咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志钚缘木W(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究

朱文卿，李玲玉，張 利，左兆河，鄭振佳，馬 越

（1.北京市農(nóng)林科學(xué)院蔬菜研究中心，果蔬農(nóng)產(chǎn)品保鮮與加工北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部蔬菜產(chǎn)后處理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京 100097；2.山東農(nóng)業(yè)大學(xué)食品科學(xué)與工程學(xué)院，山東省高校食品加工技術(shù)與質(zhì)量控制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，山東泰安 271018；3.山東中平藥業(yè)有限公司，山東臨沂 273300；4.山東益得來(lái)生物科技有限公司，山東泰安 271000）

細(xì)菌感染是由皮膚或體內(nèi)有害細(xì)菌菌株的繁殖引起的，可引起肺炎、腦膜炎、皮膚感染、呼吸道感染以及食物中毒等問(wèn)題[1]。常見(jiàn)的金黃色葡萄球菌、巨大芽孢桿菌、銅綠假單胞菌和大腸埃希氏菌等是導(dǎo)致人類嚴(yán)重感染的常見(jiàn)細(xì)菌[2]。細(xì)菌不斷地對(duì)抗菌藥物表現(xiàn)出抗性使抗生素的運(yùn)用面臨著挑戰(zhàn)，因此從天然產(chǎn)物中尋找具有抗菌活性的化合物，對(duì)開(kāi)發(fā)新型抑菌產(chǎn)品具有重要意義[3]。

咖啡?？鼘幩犷惢衔锸侵参矬w內(nèi)重要的次生代謝產(chǎn)物[4]，廣泛存在于中草藥及蔬菜水果中[5]，具有抗菌消炎、抗氧化、抗腫瘤、抗病毒等多種生物活性[6?7]。研究表明，咖啡?？鼘幩犷惢衔锞哂袕V譜抗菌活性，對(duì)金黃色葡萄球菌、痢疾桿菌、大腸桿菌、白色念珠菌、肺炎鏈球菌等多種致病細(xì)菌和真菌均有良好的抑制和殺滅作用[8?14]，具有開(kāi)發(fā)成新型抑菌藥物的潛力。但目前咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志淖饔冒悬c(diǎn)和作用機(jī)制尚不清楚，這在一定程度上限制了其進(jìn)一步推廣與應(yīng)用。

網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)作為一門(mén)新興學(xué)科，將藥理學(xué)、生物信息學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)等多門(mén)學(xué)科相結(jié)合，可以揭示“活性成分-基因-靶點(diǎn)-疾病”之間復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系，探索藥物與疾病相關(guān)性，從系統(tǒng)水平上研究藥物作用機(jī)制與規(guī)律，其系統(tǒng)性、整體性符合中藥多組分、多靶點(diǎn)協(xié)同作用的特點(diǎn)，被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、藥學(xué)等領(lǐng)域[15?17]。分子對(duì)接是依據(jù)酶的鎖-鑰匙原理，從已知結(jié)構(gòu)的化合物及蛋白出發(fā)，通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬、化學(xué)計(jì)量學(xué)計(jì)算，識(shí)別并預(yù)測(cè)受體-配體結(jié)合的方法，預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)和結(jié)合位點(diǎn)[18?19]。目前已有研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法來(lái)探究某些中藥成分的抑菌作用機(jī)制[20?22]，但關(guān)于咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志饔玫难芯窟€較為缺乏。為深入探討咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志淖饔脵C(jī)制，本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法，借助中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái)，預(yù)測(cè)咖啡?？鼘幩犷惢衔飳?duì)應(yīng)靶點(diǎn)與抑菌作用機(jī)制，并通過(guò)分子對(duì)接進(jìn)行驗(yàn)證，以揭示咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志目茖W(xué)內(nèi)涵，為抑菌藥物的研發(fā)提供參考依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 咖啡?？鼘幩犷惢衔镄畔?/h3>

