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    中國荷斯坦奶牛GPR120基因SNP位點(diǎn)鑒定及其與產(chǎn)奶性能的關(guān)聯(lián)分析

    2022-01-25 13:49:34鄒紫雯李鑫麗王斯琦趙志輝沈冰蕾
    中國獸醫(yī)學(xué)報 2021年12期
    關(guān)鍵詞:結(jié)構(gòu)

    鄒紫雯,羅 林,劉 娟,韓 碩,李鑫麗,宛 麟,王斯琦,趙志輝,沈冰蕾*

    (1.黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué) 動物科技學(xué)院,黑龍江 大慶 163319;2.廣東海洋大學(xué) 農(nóng)學(xué)院,廣東 湛江 524088)

    隨著世界人口的劇增,牛奶及牛奶衍生品在世界各地正飛速擴(kuò)張,牛奶及其衍生品具有人體所需的維生素、礦物質(zhì)、必需氨基酸等多種營養(yǎng)物質(zhì),且物美價廉極容易吸收等特點(diǎn),顯然已成為人類不可或缺的食物。由于全世界對牛奶消費(fèi)量的激增,產(chǎn)奶量需求增加,相應(yīng)的牛奶中的營養(yǎng)品質(zhì)逐漸降低,因此研究人員也在時刻關(guān)注牛奶的品質(zhì)控制與改良,而乳脂是乳品質(zhì)調(diào)控的主要目標(biāo)性狀,也是評價牛奶質(zhì)量高低反映奶產(chǎn)品行業(yè)經(jīng)濟(jì)效益的主要指標(biāo)之一。牛奶中乳脂合成所需的脂肪酸主要來源于以下2個部分:第1部分為乳腺上皮細(xì)胞利用乙酸、β-羥丁酸等前體物質(zhì)在乙酰輔酶A羧化酶1(acetyl-coenzyme A carboxylase alpha,ACC1)和脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FAS)的催化下進(jìn)行脂肪酸從頭合成。第2部分為食物消化吸收的長鏈脂肪酸,借助載脂蛋白從血液中攝取[1]。而影響乳脂率的因素主要為日糧配方、品種因素、遺傳背景、生理病理因素、氣候條件等[2]。其中在個體間影響牛奶中乳脂差異的主要因素為乳脂合成及調(diào)控相關(guān)基因的遺傳多態(tài)性。

    G蛋白偶聯(lián)受體(G protein-coupled receptors,GPCRs) 作為最大的膜結(jié)合受體家族,其家族成員能夠與許多激素、神經(jīng)肽、趨化因子或化學(xué)傳感器結(jié)合而引起信號轉(zhuǎn)導(dǎo)[3]。GPR120是G蛋白偶聯(lián)受體GPCRs中被較晚發(fā)現(xiàn)的一員,其作為受體蛋白能夠被內(nèi)源性和膳食游離脂肪酸(FFA)激活從而參與一系列的代謝反應(yīng)及炎癥過程[4]。在肝臟代謝中,KAZUO等[5]研究表明,通過二十二碳六烯酸(DHA)激活GPR120抑制了飼喂CDAHF(0.1%蛋氨酸和膽堿缺乏高脂肪)小鼠體內(nèi)炎性細(xì)胞因子,并防止了纖維化,預(yù)防了非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的產(chǎn)生。在癌癥方面,GPR120基因可以調(diào)控腫瘤細(xì)胞的生長增殖、細(xì)胞凋亡、侵襲轉(zhuǎn)移和化療耐藥[6]。此外研究者發(fā)現(xiàn),在食道癌組織中GPR120的表達(dá)顯著高于正常組織,且敲低GPR120后顯著降低體外食道癌細(xì)胞增殖、克隆形成、遷移和侵襲,并降低體內(nèi)腫瘤生長[7]。而近年來越來越多的研究表明GPR120在脂代謝中起重要作用。WANG等[8]證實(shí)了9-PAHSA(一種內(nèi)源性哺乳動物脂類)通過激活GPR120來抑制LPS/NF-kB途徑從而誘導(dǎo)脂肪細(xì)胞的褐變。也有研究指出,GPR120在3T3-L1脂肪細(xì)胞中通過Ca2 +和ERK1/2信號途徑增加PPARγ的表達(dá)來促進(jìn)脂肪形成[9]。由于GPR120在脂肪代謝多個環(huán)節(jié)中起重要作用,其受到越來越廣泛的關(guān)注。近年來,GPR120在脂代謝中的研究多集中在脂肪組織及脂肪細(xì)胞,而關(guān)于GPR120在奶牛乳脂合成中的作用及GPR120基因多態(tài)性的研究仍較少見。

