張 雁, 韓毛振, 羅學(xué)才, 王晶晶 , 周明輝, 陳亞軍
(1. 合肥師范學(xué)院 生命科學(xué)學(xué)院, 合肥 231601; 2. 華中科技大學(xué) 生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院, 武漢 430074;3. 合肥停弦渡科技有限公司, 合肥 231601)
近年來(lái),微生物轉(zhuǎn)化在甾體藥物的生產(chǎn)中越來(lái)越受到重視[1]。雄烯二酮(Androstene)又稱AD,是甾體藥物生產(chǎn)中重要的中間產(chǎn)物,其甾體母核的羥基化可以大大提高藥物活性[2]。雄烯二酮常見的羥基化反應(yīng)有C9位羥基化[3]和C11位羥基化[4]。其中C9位羥基化產(chǎn)物(9-羥基雄烯二酮)在臨床上常用作激素與避孕功能藥物使用,同時(shí)也是大量甾體藥物生產(chǎn)的關(guān)鍵中間產(chǎn)物,其下游產(chǎn)物包括氫化可的松、地塞米松、黃體酮等,具有重要的商業(yè)價(jià)值。9-羥基雄烯二酮的生產(chǎn)主要使用雄烯二酮為原料進(jìn)行化學(xué)合成,過程繁瑣、成本較高,污染嚴(yán)重。而目前發(fā)現(xiàn)的分枝桿菌屬與紅球菌屬的部分菌株,其3-甾酮-9α-羥基化酶雖然可以催化雄烯二酮的9位羥基化,但其生物催化過程依然存在菌體有害產(chǎn)物分離、副產(chǎn)品對(duì)環(huán)境污染、生產(chǎn)效率低而造成生產(chǎn)成本高等問題[5]。
細(xì)胞色素P450蛋白(cytochrome P450 proteins/CYP)是一類以亞鐵血紅素輔因子(heme cofactor)為輔基的超大家族,在各種物種中廣泛存在[6]。CYP催化的生物羥化在內(nèi)源性和外源性分子代謝過程中具有重要的作用[7-10]。CYP105是鏈霉菌中廣泛存在CYP基因家族的重要成員,目前報(bào)道的鏈霉菌全基因組數(shù)據(jù)中均有發(fā)現(xiàn)[11]。CYP105家族基因除了在菌體代謝中的原生功能外,通常存在很寬的底物作用域,表現(xiàn)催化一些對(duì)菌體生長(zhǎng)無(wú)影響的生物轉(zhuǎn)化類型,例如對(duì)外源性物質(zhì)的高效降解[12-13]。維吉尼亞鏈霉菌(Streptomycesvirginiae)IBL14可以多種甾醇類化合物作為唯一碳源,其次級(jí)代謝產(chǎn)生了多種新穎的甾醇類化合物[14-15]。本人在對(duì)其催化甾體生物轉(zhuǎn)化研究中發(fā)現(xiàn),基因svu005編碼的細(xì)胞色素氧化酶CYP105D1可以雄烯二酮為底物,生物催化形成新的化合物。本研究將來(lái)自S.virginiaeIBL14的CYP105D1重組蛋白在大腸桿菌中進(jìn)行自誘導(dǎo)表達(dá),以提高CYP蛋白的活性表達(dá),并對(duì)其生物轉(zhuǎn)化雄烯二酮的功能進(jìn)行驗(yàn)證研究。該催化反應(yīng)國(guó)內(nèi)外均未見報(bào)道,是雄烯二酮微生物轉(zhuǎn)化合成9-羥基雄烯二酮的新途徑,可以有效減少合成步驟、降低生產(chǎn)成本。與分枝桿菌屬與紅球菌屬的3-甾酮-9α-羥基化酶催化工藝相比,無(wú)菌體有害產(chǎn)物。同時(shí)由于CYP蛋白催化的羥化反應(yīng)具有高度的專一性,可有效減少催化反應(yīng)副產(chǎn)品,在簡(jiǎn)化產(chǎn)物純化工藝、防止生產(chǎn)造成的環(huán)境污染方面具有極高的應(yīng)用潛力。
S.virginiaeIBL14(CCTCCM 206045)為擴(kuò)增CYP105D1蛋白編碼基因svu005提供模板,質(zhì)粒pET28a為目的基因的載體,大腸桿菌EscherichiacoliBL21(DE3)為表達(dá)菌株,由安徽大學(xué)生物集成化實(shí)驗(yàn)室提供。