38 種咖啡酰奎寧酸類化合物網(wǎng)絡(luò)靶點(diǎn)分析順序如下：1-O-咖啡?？鼘幩幔–1）、3-O-咖啡?？鼘幩幔–2）、4-O-咖啡酰奎寧酸（C3）、5-O-咖啡?？鼘幩幔–4）、3-O-咖啡?？鼘幩峒柞ィ–5）、3-O-咖啡?？鼘幩嵋阴ィ–6）、3-O-咖啡?？鼘幩岫□ィ–7）、4-O-咖啡?？鼘幩峒柞ィ–8）、4-O-咖啡酰奎寧酸丁酯（C9）、5-O-咖啡酰奎寧酸甲酯（C10）、5-O-咖啡?？鼘幩岫□ィ–11）、1,3-O-二咖啡酰奎寧酸（C12）、1,4-O-二咖啡?？鼘幩幔–13）、1,5-O-二咖啡?？鼘幩幔–14）、3,5-O-二咖啡?？鼘幩幔ó惥G原酸A）（C15）、3,4-O-二咖啡?？鼘幩幔ó惥G原酸B）（C16）、4,5-O-二咖啡?？鼘幩幔ó惥G原酸C）（C17）、3,4-O-二咖啡酰奎寧酸甲酯（C18）、3,5-O-二咖啡?？鼘幩峒柞ィ–19）、4,5-O-二咖啡?？鼘幩峒柞ィ–20）、4,5-O-二咖啡?？鼘幩嵋阴ィ–21）、4,5-O-二咖啡?？鼘幩岫□ィ–22）、3,5-O-二咖啡?？鼘幩岫□ィ–23）、3,5-O-二咖啡?？鼘幩岙惗□ィ–24）、3,5-O-二咖啡酰奎寧酸乙酯（C25）、1,5-O-二咖啡酰-3-O-（4-蘋(píng)果酰）-奎寧酸（C26）、1,5-O-二咖啡酰-3-O-（4-蘋(píng)果酸甲酯）-奎寧酸（C27）、1,5-O-二咖啡酰-3-O-（4-丙二酰）-奎寧酸（C28）、1,5-O-二咖啡酰-3-O-琥珀?？鼘幩幔–29）、1,5-O-二咖啡酰-4-O-琥珀?？鼘幩幔–30）、1,5-O-二咖啡酰-4-O-琥珀酸甲酯奎寧酸（C31）、1,4-O-二咖啡酰-3-O-琥珀酰甲酯奎寧酸（C32）、1,3-O-二咖啡酰-4-O-蘋(píng)果?？鼘幩幔–33）、1,3,5-O-三咖啡?？鼘幩幔–34）、1,4,5-O-三咖啡酰奎寧酸（C35）、3,4,5-O-三咖啡酰奎寧酸（C36）、3,4,5-O-三咖啡?？鼘幩峒柞ィ–37）、1,3,4,5-O-四咖啡?？鼘幩幔–38）?？Х弱？鼘幩犷惢衔锏奶卣鹘Y(jié)構(gòu)如圖1 所示。

圖1 咖啡?？鼘幩犷惢衔锏奶卣鹘Y(jié)構(gòu)Fig.1 The characteristic structure of caffeoylquinic acids

1.2 咖啡?？鼘幩犷惢衔飳?duì)應(yīng)靶點(diǎn)預(yù)測(cè)

采用Pubchem數(shù)據(jù)庫(kù)（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）及ChemDraw Ultra 8.0.3 軟件獲取咖啡酰奎寧酸類化合物的SMILES結(jié)構(gòu)，并將化合物的SMILES結(jié)構(gòu)導(dǎo)入SwissTargetPrediction在線靶點(diǎn)篩選平臺(tái)（http://www.Swisstargetprediction.ch/），獲取化合物的預(yù)測(cè)靶點(diǎn)信息。

1.3 抑菌相關(guān)靶點(diǎn)的檢索

以“抑菌”（antibiosis）為關(guān)鍵詞，通過(guò)Ctd（http://ctdbase.org/）、DrugBank（https://www.drugbank.ca/）及Genecards（https://www.genecards.org/）等數(shù)據(jù)庫(kù)搜索與抑菌相關(guān)的作用靶點(diǎn)，去除重復(fù)靶點(diǎn)后得到抑菌相關(guān)靶點(diǎn)。

