shè)計(jì)的圖像特征。之前在TCIA-CT 數(shù)據(jù)庫分類中表現(xiàn)不錯(cuò)的HOG+KNN、HOG+SVM 和LBP+SVM 算法,在OASIS-MRI 數(shù)據(jù)庫分類中得到的分類結(jié)果較差,尤其是LBP+SVM算法,只有57.5%的分類準(zhǔn)確率。

    總之,傳統(tǒng)分類算法在醫(yī)學(xué)圖像分類任務(wù)中存在分類精度不高和穩(wěn)定性差的缺點(diǎn),說明這種組合式的傳統(tǒng)分類方法對于生物醫(yī)學(xué)圖像分類而言效果不好,即使包含了出色人工設(shè)計(jì)特征描述子和流行的機(jī)器學(xué)習(xí)分類器。而且,深度分類算法在其中三個(gè)醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)庫(這三個(gè)醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)庫是醫(yī)學(xué)不同方向的成像圖像,也就是說這三個(gè)醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)庫代表不同類型的醫(yī)學(xué)圖像,所蘊(yùn)含的醫(yī)學(xué)圖像特征信息存在較大的差異性)中的分類精度明顯地優(yōu)于傳統(tǒng)分類算法,這也從側(cè)面證明了深度學(xué)習(xí)模型所具有的優(yōu)勢。此外,本文提出的基于權(quán)重初始化-滑動窗口融合卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的醫(yī)學(xué)圖像分類算法,相比其他提出的深度分類算法DeepNet1 和DeepNet3,可以得到最好的分類表現(xiàn)。這是因?yàn)楸疚奶岢龅纳疃葘W(xué)習(xí)模型不但解決了模型權(quán)重初始化問題,而且還解決了深度學(xué)習(xí)模型中多層關(guān)聯(lián)的問題。

    5 結(jié)論

    本文從網(wǎng)絡(luò)優(yōu)化角度出發(fā),通過優(yōu)化方法提高網(wǎng)絡(luò)的非線性建模能力,并通過改善吸引域提高收斂后的解的泛化性能,進(jìn)而提出了一種新的網(wǎng)絡(luò)權(quán)重初始化方法,緩解了現(xiàn)有深度學(xué)習(xí)的初始化理論受限于非線性單元類型的問題,使得深層網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)可以有更多的選擇,增加了神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)處理不同視覺任務(wù)的潛力。同時(shí),為了充分利用醫(yī)學(xué)圖像的特性,本文對多列卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的框架進(jìn)行深入研究。首先,通過改變卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)不同層次的特征圖數(shù)量和卷積核的大小,構(gòu)造了不同結(jié)構(gòu)的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,以更好地適應(yīng)待處理醫(yī)學(xué)圖像的醫(yī)學(xué)特性;然后,不同的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型分別在同一個(gè)數(shù)據(jù)集上進(jìn)行訓(xùn)練;最后,訓(xùn)練得到的異構(gòu)多列卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)再通過本文提出的一種自適應(yīng)的滑動窗口融合機(jī)制,共同完成醫(yī)學(xué)圖像的分類任務(wù),實(shí)現(xiàn)醫(yī)學(xué)圖像的自適應(yīng)、高精度分類。基于上述思想,本文提出了一種基于權(quán)重初始化-多層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)滑動窗口融合的醫(yī)學(xué)分類算法。

    乳腺腫塊分類實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,本文方法的分類精度最高,達(dá)到98.2%,這是因?yàn)椴捎玫腃NN 特征和經(jīng)過多層滑動轉(zhuǎn)換后的特征大幅提升了原始良惡性乳腺腫塊圖像間的區(qū)分性,使得不同類別腫塊在特征空間中的可區(qū)分性更強(qiáng),保證具有該特性的腫塊圖像特征分布更有利于分類準(zhǔn)確率的提升。

    腦腫瘤組織分類實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,本文方法得到的平均分類準(zhǔn)確率最高,達(dá)到95.71%,在12 例腦腫瘤患者M(jìn)RI 樣本的圖像塊分類任務(wù)中,對分類難度較高的2 號樣本、11 號樣本和12 號樣本體現(xiàn)了較為突出的優(yōu)勢,充分驗(yàn)證了本文方法在大幅度提升分類準(zhǔn)確率的同時(shí),也具有良好的穩(wěn)定性和魯棒性。

    醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫分類實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,對于TCIA-CT數(shù)據(jù)庫和最難分類的OASIS-MRI 數(shù)據(jù)庫,本文提出的分類算法都獲得了最好分類結(jié)果。它優(yōu)于傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)算法,深度學(xué)習(xí)模型能夠更好地獲得醫(yī)學(xué)圖像特征信息,為后續(xù)分類奠定基礎(chǔ)。它優(yōu)于其他主流深度學(xué)習(xí)算法,這是因?yàn)楸疚奶岢龅纳疃葘W(xué)習(xí)模型不但解決了模型權(quán)重初始化問題,而且還解決了深度學(xué)習(xí)模型中多層關(guān)聯(lián)的問題。

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