基于宏基因組學(xué)的二代測(cè)序技術(shù)快速診斷腎移植術(shù)后單純皰疹病毒性肺炎1例并文獻(xiàn)復(fù)習(xí)

卓惠長(zhǎng)， 林建東， 尤彥菁

病毒性肺炎是腎移植術(shù)后合并肺炎的常見類型[1-4]，在術(shù)后3～6月高發(fā)，以巨細(xì)胞病毒感染為主[5]。國(guó)內(nèi)罕有確診腎移植術(shù)后單純皰疹病毒(herpes simplex virus，HSV)性肺炎，國(guó)外多年前有從尸檢肺中分離出HSV的報(bào)道[6]，這可能與病毒性肺炎診斷困難有關(guān)。下呼吸道的病毒分離培養(yǎng)是診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，但是敏感性低，且耗時(shí)長(zhǎng)[7-9]。本研究分析1例使用基于宏基因組學(xué)的二代測(cè)序技術(shù)(netagenomic next-generation sequencing，mNGS)快速診斷腎移植術(shù)后HSV肺炎的經(jīng)過，以評(píng)價(jià)mNGS對(duì)此類患者的診斷價(jià)值，并結(jié)合文獻(xiàn)討論。

1 臨床資料

患者，男，59歲，因“發(fā)熱伴咳嗽、氣喘6天”于2018年2月21日入院。入院前6天無明顯誘因出現(xiàn)發(fā)熱，最高達(dá)38.7 ℃，熱型為弛張熱，伴陣發(fā)性咳嗽、偶有咳痰，伴氣喘，無咯血、胸痛，自行口服退熱藥物后不適癥狀未見改善，查胸部CT示：雙肺炎癥(圖1)。既往腎移植7年余，長(zhǎng)期口服免疫抑制劑(他克莫司、嗎替麥考酚酯)，個(gè)人史、家族史無特殊。門診擬“肺炎；腎移植術(shù)后”收入泌尿外科。入科體檢：呼吸急促，呼吸頻率26 min-1，雙肺呼吸音粗，可聞及濕性啰音，未聞及干性啰音及胸膜摩擦音，心率84 min-1，律齊，各瓣膜聽診區(qū)未聞及雜音，腹平坦，左下腹部有一斜行手術(shù)疤痕，長(zhǎng)約18 cm，可觸及移植腎。入院后查C-反應(yīng)蛋白148.0 mg/L；血常規(guī)：白細(xì)胞計(jì)數(shù)3.89×109L-1，淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)0.27×109L-1；動(dòng)脈血?dú)猓貉鯘舛?3%，酸堿度(pH) 7.47，動(dòng)脈血二氧化碳分壓34 mmHg(1 mmHg=133.3 Pa)，動(dòng)脈血氧分壓79 mmHg，實(shí)際碳酸氫根離子24.7 mmol/L，堿剩余1.0 mmol/L。生化、降鈣素原、凝血未見明顯異常，EB病毒DNA及IgM/IgG陰性，巨細(xì)胞病毒DNA及IgM/IgG陰性、G試驗(yàn)、GM試驗(yàn)陰性，痰涂片陰性、痰培養(yǎng)陰性、呼吸道病原抗體譜陰性。予亞胺培南、萬古霉素、卡泊芬凈經(jīng)驗(yàn)性抗感染治療后仍反復(fù)發(fā)熱，咳嗽、咳痰未見改善，氣喘加重，2月24日復(fù)查胸部CT提示兩肺炎癥較前進(jìn)展(圖1)。為進(jìn)一步治療于2月25日轉(zhuǎn)入筆者科室。入科后立即行纖維支氣管鏡下肺泡灌洗，選取影像學(xué)肺炎最明顯的葉段(右肺下葉)，一次性快速推注10 mL生理鹽水，保留15 s后，以200 mmHg的負(fù)壓回收肺泡灌洗液5 mL行mNGS檢測(cè)，同時(shí)予亞胺培南、替考拉寧、奧司他韋、卡泊芬凈經(jīng)驗(yàn)性抗感染，癥狀較前稍好轉(zhuǎn)。2月27日mNGS結(jié)果回報(bào)為HSVⅠ型感染，序列數(shù)5 040，相對(duì)豐度97.92%，絕對(duì)豐度45 067.3，覆蓋度為92.38%(圖2)，立即停用亞胺培南、替考拉寧、奧司他韋、卡泊芬凈，調(diào)整治療為更昔洛韋250 mg 1次/12 h。3月2日患者無發(fā)熱，咳嗽、咳痰較前減少，氣喘較前明顯改善。3月8日更昔洛韋減量為250 mg 1次/日，3月9日復(fù)查C-反應(yīng)蛋白、血常規(guī)、生化均正常，胸部CT示：肺內(nèi)病變較2018-02-24 CT片有所好轉(zhuǎn)。3月21日出院，出院后5月8日隨訪，患者無發(fā)熱、咳嗽、咳痰、氣喘，胸部CT示：肺內(nèi)病變基本吸收(圖1)。