    因此,本研究以黑龍江省某規(guī)?;龅闹袊伤固鼓膛樵囼?yàn)群體,采用PCR-RFLP方法開展GPR120基因單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(single nucleotide polymorphism site,SNP)的鑒定,并對其進(jìn)行生物信息學(xué)分析及產(chǎn)奶性能相關(guān)性分析,為奶牛乳脂代謝相關(guān)候選分子輔助選擇標(biāo)記的研究提供依據(jù)。

    1 材料與方法

    1.1 樣品采集本試驗(yàn)采用來自黑龍江省綏化市某牛場的有效(具備連續(xù)3年完整的DHI跟蹤數(shù)據(jù))中國荷斯坦奶牛518頭為試驗(yàn)群體,每頭牛尾靜脈采血10 mL,并用檸檬酸鈉抗凝處理,放于4℃保存。

    1.2 基因組DNA提取奶牛血液基因組DNA提取采用DNA試劑盒(北京天根生化有限公司)。用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA提取效果,并用紫外分光光度計法測定DNA濃度,保證DNA濃度在最適范圍內(nèi),置于-20℃保存。

    1.3 引物設(shè)計與PCR擴(kuò)增外顯子區(qū)域的SNP很大程度上會引起氨基酸結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,進(jìn)而改變基因的翻譯。根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫中收錄的牛(Bostaurus)GPR120基因序列(登錄號:NM_001328657.1)設(shè)計4段GPR120基因3個外顯子的特異性引物,引物信息見表1。引物序列由哈爾濱擎科生物有限公司進(jìn)行合成。

    表1 中國荷斯坦奶牛GPR120基因外顯子引物序列

    PCR擴(kuò)增總體系為25.0 μL:DNA混池模板1.0 μL,上、下游引物各1.00 μL,2×Taq Master Mix 12.5 μL,ddH2O補(bǔ)充至體系25.0 μL。PCR反應(yīng)條件:95℃預(yù)變性5 min;35個循環(huán)×(94℃變性30 s,57℃退火30 s,72℃延伸30 s);72℃延伸10 min,最后4℃保存。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用0.1%瓊脂糖凝膠電泳0.5 h后用凝膠成像系統(tǒng)進(jìn)行檢測。

    1.4 序列測定與分析選擇擴(kuò)增效果良好的 PCR 產(chǎn)物送至哈爾濱擎科生物有限公司進(jìn)行純化后雙向測序。使用Chromas軟件、MEGA6軟件對測序結(jié)果進(jìn)行拼接,篩選中國荷斯坦奶牛GPR120基因3個外顯子的SNP位點(diǎn)。

    1.5 PCR-RFLP分析以每頭牛血液的DNA為模板分別進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增后進(jìn)行RFLP 分析。酶切反應(yīng)體系:限制性內(nèi)切酶 1 μL,10×T Buffer 2 μL,0.1% BSA 2 μL,DNA 8 μL,滅菌水 7 μL。30℃下反應(yīng)1 h。

    1.6 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析等位基因頻率計算公式:

    PA=(2×AA+AB)/2N;PB=1-PA(PA表示等位基因 A 的頻率,A 表示等位基因;PB 表示等位基因 B 的頻率,B 表示等位基因;AA 表示該基因型個數(shù),AB 表示 AB 基因型個數(shù);N 表示總數(shù))。

