丁 寧,陳詩愷,孟 俊,戴 菁,金佩佩
(上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院檢驗(yàn)科,上海 201801)
隨著新型冠狀病毒(新冠)奧密克戎(Omicron)變異株的出現(xiàn),由于其高傳播率和突變數(shù)量,引起各國(guó)的重視。奧密克戎變異株的傳染性很強(qiáng),傳播速度比以前的任何變異體都快,其可能導(dǎo)致一系列疾病,從新冠無癥狀感染到重癥新冠肺炎。新冠無癥狀感染者中大部分無基礎(chǔ)疾病,而重癥新冠肺炎患者則多合并基礎(chǔ)疾病(包括高血壓、糖尿病、冠心病、腎病綜合征等)。以往研究表明,在新冠感染疫情初期,住院的新冠感染者中,約有1/3 合并基礎(chǔ)疾病的患者需要入住重癥監(jiān)護(hù)病房,其中1/9 的患者已經(jīng)死亡[1-4]。目前已知的可導(dǎo)致新冠奧密克戎變異株感染惡化的風(fēng)險(xiǎn)因素包括高齡、肥胖、心力衰竭等特定的疾病[5-7]。
循環(huán)閾值(cycle threshold,Ct)值是在反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng) (reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)中,擴(kuò)增病毒RNA 達(dá)到可檢測(cè)水平所需的循環(huán)次數(shù)。Ct 值與病毒載量和在體外生長(zhǎng)新冠病毒的傳播能力呈負(fù)相關(guān)[8-10]。雖然Ct 值與病毒載量成反比,但這種相關(guān)性是非線性的,而且受多種因素影響[11]。通常在病程早期,患者會(huì)有更高的病毒載量,臨床醫(yī)師對(duì)如何利用Ct 值更好地管理新冠感染者及開展預(yù)后評(píng)估等方面經(jīng)驗(yàn)仍存在不足。本研究擬分析入院首次檢測(cè)ORF1ab 基因、N基因的Ct 值,與奧密克戎變異株感染患者轉(zhuǎn)陰周期間的相關(guān)性,探討通過檢測(cè)ORF1ab 基因、N 基因的Ct 值指導(dǎo)新冠感染者的核酸檢測(cè)頻次,并為其疾病進(jìn)程評(píng)估提供有利依據(jù)。
選取2022 年3 月到4 月期間,上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院北部院區(qū)收治的5 212 例新冠奧密克戎變異株感染患者,按患者既往史及入院后相關(guān)指標(biāo)檢驗(yàn)分為無基礎(chǔ)疾病組(2 746 例)和合并基礎(chǔ)疾病組(2 466 例,包括高血壓、糖尿病、冠心病、腎病綜合征等),其中男性2 621 例,女性2 591 例。
新冠感染及新冠肺炎的診斷標(biāo)準(zhǔn)和臨床分型方法參照根據(jù)國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)頒布的《新型冠狀病毒肺炎診療方案(試行第九版)》。所有研究對(duì)象的鼻咽拭子首次新冠狀核酸檢測(cè)為陽性(Ct 值<40)。新冠病毒奧密克戎變異株感染患者轉(zhuǎn)陰周期為入院到連續(xù)2 次核酸檢測(cè)Ct 值>35 的周期。本研究經(jīng)上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn)[倫理號(hào):(2019)臨倫審第(54)號(hào)],所有對(duì)象均知情同意。
每天采集所有新冠感染者的樣本后,于8 h 內(nèi)送至實(shí)驗(yàn)室,在24 h 內(nèi)完成核酸檢測(cè)。取300 μL混合樣本加入提取試劑盒(上海之江生物,貨號(hào)ZME-0092-96A),在配套的全自動(dòng)核酸提取儀上完成核酸抽提,采用2019 新型冠狀病毒(ORF1ab/N基因)核酸擴(kuò)增試劑盒(雙重?zé)晒釶CR 法)(上海之江生物,貨號(hào)Z-RR-0479-02-50),在實(shí)時(shí)熒光PCR儀(上海宏石SLAN-96P)上進(jìn)行擴(kuò)增檢測(cè),嚴(yán)格按照試劑說明書操作。
以患者于入院首次新冠核酸檢測(cè)ORF1ab 基因、N 基因的Ct 值,將其分為Ct 值≤20 組、20<Ct值≤30 組和30<Ct 值<40 組。
采用GraphPad Prism 8 軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。呈正態(tài)分布的數(shù)據(jù)以表示,2 組之間比較采用t 檢驗(yàn);采用Pearson 線性相關(guān)性分析評(píng)估ORF1ab 基因、N 基因的Ct 值與轉(zhuǎn)陰周期的相關(guān)性。采用多元線性回歸分析轉(zhuǎn)陰周期的風(fēng)險(xiǎn)因素。計(jì)量資料使用(%)表示,兩兩比較采用χ2檢驗(yàn),以P<0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
無基礎(chǔ)疾病組與合并基礎(chǔ)疾病組間的年齡差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),而2 組間ORF1ab 基因、N 基因的Ct 值差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。2 組間的性別構(gòu)成差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)(見表1)。
表1 研究對(duì)象的基本資料