2 討 論

病毒性肺炎指的是由上呼吸道病毒感染向下蔓延所致的肺部感染性疾病[10]，是常見的社區(qū)獲得性肺炎之一，占5%～15%[11]。HSV-1主要是侵犯皮膚、黏膜、神經(jīng)組織[12]，但在病毒性肺炎中，通過傳統(tǒng)檢測(cè)方式成功診斷出HSV少。其發(fā)病癥狀、影像學(xué)無特異性，符合病毒感染的一般共性。病毒感染通常起病緩慢[13-14]，早期癥狀較輕，但是腎移植術(shù)后的患者癥狀較明顯，可出現(xiàn)持續(xù)高熱、心力衰竭等[15]，引起的氣道炎癥嚴(yán)重者可發(fā)生呼吸衰竭，需機(jī)械通氣治療[16]。腎移植術(shù)后患者病毒性肺炎引起的急性呼吸窘迫綜合癥，進(jìn)展快，預(yù)后不良[17]，可進(jìn)展致多器官功能衰竭[18]，病死率相對(duì)較高[19]。因此盡快明確病原體類型，并采用有效的針對(duì)性治療是腎移植術(shù)后病毒性肺炎患者改善預(yù)后的關(guān)鍵。傳統(tǒng)診斷手段存在局限性，血清學(xué)抗體延時(shí)性大[20]，病毒抗原檢測(cè)敏感性低[21]；對(duì)于未知病原體的病毒性肺炎，現(xiàn)如今的免疫學(xué)監(jiān)測(cè)的項(xiàng)目種類遠(yuǎn)不及已有的病原體種類，且PCR做不到高通量的檢測(cè)[22]。而mNGS近年來的發(fā)展為明確病原體提供了新渠道[23-25]。已有報(bào)道，mNGS已廣泛成功應(yīng)用于病毒相關(guān)性感染的病原體診斷，幫助患者明確診斷博瓦桑病毒腦炎、豬皰疹病毒感染肺炎、松鼠博爾納病毒腦炎、狂犬病毒眼內(nèi)炎等罕見感染類型[26-29]，陽性率為傳統(tǒng)方法的3倍甚至更高[30]，并且準(zhǔn)確性也高[31-32]。Guan等應(yīng)用PCR驗(yàn)證4例病毒感染患者的mNGS結(jié)果，得出兩種結(jié)果相符[33]。

本例患者入院時(shí)臨床表現(xiàn)、檢查、檢驗(yàn)等均提示炎癥病變，但無特異性，病毒檢測(cè)有關(guān)的分泌物培養(yǎng)、血清免疫學(xué)、病毒DNA的PCR檢測(cè)等傳統(tǒng)檢測(cè)方法均陰性，無法很好指導(dǎo)臨床用藥，給予經(jīng)驗(yàn)性抗感染后療效并不明顯。轉(zhuǎn)入筆者科室后立即送檢肺泡灌洗液行mNGS檢測(cè)，3 d后報(bào)告示HSV-1。結(jié)合患者淋巴細(xì)胞減低，使用抗革蘭陽性菌、革蘭陰性菌、真菌的經(jīng)驗(yàn)性抗感染后未見明顯療效，考慮病毒感染診斷明確，立即給予針對(duì)皰疹病毒的更昔洛韋治療后癥狀、體征、胸部CT等均見好轉(zhuǎn)。出院后隨訪，患者康復(fù)，胸部CT肺部炎癥基本吸收。及時(shí)送檢肺泡灌洗液行mNGS檢測(cè)是該例患者快速明確病原體的關(guān)鍵，是后續(xù)治療取得較好療效的基礎(chǔ)，對(duì)于其他此類患者的診治有積極的參考意義。

但是mNGS技術(shù)仍然存在改進(jìn)方面:首先，二代測(cè)序技術(shù)尚存在缺乏公認(rèn)的判讀標(biāo)準(zhǔn)，對(duì)于病毒載量較低的臨床樣本效果較差，需要對(duì)病毒核酸進(jìn)行富集，且目前研究均顯示可在健康人群血樣中檢出多種微生物序列，因此可能無法判斷所檢出的微生物為背景菌、定植菌、污染菌、致病菌等；第二，不能同步給出對(duì)應(yīng)的藥敏結(jié)果，僅能根據(jù)經(jīng)驗(yàn)抗感染治療。價(jià)格較傳統(tǒng)檢測(cè)方法昂貴，每次送檢需3 500～4 000元，不能成為長(zhǎng)期住院患者監(jiān)測(cè)二次感染的致病菌變化的檢出手段。