    基因型頻率的計算公式:基因型頻率=(基因型個體數(shù)/測定群體總數(shù))×100%。

    多態(tài)信息含量的計算公式:

    雜合度計算公式:

    純合度計算公式:

    Ho=1-He。

    有效等位基因數(shù)計算公式:

    1.7 連鎖分析使用 SHEsis 軟件檢測GPR120基因SNP之間的連鎖不平衡(LD)。

    2 結(jié)果

    2.1 中國荷斯坦奶牛GPR120基因PCR擴(kuò)增結(jié)果圖1為GPR120基因第1外顯子的PCR擴(kuò)增結(jié)果,以1% 的瓊脂糖凝膠電泳檢測,其片段長度分別為565,935 bp。圖2為GPR120基因第2外顯子的PCR擴(kuò)增結(jié)果,其片段長度為375 bp。圖3為GPR120基因第3外顯子的PCR擴(kuò)增結(jié)果,其片段長度為985 bp。結(jié)果顯示,擴(kuò)增產(chǎn)物電泳條帶清晰,特異性效果較好,結(jié)果與預(yù)期片段大小一致,可以用于后續(xù)測序分析。

    M.DL2000 DNA Marker;1~3. GPR120基因第1外顯子片段1;4~6. GPR120基因第1外顯子片段2

    M.DL600 DNA Marker;1~3.GPR120基因第2外顯子

    M.DL2000 DNA Marker;1~3.GPR120基因第3外顯子

    2.2 中國荷斯坦奶牛GPR120基因SNP檢測利用Chromas軟件和MEGA6軟件對GPR120第一外顯子的測序結(jié)果進(jìn)行拼接,并篩選出SNP位點(diǎn),結(jié)果顯示中國荷斯坦奶牛GPR120基因第一外顯子存在9個SNP位點(diǎn),分別為T100G、C196T、G413A、C428T、G713T、C858G、T873G、G903T、C904T,其中T100G由色氨酸(Trp)突變?yōu)楦拾彼?Gly),G413A位點(diǎn)使甘氨酸(Gly)突變?yōu)楣劝彼?Glu),C428T位點(diǎn)使絲氨酸(Ser)突變?yōu)楸奖彼?Phe),C904T位點(diǎn)使亮氨酸(Leu)突變?yōu)楸奖彼?Phe)(圖4)。而第二外顯子及第三外顯子并未鑒定出SNP位點(diǎn)。

    圖4 GPR120 基因測序結(jié)果及 SNP 位點(diǎn)

    2.3 中國荷斯坦奶牛GPR120基因mRNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測運(yùn)用在線程序(RNA fold web server服務(wù)器)預(yù)測中國荷斯坦奶牛GPR120基因T100G、G413A、C428T、C904T位點(diǎn)的mRNA二級結(jié)構(gòu)。

    突變前mRNA二級結(jié)構(gòu)最小自由能為-1 891.17 kJ/mol,而突變后的T100G位點(diǎn)mRNA二級結(jié)構(gòu)最小自由能為-1 904.98 kJ/mol,最小自由能有所降低;G413A位點(diǎn)mRNA二級結(jié)構(gòu)最小自由能為-1 882.80 kJ/mol,最小自由能有所升高;C428T位點(diǎn)mRNA二級結(jié)構(gòu)最小自由能為-1 889.91 kJ/mol,最小自由能有所升高;C904T位點(diǎn)mRNA二級結(jié)構(gòu)最小自由能為-1 904.98 kJ/mol,最小自由能有所降低。如圖5所示mRNA的二級結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性可能產(chǎn)生改變,從而對蛋白質(zhì)的翻譯發(fā)生影響。

    圖5 中國荷斯坦奶牛GPR120基因SNP位點(diǎn)二級結(jié)構(gòu)突變前后對比

    2.4 中國荷斯坦奶牛GPR120基因蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測由圖6可知中國荷斯坦奶牛GPR120基因的T100G、G413A、C428T、C904T位點(diǎn)為錯義突變,運(yùn)用在線程序(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_sopm.pl)預(yù)測發(fā)現(xiàn)突變前后蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)發(fā)生輕微改變。