一步法制備大腸桿菌感受態(tài)(SSCS)試劑盒(上海捷瑞);DNA凝膠回收試劑盒(上海生工);限制性內(nèi)切酶NdeI、Hind Ⅲ和T4 DNA連接酶(Takara);質(zhì)粒小量制備提取試劑盒(上海捷瑞)。
引物合成與基因測(cè)序由上海生工完成。高效液相色譜檢測(cè)所用標(biāo)準(zhǔn)品為:雄烯二酮(Androstene),9-羥基雄烯二酮(9-hydroxy-4-Androstene-3,17-dione),購(gòu)自上海阿拉丁生化科技有限公司。其他化學(xué)試劑均為國(guó)產(chǎn)分析純。
LB培養(yǎng)基(IPTG誘導(dǎo))以及優(yōu)化過的ZYM培養(yǎng)基(自誘導(dǎo))用于重組蛋白的表達(dá)研究。通過重組蛋白質(zhì)的可溶性表達(dá)水平比較,選擇ZYM培養(yǎng)基作為雄烯二酮生物羥化功能研究的培養(yǎng)基,配方如表1。
表 1 ZYM培養(yǎng)基成分
以Gene Ontology、KEGG和Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫(kù)為主要數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)svu005進(jìn)行注釋,根據(jù)注釋的結(jié)果,進(jìn)一步從NCBI下載了鏈霉菌屬中已發(fā)現(xiàn)的CYP105全部亞家族的代表基因,使用MEGA6.0[16]構(gòu)建svu005的系統(tǒng)進(jìn)化樹,鑒定其表達(dá)蛋白類型。
根據(jù)S.virginiaeIBL14全基因組數(shù)據(jù),使用Primer Premier5.0進(jìn)行引物設(shè)計(jì)。上游引物svu005-F序列為5′-CCCATATGGTGTTGTTCTCCATGTCCGAAGCCC-3′,下劃線標(biāo)注為NdeI酶切位點(diǎn);下游引物svu005-R序列為5′-CCAAGCTTCACCACGCCACCGGCAGTTC-3′,下劃線標(biāo)注為Hind III酶切位點(diǎn)。
優(yōu)化后的PCR的擴(kuò)增程序?yàn)?5 ℃預(yù)變性3 min;94 ℃變性25 s,65 ℃退火25 s,72 ℃延伸1 min,32個(gè)循環(huán);72 ℃再延伸10 min。擴(kuò)增獲得的基因片段產(chǎn)物使用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),使用DNA凝膠回收試劑盒(上海生工)純化回收。
對(duì)svu005的PCR產(chǎn)物和質(zhì)粒pET28a使用NdeI酶和Hind III酶進(jìn)行雙酶切。酶切產(chǎn)物使用T4連接酶連接,構(gòu)建表達(dá)重組質(zhì)粒pET28a-svu005。構(gòu)建過程如圖1。重組質(zhì)粒pET28a-svu005轉(zhuǎn)入采用SSCS試劑盒一步法制備的E.coliBL21 (DE3)感受態(tài)細(xì)胞,構(gòu)建工程菌E.coliBL21(DE3)/pET28a-svu005。
圖 1 重組質(zhì)粒pET28a- svu005的構(gòu)建過程
通過菌落PCR篩選陽(yáng)性克隆,傳代培養(yǎng)6次,使用質(zhì)粒小量制備提取試劑盒(上海捷瑞)提取質(zhì)粒,使用NdeI酶進(jìn)行單酶切驗(yàn)證,同時(shí)使用NdeI酶和Hind III酶進(jìn)行雙酶切驗(yàn)證,酶切產(chǎn)物純化后送生工生物工程(上海)有限公司測(cè)序驗(yàn)證。
