肺泡灌洗液宏基因組二代基因測(cè)序在重癥肺炎病原學(xué)診斷中的應(yīng)用價(jià)值

主父瑤，曹振東

（江蘇省第二中醫(yī)院肺病科，江蘇 南京 210017）

肺炎是臨床上的常見病。該病的發(fā)病率及致死率均居感染性疾病的首位。重癥肺炎是肺炎患者病情進(jìn)展的一個(gè)階段。及時(shí)掌握重癥肺炎患者機(jī)體內(nèi)病原菌的分布情況及致病菌的耐藥情 況是對(duì)肺炎患者進(jìn)行藥物治療的必要條件[1]。近年來，隨著宏基因組二代基因測(cè)序（Metagenomic Next-generation Sequencing，mNGS）技術(shù)的不斷發(fā)展，mNGS已成為病原學(xué)診斷中最常見且有效的方法。在進(jìn)行mNGS前，操作者無需對(duì)病原體進(jìn)行分離培養(yǎng)，從而可降低漏檢部分難以培養(yǎng)的病原菌的風(fēng)險(xiǎn)。進(jìn)行mNGS 時(shí)，操作者可對(duì)所有核酸片段進(jìn)行非特異性測(cè)定，最大限度地避免漏檢。此外，操作者通過復(fù)查mNGS 的結(jié)果，可對(duì)患者治療前后病原體的序列數(shù)等定量和半定量數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比，從而可提高臨床診斷的效率。本次研究主要是探討肺泡灌洗液（Bronchoalveolar lavage fluid，BALF）mNGS 在重癥肺炎病原學(xué)診斷中的應(yīng)用價(jià)值。

1 資料與方法

1.1 一般資料

將2018 年6 月至2019 年6 月期間江蘇省第二中醫(yī)院收治的48 例重癥肺炎患者作為研究對(duì)象。本次研究對(duì)象的納入標(biāo)準(zhǔn)是：1）經(jīng)胸部CT 檢查，患者的病情符合中華醫(yī)學(xué)會(huì)呼吸病學(xué)分會(huì)提出的重癥肺炎的診斷標(biāo)準(zhǔn)且被確診為重癥肺炎。2）患者接受機(jī)械通氣治療。3）患者簽署了自愿參與本研究的知情同意書。4）患者符合接受支氣管鏡檢查的各項(xiàng)指征[2]。本次研究對(duì)象的排除標(biāo)準(zhǔn)是：1）患者合并有免疫系統(tǒng)疾病及凝血功能障礙。2）患者合并有活動(dòng)性肺結(jié)核。3）患者的病情為肺炎終末期。4）患者對(duì)抗生素及其他治療重癥肺炎的藥物過敏。在這48 例患者中，有男27 例，女21 例；其年齡為55 ～90 歲，平均年齡為（72.70±11.52）歲；其中患有糖尿病、慢性阻塞性肺疾病、腦卒中、惡性腫瘤、慢性腎衰竭及其他疾病的患者分別有15 例、12 例、8 例、5 例、4 例及4 例。將這48 例患者隨機(jī)分為對(duì)照組（n=24）和觀察組（n=24）。兩組患者的一般資料相比較，P＞0.05。詳見表1。

表1 兩組患者一般資料的對(duì)比

1.2 方法

對(duì)兩組患者的痰液標(biāo)本、BALF 樣本及血液標(biāo)本均進(jìn)行普通微生物培養(yǎng)，并對(duì)培養(yǎng)出的微生物進(jìn)行檢測(cè)。在此基礎(chǔ)上，對(duì)觀察組患者的BALF 樣本進(jìn)行mNGS 檢測(cè)，將檢測(cè)結(jié)果與病原庫內(nèi)的數(shù)據(jù)相比較，獲得最終的檢測(cè)結(jié)果[3]。根據(jù)檢測(cè)結(jié)果，分別對(duì)兩組患者使用抗生素進(jìn)行治療。

1.3 觀察指標(biāo)

對(duì)比兩組患者痰液、血液、BALF 標(biāo)本中病原菌的數(shù)量和分布情況、病原菌的陽性檢出率及根據(jù)檢測(cè)結(jié)果對(duì)這兩組患者進(jìn)行治療后的各項(xiàng)指標(biāo)。