    圖6 中國荷斯坦奶牛GPR120蛋白二級結(jié)構(gòu)突變前后對比

    結(jié)果顯示,突變前蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu):a-螺旋(h)占34.77%,β-折疊(e)占15.08%,無規(guī)則卷曲(c)占44.62%。突變后T100G位點(diǎn)蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu):a-螺旋(h)占35.38%,β-折疊(e)占16.62%,無規(guī)則卷曲(c)占42.77%。突變后G413A位點(diǎn)蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu):a-螺旋(h)占34.77%,β-折疊(e)占15.08%,無規(guī)則卷曲(c)占44.62%。突變后C428T位點(diǎn)蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu):a-螺旋(h)占35.38%,β-折疊(e)占15.08%,無規(guī)則卷曲(c)占43.69%。突變后C904T位點(diǎn)蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu):a-螺旋(h)占34.46%,β-折疊(e)占15.08%,無規(guī)則卷曲(c)占44.92%。

    由結(jié)果可以發(fā)現(xiàn),a-螺旋的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)T100G、C428T、C904T 3個位點(diǎn)突變前后的含量分別增加了0.61%、增加了0.61%、減少了0.31%。β-折疊僅T100G位點(diǎn)增加了1.54%。無規(guī)則卷曲的含量在突變前后T100G位點(diǎn)減少了1.85%,C428T位點(diǎn)減少了0.93%,C904T位點(diǎn)增加了0.30%。無規(guī)則卷曲在GPR120基因蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的編碼過程中起到主導(dǎo)作用,當(dāng)無規(guī)則卷曲發(fā)生改變后,蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性就會發(fā)生改變。

    2.5 PCR-RFLP結(jié)果分析經(jīng)PCR-RFLP分析,G413A位點(diǎn)和T873G位點(diǎn)存在限制性內(nèi)切酶,因此本試驗(yàn)選擇G413A、T873G 2個位點(diǎn)進(jìn)行后續(xù)研究。

    G413A位點(diǎn)的限制性內(nèi)切酶是SacⅡ,識別序列為CCGC/GG。通過單一DNA模板擴(kuò)增的PCR產(chǎn)物進(jìn)行RFLP檢測后,得到3種條帶型基因型GG、GA、AA(圖7)。

    M.DL2000 DNA Marker;1.AA;2.GA;3.AA;4.AA;5.GA;6.GG;7.GG;8.GG

    T873G位點(diǎn)的限制性內(nèi)切酶是SmaⅠ,識別序列為CCC/GGG。通過單一DNA模板擴(kuò)增的PCR產(chǎn)物進(jìn)RFLP檢測后,得到3種基因型TT、TG、GG(圖8)。

    M.DL2000 DNA Marker;1.GG;2.GG;3.TG;4.TT;5.TT;6.TG

    2.6GPR120基因SNP位點(diǎn)的基因型頻率和等位基因頻率分析GPR120基因外顯子1片段1的G413A位點(diǎn)基因型頻率和等位基因頻率如表2所示,其中在群體中占主導(dǎo)地位的基因型為GG,基因型頻率為51.0%。在群體中占主導(dǎo)地位的等位基因?yàn)镚,等位基因頻率為66.3%。

    GPR120基因外顯子1片段2的T873G位點(diǎn)基因型頻率和等位基因頻率如表2所示,其中在群體中占主導(dǎo)地位的基因型為TT,基因型頻率為55.1%。在群體中占主導(dǎo)地位的等位基因?yàn)門,等位基因頻率為67.3%。