將工程菌E.coliBL21(DE3)/pET28a-svu005和轉(zhuǎn)入空質(zhì)粒的對(duì)照菌株E.coliBL21(DE3)/pET28a分別培養(yǎng)至OD600為0.6時(shí)取出,4 ℃保存為種子液。各使用30 mL的含有50 μg/mL的卡那霉素的LB液體培養(yǎng)基和ZYM液體培養(yǎng)基3組,平行接種300 μL種子液,LB液體培養(yǎng)基于30 ℃,220 r/min培養(yǎng)4 h后使用IPTG(終濃度0.5 mmol/L)誘導(dǎo)蛋白表達(dá)8 h,ZYM液體培養(yǎng)基于30 ℃,220 r/min條件下培養(yǎng)12 h,并自誘導(dǎo)svu005蛋白表達(dá)。重懸于PBS緩沖液中,超聲破碎菌體后,10 000 r/min離心10 min,分離可溶性蛋白和沉淀蛋白,對(duì)CYP105D1的表達(dá)情況進(jìn)行SDS-PAGE電泳檢測(cè)。
取離心分離的上清液,使用Lowery法測(cè)定上清液總蛋白含量。使用CO差示法測(cè)定CYP的表達(dá)量,在石英比色皿中加入1.5 mL P450測(cè)定液和50 μL連二亞硫酸鈉,分別加入20 μL待測(cè)上清液,混勻。1 min后使用紫外分光光度儀分別在450 nm和490 nm波長(zhǎng)測(cè)量基準(zhǔn)吸收值。同樣的樣品通入CO約2 min,穩(wěn)定1 min分別在450 nm和490 nm波長(zhǎng)測(cè)量,記錄450 nm和490 nm處吸收值,按以下公式計(jì)算P450含量。
以轉(zhuǎn)入空質(zhì)粒的菌株E.coliBL21(DE3)/pET28a作為對(duì)照,使用ZYM自誘導(dǎo)培養(yǎng)基培養(yǎng)工程菌E.coliBL21(DE3)/pET28a-svu005,在30 ℃,220 r/min條件下培養(yǎng)4 h后,加入1 mL摩爾濃度為1 mmol/L的雄烯二酮(Androstene),反應(yīng)8 h后,使用乙酸乙酯萃取,加入無(wú)水硫酸鈉脫水30 min,取上層澄清的乙酸乙酯,37 ℃干燥,1 mL甲醇復(fù)溶。使用HPLC(Breeze 1525 series, Waters Co., USA)進(jìn)行檢測(cè),分析柱為250 mm Symmetry C 18(4.6 mm×250 mm, Waters Co., USA),進(jìn)樣體積為10 μL。流動(dòng)相為乙腈∶水=60∶40,檢測(cè)波長(zhǎng)281 nm。
PCR擴(kuò)增獲得的svu005序列,經(jīng)1.0%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),結(jié)果見圖2。svu005基因全長(zhǎng)1224 bp,電泳顯示的擴(kuò)增條帶大小相符,目的條帶清晰明亮,單一無(wú)雜帶,說明本次設(shè)計(jì)的引物可以高效的擴(kuò)增svu005,擴(kuò)增結(jié)果較為理想。
M:DNA ladder;1:svu005基因
圖2svu005的擴(kuò)增結(jié)果
Figure 2 PCR products ofsvu005
svu005的表達(dá)蛋白Svu005(NCBI:JK119065)被Gene Ontology、KEGG和Swiss-Prot等數(shù)據(jù)庫(kù)注釋為CYP105D,進(jìn)一步從NCBI下載了鏈霉菌屬的CYP105亞家族的代表基因。包括Streptomycesgriseolus的CYP105A1(P18326)、CYP105B1(P13827)、CYP105D1(P26911);Streptomycessp.中的CYP105C1(P23296);Streptomyceslavendulae中的CYP105F1(Q9X5P8);Streptomycesnoursei中的Q9L4W8(CYP105H1);Streptomycestenda中的CYP105K1(Q9X9P7);Streptomycesfradiae中的CYP105L1(Q9ZHQ1);Streptomycesclavuligerus中的CYP105M1(Q9KJ93);Streptomycescoelicolor中的CYP105N1(Q9EWP1)和CYP105V1(Q6V1N2);Streptomycesavermitilis中的CYP105P1(Q79ZT4)和CYP105Q1(Q82MP9)和CYP105R1(Q93HF0);Streptomyceshygroscopicus中的CYP105U1(Q84G11);Streptomycesscabies中的CYP105Z1(C9ZGE5);Streptomycestubercidicus的CYP105AA1(Q595R1)。