Ct 值≤20、20<Ct 值≤30 值中,合并基礎(chǔ)疾病組的轉(zhuǎn)陰周期較無基礎(chǔ)疾病組長(zhǎng),差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)(見表2、3)。
表2 不同Ct 值下的不同疾病組ORF1ab 基因轉(zhuǎn)陰周期(d)比較
Pearson 相關(guān)分析結(jié)果顯示,新冠感染患者ORF1ab 基因、N 基因的Ct 值與轉(zhuǎn)陰周期(d)均呈負(fù)相關(guān)(rORF1ab=-0.4622,P<0.01;rN=-0.5428,P<0.01)(見圖1)。
圖1 ORF1ab、N 基因的Ct 值與轉(zhuǎn)陰周期(d)的相關(guān)性
多元線性回歸分析顯示,ORF1ab 基因、N 基因的Ct 值及年齡、合并基礎(chǔ)疾病均為轉(zhuǎn)陰周期的影響因素(P<0.05)(見表4、5)。
表3 不同Ct 值下的不同疾病組N 基因轉(zhuǎn)陰周期(d)比較
表4 ORF1ab 基因轉(zhuǎn)陰周期影響因素的多元線性回歸分析
表5 N 基因轉(zhuǎn)陰周期影響因素的多元線性回歸分析
為了盡快篩選出新冠感染者并采取有力的傳染病防治手段,RT-PCR 檢測(cè)技術(shù)在此次疫情防控中得到了廣泛應(yīng)用。雖然其是一種半定量檢測(cè)技術(shù),但有研究顯示,Ct 值指標(biāo)可被用來評(píng)估病毒載量,并可能對(duì)疾病的預(yù)后和嚴(yán)重程度有一定的預(yù)測(cè)作用。核酸檢測(cè)樣本的采樣技術(shù)、采樣時(shí)間、采樣位置、采樣所處的疾病階段,以及從采樣到分析的持續(xù)時(shí)間,對(duì)Ct 值有著重要影響,而Ct 值與疾病嚴(yán)重程度、死亡率、傳染性甚至康復(fù)情況有關(guān)。通過對(duì)現(xiàn)有文獻(xiàn)數(shù)據(jù)的研究發(fā)現(xiàn),Ct 值可能為醫(yī)療保健專業(yè)人員和臨床醫(yī)師對(duì)新冠感染者的診療提供潛在的信息,同時(shí)也有助于指導(dǎo)新冠感染控制,并就職業(yè)和公共衛(wèi)生做出決策。在病程早期,新冠感染者的Ct 值通常較低,而隨著其癥狀的進(jìn)展,患有基礎(chǔ)疾病住院治療的患者,持續(xù)存在高病毒載量時(shí),可能會(huì)出現(xiàn)疾病惡化,所以Ct 值可作為患者預(yù)后評(píng)估的良好指標(biāo)。有研究[12]表明,35%的患者Ct 值低于20 時(shí)病毒載量較高,18%的患者Ct 值介于25~30 之間時(shí)病毒載量中等,6%的患者Ct 值高于30時(shí)病毒載量較低。Fajnzylber 等[13]報(bào)道了病毒載量可被視為發(fā)病率和死亡率的預(yù)測(cè)因子。盡管與新冠病毒相關(guān)的臨床信息不斷增加,但很少有研究詳細(xì)闡述了病毒載量與疾病進(jìn)展及感染者轉(zhuǎn)陰周期間的關(guān)系[14]。其中,7 項(xiàng)研究表明Ct 值隨疾病嚴(yán)重程度降低,這與早期關(guān)于不同呼吸道感染Ct 值的研究一致[15-17]。因此,臨床醫(yī)師和研究人員可使用Ct 值預(yù)測(cè)病毒載量,這可能與疾病嚴(yán)重程度有關(guān)。
本研究顯示,新冠奧密克戎變異株感染患者中合并基礎(chǔ)疾病組的平均年齡高于無基礎(chǔ)疾病組,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.01),表明隨著年齡的增大,患者合并基礎(chǔ)疾病的風(fēng)險(xiǎn)增加。但入院首次檢測(cè)ORF1ab 基因、N 基因的Ct 值在合并基礎(chǔ)疾病組與無基礎(chǔ)疾病組間無差異(P>0.05),與Miller 等[18]的研究一致。進(jìn)而本研究在入院首次檢測(cè)的不同Ct值下,對(duì)合并基礎(chǔ)疾病組與無基礎(chǔ)疾病組感染者轉(zhuǎn)陰周期進(jìn)行比較后發(fā)現(xiàn),Ct 值≤20、20<Ct 值≤30時(shí),合并基礎(chǔ)疾病組的轉(zhuǎn)陰周期明顯高于無基礎(chǔ)疾病組;在30<Ct 值<40 時(shí),2 組的轉(zhuǎn)陰周期差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,說明此時(shí)感染者的病毒載量很低,病情恢復(fù)較快。
本研究結(jié)果還顯示,新冠感染者ORF1ab 基因、N 基因的Ct 值與轉(zhuǎn)陰周期(d)均呈負(fù)相關(guān),表明隨著Ct 值的增大轉(zhuǎn)陰周期縮短。多元線性回歸分析顯示,ORF1ab 基因的Ct 值每升高一個(gè)循環(huán)次數(shù),轉(zhuǎn)陰周期縮短0.21 d,N 基因的Ct 值每升高一個(gè)循環(huán)次數(shù),轉(zhuǎn)陰周期縮短0.26 d。另外,年齡及合并基礎(chǔ)疾病為危險(xiǎn)因素。因此,入院首次新冠核酸檢測(cè)的Ct 值可作為新冠感染者轉(zhuǎn)陰周期的預(yù)測(cè)指標(biāo),對(duì)指導(dǎo)新冠感染者減少核酸檢測(cè)頻次及評(píng)估其疾病進(jìn)程有重要意義。
綜上所述,入院首次新冠核酸檢測(cè)的Ct 值與感染者轉(zhuǎn)陰周期有關(guān),對(duì)感染者的預(yù)后評(píng)估有一定價(jià)值。因此,臨床醫(yī)師和研究人員可使用Ct 值預(yù)測(cè)病毒載量,指導(dǎo)新冠感染者減少核酸檢測(cè)頻次,同時(shí)及時(shí)識(shí)別高危患者,縮短新冠感染者的出院周期。