    表2 GPR120基因 SNP 位點(diǎn)基因型頻率和等位基因頻率

    2.7GPR120基因SNP位點(diǎn)的遺傳參數(shù)分析中國荷斯坦奶牛GPR120基因G413A、T873G突變位點(diǎn)的純合度、雜合度、有效等位基因數(shù),如表3所示,其中G413A、T873G位點(diǎn)多態(tài)性信息含量(PIC)分別為0.347和0.343,數(shù)值在0.250~0.500之間,表明2個SNP位點(diǎn)為中度多態(tài)性。

    表3 GPR120基因 SNP 位點(diǎn)在群體中的遺傳參數(shù)分析

    2.8GPR120基因SNP位點(diǎn)與產(chǎn)奶性狀的關(guān)聯(lián)分析GPR120外顯子1的G413A、T873G突變位點(diǎn)與中國荷斯坦奶牛試驗(yàn)牛群DHI數(shù)據(jù)中產(chǎn)奶性狀(305 d日產(chǎn)奶量、乳脂率、乳蛋白率)之間關(guān)聯(lián)分析結(jié)果如表4所示。

    表4 GPR120基因SNP位點(diǎn)與中國荷斯坦奶牛DHI產(chǎn)奶性能的相關(guān)分析

    G413A位點(diǎn)與305 d日產(chǎn)奶量及乳脂率具有顯著相關(guān)性(P<0.05),與乳蛋白率及體細(xì)胞評分呈極顯著相關(guān)性(P<0.01)。GG基因型在群體中占主導(dǎo)地位,GG基因型與GA基因型的305 d日產(chǎn)奶量、乳蛋白率和體細(xì)胞評分具有顯著性差異(P<0.05),與AA基因型體細(xì)胞評分具有顯著性差異(P<0.05)。

    T873G位點(diǎn)與305 d日產(chǎn)奶量、乳脂率和乳蛋白率具有極顯著相關(guān)性(P<0.01)。TT基因型在群體中占主導(dǎo)地位,TT基因型與TG基因型的305 d日產(chǎn)奶量、乳脂率具有顯著差異性(P<0.05),與GG基因型的305 d日產(chǎn)奶量具有顯著性差異(P<0.05)。

    2.9GPR120基因SNP位點(diǎn)連鎖分析如圖9所示,GPR120外顯子1的G413A、T873G突變位點(diǎn)是連鎖不平衡(G413A、T873G的D值=0.65)。

    圖9 GPR120基因連鎖不平衡分析

    3 討論

    乳脂主要由甘油三酯組成,其以乳脂球 (milk fat globules,MFG) 的形式存在并分泌。乳脂中含有人體所需的所有必需脂肪酸及多種脂溶性維生素,同時乳脂也是決定牛奶品質(zhì)的重要因素之一[10]。影響乳脂合成的因素有很多,其中遺傳因素作為影響乳脂合成的內(nèi)在因素對乳脂合成具有較大影響。王凱等[11]研究表明TRAPPC9基因rs1100-17379、DGAT1基因rs109421300、ATP1A1基因rs110256520和GHR基因rs41639260作為多態(tài)性均對乳蛋白率和乳脂率有顯著性影響。張娟等[12]發(fā)現(xiàn)EEF1D基因存在2個SNP位點(diǎn),其中EEF1D-1位點(diǎn)對乳脂率和乳蛋白率性狀的效應(yīng)均達(dá)到極顯著水平。LIANG等[13]研究確定了中國荷斯坦奶牛ACSL1基因的6個SNP位點(diǎn)(5′UTR-g.20523C>G、g.35446C>T、g.35651G>A、g.35827C>T、 g.35941G>A、g.51472C>T),它們在一定程度上與牛奶產(chǎn)量、牛奶脂肪含量、牛奶蛋白質(zhì)含量和體細(xì)胞評分(SCS)顯著相關(guān)。