以Streptomycesavermitilis中的CYP1(BAC67818)為外群,使用MEGA6.0[16]基于距離矩陣鄰接法構(gòu)建的svu005表達(dá)蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹,結(jié)果如圖3。基于以上結(jié)果,svu005的表達(dá)產(chǎn)物鑒定為CYP105D1。對(duì)其表達(dá)蛋白的進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),svu005編碼的CYP105D1含有408個(gè)氨基酸,分子量為45.141 62 ku,等電點(diǎn)PI值為5.31,具有CYP蛋白I-helix(G247HETT251)、K-helix(E285LMR288)和Heme binding otif(H346LAFGFGIHQCLG358)3個(gè)保守結(jié)構(gòu)域。
圖3 距離矩陣鄰接法構(gòu)建的鏈霉菌屬CYP105家族基因系統(tǒng)進(jìn)化樹
將質(zhì)粒pET28a和svu005擴(kuò)增序列同時(shí)使用NdeI酶和Hind III酶進(jìn)行雙酶切,使用T4連接酶連接,構(gòu)建重組表達(dá)質(zhì)粒pET28a-svu005。E.coliBL21(DE3)培養(yǎng)至OD600值為0.6時(shí),取1 mL菌液,按照SSCS試劑盒的操作步驟,一步法制得E.coliBL21(DE3)的感受態(tài)細(xì)胞。將轉(zhuǎn)入重組質(zhì)粒感受態(tài)的E.coliBL21(DE3),取30個(gè)菌落進(jìn)行PCR篩選時(shí),顯示出極高的轉(zhuǎn)化效率,陽(yáng)性克隆占93%。使用質(zhì)粒小量制備提取試劑盒(上海捷瑞)抽提重組質(zhì)粒,NdeI酶單酶切驗(yàn)證及NdeI酶/Hind III酶雙酶切驗(yàn)證,結(jié)果如圖4。瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果顯示重組質(zhì)粒pET28a-svu005被NdeI單酶切切開的線性片段長(zhǎng)度在6000 bp左右,符合預(yù)期大小,重組質(zhì)粒pET28a-svu005被Hind III和NdeI切成兩個(gè)長(zhǎng)度不等的片段,長(zhǎng)度大于4000 bp的大片段為pET28a的雙酶切產(chǎn)物,長(zhǎng)度在1000 bp至1500 bp之間的小片段為重組基因svu005的雙酶切產(chǎn)物,片段大小符合預(yù)期。svu005酶切片段回收后送生工生物工程上海有限公司測(cè)序,測(cè)序結(jié)果顯示序列正確,無(wú)位點(diǎn)突變。
M:3000 bp DNA ladder;1:pET28a-svu005NdeI單酶切結(jié)果;2:pET28a-svu005Hind III和NdeI雙酶切結(jié)果;3:pET28a-svu005原始質(zhì)粒
圖4pET28a-svu005重組質(zhì)粒酶切驗(yàn)證
Figure 4 Restriction enzyme digestion verification of pET28a-svu005
SDS-PAGE檢測(cè)結(jié)果顯示LB培養(yǎng)基培養(yǎng)的重組菌株,目的蛋白CYP105D1得到表達(dá),蛋白質(zhì)分子量與預(yù)期的蛋白質(zhì)分子量45.1 ku大小一致,但是基本上都以不可溶的包涵體形式存在(圖5-A)。自誘導(dǎo)ZYM培養(yǎng)基同樣存在的包涵體形式表達(dá),但上清液中也有明顯的CYP105D1可溶性表達(dá)(圖5-B)。