1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

對(duì)本次研究的數(shù)據(jù)均采用統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件SPSS 23.0 進(jìn)行處理。計(jì)量資料用均數(shù)± 標(biāo)準(zhǔn)差（±s）表示，采用t檢驗(yàn)。計(jì)數(shù)資料用百分比（%）表示，采用χ2 檢驗(yàn)。P＜0.05為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 兩組患者痰液、血液和BALF 標(biāo)本中病原菌的數(shù)量及分布情況

在這些患者的痰液、血液和BALF 標(biāo)本中共分離出病原菌42 株。其中，革蘭陰性菌有33 株，占菌株總數(shù)的78.57%，革蘭陰性菌中的主要致病菌為鮑曼不動(dòng)桿菌及銅綠假單孢菌；革蘭陽性菌有7 株，占菌株總數(shù)的16.27%，革蘭陽性菌中的主要致病菌為金黃色葡萄球菌及肺炎鏈球菌；真菌有2 株，占菌株總數(shù)的4.65%。詳見表2。

表2 兩組患者痰液、血液和BALF 標(biāo)本中病原菌的數(shù)量及分布情況（%）

2.2 兩組患者病原菌陽性檢出率的對(duì)比

在觀察組的24 例患者中，病原菌檢測(cè)結(jié)果呈陽性的患者為22 例，其病原菌的陽性檢出率為91.67% ；在對(duì)照組的24 例患者中，病原菌檢測(cè)結(jié)果呈陽性的患者為16 例，其病原菌的陽性檢出率為66.67%。與對(duì)照組患者相比，觀察組患者病原菌的陽性檢出率更高，P＜0.05。

2.3 根據(jù)檢測(cè)結(jié)果對(duì)這兩組患者進(jìn)行治療后其各項(xiàng)指標(biāo)的對(duì)比

接受治療后，與對(duì)照組患者相比，觀察組患者30 d 及90 d 的死亡率均更低，P＜0.05。接受治療后，兩組患者住院的時(shí)間、進(jìn)行機(jī)械通氣的時(shí)間、急性腎損傷的發(fā)生率、多器官功能障礙綜合征的發(fā)生率、休克的發(fā)生率、其中進(jìn)行連續(xù)性腎臟替代療法患者的占比及使用血管活性劑患者的占比相比較，P＞0.05。詳見表3。

表3 根據(jù)檢測(cè)結(jié)果對(duì)這兩組患者進(jìn)行治療后其各項(xiàng)指標(biāo)的對(duì)比

3 討論

導(dǎo)致患者發(fā)生重癥肺炎的病原菌種類較多。使用常規(guī)手段檢測(cè)該病患者病原菌的陽性率較低，不利于醫(yī)生診斷其病情[4-5]。支氣管肺泡灌洗術(shù)具有無創(chuàng)傷、操作簡單、安全的特點(diǎn)。使用該方法可直接在病變區(qū)域提取樣本，避免樣本受到口咽部微生物的污染，提高樣本中病原菌的分離率[6]。目前，檢測(cè)患者的肺泡灌洗液已逐漸成為臨床上肺疾病診斷的重要手段。近年來，mNGS 技術(shù)在臨床檢測(cè)中得到廣泛應(yīng)用，為病原學(xué)診斷提供了一種新的檢測(cè)手段。與傳統(tǒng)的病原菌培養(yǎng)法相比，mNGS 技術(shù)對(duì)病原菌的陽性檢出率及陰性預(yù)測(cè)值均更高，時(shí)效性更強(qiáng)[7]。使用該技術(shù)可在肺疾病患者的發(fā)病早期準(zhǔn)確診斷其病情，便于其進(jìn)行早期治療。在本次研究中，與進(jìn)行常規(guī)檢測(cè)相比，對(duì)重癥肺炎患者的BALF 進(jìn)行mNGS 可更快地為醫(yī)生提供病因?qū)W證據(jù)，便于醫(yī)生對(duì)其進(jìn)行精確的、個(gè)性化的用藥治療，從而降低其死亡率。需要注意的是，部分病原菌的核酸序列不易被提取，導(dǎo)致臨床上病原菌基因庫內(nèi)的數(shù)據(jù)不完善，從而使mNGS 技術(shù)在檢測(cè)罕見病原菌方面存在一定的劣勢(shì)。本次研究的結(jié)果證實(shí)，對(duì)重癥肺炎患者的BALF 進(jìn)行mNGS 可提高其病原菌的檢出率，有利于臨床上對(duì)其進(jìn)行針對(duì)性的治療。