    近年來,GPR120基因的研究均集中在癌癥,糖尿病及肥胖癥等代謝異常疾病。SINZ等[14]研究表明二十碳五烯酸和二十二碳六烯酸(EPA和DHA)對3T3-L1和人皮下培養(yǎng)的脂肪細(xì)胞中TNF-α誘導(dǎo)的chemerin產(chǎn)生影響。chemerin是一種促炎性脂肪因子,在肥胖癥中會增加,并與肥胖相關(guān)的疾病相關(guān)。研究發(fā)現(xiàn)DHA顯著降低3T3-L1和人脂肪細(xì)胞中chemerin生成。EPA不影響chemerin的產(chǎn)生,但能減弱TNF-α對chemerin的誘導(dǎo)作用。而用siRNA沉默GPR120可阻斷DHA和EPA減少TNF-α誘導(dǎo)的chemerin分泌的能力。為了探究G蛋白偶聯(lián)受體120在食道癌中的作用,CUI等[7]研究表明,與正常組織相比,在食道癌組織中觀察到GPR120的表達(dá)顯著增加。GPR120基因敲低顯著降低了食道癌細(xì)胞增殖、克隆形成、遷移和侵襲,并降低了Akt磷酸化和I-κB磷酸化水平、血管內(nèi)皮生長因子(VEGF)、白介素8(IL-8)等炎癥相關(guān)的細(xì)胞因子的表達(dá)水平,同時降低體內(nèi)腫瘤的生長。據(jù)報道GPR120在機(jī)體肥胖、胰島素抵抗以及2型糖尿病等疾病的發(fā)生都與GPR120的功能缺陷有密切關(guān)聯(lián)。何晴雯[15]研究發(fā)現(xiàn)在妊娠32,37周,妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)組與血糖正常的妊娠組相比,白細(xì)胞中GPR120 mRNA及FGF21(成纖維細(xì)胞生長因子21) mRNA表達(dá)量明顯升高,而產(chǎn)后2 d 時,GDM組與血糖正常的妊娠組相比GPR120 mRNA及FGF21 mRNA的表達(dá)量差異無統(tǒng)計學(xué)意義。因此在妊娠期糖尿病患者體內(nèi)可能通過調(diào)節(jié)GPR120表達(dá)量升高從而誘導(dǎo)FGF21 mRNA表達(dá)量升高,進(jìn)一步調(diào)節(jié)GDM的發(fā)生和發(fā)展。綜上結(jié)果表明,越來越多的研究者們關(guān)注了GPR120,其在不同領(lǐng)域都取得了極大的研究成果。但是關(guān)于GPR120基因在家畜群體中SNP位點(diǎn)的研究仍較少見。

    SNP即單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)是指在基因組上單個核苷酸的變異形成的遺傳標(biāo)記。外顯子區(qū)域的SNP很大程度上會引起氨基酸結(jié)構(gòu)發(fā)生改變, 進(jìn)而改變基因的轉(zhuǎn)錄和翻譯。DNA混池(DNA pooling)是將幾個或多個個體的DNA按照一定比例混合后再進(jìn)行PCR擴(kuò)增,DNA混池與測序技術(shù)相結(jié)合,不僅在尋找突變位點(diǎn)上能夠大大降低試驗(yàn)成本,同時還能滿足準(zhǔn)確率高、重復(fù)性好的要求[16]。FONTANESI等[17]利用高通量離子激流半導(dǎo)體測序技術(shù)對豬GPR120基因進(jìn)行測序,確定了3個SNP位點(diǎn),其中g(shù).114765469C>T位點(diǎn)與豬的平均日增重存在顯著相關(guān)。ALAN等[18]對203名兒童中GPR120的3個SNP位點(diǎn)(rs10882273 T>C、rs12243124 T>C和rs11187533 C>T)進(jìn)行了關(guān)聯(lián)研究,發(fā)現(xiàn)rs11187533位點(diǎn)與葡萄糖水平之間存在顯著相關(guān)。此外,該位點(diǎn)與肝酶丙氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶和γ-谷氨酰轉(zhuǎn)移酶顯著關(guān)聯(lián)。結(jié)果表明rs11187533單核苷酸多態(tài)性的純合子等位基因型可能對伴隨肥胖的代謝后果起到保護(hù)作用,并且可以在早期識別出代謝健康的肥胖個體。而肥胖也是犬中常見的營養(yǎng)失調(diào)疾病,但是尚未在犬中鑒定出遺傳因素。MIYABE等[19]對141只犬的GPR120基因突變進(jìn)行了研究,發(fā)現(xiàn)5個同義突變和4個非同義突變。其中在40只犬中發(fā)現(xiàn)c.595C>A位點(diǎn)發(fā)生突變且c.595C>A位點(diǎn)與代謝率降低有關(guān),因此c.595C>A位點(diǎn)是一個與肥胖相關(guān)的候選變異體,可能有助于犬的營養(yǎng)管理。