A中,M:蛋白質(zhì)Marker; 1:E.coliBL21(DE3)/pET28a-svu005誘導(dǎo)破碎后的沉淀; 2:E.coliBL21(DE3)/pET28a誘導(dǎo)破碎后的沉淀; 3:E.coliBL21(DE3)/pET28a-svu005誘導(dǎo)破碎后的上清; 4:E.coliBL21(DE3)/pET28a誘導(dǎo)破碎后的上清。B中,M:蛋白質(zhì)Marker; 1:E.coliBL21(DE3)/pET28a誘導(dǎo)破碎后的上清; 2:E.coliBL21(DE3)/pET28a-svu005誘導(dǎo)破碎后的上清; 3:E.coliBL21(DE3)/pET28a誘導(dǎo)破碎后的沉淀; 4:E.coliBL21(DE3)/pET28a-svu005誘導(dǎo)破碎后的沉淀
圖5(A)LB培養(yǎng)基中IPTG誘導(dǎo)表達(dá)重組蛋白CYP105D1的SDS-PAGE檢測(cè);(B)ZYM培養(yǎng)基中自誘導(dǎo)表達(dá)重組蛋白CYP105D1的SDS-PAGE檢測(cè)
Figure 5 (A)SDS-PAGE analysis of the CYP105D1 from the recombination strain in LB medium,(B)SDS-PAGE analysis of the CYP105D1 from the recombination strain in ZYM medium
OD600的測(cè)量結(jié)果表明,ZYM培養(yǎng)基在12 h的培養(yǎng)時(shí)間內(nèi),菌體產(chǎn)量較高(表2)。活性蛋白的測(cè)定結(jié)果顯示,CYP105D1蛋白在ZYM培養(yǎng)基培養(yǎng)條件下自誘導(dǎo)的CYP蛋白平均產(chǎn)量為0.0916 nmol/L,LB培養(yǎng)基培養(yǎng)條件下使用IPTG誘導(dǎo)的CYP蛋白平均產(chǎn)量為0.0367 nmol/L。自誘導(dǎo)條件下CYP蛋白的可溶性表達(dá)量顯著性(P= 0.002 208, One way ANOVA檢驗(yàn),Permutaionn= 99 999)高于傳統(tǒng)的IPTG誘導(dǎo)方式(表2)。因此,本研究使用ZYM培養(yǎng)基自誘導(dǎo)表達(dá)是CYP105D1的優(yōu)化表達(dá)策略,顯著提高了CYP105D1蛋白的可溶性表達(dá)效率。
本研究還嘗試過在CYP105D1蛋白的N端添加組氨酸標(biāo)簽,分離純化CYP105D1蛋白進(jìn)行功能研究,但是分離的含組氨酸融合標(biāo)簽CYP105D1蛋白不具有生物活性,因此后續(xù)功能驗(yàn)證研究均以載入空質(zhì)粒pET28a的菌株作為對(duì)照菌株,使用重組菌株E.coliBL21(DE3)/pET28a-svu005進(jìn)行菌體內(nèi)生物催化。使用ZYM培養(yǎng)基自誘導(dǎo)12 h后,svu005表達(dá)的CYP105D1蛋白可以有效的羥化雄烯二酮?;谛巯┒腃9位是最常見的羥基化位點(diǎn),使用9-羥基雄烯二酮的標(biāo)準(zhǔn)品檢測(cè),其保留時(shí)間與E.coliBL21(DE3)/pET28a-svu005以雄烯二酮為底物的羥化產(chǎn)物保留時(shí)間一致(圖6)。改變不同的洗脫條件,該產(chǎn)物峰的保留時(shí)間均與標(biāo)準(zhǔn)品一致,因此初步鑒定羥化產(chǎn)物為9-羥基雄烯二酮。
表2 不同誘導(dǎo)方式下CYP105D1產(chǎn)量比較
注:*P值<0.01, One way ANOVA檢驗(yàn),Permutaionn=99 999
圖6 重組菌株E. coli BL21(DE3)/pET28a,E. coli BL21(DE3)/pET28a-svu005生物轉(zhuǎn)化雄烯二酮的HPLC分析