1.4 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI）的構(gòu)建

將“1.1”所得咖啡?？鼘幩犷惢衔飳?duì)應(yīng)靶點(diǎn)與“1.2”所得抑菌相關(guān)靶點(diǎn)進(jìn)行交集，得到交集靶點(diǎn)，獲取咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志淖饔冒悬c(diǎn)。將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫(kù)（https://string-db.org/）獲得相互作用關(guān)系，構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)[23]，節(jié)點(diǎn)表示靶點(diǎn)蛋白，邊表示各節(jié)點(diǎn)間的相互作用關(guān)系。將得到的PPI網(wǎng)絡(luò)信息保存為T(mén)SV文件，并將該文件數(shù)據(jù)導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑治鲕浖–ytoscape）[24]，計(jì)算節(jié)點(diǎn)的度值，基于度值反映節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中的重要程度，由此識(shí)別關(guān)鍵的靶點(diǎn)[25]。其中Degree值排名前30 位靶點(diǎn)的信息如表1 所示。

表1 Degree值排名前30 位靶點(diǎn)信息表Table 1 Information table of the top 30 targets with Degree value

1.5 基因本體（GO）功能分析及京都基因與基因組百科全書(shū)（KEGG）分析

利用WebGestalt數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www.webgestalt.org/）將交集靶點(diǎn)基于生物學(xué)過(guò)程（biological processes，BP）、分子功能（molecular function，MF）和細(xì)胞組成（cell component，CC）術(shù)語(yǔ)進(jìn)行GO功能分析[26]。利用Cytoscape軟件中的ClueGo插件對(duì)交集靶點(diǎn)進(jìn)行KEGG通路富集分析，選取富集基因數(shù)排名前20 的通路，通 過(guò)omicshare數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www.omicshare.com/tools/）繪制氣泡圖。

1.6 分子對(duì)接

采用AutoDock Vina軟件對(duì)咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志? 的靶點(diǎn)蛋白與綠原酸、異綠原酸A和1,3,5-O-三咖啡?？鼘幩? 個(gè)關(guān)鍵成分進(jìn)行分子對(duì)接驗(yàn)證。通過(guò)RCSB PDB（http://www.rcsb.org/）數(shù)據(jù)庫(kù)獲取靶點(diǎn)蛋白晶體結(jié)構(gòu)，再利用AutoDock對(duì)接軟件對(duì)蛋白晶體結(jié)構(gòu)去水加氫、計(jì)算電荷、去除原配體，對(duì)配體分子通過(guò)Torsion Tree進(jìn)行調(diào)整，運(yùn)用AutoDock Vina軟件計(jì)算其對(duì)接活性位點(diǎn)、結(jié)合能及均方根偏差（RMSD），最后運(yùn)用Pymol軟件將對(duì)接結(jié)果進(jìn)行可視化分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 咖啡?？鼘幩犷惢衔飳?duì)應(yīng)靶點(diǎn)預(yù)測(cè)與抑菌相關(guān)靶點(diǎn)檢索

現(xiàn)已知咖啡酰奎寧酸類化合物共38 個(gè)，通過(guò)預(yù)測(cè)共獲得咖啡?？鼘幩犷惢衔飳?duì)應(yīng)靶點(diǎn)483 個(gè)。通過(guò)Cytoscape軟件對(duì)上述活性化合物與預(yù)測(cè)靶點(diǎn)進(jìn)行關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的繪制和分析，構(gòu)建“咖啡酰奎寧酸類化合物-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)，如圖2 所示。通過(guò)檢索Ctd、DrugBank及Genecards等數(shù)據(jù)庫(kù)共獲得抑菌相關(guān)靶點(diǎn)805 個(gè)。

圖2 “咖啡?？鼘幩犷惢衔?靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖Fig.2 Network diagram of "caffeoylquinic acids-target"