    由于GPR120 SNP位點(diǎn)的研究較少,而關(guān)于GPR120基因在奶牛中的SNP研究未見報道。因此本試驗(yàn)為了探究GPR120是否與乳脂等泌乳性狀的相關(guān)性,采用 PCR-RFLP方法在中國荷斯坦奶牛GPR120基因第1外顯子中篩選到9個SNP位點(diǎn),其中T100G、G413A、C428T、C904T 4個位點(diǎn)為錯義突變,導(dǎo)致T100G由色氨酸(Trp)突變?yōu)楦拾彼?Gly),G413A由甘氨酸(Gly)突變?yōu)楣劝彼?Glu),C428T由絲氨酸(Ser)突變?yōu)楸奖彼?Phe),C904T由亮氨酸(Leu)突變?yōu)楸奖彼?Phe),而氨基酸的改變會導(dǎo)致GPR120蛋白的功能發(fā)生相應(yīng)的變化。因?yàn)橥ㄟ^二級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果顯示,T100G、C904T SNP位點(diǎn)的自由能相比參考序列有所增加,導(dǎo)致mRNA 二級結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性降低,可能會影響基因表達(dá)效率。中國荷斯坦奶牛GPR120蛋白二級結(jié)構(gòu)中無規(guī)則卷曲占主導(dǎo)地位,T100G無規(guī)則卷曲由44.62% 減少至49.10%,C428T無規(guī)則卷曲由44.62% 減少至43.69%,C904T無規(guī)則卷曲由44.62% 增加至44.92%,由于無規(guī)則卷曲是構(gòu)成配體受體結(jié)合的活性部位,突變可能會對蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性造成影響,從而影響蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu),使蛋白質(zhì)功能發(fā)生變化。

    通過PCR-RFLP進(jìn)一步對GPR120的9個SNP位點(diǎn)所產(chǎn)生的基因型進(jìn)行分析。在中國荷斯坦奶牛試驗(yàn)群體中G413A、T873G這2個SNP位點(diǎn)均檢測到3種基因型,G413A基因型為GG、GA、AA,其優(yōu)勢基因型為GG,優(yōu)勢等位基因?yàn)镚。T873G基因型為TT、TG、GG,其優(yōu)勢基因型為TT,優(yōu)勢等位基因?yàn)門。在試驗(yàn)群體中G413A、T873G位點(diǎn)多態(tài)性信息含量(PIC)分別為0.347和0.343,數(shù)值在0.250~0.500之間,表明2個SNP位點(diǎn)為中度多態(tài)性。將G413A、T873G 2個SNP位點(diǎn)與產(chǎn)奶性能進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn),G413A位點(diǎn)與305 d日產(chǎn)奶量及乳脂率呈顯著相關(guān)(P<0.05),與乳蛋白率及體細(xì)胞評分呈極顯著相關(guān)性(P<0.01)。T873G位點(diǎn)與305 d 日產(chǎn)奶量、乳脂率和乳蛋白率亦呈極顯著相關(guān)(P<0.01)。由于本試驗(yàn)研究所用的樣本量偏少,后期將擴(kuò)大樣本量并對GPR120進(jìn)行全基因組分析,同時通過奶牛乳腺上皮細(xì)胞進(jìn)一步探索GPR120對奶牛乳腺發(fā)育及乳脂合成的分子作用機(jī)制。

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