1934年,18歲的陳芳允考入清華大學機械系,當時上的第一堂國文課就是由著名文學家朱自清講授。陳芳允在機械系讀一年后,對機械不感興趣,卻對物理課產生了濃厚的興趣。在物理課上,每周小考一次的物理成績他總是優(yōu)秀,物理課的期終考試成績他得了最佳,分數為S+。那個時期,清華大學的考試成績采用5分制的計分辦法,S表示佳,S+當然就是最佳了。
有了這優(yōu)異的成績加上物理課對陳芳允強大的吸引力,他下決心做出了轉換專業(yè)的選擇,后他轉換專業(yè)進入物理系,投在著名物理學家吳有訓門下。吳有訓在教學過程中,也已經注意到這個物理成績優(yōu)異、心靈手巧的學生陳芳允。他雖然不大愛說話,但做起實驗來有板有眼、井井有序。吳有訓發(fā)現這個學生的眼睛非常專注地觀察他的實驗,不放過任何一點細節(jié),不僅一絲不茍地做記錄,而且善于動腦子提出問題。吳有訓打心眼里喜歡這樣的學生,所以當陳芳允提出想轉換專業(yè)的請求時,得到了吳有訓的大力支持。當時,清華物理系是很難進的,因為陳芳允的普通物理課學得好,任課老師都很賞識他,因此在轉系時被物理系所接受。陳芳允把對恩師的感謝深深埋在了心底,不斷激勵自己努力學習。