2.2 PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

由圖3 可知，抑菌相關(guān)靶點(diǎn)共805 個(gè)，咖啡?？鼘幩犷惢衔飳?duì)應(yīng)靶點(diǎn)共483 個(gè)，將兩者取交集后得到75 個(gè)交集靶點(diǎn)，這75 個(gè)交集靶點(diǎn)則為咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志淖饔冒悬c(diǎn)。將交集靶點(diǎn)借助STRING數(shù)據(jù)庫(kù)及Cytoscape軟件進(jìn)行PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析，PPI網(wǎng)絡(luò)如圖4 所示。此網(wǎng)絡(luò)包括75 個(gè)節(jié)點(diǎn)，479 條相互關(guān)系，其中度值排名前30 位的靶點(diǎn)信息如表1 所示，度值越大表明該靶點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中的作用越大，由此推斷在咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志衅痍P(guān)鍵作用的為T(mén)NF、AKT1、ALB、MMP9、EGFR、MAPK8、CASP3、MAPK1、MMP2 等基因靶點(diǎn)。TNF為咖啡酰奎寧酸類化合物抑菌最關(guān)鍵的靶點(diǎn)，它通過(guò)和細(xì)胞膜上的特異性受體結(jié)合，殺傷轉(zhuǎn)化細(xì)胞和某些病毒感染的細(xì)胞，參與抗病毒、抗細(xì)菌和細(xì)胞凋亡等生物過(guò)程[27]。有研究發(fā)現(xiàn)，感染金黃色葡萄球菌的免疫疾病患者如果暴露于TNF-α抑制劑，則可能繼續(xù)被感染[28]。AKT1能夠通過(guò)調(diào)控細(xì)胞的存活與凋亡來(lái)發(fā)揮作用[29]。ALB則可以調(diào)節(jié)血液的膠體滲透壓，進(jìn)而改變細(xì)菌細(xì)胞膜的通透性，使細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)泄漏，從而影響細(xì)胞代謝達(dá)到抗菌效果[30]。MMPs的水平與炎癥反應(yīng)有關(guān)，MMP9則主要表達(dá)于細(xì)菌感染的炎癥反應(yīng)的中性粒細(xì)胞和巨噬細(xì)胞中[31]。EGFR為人類表皮生長(zhǎng)因子，是細(xì)胞增殖和信號(hào)傳導(dǎo)的受體，其通過(guò)調(diào)控細(xì)胞增殖、分裂以及血管形成等，促進(jìn)癌細(xì)胞的侵襲轉(zhuǎn)移[32]。SIRT1可通過(guò)影響NF-κB細(xì)胞信號(hào)通路中乙?；男揎椪{(diào)控下游基因轉(zhuǎn)錄，調(diào)節(jié)機(jī)體代謝和預(yù)防感染[33]。IL-2 是由激活的輔助性T淋巴細(xì)胞1 產(chǎn)生，它能活化T細(xì)胞產(chǎn)生細(xì)胞因子，刺激機(jī)體產(chǎn)生抗體，增強(qiáng)單核巨噬細(xì)胞系統(tǒng)的功能，對(duì)病原微生物進(jìn)行防御和清除，從而間接發(fā)揮抑菌作用[34]。綜上所述，上述靶點(diǎn)主要通過(guò)調(diào)控病毒感染細(xì)胞的增殖、分化、遷移及凋亡，調(diào)節(jié)細(xì)胞代謝、參與血管系統(tǒng)重塑、血管生成、組織修復(fù)及炎癥反應(yīng)以及發(fā)揮對(duì)病毒感染細(xì)胞的免疫保護(hù)等功能來(lái)發(fā)揮抑菌作用。

圖4 咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志腜PI網(wǎng)絡(luò)Fig.4 PPI network of the antibacterial effect of caffeoylquinic acids

2.3 GO功能分析及KEGG通路富集分析

從生物過(guò)程（BP）、細(xì)胞組分（CC）和分子功能（MF）3 個(gè)不同角度對(duì)交集靶點(diǎn)進(jìn)行GO功能分析，結(jié)果如圖5 所示。結(jié)果表明細(xì)胞組分主要分布在細(xì)胞膜、細(xì)胞囊、細(xì)胞核、內(nèi)膜系統(tǒng)、細(xì)胞外間隙、腔上包膜、細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)、蛋白復(fù)合體、線粒體、核內(nèi)體、核被膜、細(xì)胞外基質(zhì)、液泡、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、細(xì)胞突起、高爾基體、細(xì)胞骨架、染色體和脂滴等部位。分子功能主要集中于蛋白結(jié)合、離子結(jié)合、水解酶活性、核苷酸結(jié)合、轉(zhuǎn)移酶活性、核酸結(jié)合、分子轉(zhuǎn)運(yùn)活性、酶調(diào)節(jié)活性、脂質(zhì)結(jié)合活性、轉(zhuǎn)運(yùn)活性、糖結(jié)合、翻譯調(diào)節(jié)活性、染色質(zhì)結(jié)合、抗氧化活性、電子轉(zhuǎn)移活性和氧結(jié)合。生物過(guò)程主要涉及應(yīng)激反應(yīng)、代謝過(guò)程、生物調(diào)節(jié)、多細(xì)胞生物過(guò)程、細(xì)胞訊息傳遞、細(xì)胞定位、細(xì)胞成分組織、發(fā)育過(guò)程、多組織過(guò)程、細(xì)胞增殖、繁殖、生長(zhǎng)等。