CYP蛋白在重組表達(dá)時(shí),其含鐵原子的卟啉環(huán)輔基[17]是蛋白質(zhì)正確折疊的關(guān)鍵[18],IPTG的誘導(dǎo)極易形成包涵體,且對(duì)菌體具有毒害作用,影響菌體的生長(zhǎng)。LB培養(yǎng)基的營(yíng)養(yǎng)成分較為簡(jiǎn)單,因此難以實(shí)現(xiàn)大腸桿菌的高密度培養(yǎng)[19]。而本研究?jī)?yōu)化的自誘導(dǎo)培養(yǎng)基營(yíng)養(yǎng)豐富且不添加IPTG誘導(dǎo)劑,不存在IPTG對(duì)細(xì)菌的生長(zhǎng)的抑制,同時(shí)增加可溶性蛋白的表達(dá)量[20]。3組平行樣品的OD600值顯示,使用自誘導(dǎo)培養(yǎng)基,相同培養(yǎng)條件下,重組菌的生長(zhǎng)及可溶性蛋白含量均優(yōu)于使用LB培養(yǎng)基。張彭湃等人使用乳糖代替IPTG誘導(dǎo)P450 BM-3在大腸桿菌中可溶性表達(dá),目標(biāo)蛋白量提升2.13倍[21],而本研究中,含乳糖成分的自誘導(dǎo)培養(yǎng)基使CYP蛋白的活性表達(dá)提升了2.5倍。因此相較于傳統(tǒng)的IPTG誘導(dǎo),本研究采用的自誘導(dǎo)培養(yǎng)是CYP蛋白重組表達(dá)的有效培養(yǎng)條件,可以顯著提高CYP蛋白的可溶性表達(dá)。CYP蛋白的正確折疊需要含鐵原子的卟啉環(huán)作為輔基,其蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)折疊較為復(fù)雜,將包涵體變性后復(fù)性難以重新折疊生成有活性蛋白。另外,CYP催化的羥化反應(yīng)需要一系列的輔酶還原NADH,以保證反應(yīng)的持續(xù)進(jìn)行。因此在進(jìn)一步研究中,可以采用添加卟啉環(huán)及其合成前體、添加或共表達(dá)P450還原酶輔酶[22-23]等措施進(jìn)一步提高CYP蛋白的活性表達(dá)及轉(zhuǎn)化效率。
CYP基因可以催化各種復(fù)雜的反應(yīng),包括不同底物的氧化、羥化等,其催化反應(yīng)具有區(qū)域選擇性和立體化學(xué)型[24]。對(duì)于化學(xué)方法難以實(shí)現(xiàn)羥基化的復(fù)雜底物,CYP105家族基因可以在其飽和碳?xì)滏I位置引入羥基[25],例如華法林、紅霉素、樟腦、苯并芘和7-乙氧基香豆素均可作為被CYP105D1的羥化底物,磺酰脲類可以被CYP105A1和CYP105b1羥化[26-28]。尤其在甾體類藥物生產(chǎn)中,CYP105是最重要的羥化酶[29]。其成員CYP105S可以甾醇類物質(zhì)為底物,合成大環(huán)內(nèi)酯化合物,同時(shí)還具有從羥化、氧化到脫烷基化的連續(xù)反應(yīng)[13]。CYP105A1可以連續(xù)在維生素D3的兩個(gè)不同的位點(diǎn)進(jìn)行特異性羥化[30]。顯然CYP105家族蛋白在甾體藥物的微生物轉(zhuǎn)化方面具有廣泛的應(yīng)用前景。本研究驗(yàn)證了S.virginiaeIBL14的svu005基因編碼的CYP105D1蛋白可以有效地羥化雄烯二酮為9-羥基雄烯二酮,CYP105D1蛋白的催化機(jī)理和已發(fā)現(xiàn)的分枝桿菌屬與紅球菌屬中的3-甾酮-9α-羥基化酶不同,其羥化產(chǎn)物均一,無(wú)明顯副產(chǎn)品產(chǎn)生,提供了9-羥基雄烯二酮的微生物轉(zhuǎn)化的新途徑。對(duì)該生物催化反應(yīng)的進(jìn)一步優(yōu)化,可以改變9-羥基雄烯二酮傳統(tǒng)生產(chǎn)的繁瑣過程,降低生產(chǎn)成本,改善生產(chǎn)過程對(duì)環(huán)境的污染,對(duì)探索微生物轉(zhuǎn)化在甾體藥物的工業(yè)生產(chǎn)應(yīng)用具有重要意義。