圖5 咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志饔冒悬c(diǎn)GO分析Fig.5 GO analysis of antibacterial targets of caffeoylquinic acids

對(duì)交集靶點(diǎn)進(jìn)行KEGG通路富集分析，富集基因數(shù)排名前20 的信號(hào)通路如圖6 所示，結(jié)果表明咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志淖饔脵C(jī)制主要涉及細(xì)胞外基質(zhì)組織（Extracellular matrix organization）、細(xì)胞外基質(zhì)降解（Degradation of the extracellular matrix）、膠原蛋白降解（Collagen degradation）、基質(zhì)金屬蛋白酶的激活（Activation of matrix metalloproteinases）、NGF信號(hào)通路（NGF signalling）等作用通路。

圖6 咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志P(guān)鍵靶點(diǎn)KEGG通路富集分析Fig.6 KEGG pathway enrichment analysis of key antibacterial targets of caffeoylquinic acids

與通路相關(guān)的基因靶點(diǎn)如表2 所示，通路與其相關(guān)靶點(diǎn)之間的相互關(guān)系如圖7 所示。從表2 可以看出，細(xì)胞外基質(zhì)降解（Degradation of the extracellular matrix）主要涉及ADAM17、CASP3、CTSK、CTSL、CTSS、ELANE、FURIN、MMP1、MMP2、MMP7、MMP8、MMP9、PLG共 14 個(gè)基因靶點(diǎn)，其 中ADAM17 可參與細(xì)胞粘附、融合、遷移及信號(hào)傳導(dǎo)，CASP3 可調(diào)控細(xì)胞凋亡，CTSK可參與細(xì)胞外基質(zhì)降解，ELANE基因能夠參與多種炎癥反應(yīng)，MMPs基因則可以降解細(xì)胞外基質(zhì)、激活膠原蛋白酶以及膠原纖維并參與血管系統(tǒng)重塑、血管生成、組織修復(fù)、腫瘤浸潤(rùn)及炎癥反應(yīng)，PLG則參與組織重塑和腫瘤侵襲過(guò)程。基質(zhì)金屬蛋白酶的激活（Activation of matrix metalloproteinases）共涉及CTSK、ELANE、FURIN、MMP1、MMP2、MMP7、MMP8、MMP9、PLG、TPSAB1 共10 個(gè)基因，這些靶點(diǎn)主要參與細(xì)胞外基質(zhì)降解、多種炎癥反應(yīng)，并在細(xì)胞外基質(zhì)的蛋白水解和白細(xì)胞遷移中起重要作用。NGF信號(hào)通路（NGF signalling）涉及ADAM17、CASP3、FURIN、IKBKB、MAPK1、MAPK14、MAPK8 共7 個(gè)基因；其中，CASP3 是caspase級(jí)聯(lián)激活下游的關(guān)鍵成分，是誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡的蛋白酶，執(zhí)行細(xì)胞凋亡過(guò)程[36]；MAPK1 則參與細(xì)胞生長(zhǎng)、粘附、存活和分化，MAPK14 能夠刺激促炎性細(xì)胞因子的釋放及激活轉(zhuǎn)錄因子，MAPK8 可以調(diào)控細(xì)胞增殖、分化、遷移及凋亡。綜上所述，一條作用通路可涉及多個(gè)靶點(diǎn)，一個(gè)靶點(diǎn)可參與多條通路，證實(shí)了咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志且粋€(gè)涉及多個(gè)靶點(diǎn)、多個(gè)通路的復(fù)雜過(guò)程。

圖7 咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志饔冒悬c(diǎn)與作用通路網(wǎng)絡(luò)分析Fig.7 Caffeoylquinic acids antibacterial targets and pathway network analysis

表2 KEGG通路富集分析相關(guān)基因Table 2 Related genes for KEGG pathway enrichment analysis

2.4 分子對(duì)接驗(yàn)證

為了驗(yàn)證咖啡酰奎寧酸類化合物預(yù)測(cè)靶點(diǎn)的準(zhǔn)確性，本研究采用AutoDock Vine軟件對(duì)3 個(gè)關(guān)鍵成分和2 個(gè)靶點(diǎn)進(jìn)行分子對(duì)接，以自由結(jié)合能（binding energy）作為篩選條件，結(jié)合能越小表示對(duì)接結(jié)果越好。對(duì)于多構(gòu)象的對(duì)接結(jié)果，篩選出結(jié)合能最低的對(duì)接構(gòu)象，如表3 所示。化合物與分子靶點(diǎn)對(duì)接得分均大于5.0，表明分子對(duì)接結(jié)果良好，驗(yàn)證了網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。運(yùn)用Pymol軟件，根據(jù)結(jié)合能的大小選出每個(gè)靶點(diǎn)蛋白對(duì)接最好的化合物進(jìn)行可視化分析，結(jié)果如圖8 所示，其中TNF與綠原酸、異綠原酸A，AKT1 與1,3,5-O-三咖啡?？鼘幩峋梢孕纬蓺滏I，為進(jìn)一步整合探析咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志峁├碚搮⒖?。

圖8 TNF、AKT1 與關(guān)鍵成分的最佳對(duì)接構(gòu)象Fig.8 Optimal docking conformation of TNF,AKT1 and key components

表3 2 個(gè)靶點(diǎn)與3 個(gè)關(guān)鍵成分的分子對(duì)接得分Table 3 Molecular docking scores of 2 targets and 3 key components

3 結(jié)論

采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法，借助相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)及軟件對(duì)咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志淖饔冒悬c(diǎn)、作用機(jī)制及相關(guān)通路進(jìn)行了探討，結(jié)果表明咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志饔冒悬c(diǎn)為75 個(gè)。PPI網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果得出咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志年P(guān)鍵靶點(diǎn)為T(mén)NF、AKT1、ALB、MMP9、EGFR、MAPK8、CASP3、MAPK1、MMP2 等；GO功能分析結(jié)果表明咖啡酰奎寧酸類化合物抑菌主要涉及細(xì)胞膜、細(xì)胞囊、細(xì)胞核、內(nèi)膜系統(tǒng)、細(xì)胞外間隙、腔上包膜、細(xì)胞外基質(zhì)等細(xì)胞組分，涉及蛋白結(jié)合、離子結(jié)合、水解膜活性、核苷酸結(jié)合、轉(zhuǎn)移酶活性、核酸結(jié)合、分子轉(zhuǎn)運(yùn)活性等分子功能以及參與應(yīng)激反應(yīng)、代謝過(guò)程、生物調(diào)節(jié)、多細(xì)胞生物過(guò)程、細(xì)胞訊息傳遞、細(xì)胞定位、細(xì)胞成分組織等多個(gè)生物過(guò)程；KEGG通路富集分析結(jié)果表明主要涉及細(xì)胞外基質(zhì)組織信號(hào)通路、細(xì)胞外基質(zhì)降解信號(hào)通路、膠原蛋白降解信號(hào)通路、基質(zhì)金屬蛋白酶的激活信號(hào)通路、NGF信號(hào)通路等多條途徑，表明咖啡?？鼘幩犷惢衔锬軌蛲ㄟ^(guò)多靶點(diǎn)、多途徑發(fā)揮抑菌作用。通過(guò)分子對(duì)接驗(yàn)證得到關(guān)鍵化合物與關(guān)鍵靶點(diǎn)對(duì)接得分均大于5.0，TNF與綠原酸、異綠原酸A，AKT1 與1,3,5-O-三咖啡?？鼘幩峋梢孕纬蓺滏I，表明分子對(duì)接結(jié)果良好，驗(yàn)證了網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性，可以為后期的抑菌藥物研究提供理論基礎(chǔ)和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。雖然本研究預(yù)測(cè)所得到的咖啡?？鼘幩犷惢衔镆志饔冒悬c(diǎn)與迄今為止的研究較為接近，表明運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討其作用機(jī)制具有一定的參考價(jià)值，但是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于數(shù)據(jù)進(jìn)行研究，尚不能確保結(jié)果完全準(zhǔn)確，因此還需要研究其具體分子機(jī)制以得到更為科學(xué)準(zhǔn)確的結(jié)果。